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cfDNA在感染性疾病诊断中的研究进展
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作者 陈颖琦 胥萍 《标记免疫分析与临床》 2025年第2期424-429,共6页
感染性疾病是由致病微生物(包括细菌、病毒、寄生虫等)侵入感染而引起的疾病,近年研究表明,cfDNA(cell-free DNA)作为一种新型生物检测标志物,有助于识别多种来源和部位的感染,为感染性疾病诊断实践提供新思路。本文总结了利用cfDNA在... 感染性疾病是由致病微生物(包括细菌、病毒、寄生虫等)侵入感染而引起的疾病,近年研究表明,cfDNA(cell-free DNA)作为一种新型生物检测标志物,有助于识别多种来源和部位的感染,为感染性疾病诊断实践提供新思路。本文总结了利用cfDNA在感染性疾病诊断中的一系列文献,以期为今后感染性疾病尽早准确诊断研究提供参考和借鉴。 展开更多
关键词 cfdna 感染性疾病 诊断 研究
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胸腔积液cfDNA-MTB和生化指标在结核性胸膜炎诊断中的应用价值
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作者 周游 刘爱梅 +3 位作者 黄丽花 逄宇 任卫聪 杨小兵 《西部医学》 2025年第8期1236-1241,共6页
目的探讨胸腔积液cfDNA-MTB和生化指标在结核性胸膜炎诊断中的应用价值研究。方法回顾性分析2021年3月—2022年10月在北京胸科医院就诊的154例疑似结核性胸膜炎患者的临床资料,以临床复合诊断为标准,将其分为结核性胸膜炎组和非结核性... 目的探讨胸腔积液cfDNA-MTB和生化指标在结核性胸膜炎诊断中的应用价值研究。方法回顾性分析2021年3月—2022年10月在北京胸科医院就诊的154例疑似结核性胸膜炎患者的临床资料,以临床复合诊断为标准,将其分为结核性胸膜炎组和非结核性胸膜炎组。对比两组患者胸腔积液cfDNA-MTB、胸腔积液生化指标和CRP之间的差异;比较胸腔积液cfDNA-MTB和Xpert阳性检出率的差异;采用受试者工作特征(ROC)曲线分析胸腔积液cfDNA-MTB、ADA和Xpert单独和联合检测对结核性胸膜炎诊断效能。结果结核性胸膜炎组胸腔积液ADA、TP、LDH和CRP明显高于非结核性胸膜炎组,差异有统计学意义(P<0.05);结核性胸膜炎组胸腔积液GLU和Cl^(-)低于非结核性胸膜炎组,差异有统计学意义(P<0.05);胸腔积液cfDNA-MTB阳性检出率高于Xpert,差异有统计学意义;ROC曲线分析结果显示,胸腔积液cfDNA-MTB灵敏度明显高于Xpert,略低于ADA;特异性和ADA一致,略低于Xpert;与单独检测相比联合检测具有更好的诊断效能,胸腔积液cfDNA-MTB联合ADA检测的AUC值、灵敏度和特异性分别为0.878、77.78%、96.36%;诊断效能优于Xpert联合ADA。结核性胸腔积液cfDNA-MTB的阳性表达与性别、年龄、TP、GLU、Cl^(-)无相关性(P>0.05),与胸腔积液ADA、LDH活性、CRP含量相关(P<0.05)。结论胸腔积液生化项目检测对于结核性胸膜炎诊断有一定的价值;与胸腔积液Xpert检测相比,胸腔积液cfDNA-MTB检测更具优势,与ADA联合检测诊断效能更好;并且胸腔积液ADA、LDH和CRP水平可能会影响结核性胸腔积液cfDNA-MTB的阳性表达。 展开更多
关键词 结核性胸膜炎 胸腔积液 cfdna-MTB ADA CRP
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外周血cfDNA和癌抗原分子标志物对早期胃癌的诊断价值
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作者 向华 施莉 +4 位作者 施晓英 傅怡悦 傅思华 胡翌晨 吴佳佳 《浙江临床医学》 2025年第2期166-168,共3页
目的探讨血浆游离DNA(cfDNA)检测在胃癌早期诊断中的临床价值,并阐明cfDNA与血清肿瘤标志物联合检测在胃癌早期诊断中的临床应用价值。方法纳入180例有胃疾病的患者,根据年龄分为3组:<35岁,35~55岁,>55岁,随机选取90例患者进行外... 目的探讨血浆游离DNA(cfDNA)检测在胃癌早期诊断中的临床价值,并阐明cfDNA与血清肿瘤标志物联合检测在胃癌早期诊断中的临床应用价值。方法纳入180例有胃疾病的患者,根据年龄分为3组:<35岁,35~55岁,>55岁,随机选取90例患者进行外周血cfDNA检测。所有患者均接受胃镜检查和活组织病理检测,并检测糖类抗原125(CA-125)、癌胚抗原(CEA)和糖类抗原19-9(CA19-9)。比较各年龄段患者胃组织病理检测差异,不同病理组间cfDNA差异,以及cfDNA、CEA、CA-125和CA19-9单独检测及联合检测对早期胃癌诊断敏感度、特异度和诊断效能。结果随着年龄增大,胃癌前病变及早期胃癌发病率逐渐升高(P<0.05)。早期胃癌患者cfDNA水平显著高于胃癌前病变组及正常组(0.3995 VS.0.1586 ng/μL,0.3995 VS.0.0250 ng/μL,P<0.01)。