随着芯片和高通量测序技术的广泛应用,在肿瘤研究领域积累了越来越多的基因组学数据,这些数据库为生物学的研究提供了便利,为临床治疗奠定了基础。文中以EGFR在恶性胶质瘤中的研究为例来演示ONCOMINE数据库、c Bio Portal数据库和UCSC X...随着芯片和高通量测序技术的广泛应用,在肿瘤研究领域积累了越来越多的基因组学数据,这些数据库为生物学的研究提供了便利,为临床治疗奠定了基础。文中以EGFR在恶性胶质瘤中的研究为例来演示ONCOMINE数据库、c Bio Portal数据库和UCSC Xena数据库的使用过程及相关分析比较上述三个数据库的研究侧重点,为初学者介绍上述3个数据库以便更加快速的掌握并应用于科研工作中。展开更多
目的 探讨Gli1、Gli2和Gli3基因及蛋白在肝细胞癌(HCC)组织中的表达特征及其与预后的关系。方法利用cBioportal数据库分析315例HCC样本中Gli基因的表达情况,并通过免疫组织化学方法检测40例HCC及其他肝脏组织中Gli蛋白的表达水平。结果 ...目的 探讨Gli1、Gli2和Gli3基因及蛋白在肝细胞癌(HCC)组织中的表达特征及其与预后的关系。方法利用cBioportal数据库分析315例HCC样本中Gli基因的表达情况,并通过免疫组织化学方法检测40例HCC及其他肝脏组织中Gli蛋白的表达水平。结果 315例HCC样本中57例(18.1%)出现Gli基因改变,Gli1、Gli2和Gli3的改变频率分别为19例(6.0%)、13例(4.1%)和25例(7.9%)。Gli1与Gli2,Gli1与Gli3呈现显著共存性(P<0.05),而Gli2与Gli3表现出互斥趋势。Gli1基因表达增加的患者无病生存率明显降低(P<0.01)。免疫组织化学结果显示,Gli1蛋白在HCC组织中的表达显著高于正常肝脏、癌旁组织、病毒性肝炎和肝硬化/肝纤维化组织(P<0.05)。在HCC组织中,Gli蛋白间呈现出较强的正相关性(Gli1 vs. Gli2:rs=0.796;Gli1 vs. Gli3:r s=0.759;Gli2 vs. Gli3 rs=0.891,均P<0.01)。53.3%(8/15)的HCC样本同时呈现3种Gli蛋白的高表达,而在非癌肝组织中仅为11.8%(2/17)。结论 Gli1、Gli2和Gli3蛋白在HCC组织中普遍呈现协同高表达和显著正相关,Gli1出现独立高表达的特殊表达模式。展开更多
文摘随着芯片和高通量测序技术的广泛应用,在肿瘤研究领域积累了越来越多的基因组学数据,这些数据库为生物学的研究提供了便利,为临床治疗奠定了基础。文中以EGFR在恶性胶质瘤中的研究为例来演示ONCOMINE数据库、c Bio Portal数据库和UCSC Xena数据库的使用过程及相关分析比较上述三个数据库的研究侧重点,为初学者介绍上述3个数据库以便更加快速的掌握并应用于科研工作中。
文摘目的 探讨Gli1、Gli2和Gli3基因及蛋白在肝细胞癌(HCC)组织中的表达特征及其与预后的关系。方法利用cBioportal数据库分析315例HCC样本中Gli基因的表达情况,并通过免疫组织化学方法检测40例HCC及其他肝脏组织中Gli蛋白的表达水平。结果 315例HCC样本中57例(18.1%)出现Gli基因改变,Gli1、Gli2和Gli3的改变频率分别为19例(6.0%)、13例(4.1%)和25例(7.9%)。Gli1与Gli2,Gli1与Gli3呈现显著共存性(P<0.05),而Gli2与Gli3表现出互斥趋势。Gli1基因表达增加的患者无病生存率明显降低(P<0.01)。免疫组织化学结果显示,Gli1蛋白在HCC组织中的表达显著高于正常肝脏、癌旁组织、病毒性肝炎和肝硬化/肝纤维化组织(P<0.05)。在HCC组织中,Gli蛋白间呈现出较强的正相关性(Gli1 vs. Gli2:rs=0.796;Gli1 vs. Gli3:r s=0.759;Gli2 vs. Gli3 rs=0.891,均P<0.01)。53.3%(8/15)的HCC样本同时呈现3种Gli蛋白的高表达,而在非癌肝组织中仅为11.8%(2/17)。结论 Gli1、Gli2和Gli3蛋白在HCC组织中普遍呈现协同高表达和显著正相关,Gli1出现独立高表达的特殊表达模式。
