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陕西省榆林地区鸡异刺线虫的流行情况调查及其核糖体ITS区、线粒体cox1基因的序列分析 被引量:1
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作者 郑星星 李中波 尹会方 《黑龙江畜牧兽医》 北大核心 2025年第3期84-92,101,共10页
为了解陕西省榆林地区鸡异刺线虫的流行情况及其核糖体ITS区、线粒体cox1基因序列进化特征,试验于2022年4—10月份采集榆林市榆阳区、横山区、佳县、米脂县、靖边县、定边县和神木县7个区(县)养鸡场的新鲜鸡粪样本536份(笼养鸡和放养鸡... 为了解陕西省榆林地区鸡异刺线虫的流行情况及其核糖体ITS区、线粒体cox1基因序列进化特征,试验于2022年4—10月份采集榆林市榆阳区、横山区、佳县、米脂县、靖边县、定边县和神木县7个区(县)养鸡场的新鲜鸡粪样本536份(笼养鸡和放养鸡粪便各268份),采用饱和盐水漂浮法富集虫卵,并通过形态学检测鸡异刺线虫虫卵,统计不同区(县)笼养鸡和放养鸡粪便鸡异刺线虫阳性样本数量和阳性率;每个区(县)随机挑选出5只粪检呈鸡异刺线虫阳性的放养鸡(编号为YLHG1~YLHG35),取盲肠内容物提取基因组DNA后对鸡异刺线虫核糖体ITS区、线粒体cox1基因进行PCR扩增与测序,分析核糖体ITS区、线粒体cox1基因序列的碱基组成与遗传差异性,并分别基于鸡异刺线虫核糖体ITS区、线粒体cox1基因构建系统发育树以分析榆林地区鸡异刺线虫的系统发育关系。结果表明:检测到的鸡异刺线虫虫卵外观整体呈淡灰褐色、长椭圆形、轮廓清晰,卵壳光滑且分为明显的内外两层,内含单个尚未分裂的胚细胞;536份新鲜鸡粪样本中共有300份样本检出鸡异刺线虫虫卵,总阳性率为55.97%。其中55份来自笼养鸡,阳性率为20.52%;245份来自放养鸡,阳性率为91.42%。榆林市7个区(县)鸡异刺线虫总阳性率由高到低依次为靖边县(64.10%)、定边县(63.41%)、神木县(57.89%)、佳县(55.81%)、米脂县(51.14%)、横山区(50.0%)、榆阳区(46.77%),笼养鸡阳性率由高到低依次为定边县(31.71%)、靖边县(30.77%)、神木县(23.68%)、佳县(18.60%)、米脂县(15.91%)、榆阳区(9.68%)、横山区(9.38%),放养鸡阳性率由高到低依次为靖边县(97.44%)、定边县(95.12%)、佳县(93.02%)、神木县(92.10%)、横山区(90.62%)、米脂县(86.36%)、榆阳区(83.87%)。PCR扩增出鸡异刺线虫的核糖体ITS区、线粒体cox1基因大小分别为969 bp和1325 bp。鸡异刺线虫核糖体ITS区基因序列碱基A、T、G、C含量百分比分别为24.6%~25.3%、30.5%~31.5%、24.6%~25.8%和18.6%~19.1%,其中A+T的含量为55.1%~56.8%,G+C的含量为43.2%~44.9%,呈现明显的AT偏好性;鸡异刺线虫线粒体cox1基因序列碱基A、T、G、C含量分别为23.4%~23.5%、42.9%~43.3%、21.2%~21.4%和11.9%~12.4%,其中A+T的含量为66.3%~66.8%,G+C的含量为33.1%~33.8%,呈现明显的AT偏好性。鸡异刺线虫核糖体ITS区基因序列种内差异为0~3.8%,种间差异为20.4%~31.0%;线粒体cox1基因序列种内差异为0~0.9%,种间差异为8.6%~14.6%。基于鸡异刺线虫核糖体ITS区基因构建的系统发育树分为3个分支(分支Ⅰ~Ⅲ)。分支Ⅰ由达荷美异刺线虫(JX845277)、泡状异刺线虫(LC389877)和等矛异刺线虫(KM212953)共同聚类而成;分支Ⅱ由贝拉异刺线虫(LC592733)与印度异刺线虫(LC592806)共同聚类而成;分支Ⅲ由本研究获得的35株鸡异刺线虫(YLHG1~YLHG35)与鸡异刺线虫虫株MPM(LC777441)、HJL10F(LC592784)、HHL19F(LC592776)共同聚类而成,其中鸡异刺线虫虫株YLHG1、MPM(LC777441)、YLHG32~YLHG35聚类成第1个小分支,虫株YLHG30与YLHG31聚类成第2个小分支,其余鸡异刺线虫虫株聚类成第3个小分支。基于鸡异刺线虫线粒体cox1基因构建的系统发育树分为2个分支(分支Ⅰ、Ⅱ)。分支Ⅰ由贝拉异刺线虫(KU529972)、印度异刺线虫(LC592869)与异形异刺线虫(MK024389)共同聚类而成,分支Ⅱ由本研究获得的35株鸡异刺线虫(YLHG1~YLHG35)与鸡异刺线虫虫株YA1(KP308308)、XC1(KP308317)、MY1(KP308325)共同聚类而成。说明陕西省榆林地区鸡群感染鸡异刺线虫情况较为普遍,且7个区(县)鸡群感染的虫株之间存在一定程度的遗传差异性。 展开更多
关键词 鸡异刺线虫 核糖体ITS区基因 线粒体cox1基因 序列特征 基因变异 遗传多样性 系统发育关系
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基于D-loop区和cox1基因序列的江西9个地区草鱼养殖群体遗传多样性分析 被引量:1
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作者 侯佳浩 刘文玉 +7 位作者 吴春林 张明辉 李琳洁 王子予 黄培荧 范洪祥 简少卿 赵大显 《南昌大学学报(理科版)》 2025年第2期198-207,共10页
