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蛇足石杉YUCCA基因家族的生物信息学及其组织特异表达分析
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作者 陈秋洁 黄玉妹 +5 位作者 冼金燕 李凯童 黄杰兰 石小秀 王柳萍 涂冬萍 《中国农业科技导报(中英文)》 北大核心 2025年第10期72-83,共12页
YUCCA基因编码黄素单加氧酶,在植物生长发育过程中起重要调控作用。为探究YUCCA基因对蛇足石杉生长发育的作用,对蛇足石杉YUCCA基因家族进行生物信息学及组织特异性表达分析。结果表明,在蛇足石杉全长转录组中共鉴定出18个HsYUCCA基因... YUCCA基因编码黄素单加氧酶,在植物生长发育过程中起重要调控作用。为探究YUCCA基因对蛇足石杉生长发育的作用,对蛇足石杉YUCCA基因家族进行生物信息学及组织特异性表达分析。结果表明,在蛇足石杉全长转录组中共鉴定出18个HsYUCCA基因家族成员,氨基酸长度为150~544 aa,蛋白质相对分子量为16105.53~59058.24 Da,等电点在4.36~9.63,其中,有9个为碱性蛋白,有4个为稳定蛋白,有15个为亲水蛋白,有7个具有跨膜结构,分布在细胞核、细胞膜、细胞质、线粒体、叶绿体以及过氧化物酶体中。HsYUCCA4在孢子、茎、芽胞中的表达量最高,HsYUCCA6在叶中的表达量最高。HsYUCCA启动子区拥有激素响应、光响应、胁迫响应等35种顺式作用元件,并具有15种保守基序。HsYUCCA1、HsYUCCA2和HsYUCCA4,HsYUCCA5和HsYUCCA6,HsYUCCA7和HsYUCCA13具有相似的理化性质、亚细胞定位、二级结构、三级结构及保守基序,系统发育表现出一定的同源性,进化过程趋于一致。以上研究结果为解析蛇足石杉YUCCA基因在生长发育和繁殖过程中的作用机理提供了理论依据。 展开更多
关键词 蛇足石杉 yucca基因家族 生物信息学 表达分析
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小兰屿蝴蝶兰YUCCA基因家族鉴定及在花朵中的表达分析 被引量:1
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作者 张燕萍 童妍 +7 位作者 胡美娟 曹映辉 陈斌 郑燕 周小琴 赵凯 彭东辉 周育真 《分子植物育种》 CAS 北大核心 2024年第13期4177-4184,共8页
生长素合成基因YUCCA在植物根、茎、叶的形成,花、果实、种子的发育等生命过程中起着重要作用。本试验针对小兰屿蝴蝶兰(Phalaenopsis equestris) YUCCA基因家族进行研究,鉴定得到8个PeYUCCAs家族成员。对其理化性质、系统进化树、保守... 生长素合成基因YUCCA在植物根、茎、叶的形成,花、果实、种子的发育等生命过程中起着重要作用。本试验针对小兰屿蝴蝶兰(Phalaenopsis equestris) YUCCA基因家族进行研究,鉴定得到8个PeYUCCAs家族成员。对其理化性质、系统进化树、保守结构域及保守基序、基因结构、蛋白三维结构等生物信息进行分析,结果表明:氨基酸长度为400~426 aa,蛋白质分子量为43.22~47.92 kD,等电点为6.43~9.47;GAGPSG(FAD-binding)、GCGNSG (NADPH-binding)为Pe YUCCAs的保守结构域;同时其保守motif为16条,9条为所有成员所共有,且其基因结构存在2~4个内含子;PeYUCCAs的蛋白三维结构主要由多个α-螺旋、β-折叠及无规则卷曲组成;在构建的系统进化树中,YUCCA序列分为四个进化枝,GroupⅠ进一步分为两个亚类群,且PeYUCCAs成员在每个进化枝中都有分布。此外,RT-qPCR试验结果表明:PeYUCCA3在花朵不同时期及不同部位均有特异性表达,其中大蕾花期、合蕊柱花部的表达量最高;而PeYUCCA1、PeYUCCA5仅在合蕊柱花部中有高表达。由此推测PeYUCCA1、PeYUCCA3、PeYUCCA5可能在花器官生长发育过程,尤其在雌雄蕊发育中发挥着重要作用。 展开更多
关键词 小兰屿蝴蝶兰 yucca 花发育 实时荧光定量PCR
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百香果YUCCA基因家族鉴定与表达分析 被引量:1
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作者 潘佳怡 潘若云 +2 位作者 江文洁 任锐 方庭 《福建农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期165-174,共10页
