ZBED2调控JAK信号对卵巢癌细胞增殖、侵袭与迁移的影响

1

作者 张欣欣 董艳 +1 位作者 李君 霍延琴 《中国妇产科临床杂志》 北大核心 2026年第1期34-37,共4页

目的 探讨含锌指BED型2(ZBED2)在卵巢癌细胞增殖、迁移与侵袭中的作用及机制。方法 利用RT-qPCR检测ZBED2在卵巢癌细胞OVCAR3的表达。培养OVCAR3细胞并分为shRNA组(阴性对照)、shZBED2组(干扰ZBED2表达)和shZBED2+Colivelin组(干扰ZBED... 目的 探讨含锌指BED型2(ZBED2)在卵巢癌细胞增殖、迁移与侵袭中的作用及机制。方法 利用RT-qPCR检测ZBED2在卵巢癌细胞OVCAR3的表达。培养OVCAR3细胞并分为shRNA组(阴性对照)、shZBED2组(干扰ZBED2表达)和shZBED2+Colivelin组(干扰ZBED2表达+JAK通路激动剂)。利用RT-qPCR或Western blot检测p-JAK1、p-STAT3和ZBED2的表达。CCK-8法、伤口愈合实验和Tran-swell小室实验检测OVCAR3细胞的增殖、迁移和侵袭能力。结果 ZBED2在卵巢癌组织和细胞中表达上调(P<0.05)。shZBED2组p-JAK1、p-STAT3和ZBED2的表达低于shRNA组(P<0.01);shZBED2+Colivelin组p-JAK1、p-STAT3和ZBED2的表达高于shZBED2组(P<0.01)。此外,shZBED2组OVCAR3细胞的增殖、迁移和侵袭能力低于shRNA组(P<0.01),shZBED2+Colivelin组OVCAR3细胞的增殖、迁移和侵袭能力高于shZBED2组(P<0.01)。结论 ZBED2通过激活JAK1/STAT3信号通路在卵巢癌的发展过程中发挥致瘤作用,提示ZBED2在卵巢癌中具有潜在的治疗潜力。 展开更多

关键词 卵巢癌 zbed2 JAK/STAT信号通路 侵袭 迁移

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ZBED6基因敲除对巴马香猪肺脏转录调控的影响

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作者 陈欣雨 王圣楠 +3 位作者 王丹丹 马月辉 蒋琳 刘书琴 《中国畜牧兽医》 北大核心 2025年第12期5849-5858,共10页

【目的】研究ZBED6基因敲除对巴马香猪肺脏基因表达谱的影响,进一步明确ZBED6基因缺失对巴马香猪肺脏功能的影响。【方法】采集8月龄雌性野生型(WT)和ZBED6基因敲除型(ZBED6-KO)巴马香猪肺脏组织并称重,用Trizol法提取肺脏组织RNA,经质... 【目的】研究ZBED6基因敲除对巴马香猪肺脏基因表达谱的影响,进一步明确ZBED6基因缺失对巴马香猪肺脏功能的影响。【方法】采集8月龄雌性野生型(WT)和ZBED6基因敲除型(ZBED6-KO)巴马香猪肺脏组织并称重,用Trizol法提取肺脏组织RNA,经质量检测后建库(NEBNext^(■)Ultra^(TM))并测序(Illumina HiSeq 2500)。数据经Fastp v 0.23.4质控,TopHat和Cufflink分析差异基因,以|log 2FoldChange|≥1和P≤0.05为标准筛选出差异表达基因。利用g:Profiler在线数据库对差异表达基因进行富集分析,利用实时荧光定量PCR对转录组测序(RNA-Seq)结果进行验证。【结果】与WT型巴马香猪相比,ZBED6-KO型巴马香猪的肺脏重量无显著变化(P>0.05)。利用转录组测序在WT和ZBED6-KO型巴马香猪肺脏组织中共筛选出480个差异表达基因,其中上调基因125个,下调基因355个。上调基因主要富集在2条与免疫相关的通路,下调基因主要富集在代谢相关通路中。实时荧光定量PCR验证结果显示,上调和下调基因的表达变化趋势与RNA-Seq结果一致,证实了RNA-Seq数据的可靠性。【结论】ZBED6基因敲除影响了巴马香猪肺脏组织的基因表达谱,其中免疫相关基因普遍上调,而代谢相关基因显著下调。本研究结果为ZBED6在肺脏组织中的功能与作用提供更多的理论支持和证据,进一步填补了转录因子ZBED6在哺乳动物中肺脏方面作用机制的研究空白。 展开更多

关键词 zbed6基因 基因敲除 转录组分析 肺脏 巴马香猪

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锌指蛋白ZBED3在小鼠卵细胞中的表达及意义 被引量：1

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作者 崔婷 张平 +2 位作者 郭雪江 霍然 毕晔 《南京医科大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2011年第9期1274-1276,1309,共4页

目的:研究锌指蛋白(zinc finger,BED-type containing 3,ZBED3)在小鼠卵母细胞中的表达及分布,探讨ZBED3在小鼠卵细胞成熟及早期胚胎发育过程的功能。方法:运用生物信息学资源分析ZBED3在多组织中的表达情况,运用免疫印迹法和免疫组织... 目的:研究锌指蛋白(zinc finger,BED-type containing 3,ZBED3)在小鼠卵母细胞中的表达及分布,探讨ZBED3在小鼠卵细胞成熟及早期胚胎发育过程的功能。方法:运用生物信息学资源分析ZBED3在多组织中的表达情况,运用免疫印迹法和免疫组织化学术,检测ZBED3在小鼠卵细胞中的表达和分布。结果:生物信息学检索显示ZBED3 mRNA在卵细胞及受精卵中特异性表达,免疫印迹法证实ZBED3在小鼠卵母细胞中高表达,同时免疫组织化学显示阳性信号主要集中在卵母细胞胞浆中。结论:ZBED3可能在卵母细胞成熟和早期胚胎发育过程中发挥作用。 展开更多