胃癌前病变组cfDNA水平高于正常组(0.1586 VS.0.0250 ng/μL,P<0.05)。cfDNA在早期胃癌中的阳性率高于胃癌前病变组及正常组(75.65%VS.52.52%;75.65%VS.50.68%,P<0.05),而胃癌前病变组和正常组cfDNA阳性率比较,差异无统计学意义(P>0.05)。cfDNA、CEA、CA-125和CA19-9作为早期胃癌诊断标志物的敏感度分别为72.58%、65.12%、59.08%和62.38%,特异度分别为83.36%、86.23%、52.26%和55.35%。联合检测cfDNA、CEA、CA-125和CA19-9敏感度为84.46%,特异度为91.25%。cfDNA、CEA、CA-125、CA19-9和联合检测的ROC曲线下面积分别为0.74、0.79、0.51、0.52和0.91。结论在早期胃癌及胃癌前病变患者中cfDNA水平升高,联合检测cfDNA、CEA、CA-125和CA19-9可以提高早期胃癌诊断敏感度、特异度和诊断效能,因此cfDNA可作为早期胃癌潜在的辅助诊断标志物。 展开更多
关键词 早期胃癌 血浆游离DNA 癌胚抗原 糖类抗原125 糖类抗原19-9
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血浆cfDNA评估原发性肝癌患者放疗效果的临床研究
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作者 董云 余舒亮 +2 位作者 刑爱民 张念波 屈端阳 《医学前沿》 2025年第6期29-30,共2页
目的:临床中存在不同类型的评估原发性肝癌患者放疗治疗效果的指标,其中血浆游离核酸(cfDNA)指标是当前临床中常用的一种,本文将对该指标的效用予以如下分析。方法:为保证研究所需用的50例接受放射治疗的中晚期原发性肝癌病例能够被快... 目的:临床中存在不同类型的评估原发性肝癌患者放疗治疗效果的指标,其中血浆游离核酸(cfDNA)指标是当前临床中常用的一种,本文将对该指标的效用予以如下分析。方法:为保证研究所需用的50例接受放射治疗的中晚期原发性肝癌病例能够被快速有效的择取,需要将病例入院的起始与终止时间截点分别定在2023年7月与2024年10月;为便于研究观察,分别需要将放疗前24h、放疗后48h、40Gy时、放疗结束时作为主要的观察时刻;为明确观察的主要指标,将血浆cfDNA、血清中甲胎蛋白(AFP)、谷丙转氨酶(ALT)及谷草转氨酶(AST)浓度作为主要指标;同时在患者接受放疗前及放疗40Gy时,操作人员还需要利用MRI/CT对患者进行检查,主要指标为肿瘤大小,依据结果进行判断。结果:①首先确定基线血浆cfDNA浓度,之后分别使用放疗后48h的血浆cfDNA浓度、放疗40Gy时的血浆cfDNA浓度及放疗结束时的血浆cfDNA浓度与基线血浆cfDNA浓度进行对比,结果显示,前者的比值超过1,而后两者的比值均未超过1。②首先确定基线血清AFP浓度,之后分别使用放疗后48h的血清AFP浓度、放疗40Gy时的血清AFP浓度及放疗结束时的血清AFP浓度与基线血清AFP浓度进行比较,结果显示,三者的比值均未超过1。③首先确定基线血清ALT与基线血清AST浓度,之后分别使用放疗后48h的血清ALT浓度与血清AST浓度、放疗40Gy时的血清ALT浓度与血清AST浓度及放疗结束时的血清ALT浓度与血清AST浓度同基线血清ALT及基线血清AST浓度进行比对,结果显示,三者的比值均与1相接近。④首先确定基线的肿瘤直径值,之后使用放疗40Gy时肿瘤直径同基线肿瘤直径值进行比对,结果显示,比值未超过1。结论:血浆cfDNA评估原发性肝癌患者放疗具有良好的效果。 展开更多
关键词 血浆cfdna 原发性肝癌 放疗
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基于胚胎培养液cfDNA筛查移植胚胎成功分娩1例
5
作者 杨欢利 蔡娇娇 《浙江实用医学》 2024年第4期356-359,共4页
本文介绍1例2023年1月浙江省台州医院治疗的高龄、反复流产的不孕症患者。通过辅助生殖技术获得了7个可移植囊胚,对囊胚培养液cfDNA进行全基因组检测并结合人工智能进行评分,结果 7个囊胚中A等级1个,B等级1个,C等级4个,未检出1个,最终选... 本文介绍1例2023年1月浙江省台州医院治疗的高龄、反复流产的不孕症患者。通过辅助生殖技术获得了7个可移植囊胚,对囊胚培养液cfDNA进行全基因组检测并结合人工智能进行评分,结果 7个囊胚中A等级1个,B等级1个,C等级4个,未检出1个,最终选择A、B等级的囊胚进行移植后获得了临床妊娠并足月正常分娩。 展开更多
关键词 辅助生殖技术 移植胚胎 胚胎培养液 cfdna
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血浆cfDNA中HOXA6、FHIT甲基化水平在前列腺癌诊断中的作用
6
作者 李丹 陈学栋 谭琳 《医学研究杂志》 2024年第10期157-160,177,共5页