为评估江西省草鱼(Ctenopharyngodon idellus)养殖群体的种质资源现状,本研究采用线粒体D-loop区(309 bp)与细胞色素C氧化酶I(cox1)基因(527 bp)部分序列,对江西省9个草鱼繁育场(新干XG、吉安JA、峡江XJ、大余DY、宁都ND、瑞昌RC、上栗S... 为评估江西省草鱼(Ctenopharyngodon idellus)养殖群体的种质资源现状,本研究采用线粒体D-loop区(309 bp)与细胞色素C氧化酶I(cox1)基因(527 bp)部分序列,对江西省9个草鱼繁育场(新干XG、吉安JA、峡江XJ、大余DY、宁都ND、瑞昌RC、上栗SL、万载WZ、南昌NC)草鱼养殖群体进行遗传多样性分析。结果显示:D-loop区检测到225个多态性位点,分离出27个单倍型;cox1基因检测到73个多态性位点,分离出9个单倍型。两个标记的遗传多样性参数均处于较低水平:D-loop区单倍型多样性(Hd)0.067~0.515,核苷酸多样性(π)0.00012~0.03138,cox1基因Hd=0~0.331,π=0~0.00797。群体结构分析表明,群体间发生了不同程度的分化。遗传分化系数:D-loop区0~0.04783、cox1基因0~0.18190。分子方差分析(AMOVA)表明遗传变异主要源于群体内(D-loop区98.82%,cox1基因97.87%)。单倍型网络图与邻接法系统发育树均未呈现地理聚类特征,表明江西9个地区草鱼养殖群体遗传多样性较低,群体间分化匮乏。本研究中9个地区草鱼养殖群体遗传多样性背景,可以为江西草鱼种质资源保护与利用提供参考依据。 展开更多
关键词 草鱼 D-LOOP区 cox1基因 遗传多样性
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基于COX1和ITS-2基因的市售猫犬的肝吸虫感染调查分析
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作者 黄玉碧 蒋智华 +4 位作者 唐雯茜 韦尧宝 吕国丽 胡莉萍 方钟燎 《医学动物防制》 2025年第8期778-783,共6页
目的探索广西壮族自治区市售猫犬感染的肝吸虫虫种及其遗传进化特征,进一步了解广西壮族自治区肝吸虫分子流行情况,为肝吸虫病的防控提供科学依据。方法2022年12月至2024年1月从广西壮族自治区不同方位收集猫、犬的肝脏,收集肝吸虫成虫... 目的探索广西壮族自治区市售猫犬感染的肝吸虫虫种及其遗传进化特征,进一步了解广西壮族自治区肝吸虫分子流行情况,为肝吸虫病的防控提供科学依据。方法2022年12月至2024年1月从广西壮族自治区不同方位收集猫、犬的肝脏,收集肝吸虫成虫样本,提取成虫DNA,PCR扩增COX1基因和ITS-2基因并测序。采用BioEdit测序结果进行分析,与GenBanK数据库基因比对,采用最大似然法构建基于COX1和ITS-2基因序列的系统进化树。结果不同县市共收集44份狗肝样本,55份猫肝样本,狗肝未发现肝吸虫感染,猫肝肝吸虫成虫感染率为23.6%。COX1和ITS-2基因的PCR扩增产物长度分别约为328bp和366bp。基于COX1和ITS-2基因序列构建系统进化树,结果显示,这些序列均与华支睾吸虫聚为一支,基于COX1基因序列构建的进化树显示,其与越南、广西壮族自治区、广东省分离株的亲缘关系较近,基于ITS-2基因序列构建的进化树与越南分离株和广西壮族自治区南宁市分离株亲缘关系较近。结论广西壮族自治区猫间所流行的肝吸虫虫种为华支睾吸虫,在人群华支睾吸虫感染率低的地区也有华支睾吸虫感染,其基因序列主要与越南分离株亲缘关系较近。 展开更多
关键词 华支睾吸虫 保虫宿主 PCR cox1基因 ITS-2基因 调查 分析
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基于mt Cytb、COX1与D⁃Loop基因的骨唇黄河鱼遗传多样性与系统发育分析
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作者 刘珏巧 王廷宽 +5 位作者 张明盩 刘哲 权金强 张佳慧 邓倩 卢军浩 《甘肃农业大学学报》 北大核心 2025年第5期24-37,共14页
【目的】掌握骨唇黄河鱼(Chuanchia labiosa)其野生种质资源现状,了解其系统发育关系和进化状况。【方法】对野外采样的106尾骨唇黄河鱼进行mt DNA Cytb,COX1和D-Loop基因多样性对比。【结果】结果表明9个裂腹鱼亚科群体系统发育进化树... 【目的】掌握骨唇黄河鱼(Chuanchia labiosa)其野生种质资源现状,了解其系统发育关系和进化状况。【方法】对野外采样的106尾骨唇黄河鱼进行mt DNA Cytb,COX1和D-Loop基因多样性对比。【结果】结果表明9个裂腹鱼亚科群体系统发育进化树分为3大支,Network与系统发育树结果基本一致。骨唇黄河鱼Tajima’sD和Fu’sFs检验及错配分布分析均表明其经历过种群扩张,不同种群分离的时间可能与青藏高原地质运动有关。【结论】骨唇黄河鱼的遗传多样性相对较低,呈高单倍型多样度和低核苷酸多样度的特点。 展开更多
关键词 遗传多样性 骨唇黄河鱼 CYTB基因 cox1基因 D-Loop基因
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北京警用犬眼结膜吸吮线虫的分离鉴定与cox1基因序列分析