关键词 zbed3 小鼠 卵母细胞

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调控民猪ZBED6基因转录元件的筛选与分析 被引量：1

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作者 张冬杰 刘洋 +2 位作者 汪亮 李忠秋 刘娣 《中国畜牧杂志》 CAS 北大核心 2019年第7期76-81,共6页

ZBED6是锌指蛋白家族的一员,在胎盘哺乳动物中极其保守,可通过对IGF2的调控参与骨骼肌生长。为进一步探究ZBED6基因自身的表达调控机制,本研究以民猪基因组DNA为模板,通过常规PCR扩增ZBED6基因启动子区系列截短片段,构建克隆质粒,通过... ZBED6是锌指蛋白家族的一员,在胎盘哺乳动物中极其保守,可通过对IGF2的调控参与骨骼肌生长。为进一步探究ZBED6基因自身的表达调控机制,本研究以民猪基因组DNA为模板,通过常规PCR扩增ZBED6基因启动子区系列截短片段,构建克隆质粒,通过双酶切和连接反应定向连入pGL3-basic载体,利用PK15细胞和双荧光素酶检测系统测定重组质粒的相对荧光素酶活性;利用在线软件预测启动子区的转录因子结合位点,使用重叠PCR定点缺失转录因子结合位点,构建突变载体并在PK15细胞中检测突变载体的相对荧光素酶活性。结果表明:ZBED6基因启动子区-2053^-1777 bp存在多个转录因子结合位点,尤其是-1808^-1777 bp,该片段缺失造成启动子活性下降(P<0.01);利用在线软件在该区间预测到3个转录因子HINFP、Adf-1和CREB3,经实验验证后发现这3个转录因子均可调控ZBED6基因的转录,其中Adf-1效果最为明显。据此推测,民猪ZBED6基因的转录调控机制较为复杂,其启动子区存在HINFP、Adf-1和CREB3等多个调控元件的结合位点。 展开更多

关键词 zbed6基因 启动子 荧光素酶活性 重叠PCR 民猪

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绵羊ZBED6基因多态性检测及群体遗传结构分析 被引量：1

5

作者 马燕 贺三刚 李文蓉 《石河子大学学报（自然科学版）》 CAS 2016年第4期431-435,共5页

为了明确绵羊ZBED6基因的分子遗传特征及其在群体间的差异,采用DNA快速测序法对特克赛尔羊与阿勒泰羊杂交后代进行多态性检测,为下一步分析该基因与产肉性状的相关性奠定基础,进而为绵羊产肉性状的选育提供分子标记。结果显示:2个杂交... 为了明确绵羊ZBED6基因的分子遗传特征及其在群体间的差异,采用DNA快速测序法对特克赛尔羊与阿勒泰羊杂交后代进行多态性检测,为下一步分析该基因与产肉性状的相关性奠定基础,进而为绵羊产肉性状的选育提供分子标记。结果显示:2个杂交群体在ZBED6基因编码区均存在两处多态性位点,2个位点发生的突变分别是位于第一外显子1723 bp的C→T突变和位于第一外显子2095 bp的A→G突变。这2个突变未导致氨基酸变化,为同义突变;经卡方检验分析,在C1723T位点,基因型TT在横交F2和回交F2群体中均表现为优势基因型,且T等位基因在2个群体中均为优势等位基因;2个群体的有效等位基因数接近2,说明此等位基因在群体中分布均匀;横交F2、回交F2绵羊多态信息含量分别为0.38、0.36,为中度多态,遗传变异较大;2个群体的基因型分布不存在差异(P>0.05)。在A2095G位点,基因型AG在2个群体中表现为优势基因型,A等位基因为优势等位基因,且分布均匀;2个群体PIC为0.36(横交F2)、0.40(回交F2),呈中度多态,基因型分布亦不存在差异。这表明在ZBED6基因上检测到的2个多态性位点与供试绵羊群体基因型分布差异不显著。 展开更多

关键词 绵羊 zbed6基因 编码区 多态性

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ZBED 6基因敲除猪脾脏转录组测序数据分析

6

作者 赵海东 陈平博 +5 位作者 韦燕佩 邬明丽 易晓华 杜敏杰 魏泽辉 孙秀柱 《家畜生态学报》 北大核心 2022年第6期17-24,共8页

ZBED 6基因作为一个重要的瘦肉型猪育种分子靶点已经在基因编辑育种工作中获得了一定效果,但基因编辑猪免疫机能是否存在缺陷尚需科学研究支持。该研究收集了ZBED 6-SKO和WT猪脾脏组织并结合转录组测序技术,发掘差异表达基因,对差异表... ZBED 6基因作为一个重要的瘦肉型猪育种分子靶点已经在基因编辑育种工作中获得了一定效果,但基因编辑猪免疫机能是否存在缺陷尚需科学研究支持。该研究收集了ZBED 6-SKO和WT猪脾脏组织并结合转录组测序技术,发掘差异表达基因,对差异表达基因进行生物信息学相关分析。结果表明:通过转录组测序获得了每个样本超过6 Gb的数据,数据比对显示比对率均高于90%,能够满足后续分析需要。以TPM为单位,获得表达具有显著差异的基因集(FDR<0.05,FC>2),发现在ZBED6-SKO组和WT组之间仅存在9个差异表达基因,其中5个基因上调,4个基因下调,分别为IL4R、DCAKD、FAM91A1、ZNF140、ATP6V1D、ENDOV、ZNF333、PLOD2、R-SSC-211859。同时在GO聚类、KEGG聚类和KOG聚类当中均未获得显著富集的相关基因集。数据表明在进行基因编辑操作之后,ZBED 6-SKO猪的脾脏免疫功能没有发生明显变化。该研究首次通过对ZBED 6基因敲除猪脾脏组织进行基因表达水平的探究,发现在基因编辑操作后获得的动物体在脾脏免疫机能上与野生型不存在较高水平的差异,并未发现ZBED 6基因敲除猪脾脏免疫缺陷相关证据,关于基因编辑猪免疫缺陷的背后机制仍有待进一步探明。 展开更多

