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质谱数据处理软件XCMS在环境科学领域的应用综述与研究展望 被引量:1
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作者 杨丞 张奥 +1 位作者 高占啟 苏冠勇 《色谱》 北大核心 2025年第6期585-593,共9页
生物样品和环境样品中化合物种类繁多、成分复杂,使用色谱-高分辨质谱对样品进行分析后会产生大量由质荷比(mass-to-charge ratios,m/z)、保留时间(retention-time,RT)、峰强度等组成的色谱-质谱数据,处理这些数据需要耗费大量的时间和... 生物样品和环境样品中化合物种类繁多、成分复杂,使用色谱-高分辨质谱对样品进行分析后会产生大量由质荷比(mass-to-charge ratios,m/z)、保留时间(retention-time,RT)、峰强度等组成的色谱-质谱数据,处理这些数据需要耗费大量的时间和精力,需要借助质谱数据处理软件对其进行识别分析。在众多的质谱数据处理软件中,各种形式的色谱质谱(various forms(X)of chromatography mass spectrometry,XCMS)作为一款高效、准确且可免费获取的质谱数据处理软件,在环境科学领域得到广泛应用。本论文聚焦XCMS在环境科学领域中的应用,综述了XCMS的工作流程、工作原理和参数优化措施。XCMS的工作流程主要包括数据导入、数据处理和数据导出等步骤,数据导入需要借助MSConvert等格式转换工具将不同仪器生成的数据转换为XCMS可接受的格式,数据处理大致包括峰检测、峰对齐和峰填充等步骤。在应用方面,XCMS在环境污染物非靶向筛查、污染物外源性代谢转化鉴定以及生物分子内源性代谢研究中取得了显著进展。例如,在环境污染物非靶向筛查中,XCMS能够高效提取复杂样品中的质谱特征,为后续的鉴别提供可靠的数据基础。尽管XCMS在环境科学领域的应用取得了一定成效,但仍存在一些局限性,如用户交互和自动化程度仍有待提高。XCMS在环境科学领域的发展潜力巨大,未来随着算法的不断优化和数据库的扩展,通过不断改进算法鲁棒性、数据兼容性和用户体验,XCMS有望为环境科学研究提供更强大的支持。 展开更多
关键词 xcms 环境科学 非靶向筛查 未知污染物
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基于多元统计方法和顶空-气相色谱-质谱联用技术对瓜馥木不同部位挥发性成分的比较研究 被引量:2
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作者 胡海波 李耀利 +4 位作者 程庚金生 邓婧怡 李加林 程齐来 黄浩 《世界科学技术-中医药现代化》 CSCD 北大核心 2019年第8期1724-1730,共7页
目的分析瓜馥木中的挥发性成分,比较根、茎、叶和虫瘿中所含挥发性成分的差异。方法采用顶空-气相色谱-质谱(HS-GC-MS)联用技术分析瓜馥木不同部位的挥发性成分,并利用XCMS-ONLINE的组学方法和多元统计方法分析处理数据,包括偏最小二乘... 目的分析瓜馥木中的挥发性成分,比较根、茎、叶和虫瘿中所含挥发性成分的差异。方法采用顶空-气相色谱-质谱(HS-GC-MS)联用技术分析瓜馥木不同部位的挥发性成分,并利用XCMS-ONLINE的组学方法和多元统计方法分析处理数据,包括偏最小二乘法判别分析(PLS-DA)、正交校正的偏最小二乘分析(OPLS-DA),辅以保留指数(RI)完成各挥发性成分的定性和半定量分析。结果共定性出41种挥发性成分,其中根含24种成分,茎含38种成分,叶含35种成分,虫瘿含25种成分,各部位的共有成分19种。结论瓜馥木挥发性成分主要是烯烃类和脂肪烃衍生物类,不同部位的挥发性成分有显著差异,研究结果将为该药材的质量标准科学制定和民间使用提供依据和借鉴,并为进一步的药效评价、资源开发利用奠定基础。 展开更多
关键词 瓜馥木 香藤 保留指数 气相色谱-质谱 xcms ONLINE PLS-DA OPLS-DA
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基于GC-MS研究不同产地三色藜麦种子的代谢物差异 被引量:2
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作者 时羽杰 李兴龙 +2 位作者 唐媛 董雨 邬晓勇 《河北科技大学学报》 CAS 2019年第2期138-144,共7页