目的 探索血浆中循环游离DNA(circulating free DNA,cfDNA)中HOXA6、脆性组氨酸三联体基因(fragile histidine triad gene, FHIT)甲基化水平及其在前列腺癌(prostate cancer, PCa)诊断中的作用。方法 选取2021年2月~2023年2月在笔者医... 目的 探索血浆中循环游离DNA(circulating free DNA,cfDNA)中HOXA6、脆性组氨酸三联体基因(fragile histidine triad gene, FHIT)甲基化水平及其在前列腺癌(prostate cancer, PCa)诊断中的作用。方法 选取2021年2月~2023年2月在笔者医院就诊的192例前列腺疾病患者作为研究对象,其中PCa患者112例作为疾病组,前列腺增生患者80例作为对照组。采用甲基化特异性PCR(methylation specific PCR,MSP)法对血浆cfDNA中HOXA6及FHIT的甲基化水平进行检测;分析血浆cfDNA中HOXA6及FHIT的甲基化水平与临床资料的关系;多因素Logistic分析PCa发生的影响因素;评价HOXA6及FHIT甲基化对PCa的诊断价值。结果 疾病组血浆cfDNA中HOXA6及FHIT甲基化率显著高于对照组(P<0.05);TNM分期在Ⅰ~Ⅱ期的患者HOXA6及FHIT甲基化率均低于Ⅲ~Ⅳ期患者,有淋巴结转移的患者HOXA6及FHIT甲基化率高于无淋巴结转移的患者(P<0.05);HOXA6、FHIT甲基化联合诊断PCa的敏感度为75.89%、特异性为95.00%,二者联合的诊断效能高于HOXA6、FHIT甲基化单独诊断的效能;多因素Logistic分析显示,HOXA6及FHIT甲基化是PCa发生的影响因素(P<0.05)。结论 PCa患者血浆cfDNA中HOXA6及FHIT甲基化水平升高,二者是PCa的影响因素,二者联合的诊断效能高于单独诊断的效能,具有一定的诊断价值。 展开更多
关键词 前列腺癌 甲基化 cfdna HOXA6 FHIT
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PNA捕获探针的合成及捕获肺癌EGFR突变体cfDNA的性能研究
7
作者 徐小军 虞贤浩 孙思娴 《广东化工》 CAS 2024年第15期52-54,共3页
肽核酸(peptidenucleicacid,PNA)寡聚物是一种合成的具有非天然聚酰胺骨架DNA类似物,因耐酸、耐酶和特异性杂交能力强而广泛应用于基因疾病的诊疗。然而关于肺癌的cfDNA基因检测目前仍然以传统的PCR扩增技术结合基因测序技术为主,检测... 肽核酸(peptidenucleicacid,PNA)寡聚物是一种合成的具有非天然聚酰胺骨架DNA类似物,因耐酸、耐酶和特异性杂交能力强而广泛应用于基因疾病的诊疗。然而关于肺癌的cfDNA基因检测目前仍然以传统的PCR扩增技术结合基因测序技术为主,检测时间长且费用较高,尤其是对于检测人员的专业技术要求较高。为解决以上问题,本课题应用固相合成技术制备PNA捕获探针,结合滚环扩增技术来研究PNA探针对肺癌EGFR突变体cfDNA的捕获性能,从而探索针对肿瘤cfDNA新的检测方法。经研究表明合成得到的PNA捕获探针能特异性识别并捕获pM级别EGFR突变体cfDNA,捕获性能满足检测方法灵敏度和精确度的要求,为肺癌的cfDNA基因检测新方法的建立提供关键技术,也为其他疾病的cfDNA基因检测提供技术支持。 展开更多
关键词 PNA捕获探针 肺癌EGFR突变体cfdna 捕获性能
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cfDNA检测联合肝脏MRI在肝细胞癌筛查中的应用价值 被引量:4
8
作者 徐娟 辛杰晶 +3 位作者 李毅 吕其军 冯雪 黄海燕 《循证医学》 2022年第4期212-216,共5页
目的评估循环游离细胞DNA(circulating free DNA,cfDNA)检测联合肝脏核磁共振成像(magnetic resonance imaging,MRI)在肝细胞癌筛查中的应用价值。方法 选择126例高度疑似肝癌的患者为研究对象,根据病理学检查结果,其中82例为肝癌患者(... 目的评估循环游离细胞DNA(circulating free DNA,cfDNA)检测联合肝脏核磁共振成像(magnetic resonance imaging,MRI)在肝细胞癌筛查中的应用价值。方法 选择126例高度疑似肝癌的患者为研究对象,根据病理学检查结果,其中82例为肝癌患者(肝癌组),44例为良性肿瘤患者(良性组),比较两组患者cfDNA、RNaseP基因(cfDNA池基因编码DNA的参考基因)拷贝、肝功能指标,包括丙氨酸转氨酶(alanine transaminase,ALT)、天冬氨酸转氨酶(aspartate transaminase,AST)、碱性磷酸酶(alkaline phosphatase,ALP)及肿瘤标志物水平,包括甲胎蛋白(alpha-fetoprotein,AFP)、癌胚抗原(carcinoembryonic antigen,CEA)、糖链抗原199(carbohydrate antigen,CA199)。比较cfDNA水平与肝细胞癌病理参数的关系,并评估RNaseP联合MRI在肝细胞癌中的诊断效能。结果 肝癌组的cfDNA、RNaseP基因拷贝、AFP、CEA、CA199、ALT、AST、ALP均明显高于良性组,差异均具有统计学意义(P<0.05)。肝癌患者的Child-Pugh评分、终末期肝病模型评分、肿瘤大小、转移、酒精性肝炎阳性在低cfDNA(<20 ng/mL)组和高cfDNA(≥20 ng/mL)组均具有统计学差异(P<0.05)。RNaseP基因检测联合MRI在HCC诊断的灵敏度明显高于RNaseP基因液体活检(χ^(2)=9.043,P=0.003)和MRI(χ^(2)=7.12,P=0.006)。结论 肝细胞癌患者的cfDNA明显升高,cfDNA水平高低与肝细胞癌病理参数相关,cfDNA的参考基因RNaseP检测联合MRI对肝细胞癌筛查具有更优的应用价值。 展开更多