关键词 zbed 6 基因编辑猪 脾脏 转录组测序 差异表达基因

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猪ZBED6基因有效突变位点的筛选与验证

7

作者 张冬杰 汪亮 +1 位作者 李忠秋 刘娣 《中国畜牧杂志》 CAS 北大核心 2017年第8期34-37,43,共5页

锌指蛋白ZBED6基因的突变可促进骨骼肌中胰岛素样生长因子2(IGF2)转录水平显著上调,从而促进细胞增殖和肌管形成。本研究利用CRISPR-Cas9技术对猪的ZBED6基因进行编辑,利用在线软件筛选出4个突变靶点,利用p Cas9/g RNA载体构建p Cas9/g ... 锌指蛋白ZBED6基因的突变可促进骨骼肌中胰岛素样生长因子2(IGF2)转录水平显著上调,从而促进细胞增殖和肌管形成。本研究利用CRISPR-Cas9技术对猪的ZBED6基因进行编辑,利用在线软件筛选出4个突变靶点,利用p Cas9/g RNA载体构建p Cas9/g RNA-ZBED6质粒,再构建4个用于验证突变效率的p TYNE-ZBED6质粒,同时转染HEK293细胞系,通过观察荧光信号的强弱判断靶序列突变效率的高低。结果表明:位于编码区第17~37位点的靶点1转染后荧光信号最强,切割效率最高,该位点是利用CRISPR-Cas9技术编辑ZBED6基因的有效位点。 展开更多

关键词 猪 zbed6基因 荧光信号 CRISPR-Cas9技术

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ZBED6基因1043A/G多态性与2型糖尿病相关性的初步研究

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作者 何珊 马淑一 +3 位作者 付玉华 于敬达 高芳 蔡琳 《包头医学院学报》 CAS 2019年第3期73-74,共2页

目的:探讨ZBED6基因单核苷酸多态性SNP1043与2型糖尿病的相关性。方法:采用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性方法,对83例2型糖尿病患者和同等数量无亲缘关系的健康对照者ZBED6基因1043A/G多态性进行检测,并随机抽取患者和正常对照样本... 目的:探讨ZBED6基因单核苷酸多态性SNP1043与2型糖尿病的相关性。方法:采用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性方法,对83例2型糖尿病患者和同等数量无亲缘关系的健康对照者ZBED6基因1043A/G多态性进行检测,并随机抽取患者和正常对照样本各5例测序。结果:在83列2型糖尿病患者标本中未检测到基因多态性。结论:ZBED6基因1043A/G位点基因多态性与2型糖尿病发生的危险因素无相关性。 展开更多

关键词 2型糖尿病 zbed6 单核苷酸多态性

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用ZBED6基因敲除猪研究心脏发育的分子机制 被引量：4

9

作者 王丹丹 唐雨婷 +3 位作者 马月辉 王立刚 潘登科 蒋琳 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2018年第7期1390-1400,共11页

【目的】ZBED6基因是一个调控肌肉生长发育的转录因子,为了探讨ZBED6在心肌生长发育中的调控机制,利用RNA Sequencing(RNA-Seq)技术比较ZBED6基因敲除巴马小型猪(ZBED6-KO)和同日龄正常巴马小型猪(ZBED6-WT)的心脏组织转录组,挖掘ZBED6... 【目的】ZBED6基因是一个调控肌肉生长发育的转录因子,为了探讨ZBED6在心肌生长发育中的调控机制,利用RNA Sequencing(RNA-Seq)技术比较ZBED6基因敲除巴马小型猪(ZBED6-KO)和同日龄正常巴马小型猪(ZBED6-WT)的心脏组织转录组,挖掘ZBED6基因的敲除对家猪心脏组织发育及基因表达的影响。【方法】利用t-test对ZBED6-KO猪和ZBED6-WT猪心脏组织大小的表型特征进行显著性分析,利用实时荧光定量PCR对ZBED6基因的靶基因IGF2的表达量进行定量。通过制作石蜡组织切片对心肌进行组织学分析,比较其组织结构的差异。提取ZBED6-KO猪和ZBED6-WT猪心脏组织的总RNA,以Illumina Hiseq 2000平台进行RNA-Seq分析。以猪Sus_scrofa10.2为参考序列,用转录组的标准流程筛选ZBED6-KO猪和ZBED6-WT猪心脏组织中的差异表达基因,对差异基因进行GO和IPA富集分析。随机选择9个差异表达基因,利用实时荧光定量PCR验证RNA-Seq结果的可靠性。【结果】ZBED6-KO猪心脏重以及IGF2表达量均显著高于ZBED6-WT猪(P<0.05),与ZBED6-WT猪相比,ZBED6-KO猪肌纤维的宽度较宽,结缔组织较少,ZBED6基因的敲除对家猪心脏的生长发育有一定的促进作用;测序结果显示,各样本获得至少10 G的数据量,每个样本clean ratio、Q30 data均达到90%以上,其中62.8%-80.1%的reads能比对到猪的基因组上,表明测序饱和度良好,测序数据真实可靠;对测序数据进行分析,筛选到184个差异基因,其中上调的基因114个,下调的基因70个,注释的141个,未注释的43个;差异基因层次聚类分析显示,ZBED6-KO组(x1、x3、x6)的3个个体表达模式相似,ZBED6-WT组(x2、x4、x5)的3个个体表达模式相似;GO和IPA富集分析得到13个显著的GO条目,33条显著的pathway通路,差异基因主要富集在免疫反应、肌肉发育和Rho A信号等相关的通路;q RT-PCR检测9个差异表达基因的表达模式与RNA-Seq分析结果一致,证实了RNA-Seq结果的可靠性。【结论】首次以ZBED6-KO巴马小型猪为模型,利用RNA-Seq技术探究了ZBED6敲除对心脏发育和功能的影响,丰富了ZBED6对心脏发育和功能的研究。 展开更多

