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dPCR方法动态监测T790M突变在EGFR阳性非小细胞肺癌耐药治疗中的指导作用
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作者 姚铠涛 曾小芸 +3 位作者 连逸恺 林建雄 王双玲 魏丹娜 《分子诊断与治疗杂志》 2026年第1期131-134,共4页
目的本研究旨在探讨使用数字PCR(dPCR)方法动态监测血浆EGFR T790M突变的可行性,并评估基于血浆T790M突变检测的早期干预是否可作为EGFR突变非小细胞肺癌患者EGFR-TKI转换治疗的最佳时机。方法初筛2021年7月至2023年12月在汕头大学医学... 目的本研究旨在探讨使用数字PCR(dPCR)方法动态监测血浆EGFR T790M突变的可行性,并评估基于血浆T790M突变检测的早期干预是否可作为EGFR突变非小细胞肺癌患者EGFR-TKI转换治疗的最佳时机。方法初筛2021年7月至2023年12月在汕头大学医学院第二附属医院75例接受埃克替尼治疗的EGFR阳性Ⅳ期NSCLC患者,T790M突变率为53.3%,最终纳入40例患者。试验组(n=18)在血浆检测到T790M突变后更换第三代EGFR-TKI治疗,对照组(n=22)在影像学进展及T790M突变后更换EGFR-TKI治疗。比较两组的临床疗效、无进展生存期(PFS)及不良反应。结果试验组的客观缓解率(ORR)为72.2%,对照组为68.2%,两组差异无统计学意义(P>0.05)。试验组的疾病控制率(DCR)为94.4%,对照组为81.9%,差异无统计学意义(P>0.05)。试验组的中位PFS显著长于对照组,差异有统计学意义(14.8个月vs 10.3个月,P=0.024)。两组的不良反应均为1~2级,皮疹、腹泻及肝功能异常的发生率比较,差异无统计学意义(P>0.05)。结论使用dPCR动态监测血浆EGFR T790M突变,可较影像学更早识别一代EGFR-TKI耐药,从而及时转换三代EGFR-TKI治疗,延缓疾病进展,是一种经济且临床可行的策略。 展开更多
关键词 非小细胞肺癌 EGFR T790M 数字pcr 三代酪氨酸激酶抑制剂
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大视场dPCR检测系统中的荧光LED照明设计
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作者 金旭东 张磬瀚 +3 位作者 严言 郑继红 韦晓孝 万新军 《光学技术》 北大核心 2025年第4期424-431,共8页
数字聚合酶链式反应(dPCR)是一种能实现绝对定量检测的分子生物学技术。传统的dPCR荧光检测系统在检测通量、检测速度、系统体积以及成本之间难以达到合理平衡。特别是传统照明系统设计在照射面积、均匀性、体积和开关响应速度方面存在... 数字聚合酶链式反应(dPCR)是一种能实现绝对定量检测的分子生物学技术。传统的dPCR荧光检测系统在检测通量、检测速度、系统体积以及成本之间难以达到合理平衡。特别是传统照明系统设计在照射面积、均匀性、体积和开关响应速度方面存在限制,影响设备的整体性能及应用。为此,本文设计了一种基于匀光设计LED激发优化的便携式dPCR大视场荧光检测系统,旨在不牺牲检测速度与通量的前提下,缩小系统体积并降低成本。系统通过高集成度的环形LED光源排布,实现了18mm×18mm全视场范围内三种荧光通道(FAM、HEX、ROX)的均匀照明,实际照明均匀度超过90%,并支持三通道快速开关切换。相比于传统的照明模块,LED匀光激发照明在小型化、低成本以及高集成度方面具有优势,适应于多种荧光检测应用场景,促进dPCR技术未来的发展。 展开更多
关键词 应用光学 数字pcr 微流控芯片 光学设计 荧光显微镜
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日本血吸虫病小鼠粪便虫卵DNA检测荧光RAA法和ddPCR探针法比较
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作者 汤宪时 赵松 +2 位作者 杨静 许永良 仝德胜 《热带医学杂志》 2025年第1期1-5,11,共6页
