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蒙古冰草XTH基因生物信息学及干旱胁迫下表达分析 被引量:1
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作者 陈艺豪 房永雨 +7 位作者 范菠菠 张学峰 赵彦 闫秀秀 吴婧 翟永青 于卓 马艳红 《中国农业大学学报》 北大核心 2025年第1期55-64,共10页
为筛选出蒙古冰草(Agropyron mongolicum Keng)抗旱相关的XTH基因,利用生物信息学方法对其理化性质、亚细胞定位、保守基序、进化关系及二、三级结构进行分析,并对4个抗旱相关的XTH基因进行表达分析。结果表明:筛选得到的7个蒙古冰草XT... 为筛选出蒙古冰草(Agropyron mongolicum Keng)抗旱相关的XTH基因,利用生物信息学方法对其理化性质、亚细胞定位、保守基序、进化关系及二、三级结构进行分析,并对4个抗旱相关的XTH基因进行表达分析。结果表明:筛选得到的7个蒙古冰草XTH基因,蛋白大小位于70~357 aa,分子质量为7.67~39.46 ku,理论等电点(PI)在4.67~9.81,均为亲水性蛋白;亚细胞定位表明AmXTH‑1定位在细胞壁和细胞质,其余6个定位于细胞壁。XTH基因的二、三级结构以无规则卷曲为主,推测motif1、motif2和motif3为保守基序。进化关系比对发现AmXTH30、AmXTH28‑1、AmXTH‑1和AmXTH8‑1与已知具有抗旱功能的基因具有较高相似性。qRT-PCR分析表明,4个与蒙古冰草抗旱相关的XTH基因均呈下调表达。推测蒙古冰草中差异表达的4个XTH基因在响应干旱胁迫中起负调控作用。 展开更多
关键词 蒙古冰草 xth 生物信息学分析 基因表达
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工业大麻XTH基因家族鉴定及不同发育时期表达模式分析
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作者 隋月 闫博巍 +4 位作者 张元野 房郁妍 郑楠 张明 张利国 《草地学报》 北大核心 2025年第8期2443-2455,共13页
木葡聚糖内转糖苷酶/水解酶(Xyloglucan endotransglycosylases/hydrolases, XTH)参与纤维素/木葡聚糖交联构建和重塑,在植物细胞壁的可伸展性方面有非常重要的作用。但在工业大麻(Cannabis sativa)中还未有关于该酶的报道。为系统鉴定... 木葡聚糖内转糖苷酶/水解酶(Xyloglucan endotransglycosylases/hydrolases, XTH)参与纤维素/木葡聚糖交联构建和重塑,在植物细胞壁的可伸展性方面有非常重要的作用。但在工业大麻(Cannabis sativa)中还未有关于该酶的报道。为系统鉴定工业大麻XTH家族成员,本研究通过生物信息学手段,鉴定出10个工业大麻XTH基因(CsXTH),分别命名为CsXTH1~CsXTH10,分析了其理化性质、系统进化和不同生长时期表达模式等。结果表明,XTH家族成员相对分子量在31.14~63.64 kD之间。亚细胞定位预测结果显示,10个家族成员均定位在细胞壁上,CsXTH3和CsXTH8也能定位在细胞质中,均属于亲水性蛋白。CsXTH启动子区存在较多光响应、激素响应和逆境响应相关的顺式作用元件,表明CsXTH可能参与植物生长发育及逆境胁迫防御等多种生物学过程。CsXTH基因的表达在不同生长时期存在特异性,CsXTH3,CsXTH5在幼苗期表达量最高,CsXTH7在工艺成熟期表达量最高。上述结果为研究CsXTH家族基因在工业大麻纤维发育中的功能提供了参考依据。 展开更多
关键词 工业大麻 xth基因家族 纤维发育 生物信息学分析
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甘蓝型油菜BnXTH1基因的克隆与表达分析 被引量:2
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作者 楚璞 刘慧娟 +1 位作者 杨力 管荣展 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2014年第3期432-439,共8页
木葡聚糖内糖基转移酶/水解酶(XTH)是一类庞大的多基因家族,在细胞壁形成以及植物生长发育过程中起重要作用。本研究利用同源序列设计引物进行PCR扩增,克隆得到甘蓝型油菜XTH基因的cDNA序列,将其命名为BnXTH1(GenBank登录号:KF612342)。... 木葡聚糖内糖基转移酶/水解酶(XTH)是一类庞大的多基因家族,在细胞壁形成以及植物生长发育过程中起重要作用。本研究利用同源序列设计引物进行PCR扩增,克隆得到甘蓝型油菜XTH基因的cDNA序列,将其命名为BnXTH1(GenBank登录号:KF612342)。BnXTH1的开放阅读框长855 bp,编码284个氨基酸,预测的蛋白质相对分子质量为32.46 kD,等电点为8.84,含有典型的XTH蛋白催化活性序列DEIDFEFLGN。系统进化分析表明该基因与拟南芥XTH17进化关系最近。半定量RT-PCR分析结果显示,BnXTH1在花和根中表达量较高,其在幼苗中的表达受赤霉素、油菜素内酯以及生长素的诱导,推测该基因可能与幼苗生长发育的调控有关。 展开更多
