目的为了实现高通量dPCR基因芯片荧光图像的亮点分类与计数,提出一种基于支持向量机(SVM)的荧光图像分类与计数方法。方法首先对荧光图像进行去噪、对比度增强等图像预处理,对预处理后荧光图像进行亮点区域提取标注,去除背景与暗点的冗...目的为了实现高通量dPCR基因芯片荧光图像的亮点分类与计数,提出一种基于支持向量机(SVM)的荧光图像分类与计数方法。方法首先对荧光图像进行去噪、对比度增强等图像预处理,对预处理后荧光图像进行亮点区域提取标注,去除背景与暗点的冗余信息,利用方向梯度直方图(Histogram of Oriented Gradient,HOG)提取鉴别特征,计算合并所有样本的亮点特征得到HOG特征向量,根据已得到的HOG特征向量创建一个线性SVM分类器,利用训练好的SVM分类器对荧光图像亮点进行分类与计数。结果对比传统算法,文中算法具有较高的分类识别精度,平均准确率高达98%以上,可以很好地实现荧光图像亮点分类与计数。结论在有限的小样本标注数据下,文中算法具有良好的分类性能,能够有效识别荧光图像中的亮点,对其他荧光图像分类研究也具有一定参考价值。展开更多
单核苷酸多态性相关的拷贝数变异(copy number variant, CNV)在体外诊断和精准治疗中占据着重要地位,而其常用的荧光原位杂交技术(fluorescence in situ hybridization, FISH)无法区分具有单核苷酸差异的CNV。本研究利用交叉活性探针定...单核苷酸多态性相关的拷贝数变异(copy number variant, CNV)在体外诊断和精准治疗中占据着重要地位,而其常用的荧光原位杂交技术(fluorescence in situ hybridization, FISH)无法区分具有单核苷酸差异的CNV。本研究利用交叉活性探针定性与定量检测具有单核苷酸差异的拷贝数变异(copy number variant, CNV)。rs76711854所在以及下游9 514 bp长度片段通过PCR方法扩增获得,其基因型通过一代测序确认。此SNP的定性与定量分别通过探针法的定量PCR和数字PCR方法检测。rs76711854所在的CNV在针对G基因型探针出现分层,并在针对GA不同基因型的探针中均表现出A/G比例2:1。检测长度超过其下游9 kb以及更长的92 kb和203 kb的DNA片段,发现此CNV存在于前列腺癌细胞系DU145中,而子宫内膜癌细胞系中此203 kb范围拷贝数一致。本研究开发出以rs76711854位点的G/A片段为例,通过不同通道交叉定量检测的CNV方法,并推断DU145细胞的此处为多拷贝。展开更多
文摘目的为了实现高通量dPCR基因芯片荧光图像的亮点分类与计数,提出一种基于支持向量机(SVM)的荧光图像分类与计数方法。方法首先对荧光图像进行去噪、对比度增强等图像预处理,对预处理后荧光图像进行亮点区域提取标注,去除背景与暗点的冗余信息,利用方向梯度直方图(Histogram of Oriented Gradient,HOG)提取鉴别特征,计算合并所有样本的亮点特征得到HOG特征向量,根据已得到的HOG特征向量创建一个线性SVM分类器,利用训练好的SVM分类器对荧光图像亮点进行分类与计数。结果对比传统算法,文中算法具有较高的分类识别精度,平均准确率高达98%以上,可以很好地实现荧光图像亮点分类与计数。结论在有限的小样本标注数据下,文中算法具有良好的分类性能,能够有效识别荧光图像中的亮点,对其他荧光图像分类研究也具有一定参考价值。