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作者 易婷婷 马文宇 +7 位作者 赵子涵 范梦雨 张攀 戈欣媛 陈晓晓 杜孟泽 李秋明 尹德琦 《北京农学院学报》 2025年第3期34-38,共5页
【目的】旨在找寻犬结膜吸吮线虫病的诊断和干预方法。【方法】采集4只感染犬的眼线虫样本进行形态学观察,对其线粒体cox1基因进行PCR扩增和测序,并构建系统发育树。【结果】通过形态学观察可初步判定符合结膜吸吮线虫形态学特征;cox1... 【目的】旨在找寻犬结膜吸吮线虫病的诊断和干预方法。【方法】采集4只感染犬的眼线虫样本进行形态学观察,对其线粒体cox1基因进行PCR扩增和测序,并构建系统发育树。【结果】通过形态学观察可初步判定符合结膜吸吮线虫形态学特征;cox1基因序列扩增长度均为663 bp,各虫株之间序列相似度为96.5%~99.1%,未发现明显遗传变异;4只犬分离到的虫体与结膜吸吮线虫位于同一大分支,且与河南、陕西等地区的虫株亲缘关系较近,而与湖北、安徽等地区的虫株亲缘关系则相对较远,存在地区遗传差异。【结论】研究成功鉴定出感染4例犬的眼线虫为结膜吸吮线虫,这一发现为北京警用犬的眼线虫病的防控提供了数据支撑。 展开更多
关键词 结膜吸吮线虫 分离鉴定 cox1基因
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COX1基因多态性与血小板聚集功能在缺血性脑卒中复发患者中的交互作用 被引量:1
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作者 刘星亮 范磊 +1 位作者 娄展 宋征宇 《中风与神经疾病杂志》 CAS 2024年第6期555-559,共5页
目的 探讨COX1基因多态性与血小板聚集功能的交互作用对缺血性脑卒中复发患者的影响。方法 选择2020年7月—2023年7月缺血性脑卒中复发患者70例为观察组,另选择同期体检的70例健康者为对照组。比较两组的一般资料并分析COX1基因多态性... 目的 探讨COX1基因多态性与血小板聚集功能的交互作用对缺血性脑卒中复发患者的影响。方法 选择2020年7月—2023年7月缺血性脑卒中复发患者70例为观察组,另选择同期体检的70例健康者为对照组。比较两组的一般资料并分析COX1基因多态性。检测并比较两组患者COX1基因多态性位点基因型及等位基因频率分布。比较观察组不同基因型血小板聚集率水平及与缺血性脑卒中复发易感性的关系及交互作用。结果 两组的血小板计数、COX1、血小板聚集率差异具有统计学意义(P<0.05)。两组COX1基因(rs1330344位点)CC基因频率、CT基因频率、TT基因频率及基因型C分布和基因型T分布差异具有统计学意义(P<0.05)。COX1(rs1330344位点)CC型基因携带者缺血性脑卒中复发的风险是未携带者的1.872倍。观察组COX1(rs1330344位点)基因型CC患者血小板聚集率>基因型CT患者>基因型TT患者(P<0.05),差异具有统计学意义。COX1(rs1330344位点)基因型与患者血小板聚集率显著相关。糖尿病史、高血压史、TG、HCY、COX1(rs1330344位点)基因型、血小板聚集率均为缺血性脑卒中复发的独立危险因素(P<0.05)。COX1(rs1330344位点)基因型CC与血小板聚集率在患者缺血性脑卒中复发易感性中呈正向交互作用(3.266<1.736×2.114,为次相乘模型)。结论 COX1(rs1330344位点)基因型CC和血小板聚集率在患者缺血性脑卒中复发易感性中呈正向交互作用且易感性显著增加,临床上可据此制定早期预防措施。 展开更多
关键词 cox1 基因多态性 血小板聚集 缺血性脑卒中复发
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基于线粒体COX1和ND1基因顺序的黄河上游大鼻吻鮈遗传多样性分析 被引量:3
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作者 杨立强 刘彦斌 +8 位作者 苟金明 王吉祥 刘凯 肖伟 王永杰 杨瑞兰 柳婷 刘哲 连总强 《淡水渔业》 CSCD 北大核心 2024年第2期58-66,共9页
为探究黄河上游大鼻吻鮈(Rhinogobio nasutus)群体遗传多样性和遗传分化现状,本研究以永宁、平罗、磴口3个不同地理群体145尾大鼻吻鮈为研究对象,利用线粒体DNA COX1和ND1基因序列进行了遗传多样性分析。结果显示:COX1和ND1基因序列长... 为探究黄河上游大鼻吻鮈(Rhinogobio nasutus)群体遗传多样性和遗传分化现状,本研究以永宁、平罗、磴口3个不同地理群体145尾大鼻吻鮈为研究对象,利用线粒体DNA COX1和ND1基因序列进行了遗传多样性分析。结果显示:COX1和ND1基因序列长度分别为1 466 bp、975 bp, A+T含量(57.25%,56.81%)均高于G+C(42.75%,43.19%)含量,具有明显的碱基组成偏向性;3个群体145尾样本中分别界定了11个和9个单倍型,均存在共享单倍型现象。在COX1和ND1基因序列中3个群体的平均单倍型多样性(Hd)、核苷酸多样性(π)及平均核苷酸差异(K)分别为0.745 3、0.001 3、1.841和0.364、0.000 48、0.472,3个群体遗传多样性呈现出磴口群体最高、平罗群体次之、永宁群体最小的特征。基于COX1和ND1的遗传变异分析(AMOVA),表明3个群体中遗传变异均主要来自群体内,且COX1基因序列中磴口群体与永宁群体之间存在显著性明显的遗传分化。基于线粒体COX1和ND1基因单倍型序列,采用邻近法(Neighbor Joining, NJ)构建系统进化树与单倍型网络结过具有一致性,表明3个群体之间无明显的谱系分化,结构比较单一,未发现形成单独分支的群体。中性检验结果显示,大鼻吻鮈进化历程符合中性进化假设,且可能存在群体扩张。因此,为了有效地保护大鼻吻鮈野生资源,建议将大鼻吻鮈从整体上进行就地保护。 展开更多
