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茶树‘大面白’线粒体基因组结构特征及其密码子偏好性分析 被引量:2
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作者 尹明华 张牧彤 +3 位作者 徐子林 欧阳茜 王美暄 李文婷 《茶叶科学》 北大核心 2025年第1期61-78,共18页
茶树‘大面白’(Camellia sinensis cv.‘Damianbai’)是上饶市广信区自主培育的国家级品种,其线粒体基因组结构特征及密码子偏好性尚不清楚。以‘大面白’为试验材料,采用高通量测序技术对其线粒体全基因组进行测序、组装、注释,采用... 茶树‘大面白’(Camellia sinensis cv.‘Damianbai’)是上饶市广信区自主培育的国家级品种,其线粒体基因组结构特征及密码子偏好性尚不清楚。以‘大面白’为试验材料,采用高通量测序技术对其线粒体全基因组进行测序、组装、注释,采用生物信息学软件对其线粒体基因组的结构特征和密码子偏好性进行分析。结果表明,‘大面白’线粒体基因组全长886354 bp,结构为完整单环状分子,GC含量为45.76%;共注释到78个功能基因,包括41个蛋白质编码基因,33个tRNA基因,4个rRNA基因;共检测到59个SSR(主要为A/T单核苷酸重复)和100个Longrepeat(主要为正向重复和回文重复)。‘大面白’线粒体基因组密码子偏好性较弱,密码子偏好以A/U结尾,密码子使用偏好性主要受自然选择的影响,受内部突变压力的影响小;‘大面白’线粒体基因组的最优密码子为14个(AAU、GAU、CAU、UUU、AUU、GCU、GGA、ACU、GUU、CGA、UUA、UUG、UCA、UCU)。11个近缘物种的线粒体基因组在基因区与‘大面白’线粒体基因组具有高度同源性;‘大面白’线粒体基因组与‘凌云白毫’(ON782577)线粒体基因组的共线性最高,两者的基因排列顺序基本一致;‘大面白’线粒体基因组与其叶绿体基因组之间具有62个高度同源性的基因片段;‘大面白’与‘凌云白毫’单独聚成一小分支,两者亲缘关系较近。本研究分析了‘大面白’线粒体基因组序列特征及系统发育进化关系,为加强‘大面白’种质鉴定及其资源多样性的开发利用提供了参考依据。 展开更多
关键词 ‘大面白’ 线粒体基因组 结构特征 密码子偏好性
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甜蛋白monellin基因在酿酒酵母中的分泌表达 被引量:2
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作者 陈忠军 蔡恒 +1 位作者 李正英 路福平 《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心 2006年第12期19-23,共5页
人工合成的单链甜蛋白monellin基因与经改造后的基因分别克隆到带有酵母半乳糖可诱导启动子GAL1的穿梭表达质粒pYES2.0中,得到表达载体pYESM及pYESMT。在表达载体pYESMT中,monellin基因的上游连接酿酒酵母的α-信号肽序列,得到分泌表达... 人工合成的单链甜蛋白monellin基因与经改造后的基因分别克隆到带有酵母半乳糖可诱导启动子GAL1的穿梭表达质粒pYES2.0中,得到表达载体pYESM及pYESMT。在表达载体pYESMT中,monellin基因的上游连接酿酒酵母的α-信号肽序列,得到分泌表达载体pYESMTA。分别将3个重组质粒转化酿酒酵母菌株INVsc1中进行表达。具有突变monellin基因的菌株INVMT/pYESMT的monellin蛋白表达量明显高于含monellin基因的菌株。而含有pYESMTA的菌株可将monellin基因分泌到胞外,表明α-信号肽序列能很好地将酿酒酵母中的重组monellin蛋白引导到胞外,完成分泌表达,且表达产物具有生物活性。 展开更多
关键词 酿酒酵母 甜蛋白monellin基因 偏爱密码子 信号肽
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应用pET系统表达rhIFN-α2b基因的研究 被引量:4
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作者 张一折 刘照惠 +1 位作者 吴隼 关晓峰 《中国生物制品学杂志》 CAS CSCD 2003年第3期147-150,共4页
目的 以构建的pET28a为表达载体,探讨人 IFN-α2b基因在pET系统中的表达。方法 合成引物,通过PCR扩增人 IFN-α2b基因并引入点突变,在不改变天然 IFN-α2b氨基酸序列的前提下,使原 IFN-α2b基因4个大肠杆菌稀有密码子改变为偏爱密码子,... 目的 以构建的pET28a为表达载体,探讨人 IFN-α2b基因在pET系统中的表达。方法 合成引物,通过PCR扩增人 IFN-α2b基因并引入点突变,在不改变天然 IFN-α2b氨基酸序列的前提下,使原 IFN-α2b基因4个大肠杆菌稀有密码子改变为偏爱密码子,在起始密码子后,编码前16个氨基酸的碱基序列均成为大肠杆菌的偏爱密码子。将PCR产物次级克隆人pET28a载体,构建重组表达载pET28a-IFN-α2b。筛选正确的重组表达质粒pET28a-IFN-α2b转入感受态表达菌BL21(DE3)中,IPTG诱导表达,粗提并检测 IFN-α2b活性。结果 重组质粒pET28a-IFN-α2b在宿主菌 BL21(DE3)中表达出的rhIFN-α2b以可溶性蛋白形式存在于粗提上清液中,与原来 pBV889系统表达的干扰素相比,具有更高的生物学活性。结论 应用pET表达系统可表达出具有更高生物学活性的rhIFN-α2b蛋白。 展开更多