关键词 油菜 Bnxth1 木葡聚糖内糖基转移酶/水解酶(xth) 克隆 基因表达
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丙烯和1-甲基环丙烯处理对采后柿果实XTH基因表达的影响 被引量:8
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作者 祝庆刚 饶景萍 +1 位作者 田红炎 韩叶 《园艺学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第7期1278-1284,共7页
为了进一步探索木葡聚糖内糖基转移/水解酶(XTH)在柿(Diospyros kaki L.)采后软化中的分子调控机制,应用实时荧光定量PCR技术检测常温下丙烯和1-甲基环丙烯(1-MCP)处理的‘富平尖柿’果实中XTH基因表达量的变化。结果显示,丙烯处理能够... 为了进一步探索木葡聚糖内糖基转移/水解酶(XTH)在柿(Diospyros kaki L.)采后软化中的分子调控机制,应用实时荧光定量PCR技术检测常温下丙烯和1-甲基环丙烯(1-MCP)处理的‘富平尖柿’果实中XTH基因表达量的变化。结果显示,丙烯处理能够促进柿果实成熟软化,增加乙烯释放并使高峰提前到来,而1-MCP处理能够延缓果实软化,抑制乙烯释放。随着柿果实成熟软化推进,4个XTH基因呈现不同的表达方式,且丙烯处理促进了4个XTH基因的表达,而1-MCP处理则抑制它们的表达。其中,DkXTH1和DkXTH2在柿果实成熟软化过程中表达量较高,且二者表达高峰分别在果实成熟的初期和中期,说明DkXTH1和DkXTH2分别与采后柿果实初期和中后期的软化关系密切。结合乙烯释放量结果分析显示,柿果实XTH基因的表达受乙烯调控,对柿果实的成熟软化中具有一定的促进作用。 展开更多
关键词 丙烯 1-甲基环丙烯 xth 采后 实时荧光定量PCR
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成熟砂梨果实木葡聚糖转移酶基因PpXTH1的克隆及其在夏季货架期的表达规律 被引量:5
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作者 丛郁 刘洪 +3 位作者 李慧 颜志梅 俞明亮 常有宏 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2010年第1期143-151,共9页
木葡聚糖内糖基转移酶(XTH)通过降解细胞壁中半纤维的主要成分木葡聚糖在果实的软化过程中发挥重要作用。为探明XTH基因与砂梨品种翠冠果实软化之间的关系,本研究以翠冠果肉cDNA为模板,采用RT.PCR和RACE方法,克隆获得了编码砂梨XT... 木葡聚糖内糖基转移酶(XTH)通过降解细胞壁中半纤维的主要成分木葡聚糖在果实的软化过程中发挥重要作用。为探明XTH基因与砂梨品种翠冠果实软化之间的关系,本研究以翠冠果肉cDNA为模板,采用RT.PCR和RACE方法,克隆获得了编码砂梨XTH基因的全cDNA序列(PpXTH1,1300bp)。序列分析表明,PpXTH1的5’端和3’端非翻译区分别为125bp和293bp,它的开放阅读框为882bp,编码294个氨基酸,推导的PpXTHl蛋白序列含有XTH蛋白的催化活性部位DEIDFEFL。砂梨PpXTH1与其他植物果实中的XTH蛋白具有较高的同源性,其中与苹果MdXTH1的同源性为98.0%;与猕猴桃AdXTH5的同源性为85.0%;与番茄LeXTH4的同源性为67.6%。分子进化树分析表明,PpXTHX与MdXTHl、PeXTHl、AdXTH5、PtrXTH16A同分在一组,而这些XTH蛋白与果实成熟和细胞壁的次生结构代谢密切相关。在夏季货架期,28~32℃条件下,翠冠果肉中PpXTHI的表达量持续上升,贮藏8d时其表达量最高,之后缓慢下降,1-MCP对PpXTH1的表达起延缓作用。以上结果说明本研究所克隆的基因为砂梨XTH基因家族成员,在贮藏软化过程中它的表达受乙烯调节。 展开更多
关键词 砂梨 木葡聚糖内糖基转移酶(xth) 基因克隆 序列分析 表达特性
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大豆响应低磷胁迫的XTH基因鉴定及XTH38调节根系生长研究 被引量:3
6
作者 张亚楠 王婷 +4 位作者 欧斯艳 李方剑 黄丽雅 麦翠珊 王金祥 《植物营养与肥料学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第7期1167-1181,共15页