为了研究不同生境对藜麦发育的影响,以不同产地的藜麦种子为研究对象,筛选显著差异代谢物质和相关代谢通路,利用GC-MS平台进行非靶向代谢组学分析,分析了青海都兰县和四川盐源县两地产出的黑藜、红藜、白藜种子的代谢轮廓,将原始数据经X... 为了研究不同生境对藜麦发育的影响,以不同产地的藜麦种子为研究对象,筛选显著差异代谢物质和相关代谢通路,利用GC-MS平台进行非靶向代谢组学分析,分析了青海都兰县和四川盐源县两地产出的黑藜、红藜、白藜种子的代谢轮廓,将原始数据经XCMS online平台预处理后进行后续多元统计分析。结果表明,青海都兰县和四川盐源县两地的黑、红、白藜麦种子的代谢特征均不相同,其中红藜麦种子与白藜麦种子差异较大,而黑藜麦种子差异最小;红藜存在显著差异,共有特征峰570个,上调物少于下调物;黑藜差异最小,上、下调趋势与红藜一致;白藜差异较大,上、下调趋势与红藜和黑藜相反,共有特征峰486个,上调物质多于下调物质;不同生境对藜麦的影响较大,黑藜和红藜更适宜在青海都兰县种植,而白藜更适宜在四川盐源县种植。研究结果可以指导青海都兰县和四川盐源县两地藜麦的栽培育种,也为深入研究藜麦的抗逆性机理提供了理论依据。 展开更多
关键词 作物栽培学 藜麦 GC-MS xcms 代谢差异 抗逆性
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利用人工合成XcmⅠ接头盒构建T-载体 被引量:5
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作者 胡晓梅 胡福泉 +4 位作者 饶贤才 张光明 张克斌 金晓琳 刘启富 《第三军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2001年第5期608-610,共3页
目的 采用人工法合成XcmⅠ接头盒 ,进而构建T 载体。方法 用人工方法合成含XcmⅠ酶切位点的寡核苷酸接头 ,将其插入pBluescriptSKⅡ (+ )质粒的EcoRⅤ位点 ,以XcmⅠ消化含接头的质粒即构建成T 载体。利用PCR反应扩增PEA全长结构基因 ... 目的 采用人工法合成XcmⅠ接头盒 ,进而构建T 载体。方法 用人工方法合成含XcmⅠ酶切位点的寡核苷酸接头 ,将其插入pBluescriptSKⅡ (+ )质粒的EcoRⅤ位点 ,以XcmⅠ消化含接头的质粒即构建成T 载体。利用PCR反应扩增PEA全长结构基因 ,直接克隆入T 载体以验证所构建T 载体的可用性。结果 限制性酶切分析、DNA序列测定及PEA基因的克隆等均证实T 载体的构建成功。结论 所构建的T 载体可有效用于直接克隆PCR产物。 展开更多
关键词 T-载体 人工合成 PCR XcmⅠ接头 构建
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一种构建新型T载体的简便方法及应用 被引量:3
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作者 齐向辉 陈辉 +5 位作者 沈琦 何晨曦 刘学 郭齐 陈华友 徐虹 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第3期163-165,174,共4页
T载体能够用于PCR产物的快速克隆且易于操作。以常用的克隆载体pGEM-3zf(+)为出发材料,将其进行改造为通用的T载体。通过一步反向PCR方法在该载体中插入带有Xcm I酶切位点的一段序列,在Xcm I酶的切割下产生两端含有T核苷酸的线型核苷酸... T载体能够用于PCR产物的快速克隆且易于操作。以常用的克隆载体pGEM-3zf(+)为出发材料,将其进行改造为通用的T载体。通过一步反向PCR方法在该载体中插入带有Xcm I酶切位点的一段序列,在Xcm I酶的切割下产生两端含有T核苷酸的线型核苷酸序列,最终获得用于克隆PCR产物的T载体。外源基因xdh克隆试验表明该载体构建成功,此载体完全可以用于PCR产物的基因克隆试验,为相关载体的改造提供了思路。 展开更多
关键词 T载体 一步反向PCR Xcm I
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两种pUC18高效T载体的构建 被引量:2
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作者 刘勇 王立良 +4 位作者 袁力勇 陈尔佳 庄俊英 孙茂盛 戴长柏 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 2000年第4期562-564,共3页