【目的】黄素单加氧酶(YUCCA)基因是吲哚-3-乙酸(Indole-3-acetic acid,IAA)生物合成的主要限速酶基因之一,在植物生长发育中起着重要调控作用。本研究利用生物信息学方法对百香果(Passiflora edulis Sims.)YUCCA基因家族成员进行鉴定,... 【目的】黄素单加氧酶(YUCCA)基因是吲哚-3-乙酸(Indole-3-acetic acid,IAA)生物合成的主要限速酶基因之一,在植物生长发育中起着重要调控作用。本研究利用生物信息学方法对百香果(Passiflora edulis Sims.)YUCCA基因家族成员进行鉴定,以期揭示百香果YUCCA家族基因在激素响应中的功能,同时为YUCCA家族基因在其他物种中的生物信息学研究提供参考。【方法】利用生物信息学方法分析百香果YUCCA基因编码蛋白质的理化性质和保守结构域,基因的染色体定位、基因结构、系统进化树、顺式作用元件等;利用qRT-PCR探究部分成员在植物生长调节剂IAA处理下的表达情况。【结果】百香果基因组中共鉴定出29个YUCCA家族成员,不均匀分布于8条染色体,基因长度(552~9210 bp)存在明显差异,含有1~8个内含子,同时具有8个保守基序。通过系统进化树分析,发现百香果YUCCA基因家族可划分为3类,聚在同一分类中的百香果YUCCA基因具有高度的保守性,同时发现百香果的YUCCA基因与苜蓿(Medicago sativa L.)、拟南芥(Arabidopsis thaliana)亲缘关系更近,而与水稻(Oryza sativa L.)的亲缘关系较远。顺式作用元件分析显示,百香果YUCCA基因家族启动子受多种激素所诱导,可响应多种逆境胁迫。转录组数据分析结果表明:PeYUCCA6、PeYUCCA11和PeYUCCA16在台农百香果和黄金百香果叶片中呈现较低表达或者不表达,其中PeYUCCA23在台农百香果和黄金百香果的表达量最高,推测该基因对百香果叶片的发育有较大影响。qRT-PCR分析结果表明,在100μmol·L-1 IAA处理后,PeYUCCA7、PeYUCCA13、PeYUCCA17、PeYUCCA24和PeYUCCA26基因表达量显著升高。【结论】YUCCA基因家族成员在IAA处理下的表达差异较大,YUCCA基因可能在植物生长调节剂IAA处理下的百香果生长发育和抵御逆境环境过程中发挥重要作用。 展开更多
关键词 百香果 吲哚-3-乙酸 yucca基因家族 生物信息学 定量分析
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新麦草YUCCA基因克隆及其表达特性分析
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作者 任晓敏 云岚 +3 位作者 艾芊 李珍 赵乔 石凤翎 《西北农林科技大学学报(自然科学版)》 CSCD 北大核心 2024年第7期21-28,共8页
【目的】克隆新麦草分蘖关键基因YUCCA并明确其表达特性,为该基因功能验证和育种利用奠定基础。【方法】以不同分蘖类型的新麦草分蘖节为材料,采用PCR法克隆新麦草YUCCA基因并进行同源序列比对,构建1300-cYFP-YUCCA过表达载体,利用烟草... 【目的】克隆新麦草分蘖关键基因YUCCA并明确其表达特性,为该基因功能验证和育种利用奠定基础。【方法】以不同分蘖类型的新麦草分蘖节为材料,采用PCR法克隆新麦草YUCCA基因并进行同源序列比对,构建1300-cYFP-YUCCA过表达载体,利用烟草瞬时转染及蛋白质印迹法分析新麦草YUCCA蛋白的表达位置及表达情况,通过RNA-Seq数据及qRT-PCR分析验证YUCCA基因的相对表达量。【结果】成功克隆了新麦草YUCCA基因全长,大小为1336 bp,最大阅读框为1236 bp,并成功构建了1300-cYFP-YUCCA过表达载体。多序列比对结果显示,新麦草YUCCA主要与麦类作物的亲缘关系较近。表达特性分析发现,YUCCA基因在多分蘖型新麦草中的相对表达量远低于少分蘖型新麦草;与叶、根等组织相比,YUCCA基因在分蘖节中的相对表达量最高。烟草瞬时转化和蛋白质印迹法分析均显示,YUCCA蛋白可以正常表达,其亚细胞定位于细胞质中。【结论】YUCCA基因在调控新麦草分蘖中起下调作用,可用于后续YUCCA基因功能的研究。 展开更多
关键词 新麦草 yucca 过表达载体 亚细胞定位 基因克隆
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水分胁迫及遮光处理对沙漠植物约书亚树(Yucca brevifolia)幼苗光合特性的影响 被引量:2
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作者 刘力宁 满秀玲 +1 位作者 唐中华 李奕 《中国沙漠》 CSCD 北大核心 2013年第3期758-764,共7页
以3年生约书亚树(Yucca brevifolia)幼苗为试材,选择不同水分胁迫(相对含水量≥75%(正常)、50%~60%(中度)和35%~45%(重度))及不同遮光处理(自然光、60%透光和20%透光)进行试验,对幼苗光合特性指标及叶绿素相对含量值(SPAD)进行研究。... 以3年生约书亚树(Yucca brevifolia)幼苗为试材,选择不同水分胁迫(相对含水量≥75%(正常)、50%~60%(中度)和35%~45%(重度))及不同遮光处理(自然光、60%透光和20%透光)进行试验,对幼苗光合特性指标及叶绿素相对含量值(SPAD)进行研究。结果表明:(1)随着水分胁迫的加剧,约书亚树幼苗净光合速率(Pn)、气孔导度(Gs)、水分利用效率(WUE)明显下降,但自然光下重度水分胁迫幼苗WUE值远高于其他处理。幼苗光饱和点(LSP)均表现为重度水分胁迫>正常供水>中度水分胁迫。(2)水分胁迫下,60%透光率处理的幼苗叶宽增加,Pn、蒸腾速率(Tr)及Gs明显提高,而20%透光率下幼苗各指标均显著降低。(3)相同光照条件下,随着水分胁迫的加剧,幼苗SPAD值明显下降;相同水分条件下,随着透光率的减小,幼苗SPAD值增大。因此,在约书亚树幼苗培育时,应适当增加水分胁迫以提高幼苗的水分利用效率及光饱和点,同时,适当的遮光环境(透光率在60%左右)也可提高幼苗的光合能力及SPAD值,确保约书亚树幼苗生长及在我国沙漠地区引种成功。 展开更多