【目的】鉴定大豆木葡聚糖内糖基转移酶/水解酶(xyloglucan endotransglycosylases/hydrolases,XTHs)基因家族,分析其表达模式和对低磷养分胁迫的响应,初步明确大豆XTH38调节根系生长的功能。【方法】供试大豆品种为粤春03-3(YC03-3),... 【目的】鉴定大豆木葡聚糖内糖基转移酶/水解酶(xyloglucan endotransglycosylases/hydrolases,XTHs)基因家族,分析其表达模式和对低磷养分胁迫的响应,初步明确大豆XTH38调节根系生长的功能。【方法】供试大豆品种为粤春03-3(YC03-3),拟南芥野生型为哥伦比亚(Columbia-0,Col-0)生态型。通过生物信息学方法,鉴定了大豆XTH基因家族成员,并对大豆的XTH家族成员进行进化分析。采用水培方法,设定高磷对照(HP,KH_(2)PO_(4)500μmol/L)和低磷处理(LP,KH_(2)PO_(4)25μmol/L)营养液培养,将大豆幼苗处理14天后,取大豆幼苗的根和叶,使用定量PCR分析幼苗中5个GmXTHs的表达;将在1/2 MS固体培养基上发芽2天的超表达GmXTH38株系和Col-0分别接种到HP、LP、低铁(LFe,Fe 0μmol/L)、中铁(MFe,Fe 50μmol/L)和高铁(HFe,Fe 500μmol/L)固体培养基上,7天后测定GmXTH38株系的侧根长度和密度。【结果】通过生物信息学分析,确定了大豆XTH基因家族共有61个成员,分为3个不同亚组,其中GmXTH38与AtXTH9、AtXTH23位于同一亚组。定量PCR分析结果表明,GmXTH基因家族成员在大豆器官或组织的表达模式不同,其中GmXTH28、GmXTH38、GmXTH41和GmXTH52受LP诱导表达,特别是GmXTH38在大豆根和叶中的表达均受LP诱导。与大豆一致,LP条件下GmXTH38启动子在拟南芥幼苗根、叶的活动强于HP处理。在高磷和中铁(植物正常生长养分需求量)条件下,拟南芥异源超表达GmXTH38抑制拟南芥主根生长、侧根数目和侧根密度。在LP、LFe和HFe胁迫下,与Col-0相比,超表达GmXTH38拟南芥材料主根变短、侧根数和侧根密度减少;超表达GmXTH38导致Col-0侧根形成对LP的敏感性增加;超表达GmXTH38导致Col-0侧根密度在LFe或HFe胁迫条件下下降程度更明显,超表达GmXTH38增加拟南芥主根生长对LFe或HFe的敏感性。【结论】大豆基因组存在61个XTH成员,分别为GmXTH1~GmXTH61。GmXTH38在大豆根叶均受LP诱导。超表达GmXTH38在正常养分条件下抑制拟南芥主根生长和侧根数目;超表达GmXTH38改变拟南芥根系在磷铁养分胁迫条件下的生长。 展开更多
关键词 xth Gmxth38 低磷 大豆 主根 侧根
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XTH基因家族在‘妃子笑’荔枝花穗不同处理方式的表达分析 被引量:2
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作者 董晨 魏永赞 +2 位作者 王弋 郑雪文 李伟才 《广西植物》 CAS CSCD 北大核心 2021年第4期514-521,共8页
木葡聚糖内切葡聚糖酶/水解酶(xyloglucan endotransglucosylase/hydrolase,XTH)是一类重要的糖苷水解酶,在促进植物细胞壁延展以及响应逆境胁迫方面发挥着重要作用。为研究荔枝XTH家族基因在不同花穗处理方式下的表达情况,该文以‘妃... 木葡聚糖内切葡聚糖酶/水解酶(xyloglucan endotransglucosylase/hydrolase,XTH)是一类重要的糖苷水解酶,在促进植物细胞壁延展以及响应逆境胁迫方面发挥着重要作用。为研究荔枝XTH家族基因在不同花穗处理方式下的表达情况,该文以‘妃子笑’荔枝为实验材料,对‘妃子笑’花穗进行疏花和喷施烯效唑处理;基于前期转录组数据库鉴定出29个LcXTH家族成员,利用荧光定量PCR(RT-qPCR)技术对LcXTH基因家族成员在不同处理后花穗的表达进行研究,分析XTH家族基因对不同花穗处理方式的响应情况。结果表明:LcXTH家族基因成员表达在对照、疏花处理和烯效唑处理后花穗不同发育阶段表达规律不同,且不同基因存在表达量的差异。其中LcXTH亚家族Ⅲ、LcXTH亚家族Ⅳ(LcXTH2、LcXTH3、LcXTH4、LcXTH5、LcXTH6、LcXTH7、LcXTH9、LcXTH10、LcXTH11、LcXTH12、LcXTH13、LcXTH22和LcXTH23)成员及LcXTH20表达量较高,推测在花穗发育中起关键作用。‘妃子笑’花穗疏花处理14 d后LcXTH家族大部分成员表达上调,推测疏花对LcXTH的表达起到正调控作用;‘妃子笑’花穗喷施烯效唑后LcXTH家族成员的表达下调,推测烯效唑处理对LcXTH的表达起到负调控作用。 展开更多
关键词 荔枝 不同处理 xth 基因家族 RT-QPCR 基因表达
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大丽花花瓣生长与衰老相关基因DpXTH的表达分析 被引量:3
8
作者 孙悦 王蕾 +2 位作者 姬筱雅 郑必平 谈建中 《江苏农业科学》 CSCD 北大核心 2012年第7期28-31,共4页
为了研究木葡聚糖内糖基转移酶/水解酶(XTH)基因在大丽花花瓣生长和衰老过程中的功能,本试验以大丽花(Dahlia pinnata Cav)花瓣为材料,在克隆大丽花花瓣XTH基因cDNA序列(DpXTH)的基础上,以18S rRNA为内参基因,利用半定量RT-PCR技术,检... 为了研究木葡聚糖内糖基转移酶/水解酶(XTH)基因在大丽花花瓣生长和衰老过程中的功能,本试验以大丽花(Dahlia pinnata Cav)花瓣为材料,在克隆大丽花花瓣XTH基因cDNA序列(DpXTH)的基础上,以18S rRNA为内参基因,利用半定量RT-PCR技术,检测了大丽花花瓣生长与衰老过程中DpXTH基因的表达变化。结果显示,大丽花开花过程中DpXTH的表达量急剧增加,盛花期达到最大,而衰老期又迅速下降,表明DpXTH与花瓣的生长发育密切相关,可能在大丽花花瓣生长的不同阶段DpXTH对细胞壁中木葡聚糖的代谢具有不同的调控方式。 展开更多