关键词 PET系统 rhIFN-α2b基因 表达载体 氨基酸序列 点突变 偏爱密码子
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Systematic analysis of diabetes- and glucose metabolism-related proteins and its application to Alzheimer’s disease
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作者 Jie Yang Sen Li Yan-Xin Liu 《Journal of Biomedical Science and Engineering》 2013年第6期615-644,共30页
Alzheimer disease has been defined as Type 3 Diabetes due to their shared metabolic profiles. Like our previously research, results of Alzheimer’s disease and other neurodegenerative diseases, systematic analysis of ... Alzheimer disease has been defined as Type 3 Diabetes due to their shared metabolic profiles. Like our previously research, results of Alzheimer’s disease and other neurodegenerative diseases, systematic analysis of diabetes- and glucose metabolism-related proteins also provides help in the treatment of Alzheimer’s patients. Some interesting results indicate that diabetes-related proteins (DRPs) are rich in Lys and the content of Trp can distinguish between type 1 and type 2 diabetes mellitus in particular, while glucose metabolism-related proteins (GMRPs) possess Leurich and Trp-poor character. Moreover, the usage biases of codons depend on GC contents to a great extent, in concord with all codons of the highly expressed genes with the terminal of C/G. Especially, the deficit of CpG dinucleotides is largely attributed to the hypermutability of methylated CpGs to UpGs by the mutational pressure. Besides a common node insulin receptor, there are some similar node proteins, such as glucose transporter member, protein tyrosine phosphatase, and adipose metabolism signal protein. The sharing proteins involve glucagon, amylin, insulin, PPARγ, angiopoietin, PC-1/ENPP1, and adiponectin mediated signal pathway. Meanwhile, the gene sequences of node proteins contained the binding sites of 37 transcription factors divide into four kinds of superclasses. Additionally, BAD complex can integrate pathways of glucose metabolism and apoptosis by BH3 domain of BAD directly interacting with GK as well as GK binding with the consensus motif [G]-[1]-[K]-[2]-[S/T] or [L/M]-[R/K]-[2]-[T] of PP1 or WAVE1. This facilitates the therapies for diabetes mellitus as well as Alzheimer’s disease. 展开更多
关键词 CODON Biases PROTEIN-PROTEIN Interaction Network TRANSCRIPTION Factors BAD Complex Bioinformatics
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