关键词 水分胁迫 遮光 约书亚树(yucca brevifolia) 光合特性 SPAD值
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两个烟草YUCCA6基因的克隆及分析 被引量:1
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作者 高玉龙 宋中邦 +2 位作者 李文正 王丙武 李永平 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2016年第6期1376-1381,共6页
为了研究烟草生长素合成关键基因NtYUCCA6,本研究通过同源克隆从烟草品种云烟87中克隆了2个YUCCA6基因:NtYUCCA6-1和NtYUCCA6-2。分析了NtYUCCA6-1和NtYUCCA6-2基因编码的蛋白质基本理化性质、二级结构等。保守基元分析表明烟草NtYUCCA... 为了研究烟草生长素合成关键基因NtYUCCA6,本研究通过同源克隆从烟草品种云烟87中克隆了2个YUCCA6基因:NtYUCCA6-1和NtYUCCA6-2。分析了NtYUCCA6-1和NtYUCCA6-2基因编码的蛋白质基本理化性质、二级结构等。保守基元分析表明烟草NtYUCCA6-1和NtYUCCA6-2蛋白含有FAD结合位点和还原型辅酶Ⅱ结合位点,可能烟草的两个YUCCA6基因都具有生物学功能。进化分析表明烟草YUCCA6蛋白与番茄YUCCA6蛋白亲缘关系最近。另外,本研究对克隆基因在烟草根、茎、叶及腋芽中的表达模式进行了q PCR检测,结果显示:两个基因主要都在根中表达,但NtYUCCA6-2在所检测的组织中都有表达,而NtYUCCA6-1在茎中基本不表达。试验结果将有助于研究烟草YUCCA6基因在烟草生长发育中的具体功能。 展开更多
关键词 烟草 yucca6基因 克隆
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西瓜YUCCA基因家族鉴定及在果实成熟过程中的表达分析 被引量:5
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作者 张倩倩 田守蔚 +7 位作者 张洁 王艳萍 孙宏贺 任毅 郭绍贵 宫国义 许勇 张海英 《中国蔬菜》 北大核心 2019年第3期21-29,共9页
以栽培西瓜自交系97103为试材,测定不同发育时期果肉及果皮中游离态吲哚-3-乙酸(IAA)含量。结果显示:果实发育后期,果肉中IAA含量显著上调,果皮中IAA含量则一直保持较低水平,推测果肉中IAA可能对西瓜果实成熟与含糖量积累起重要作用。... 以栽培西瓜自交系97103为试材,测定不同发育时期果肉及果皮中游离态吲哚-3-乙酸(IAA)含量。结果显示:果实发育后期,果肉中IAA含量显著上调,果皮中IAA含量则一直保持较低水平,推测果肉中IAA可能对西瓜果实成熟与含糖量积累起重要作用。利用生物信息学手段,鉴定了西瓜生长素合成色氨酸依赖途径限速酶基因家族YUCCA,并对其在果肉与果皮组织的表达水平进行q RT-PCR检测。结果表明:西瓜YUCCA基因家族包含10个成员,所有YUCCA基因均含有FMOs保守结构域,聚类分析表明其分为两大类。基因结构分析显示这些基因包含2~5个外显子。Cl YUCCA4、Cl YUCCA6、Cl YUCCA10b及ClYUCCA10c等4个YUCCA基因在西瓜果肉中表达,且都在果实发育后期表达明显上调。Cl YUCCA4及Cl YUCCA10c在果肉与果皮中的表达量变化与IAA含量变化趋势一致,且在其他组织中几乎检测不到表达,推测其可能参与调控西瓜果实的成熟。 展开更多
关键词 西瓜 果实成熟 yucca 生长素
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茶树生长素合成酶基因YUCCA10克隆与表达分析 被引量:2
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作者 杨方慧 夏丽飞 +4 位作者 蒋会兵 孙云南 田易萍 梁名志 陈林波 《西南农业学报》 CSCD 北大核心 2019年第2期253-258,共6页