目的比较荧光重组酶介导的等温扩增反应(RAA)法和微滴式数字PCR(ddPCR)探针法检测小鼠粪便中日本血吸虫虫卵DNA的灵敏度。方法CD1小鼠15只,随机分为感染组(n=10)和阴性对照组(n=5)。阴性对照组以去氯水处理;感染组小鼠经腹壁接触感染日... 目的比较荧光重组酶介导的等温扩增反应(RAA)法和微滴式数字PCR(ddPCR)探针法检测小鼠粪便中日本血吸虫虫卵DNA的灵敏度。方法CD1小鼠15只,随机分为感染组(n=10)和阴性对照组(n=5)。阴性对照组以去氯水处理;感染组小鼠经腹壁接触感染日本血吸虫尾蚴20条,于感染后第23、27、30、35天取小鼠粪便,第45天安乐死解剖,获得肝内虫卵,进行虫卵计数。分别以含固定数量虫卵的粪便基因组DNA连续稀释梯度、含不同虫卵数量小鼠粪便基因组DNA、小鼠不同感染时间点粪便基因组DNA为模板比较荧光RAA和ddPCR探针法灵敏度。结果含固定虫卵数量(>50000)粪便样本(661 ng/μL)浓度稀释107倍后,荧光RAA仍可检出阳性反应,而ddPCR探针法检测稀释105倍样本的数值(15.10 copies/μL)与对照组(11.40 copies/μL)近似。荧光RAA法未能于虫卵含量少于50000个的粪便基因组DNA检出明显阳性扩增,而约含5000、1000、500、200、100个虫卵的粪便DNA样本的ddPCR探针法检测值[(60.97±3.46)、(103.33±10.69)、(55.10±2.02)、(20.00±2.45)、(36.37±0.45)copies/μL]与对照组(0.38±0.16)copies/μL比较差异均有统计学意义(P均<0.01)。两种方法均未能于感染后23 d小鼠粪便DNA样本中检出阳性反应,荧光RAA法可在感染后第30天粪便DNA检出明显阳性反应,感染后第27天粪便样本出现阳性反应趋势,而ddPCR探针法只于感染后第35天(205.00 copies/μL)粪便中检出阳性反应。结论荧光RAA比ddPCR探针法在检测日本血吸虫感染小鼠粪便虫卵DNA方面更敏感,但ddPCR探针法检测结果稳定,可重复性更好,两者结合使用,可以实现敏感有效地检测粪便虫卵DNA。 展开更多
关键词 日本血吸虫 粪便 虫卵 重组酶介导的等温扩增反应 微滴式数字pcr
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猪圆环病毒2型微滴数字PCR检测方法的建立及临床应用
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作者 刘武函 唐小明 +8 位作者 彭志 张坤 谢怡灵 范仲鑫 王卫国 尚玲 张梦凡 杨青 胡巧云 《黑龙江畜牧兽医》 北大核心 2026年第1期120-125,共6页
为建立一种特异性强、敏感性高、重复性好的猪圆环病毒2型(PCV-2)微滴数字PCR检测方法,试验基于PCV-2 ORF1保守区域设计引物和探针,通过优化引物浓度、探针浓度和退火温度及特异性、敏感性和重复性试验建立微滴数字PCR方法,并采用该方法... 为建立一种特异性强、敏感性高、重复性好的猪圆环病毒2型(PCV-2)微滴数字PCR检测方法,试验基于PCV-2 ORF1保守区域设计引物和探针,通过优化引物浓度、探针浓度和退火温度及特异性、敏感性和重复性试验建立微滴数字PCR方法,并采用该方法对90份临床样本进行检测。结果表明:建立的PCV-2微滴数字PCR检测方法的最佳引物和探针浓度分别为18μmol/L和9μmol/L,退火温度为61℃;能特异性检出PCV-2,与多种常见猪病原[猪圆环病毒3型(PCV-3)、伪狂犬病毒(PRV)、猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)、非洲猪瘟病毒(ASFV)、猪瘟病毒(CSFV)和猪流行性腹泻病毒(PEDV)]无交叉反应;最低检测限为3.48 copies/μL;重复性试验中扩增后的拷贝数组内与组间变异系数范围分别在0.91%~6.13%和1.44%~8.53%之间,均小于10%。90份临床样本中,建立的微滴数字PCR方法检出PCV-2阳性样本43份,检出率为47.78%,经统计微滴数字PCR方法检出的阳性样本包含了实时荧光定量PCR方法检出的所有阳性样本,与实时荧光定量PCR方法的符合率为88.89%。说明本研究建立的PCV-2微滴数字PCR检测方法特异性强、敏感性高、重复性好,适用于临床样本(特别是低病毒载量样本)的检测。 展开更多
关键词 猪圆环病毒2型 微滴数字pcr 病毒检测 检测方法 特异性试验 敏感性试验 重复性试验
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阿胶含量定量检测中Digital PCR的应用研究
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作者 李娜 王一村 +3 位作者 苟艳萍 郭岳 侯广月 周莉莉 《中国标准化》 2025年第13期206-210,共5页
本文探讨了在阿胶含量定量检测中引入数字聚合酶链反应(Digital PCR)技术的必要性、可行性及技术路径。通过对阿胶样本的全面评估,结合Digital PCR的高灵敏度和绝对定量优势,提出了一套系统的检测流程,包括样本总体的确定、技术指标和... 本文探讨了在阿胶含量定量检测中引入数字聚合酶链反应(Digital PCR)技术的必要性、可行性及技术路径。通过对阿胶样本的全面评估,结合Digital PCR的高灵敏度和绝对定量优势,提出了一套系统的检测流程,包括样本总体的确定、技术指标和质量特性的设定、样本抽取及检测结果的评估等。研究表明,Digital PCR技术能够有效提升阿胶含量定量检测的准确性,并为行业提供可靠的质量数据。 展开更多
关键词 阿胶含量 定量检测 digital pcr
