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Cloning and characterization of an actin gene of Chlamys farreri and the phylogenetic analysis of mollusk actins 被引量:7
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作者 马洪明 麦康森 +1 位作者 刘付志国 徐玮 《Chinese Journal of Oceanology and Limnology》 SCIE CAS CSCD 2007年第3期304-309,共6页
An actin gene (CfACT1) was cloned by using RT-PCR, 3’and 5’RACE from hemocytes of the sea scallop Chlamys farreri. The full length of the transcript is 1 535 bp, which contains a long 3’ un-translated region of 436... An actin gene (CfACT1) was cloned by using RT-PCR, 3’and 5’RACE from hemocytes of the sea scallop Chlamys farreri. The full length of the transcript is 1 535 bp, which contains a long 3’ un-translated region of 436bp and 59bp of a 5’ un-translated sequence. The open reading frame encodes a polypeptide of 376 amino acids. Sequence comparisons indicated that CfACT1 is more closely related to vertebrate cytoplasmic actins than muscle types. Phylogenetic analysis showed that molluscan actins could be generally divided into two categories: muscle and cytoplasmic, although both are similar to vertebrate cytoplasmic actins. It was also inferred that different isotypes existed in muscle or cytoplasma in mollusks. The genomic sequence of CfACT1 was cloned and sequenced. Only one intron was detected: it was located between codons 42 and 43 and different from vertebrate actin genes. 展开更多
关键词 Chlamysfarreri ACTIN CLONE phylogenetic analysis INTRON
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基于LAMP技术的番茄灰霉病早期快速检测
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作者 赵芊 李文 +3 位作者 李西柳 贾振华 封晓娟 宋水山 《河南农业科学》 北大核心 2025年第6期84-91,共8页
由灰葡萄孢菌引起的番茄灰霉病是番茄主要病害之一,对番茄的产量和品质造成严重影响。为了对番茄灰霉病进行早期快速检测,以灰葡萄孢菌的ACTIN基因为靶基因,基于环介导等温扩增技术(Loop‑mediated isothermal amplification,LAMP),设计... 由灰葡萄孢菌引起的番茄灰霉病是番茄主要病害之一,对番茄的产量和品质造成严重影响。为了对番茄灰霉病进行早期快速检测,以灰葡萄孢菌的ACTIN基因为靶基因,基于环介导等温扩增技术(Loop‑mediated isothermal amplification,LAMP),设计并筛选出一组LAMP特异性引物,优化其反应体系和反应条件,实现对灰葡萄孢菌的快速等温扩增。通过琼脂糖凝胶电泳和SYBR GreenⅠ可视化分析,确定BstⅡDNA聚合酶、dNTPs的最佳用量和内外引物最佳比例分别为0.6 U/μL、1.25 mmol/L、2∶1,在61℃反应40 min即可特异性检测出灰葡萄孢菌,其灵敏度可达100 ag/μL,是普通PCR检测灵敏度的106倍。将该方法应用于番茄病害检测时,其对灰葡萄孢菌的孢子检出限达到20个/mL,且可在番茄被侵染4 d、尚无明显灰霉病感病表型的番茄叶片中检测出来,可用于番茄灰霉病的早期快速、灵敏、可视化检测。 展开更多
关键词 番茄 灰葡萄孢菌 灰霉病 环介导等温扩增 ACTIN基因
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EZH2靶向FAK/F⁃actin/ROS信号通路影响结直肠癌进展的机制研究
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作者 刁庆飞 张昊 +4 位作者 杨春白雪 樊建春 武雪亮 韩磊 路永刚 《南京医科大学学报(自然科学版)》 北大核心 2025年第8期1110-1122,共13页