【目的】探究YUCCA10基因在正常花和不育花中的表达规律,为深入探索YUCCA10基因和生长素合成对茶树花器官发育的调控机制提供理论基础。【方法】前期研究茶树正常花与不育花转录组差异时,获得一条与YUCCA10基因高度同源的基因序列,利用... 【目的】探究YUCCA10基因在正常花和不育花中的表达规律,为深入探索YUCCA10基因和生长素合成对茶树花器官发育的调控机制提供理论基础。【方法】前期研究茶树正常花与不育花转录组差异时,获得一条与YUCCA10基因高度同源的基因序列,利用‘云茶1号'茶树全长转录组数据库以及PCR技术克隆验证茶树YUCCA10基因,并对其生物信息学特征进行分析,同时运用qRT-PCR技术研究其表达特征。【结果】经验证YUCCA10基因含有1个1137 bp的开放阅读框,编码379个氨基酸,分子量为42.63 kDa,等电点为8.88,茶树YUCCA10蛋白具有NADPH结合位点和FAD结合位点,与多种植物YUCCA10蛋白同源。qRT-PCR分析CsYUCCA10在正常花中随着花的生长发育表达量增加,而在不育花的花瓣、雄蕊、雌蕊以及不同发育期中的表达均低于正常花。【结论】茶树CsYUCCA10基因在不育花中不能正常合成,从而影响了花的发育导致不育。 展开更多
关键词 茶树 yucca10 生长素 不育花
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普通烟草YUCCA基因家族的生物信息学分析 被引量:3
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作者 王仁汉 宋志美 +2 位作者 屈旭 刘少云 李毅君 《江苏农业科学》 北大核心 2021年第3期61-65,共5页
YUC基因家族催化吲哚-3-丙酮酸(IPA)生成生长素(IAA)的过程,进而调控植物生长素的合成。目前,研究者已经在多种植物上鉴定分析了YUCCA基因家族,但是关于烟草中该基因的报道较少。为了探讨普通烟草YUCCA基因结构及功能,通过检索普通烟草... YUC基因家族催化吲哚-3-丙酮酸(IPA)生成生长素(IAA)的过程,进而调控植物生长素的合成。目前,研究者已经在多种植物上鉴定分析了YUCCA基因家族,但是关于烟草中该基因的报道较少。为了探讨普通烟草YUCCA基因结构及功能,通过检索普通烟草全基因组蛋白序列,筛选出21个烟草YUCCA基因家族序列,利用生物信息学工具对其蛋白质结构域、亚细胞定位、同源性进行分析。系统发育树分析结果显示,烟草YUCCA蛋白可以聚类到4个分支,与同为单子叶植物的拟南芥的亲缘关系较近。结构域分析结果显示,烟草YUCCA基因内含子数量在0~6个之间;协同进化树分析结果显示,亲缘关系近的基因内含子数量较为相近;亚细胞定位结果显示,19个序列定位到细胞质,2个序列定位到细胞质膜,该基因可能参与细胞质基因的转录调控。 展开更多
关键词 烟草 yucca基因家族 生物信息学 生长素
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RNAi法分析香菇YUCCA8基因的功能 被引量:6
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作者 钟海英 罗义 +2 位作者 龚钰华 徐瑞平 边银丙 《食用菌学报》 CSCD 北大核心 2021年第3期11-18,共8页
构建香菇(Lentinula edodes)YUCCA 8基因的双向启动子(Leactin和Legpd)RNA干扰载体,通过根癌农杆菌介导的香菇菌丝转化方法,获得12个相对稳定的YUCCA 8基因沉默阳性转化子。qRT-PCR分析表明,转化子的YUCCA 8基因表达量下调至野生型菌株S... 构建香菇(Lentinula edodes)YUCCA 8基因的双向启动子(Leactin和Legpd)RNA干扰载体,通过根癌农杆菌介导的香菇菌丝转化方法,获得12个相对稳定的YUCCA 8基因沉默阳性转化子。qRT-PCR分析表明,转化子的YUCCA 8基因表达量下调至野生型菌株S606的10%~40%;与S606相比,转化子菌丝生长显著加快,菌丝耐热性变弱,菌丝IAA含量降低。研究表明,香菇YUCCA 8基因可控制菌丝IAA的合成且可影响香菇菌丝耐热性。 展开更多
关键词 香菇 耐热性 吲哚-3-乙酸 yucca8
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胡萝卜YUCCA基因家族鉴定及生物信息学分析 被引量:3
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作者 闫学敏 吴英华 +3 位作者 史艳 武喆 侯雷平 李梅兰 《江苏农业科学》 北大核心 2021年第23期52-57,共6页
胡萝卜是重要的根菜类蔬菜之一,根部性状影响最终的产量和品质。YUCCA基因通过介导生长素调控植物根部发育,是生长素合成途径中的关键基因。利用生物信息学方法对胡萝卜YUCCA基因家族成员进行鉴定,对其理化性质、染色体定位、系统进化... 胡萝卜是重要的根菜类蔬菜之一,根部性状影响最终的产量和品质。YUCCA基因通过介导生长素调控植物根部发育,是生长素合成途径中的关键基因。利用生物信息学方法对胡萝卜YUCCA基因家族成员进行鉴定,对其理化性质、染色体定位、系统进化树、蛋白质的二级和三级结构以及保守基序进行分析。结果表明,在胡萝卜的5条染色体上共鉴定到了14个YUCCA基因家族成员,其大部分基因含有3~4个外显子;该家族编码的蛋白质为富含碱性氨基酸的亲水性蛋白质,氨基酸数量为290~424个,其蛋白质结构主要以α-螺旋和无规则卷曲构成,通过构建系统进化树可将其分为3个亚族,且亚细胞定位结果显示,YUCCA基因家族蛋白质大部分被定位在细胞质中。这为YUCCA基因家族在调控胡萝卜根发育和膨大机制研究奠定了理论基础。 展开更多