关键词 zbed6 基因敲除 RNA-SEQ 心肌发育 差异表达基因

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lncRNA ZBED3-AS1通过吸附miR-512-5p调控DACH1抑制前列腺癌细胞的增殖和迁移 被引量：9

10

作者 向涵 刘铮 +3 位作者 周毅彬 姚裘 金露 薛波新 《临床与实验病理学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2020年第4期401-406,共6页

目的分析长链非编码RNA(long-chain non-coding RNA,lncRNA)ZBED3-AS1通过调节miR-512-5p在前列腺癌发生、发展中的作用。方法qRT-PCR技术检测67例前列腺癌组织及相应癌旁正常组织中ZBED3-AS1的表达并分析前列腺癌细胞株及永生化前列腺... 目的分析长链非编码RNA(long-chain non-coding RNA,lncRNA)ZBED3-AS1通过调节miR-512-5p在前列腺癌发生、发展中的作用。方法qRT-PCR技术检测67例前列腺癌组织及相应癌旁正常组织中ZBED3-AS1的表达并分析前列腺癌细胞株及永生化前列腺上皮细胞中ZBED3-AS1的表达。将表达最低的细胞根据随机数字法分为阴性对照组(转染阴性对照质粒)和ZBED3-AS1组(转染表达ZBED3-AS1的质粒)。WST-1法和Transwell法分析细胞增殖和迁移能力。生物信息学预测ZBED3-AS1的靶基因。qRT-PCR技术分析两组细胞中ZBED3-AS1和靶基因的表达。Western blot法检测靶基因蛋白的表达。结果前列腺癌组织和相应癌旁组织中ZBED3-AS1的表达量分别为0.85±0.26和4.33±0.88(t=18.79,P<0.01)。前列腺癌细胞中ZBED3-AS1的表达低于永生化前列腺上皮细胞(P<0.05),在DU-145中的表达最低(P<0.01)。ZBED3-AS1组中ZBED3-AS1的表达显著增加(P<0.01)。第3天,ZBED3-AS1组细胞OD值低于阴性对照组(P<0.05)。阴性对照组和ZBED3-AS1组DU-145细胞的迁移数分别为189.80±23.07和93.28±13.16(t=3.63,P<0.01)。生物信息学显示,ZBED3-AS1可互补结合miR-512-5p,miR-512-5p可互补结合细胞命运决定因子(DACH1)mRNA。ZBED3-AS1组miR-512-5p的表达显著降低(P<0.01),DACH1 mRNA和蛋白的表达显著增加(P<0.01)。结论前列腺癌组织和细胞中lncRNA ZBED3-AS1的表达水平降低,ZBED3-AS1可能通过吸附miR-512-5p调控DACH1抑制前列腺癌细胞的增殖和迁移。 展开更多

关键词 前列腺肿瘤 lncRNA zbed3-AS1 miR-512-5p 细胞命运决定因子

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基于16S rRNA测序分析敲除基因ZBED6后巴马猪肠道微生物菌群的变化 被引量：3

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作者 徐成 田文杰 +3 位作者 马月辉 王圣楠 蒋琳 王丹丹 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第10期4302-4310,共9页

旨在探究在巴马猪中ZBED6基因敲除之后肠道菌群的变化和肌肉表型的关联。本研究以5月龄野生型和ZBED6敲除型广西巴马小型猪为研究对象,按性别和基因型分成3组进行比较,分别是野生型公猪比野生型母猪(公WT:母WT)、野生型母猪比敲除型母猪... 旨在探究在巴马猪中ZBED6基因敲除之后肠道菌群的变化和肌肉表型的关联。本研究以5月龄野生型和ZBED6敲除型广西巴马小型猪为研究对象,按性别和基因型分成3组进行比较,分别是野生型公猪比野生型母猪(公WT:母WT)、野生型母猪比敲除型母猪(母WT:母KO)、野生型公猪比敲除型公猪(公WT:公KO),利用16S rRNA基因的高通量测序技术分析各肠段微生物组成。结果表明:1)在巴马猪中,大肠的菌群多样性显著高于小肠;2)与雌性野生型猪相比,雄性野生型猪瘦肉率更高,回肠苏黎世杆菌属、盲肠链球菌属、直肠消化链球菌属在雄性野生型猪中显著富集,回肠乳杆菌属在雌性野生型猪中显著富集;3)敲除ZBED6之后,猪的肌肉生长增加。肠道菌群组成显示,母猪的回肠中乳杆菌含量显著下降,盲肠中SMB53的含量显著上升。敲除ZBED6后,公猪直肠中普雷沃菌属和瘤胃球菌属的含量显著上升,盲肠中SMB53的含量显著上升。结果提示,苏黎世杆菌属、链球菌属、消化链球菌属和乳杆菌属在肠道内的差异可能会影响能量代谢从而促进雄性野生型猪的肌肉生长;敲除了ZBED6之后,猪的盲肠中SMB53丰度的显著增加可能是导致肌肉增多的一个因素。 展开更多

关键词 巴马猪 zbed6 肠道微生物 SMB53

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ZBED6基因对巴马香猪脾发育的作用机制分析 被引量：1

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作者 王圣楠 王丹丹 +5 位作者 田文杰 浦亚斌 潘登科 邢向阳 马月辉 蒋琳 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第9期2394-2405,共12页