关键词 cfdna RNaseP MRI 肝细胞癌 筛查
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cfDNA在胰腺癌中的诊断价值 被引量:2
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作者 徐亦君 竺明晨 《肿瘤防治研究》 CAS CSCD 2022年第12期1265-1268,共4页
目的探讨cfDNA在胰腺癌中的诊断价值。方法选取467例胰腺癌患者和129例健康对照受试者,采用QuantiDNA Direct cfDNA Test(DiaCarta)试剂盒检测cfDNA浓度。采用Mann-Whitney U检验比较不同组间cfDNA浓度差异,卡方检验分析cfDNA与胰腺癌... 目的探讨cfDNA在胰腺癌中的诊断价值。方法选取467例胰腺癌患者和129例健康对照受试者,采用QuantiDNA Direct cfDNA Test(DiaCarta)试剂盒检测cfDNA浓度。采用Mann-Whitney U检验比较不同组间cfDNA浓度差异,卡方检验分析cfDNA与胰腺癌病理资料的关系。ROC曲线评估诊断效能。结果胰腺癌患者cfDNA水平显著高于健康对照组(20.85 vs.15.15 ng/ml,P=0.0027)。cfDNA在胰腺癌中的阳性率高于健康对照组(77.73%vs.59.68%)。cfDNA、CEA和CA19-9作为诊断标志物的敏感度分别为62.65%、64.04%和60.32%,特异性分别为61.05%、70.53%和87.37%。cfDNA联合检测CEA和CA19-9敏感度为77.26%,特异性为53.58%。cfDNA、CEA、CA19-9和联合检测曲线下面积分别为0.62、0.67、0.74和0.67。结论cfDNA在胰腺癌患者中水平升高,可作为胰腺癌潜在的辅助诊断标志物。 展开更多
关键词 胰腺癌 cfdna CEA CA19-9 诊断
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孕妇尿液cfDNA产前检测胎儿21-三体可行性研究 被引量:1
10
作者 胡芙蓉 苗正友 +1 位作者 宋勤浩 周赤燕 《中国优生与遗传杂志》 2015年第11期10-12,共3页
目的本文旨在探讨利用大规模平行测序(MPS)技术对孕妇尿液中的游离DNA(cf DNA)进行胎儿21-三体(T21)无创产前检测的可行性。方法本研究选取10个胎儿羊膜穿刺核型分析结果正常和9个分析结果为T21的孕妇晨尿,对19个孕妇的尿液采用磁珠法提... 目的本文旨在探讨利用大规模平行测序(MPS)技术对孕妇尿液中的游离DNA(cf DNA)进行胎儿21-三体(T21)无创产前检测的可行性。方法本研究选取10个胎儿羊膜穿刺核型分析结果正常和9个分析结果为T21的孕妇晨尿,对19个孕妇的尿液采用磁珠法提取cf DNA,构建文库,Hisq2000测序,测序结果用BWA软件比对序列,计算每个样本的21号染色体所的比对上的唯一读长(Read)比率,最后进行Mann-Whitney U-test检测分析两组样本是否有显著差异。结果胎儿21-三体的孕妇尿液cf DNA中21号染色体的百分含量与胎儿正常孕妇的有显著差异(P=0.04122)。结论对孕妇尿液中的游离DNA进行大规模平行测序可用于无创产前检测21-三体。 展开更多
关键词 cfdna 尿液 21-三体 无创产前检测
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乳腺癌外周血cfDNA ErbB-2启动子区甲基化状态及与肿瘤Her-2表达的关系
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作者 梁骁 郭萌 +2 位作者 宋文哲 李莹 祝志强 《中国肿瘤外科杂志》 CAS 2015年第4期212-216,共5页
目的探讨非转移乳腺癌患者外周血中游离无细胞的DNA(cfD NA)中ErbB-2基因启动子区5’CpG甲基化状态及其与肿瘤组织中Her-2表达的关系。方法分离非转移乳腺癌患者外周血中的cfD NA,利用重亚硫酸盐测序法(BSP)对分离出的cfD NA及外周血细... 目的探讨非转移乳腺癌患者外周血中游离无细胞的DNA(cfD NA)中ErbB-2基因启动子区5’CpG甲基化状态及其与肿瘤组织中Her-2表达的关系。方法分离非转移乳腺癌患者外周血中的cfD NA,利用重亚硫酸盐测序法(BSP)对分离出的cfD NA及外周血细胞DNA的ErbB-2基因启动子区进行5’CpG甲基化分析,免疫组化及FISH方法检测肿瘤组织中Her-2的表达情况。结果 ErbB-2基因启动子区5’CpG的甲基化只在乳腺癌患者的血浆cfD NA中检测到(19/40),在其对应的外周血血细胞中未发现;乳腺癌患者外周血cfD NA的ErbB-2基因启动子区5’CpG甲基化和其肿瘤组织Her-2的表达成负相关。结论乳腺癌患者外周血cfD NA ErbB-2启动子区5’CpG的甲基化状态与肿瘤组织Her-2表达呈负相关。提示外周血cfD NA ErbB-2启动子区5’CpG甲基化状态能从某种程度上反映乳腺癌患者肿瘤组织Her-2表达情况,有可能作为乳腺癌Her-2状态观察的新窗口,可用于帮助乳腺癌分子分型判断,是否能作为乳腺癌治疗的新靶点,并作为Her-2阳性患者早期诊断的指标,尚有待于进一步研究。 展开更多