关键词 大丽花 花瓣 生长 衰老 木葡聚糖内糖基转移酶/水解酶(xth) 基因表达
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菊花花瓣XTH基因cDNA序列的克隆与分析 被引量:2
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作者 孙悦 苏媚 +3 位作者 王蕾 姬筱雅 郑必平 谈建中 《安徽农业科学》 CAS 2012年第18期9598-9600,共3页
[目的]研究非乙烯敏感型菊科植物的木葡聚糖内糖基转移酶/水解酶(xyloglucan endo-transglycosylase/hydrolase,XTH)基因的结构特征。[方法]采用Trizol方法从菊花花瓣中提取总RNA,利用RT-PCR技术和T/A载体克隆XTH基因的cDNA序列,并对目... [目的]研究非乙烯敏感型菊科植物的木葡聚糖内糖基转移酶/水解酶(xyloglucan endo-transglycosylase/hydrolase,XTH)基因的结构特征。[方法]采用Trizol方法从菊花花瓣中提取总RNA,利用RT-PCR技术和T/A载体克隆XTH基因的cDNA序列,并对目的序列进行琼脂糖凝胶电泳和测序分析。[结果]克隆的cDNA片段大小为911 bp,编码293个氨基酸残基,具有XTH蛋白家族的7个活性位点,命名该基因序列为CmXTH(基因登录号为HM752243);其推导的氨基酸序列与其他19种植物的XTH具有较高的同源性,其中与非洲菊、蕃茄的亲缘关系最近,而与猕猴桃、草莓、胡杨等的亲缘关系较远。[结论]该研究结果显示克隆片段确为XTH基因的cDNA序列,其可能与菊花花瓣的生长与衰老过程有关。该结果为进一步研究XTH基因的结构与生物学功能以及菊花花瓣的生长发育机制奠定了基础。 展开更多
关键词 菊花 花瓣 xth基因 衰老 RT-PCR
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Analysis on Tissue-specific Expression of Dp XTH1 and Dp XTH2 Genes in Dahlia 被引量:1
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作者 张萍萍 王蕾 +4 位作者 陈驰 王利芬 郑必平 钱力鑫 谈建中 《Agricultural Science & Technology》 CAS 2015年第8期1596-1599,共4页
[Objective] This study aimed to investigate the functions and related mechanisms of xyloglucan Endotransglycosylase/hydrolases (XTHs) during the growth and development of dahlia. [Method] Using /3-actin as the refer... [Objective] This study aimed to investigate the functions and related mechanisms of xyloglucan Endotransglycosylase/hydrolases (XTHs) during the growth and development of dahlia. [Method] Using /3-actin as the reference gene, the rela- tive transcription levels of DpXTH1 and DpXTH2 genes in roots, stems, leaves and petals of dahlia were analyzed by real-time RT-PCR. [Result] The DpXTH1 and DpXTH2 were not expressed in the roots, but expressed abundantly in the petals of dahlia. There were little expressions in the stems and leaves of dahlia. [Conclusion] The DpXTH1 and DpXTH2 were petal-specific genes and closely related to the growth and development of petals in dahlia. 展开更多
关键词 DAHLIA Xyloglucan endotransglycosylase/hydrolases xth gene Expres-sion specificity Real-time fluorescence quantitative PCR