目的:探讨Zeste同源物增强子2(enhancer of Zeste homolog 2,EZH2)对黏着斑激酶(focal adhesion kinase,FAK)/丝状肌动蛋白(filamentous actin,F⁃actin)/活性氧(reactive oxygen species,ROS)通路的调节作用,分析其对结直肠癌(colorecta... 目的:探讨Zeste同源物增强子2(enhancer of Zeste homolog 2,EZH2)对黏着斑激酶(focal adhesion kinase,FAK)/丝状肌动蛋白(filamentous actin,F⁃actin)/活性氧(reactive oxygen species,ROS)通路的调节作用,分析其对结直肠癌(colorectal cancer,CRC)细胞增殖、侵袭和转移的影响。方法:选取河北北方学院附属第一医院行CRC手术切除的患者50例,收集癌组织和癌旁正常组织标本,应用免疫组化法检测EZH2的表达水平,结合临床资料,分析EZH2的表达与临床病理参数及预后生存之间的关系;建立皮下移植瘤CRC裸鼠模型,分为阴性对照(EZH2 NC)组、EZH2过表达(EZH2 mimic)组、EZH2 NC+细胞松弛素D组和EZH2 mimic+细胞松弛素D组,培育14 d后观察肿瘤生长情况。体外培养人CRC细胞系SW480、SW620细胞,采用脂质体转染的方法,将SW480/SW620细胞分为4组:EZH2 NC组、EZH2 mimic组、EZH2 NC+细胞松弛素D组和EZH2 mimic+细胞松弛素D组。通过Western blot实验检测各组细胞中FAK/F⁃actin/ROS通路相关蛋白的表达情况,应用免疫荧光染色观察F⁃actin表达和分布,采用划痕、Transwell、CCK⁃8实验检测细胞迁移、侵袭及细胞活力。ChIP⁃qPCR实验检测局部FAK、NADPH氧化酶2(NADPH oxidase 2,NOX2)、NADPH氧化酶4(NADPH oxidaes 4,NOX4)在EZH2上的富集情况。结果:免疫组化检测结果显示,患者CRC组织较癌旁正常组织高表达EZH2(P<0.05);EZH2的表达水平与肿瘤的淋巴结转移及远处转移事件密切相关(P均<0.05);生存分析结果显示,低表达EZH2 CRC患者的5年总生存率显著高于EZH2高表达患者(P<0.05)。皮下移植瘤CRC裸鼠模型建立成功,EZH2 mimic组肿瘤体积明显大于EZH2 NC组(P<0.05),细胞松弛素D干预后,EZH2 NC+细胞松弛素D组和EZH2 mimic+细胞松弛素D组肿瘤体积分别较EZH2 NC组、EZH2 mimic组明显减小(P均<0.05),但两组间差异无统计学意义(P>0.05)。EZH2 mimic组EZH2、p⁃FAK、p⁃Paxillin、NOX2、NOX4和c⁃Jun氨基末端激酶(c⁃Jun N⁃terminal kinase,JNK)蛋白表达水平明显高于EZH2 NC组(P<0.05),而RUNX家族转录因子3(RUNX family transcription factor 3,RUNX3)蛋白表达水平稍低于EZH2 NC组(P<0.05),且F⁃actin分布数量、迁移能力和细胞活力增加(P<0.05)。EZH2、p⁃FAK和p⁃Paxillin蛋白表达水平较未干预组差异无统计学意义(P>0.05),NOX2、NOX4和p⁃JNK蛋白表达水平较未干预组则明显降低(P<0.05),RUNX3蛋白表达水平较未干预组明显增加(P<0.05),而干预的两组间差异无统计学意义(P>0.05);此外,细胞松弛素D干预后F⁃actin分布数量、迁移能力和细胞活力均显著降低,而干预的两组间差异无统计学意义(P>0.05)。ChIP⁃qPCR实验结果显示,使用EZH2抗体后,FAK、NOX2、NOX4所富集的启动子含量均显著升高(P<0.05)。结论:EZH2可通过上调FAK/F⁃actin/ROS通路活性进而促进CRC细胞的增殖、侵袭和转移。 展开更多
关键词 EZH2 FAK F⁃actin ROS 结直肠癌 增殖 侵袭 迁移
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舞花姜实时荧光定量PCR内参基因筛选
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作者 黄李珊 陈佩洵 +6 位作者 谭健俊 陈佳杨 钟敬桦 周熠玮 徐晔春 盛爱武 叶远俊 《广东农业科学》 2025年第9期29-40,共12页
【目的】筛选适用于不同品种舞花姜苞片及舞花姜‘白龙’不同部位研究试验的稳定内参基因,为后续舞花姜目的基因表达分析研究提供理论依据。【方法】从前期获得的不同品种舞花姜苞片转录组序列,根据相对表达量稳定性挑选苹果酸脱氢酶(M... 【目的】筛选适用于不同品种舞花姜苞片及舞花姜‘白龙’不同部位研究试验的稳定内参基因,为后续舞花姜目的基因表达分析研究提供理论依据。【方法】从前期获得的不同品种舞花姜苞片转录组序列,根据相对表达量稳定性挑选苹果酸脱氢酶(MDH)、肌动蛋白(Actin12)、转录延伸因子(EF1α2)、转录辅助蛋白(TAP46)、微管蛋白β(TUB7)、甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GAPDH)的编码基因和18S核糖体RNA(18S rRNA)基因作为候选内参基因。利用9个不同颜色舞花姜品种的苞片和舞花姜‘白龙’的根、叶片、侧芽、苞片和小花5个部位样品作为材料,分别对7个候选内参基因进行实时荧光定量PCR(qRT-PCR),通过BestKeeper、NormFinder和geNorm软件分析评估其作为不同品种舞花姜苞片组织和舞花姜‘白龙’不同部位组织内参基因的表达稳定性。【结果】7个候选内参基因的PCR产物经凝胶电泳检测显示条带单一清晰,与理论预测片段大小相符,熔解曲线为单一主峰,扩增效率介于92.91%~102.33%,线性相关系数r>0.990,表明引物特异性良好,适用于qRT-PCR试验。在不同品种舞花姜苞片中,Actin12在BestKeeper、NormFinder和geNorm软件程序评估中均排名第一。在舞花姜‘白龙’不同部位中,TAP46在BestKeeper和NormFinder软件的稳定性评估中排名第一,而在geNorm软件程序评估排名第四。【结论】综合3种软件分析结果表明,Actin12为不同品种舞花姜苞片qRT-PCR试验中最稳定的内参基因,TAP46为舞花姜‘白龙’不同部位qRT-PCR试验中最稳定的内参基因。 展开更多