关键词 胡萝卜 生长素 yucca基因家族 生物信息学 蛋白质结构 染色体定位
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葡萄YUCCA家族基因的鉴定及在穗梗褪绿过程中的表达分析 被引量:2
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作者 李志谦 邹东方 +2 位作者 李靖雯 叶霞 冯建灿 《河南农业大学学报》 CAS CSCD 2022年第2期254-261,共8页
【目的】探究YUCCA家族基因在葡萄穗梗褪绿过程中表达模式。【方法】通过生物信息学的方法,分析了葡萄YUCCA家族基因聚类、内含子/外显子结构、蛋白保守基序和启动子顺式元件,通过液相色谱质谱联用的方法测定阳光玫瑰葡萄穗梗褪绿过程中... 【目的】探究YUCCA家族基因在葡萄穗梗褪绿过程中表达模式。【方法】通过生物信息学的方法,分析了葡萄YUCCA家族基因聚类、内含子/外显子结构、蛋白保守基序和启动子顺式元件,通过液相色谱质谱联用的方法测定阳光玫瑰葡萄穗梗褪绿过程中IAA含量的变化,利用Real-time PCR检测YUCCA家族基因在穗梗褐变过程中的表达趋势。【结果】从葡萄基因中鉴定得到10个YUCCA家族基因,命名为VvYUCCA 1~VvYUCCA10。葡萄YUCCA家族基因可以分为4个亚家族;同一个亚家族的基因含有相似的内含子/外显子结构和蛋白保守基序;在YUCCA家族基因的启动子中,存在大量脱落酸、茉莉酸和水杨酸等信号响应元件;IAA含量在穗梗褪绿过程中明显升高。【结论】YUCCA 1和YUCCA8的表达与IAA含量呈正相关关系,可能参与葡萄采后贮藏过程中穗梗的褪绿。 展开更多
关键词 葡萄 yucca家族 生物信息学 穗梗褪绿
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YUCCA基因家族在拟南芥胚胎发育过程中的表达模式研究 被引量:6
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作者 刘华彬 张秦莹 门淑珍 《南开大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2017年第4期1-7,共7页
生长素作为重要的植物激素,在植物胚胎的形态建成和生长发育过程中起到关键的调控作用.依赖色氨酸的IPA途径是模式植物拟南芥中生长素合成的主要途径.以色氨酸为前体合成的IPA在YUCCA(YUC)的催化下生成IAA,这一过程也是生长素生物合成... 生长素作为重要的植物激素,在植物胚胎的形态建成和生长发育过程中起到关键的调控作用.依赖色氨酸的IPA途径是模式植物拟南芥中生长素合成的主要途径.以色氨酸为前体合成的IPA在YUCCA(YUC)的催化下生成IAA,这一过程也是生长素生物合成的限速步骤.拟南芥有11个YUC编码基因,目前对这11个YUC基因在植物胚胎发育过程中的表达模式还没有系统的研究.本文以Pro YUC:GUS(YUC1:GUS、YUC2:GUS、YUC4:GUS、YUC6:GUS、YUC8:GUS和YUC9:GUS)转基因植株为实验材料,观察在胚胎发育不同时期YUC基因的表达情况.结果表明:YUC1、YUC2和YUC4基因在拟南芥胚胎发育的后期(鱼雷期、拐杖期和成熟期)有极其微弱的表达;YUC6基因在拟南芥胚胎发育过程中没有表达;YUC8和YUC9在胚发育过程中有非常强的表达,其中YUC8主要在胚胎发育的三角胚时期、心形期和鱼雷期表达,而且在整个胚中表达,在拐杖期胚和成熟胚中YUC8特异在下胚轴和胚根中表达;YUC9在胚胎发育的球形期、三角胚时期和心形期有较强的表达,在胚发育的后期则在胚根有微弱的表达.这些结果表明拟南芥胚胎发育过程中存在生长素的本地合成,而且YUC8和YUC9是胚胎中参与生长素合成的主要基因. 展开更多
关键词 拟南芥 生长素 胚胎发育 yucca基因
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藜麦黄素单加氧酶基因(CqYUCCA)家族的全基因组鉴定与分析 被引量:2
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作者 褚晶 田晓芹 +1 位作者 陈世华 郭善利 《烟台大学学报(自然科学与工程版)》 CAS 2023年第1期20-27,共8页
利用生物信息学的方法从藜麦基因组中鉴定得到25个CqYUCCA基因,并对其蛋白信息、进化关系及表达模式进行了系统的分析。结果表明:25个CqYUCCA基因不均匀地分布在藜麦12条染色体上,基因家族亲缘关系显示其编码的蛋白被分成四个亚组,每组... 利用生物信息学的方法从藜麦基因组中鉴定得到25个CqYUCCA基因,并对其蛋白信息、进化关系及表达模式进行了系统的分析。结果表明:25个CqYUCCA基因不均匀地分布在藜麦12条染色体上,基因家族亲缘关系显示其编码的蛋白被分成四个亚组,每组的基因结构及蛋白基序的位置、数量均具有较高的相似性。根据已发表转录组数据分析,部分CqYUCCA基因受到干旱、高温以及盐胁迫的诱导。这些结果为进一步研究CqYUCCAs蛋白的生物学功能奠定了基础。 展开更多