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The Application Value of Droplet Digital PCRTechnology in the Diagnosis of BacterialInfections in Febrile Patients
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作者 Yan Zeng 《Journal of Clinical and Nursing Research》 2025年第12期72-76,共5页
Droplet digital PCR(ddPCR),as the third-generation PCR technology,demonstrates significant advantages in the etiological diagnosis of infectious diseases due to its absolute quantification,ultra-high sensitivity,and m... Droplet digital PCR(ddPCR),as the third-generation PCR technology,demonstrates significant advantages in the etiological diagnosis of infectious diseases due to its absolute quantification,ultra-high sensitivity,and multiplex detection capabilities.This article reports a case of a patient with fever of unknown origin,where ddPCR rapidly confirmed a drug-resistant bacterial infection and dynamically monitored treatment efficacy.Combining literature evidence,this paper systematically elaborates on the technical principles,clinical performance,and practical value of ddPCR in febrile patients. 展开更多
关键词 Droplet digital pcr Bacterial infection Nucleic acid detection Drug resistance gene
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Droplet Digital PCR for Diagnosing Brucellosis Spondylitis:Method Development and Evaluation
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作者 Xiuqin Chang Guangtian Liu +3 位作者 Bo Li Meng Hao Xuefeng Jiang Zhiguo Liu 《Biomedical and Environmental Sciences》 2025年第7期877-880,共4页
Brucellosis is a global public health issue that severely affects human health,Brucella melitensis is currently the predominant species in China.Brucella spondylitis is the primary cause of the debilitating and disabl... Brucellosis is a global public health issue that severely affects human health,Brucella melitensis is currently the predominant species in China.Brucella spondylitis is the primary cause of the debilitating and disabling complications[1].The lumbar vertebra was the most commonly affected site,followed by the thoracic,cervical,thoracolumbar,and lumbosacral segments,and back pain,fever,sweating,and fatigue were the most common symptoms[2].However,the diagnosis