关键词 乳腺癌 BSP HER-2 ERBB-2 cfdna 甲基化
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GFAP联合cfDNA测定在复杂性热性惊厥脑损伤中的临床研究 被引量:4
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作者 凌寅杰 朱焰 +2 位作者 施明杰 路攀 袁琛 《中国现代医生》 2020年第17期29-32,共4页
目的研究复杂性热性惊厥患儿静脉血GFAP浓度、静脉血和脑脊液的cfDNA含量,并评价两者的相关性。方法选择2019年1~12月在湖州市第一人民医院住院治疗的78例CFS患儿作为研究组,选择同期因发热疑似伴颅内感染,最终经脑脊液检查、脑电图、头... 目的研究复杂性热性惊厥患儿静脉血GFAP浓度、静脉血和脑脊液的cfDNA含量,并评价两者的相关性。方法选择2019年1~12月在湖州市第一人民医院住院治疗的78例CFS患儿作为研究组,选择同期因发热疑似伴颅内感染,最终经脑脊液检查、脑电图、头颅MRI和病情观察排除颅内感染的住院患儿27例为对照组。分别测定两组患儿入院第1天和第5天的静脉血GFAP浓度,测定两组患儿入院当天的静脉血和脑脊液cfDNA含量。结果研究组患儿静脉血GFAP水平(第1天和第5天)均较对照组水平升高,差异有统计学意义(P<0.05)。研究组患儿与对照组患儿之间的脑脊液cfDNA完整度具有显著性差异,且研究组患儿的脑脊液cfDNA含量较对照组显著增加,差异有统计学意义(P<0.05)。患儿静脉血GFAP水平与脑脊液cfDNA水平呈正相关关系。结论通过GFAP联合cfDNA含量测定,证实CFS患儿在分子和细胞层面存在惊厥后脑损伤。惊厥导致脑损伤的持续性,而非短暂消失,并可导致神经细胞死亡,引起脑脊液cfDNA浓度明显增加。 展开更多
关键词 GFAP cfdna 复杂性热性惊厥 脑脊液 相关关系
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基于H4C6甲基化水平和cfDNA浓度构建多癌种癌症风险预测模型 被引量:2
13
作者 胡玉莲 齐健 +4 位作者 王姝洁 洪波 孙晓君 王宏志 聂金福 《安徽医科大学学报》 CAS 北大核心 2023年第4期597-603,共7页
目的 探究H4聚簇组蛋白6(H4C6)甲基化水平和循环游离DNA(cfDNA)浓度在正常组与肿瘤组之间的差异;基于H4C6甲基化水平和cfDNA浓度构建癌症风险预测模型并评估模型的预测性能。方法 使用磁珠法提取血液样本中的cfDNA;使用Qubit 4.0荧光定... 目的 探究H4聚簇组蛋白6(H4C6)甲基化水平和循环游离DNA(cfDNA)浓度在正常组与肿瘤组之间的差异;基于H4C6甲基化水平和cfDNA浓度构建癌症风险预测模型并评估模型的预测性能。方法 使用磁珠法提取血液样本中的cfDNA;使用Qubit 4.0荧光定量仪检测cfDNA浓度;利用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)技术检测cfDNA的H4C6甲基化水平;使用Logistic回归算法构建H4C6甲基化水平联合cfDNA浓度的癌症风险预测模型;使用受试者工作特征(ROC)曲线和校准曲线评估模型的准确性;使用决策曲线分析(DCA)评估模型的临床效益。结果 联合H4C6甲基化水平与cfDNA浓度构建的模型区分肺癌、肝癌、结直肠癌、胃癌、泛癌与健康组的ROC曲线下面积(AUC)分别为0.769、0.988、0.934、0.922、0.830;校准曲线的平均绝对误差小于0.05;DCA曲线的净收益大于0。结论 基于H4C6甲基化水平和cfDNA浓度构建的癌症风险预测模型有较好的预测性能,有助于给临床前决策提供合理且有效的建议,最终可能给患者提供有针对性的、个性化的癌症检测与诊断方案。 展开更多
关键词 H4C6甲基化水平 cfdna浓度 癌症风险预测
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基于cfDNA甲基化和机器学习的男性胃癌早筛预测模型的建立 被引量:1
14
作者 季杰 齐健 +5 位作者 洪波 王姝洁 孙瑞芳 曹雪玲 孙晓君 聂金福 《安徽医科大学学报》 CAS 北大核心 2022年第12期1991-1996,共6页