关键词 实时荧光定量PCR 舞花姜 内参基因 Actin12 TAP46 苞片 基因表达量
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The interaction between KIF21A and KANK1 regulates dendritic morphology and synapse plasticity in neurons
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作者 Shi-Yan Sun Lingyun Nie +5 位作者 Jing Zhang Xue Fang Hongmei Luo Chuanhai Fu Zhiyi Wei Ai-Hui Tang 《Neural Regeneration Research》 SCIE CAS 2025年第1期209-223,共15页
Morphological alterations in dendritic spines have been linked to changes in functional communication between neurons that affect learning and memory.Kinesin-4 KIF21A helps organize the microtubule-actin network at th... Morphological alterations in dendritic spines have been linked to changes in functional communication between neurons that affect learning and memory.Kinesin-4 KIF21A helps organize the microtubule-actin network at the cell cortex by interacting with KANK1;however,whether KIF21A modulates dendritic structure and function in neurons remains unknown.In this study,we found that KIF21A was distributed in a subset of dendritic spines,and that these KIF21A-positive spines were larger and more structurally plastic than KIF21A-negative spines.Furthermore,the interaction between KIF21A and KANK1 was found to be critical for dendritic spine morphogenesis and synaptic plasticity.Knockdown of either KIF21A or KANK1 inhibited dendritic spine morphogenesis and dendritic branching,and these deficits were fully rescued by coexpressing full-length KIF21A or KANK1,but not by proteins with mutations disrupting direct binding between KIF21A and KANK1 or binding between KANK1 and talin1.Knocking down KIF21A in the hippocampus of rats inhibited the amplitudes of long-term potentiation induced by high-frequency stimulation and negatively impacted the animals’cognitive abilities.Taken together,our findings demonstrate the function of KIF21A in modulating spine morphology and provide insight into its role in synaptic function. 展开更多
关键词 ACTIN CYTOSKELETON dendrite KANK1 KIF21A MICROTUBULE spine morphology SPINE synaptic plasticity talin1
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Mannitol-facilitated entry of vancomycin into the central nervous system inhibits neuroinflammation in a rat model of MRSA intracranial infection by modulating brain endothelial cells
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作者 Yin Wen Zhiwei Su +7 位作者 Huishan Zhu Mengting Liu Zhuo Li Shiying Zhang Shuangming Cai Jiaqi Tang Hongguang Ding Hongke Zeng 《World Journal of Emergency Medicine》 2025年第3期239-247,共9页