of Brucella spondylitis is challenging owing to its wide spectrum of clinical presentations,cross-reactions with other bacteria,and low strain isolation rate.Therefore,a timely and accurate diagnosis of spinal brucellosis is crucial for implementing an effective therapeutic plan and improving treatment outcomes.Droplet digital polymerase chain reaction(ddPCR)is widely used for low-abundance nucleic acid detection and is useful for diagnosing infectious diseases[3].Therefore,this study aimed to evaluate the ddPCR approach for the diagnosis of brucellosis with spondylitis to improve its clinical diagnostic capacity. 展开更多
关键词 Droplet digital pcr Clinical Presentation Method Development lumbar vertebra Public Health Issue Diagnostic Evaluation Brucella Melitensis brucella spondylitis
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非洲猪瘟病毒微滴数字PCR(ddPCR)方法的建立及应用 被引量:45
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作者 邬旭龙 肖璐 +7 位作者 宋勇 林华 陈世界 杨苗 安微 姚学萍 杨泽晓 王印 《微生物学通报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第12期2839-2846,共8页
【目的】非洲猪瘟病毒(African swine fever virus,ASFV)能导致猪群高死亡率,从而造成严重的经济损失。因此,建立严密、高效的防控系统,包括灵敏、准确的诊断方法以及高效的预报预警机制等,以避免ASF传入我国。本文旨在建立一种新型而... 【目的】非洲猪瘟病毒(African swine fever virus,ASFV)能导致猪群高死亡率,从而造成严重的经济损失。因此,建立严密、高效的防控系统,包括灵敏、准确的诊断方法以及高效的预报预警机制等,以避免ASF传入我国。本文旨在建立一种新型而高灵敏度的ASFV微滴数字PCR(Droplet digital PCR,dd PCR)检测方法。【方法】针对ASFV K205R基因设计一对特异性引物和Taq Man探针,通过反应条件优化,建立了ASFV实时荧光定量PCR(q PCR)和dd PCR检测方法;并对两种方法的线性关系、灵敏性、特异性和重复性进行了评估,利用建立的ASFV检测方法对163份国内和进境的组织样本及血清样本进行检测,血清样本经商品化ASFV ELISA试剂盒复检,评估不同方法检测结果的符合率。【结果】建立的ASFV q PCR和dd PCR检测方法线性关系较好(R2≥0.998),dd PCR的最低检测限度可达到0.36拷贝,在20μL反应体系中约为10拷贝/反应,检测灵敏度是q PCR的10倍。ASFV dd PCR检测方法具有很高的特异性和重复性,不与其他猪常见病毒发生交叉反应。【结论】该方法灵敏度高、特异性强,可作为一种有效的分子生物学方法来诊断ASFV,为防止该病传入我国以及ASFV的实时监测提供新的技术储备,同时促进dd PCR技术在我国的发展和应用。 展开更多
关键词 微滴数字pcr 实时荧光定量pcr 非洲猪瘟病毒 诊断调查
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PMA结合ddPCR检测食品中金黄色葡萄球菌的研究 被引量:16
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作者 赵丽青 王静 +4 位作者 秦燕 贾俊涛 姜英辉 唐静 张健 《微生物学杂志》 CAS CSCD 2017年第1期105-109,共5页