Two T vectors were generated by restriction endonuclease Xcm Ⅰ instead of Taq or other DNA polymerases to create the 3’T over hangs.A fragment of adenoviral genome position 10659-11865 was amplified by PCR and Xcm ... Two T vectors were generated by restriction endonuclease Xcm Ⅰ instead of Taq or other DNA polymerases to create the 3’T over hangs.A fragment of adenoviral genome position 10659-11865 was amplified by PCR and Xcm Ⅰ recognition sites were introduced to both ends of the PCR product.This fragment was cloned into the Sma Ⅰ site of pUC18 or the linearized pUC18 with its polylinker deleted.The recombinant plamids were cleaved with Xcm Ⅰ.the larger fragments generated which had 3’T over hangs at both ends were used as T vctors.Genes of rotavirus VP7 and the plasminogen k5 were successfully cloned into these two T vectors with recombination efficiency (recombinants/transformants×100%) of 100%,no blue/white clolny screening assay was needed. 展开更多
关键词 PUC18 T载体 PCR 基因克隆 XcmⅠ
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基于XcmⅠ酶切的高效TA克隆载体的构建 被引量:6
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作者 顾頠 张昕 +5 位作者 安小平 陈锦辉 刘大斌 张宝中 周育森 童贻刚 《生物技术通讯》 CAS 2008年第3期386-388,共3页
目的:制备基于XcmⅠ酶切的高效TA克隆载体,并检测其克隆PCR产物的效果。方法:设计一对互补配对的寡核苷酸,经过变性及退火后插入质粒pUC19的多克隆位点,从而在该多克隆位点中引入2个XcmⅠ酶切位点,用XcmⅠ酶切后即获得含有3'突出T... 目的:制备基于XcmⅠ酶切的高效TA克隆载体,并检测其克隆PCR产物的效果。方法:设计一对互补配对的寡核苷酸,经过变性及退火后插入质粒pUC19的多克隆位点,从而在该多克隆位点中引入2个XcmⅠ酶切位点,用XcmⅠ酶切后即获得含有3'突出T碱基的T载体;为了提高该T载体的克隆效率,优化了2个XcmⅠ酶切位点之间的碱基数目,排除了载体自连产生白色克隆的可能性,使假阳性大大减少;此外,为了便于完全酶切与未完全酶切载体的分离,在2个XcmⅠ之间插入了一段无关DNA片段。结果:改进得到的T载体可以有效克隆PCR产物,其阳性克隆率可达95%。结论:构建了基于XcmⅠ酶切的TA克隆载体,经过改进的T载体具有很高的克隆效率。 展开更多
关键词 T载体 限制性内切酶XcmⅠ 聚合酶链反应
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基于Xcm I酶切的pUC19-T载体的构建 被引量:2
8
作者 孙程龙 李业伟 +2 位作者 王颖 宫婷 扈荣良 《安徽农业科学》 CAS 北大核心 2011年第17期10182-10184,共3页
[目的]构建以pUC19质粒为基础可利用XcmI内切酶制备的T载体。[方法]化学合成2条含有双XcmI酶切位点的互补寡聚核苷酸链,经过变性、复性后克隆入pUC19质粒的HindIII和BamHI位点之间,通过XcmI酶切后得到一个线性化的带有3'末端突出一... [目的]构建以pUC19质粒为基础可利用XcmI内切酶制备的T载体。[方法]化学合成2条含有双XcmI酶切位点的互补寡聚核苷酸链,经过变性、复性后克隆入pUC19质粒的HindIII和BamHI位点之间,通过XcmI酶切后得到一个线性化的带有3'末端突出一个T碱基的T载体。[结果]经TA克隆验证,制备的pUC19-HB-T载体对PCR产物的克隆率达到95%以上。[结论]构建的pUC19-HB-T载体可用于PCR产物的克隆、测序及后续分子生物学操作。 展开更多