关键词 大鼻吻鮈(Rhinogobio nasutus) 黄河 cox1 ND1 遗传多样性
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西藏中部地区散养牦牛和绵羊细粒棘球绦虫cox1和nad1的多态性 被引量:1
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作者 陈欣怡 梁宏 +4 位作者 赤列旺姆 扎西旺杰 德吉玉珍 唐文强 赵海龙 《中国高原医学与生物学杂志》 CAS 2024年第2期107-114,共8页
目的分析西藏中部地区散养牦牛和绵羊细粒棘球绦虫cox1、nad1的基因多态性。方法采集西藏中部地区45份散养牦牛和绵羊细粒棘球蚴包囊,提取包囊生发层DNA,根据细粒棘球蚴线粒体cox1、nad1基因序列设计扩增的引物序列,用PCR技术扩增线粒体... 目的分析西藏中部地区散养牦牛和绵羊细粒棘球绦虫cox1、nad1的基因多态性。方法采集西藏中部地区45份散养牦牛和绵羊细粒棘球蚴包囊,提取包囊生发层DNA,根据细粒棘球蚴线粒体cox1、nad1基因序列设计扩增的引物序列,用PCR技术扩增线粒体cox1、nad1基因片段,将扩增产物做琼脂糖凝胶电泳并测序;利用MEGA11.0软件做cox1、nad1序列特征与同源性比对,并构建系统进化树;运用DnaSP 5.0软件计算序列单倍型数量(H),分析核苷酸多样性(Pi)、单倍体型多样性(Hd)特性;利用Network软件为cox1、nad1基因的所有单倍体构建单倍体网络图,判断西藏中部地区散养牦牛和绵羊的主要单倍型。结果(1)cox1、nad1序列长度分别为925、839bp。(2)在cox1序列中,A、T、G、C碱基的平均含量分别为32.6%、33.1%、17.4%、16.9%;而nad1序列中,A、T、G、C碱基的平均含量为19.5%、47.6%、25.5%、7.4%;同源性分析结果显示,cox1序列之间的同源性为99.6%~100.0%,nad1序列之间的同源性为98.1%~100.0%;西藏中部地区散养牦牛和绵羊细粒棘球绦虫基因型为G1、G3、G6。(3)cox1、nad1单倍型个数分别为19个、7个,Hd、Pi分别为0.89600、0.56000和0.36500、0.00060。(4)单倍型网络图显示,Hc-2、Hc-12、Hn-1为西藏中部地区散养牦牛和绵羊的主要单倍型。结论西藏中部地区散养牦牛和绵羊细粒棘球绦虫基因型为G1、G3、G6,G1是主要基因型。上述结论为探明西藏中部地区细粒棘球蚴的分型和病原体遗传演化的情况提供了参考依据。 展开更多
关键词 西藏 散养 牦牛 绵羊 细粒棘球绦虫 cox1 nad1 基因 多态性
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黑熊源蛔虫的分子鉴定及其线粒体pcox1、pnad5基因的系统发育分析
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作者 陈淞楠 邱启官 +4 位作者 阳朝伟 何善逵 李志康 李宁倩 刘伟 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期535-539,共5页
为鉴定黑熊源蛔虫的种类及分析其系统的发育特征,本实验对长沙生态动物园黑熊肠道内分离的6株蛔虫采用PCR扩增其线粒体部分cox1基因(pcox1)和部分nad5基因(pnad5)并测序,采用DNAStar 5.0软件分析这两种基因与GenBank中不同蛔虫相应基因... 为鉴定黑熊源蛔虫的种类及分析其系统的发育特征,本实验对长沙生态动物园黑熊肠道内分离的6株蛔虫采用PCR扩增其线粒体部分cox1基因(pcox1)和部分nad5基因(pnad5)并测序,采用DNAStar 5.0软件分析这两种基因与GenBank中不同蛔虫相应基因序列的同源性;利用Dna SP 5.0软件分析pcox1和pnad5基因的单倍型数量、核苷酸多样性以及序列之间的核苷酸差异;并采用MEGA7软件构建二者的进化树分析黑熊源蛔虫的遗传进化关系。PCR结果显示,6株黑熊源蛔虫pcox1、pnad5基因分别为408 bp和528 bp,两种基因序列之间的同源性分别为99.30%~100%和99.20~100%,与Gen Bank中转移贝蛔虫相应基因序列的同源性分别为96.80%~99.80%和95.10%~95.30%。DnaSP 5.0软件分析结果显示,黑熊源蛔虫pcox1基因共检测到5个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.933±0.015和0.00675,核苷酸差异平均值为2.733;pnad5基因共检测到6个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为1.000±0.00926和0.00756,平均核苷酸差异为4.000。基于pcox1和pnad5基因构建的系统进化树显示,6株黑熊源蛔虫均与转移贝蛔虫聚为同一分支;与贝氏西蛔虫聚为一大支,与其他蛔虫遗传距离较远。上述结果表明6株黑熊源蛔虫均为转移贝蛔虫,且他们的遗传变异程度均较低,pcox1基因和pnad5基因均可作为转移贝蛔虫分类鉴定的分子标记。本研究首次对黑熊源蛔虫进行分子鉴定并分析其的遗传进化关系,为转移贝蛔虫的分类鉴定以及野生黑熊蛔虫病的防治提供参考。 展开更多