关键词 藜麦 生长素 yucca 生物信息学 基因家族
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利用CRISPR-Cas9基因编辑技术获得水稻OsYUCCA1基因突变体 被引量:13
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作者 何先畅 黄国强 +2 位作者 王道洋 常淑伟 张大兵 《基因组学与应用生物学》 CAS CSCD 北大核心 2017年第11期4778-4784,共7页
为研究植物激素生长素在模式作物水稻中的功能,我们利用CRISPR-Cas9基因编辑技术,设计水稻生长素合成基因Os YUCCA1的两个靶位点,构建Os YUCCA1基因的敲除载体。通过对Os YUCCA1基因序列分析,将合成的靶点序列插入含hsp Cas9n的载体中,... 为研究植物激素生长素在模式作物水稻中的功能,我们利用CRISPR-Cas9基因编辑技术,设计水稻生长素合成基因Os YUCCA1的两个靶位点,构建Os YUCCA1基因的敲除载体。通过对Os YUCCA1基因序列分析,将合成的靶点序列插入含hsp Cas9n的载体中,再与p CAMBIA1300重组,构建基因编辑载体,通过农杆菌介导的方法转化水稻品种9522。从78棵转基因苗中鉴定得到针对Os YUCCA1的3种突变类型,包括26棵在外显子第260号碱基处插入碱基A或T两种类型纯合突变和22棵在外显子第447号碱基处插入A、444号碱基C被T替换、445号碱基G被C替换的杂合突变类型。通过分析,发现3种突变株系都存在移码现象而使氨基酸提前终止致使基因突变。本研究成功利用CRISPR-Cas9基因编辑技术敲除了水稻Os YUCCA1基因,为进一步研究Os YUCCA1基因功能提供了理论参考依据。 展开更多
关键词 水稻 Osyucca1 生长素 CRISPR/Cas9 基因编辑技术
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大白菜YUCCA基因家族的鉴定与生物信息学分析 被引量:8
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作者 綦洋 王柬钧 +4 位作者 桑园园 沈玲玲 申颖 曹雪 刘振宁 《江苏农业科学》 2019年第3期49-54,共6页
生长素(IAA)是一种重要的植物内源激素,YUCCA基因作为IAA生物合成的限速酶编码基因,在植物生长发育过程中起着重要的调控作用。为深入研究大白菜YUCCA基因家族的功能,利用生物信息学分析对大白菜中YUCCA基因家族成员进行全基因组水平鉴... 生长素(IAA)是一种重要的植物内源激素,YUCCA基因作为IAA生物合成的限速酶编码基因,在植物生长发育过程中起着重要的调控作用。为深入研究大白菜YUCCA基因家族的功能,利用生物信息学分析对大白菜中YUCCA基因家族成员进行全基因组水平鉴定,并对其基因组信息、蛋白质生理生化特征、基因结构、保守结构域、系统进化树等方面进行研究。结果表明,在大白菜基因组中共鉴定出19个YUCCA基因,可以聚类到2个大的分支,CladeⅠ和CladeⅡ;YUCCA基因在大白菜10条染色体上呈不均匀分布,并有1对基因以串联重复现象在染色体上分布;基因结构分析表明大白菜YUCCA基因一般含有0~3个数量不等的内含子;对大白菜YUCCA蛋白质氨基酸序列多重比对的分析表明大白菜YUCCA蛋白质存在高度保守的FAD结合位点(一致序列为GAGPxG)和NADPH结合位点(一致序列为GxGNSG);通过MEME软件对大白菜YUCCA蛋白质模体(motif)的预测还发现12个比较保守的motif。上述研究结果为大白菜YUCCA基因功能的研究奠定了一定的基础。 展开更多
关键词 大白菜 yucca 基因家族 生物信息学分析
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Yucca:A medicinally significant genus with manifold therapeutic attributes 被引量:8
17
作者 Seema PATEL 《Natural Products and Bioprospecting》 CAS 2012年第6期231-234,共4页