ZBED6基因作为一个转录因子,能够与IGF2结合进而调节肌肉的生长发育。但其在脾生长发育中的作用尚不清楚,本研究利用RNA-seq测序技术比较ZBED6基因敲除巴马香猪(ZBED6-KO)和同日龄野生型巴马香猪(WT)的脾组织转录组,探究ZBED6基因对巴... ZBED6基因作为一个转录因子,能够与IGF2结合进而调节肌肉的生长发育。但其在脾生长发育中的作用尚不清楚,本研究利用RNA-seq测序技术比较ZBED6基因敲除巴马香猪(ZBED6-KO)和同日龄野生型巴马香猪(WT)的脾组织转录组,探究ZBED6基因对巴马香猪脾组织的发育影响。利用t检验对ZBED6-KO猪和WT猪脾组织大小的表型差异及ZBED6直接调控的靶基因IGF2的表达量进行显著性分析。提取ZBED6-KO猪和WT猪脾组织的总RNA,在Illumina Hiseq 2500平台进行RNA-seq分析。以猪Sus scrofa11.1为参考基因组,用转录组分析的标准流程筛选ZBED6-KO猪和WT猪脾组织中的差异表达基因。用DAVID在线网站对差异表达基因进行GO和KEGG富集分析。然后,随机选取7个差异表达的基因,利用实时荧光定量PCR技术验证测序结果的准确性与可靠性。结果显示,与WT猪相比,ZBED6-KO猪脾的重量和IGF2基因表达量均显著增加(P<0.05),表明ZBED6基因的敲除对巴马香猪脾组织的生长发育有一定的促进作用。测序结果显示,各样本至少获得4G的数据量,每个样本的Clean Ratio及Q30比率均在90%以上,83.94%以上的reads可比对在猪的参考基因组上,表明测序数据质量良好,真实可靠;对测序数据进行转录组分析,共筛选到161个差异表达基因,其中上调基因90个,下调基因71个;差异表达基因的层次聚类分析显示,ZBED6-KO猪的3个个体(spleen1、spleen3、spleen6)的表达模式相似,WT的3个个体(spleen2、spleen4、spleen5)的表达模式相似,进一步证明测序数据的准确可靠;GO和KEGG富集分析中,富集到10条显著的GO条目以及5条显著的信号通路,2条与肌肉发育相关的通路;实时荧光定量PCR试验随机检测7个差异表达基因的表达模式与RNA-seq分析结果相一致,证实了测序数据的可靠性。以巴马香猪为模型,利用RNA-seq技术研究ZBED6基因的敲除对中国地方猪脾发育的作用影响,为挖掘ZBED6基因的更多功能提供了基础。 展开更多

关键词 zbed6 CRISPR/Cas9 转录组分析 生长发育 脾

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利用经典的Zbed3敲除鼠探索ZBED3在小鼠大脑皮质发育过程中的作用 被引量：1

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作者 孙长杰 舒鹏程 彭小忠 《基础医学与临床》 CSCD 2020年第7期948-954,共7页

目的利用敲除鼠探索锌指BED结构域超家族成员ZBED3在小鼠皮质发育过程中的作用。方法利用原位杂交和免疫荧光技术检测Zbed3敲除鼠的敲除效率。利用免疫荧光技术检测Zbed3敲除对小鼠皮质神经前体细胞增殖的影响。利用EdU标记技术和免疫... 目的利用敲除鼠探索锌指BED结构域超家族成员ZBED3在小鼠皮质发育过程中的作用。方法利用原位杂交和免疫荧光技术检测Zbed3敲除鼠的敲除效率。利用免疫荧光技术检测Zbed3敲除对小鼠皮质神经前体细胞增殖的影响。利用EdU标记技术和免疫荧光技术检测Zbed3敲除对皮质层次形成的影响。利用RT-qPCR和免疫印迹技术探索Zbed3敲除鼠中其他分子的表达变化。结果Zbed3敲除鼠中检测不到Zbed3 mRNA和蛋白的表达。Zbed3敲除不影响神经祖细胞增殖和皮质层次形成。在Zbed3敲除鼠中,β-catenin的表达水平上调。结论Zbed3敲除对小鼠皮质发育无明显影响。 展开更多

关键词 zbed3 皮质发育 经典Wnt信号通路 Β-CATENIN

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菟丝子黄酮通过调控ZBED3-AS1影响成骨细胞凋亡 被引量：25

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作者 孙奇华 蔡红慧 +1 位作者 何爱玉 祝炳军 《中国病理生理杂志》 CAS CSCD 北大核心 2021年第2期306-314,共9页

目的:探讨菟丝子黄酮(TFCC)对长链非编码RNA含BED型锌指蛋白3反义RNA 1(ZBED3-AS1)表达和成骨细胞凋亡的影响,旨在阐明TFCC调控成骨细胞凋亡的分子机制。方法:将成骨样细胞株UMR-106分为对照组、肿瘤坏死因子α(TNF-α)组、TNF-α+TFCC... 目的:探讨菟丝子黄酮(TFCC)对长链非编码RNA含BED型锌指蛋白3反义RNA 1(ZBED3-AS1)表达和成骨细胞凋亡的影响,旨在阐明TFCC调控成骨细胞凋亡的分子机制。方法:将成骨样细胞株UMR-106分为对照组、肿瘤坏死因子α(TNF-α)组、TNF-α+TFCC组、TNF-α+pcDNA3.1组、TNF-α+pcDNA3.1-ZBED3-AS1组、TNF-α+TFCC-5+si-NC组、TNF-α+TFCC-5+si-ZBED3-AS1组、TNF-α+TFCC-5+pcDNA3.1组和TNF-α+TFCC-5+pcDNA3.1-ZBED3-AS1组。采用CCK-8法和集落形成实验检测细胞增殖;流式细胞术检测细胞凋亡;Western blot检测caspase-3和p21的表达;RT-qPCR检测ZBED3-AS1的表达。结果:TNF-α处理后UMR-106细胞的活力和集落形成能力降低,凋亡率升高,p21和caspase-3表达升高,ZBED3-AS1表达降低(P<0.05)。TFCC(1、10和100μg/L)干预或过表达ZBED3-AS1后,UMR-106细胞的活力和集落形成能力升高,凋亡率降低,ZBED3-AS1表达增加,从而减轻TNF-α处理对UMR-106细胞增殖和凋亡的影响(P<0.05)。抑制ZBED3-AS1表达减轻了TFCC对TNF-α作用下UMR-106细胞增殖和凋亡的影响(P<0.05)。过表达ZBED3-AS1增强了TFCC对TNF-α作用下UMR-106细胞增殖和凋亡的影响(P<0.05)。结论:TFCC通过上调ZBED3-AS1表达可促进成骨细胞增殖,抑制TNF-α诱导的成骨细胞凋亡。 展开更多