关键词 黑熊源蛔虫 cox1 nad5 分子鉴定 系统发育分析
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基于线粒体cox1、nad1和rrn L基因探讨马圆线科线虫间的亲缘关系
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作者 张中怀 高远 +5 位作者 兰卓 邱阳元 邱鸿宇 安琪 高俊峰 王春仁 《黑龙江八一农垦大学学报》 2024年第1期34-40,共7页
为探讨马圆线科线虫(圆线亚科和盅口亚科)间的亲缘关系,对长伞杯冠线虫(Cylicostephanus longibursatum)、冠状冠环线虫(Coronocyclus coronatus)、细口杯环线虫(Cylicocyclus leptostomus)、拉氏杯口线虫(Poteriostomum ratzii)、麦氏... 为探讨马圆线科线虫(圆线亚科和盅口亚科)间的亲缘关系,对长伞杯冠线虫(Cylicostephanus longibursatum)、冠状冠环线虫(Coronocyclus coronatus)、细口杯环线虫(Cylicocyclus leptostomus)、拉氏杯口线虫(Poteriostomum ratzii)、麦氏副杯口线虫(Parapoteriostomum mettami)和无齿圆形线虫(Strongylus edentatus)6种线虫的线粒体cox1、nad1和rrnL基因进行扩增,与同科相关线虫进行比较分析。然后以线粒体cox1、nad1和rrnL串联序列为标记基因,采用贝叶斯法(Bayesian inference,BI)构建进化树来探讨圆线科线虫间的亲缘关系。结果显示,研究中6种线虫的cox1序列长度均为1578 bp,nad1的序列长度除无齿圆形线虫为879 bp外,其余均为873 bp,rrnL序列长度均不同,大小为959~980 bp。6种线虫的cox1、nad1和rrnL的AT含量分别为67.55%~69.71%、71.36%~73.83%和80.88%~82.59%。圆线科线虫间cox1、nad1和rrnL基因的相似性分别为83.4%~97.9%、79.0%~98.4%和78.8%~98.9%。值得注意的是,圆线亚科的三齿属线虫与盅口亚科的相似性总体要高于同亚科的圆线属。进化分析显示,三齿属并没有与同亚科的圆线属形成独立分支,而是与盅口亚科线虫聚集在一起。在盅口亚科分支中,并非每一属单独形成一独立分支,冠环属和杯冠属最为明显,为复系。基于马圆线虫线粒体cox1、nad1和rrnL的序列和进化分析表明,三齿属线虫与盅口亚科的关系较圆线亚科更近,支持三齿属应隶属于盅口亚科这一假说。 展开更多
关键词 马圆线虫 线粒体 cox1 nad1 rrnL 进化分析
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湖南省猬迭宫绦虫的线粒体cox1和nad1基因的序列测定及种系发育分析 被引量:16
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作者 刘自逵 刘国华 +4 位作者 戴荣四 刘伟 李芬 胡涛 刘毅 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第4期463-468,共6页
本研究旨在阐明猬迭宫绦虫湖南分离株线粒体细胞色素c氧化酶第I亚基(cox1)基因部分序列(pcox1)和烟酰胺腺嘌呤二核苷酸(NADH)脱氢酶亚单位l基因(nad1)部分序列(pnad1)的遗传变异情况,并用pcox1和pnad1序列重构猬迭宫绦虫与其它绦虫的种... 本研究旨在阐明猬迭宫绦虫湖南分离株线粒体细胞色素c氧化酶第I亚基(cox1)基因部分序列(pcox1)和烟酰胺腺嘌呤二核苷酸(NADH)脱氢酶亚单位l基因(nad1)部分序列(pnad1)的遗传变异情况,并用pcox1和pnad1序列重构猬迭宫绦虫与其它绦虫的种群遗传关系。利用聚合酶链反应(PCR)扩增猬迭宫绦虫的pcox1和pnad1,应用ClustalX1.81程序对序列进行比对,再用Phylip3.67程序MP法和Mage4.0程序NJ法绘制种系发育树,并用Puzzle5.2程序构建最大似然树,同时利用DNAStar5.0中的Megalign程序进行同源性分析。结果显示所获得各样品株的pcox1和pnad1序列长度一致,分别为396和566bp,湖南分离株与已知猬迭宫绦虫位于同一分枝。由于猬迭宫绦虫pcox1和pnad1序列种内相对保守,种间差异较大,故均可作为种间遗传变异研究的标记,从而为猬迭宫绦虫的种群体遗传学研究和其相关疾病的诊断奠定基础。 展开更多
关键词 猬迭宫绦虫 线粒体DNA cox1基因 nad1基因 种系发育关系
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湖南省鸡蛔虫线粒体cox1和nad1基因的序列测定及种系发育分析 被引量:16