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Cloning and Analysis of the cDNA Sequence of XTH Gene from Chrysanthemum morifolium Petal
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作者 苏媚 孙悦 +3 位作者 王蕾 姬筱雅 郑必平 谈建中 《Agricultural Science & Technology》 CAS 2012年第12期2461-2463,共3页
[Objective] This study aimed to investigate the structural character of xy- Ioglucan endotransglycosylase/hydrolase (XTH) gene in ethylene-insensitive feverfew. [Method] The total RNA was extracted from Chrysanthemu... [Objective] This study aimed to investigate the structural character of xy- Ioglucan endotransglycosylase/hydrolase (XTH) gene in ethylene-insensitive feverfew. [Method] The total RNA was extracted from Chrysanthemum rnorifolium petal using Trizol reagent, and the cDNA fragment of XTH gene was cloned by RT-PCR and T/A cloning. [Result] The sequencing result showed that the cloned cDNA sequence was 911 bp. It was predicted to encode a polypeptide of 293 amino acids and had seven active sites of XTH family, and then named as CmXTH (gene accession number HM752243). In addition, The BLAST analysis showed that the deduced amino acid sequence of CmXTH showed high homology with other 19 chosen plant XTHs. Among of these, CmXTH shared closer genetic relationship with Gerbera jamesonii, Solanum lycopersicum, whereas had relatively distant relationship with Populus euparatica, Fragaria ananassa, Actinidia deliciosa, etc. [Conclusion] The cloned fragment was certainly the cDNA of XTH gene, which was associated with the petal growth and senescence in Chrysanthemum morifolium. 展开更多
关键词 Chrysanthemum morifoliurn PETAL xth gene SENESCENCE RT-PCR
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桃XTH家族基因鉴定及其在桃果实贮藏过程中的表达特性 被引量:6
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作者 郭绍雷 许建兰 +4 位作者 王晓俊 宿子文 张斌斌 马瑞娟 俞明亮 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2022年第23期4702-4716,共15页
【目的】通过桃木葡聚糖内糖基转移/水解酶(xyloglucan endotransglucosylase/hydrolase,XTH)基因家族鉴定与不同肉质桃贮藏过程中相关基因的表达分析,发掘PpXTHs家族成员中参与桃果实软化的重要候选基因,为深入解析PpXTHs在果实采后贮... 【目的】通过桃木葡聚糖内糖基转移/水解酶(xyloglucan endotransglucosylase/hydrolase,XTH)基因家族鉴定与不同肉质桃贮藏过程中相关基因的表达分析,发掘PpXTHs家族成员中参与桃果实软化的重要候选基因,为深入解析PpXTHs在果实采后贮藏过程中的功能研究奠定基础。