关键词 菟丝子黄酮 长链非编码RNA zbed3-AS1 成骨细胞 细胞凋亡

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锌指蛋白Zbed3的表达与分离纯化

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作者 王琳 童耕雷 邹永水 《上海交通大学学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2011年第1期92-95,100,共5页

将编码小鼠锌指蛋白Zbed3的基因克隆到大肠杆菌表达载体pET28c,构建了含组氨酸标签的表达质粒pET28c-Zbed3,并将其转入大肠杆菌BL21-CodonPlus(DE3)-RP;在20℃条件下,采用100μmol/L的异丙基硫代--βD半乳糖苷(IPTG)诱导、培养20 h而获... 将编码小鼠锌指蛋白Zbed3的基因克隆到大肠杆菌表达载体pET28c,构建了含组氨酸标签的表达质粒pET28c-Zbed3,并将其转入大肠杆菌BL21-CodonPlus(DE3)-RP;在20℃条件下,采用100μmol/L的异丙基硫代--βD半乳糖苷(IPTG)诱导、培养20 h而获得含Zbed3的菌体;菌体裂解液经超滤浓缩后采用镍(螯合)柱分离纯化得到锌指蛋白Zbed3(浓度达60 mg/L);同时,采用30%醋酸溶解包涵体,用0.5 mol/L的Tris-HCl(pH=8.8)缓冲液中和而使Zbed3在生理pH环境中复性.结果表明,Zbed3复性后在离心上清液中的回收率达到80%,其复性蛋白质与表达产物为可溶性(天然态)Zbed3的圆二色性光谱特征相一致,以此验证了复性后Zbed3空间构象的正确性. 展开更多

关键词 锌指蛋白zbed3 表达 包涵体 纯化 圆二色性光谱

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ZBED6基因敲除猪肾脏转录组分析

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作者 田文杰 王丹丹 +3 位作者 王圣楠 马月辉 蒋琳 宋子仪 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2022年第5期1662-1670,共9页

【目的】探究锌指BED结构域结合蛋白6(zinc finger BED domain-containing protein 6,ZBED6)基因敲除对猪肾脏组织基因转录表达的影响,并解析ZBED6基因调控猪肾脏代谢的靶基因及其通路。【方法】对8月龄ZBED6基因敲除巴马香猪(ZBED6 KO... 【目的】探究锌指BED结构域结合蛋白6(zinc finger BED domain-containing protein 6,ZBED6)基因敲除对猪肾脏组织基因转录表达的影响,并解析ZBED6基因调控猪肾脏代谢的靶基因及其通路。【方法】对8月龄ZBED6基因敲除巴马香猪(ZBED6 KO)和同月龄野生型巴马香猪(WT)的肾脏组织(n=3)进行总RNA提取,利用实时荧光定量PCR检测胰岛素样生长因子2(insulin-like growth factor 2,IGF2)和差异基因的表达量;以Illumina Hiseq高通量测序技术对ZBED6 KO和WT猪肾脏组织mRNA进行转录组测序(RNA-Seq),用猪Sus scrofa 11.1作为参考基因组序列,通过生物信息学软件TopHat、Cufflink、Cuffmerge和Cuffdiff对测序数据进行分析,筛选ZBED6 KO和WT猪肾脏组织中的差异表达基因,对差异表达基因进行层次聚类和KEGG通路富集分析,并通过实时荧光定量PCR验证RNA-Seq结果中差异表达基因的可靠性。【结果】实时荧光定量PCR结果显示,ZBED6 KO猪肾脏IGF2基因mRNA表达量显著高于WT猪(P<0.05)。测序共获得78 G数据量,每个样本比对率在87.3%以上,测序质量良好;ZBED6 KO和WT猪肾脏组织之间共检测到25213个基因,以调整后P<0.05和log2|FoldChange|>2为筛选标准,得到299个差异表达基因,其中上调的基因103个,下调的基因199个。热图和主成分分析(PCA)结果显示,ZBED6 KO和WT组猪肾脏基因组内表达模式相似,组间表达模式不同;KEGG通路富集分析显示,差异基因主要参与视黄醇及疾病代谢相关通路。ZBED6基因敲除后,其中有9个差异表达基因(CYP2C42、AOX1、ENSSSCG00000036274、RDH16、CYP2A19、ENSSSCG00000022724、CYP26B1、CYP1A1、RDH5)被富集到视黄醇代谢通路中,可能参与调控猪肾脏代谢平衡。实时荧光定量PCR检测发现,7个差异表达基因(CYP2C42、AOX1、RDH16、CYP2A19、CYP26B1、CYP1A1、RDH5)的表达模式与RNA-Seq分析结果一致,证实RNA-Seq结果的可靠性。【结论】本试验利用RNA-Seq技术分析了ZBED6基因敲除对巴马香猪肾脏代谢的影响,其通过调控肾脏多个下游基因表达,从而影响其代谢相关信号通路,试验结果为阐明ZBED6基因功能提供了材料。 展开更多