BACKGROUND:The present study aims to investigate whether mannitol facilitates central nervous system(CNS) entry of vancomycin and alleviates methicillin-resistant Staphylococcus aureus(MRSA)intracranial infection.METH... BACKGROUND:The present study aims to investigate whether mannitol facilitates central nervous system(CNS) entry of vancomycin and alleviates methicillin-resistant Staphylococcus aureus(MRSA)intracranial infection.METHODS:Blood-brain barrier(BBB) permeability was assessed by measuring the concentration of sodium fl uorescein(NaF) in the brain tissues of rats and fl uorescein isothiocyanate-dextran(FITC-dextran)in a single-cell layer model.Neutrophil infiltration in the brain tissue,inflammatory cytokine levels in the serum,neurological function,and 7-day survival rates were used to evaluate therapeutic eff ects of mannitol and vancomycin in MRSA-infected rats.Syndecan-1 and fi lamentous actin(F-actin) levels were measured,and the relationship between F-actin and the endothelial glycocalyx layer(EGL) was explored via the depolymerization agent cytochalasin D and the polymerization agent jasplakinolide.RESULTS:Following mannitol administration,the NaF and vancomycin concentrations in the brain tissue increased rapidly within 5 min and remained stable for 30 min,indicating that mannitol increased BBB permeability for 30 min.In vitro,mannitol treatment led to significantly greater FITC-dextran permeation through a single-cell layer compared to controls.In the MRSA intracranial infection model,rats treated with mannitol and vancomycin simultaneously presented less infl ammation,improved neurological function,and increased 7-day survival rate compared to rats treated with vancomycin and mannitol at 10-hour intervals.Further experiments revealed that mannitol decreased the expression of syndecan-1 in brain tissues,which was confi rmed by in vitro experiments showing that mannitol signifi cantly decreased syndecan-1 via F-actin depolymerization.CONCLUSION:Mannitol may enhance the therapeutic effi cacy of vancomycin against intracranial MRSA infection by decreasing the endothelial glycocalyx of the BBB via F-actin depolymerization. 展开更多
关键词 MANNITOL VANCOMYCIN Methicillin-resistant Staphylococcus aureus Endothelial glycocalyx Filamentous actin
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Role of active stress and actin alignment in cell division:A hydrodynamic perspective
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作者 Kunhao Dong Menglong Feng Rui Ma 《Chinese Physics B》 2025年第8期59-71,共13页