【方法】根据XTH蛋白保守结构域Glyco_hydro_16 domain和XET_C domain,利用Hmmer 3.1软件对桃蛋白质数据库进行搜索,鉴定桃XTH基因家族成员;利用在线软件ProtParam预测其分子量、理论等电点等理化性质;利用在线分析工具Plant-mPLoc预测其亚细胞定位;MEGA11软件构建系统进化树;运用在线工具MEME对其保守motif进行分析,Tbtools呈现蛋白保守结构域和基因结构图谱;MapChart软件绘制基因在染色体上的分布图;利用实时荧光定量PCR(quantitative reverse transcription PCR,qRT-PCR)技术检测PpXTHs在不同肉质桃贮藏过程中的表达特性。【结果】在桃基因组共鉴定XTH基因家族成员27个,分布在7条染色体上。系统进化树显示,PpXTHs家族成员可分为祖先类群、Ⅰ/Ⅱ亚家族以及ⅢA和ⅢB亚家族。蛋白结构域分析显示所有PpXTHs成员均含有Glyco_hydro_16和XET_C两个蛋白保守结构域。qRT-PCR结果表明,属于ⅢB亚家族的PpXTH33随着溶质桃贮藏期延长,表达量上调,且表达量显著高于同期硬质桃贮藏过程的表达水平;PpXTH33克隆测序结果显示其CDS序列与桃参考基因组一致,长度为924 bp,编码307个氨基酸;激光共聚焦显微镜观察发现PpXTH33与GFP融合蛋白可能主要于细胞壁与细胞核上产生绿色荧光信号。【结论】桃27个PpXTHs家族成员蛋白结构均含有2个XTH蛋白保守结构域,不均匀分布在7条染色体上。PpXTHs在溶质桃和硬质桃贮藏过程中的表达特性显示,PpXTH33与桃采后果实软化密切相关。 展开更多
关键词 果实软化 xth基因家族 基因表达 亚细胞定位
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谷子XTH基因家族与抗旱相关基因的分析 被引量:9
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作者 元香梅 禾璐 +4 位作者 张凯烨 武雪 马芳芳 王军 韩渊怀 《山西农业大学学报(自然科学版)》 CAS 2017年第1期1-6,共6页
[目的]木葡聚糖内转糖苷酶/水解酶(XTH)属于糖苷水解酶GH16家族,其家族成员可能在植物响应逆境胁迫的过程中发挥重要作用,为深入挖掘谷子抗旱基因,进而选育谷子抗逆新品种,[方法]本研究利用生物信息学手段,对谷子XTH基因家族进行了分析... [目的]木葡聚糖内转糖苷酶/水解酶(XTH)属于糖苷水解酶GH16家族,其家族成员可能在植物响应逆境胁迫的过程中发挥重要作用,为深入挖掘谷子抗旱基因,进而选育谷子抗逆新品种,[方法]本研究利用生物信息学手段,对谷子XTH基因家族进行了分析。[结果]从谷子基因组数据库中鉴定出16个XTH基因。结构分析表明:SiXTH家族成员在基因结构及编码区序列上较为保守,含1~3个内含子;谷子XTH蛋白含有XTH家族典型的保守基序DEIDFEFLG;预测SiXTH基因家族成员在启动子区域含有响应逆境胁迫的顺式作用元件。在干旱胁迫下,通过比较两个谷子品种勾勾母鸡咀及晋汾16在干旱胁迫下基因的相对表达水平,我们发现了3个上调表达和1个下调表达的SiXTH基因。[结论]因此推测,同一类基因其基因结构及蛋白结构域相似,且XTH基因家族在谷子应答干旱胁迫的过程中起一定的作用,同时本研究也为深入探究XTH基因家族成员的功能奠定了一定的基础。 展开更多
关键词 谷子 xth 耐旱基因 功能预测
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黑果枸杞XTH转录因子家族鉴定与生物信息学分析 被引量:7
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作者 贾西贝 李效雄 +3 位作者 杜雨 胡晓桐 刘筠 马彦军 《草地学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第10期2916-2924,共9页
为探究木葡聚糖内糖基转移酶/水解酶(Xyloglucan endotransglucosylase/hydrolase,XTHs)基因家族在黑果枸杞(Lycium ruthenicum)生长发育中的作用,以及对盐胁迫的响应,本文通过生物信息学方法对XTHs基因的理化性质、保守结构域、进化关... 为探究木葡聚糖内糖基转移酶/水解酶(Xyloglucan endotransglucosylase/hydrolase,XTHs)基因家族在黑果枸杞(Lycium ruthenicum)生长发育中的作用,以及对盐胁迫的响应,本文通过生物信息学方法对XTHs基因的理化性质、保守结构域、进化关系和表达模式进行分析。从黑果枸杞转录组数据中共筛选出19个LrXTHs成员,其编码氨基酸的数目为258~330 aa,分子量为29.77~37.98 kDa,等电点为4.98~8.92,基因长度为954~1814 bp。LrXTHs成员都含DE(I/L/F/V)D(F/I/M)EFLG保守结构域。系统发育树显示XTH基因家族可分为4个亚族。基因表达谱显示不同组织中的LrXTHs在盐胁迫下具有不同的表达趋势,LrXTH3,LrXTH18和LrXTH19在根部组织中高表达,LrXTH9在根部和叶部组织中高表达,表明LrXTHs可能在黑果枸杞的盐胁迫响应中发挥重要作用。该结果为黑果枸杞及XTH家族的进一步研究提供了参考。 展开更多
关键词 黑果枸杞 NACL胁迫 xth转录因子 生物信息学 系统发育树