研究了将叠氮溴化丙锭(PMA)与微滴式数字PCR(ddPCR)技术相结合,用于金黄色葡萄球菌活菌的检测。结果表明,强烈光照15 min,可以使PMA与死菌DNA共价交联,同时钝化游离的PMA;可以有效抑制金黄色葡萄球菌死菌DNAPCR扩增的PMA终浓度为2.0μg/... 研究了将叠氮溴化丙锭(PMA)与微滴式数字PCR(ddPCR)技术相结合,用于金黄色葡萄球菌活菌的检测。结果表明,强烈光照15 min,可以使PMA与死菌DNA共价交联,同时钝化游离的PMA;可以有效抑制金黄色葡萄球菌死菌DNAPCR扩增的PMA终浓度为2.0μg/m L;不抑制活菌DNA扩增的PMA最高浓度是5.0μg/m L。在不同死、活菌比例下,PMA-ddPCR可以定量检测活菌,避免了死菌DNA的干扰,本方法的检出限为10 copy/20μL。利用PMA-ddPCR检测人工污染鸡肉样品,最低可检出102cfu/m L的金黄色葡萄球菌。表明PMA-ddPCR方法的灵敏度高。 展开更多
关键词 叠氮溴化丙锭 微滴式数字pcr 金黄色葡萄球菌
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抗草甘膦转基因玉米外源基因ddPCR拷贝数分析 被引量:3
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作者 余桂容 张维 +3 位作者 杜文平 宋军 陈谦 徐利远 《西南农业学报》 CSCD 北大核心 2017年第8期1707-1712,共6页
【目的】本研究是从前期获得的100余份转基因抗除草剂草甘膦玉米品系中,挑选T抗-1等14个转基因玉米品系进行拷贝数检测。【方法】采用一种新型的拷贝数分析方法——微滴数字PCR技术(droplet digital PCR,简称dd PCR),设计特异引物对外... 【目的】本研究是从前期获得的100余份转基因抗除草剂草甘膦玉米品系中,挑选T抗-1等14个转基因玉米品系进行拷贝数检测。【方法】采用一种新型的拷贝数分析方法——微滴数字PCR技术(droplet digital PCR,简称dd PCR),设计特异引物对外源抗草甘膦基因2m G2-epsps进行绝对定量分析。【结果】供试的14份转基因材料中10份是单拷贝品系。同时,通过引物探针特异性试验、叶片基因组DNA的PCR抑制和浓度检测、转基因玉米的外源基因2m G2-epsps的实时PCR检测和基因组DNA的酶切等系列研究,建立稳定的转基因玉米拷贝数分析的dd PCR检测体系。【结论】微滴数字PCR技术为这批转基因玉米的下一步转基因生物安全评价提供了重要参数,同时建立了转基因玉米(genetically modified maize)外源基因拷贝数dd PCR分析方法。 展开更多
关键词 转基因玉米 草甘膦抗性 外源基因 拷贝数 微滴数字pcr(ddpcr)
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数字PCR技术在动物疫病检测中的应用 被引量:2
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作者 孟晓琴 赵淑娟 张晓霞 《中兽医医药杂志》 2025年第2期54-59,共6页
近年来,随着纳米技术和微流体技术的进步,数字PCR(dPCR)技术逐渐突破瓶颈,展现出快速发展的趋势。dPCR通过将反应体系分割为数万个微小独立反应单元,实现核酸模板的绝对定量分析,具有无需标准曲线、对抑制剂耐受性高、灵敏度高、特异性... 近年来,随着纳米技术和微流体技术的进步,数字PCR(dPCR)技术逐渐突破瓶颈,展现出快速发展的趋势。dPCR通过将反应体系分割为数万个微小独立反应单元,实现核酸模板的绝对定量分析,具有无需标准曲线、对抑制剂耐受性高、灵敏度高、特异性强、重复性好等显著优势。目前,dPCR在猪、牛、羊、禽等动物疫病检测中展现出应用潜力,能够检测早期感染或混合感染,支持流行病学研究,监测治疗效果,并实现病原体核酸浓度的绝对定量分析。然而,与qPCR相比,dPCR在寄生虫病检测中的灵敏度和准确性有待进一步提高。另外,高成本也在一定程度上限制了dPCR技术的大规模推广应用。随着技术的进一步发展和检测成本的降低,dPCR有望在临床诊断、流行病学研究和无症状携带病原动物的识别等领域发挥更重要的作用。 展开更多
关键词 数字pcr技术 动物疫病诊断 定量检测
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数字PCR技术对HEK293细胞系基因组DNA的定量 被引量:1
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作者 毕华 问芬芬 +5 位作者 陶磊 魏玲慧 杨靖清 卢宁 秦玺 梁成罡 《中国生物制品学杂志》 2025年第2期190-196,203,共8页