The genus Yucca comprising of several species is dominant across the chaparrals,canyons and deserts of American South West and Mexico.This genus has long been a source of sustenance and drugs for the Native Americans.... The genus Yucca comprising of several species is dominant across the chaparrals,canyons and deserts of American South West and Mexico.This genus has long been a source of sustenance and drugs for the Native Americans.In the wake of revived interest in drug discovery from plant sources,this genus has been investigated and startling nutritive and therapeutic capacities have come forth.Apart from the functional food potential,antioxidant,antiinflammation,antiarthritic,anticancer,antidiabetic,antimicrobial,and hypocholesterolaemic properties have also been revealed.Steroidal saponins,resveratrol and yuccaols have been identified to be the active principles with myriad biological actions.To stimulate further research on this genus of multiple food and pharmaceutical uses,this updated review has been prepared with references extracted from MEDLINE database. 展开更多
关键词 yucca SAPONIN antioxidant CYTOTOXICITY ANTIMICROBIAL
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苹果砧木YUCCA10a基因的克隆及其在嫁接树体的定量表达分析
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作者 姜夕雷 王宇 +3 位作者 贾冰晨 陈世华 尹海波 郭善利 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2019年第4期1213-1219,共7页
为了研究M9矮化砧和八棱海棠砧YUCCA10a基因的结构特征及其嫁接树体的表达特征,从M9矮化砧和八棱海棠砧中克隆了YUCCA10a基因,并对该基因进行了序列分析以及不同时期2种砧木嫁接"烟富3"的定量表达分析。通过分析表明,该基因... 为了研究M9矮化砧和八棱海棠砧YUCCA10a基因的结构特征及其嫁接树体的表达特征,从M9矮化砧和八棱海棠砧中克隆了YUCCA10a基因,并对该基因进行了序列分析以及不同时期2种砧木嫁接"烟富3"的定量表达分析。通过分析表明,该基因的编码序列为1 149 bp,推导编码382个氨基酸,预测蛋白质分子量为94 285.29 Da,理论等电点为5.08。实时荧光定量PCR结果表明,5月和10月份的M9矮化砧嫁接"烟富3"中YUCCA10a基因相对表达量明显低于八棱海棠砧,2种砧木嫁接的"烟富3"中YUCCA10a基因在10月份的相对表达量略高于5月份。本试验结果为研究M9矮化砧和八棱海棠砧YUCCA10a基因的结构特征和砧木对嫁接"烟富3"影响的机理方面提供理论依据。 展开更多
关键词 yucca10a 苹果砧木 克隆 定量表达
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The Effect of Yucca schidigera Extract on Ruminal Fermentation and Parameters Traits in Sheep 被引量:4
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作者 LIU Chun-long LI Zhong-qiu +1 位作者 DU Juan SHAN An-shan 《Agricultural Sciences in China》 CAS CSCD 2007年第1期121-128,共8页