关键词 猪 zbed6基因 肾脏 代谢 RNA-SEQ 差异表达基因

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高良姜素通过巨噬细胞极化及抑制锌指蛋白Zbed3诱导大鼠肝癌细胞凋亡的研究 被引量：6

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作者 胡春兰 周龙 +1 位作者 田玲 邓利艳 《西部医学》 2022年第7期973-978,984,共7页

目的 探讨高良姜素诱导巨噬细胞极化对肝癌大鼠瘤体体积及锌指蛋白Zbed3的影响。方法 健康6~8周龄SD雄性大鼠74只,体质量250~300 g,常规饲养,自由饮食饮水。随机分为对照组(健康大鼠常规饲养,n=14)、模型组(模型大鼠常规饲养,n=13)、高... 目的 探讨高良姜素诱导巨噬细胞极化对肝癌大鼠瘤体体积及锌指蛋白Zbed3的影响。方法 健康6~8周龄SD雄性大鼠74只,体质量250~300 g,常规饲养,自由饮食饮水。随机分为对照组(健康大鼠常规饲养,n=14)、模型组(模型大鼠常规饲养,n=13)、高良姜素低剂量组(模型+25 mg/kg/d高良姜素,n=13)、高良姜素中剂量组(模型+50 mg/kg/d高良姜素,n=13)及高良姜素高剂量组(模型+100 mg/kg/d高良姜素,n=13)。HE染色检测肝组织病理形态,TUNEL检测肝癌细胞凋亡,游标卡尺测定肿瘤体积,免疫组化检测CD11c、CD206表达,Wbstern Blot检测Zbed3、GSK3β、Axin、β-catenin、c-myc、cyclin-D1水平。结果 对照组大鼠肝小叶结构清晰,肝细胞排列有序,形态正常;模型组大鼠瘤组织呈膨胀性生长,癌细胞大小不一,肝细胞索挤压,排列不齐,并可见纤维素样结构;高良姜素低、中、高剂量组大鼠均出现肿瘤细胞间隙增宽,肿瘤细胞出现不同程度的肿胀变性,呈现泡沫状改变,肿瘤细胞巢可见大量炎细胞浸润,各组均可见不同程度的肿瘤细胞坏死灶。与对照组相比,模型组大鼠CD11c、GSK3β、Axin降低,CD206、Zbed3、β-catenin、c-ymc、cyclin-D1升高(P<0.05)。与模型组相比,高良姜素低剂量组肝癌细胞凋亡率、CD11c、GSK3β、Axin升高,瘤体体积、CD206、Zbed3、β-catenin、c-ymc、cyclin-D1降低(P<0.05)。与高良姜素低剂量组相比,高良姜素中剂量组大鼠肝癌细胞凋亡率、CD11c、GSK3β、Axin升高,瘤体体积、CD206、Zbed3、β-catenin、c-ymc、cyclin-D1降低(P<0.05)。与高良姜素中剂量组相比,高良姜素高剂量组大鼠肝癌细胞凋亡率、CD11c、GSK3β、Axin升高,瘤体体积、CD206、Zbed3、β-catenin、c-ymc、cyclin-D1降低(P<0.05)。结论 高良姜素通过调控Wnt/β-catenin通路,促进巨噬细胞向M1型转化并抑制其向M2型转化,降低了Zbed3水平从而促进癌细胞凋亡并减小瘤体体积。 展开更多

关键词 高良姜素 巨噬细胞极化 肝癌 大鼠 瘤体体积 锌指蛋白zbed3

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沉默miR-20a-5p的肝癌细胞恶性生物学行为及Zbed3、Axin蛋白表达情况观察 被引量：2

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作者 胡炜 邵安静 +1 位作者 李春霞 杨洋 《山东医药》 CAS 2022年第11期28-32,共5页

目的观察沉默miR-20a-5p通过调控三结构域蛋白家族样1(TRIML1)对肝癌细胞恶性生物学行为及锌指蛋白3(Zbed3)、Axin表达的影响。方法在线数据库TargetScan及双荧光素酶报告基因实验证实TRIML1是miR-20a-5p的靶基因。选择肝癌细胞中miR-20... 目的观察沉默miR-20a-5p通过调控三结构域蛋白家族样1(TRIML1)对肝癌细胞恶性生物学行为及锌指蛋白3(Zbed3)、Axin表达的影响。方法在线数据库TargetScan及双荧光素酶报告基因实验证实TRIML1是miR-20a-5p的靶基因。选择肝癌细胞中miR-20a-5p、TRIML1表达明显高于人正常肝细胞7701的huh-7细胞进行实验,随机分为7组,其中模型组细胞正常培养,miR-20a-5p-NC组转染miR-20a-5p阴性对照,miR-20a-5p siRNA组转染miR-20a-5p siRNA,TRIML1-NC组转染TRIML1阴性对照,TRIML1 siRNA组转染TRIML1 siRNA,TRIML1-NC+miR-20a-5p-NC组转染TRIML1阴性对照+miR-20a-5p阴性对照,TRIML1 siRNA+miR-20a-5p siRNA组转染TRIML1 siRNA+miR-20a-5p siRNA,转染48 h。采用实时荧光定量PCR法检测各组细胞TRIML1、miR-20a-5p表达,流式细胞术、Transwell小室法检测细胞凋亡率及迁移、侵袭细胞数,Western blotting法检测Zbed3、Axin蛋白表达。结果模型组、miR-20a-5p-NC组、TRIML1-NC组、TRIML1-NC+miR-20a-5p-NC组细胞TRIML1、miR-20a-5p相对表达量、细胞凋亡率、迁移细胞数、侵袭细胞数及Zbed3、Axin蛋白相对表达量比较P均>0.05。与模型组、miR-20a-5p-NC组、TRIML1-NC组、TRIML1-NC+miR-20a-5p-NC组比较,miR-20a-5p siRNA组、TRIML1 siRNA组、TRIML1 siRNA+miR-20a-5p siRNA组细胞TRIML1、miR-20a-5p相对表达量及迁移细胞数、侵袭细胞数、Zbed3蛋白相对表达量均降低,细胞凋亡率及Axin蛋白相对表达量均升高,且TRIML1 siRNA+miR-20a-5p siRNA组变化更明显(P均<0.05)。结论沉默miR-20a-5p表达可抑制肝癌huh-7细胞侵袭、转移及Zbed3表达,并促进细胞凋亡及Axin蛋白表达,其机制可能与正向调控TRIML1表达有关。 展开更多