目的通过微流体芯片式数字PCR技术对HEK293细胞基因组DNA进行定量研究,为更加准确地定量基因以及基因组DNA相关检测提供新思路。方法首先通过柱提法获得HEK293细胞DNA,经琼脂糖凝胶电泳进行鉴定及纯度分析,再采用传统分光光度法、Qubit... 目的通过微流体芯片式数字PCR技术对HEK293细胞基因组DNA进行定量研究,为更加准确地定量基因以及基因组DNA相关检测提供新思路。方法首先通过柱提法获得HEK293细胞DNA,经琼脂糖凝胶电泳进行鉴定及纯度分析,再采用传统分光光度法、Qubit法和微流体芯片式数字PCR技术分别对HEK293细胞基因组DNA进行定量并进行统计分析。结果分光光度法测定HEK293细胞基因组DNA浓度为100.08 ng/μL,Qubit法测定值为93.98 ng/μL,数字PCR法检测拷贝数为29722.81 copies/μL,按照1个人类单拷贝基因组约3.3 pg粗略回算,分光光度和Qubit法换算的拷贝数分别约为30327和28479 copies/μL,数字PCR法测定值与分光光度法测定值的偏差仅为2%,而与Qubit法测定值的偏差仅为4%。结论本研究通过数字PCR、分光光度和Qubit法对HEK293细胞基因组进行DNA测定并比较,为DNA的定量提供了一种新的测定方法及思路,同时也为其他核酸类物质的定量提供了参考。 展开更多
关键词 HEK293细胞 数字pcr 宿主DNA DNA定量
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炭疽芽孢杆菌微滴式数字PCR定量检测方法的建立 被引量:2
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作者 张炜煜 张立夫 +4 位作者 聂丹丹 王艳秋 姚佳彤 赵逸 王岙 《中国实验诊断学》 2025年第1期67-73,共7页
目的建立炭疽芽孢杆菌的微滴式数字聚合酶链式反应(Droplet digital PCR,ddPCR)方法对炭疽芽孢杆菌实验室活动污染的定量评估提供技术支持。方法以炭疽芽孢杆菌pXO1质粒编码保护性抗原pagA基因为靶序列,优化微滴数字PCR方法的反应条件,... 目的建立炭疽芽孢杆菌的微滴式数字聚合酶链式反应(Droplet digital PCR,ddPCR)方法对炭疽芽孢杆菌实验室活动污染的定量评估提供技术支持。方法以炭疽芽孢杆菌pXO1质粒编码保护性抗原pagA基因为靶序列,优化微滴数字PCR方法的反应条件,建立实验室微环境中炭疽芽孢杆菌核酸定量方法;对比微滴式数字PCR方法和平板计数法的定量评估效果,分析ddPCR的灵敏性、特异性和重复性。结果建立的ddPCR方法最佳引物和探针终浓度分别为900nmol·L^(-1)和250nmol·L^(-1),最佳退火温度为60℃,最佳升降温速度为1℃/s,本方法的最低检测下限为1.12copies·μL^(-1),未发现与常见疫病存在交叉反应,重复性试验的变异系数小于5%。结论本研究中建立的炭疽芽孢杆菌的微滴数字PCR方法敏感性高、特异性强、重复性好,为疫情监测、流行病学调查和实验室污染微环境检测提供重要技术。 展开更多
关键词 炭疽芽孢杆菌 微滴式数字pcr 平板计数 定量评估 核酸检测
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基于ddPCR技术分析EB病毒载量特征及与qPCR技术的比较研究 被引量:13
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作者 王心仪 周娟 +1 位作者 刘颖 应斌武 《国际检验医学杂志》 CAS 2020年第4期431-434,439,共5页
目的解决临床工作中应用实时荧光定量PCR(qPCR)方法检测EB病毒(EBV)载量与临床诊断不符的问题,探讨微滴式数字PCR(ddPCR)和qPCR方法检测EBV载量的能力并为临床提供可能的解决方案。方法收集510例疑似EBV感染相关疾病患者血浆标本,采用dd... 目的解决临床工作中应用实时荧光定量PCR(qPCR)方法检测EB病毒(EBV)载量与临床诊断不符的问题,探讨微滴式数字PCR(ddPCR)和qPCR方法检测EBV载量的能力并为临床提供可能的解决方案。方法收集510例疑似EBV感染相关疾病患者血浆标本,采用ddPCR和qPCR两种方法测定同一血浆标本的EBV-DNA载量。结果 EBV感染人群中,EBV-DNA载量较其他地区低,载量中位数仅360copies/mL,其中初诊未治鼻咽癌患者中位病毒载量为4 590copies/mL,治疗后鼻咽癌患者中位病毒载量下降为430copies/mL,免疫力低下者中位病毒载量为130copies/mL,而淋巴瘤患者中位病毒载量为840copies/mL;qPCR检测EBV感染以400copies/mL为界值,高于400copies/mL时,ddPCR与qPCR的EBV-DNA测定水平值呈中度相关(r=0.533,P<0.05),低于400copies/mL时,ddPCR与qPCR的EBV-DNA测定水平值呈弱相关(r=0.299 5,P<0.05);以ddPCR为标准,qPCR检测EBV-DNA的灵敏度仅为0.317,以ddPCR检测结果为标准,构建qPCR的受试者工作特征曲线下面积为0.871,此时临界值(qPCR)为10copies/mL,灵敏度为0.824,特异度为0.780。结论采用ddPCR方法或优化qPCR的临界值去检测EBV-DNA载量更能为临床诊断EBV感染提供有利支持。 展开更多
关键词 EB病毒载量特征 实时荧光定量pcr 微滴式数字pcr
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转基因耐除草剂玉米LW2-1转化体特异性数字PCR检测方法的建立