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作者 伍慧兰 谭美英 +4 位作者 刘国华 李芬 徐平原 罗冬生 刘毅 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第12期1592-1597,共6页
本研究旨在阐明湖南省鸡蛔虫分离株线粒体细胞色素c氧化酶第I亚基(cox1)基因部分序列(pcox1)和烟酰胺腺嘌呤二核苷酸(NADH)脱氢酶亚单位l基因(nad1)部分序列(pnad1)的遗传变异情况,并用pcox1和pnad1序列构建鸡蛔虫与其它科蛔虫的种群遗... 本研究旨在阐明湖南省鸡蛔虫分离株线粒体细胞色素c氧化酶第I亚基(cox1)基因部分序列(pcox1)和烟酰胺腺嘌呤二核苷酸(NADH)脱氢酶亚单位l基因(nad1)部分序列(pnad1)的遗传变异情况,并用pcox1和pnad1序列构建鸡蛔虫与其它科蛔虫的种群遗传关系。作者应用聚合酶链反应(PCR)扩增鸡蛔虫虫株的pcox1和pnad1,应用ClustalX1.81程序对序列进行比对,然后用Phylip3.67程序MP法和Mega4.0程序NJ法绘制种系发育树,并用Puzzle5.2程序构建最大似然树。所获得的pcox1和pnad1序列长度均为394和408bp,种系发育树表明,20个分离株鸡蛔虫位于同一分枝。由于鸡蛔虫pcox1和pnad1序列种内相对保守,种间差异较大,故可作为种间遗传变异研究的标记。本研究系首次报道鸡蛔虫的pcox1和pnad1序列,从而为鸡蛔虫的分类鉴定以及进一步的分子流行病学调查和群体遗传研究奠定了基础。 展开更多
关键词 鸡蛔虫 线粒体DNA cox1基因 nad1基因 种系发育关系
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基于核糖体DNA ITS区和COX1基因鉴别华支睾吸虫囊蚴 被引量:14
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作者 杨庆利 申继清 +4 位作者 蒋智华 杨益超 李红梅 陈颖丹 周晓农 《中国寄生虫学与寄生虫病杂志》 CAS CSCD 北大核心 2014年第3期217-220,共4页
目的基于核糖体DNA ITS区和COX1基因,PCR鉴别鱼体内华支睾吸虫囊蚴。方法于2013年5月底采集广西横县某水库的麦穗鱼,用消化法从鱼肉组织中分离单个华支睾吸虫囊蚴及其他吸虫囊蚴;PCR检测华支睾吸虫核糖体DNA ITS区和COX1基因,并分析检... 目的基于核糖体DNA ITS区和COX1基因,PCR鉴别鱼体内华支睾吸虫囊蚴。方法于2013年5月底采集广西横县某水库的麦穗鱼,用消化法从鱼肉组织中分离单个华支睾吸虫囊蚴及其他吸虫囊蚴;PCR检测华支睾吸虫核糖体DNA ITS区和COX1基因,并分析检测的灵敏性和特异性。结果分离到不同发育阶段的华支睾吸虫囊蚴并经PCR检测证实。用针对核糖体DNA ITS区和COX1基因的PCR均能检测到单个华支睾吸虫囊蚴DNA,其特异性扩增条带大小分别为437/549、156/249和195/166 bp。用核糖体DNA ITS1和ITS2区的通用引物和特异性引物扩增华支睾吸虫囊蚴DNA的阳性数之比分别为0.905和0.952。针对COX1基因的特异性扩增均检测到目标DNA,并且扩增条带较亮。用该方法对其他吸虫囊蚴检测的对比试验显示特异性引物均未出现任何非特异性扩增反应;用ITS区通用引物检测其他吸虫囊蚴则显示出严重的非特异性扩增反应。结论通过形态观察结合PCR法识别出了不同发育阶段的华支睾吸虫囊蚴。用华支睾吸虫核糖体DNA ITS区的特异性引物进行PCR检测的灵敏性和特异性均优于相应通用引物。针对COX1基因的特异性PCR检测的灵敏性和特异性与核糖体DNA ITS区的检测结果相当。 展开更多
关键词 华支睾吸虫 囊蚴 ITS区 cox1基因 PCR
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我国片形吸虫(Fasciola)线粒体细胞色素c氧化酶亚基基因(cox1)部分序列的多态性 被引量:16
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作者 董世娟 黄维义 +4 位作者 林瑞庆 钱德兴 吴绍强 宋慧群 朱兴全 《中国兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第4期378-381,共4页
用33P对引物进行标记,对来自国内不同地区不同宿主的片形吸虫(Fasciola)的线粒体基因组细胞色素氧化酶亚基基因(pcox1)部分序列进行PCR扩增及DNA单链构象多态性(SSCP)分析,结果76个虫体均成功地扩增出约450bp的基因片段;SSCP分析显示,... 用33P对引物进行标记,对来自国内不同地区不同宿主的片形吸虫(Fasciola)的线粒体基因组细胞色素氧化酶亚基基因(pcox1)部分序列进行PCR扩增及DNA单链构象多态性(SSCP)分析,结果76个虫体均成功地扩增出约450bp的基因片段;SSCP分析显示,不同地区或同一地区的不同样品在pcox1的SSCP带型上存在多态性;代表性样品的测序结果表明,其碱基序列存在差异。试验结果显示,我国片形吸虫pcox1序列种内变异不明显,种间变异显著,表明cox1序列可以作为片形吸虫分类鉴定中一个可靠的遗传标记。 展开更多
关键词 片形吸虫 cox1 PCR-SSCP 多态性