目的利用新型的细胞游离DNA(cfDNA)甲基化检测技术,建立中国男性人群胃癌患者cfDNA甲基化模型。方法使用cfDNA甲基化免疫沉淀和高通量测序技术(cfMeDIP-seq)开展胃癌患者的全基因组甲基化的检测,利用生物信息学的方法定位胃组织来源的cf... 目的利用新型的细胞游离DNA(cfDNA)甲基化检测技术,建立中国男性人群胃癌患者cfDNA甲基化模型。方法使用cfDNA甲基化免疫沉淀和高通量测序技术(cfMeDIP-seq)开展胃癌患者的全基因组甲基化的检测,利用生物信息学的方法定位胃组织来源的cfDNA,提取区分胃癌患者的特异甲基化标签,通过随机森林算法建立诊断模型,开展胃癌早期筛查的临床验证研究。结果基于胃癌样本和正常对照选取了前63个最为显著的差异甲基化区段,构建了cfDNA甲基化模型,并将此模型应用于胃癌早期筛查,灵敏度达到85%以上,特异性达到95%以上。验证集的灵敏度和特异性分别为98.7%和99.0%,曲线下方面积大小(AUC)为0.999。结论该研究构建的cfDNA甲基化模型具有良好的胃癌预测性能。 展开更多
关键词 胃癌 液体活检 cfdna甲基化 MeDIP-seq 机器学习
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外周血cfDNA及其在临床转化中的方法学研究进展 被引量:3
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作者 刘杰 刘冬 郭鹏 《中国老年学杂志》 CAS 北大核心 2020年第8期1785-1789,共5页
外周血循环游离DNA(cfDNA)的检测作为一种无创、低耗、高效的液体活检手段,凭借其得天独厚的优势,将逐渐成为未来精准医学、个体化医疗发展过程中不可或缺的组成部分。近年来,随着分子生物学检测技术的日新月异,关于肿瘤患者cfDNA检测... 外周血循环游离DNA(cfDNA)的检测作为一种无创、低耗、高效的液体活检手段,凭借其得天独厚的优势,将逐渐成为未来精准医学、个体化医疗发展过程中不可或缺的组成部分。近年来,随着分子生物学检测技术的日新月异,关于肿瘤患者cfDNA检测的临床研究逐渐增多,并已获得了许多令人欣喜的成果。但介于研究中不同的标本采集、预处理、储存方式及多样化的检测方法,不同的研究所得检测结果往往差异显著。因此,这种液体活检手段迟迟未能应用于临床。未来,建立一套从标本采集到cfDNA分离、检测等一系列可用于临床推广的标准化检测流程将成为该领域转化医学研究的核心内容。本文将对cfDNA的来源机制及目前各类临床研究中外周血cfDNA的分离和检测方法作一综述。 展开更多
关键词 外周血循环游离DNA(cfdna) 肿瘤
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脑脊液cfDNA对急性早幼粒细胞白血病合并中枢神经浸润的诊断价值 被引量:2
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作者 张媛 黄琰 +3 位作者 王莉华 刘宪凯 吕国庆 吴隼 《河南大学学报(医学版)》 CAS 2020年第6期414-418,共5页
[目的]探讨脑脊液细胞游离DNA(cfDNA)在急性早幼粒细胞白血病(APL)合并中枢神经浸润(CNSL)早期诊断中的临床价值。[方法]选取2017年6月至2019年8月在我院治疗的APL、APL合并CNSL、结核性脑膜炎(TBM)、无中枢神经系统疾病(对照组)患者各2... [目的]探讨脑脊液细胞游离DNA(cfDNA)在急性早幼粒细胞白血病(APL)合并中枢神经浸润(CNSL)早期诊断中的临床价值。[方法]选取2017年6月至2019年8月在我院治疗的APL、APL合并CNSL、结核性脑膜炎(TBM)、无中枢神经系统疾病(对照组)患者各20例,采用cfDNA提取试剂盒提取脑脊液cfDNA,测量cfDNA浓度并进行琼脂糖凝胶电泳;采用RT-PCR检测APL、APL合并CNSL患者脑脊液PML-RARA mRNA相对表达水平;采用生化分析仪检测治疗前后APL、APL合并CNSL患者脑脊液cfDNA、白细胞(WBC)、蛋白(M-TP)、氯化物(Cl)和葡萄糖(Glu)含量。[结果]与对照组、TBM组比较,APL组和APL合并CNSL组脑脊液中cfDNA含量增加(P<0.05);对照组、TBM组cfDNA片段主带约为160 bp及其倍数,APL和APL合并CNSL组cfDNA片段主带约为140 bp,且片段大小不等。与APL组比较,APL合并CNSL组脑脊液中PML-RARA mRNA表达水平增加(P<0.05)。与治疗前比较,APL组、APL合并CNSL组治疗后脑脊液中cfDNA和WBC的含量下降(P<0.05);与APL组比较,APL合并CNSL组治疗前cfDNA和WBC的含量增加(P<0.05)。与治疗前比较,APL组、APL合并CNSL组治疗后脑脊液中M-TP的含量降低(P<0.05),Cl和Glu的含量升高(P<0.05);与APL组比较,APL合并CNSL组治疗前M-TP的含量增加(P<0.05),Cl和Glu的含量下降(P<0.05)。[结论]APL合并CNSL患者脑脊液中cfDNA的含量、大小与正常人群、APL患者存在明显差异,并与APL病程的改善相关,有望成为APL合并CNSL早期诊断及预后评估的重要指标。 展开更多
关键词 脑脊液 细胞游离DNA 急性早幼粒细胞白血病 中枢神经浸润
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组织和血浆cfDNA中HOXA6和HOXA7基因的异常甲基化在肺癌诊断中的作用 被引量:2