关键词 T载体 Xcm I限制性内切酶 TA克隆
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利用XcmⅠ构建T载体 被引量:3
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作者 吴国球 沈子龙 《东南大学学报(医学版)》 CAS 2002年第4期293-295,共3页
目的 :构建能自我复制的T载体。方法 :设计一对引物 ,引入XcmⅠ酶切位点 ,通过PCR方法用PET 2 8(a) +作模板扩增5 5 0bp ,插入Pa载体后用限制性内切酶、PCR及DNA测序等方法作鉴定。结果 :用XcmⅠ酶切可见 5 40bp及 3810bp双酶切条带 ,... 目的 :构建能自我复制的T载体。方法 :设计一对引物 ,引入XcmⅠ酶切位点 ,通过PCR方法用PET 2 8(a) +作模板扩增5 5 0bp ,插入Pa载体后用限制性内切酶、PCR及DNA测序等方法作鉴定。结果 :用XcmⅠ酶切可见 5 40bp及 3810bp双酶切条带 ,用此载体作模板可扩增出 5 5 0bp片段 ,测序结果与预期序列一致。结论 :带有两个XcmⅠ位点的环状载体被成功构建。 展开更多
关键词 T载体 构建 Xcm I酶切
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利用限制性内切酶XcmⅠ构建T载体 被引量:3
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作者 夏志辉 董军美 罗越华 《热带生物学报》 2010年第3期206-209,共4页
采用5′端引入1个限制性内切酶XcmⅠ酶切位点的1对引物,以水稻品种日本晴基因组DNA作为模板,扩增得到一段627bp的PCR片段,并将其连接到pGEM-TEasy载体上得到名为T-xia的重组载体。利用限制性内切酶XcmⅠ酶切T-xia载体产生的自制T载体与... 采用5′端引入1个限制性内切酶XcmⅠ酶切位点的1对引物,以水稻品种日本晴基因组DNA作为模板,扩增得到一段627bp的PCR片段,并将其连接到pGEM-TEasy载体上得到名为T-xia的重组载体。利用限制性内切酶XcmⅠ酶切T-xia载体产生的自制T载体与其他PCR片段连接,检测结果表明,有80%的重组菌能扩增出目的片段。 展开更多
关键词 T载体 PCR XcmⅠ
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Construction of a pUC19-T Vector Based on Xcm Ⅰ
11
作者 孙程龙 李业伟 +2 位作者 王颖 宫婷 扈荣良 《Agricultural Science & Technology》 CAS 2011年第3期363-365,共3页
[Objective] The paper aimed to construct a new T vector based on plasmid pUC19 digested with Xcm Ⅰ. [Method] Two complementary oligonucleotide chains containing two Xcm Ⅰ sites were synthesized. After denaturation a... [Objective] The paper aimed to construct a new T vector based on plasmid pUC19 digested with Xcm Ⅰ. [Method] Two complementary oligonucleotide chains containing two Xcm Ⅰ sites were synthesized. After denaturation and renaturation,the adaptor was cloned into plasmid pUC19 between the Hind Ⅲ and BamH Ⅰ sites. The new plasmid,pUC19-HB-T vector,was digested with Xcm Ⅰ to derive a T-vector with 3′ end overhanging a T base. [Result] The constructed pUC19-HB-T vector was efficient in cloning PCR products,with an efficiency of 95% at least. [Conclusion] A new Xcm Ⅰ-based pUC19-HB-T vector was constructed,which could be applied to cloning of PCR products and other microbiology operations. 展开更多