Cell division is a fundamental biological process in which a parent cell divides into two daughter cells.The cell cortex,a thin layer primarily composed of actin filaments and myosin motors beneath the plasma membrane... Cell division is a fundamental biological process in which a parent cell divides into two daughter cells.The cell cortex,a thin layer primarily composed of actin filaments and myosin motors beneath the plasma membrane,plays a critical role in ensuring proper cell division.In this study,we apply a hydrodynamic model to describe the actin cortex as an active nematic surface,incorporating orientational order arising from actin filament alignment and anisotropic active stress produced by myosin motors.By analyzing the linearized dynamics,we investigate how shape,flow,and stress regulators evolve over time when the surface deviates slightly from a sphere.Our findings reveal that the active alignment of actin filaments,often overlooked in previous studies,is crucial for successful division.Furthermore,we demonstrate that a cortical chiral flow naturally emerges as a consequence of this active alignment.Overall,our results provide a mechanistic explanation for key phenomena observed during cell division,offering new insights into the role of active stress and filament alignment in cortical dynamics. 展开更多
关键词 cell division actin cortex nematic surface chiral flow
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百合肌动蛋白基因lilyActin的克隆与表达分析 被引量:22
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作者 梁云 袁素霞 +4 位作者 冯慧颖 徐雷锋 袁迎迎 刘春 明军 《园艺学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第7期1318-1326,共9页
为了在百合功能基因表达研究中选择一个理想内参基因,依据岷江百合cDNA文库所获得的百合肌动蛋白(Actin)基因的EST序列,采用RACE技术进行该基因cDNA全长克隆,并利用实时荧光定量PCR分析其在不同组织中的表达模式,获得百合肌动蛋白基因c... 为了在百合功能基因表达研究中选择一个理想内参基因,依据岷江百合cDNA文库所获得的百合肌动蛋白(Actin)基因的EST序列,采用RACE技术进行该基因cDNA全长克隆,并利用实时荧光定量PCR分析其在不同组织中的表达模式,获得百合肌动蛋白基因cDNA全长序列(GenBank登录号:JX826390),命名为lilyActin。该基因cDNA全长1367bp,其中,5′非编码区91bp,3′非编码区233bp,开放读码框1134bp,编码377个氨基酸。序列比对发现,该基因与其它15种植物肌动蛋白核苷酸序列的相似性均在80%以上,氨基酸序列的相似性达98%。进化分析显示,百合肌动蛋白与郁金香肌动蛋白的亲缘关系最近。实时荧光定量PCR结果显示,该基因在百合的花蕾、叶片和鳞片组织中恒定表达,表明相对于其他物种的内参基因,lilyActin更适宜作为百合属植物的内参基因。 展开更多
关键词 百合 ACTIN基因 基因克隆 表达分析 内参基因
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拟南芥、水稻和杨树ACTIN家族全基因组分析 被引量:19
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作者 郭景康 陈青云 +2 位作者 戢茜 张亮生 王健 《上海大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2009年第4期426-431,共6页
鉴定了覆盖拟南芥、水稻和杨树3种模式植物全基因组的20个拟南芥、18个水稻、22个杨树ACTIN蛋白基因,对其染色体定位、基因结构、基因复制等进行了综合分析.并在系统进化分析基础上,将ACTIN基因家族分为12个亚家族,有助于揭示植物ACTIN... 鉴定了覆盖拟南芥、水稻和杨树3种模式植物全基因组的20个拟南芥、18个水稻、22个杨树ACTIN蛋白基因,对其染色体定位、基因结构、基因复制等进行了综合分析.并在系统进化分析基础上,将ACTIN基因家族分为12个亚家族,有助于揭示植物ACTIN基因家族的进化历史,为后续ACTIN基因家族的功能提供线索,对研究植物ACTIN基因家族功能和进化上的多样性提供理论基础. 展开更多
关键词 拟南芥 水稻 杨树 ACTIN基因家族
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紧密连接蛋白ZO-1、occludin和actin参与缺氧缺血诱导的血脑屏障通透性增加 被引量:24