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作者 郭丹 杨亮 +1 位作者 石科 张邵薇 《基因组学与应用生物学》 CAS CSCD 北大核心 2019年第10期4732-4737,共6页
DNA高甲基化是肿瘤抑制基因失活的重要机制,也是各种类型癌症早期诊断的生物标志物。本研究旨在揭示组织和血浆cfDNA中HOXA6和HOXA7基因的异常甲基化在肺癌诊断中的作用。2016年1月至2018年3月期间,收集54例非小细胞肺癌(NSCLC)患者作... DNA高甲基化是肿瘤抑制基因失活的重要机制,也是各种类型癌症早期诊断的生物标志物。本研究旨在揭示组织和血浆cfDNA中HOXA6和HOXA7基因的异常甲基化在肺癌诊断中的作用。2016年1月至2018年3月期间,收集54例非小细胞肺癌(NSCLC)患者作为研究对象,另外选择50名健康志愿者作为对照。检测受试者组织和血浆cfDNA中HOXA6和HOXA7基因甲基化阳性率,结果发现,NSCLC患者血浆cfDNA中的HOXA6甲基化率(40.74%)显著高于健康体检者(6.00%);NSCLC患者血浆cfDNA中的HOXA7甲基化率(35.19%)显著高于健康体检者(2.00%)。TNM分期为Ⅰ~Ⅱ期的患者的血浆cfDNA中HOXA6和HOXA7甲基化率均显著低于Ⅲ~Ⅳ期患者(p<0.05)。NSCLC患者肿瘤组织中的HOXA6和HOXA7甲基化率显著高于癌旁组织(p<0.05)。Spearman相关分析显示,血浆cfDNA和肿瘤组织中HOXA6基因甲基化的相关系数为r=0.834,p<0.001;血浆cfDNA和肿瘤组织中HOXA7基因甲基化的相关系数为r=0.882,p<0.001。血浆cfDNA中HOXA6和HOXA7基因异常甲基化诊断非小细胞肺癌的特异度分别为94.00%和98.00%。本研究表明,血浆cfDNA中HOXA6和HOXA7基因异常甲基化在诊断非小细胞肺癌中具有较高的特异度,并且可反映患者的疾病严重程度。 展开更多
关键词 非小细胞肺癌 甲基化 cfdna 特异度 HOXA6 HOXA7
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Novel technologies in cfDNA analysis and potential utility in clinic 被引量:3
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作者 Jie Li Mengyue Xu +4 位作者 Junya Peng Jingqiao Wang Yupei Zhao Wenming Wu Xun Lan 《Chinese Journal of Cancer Research》 SCIE CAS CSCD 2021年第6期708-718,共11页
The profiling of plasma cell-free DNA(cfDNA)is becoming a valuable tool rapidly for tumor diagnosis,monitoring and prognosis.Diverse plasma cfDNA technologies have been in routine or emerging use,including analyses of... The profiling of plasma cell-free DNA(cfDNA)is becoming a valuable tool rapidly for tumor diagnosis,monitoring and prognosis.Diverse plasma cfDNA technologies have been in routine or emerging use,including analyses of mutations,copy number alterations,gene fusions and DNA methylation.Recently,new technologies in cfDNA analysis have been developed in laboratories,and potentially reflect the status of epigenetic modification,the immune microenvironment and the microbiome in tumor tissues.In this review,the authors discuss the principles,methods and effects of the current cfDNA assays and provide an overview of studies that may inform clinical applications in the near future. 展开更多
关键词 cfdna liquid biopsy cancer diagnosis recurrence monitoring therapy response
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系统性红斑狼疮患者外周血不同形式循环游离DNA(cfDNA)的水平和免疫活性比较 被引量:2