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弓首蛔虫线粒体cox1基因的多态性研究 被引量:14
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作者 李明伟 林瑞庆 +4 位作者 邹丰才 宋慧群 曹湛 何芳 朱兴全 《中国兽医科技》 CAS CSCD 北大核心 2005年第5期386-390,共5页
应用PCR SSCP技术和DNA 序列分析对犬弓首蛔虫(Toxocara canis)线粒体DNA(mtDNA)中的细胞色素c氧化酶第I亚基(cox1)基因部分序列(pcox1)进行了分析研究,并与弓首属的猫弓首蛔虫、马来西亚弓首蛔虫、牛弓首蛔虫及弓蛔属的狮弓蛔虫进行了... 应用PCR SSCP技术和DNA 序列分析对犬弓首蛔虫(Toxocara canis)线粒体DNA(mtDNA)中的细胞色素c氧化酶第I亚基(cox1)基因部分序列(pcox1)进行了分析研究,并与弓首属的猫弓首蛔虫、马来西亚弓首蛔虫、牛弓首蛔虫及弓蛔属的狮弓蛔虫进行了种间比较。结果显示,犬弓首蛔虫种群内的pcox1 序列差异为2.72%,与马来西亚弓首蛔虫种群间的序列差异为11.38%,与猫弓首蛔虫种群间的序列差异为11. 20%,与牛弓首蛔虫种群间的序列差异为10.40%,与狮弓蛔虫种群间的序列差异为11.48%;马来西亚弓首蛔虫种群内的pcox1 序列差异为0.57%,与猫弓首蛔虫的序列差异为8.23%,与牛弓首蛔虫的序列差异为8.70%,与狮弓蛔虫的序列差异为10.60%。研究证实,犬弓首蛔虫不同地方虫株的pcox1 有一定差异,与同属其他种类及狮弓蛔虫的差异较大;马来西亚弓首蛔虫确为一独立种。 展开更多
关键词 弓首蛔虫 线粒体DNA cox1基因 PCR—SSCP
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基于线粒体cox1片段序列的胶州湾浮游动物DNA条形码分析 被引量:16
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作者 王敏晓 程方平 +1 位作者 李超伦 孙松 《海洋与湖沼》 CAS CSCD 北大核心 2011年第5期702-710,共9页
采用cox1基因特异扩增测序的方法,分析了胶州湾45种常见海洋动物的DNA条形码序列82条,联合GenBank中28条cox1序列的分析结果表明:种内个体间遗传差异均值为0.013(0—0.11);属内不同种间遗传差异均值为0.265(0.137—0.369),是种内遗传差... 采用cox1基因特异扩增测序的方法,分析了胶州湾45种常见海洋动物的DNA条形码序列82条,联合GenBank中28条cox1序列的分析结果表明:种内个体间遗传差异均值为0.013(0—0.11);属内不同种间遗传差异均值为0.265(0.137—0.369),是种内遗传差异的20多倍,条形码间隙明显。在分子系统树中,所有种类的不同个体都聚成一个单系枝;cox1序列遗传差异在科、属水平发生重叠,无法准确解析上述分类阶元的系统发育关系;但在更高分类阶元,cox1序列具有一定程度的解析能力。利用DNA条形码,本研究订正了中国近海多个桡足类的命名。以上结果表明,线粒体cox1基因可以作为DNA条形码实现浮游动物的准确鉴定。 展开更多
关键词 胶州湾 浮游动物 cox1基因 DNA条形码
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几种拟地新线虫种间及种内线粒体lsrRNA及cox1基因的多态性 被引量:9
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作者 曹湛 翁亚彪 +4 位作者 林瑞庆 李明伟 邹丰才 何芳 朱兴全 《中国兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第6期600-603,共4页
对来自世界各地的拟地新线虫共6个种的线粒体基因lsrRNA及cox1序列进行了PCR-SSCP和序列分析.结果显示,lsrRNA基因序列在拟地新线虫种内、种间的变异都比较小,不能提供准确的遗传标记.但cox1基因序列种间变异为0.5%~12.2%,比种内变异(1... 对来自世界各地的拟地新线虫共6个种的线粒体基因lsrRNA及cox1序列进行了PCR-SSCP和序列分析.结果显示,lsrRNA基因序列在拟地新线虫种内、种间的变异都比较小,不能提供准确的遗传标记.但cox1基因序列种间变异为0.5%~12.2%,比种内变异(1%~1.7%)大,能提供准确的遗传标记,可用于拟地新线虫姊妹种的鉴定.这些发现有助于拟地新线虫的生活史、传播途径、流行病学、种群遗传学的研究和其相关疾病的诊断. 展开更多
关键词 拟地新线虫 lsrRNA cox1 PCR-SSCP 多态性
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基于线粒体cox1和Cyt b基因对四川地区多头带绦虫的种群遗传多样性研究 被引量:22
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作者 郝桂英 杨应东 +1 位作者 周英姿 杨光友 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第4期631-638,共8页