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海巴戟果实软化相关基因McXTH的克隆和表达分析 被引量:3
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作者 李佳莹 宫树森 +2 位作者 秦英 金璨 吴田 《四川农业大学学报》 CSCD 北大核心 2024年第1期94-102,共9页
【目的】了解诺丽果实软化规律,克隆木葡聚糖内转糖苷酶/水解酶(XTH)基因,初步明确其表达模式。【方法】用果实硬度计测量后熟阶段的诺丽果实在25℃放置及乙烯利处理两种状态下的硬度变化。从诺丽果实采后0~48 h转录组数据中筛选差异表... 【目的】了解诺丽果实软化规律,克隆木葡聚糖内转糖苷酶/水解酶(XTH)基因,初步明确其表达模式。【方法】用果实硬度计测量后熟阶段的诺丽果实在25℃放置及乙烯利处理两种状态下的硬度变化。从诺丽果实采后0~48 h转录组数据中筛选差异表达的XTH候选基因。通过生物信息学分析,克隆目的基因全长,并利用荧光定量PCR技术分析基因表达模式,同时用便携式乙烯测量仪测定内源乙烯释放量。【结果】后熟阶段的海巴戟果实采后表皮硬度随贮藏时间增加而下降,且乙烯利处理后的软化趋势较室温自然放置更为显著。从海巴戟果实采后0~48 h转录组数据中筛选出基因XTH(DN16278g1)的表达量高、差异大。该基因具有完整的开放阅读框(ORF),克隆测序后将其命名为McXTH,并将其提交Genbank获得登录号为ON512442。McXTH基因ORF全长1062 bp,共编码353个氨基酸,与其他植物中的XTH基因氨基酸序列的相似性为75%~88%。RT-qPCR结果和内源乙烯释放量表明,在海巴戟果实成熟阶段McXTH的表达量与同时期的内源乙烯释放量在趋势上大体相同。【结论】海巴戟果实的软化受乙烯和关键基因XTH调控,Mc XTH的克隆为进一步进行XTH基因在海巴戟果实成熟软化过程的功能研究夯实基础。 展开更多
关键词 海巴戟 木葡聚糖内转糖苷酶/水解酶(xth) 果实软化 果实成熟 乙烯
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基于转录组的荔枝XTH家族基因的鉴定及分析 被引量:3
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作者 董晨 魏永赞 +2 位作者 王弋 郑雪文 李伟才 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2019年第12期3865-3873,共9页
为了研究木葡聚糖内切葡聚糖酶/水解酶(xyloglucan endotransglucosylase/hydrolase, XTH)基因家族在荔枝花穗发育过程中的分布及表达情况,本研究基于‘妃子笑’荔枝花穗转录组数据,利用生物信息学研究方法,首次对‘妃子笑’荔枝XTH基... 为了研究木葡聚糖内切葡聚糖酶/水解酶(xyloglucan endotransglucosylase/hydrolase, XTH)基因家族在荔枝花穗发育过程中的分布及表达情况,本研究基于‘妃子笑’荔枝花穗转录组数据,利用生物信息学研究方法,首次对‘妃子笑’荔枝XTH基因家族进行鉴定,包括基因的基本物理和化学特征,亚细胞定位,蛋白质保守结构域,进化关系和表达模式。结果表明:Lc XTH基因家族成员有29个,其蛋白长度范围在37~311 AA之间,对应的相对分子量范围在4.398~35.711 k D之间,等电点(pI)范围为4.39~9.46。此外,亚细胞定位分析显示所有LcXTH蛋白均位于细胞壁;Lc XTH含有2个相对保守的结构域(Glyco_hydro_16结构域和XET_C结构域);系统发育树分析表明LcXTH基因家族分为四组(Ⅰ~Ⅳ组),不同发育阶段LcXTHF基因的表达模式不同。本研究为进一步对XTH基因的功能研究提供理论依据。 展开更多
关键词 荔枝(Litchi chinensis) 木葡聚糖内切葡聚糖酶/水解酶 基因家族 生物信息分析 表达分析
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辣椒基因组中XTH基因家族的鉴定与表达特征分析 被引量:6
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作者 李宁 沈瑶 +3 位作者 夏碧波 梁关生 吴智明 刘海清 《热带作物学报》 CSCD 北大核心 2018年第2期317-324,共8页
为全面了解木葡聚糖内转糖苷酶/水解酶(xyloglucan endotransglucosylase/hydrolase,XTH)基因在辣椒基因组中的特征,利用生物信息学方法鉴定出了所有辣椒XTH基因家族成员,并对基因的结构、染色体定位、系统进化关系和保守结构域等进行... 为全面了解木葡聚糖内转糖苷酶/水解酶(xyloglucan endotransglucosylase/hydrolase,XTH)基因在辣椒基因组中的特征,利用生物信息学方法鉴定出了所有辣椒XTH基因家族成员,并对基因的结构、染色体定位、系统进化关系和保守结构域等进行了预测,同时基于转录组数据集分析了XTH基因在辣椒不同器官、不同发育时期果实中的表达特征。结果表明,辣椒XTH家族包含23个基因成员,不均衡分布在除10号染色体外的其余11条染色体上;23个基因包含1~5个不等的内含子;系统进化分析表明,辣椒XTH蛋白可分为3个亚家族;基因表达特征分析显示,大多数辣椒XTH的表达具有组织特异性,CaXTH2、CaXTH21、CaXTH13和CaXTH23极有可能与辣椒果实的膨大与成熟相关。本研究为深入了解辣椒XTH基因的功能奠定了基础。 展开更多