关键词 T vector Xcm TA cloning
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T载体母本质粒pUC19M的构建及承载能力的测定
12
作者 郝爱平 魏继承 朱羡冰 《生物技术》 CAS CSCD 北大核心 2014年第3期48-50,共3页
目的:以pUC19质粒为材料,通过常规的分子克隆实验方法构建基于限制性内切酶XcmⅠ的、可自行扩增的T载体母本质粒pUC19M,并对其进行承载能力的检测。方法:通过设计1对互补配对的寡核苷酸,经过变性及退火后插入质粒pUC19的多克隆位点而引... 目的:以pUC19质粒为材料,通过常规的分子克隆实验方法构建基于限制性内切酶XcmⅠ的、可自行扩增的T载体母本质粒pUC19M,并对其进行承载能力的检测。方法:通过设计1对互补配对的寡核苷酸,经过变性及退火后插入质粒pUC19的多克隆位点而引入2个XcmⅠ酶切位点,用XcmⅠ酶切后即获得含有3’突出T碱基的T载体。结果:经实验验证,pUC19M-T载体构建成功;其承载能力在1kb左右。结论:构建的T载体可以满足实验室基因克隆的需要。 展开更多
关键词 T载体 XcmⅠ pUC19M 承载能力
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棉花角斑病菌遗传驯化体系的建立 被引量:2
13
作者 王清 梁鹏 +4 位作者 李响 刘文波 林春花 郑服丛 缪卫国 《江苏农业科学》 北大核心 2016年第3期153-157,共5页
Xanthmonas citri subsp.malvacearum(Xcm)是棉花角斑病的病原,由于缺乏适合的遗传驯化体系,难于对其特定的基因进行研究,所以建立高效的基因缺失突变系统,是迫切需要解决的问题。采用去甲基化氮胞苷(5-AZA)驯化野生菌株Xcm 8号小... Xanthmonas citri subsp.malvacearum(Xcm)是棉花角斑病的病原,由于缺乏适合的遗传驯化体系,难于对其特定的基因进行研究,所以建立高效的基因缺失突变系统,是迫切需要解决的问题。采用去甲基化氮胞苷(5-AZA)驯化野生菌株Xcm 8号小种菌株V8和V8无细胞胞外物(CFEs)驯化重组质粒p K18mobsac B::N1012及p K18mobsac B::m762这2种驯化方法,以来自V8的hpa Xm N和hpa Xm为靶基因验证其有效性。结果表明,成功获得了△hpa Xm N和△hpa Xm突变体;虽然2种驯化方式都能获得转化子,但驯化菌株的电转化效率是驯化质粒的10~100倍。遗传驯化体系的建立消除了Xcm V8由于限制修饰系统引起的转化障碍,实现了特定基因的定点突变,为后续获得Xcm V8其他基因缺失突变体奠定了基础。 展开更多
关键词 棉花角斑病菌Xcm V8 遗传体系 驯化 定点突变
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利用接头插入技术构建环型T载体(pYCQ1) 被引量:1
14
作者 杨成泉 马春泉 +2 位作者 杨达梅 蒋丹 李海英 《黑龙江大学自然科学学报》 CAS 北大核心 2010年第1期117-120,共4页
人工设计接头序列,其特点为含有3′突出A末端,同时人工接头序列内部含有XcmⅠ、BspM901、AceⅡ酶切位点。利用人工接头3′突出A与线性的pMD18-T载体的3′突出T连接,将线性的pMD18-T载体改造成环形具有自身复制功能的pYCQ1载体,降低了实... 人工设计接头序列,其特点为含有3′突出A末端,同时人工接头序列内部含有XcmⅠ、BspM901、AceⅡ酶切位点。利用人工接头3′突出A与线性的pMD18-T载体的3′突出T连接,将线性的pMD18-T载体改造成环形具有自身复制功能的pYCQ1载体,降低了实验室使用T载体的成本,同时增加了载体的克隆位点。利用pYCQ1作为T载体时,用XcmⅠ酶切(XcmⅠ限制性片段具有3′T末端)pYCQ1载体可以得到线性的3′T粘性末端的pYCQ1-T载体。实验验证,pYCQ1-T载体可以在受体菌E.coliDH5α中进行大量自我复制,并能够克隆1 800 bp的外源PCR产物。 展开更多
关键词 接头 XcmⅠ pMD18-T载体 pYCQ1载体 pYCQ1-T载体
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酵母表面展示T载体构建及目的蛋白的表面展示
15