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作者 黄建军 李志 +3 位作者 程龙 张鹏 李小宁 冯钢 《细胞与分子免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2021年第7期633-640,共8页
目的检测并分析不同形式循环游离DNA(cfDNA)在系统性红斑狼疮(SLE)患者外周血含量和对巨噬细胞和树突状细胞的刺激活性。方法募集58例SLE患者、66例非SLE自身免疫性疾病患者(non-SLE)和60例正常对照,提取血浆中总cfDNA、外泌体cfDNA和... 目的检测并分析不同形式循环游离DNA(cfDNA)在系统性红斑狼疮(SLE)患者外周血含量和对巨噬细胞和树突状细胞的刺激活性。方法募集58例SLE患者、66例非SLE自身免疫性疾病患者(non-SLE)和60例正常对照,提取血浆中总cfDNA、外泌体cfDNA和免疫复合物cfDNA,采用荧光法检测不同形式cfDNA含量,采用抗体捕获法检测不同形式cfDNA总甲基化水平。体外诱导培养巨噬细胞和树突状细胞,分别与DNA酶1样分子3(DNASE1L3)或IgG特异性降解酶处理前后的SLE来源的外泌体或免疫复合物共培养,采用多重荧光微球法检测巨噬细胞炎性蛋白1a(MIP-1a)、MIP-1b、白细胞介素4(IL-4)、IL-1β、IL-2、白细胞介素1受体拮抗剂(IL-1ra)、单核细胞趋化蛋白1(MCP-1)、IL-6、IL-9、IL-10、IL-12、IL-8、肿瘤坏死因子α(TNF-α)、α干扰素(IFN-α)和IFN-γ分泌以及细胞表面CD40、CD80和CD86。结果SLE组、non-SLE组外泌体cfDNA和免疫复合物cfDNA水平显著增加,SLE患者组也显著高于non-SLE组,单纯cfDNA在三组间无明显变化。除单纯cfDNA以外,SLE患者血浆不同类型cfDNA甲基化水平均显著低于non-SLE组和健康人群。消化酶处理后的外泌体和免疫复合物刺激分泌的MIP-1a、MIP-1b、IL-4、IL-1β、IL-2、IL-1ra、MCP-1、IL-6、IL-9、IL-8、TNF-α和IFN-α水平显著低于未经处理的刺激物,DNASE1L3处理后的外泌体和免疫复合物刺激后分泌的细胞因子量也显著低于IgG酶消化处理后得刺激物。与处理前相比,SLE患者来源的外泌体和免疫复合物经DNASE1L3处理后,对CD80、CD86和CD40在巨噬细胞和树突状细胞的刺激反应性均显著降低(CD86在巨噬细胞上的反应性无明显改变);IgG特异性降解酶降解处理前后的刺激对CD80、CD86和CD40在两种细胞的反应性表现不一,但总体上呈下降趋势。结论SLE患者血浆外泌体和免疫复合物cfDNA水平显著升高,可刺激巨噬细胞和树突状细胞产生较强应答。 展开更多
关键词 循环游离DNA(cfdna) 系统性红斑狼疮(SLE) 外泌体 巨噬细胞 树突状细胞
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PAP动态监测血浆cfDNA在进展期非小细胞肺癌患者治疗中的应用 被引量:2
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作者 徐晓燕 阎昭 +8 位作者 王雨萌 孟昭婷 陈金良 王青山 林丽 苏雨栋 丁少峰 朱琳 陈鹏 《中国肿瘤临床》 CAS CSCD 北大核心 2018年第2期83-87,共5页
目的:探讨焦磷酸化激活聚合反应(pyrophosphorolysis-activated polymerization,PAP)动态监测血浆cf DNA在进展期非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)患者治疗中的应用。方法:收集2016年3月至2017年6月就诊的进展期NSCLC患... 目的:探讨焦磷酸化激活聚合反应(pyrophosphorolysis-activated polymerization,PAP)动态监测血浆cf DNA在进展期非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)患者治疗中的应用。方法:收集2016年3月至2017年6月就诊的进展期NSCLC患者85例,采用PAP核酸扩增实时荧光PCR法与扩增阻滞突变系统(amplication refractory mutation system,ARMS)实时荧光PCR法检测血浆cf DNA的EGFR突变状况,比较组织与血浆及PAP法与ARMS-PCR检测结果的一致性;对突变阳性的38例患者采用PAP动态监测血浆基因突变状况。结果:血浆与组织突变检测结果差异无统计学意义(P=0.092)。PAP与ARMS-PCR突变检测结果差异亦无统计学意义(P=0.210)。血浆cf DNA EGFR基因突变的检出率,在疾病进展者中较未进展者中高(62.5%vs.21.3%,P<0.001)。结论:PAP可用于血浆cf DNA突变检测及动态监测以提前获得疾病进展的信息。 展开更多
关键词 焦磷酸化激活聚合反应 cfdna EGFR基因突变 非小细胞肺癌
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