关键词 辣椒 木葡聚糖内转糖苷酶/水解酶 基因表达 果实发育与成熟
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花生AhXTH32蛋白的生物信息学分析、亚细胞定位与原核表达
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作者 刘松英 罗锦 +4 位作者 周敏 王爱勤 肖冬 何龙飞 詹洁 《分子植物育种》 CAS 北大核心 2023年第6期1774-1784,共11页
木葡聚糖内糖基转移酶/水解酶(XTH)在植物的生长发育和逆境应答中发挥重要作用。本研究运用生物信息学技术对花生AhXTH32蛋白的理化性质、结构等进行分析,利用水稻原生质体瞬时表达法对Ah XTH32进行亚细胞定位,通过原核表达初步研究其... 木葡聚糖内糖基转移酶/水解酶(XTH)在植物的生长发育和逆境应答中发挥重要作用。本研究运用生物信息学技术对花生AhXTH32蛋白的理化性质、结构等进行分析,利用水稻原生质体瞬时表达法对Ah XTH32进行亚细胞定位,通过原核表达初步研究其表达情况。结果表明:AhXTH32蛋白的N端含有信号肽,没有跨膜结构,属于典型的分泌蛋白;含有GH16、XET-C两个保守结构域,属于XTH蛋白家族;定位在细胞质、细胞膜、质外体,缺失信号肽时,蛋白不能分泌到胞外;在大肠杆菌中成功表达可溶性重组AhXTH32蛋白。推测该蛋白可能与质膜结合后分泌到胞外水解细胞壁半纤维素,参与花生的防御机制。 展开更多
关键词 花生 Ah xth32 生物信息学 亚细胞定位 原核表达
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XET/XTH功能及基因家族表达模式的研究进展 被引量:3
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作者 杨亮 《吉林农业(学术版)》 2011年第3期65-67,共3页
作为糖苷水解酶的一个重要组成亚组,XET参与植物细胞许多生物学功能的实现。本文就其基本功能,以及XET/XTH各成员在拟南芥不同器官生长发育各个阶段的表达情况进行综述。
关键词 XET/xth基因家族 功能 表达模式
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小桐子XTH基因家族和与之互作的miRNAs的全基因组鉴定及其在低温适应中的作用 被引量:2
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作者 吕宇婧 吴丹丹 +2 位作者 孔春艳 杨宇 龚明 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第2期147-160,共14页
小桐子(Jatropha curcas L.)是极具开发潜力的多用途能源植物,也是喜温冷敏植物,低温严重影响其生长和开发利用。已知木葡聚糖内转糖苷酶/水解酶(XTH)作为细胞壁的修饰酶参与植物对逆境胁迫的响应与适应。前期研究表明12℃冷锻炼可显著... 小桐子(Jatropha curcas L.)是极具开发潜力的多用途能源植物,也是喜温冷敏植物,低温严重影响其生长和开发利用。已知木葡聚糖内转糖苷酶/水解酶(XTH)作为细胞壁的修饰酶参与植物对逆境胁迫的响应与适应。前期研究表明12℃冷锻炼可显著提高小桐子抗冷性,而XTH基因对冷锻炼过程高响应。本文基于小桐子低温锻炼期间的转录组、miRNA组和降解组数据,在全基因组层面上对小桐子XTH基因家族进行了鉴定、生物信息学分析、表达谱分析及互作miRNAs的鉴定和分析。结果表明,小桐子中鉴定到XTH基因家族成员29个,编码269-341个氨基酸,其蛋白主要定位于细胞壁,结构均具有Glyco_hyho_16和XET_C结构域以及保守位点ExDxE。29个家族成员可分为3个组别,定位于9条染色体上,其中存在8对基因重复事件。对小桐子植株不同器官、低温锻炼过程及干旱和盐胁迫下的表达谱及RT-qPCR分析显示,该基因家族在不同情况下各成员存在显著的差异化表达模式,表明该基因家族不同成员的作用不尽相同。对降解组和mi RNA组测序数据分析结果表明,68个miRNAs靶向调控JcXTH基因家族中的26个成员;选取低温锻炼下表达显著的miRNAs进行表达谱分析,并与其靶向的JcXTHs的基因表达进行相关性分析,显示二者之间呈现显著的负相关,表明在低温锻炼下miRNAs负调控JcXTHs基因的表达。研究结果有助于解析小桐子JcXTH基因家族的功能,以及靶向该家族基因的miRNAs与JcXTH基因互作如何来参与小桐子对低温胁迫的适应,从而为后续通过分子育种改良小桐子抗冷性提供参考。 展开更多
关键词 小桐子 xth基因家族 MIRNAS 互作 低温适应
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