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作者 龙丽坤 杨帆 +6 位作者 闫伟 何禹璇 赵宁 邢珍娟 董立明 马月 李飞武 《玉米科学》 北大核心 2025年第11期28-36,共9页
基于微滴式数字PCR平台,开发一种针对转基因玉米LW2-1转化体的二重微滴式数字PCR定量检测方法。通过设计针对LW2-1特异性插入片段序列的引物和探针,优化其工作浓度和退火温度,建立了最佳反应条件;对方法的特异性、动态线性范围、检测限... 基于微滴式数字PCR平台,开发一种针对转基因玉米LW2-1转化体的二重微滴式数字PCR定量检测方法。通过设计针对LW2-1特异性插入片段序列的引物和探针,优化其工作浓度和退火温度,建立了最佳反应条件;对方法的特异性、动态线性范围、检测限、定量限及重复性进行参数的验证。结果表明,该方法具有优良的特异性,线性范围覆盖20~40000拷贝的LW2-1基因组DNA,检测限低至10拷贝,定量限达到0.1%。在对不同含量转基因玉米LW2-1样品的ddPCR定量分析中,与实时荧光定量PCR相比,该方法表现出更高的灵敏度、稳定性和准确性,适用于无需依赖标准物质的精确转基因成分定量分析。 展开更多
关键词 转基因玉米 LW2-1 微滴式数字pcr 定量检测
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应用于dPCR的大视场荧光显微检测系统的设计 被引量:4
16
作者 王子程 郑继红 +2 位作者 万新军 孙刘杰 陈诚 《光学技术》 CAS CSCD 北大核心 2021年第1期1-5,22,共6页
数字聚合酶链式反应(dPCR)作为一种新的核酸检测技术,在生物医学等领域得到广泛的应用。为了进一步提升现有的dPCR检测系统的检测效率,设计了一套基于大视场荧光显微镜的dPCR检测系统,将照明系统与滤波模组设计于显微镜物空间,结合复眼... 数字聚合酶链式反应(dPCR)作为一种新的核酸检测技术,在生物医学等领域得到广泛的应用。为了进一步提升现有的dPCR检测系统的检测效率,设计了一套基于大视场荧光显微镜的dPCR检测系统,将照明系统与滤波模组设计于显微镜物空间,结合复眼照明系统实现大面积匀光照明,照明面积可达到32mm×22mm,照明均匀性达到80%以上,提出一种结合神经网络的培养皿计数检测方法,可以有效筛选出培养皿中已经蒸发的培养皿。整个系统从相机曝光到检测结束仅需要几秒钟时间,相比传统的图像拼接式检测方法,其检测效率得到了明显提高。 展开更多
关键词 数字pcr 照明设计 荧光显微镜 图像处理
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一种高通量dPCR荧光图像自适应增强算法 被引量:4
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作者 唐艳 孙刘杰 王文举 《包装工程》 CAS 北大核心 2019年第11期218-224,共7页
目的为了改善荧光图像背景光照不均匀和对比度低的问题,提出一种荧光图像自适应亮度校正和低对比度增强算法。方法根据光照成像原理,利用引导滤波提取出荧光图像的光照分量,通过改进的二维Gamma函数动态校正背景光照,利用Top-hat变换分... 目的为了改善荧光图像背景光照不均匀和对比度低的问题,提出一种荧光图像自适应亮度校正和低对比度增强算法。方法根据光照成像原理,利用引导滤波提取出荧光图像的光照分量,通过改进的二维Gamma函数动态校正背景光照,利用Top-hat变换分离出校正后的前景和背景,对前景进行自适应直方图均衡化,以实现荧光图像自适应增强的目的。结果对比传统算法,文中算法处理后的图像背景光照均匀,对比度增强效果明显,其中标准差平均提高了9.4倍,平均梯度平均提高了1.2倍,信息熵平均提高了0.2倍。结论文中算法可以改善高通量dPCR荧光图像背景光照不均匀性,提高图像对比度,突出图像中隐藏的细节,对其他荧光图像处理也具有参考价值。 展开更多
关键词 dpcr 荧光图像 亮度校正 对比度增强
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大视场dPCR芯片荧光检测系统的设计与优化 被引量:2
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作者 徐振超 张磬瀚 +2 位作者 郑继红 韦晓孝 万新军 《光学技术》 CAS CSCD 北大核心 2023年第4期502-507,共6页