作者 梁秀怡 梁志成 +3 位作者 朱筱 刘诗雨 张智 田生礼 《生命科学研究》 CAS CSCD 北大核心 2014年第6期477-482,共6页
构建一种能对PCR产物进行直接克隆并展示于酵母表面的新型T载体。根据酵母表面展示载体p YD1多克隆位点序列设计出利用两端带有XcmⅠ内切酶酶切位点的含有黄色荧光蛋白基因的XcmⅠ酶切盒,通过NheⅠ和XhoⅠ酶切位点插入到p YD1载体上形... 构建一种能对PCR产物进行直接克隆并展示于酵母表面的新型T载体。根据酵母表面展示载体p YD1多克隆位点序列设计出利用两端带有XcmⅠ内切酶酶切位点的含有黄色荧光蛋白基因的XcmⅠ酶切盒,通过NheⅠ和XhoⅠ酶切位点插入到p YD1载体上形成质粒p YD-YFP,并对其进行酶切鉴定和DNA测序分析,再经XcmⅠ酶切后形成两端带有d T的表面展示T载体。利用PCR扩增两个含有荧光蛋白的融合蛋白PCAD-CFP和PSR-Ds Red的基因并直接克隆到所构建的T载体中,检测其表达功能。酶切鉴定和DNA测序结果显示PCAD-CFP和PSR-Ds Red正确插入载体上,分别转化至酿酒酵母EBY100中,激光共聚焦显微镜下观察到相应的荧光的酵母,表明克隆有融合蛋白基因片段的载体成功在酵母细胞中进行表面展示,证明了所构建的酵母表面展示T载体具有直接克隆和表面展示目的蛋白的功能。 展开更多
关键词 T载体 酵母表面展示 真核表达 XcmⅠ酶切盒
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棉花角斑病菌V8高效电转化条件的探索
16
作者 王清 孟凡奇 +2 位作者 张勇跃 缪卫国 刘志坚 《湖北农业科学》 2020年第12期175-178,共4页
对去甲基化氮胞苷(5-AZA)的最佳浓度以及影响棉花角斑病菌[Xanthmonas campestris pv.malvacearum(Xcm)]V8电转化效率的诸多因素进行逐一研究,以期获得高效的电转化条件。结果表明,选取100μmol/L的5-AZA驯化处于对数中期的V8制备感受... 对去甲基化氮胞苷(5-AZA)的最佳浓度以及影响棉花角斑病菌[Xanthmonas campestris pv.malvacearum(Xcm)]V8电转化效率的诸多因素进行逐一研究,以期获得高效的电转化条件。结果表明,选取100μmol/L的5-AZA驯化处于对数中期的V8制备感受态细胞;保证电压2.1 kV、50μg/mL质粒7μL、4℃预冷复苏培养基SOC、振荡复苏培养4~5 h时,V8的电转化效率高达5×10^2/μg DNA。 展开更多
关键词 棉花角斑病菌[Xanthmona scampestris pv.malvacearum(Xcm)]V8 菌株驯化 电转化条件 电转化效率
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信捷电子-全新XCM系列运动控制型PLC
17
《自动化博览》 2008年第8期7-7,共1页
特点: ·运动控制专用PLC; ·直接在XCP Pro软件中调用控制代码; ·容量更大,处理速度更快; ·可扩展模块和BD板,支持MODBUS通讯。
关键词 运动控制 PLC XCM系列 控制型 MODBUS通讯 电子 PRO软件 控制代码
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一种高效T载体的构建及其对人端锚聚合酶HPS结构域的克隆 被引量:1
18
作者 杨明 付汉江 +3 位作者 江红 朱捷 罗瑛 郑晓飞 《军事医学科学院院刊》 CSCD 北大核心 2004年第3期280-282,共3页
目的 :制备一种高效T载体 ,并检测其克隆PCR产物的效率。方法 :构建质粒pGH T ,它包含 2个XcmⅠ酶切位点 ,并在两位点间插入一段约 6 0 0bp的DNA序列。用XcmⅠ彻底消化质粒pGH T后 ,回收线性化大片段 ,即得T载体。利用此T载体克隆人端... 目的 :制备一种高效T载体 ,并检测其克隆PCR产物的效率。方法 :构建质粒pGH T ,它包含 2个XcmⅠ酶切位点 ,并在两位点间插入一段约 6 0 0bp的DNA序列。用XcmⅠ彻底消化质粒pGH T后 ,回收线性化大片段 ,即得T载体。利用此T载体克隆人端锚聚合酶 (tankyrase)HPS结构域的PCR产物 ,并用限制酶切鉴定克隆的结果。结果 :自制T载体可高效克隆PCR产物 ,其效率可达 80 %~ 10 0 %。结论 :自制T载体对PCR产物的克隆效率与商品完全相同 ,但使用方便且价格低廉。 展开更多
关键词 T栽体 限制性内切酶Xcm 人端锚聚合酶(tankyrase)HPS结构域 碱基序列
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