目的建立不同生态型天麻Gastrodia elata叶绿体SSR(chloroplast SSR,cp SSR)分子标记鉴定方法,为天麻分子标记辅助育种提供理论依据。方法利用天麻叶绿体基因组序列获取cpSSR位点,分析比较位点特征并筛选多态性cpSSR,通过聚类分析、主...目的建立不同生态型天麻Gastrodia elata叶绿体SSR(chloroplast SSR,cp SSR)分子标记鉴定方法,为天麻分子标记辅助育种提供理论依据。方法利用天麻叶绿体基因组序列获取cpSSR位点,分析比较位点特征并筛选多态性cpSSR,通过聚类分析、主成分分析和遗传结构分析对不同生态型天麻遗传多样性进行分析与鉴定。结果天麻叶绿体基因组中筛选到166个cp SSR位点,其中单核苷酸为主要类型,A/T重复基序占比最高。筛选得到6对cpSSR,共扩增出18个条带,等位基因平均数(number of allele,Na)、有效等位基因数目(effective number of alleles,Ne)、Shannon多样性指数(Shannon index,I)、多态性信息含量指数(polymorphism information content,PIC)分别为3、2.0845、0.5110、0.5110,表明cp SSR多态性较高。通过聚类分析、主成分分析和遗传结构分析均可将不同生态型天麻分为2个类群,其中乌天麻、绿天麻和血红天麻为一类,红天麻和黄天麻为一类。进一步根据CH15和CH202对cpSSR的电泳特异性条带,可以将血红天麻、乌天麻、绿天麻、红天麻和黄天麻进行准确的鉴定。结论利用CH15和CH20两对cpSSR鉴定不同生态型天麻具有效率高、适应性广的优点,对天麻种质鉴定具有重要意义。展开更多
文摘目的建立不同生态型天麻Gastrodia elata叶绿体SSR(chloroplast SSR,cp SSR)分子标记鉴定方法,为天麻分子标记辅助育种提供理论依据。方法利用天麻叶绿体基因组序列获取cpSSR位点,分析比较位点特征并筛选多态性cpSSR,通过聚类分析、主成分分析和遗传结构分析对不同生态型天麻遗传多样性进行分析与鉴定。结果天麻叶绿体基因组中筛选到166个cp SSR位点,其中单核苷酸为主要类型,A/T重复基序占比最高。筛选得到6对cpSSR,共扩增出18个条带,等位基因平均数(number of allele,Na)、有效等位基因数目(effective number of alleles,Ne)、Shannon多样性指数(Shannon index,I)、多态性信息含量指数(polymorphism information content,PIC)分别为3、2.0845、0.5110、0.5110,表明cp SSR多态性较高。通过聚类分析、主成分分析和遗传结构分析均可将不同生态型天麻分为2个类群,其中乌天麻、绿天麻和血红天麻为一类,红天麻和黄天麻为一类。进一步根据CH15和CH202对cpSSR的电泳特异性条带,可以将血红天麻、乌天麻、绿天麻、红天麻和黄天麻进行准确的鉴定。结论利用CH15和CH20两对cpSSR鉴定不同生态型天麻具有效率高、适应性广的优点,对天麻种质鉴定具有重要意义。