为研究四川地区多头带绦虫的种群遗传多样性和系统发生关系,用线粒体cox1基因和Cyt b基因全序列分析了20株四川山羊源多头蚴(11株寄生于脑,9株寄生于肌间)的遗传变异,并构建了系统发育树。结果显示:20株多头蚴cox1和Cyt b基因全序列长... 为研究四川地区多头带绦虫的种群遗传多样性和系统发生关系,用线粒体cox1基因和Cyt b基因全序列分析了20株四川山羊源多头蚴(11株寄生于脑,9株寄生于肌间)的遗传变异,并构建了系统发育树。结果显示:20株多头蚴cox1和Cyt b基因全序列长度分别为1 623和1 068bp,分别有59个和9个变异位点,其碱基变异率分别为0.1%~2.5%和0.1%~0.7%;分别检测到17个和6个单倍型,总的单倍型多样性分别为0.968±0.033和0.737±0.068,核苷酸多样性分别为0.005 98±0.001 33和0.003 06±0.000 79,平均遗传距离分别为0.006和0.003。构建的系统进化树均显示来源于脑部和肌间的20株四川山羊源多头蚴与多头带绦虫同在一个支系,均为多头带绦虫,且多头带绦虫四川分离株与伊朗、土耳其分离株亲缘关系较近,而与中国甘肃、中国广州、意大利分离株亲缘关系较远。研究结果表明线粒体cox1和Cyt b基因均可作为检测多头带绦虫种群遗传多样性的有效分子标记,且Cyt b基因的多样性水平低于cox1基因。 展开更多
关键词 多头带绦虫 cox1基因 CYT B基因 遗传多样性 四川
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基于线粒体cox1基因序列的弹涂鱼类系统进化关系 被引量:9
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作者 张顺 廖健 +2 位作者 郭昱嵩 王中铎 刘楚吾 《广东海洋大学学报》 CAS 2017年第1期21-27,共7页
于我国雷州半岛红树林海区捕获隶属于弹涂鱼属(Periophthalmus)、大弹涂鱼属(Boleophthalmus)与青弹涂鱼属(Scartelaos)的4种弹涂鱼,克隆4种弹涂鱼23个个体cox1基因序列,通过分析4种弹涂鱼与Gen Bank中12种弹涂鱼cox1基因序列的变异特征... 于我国雷州半岛红树林海区捕获隶属于弹涂鱼属(Periophthalmus)、大弹涂鱼属(Boleophthalmus)与青弹涂鱼属(Scartelaos)的4种弹涂鱼,克隆4种弹涂鱼23个个体cox1基因序列,通过分析4种弹涂鱼与Gen Bank中12种弹涂鱼cox1基因序列的变异特征,探讨4种弹涂鱼与后者的种间亲缘关系。结果表明,16种弹涂鱼的82个体的cox1基因序列共检测到单倍型44个,核苷酸多态位点212个(占35.4%),种间平均核苷酸差异数为4(占2.01%);基于最大似然法(ML)和邻接法(NJ)构建的系统发育树显示,各弹涂鱼属多形成一独立分支,亲缘关系明显,齿弹涂鱼属(Periophthalmodon)镶嵌于弹涂鱼属内,大弹涂鱼属与青弹涂鱼属形成并列分支,亲缘关系较近。依化石记录标定的松散分子钟估算物种分歧时间,结果表明,各弹涂鱼属出现明显分化大约发生于渐新世末期至中新世早期(23.61~15.65 Ma)。 展开更多
关键词 弹涂鱼 线粒体DNA cox1基因 系统进化
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湖南长沙及湘西泡状带绦虫分离株线粒体cox1基因的克隆及序列分析 被引量:17
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作者 刘国华 戴荣四 +4 位作者 赵光辉 林瑞庆 刘伟 刘毅 朱兴全 《热带医学杂志》 CAS 2009年第2期117-120,共4页
目的研究湖南省长沙及湘西泡状带绦虫分离株线粒体细胞色素c氧化酶第I亚基(cox1)基因部分序列(pcox1)的遗传变异情况,并用pcox1序列重构泡状带绦虫与其他带科绦虫的种群遗传关系。方法应用聚合酶链反应(PCR)扩增泡状带绦虫虫株的pcox1,... 目的研究湖南省长沙及湘西泡状带绦虫分离株线粒体细胞色素c氧化酶第I亚基(cox1)基因部分序列(pcox1)的遗传变异情况,并用pcox1序列重构泡状带绦虫与其他带科绦虫的种群遗传关系。方法应用聚合酶链反应(PCR)扩增泡状带绦虫虫株的pcox1,应用ClustalX1.81程序对序列进行比对,然后用Phylip3.67程序MP法和Mage4.0程序NJ法绘制种系发育树,并用Puzzle5.2程序构建最大似然树;同时利用DNAstar5.0中的Megalign程序进行同源性分析,并与GenBankTM中已知泡状带绦虫相应基因序列进行比较分析。结果所获得的pcox1序列长度一致,均为343bp,与GenBankTM公布的带科绦虫序列进行比较分析表明,湖南长沙分离株1和湘西分离株5与已知泡状带绦虫相应基因的相似性分别为99.4%和99.7%,与其它带科绦虫的相似性均小于90.0%;湖南长沙1和湘西分离株5与已知泡状带绦虫相应基因遗传距离分别为0.006和0.003,与其他带科绦虫的遗传距离均大于0.100。种系发育树表明,2个分离株与已知泡状带绦虫位于同一分枝,Bootstrap值在97%以上。结论由于泡状带绦虫pcox1序列种内相对保守,种间差异较大,故可作为种间遗传变异研究的标记,研究结果为进一步研究泡状带绦虫的群体遗传结构奠定了基础。 展开更多
关键词 泡状带绦虫 线粒体DNA cox1基因 种系发育关系
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