数字PCR(dPCR)技术作为传统PCR技术的更新迭代,有着绝对定量的特点,在新冠病毒核酸序列检测、癌细胞探测等生物学领域有着巨大的潜力。现有的dPCR荧光检测系统在检测通量、检测速度以及成本之间难以做出合理的权衡。由于成像视野小、需... 数字PCR(dPCR)技术作为传统PCR技术的更新迭代,有着绝对定量的特点,在新冠病毒核酸序列检测、癌细胞探测等生物学领域有着巨大的潜力。现有的dPCR荧光检测系统在检测通量、检测速度以及成本之间难以做出合理的权衡。由于成像视野小、需多次图像拼接极大影响了dPCR荧光检测系统效率和时间。文章构建了一套采用大视场荧光显微设计的多通道dPCR检测系统实验平台,依托该实验平台,运用Zemax软件优化结构,改进显微成像物镜设计,能够实现直径18mm的全视场范围FAM、HEX、ROX三种荧光通道分辨率在6μm的多通道成像。采用随机霍夫变换算法(RHT)图像处理分析方法,对常规均匀“圆孔”和新型“雪花”、“树枝”等非均匀结构的微流控荧光芯片,均能实现高效检测,得到清晰、稳定的荧光图像。 展开更多
关键词 应用光学 数字pcr 光学设计 荧光显微镜 微流控芯片
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ddPCR检测NSCLC患者血液EGFR基因突变准确性的Meta分析 被引量:4
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作者 袁世洋 彭赖水 +1 位作者 谢军平 邹叶青 《中国肿瘤》 CAS CSCD 北大核心 2019年第6期461-469,共9页
[目的]系统评价ddPCR法检测NSCLC患者血液EGFR基因突变的准确性。[方法]检索PubMed、Embase、Web of Science、the Cochrance Libarary、CNKI、万方、维普等数据库,搜集国内外公开发表的有关ddPCR检测NSCLC血液EGFR基因突变的诊断性研究... [目的]系统评价ddPCR法检测NSCLC患者血液EGFR基因突变的准确性。[方法]检索PubMed、Embase、Web of Science、the Cochrance Libarary、CNKI、万方、维普等数据库,搜集国内外公开发表的有关ddPCR检测NSCLC血液EGFR基因突变的诊断性研究,检索时限从建库到2018年9月。由2名评价员按纳入、排除标准独立进行文献筛选、提取资料,并评价纳入文献的偏倚风险,采用Review Manager 5.3软件和Meta-disc 14软件进行Meta分析。[结果]最终纳入10项诊断性研究,共计915例NSCLC患者。Meta分析结果显示,ddPCR对NSCLC血液EGFR T790M、19-del+L858R、19-del、L858R检测的平均灵敏度分别为0.71(0.59~0.81)、0.67 (0.61~0.73)、0.71 (0.64~0.77)和0.71 (0.63~0.78);此外,平均特异性分别为0.79(0.66~0.89)、0.95 (0.92~0.97)、0.99 (0.98~1.00)和0.99 (0.97~1.00)。[结论] ddPCR法检测NSCLC患者血液EGFR基因突变具有较高的灵敏度和特异性,可作为肿瘤组织缺失时的替代检测方法。 展开更多
关键词 肺肿瘤 微滴数字pcr 表皮生长因子受体 META分析
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Super-ARMS PCR和ddPCR检测晚期肺腺癌患者血浆循环肿瘤DNA EGFR基因T790M突变的临床价值研究 被引量:1
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作者 许万星 王琳 +2 位作者 郭巧梅 黄霞 娄加陶 《国际检验医学杂志》 CAS 2021年第7期828-831,共4页
目的探讨超级扩增阻滞突变系统PCR(Super-ARMS PCR)和微滴式数字PCR(ddPCR)检测晚期肺腺癌患者经表皮生长因子受体抑制剂(EGFR-TKI)治疗后血浆循环肿瘤DNA(ctDNA)表皮生长因子受体(EGFR)基因T790M突变情况和应用价值。方法经EGFR-TKI治... 目的探讨超级扩增阻滞突变系统PCR(Super-ARMS PCR)和微滴式数字PCR(ddPCR)检测晚期肺腺癌患者经表皮生长因子受体抑制剂(EGFR-TKI)治疗后血浆循环肿瘤DNA(ctDNA)表皮生长因子受体(EGFR)基因T790M突变情况和应用价值。方法经EGFR-TKI治疗后耐药的124例患者分别应用Super-ARMS PCR法和ddPCR法检测T790M突变情况,比较2种方法检出率,用药时间及突变丰度的相关性。结果2种方法共检出51例T790M突变,诊断结果一致性较好,Kappa=0.756;2种方法阳性符合率为74.00%,阴性符合率98.65%,总符合率88.71%。用药超过12个月的患者采用Super-ARMS PCR法检测T790M突变的检出率高于用药小于12个月的患者(P<0.05)。ddPCR法检测突变丰度为0.01%~68.10%。结论2种方法在晚期肺腺癌患者经EGFR-TKI治疗后T790M突变检测中具有较高的一致性,ddPCR法灵敏度更高且可以提供突变丰度的信息。 展开更多
关键词 微滴式数字pcr 超级扩增阻滞突变系统pcr 表皮生长因子受体抑制剂
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