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作者 吴丽文 尹飞 +2 位作者 彭镜 王卫东 甘娜 《中国当代儿科杂志》 CAS CSCD 2008年第4期513-516,共4页
目的探讨血脑屏障紧密连接(blood-brain barrier-tight junction,BBB-TJ)蛋白ZO-1、occludin和ac-tin在缺氧缺血诱导的血脑屏障(blood-brain barrier,BBB)通透性增加中的变化及其机制。方法利用人脐静脉内皮细胞系ECV304与星形胶质细胞(... 目的探讨血脑屏障紧密连接(blood-brain barrier-tight junction,BBB-TJ)蛋白ZO-1、occludin和ac-tin在缺氧缺血诱导的血脑屏障(blood-brain barrier,BBB)通透性增加中的变化及其机制。方法利用人脐静脉内皮细胞系ECV304与星形胶质细胞(astrocytes,AS)共培养建立体外BBB模型,模型随机分为正常对照组和缺氧缺血两组。透射电镜观察两组间BBB-TJ的变化,直接免疫荧光观察细胞骨架蛋白actin分布的改变。γ计数仪检测大分子物质125I-牛血清白蛋白(125I-BSA)通透曲线观察BBB通透性的改变,Western blot检测细胞骨架蛋白actin,胞浆附着蛋白ZO-1,跨膜蛋白occludin的表达量的改变。结果透射电镜观察培养第10天的体外BBB模型,可见内皮细胞连接紧密,细胞间形成光滑、连续、较高密度的紧密连接。缺氧缺血后5 h,内皮细胞间连接开放,形成裂隙。直接免疫荧光下检测可见周边Actin丝带模糊,部分断裂,形成细胞间裂隙。缺氧缺血组125I-BSA的通透量增加,与对照组比较差异有统计学意义(P<0.01)。同时ZO-1的表达量显著减少,而occludin和actin的表达量无明显改变。结论缺氧缺血诱导occludin的位置分布改变和ZO-1的表达量减少进而促使actin蛋白发生重排,是导致缺氧缺血后BBB通透性增加的可能机制之一。 展开更多
关键词 血脑屏障 紧密连接蛋白 ACTIN ZO-1 OCCLUDIN 通透性 细胞培养
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香蕉果实SMART cDNA文库的构建及利用PCR方法筛选香蕉Actin2基因 被引量:16
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作者 徐碧玉 苏伟 +2 位作者 张建斌 刘菊华 金志强 《热带亚热带植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第5期375-380,共6页
利用SMART(switching mechanismat5’end of RNA transcript)技术,提取果实少量总RNA,经15-25轮LD-PCR扩增获得全长ds-cDNA,构建了海南主栽的食用香蕉巴西蕉(Musa AAA Group Cavendish)果实的cDNA文库。所构建的文库容量为5×106Pfu... 利用SMART(switching mechanismat5’end of RNA transcript)技术,提取果实少量总RNA,经15-25轮LD-PCR扩增获得全长ds-cDNA,构建了海南主栽的食用香蕉巴西蕉(Musa AAA Group Cavendish)果实的cDNA文库。所构建的文库容量为5×106Pfuml-1,重组率93%。利用此cDNA文库,采用96孔板PCR法筛选香蕉Actin2基因,测序结果显示,序列全长1723bp,编码区长1134bp,编码378个氨基酸,与蝴蝶兰Actin2基因序列同源率达83%,已递交GenBank,接受号692696。 展开更多
关键词 香蕉 果实 SMART CDNA文库 96孔板PCR Actin2基因
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多浆旱生植物霸王Actin基因片段的克隆及序列分析 被引量:30
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作者 伍国强 席杰军 +1 位作者 包爱科 王锁民 《生物技术通报》 CAS CSCD 2008年第2期101-104,共4页
根据其他植物Actin基因的保守序列设计一对简并性引物,以霸王叶片总RNA为模板,采用RT-PCR的方法扩增出Actin基因片段并克隆到PUCm-T载体。阳性克隆经PCR鉴定后进行测序,序列分析结果表明:该片段长598bp,编码198个氨基酸;所得序列与GenB... 根据其他植物Actin基因的保守序列设计一对简并性引物,以霸王叶片总RNA为模板,采用RT-PCR的方法扩增出Actin基因片段并克隆到PUCm-T载体。阳性克隆经PCR鉴定后进行测序,序列分析结果表明:该片段长598bp,编码198个氨基酸;所得序列与GenBank中注册的Actin基因序列的同源性均在82%以上,与其他肌动蛋白的氨基酸序列的同源性达91%以上。 展开更多
关键词 霸王 ACTIN基因 克隆 序列分析
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盐生植物碱蓬Actin基因片段的克隆及序列分析 被引量:26
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作者 马清 周向睿 +1 位作者 伍国强 王锁民 《生物技术》 CAS CSCD 北大核心 2009年第1期1-3,共3页
目的:克隆盐生植物碱蓬(Suaeda glauca)Actin基因片段,为研究其它基因在碱蓬的表达和调控提供内参基因。方法:根据已知植物Actin基因的保守序列设计一对简并性引物,采用RT-PCR的方法扩增Actin基因片段,使用分子生物学软件进行序列分析... 目的:克隆盐生植物碱蓬(Suaeda glauca)Actin基因片段,为研究其它基因在碱蓬的表达和调控提供内参基因。方法:根据已知植物Actin基因的保守序列设计一对简并性引物,采用RT-PCR的方法扩增Actin基因片段,使用分子生物学软件进行序列分析。结果:获得一段大小为598bp的基因片段,编码198个氨基酸;该序列与其它Actin基因核苷酸序列的同源性均在80%以上,与氨基酸序列的同源性达93%以上。结论:克隆的基因为Actin基因片段,将其命名为SgACT,并登录在GenBank,登录号为EU429457。 展开更多