关键词 miR-20a-5p 肝癌细胞 TRIML1 恶性生物学行为 zbed3 AXIN

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ZBED3在乳腺癌细胞中高表达并促进其增殖和侵袭

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作者 张作伟 吴玉戈 李贵轩 《解剖科学进展》 CAS 2021年第6期751-754,共4页

目的探讨ZBED3在乳腺癌细胞中的表达情况和生物学功能。方法生物信息学分析KaplanMeier Plotter数据库和The Human Protein Atlas数据库中ZBED3表达与乳腺癌患者预后的关系;采用Western blot方法检测人正常乳腺细胞MCF-10A及HER2+型SKB... 目的探讨ZBED3在乳腺癌细胞中的表达情况和生物学功能。方法生物信息学分析KaplanMeier Plotter数据库和The Human Protein Atlas数据库中ZBED3表达与乳腺癌患者预后的关系;采用Western blot方法检测人正常乳腺细胞MCF-10A及HER2+型SKBR-3、Luminal A型MCF-7、Unclassified型MDA-MB-453和basal型MDA-MB-231几种不同类型乳腺癌细胞系中ZBED3的蛋白表达情况;在MCF-7和MDA-MB-231细胞中利用shRNA干扰ZBED3的表达,使用MTT的方法检测ZBED3对乳腺癌细胞增殖能力的影响;使用Transwell的方法检测ZBED3对乳腺癌细胞侵袭和迁移能力的影响。结果 ZBED3在乳腺癌中的表达水平与患者的不良预后显著相关(均P<0.05);在MCF-7、MDA-MB-453和MDA-MB-231乳腺癌细胞系中,ZBED3的表达显著高于人乳腺正常细胞MCF-10A(均P<0.05);MTT检测中,干扰ZBED3显著抑制了乳腺癌细胞MCF-7和MDA-MB-231的增殖能力(均P<0.05);同时Transwell实验结果显示,干扰ZBED3可以显著抑制乳腺癌细胞MCF-7和MDA-MB-231的侵袭迁移能力(均P<0.05)。结论 ZBED3在不同类型乳腺癌细胞中普遍高表达,并能够促进肿瘤细胞的增殖和侵袭能力,进而导致乳腺癌患者的恶性进展和不良预后。 展开更多

关键词 乳腺癌 zbed3 细胞增殖 侵袭迁移 预后

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LncRNA ZBED3-AS1/miR-339-5p/Notch 1轴调控骨质疏松大鼠成骨细胞增殖分化 被引量：5

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作者 仲艳 陆关珍 +3 位作者 姬亚锋 王雍立 马志红 史玲美 《中华内分泌外科杂志》 CAS 2021年第1期78-84,共7页

目的探究LncRNA ZBED3-AS1调控miR-339-5p/Notch 1在骨质疏松大鼠成骨细胞增殖分化中的作用。方法构建假手术(Sham)组和模型(Model)组大鼠模型,对大鼠的骨密度进行检查观测大鼠建模情况。分离大鼠成骨细胞,qRT-PCR检测细胞中ZBED3-AS1、... 目的探究LncRNA ZBED3-AS1调控miR-339-5p/Notch 1在骨质疏松大鼠成骨细胞增殖分化中的作用。方法构建假手术(Sham)组和模型(Model)组大鼠模型,对大鼠的骨密度进行检查观测大鼠建模情况。分离大鼠成骨细胞,qRT-PCR检测细胞中ZBED3-AS1、miR-339-5p的表达。对Sham组和Model组大鼠成骨细胞进行分组后转染。CCK8、茜素红(AR-S)染色、碱性磷酸酶(ALP)染色检测各组细胞增殖分化能力。FISH实验测定ZBED3-AS1在细胞中的分布。双荧光素酶报告证实ZBED3-AS1与miR-339-5p及miR-339-5p和Notch 1之间的关系。Western blot检测Notch通路相关因子的表达。结果检测股骨骨密度发现,Model组大鼠骨密度明显低于Sham组大鼠(P=0.0 057)。与Sham组大鼠比较,Model组大鼠成骨细胞中ZBED3-AS1呈低表达,而miR-339-5p呈高表达(均P<0.05)。过表达ZBED3-AS1能促进成骨细胞的增殖分化;而敲减ZBED3-AS1则能抑制成骨细胞增殖分化(均P<0.05)。ZBED3-AS1作为ceRNA调控miR-339-5p(均P<0.05)。过表达miR-339-5p能抑制成骨细胞的增殖分化能力,而该作用可被ZBED3-AS1过表达部分挽救。Notch 1被证实为miR-339-5p的作用靶点,且干预ZBED3-AS1/miR-339-5p的表达能影响Notch 1的蛋白表达,ZBED3-AS1/miR-339-5p对成骨细胞的调控可能是通过Notch通路实现的。结论 ZBED3-AS1能作为ceRNA调控miR-339-5p,进而影响骨质疏松大鼠成骨细胞增殖分化。 展开更多

关键词 zbed3-AS1 miR-339-5p 骨质疏松 成骨细胞 增殖 分化

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