In a completely randomized block design experiment, 16 ruminally cannulated sheep (40 ±2.1 kg)fed a 50% concentrate: 50% forage diet (DM basis) were given intraruminal doses of powdered Yucca schidigera extr... In a completely randomized block design experiment, 16 ruminally cannulated sheep (40 ±2.1 kg)fed a 50% concentrate: 50% forage diet (DM basis) were given intraruminal doses of powdered Yucca schidigera extract (YSE). Doses of 0 (control), 100, 200, or 300 mg kg^-1 diet were given at 8 p.m. and 4 a.m. On 15, 16, and 17 d of the experimental period, ruminal contents were sampled 0, 2, 4, 6, and 8 h after dosing, and blood samples were collected at the end of the experiment (18th and 19th d). Acidity was not affected (P〉0.05) by the addition of YSE. Compared with the control, ruminal propionate concentration was increased by 29.4 and 29.8% (P〉 0.05) and the acetic acid concentration was decreased by 15.1 and 19.8% (P〉0.05) at 4 and 6 h after YSE (300 mg kg^-1) dosing, respectively. Ruminal ammonia concentration in the first 2 h after feeding was higher (P〈0.05) in the sheep that did not receive YSE (increased by 17.57 mg 100 mL^-1) than in those that received 200 mg kg^-1(increased by 6.77 mg 100 mL^-1) or 300 mg kg^-1 (increased by 6.50 mg 100 mL^-1) YSE. Protozoan populations in the rumen were lower (P〈0.05) in the animals that received 300 mg kg^-1 of YSE compared with the control. All serum parameters of the four groups were in the normal range and were similar among the treatment groups (P 〉 0.05), after being fed for 19 d with different doses of YSE. The effect of YSE on ruminal ammonia concentration likely resulted from a decreased concentration of protozoan populations and, presumably, from ammonia binding by YSE. 展开更多
关键词 yucca schidigera extract rumen fermentation protozoan populations serum parameters SHEEP
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梨YUCCA基因家族的鉴定与生物信息学分析 被引量:4
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作者 袁美同 李绍信 +3 位作者 纪丕钰 曹燕燕 王然 李鼎立 《分子植物育种》 CAS 北大核心 2021年第19期6328-6337,共10页
YUCCA基因编码黄素单加氧酶,是IAA生物合成主要限速酶基因之一,在植物生长发育中起着重要调控作用。本研究对白梨全基因组数据库进行筛选鉴定,获得梨YUCCA基因家族基因14个,这些基因非均等地分布在8条染色体上。生物信息学分析发现,梨YU... YUCCA基因编码黄素单加氧酶,是IAA生物合成主要限速酶基因之一,在植物生长发育中起着重要调控作用。本研究对白梨全基因组数据库进行筛选鉴定,获得梨YUCCA基因家族基因14个,这些基因非均等地分布在8条染色体上。生物信息学分析发现,梨YUCCA基因长度相差较大,含有2或3个内含子;基因具有10个保守基序,其中黄素嘌呤二核苷酸结合位点和还原型辅酶Ⅱ结合位点为基因家族所共有。基因家族亲缘关系分析显示,梨YUCCA基因家族可以分为2个类群,与苹果YUCCA基因亲缘关系较近。亚细胞定位和结构分析显示,梨YUCCA基因均定位在细胞质中,受多种激素所诱导,多数成员具有相似的三级结构。本研究的开展为梨YUCCA基因功能解析提供了参考。 展开更多
关键词 yucca基因 生长素 生物信息学
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