关键词 碱蓬 ACTIN基因 克隆 序列分析
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蒙古冰草肌动蛋白基因片段的克隆与组织表达分析 被引量:15
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作者 云锦凤 赵彦 +1 位作者 石凤敏 王俊杰 《草业学报》 CSCD 北大核心 2011年第2期170-176,共7页
本研究利用同源序列法分离蒙古冰草Actin基因同源片段,并分析蒙古冰草Actin基因在根、茎、叶中的表达特征。根据禾本科植物小麦Actin基因的保守序列设计1对引物A1,经RT-PCR扩增,从蒙古冰草cDNA中克隆到1个长度为541 bp的Actin基因片段,... 本研究利用同源序列法分离蒙古冰草Actin基因同源片段,并分析蒙古冰草Actin基因在根、茎、叶中的表达特征。根据禾本科植物小麦Actin基因的保守序列设计1对引物A1,经RT-PCR扩增,从蒙古冰草cDNA中克隆到1个长度为541 bp的Actin基因片段,使用DNAman和DNAUSER等分子生物学软件进行序列分析,结果表明,该序列编码179个氨基酸,并推测该片段具有Actin超基因家族的保守结构域,含有1个ATP结合位点,抑制蛋白结合位点和胶溶蛋白结合位点;该基因片段的氨基酸序列与小麦Actin基因的同源性为99%,与玉米同源性为96%,与水稻同源性为93%。组织器官特异性表达分析结果表明,该基因在根、茎、叶中的表达量恒定。将该基因片段命名为MwACT1,并在GengBank中登记注册,登录号为FJ490410。 展开更多
关键词 蒙古冰草 ACTIN基因 克隆 表达分析
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香樟Actin基因的克隆及表达分析 被引量:9
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作者 李勇鹏 张力维 +2 位作者 姚瑶 黄蕊 杜丽 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第5期120-127,共8页
Actin作为一个看家基因,经常在实时定量PCR中被用作内参对不同样品中的m RNA进行定量,因此在基因表达分析中扮演重要的角色。利用同源克隆的方法,根据Gen Bank中已经公布的其他植物的Actin基因的保守序列设计简并引物,采用RT-PCR(Revers... Actin作为一个看家基因,经常在实时定量PCR中被用作内参对不同样品中的m RNA进行定量,因此在基因表达分析中扮演重要的角色。利用同源克隆的方法,根据Gen Bank中已经公布的其他植物的Actin基因的保守序列设计简并引物,采用RT-PCR(Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction)技术从香樟中获得了4个c DNA片段。分子生物学分析软件分析结果显示,4个片段大小为均为998 bp,编码332个氨基酸;同源性分析表明,所获得的片段属于Actin亚家族,分别命名为Cc ACTa、Cc ACTb、Cc ACTc和Cc ACTd并提交Gen Bank(登录号:KM086736、KM086737、KM086738和KM086739)。实时定量PCR结果显示,Cc ACTc在根、茎、叶及低温处理的叶片中表达量相对稳定,可以作为候选内参基因。 展开更多
关键词 香樟 ACTIN 基因克隆 表达分析 实时定量PCR
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内参基因β-actin质粒标准品的构建 被引量:13
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作者 王玉林 史进方 +2 位作者 蔡惠芬 樊一笋 顾国浩 《中国组织工程研究与临床康复》 CAS CSCD 北大核心 2008年第48期9501-9504,共4页
为构建检测内参基因β-actin mRNA表达水平差异的标准品,以成人外周血细胞的总RNA为模板、Random 6 mers为引物反转录合成cDNA,用该cDNA为模板PCR扩增人β-actin基因相应的cDNA片段,构建PMD-18-β-actin重组质粒,鉴定测序后,用荧光定量... 为构建检测内参基因β-actin mRNA表达水平差异的标准品,以成人外周血细胞的总RNA为模板、Random 6 mers为引物反转录合成cDNA,用该cDNA为模板PCR扩增人β-actin基因相应的cDNA片段,构建PMD-18-β-actin重组质粒,鉴定测序后,用荧光定量PCR制作标准曲线。结果外周血提取的总RNA完整性良好,构建的β-actin质粒经PCR扩增后得到一186bp的清晰条带,测序结果与目的片段完全一致,且质粒的原始浓度为2.39×1013 copies/mL,倍比稀释至2.0×104copies/mL均能得到良好的标准曲线(R2=1),提示构建β-actin基因荧光定量PCR标准质粒成功。 展开更多
关键词 β—actin 内参基因 荧光定量PCR
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中国卤虫actin基因的实时荧光定量PCR方法的建立和优化 被引量:8
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作者 侯林 姜丽娟 +4 位作者 孙文静 张瑞锋 王家庆 赵欣涛 安家璐 《辽宁师范大学学报(自然科学版)》 CAS 北大核心 2006年第4期466-469,共4页
根据GenBank中卤虫actin基因的保守区域序列设计并合成一对引物,采用SYBR GreenⅠ作为染料建立了实时荧光定量PCR(real-time fluorescence quantitative PCR)方法.以Ct值为纵坐标,以稀释倍数的对数为横坐标,建立标准曲线,其相关系数达到... 根据GenBank中卤虫actin基因的保守区域序列设计并合成一对引物,采用SYBR GreenⅠ作为染料建立了实时荧光定量PCR(real-time fluorescence quantitative PCR)方法.以Ct值为纵坐标,以稀释倍数的对数为横坐标,建立标准曲线,其相关系数达到了0.999.溶解曲线分析显示产物为单一的特异峰,Tm为83.6℃.结果表明:本实验建立的中国卤虫actin基因的实时荧光定量PCR法扩增效率高、特异性强、线性范围广、检测周期短,为actin基因作为内参基因进行卤虫早期胚胎发育基因表达的定量分析奠定了基础. 展开更多
关键词 中国卤虫 ACTIN基因 实时荧光定量PCR
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黄瓜棒孢叶斑病菌PCR检测方法的建立 被引量:9
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作者 陈璐 石延霞 +2 位作者 谢学文 柴阿丽 李宝聚 《园艺学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第3期585-592,共8页
根据黄瓜棒孢叶斑病菌多主棒孢(Corynespora cassiicola)与棒孢属下女贞棒孢(Corynespora lieustri)、威尔士棒孢(Corynespora cambrensis)和其他常见病原真菌Actin基因序列差异,设计多主棒孢的特异性引物Caa5F/Caa5R,建立了黄瓜棒孢叶... 根据黄瓜棒孢叶斑病菌多主棒孢(Corynespora cassiicola)与棒孢属下女贞棒孢(Corynespora lieustri)、威尔士棒孢(Corynespora cambrensis)和其他常见病原真菌Actin基因序列差异,设计多主棒孢的特异性引物Caa5F/Caa5R,建立了黄瓜棒孢叶斑病菌的PCR检测方法,可对引起黄瓜棒孢叶斑病的病原菌扩增出160 bp的特异性条带,检测灵敏性为4 pg·μL-1 DNA,并可从接种后发病的黄瓜叶片总DNA中检测到特异条带。该引物的PCR检测方法灵敏性较高,可直接检测植株总DNA,无需病原菌的分离培养,适用于对黄瓜棒孢叶斑病特异快速的检测。 展开更多
关键词 黄瓜棒孢叶斑病菌 检测方法 ACTIN基因 PCR检测
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海州香薷Actin基因片段克隆及表达分析 被引量:6
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作者 蔡深文 熊治廷 +2 位作者 刘晨 徐仲瑞 邓松强 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第2期111-115,共5页
通过克隆海州香薷Actin基因片段并分析其组织表达,为研究海州香薷重金属抗性相关基因的表达调控奠定基础。根据Gen Bank中其他植物Actin基因保守序列设计兼并引物,以海州香薷根总RNA为模板,利用RT-PCR技术分离得到Actin基因片段。序列... 通过克隆海州香薷Actin基因片段并分析其组织表达,为研究海州香薷重金属抗性相关基因的表达调控奠定基础。根据Gen Bank中其他植物Actin基因保守序列设计兼并引物,以海州香薷根总RNA为模板,利用RT-PCR技术分离得到Actin基因片段。序列分析结果表明,海州香薷Actin基因片段长576 bp,编码192个氨基酸,与其他植物同源基因的氨基酸序列相似性为84%-97%,所克隆的序列为Actin基因的同源片段,将其命名为Eh ACT,在Gen Bank中提交序列,获得登录号AGT37260。半定量RT-PCR分析结果表明,Eh ACT在海州香薷的根、茎和叶中表达相对稳定,初步表明其可作为研究海州香薷基因表达的内参基因。 展开更多
关键词 海州香薷 ACTIN基因 克隆 表达
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浙贝母肌动蛋白基因的克隆及生物信息学分析 被引量:10
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作者 冯亚斌 施鑫磊 +3 位作者 俞信光 沈晓霞 江建铭 王忠华 《中成药》 CAS CSCD 北大核心 2017年第1期126-130,共5页
目的克隆浙贝母Fritillaria thunbergii Miq.肌动蛋白(Actin)基因,并进行生物信息学分析。方法提取浙贝母根、茎、叶、花、鳞茎总RNA,设计合成简并引物。以叶片总RNA为模板,通过RT-PCR和Ta克隆技术克隆Actin基因保守区序列片段。以该基... 目的克隆浙贝母Fritillaria thunbergii Miq.肌动蛋白(Actin)基因,并进行生物信息学分析。方法提取浙贝母根、茎、叶、花、鳞茎总RNA,设计合成简并引物。以叶片总RNA为模板,通过RT-PCR和Ta克隆技术克隆Actin基因保守区序列片段。以该基因为内参基因,对3-羟基-3-甲基戊二酰辅酶A还原酶(HMGR)基因进行组织特异性表达分析。结果经RT-PCR扩增和Ta克隆,得到1段基因序列(463 bp)。浙贝母Actin基因与岷江百合、郁金香、虎眼万年青、铁皮石斛、柿子、光皮桦、玉米相似度较高(84%~98%),其氨基酸序列与阿帝露茅膏菜、甘蓝型油菜、香草兰、岷江百合、麻疯树、枸杞、红海榄的同源性均在89%以上,并且其Actin蛋白与百脉根、岷江百合、郁金香亲缘关系较近。HMGR基因在该植物各部位表达有显著差异,依次为鳞茎>花>叶>茎>根。结论首次从浙贝母中克隆出Actin基因(命名为Ft Actin),可为其有效利用奠定基础。 展开更多
关键词 浙贝母 肌动蛋白(Actin)基因 克隆 生物信息学分析
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