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题名Motif识别算法简介及软件性能研究
被引量：2
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作者
朱骥
杨华
牛北方
郎显宇
陆忠华
迟学斌
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机构
中国科学院计算机网络信息中心超级计算中心
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出处
《计算机应用研究》
CSCD
北大核心
2006年第10期66-69,共4页
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基金
国家"863"计划资助项目(2002AA104540)
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文摘
Motif在转录和后转录水平的基因表达调控中起着重要的作用。目前,识别Motif的算法和相应的软件已有不少,但是却鲜有对各种算法及软件性能共同评测的研究和报告。介绍了算法的分类以及三种常见的Mo-tif识别算法W ordup,MM和G ibbs采样,并对A lignACE,MEME,MotifSampler,W eeder等13种Motif寻找软件进行性能比较分析。通过生物学意义的研究和性能比较结果可以得出:由于唯有W eeder算法考虑了Motif保守核心位置,因而它在各种软件中识别效果较好;大部分算法只考虑简单而且短的Motif,所以各种软件对酵母菌这种单细胞生物的Motif识别性能比多细胞生物要高。
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关键词
MOTIF
wordup
MM
GIBBS采样
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Keywords
Motif
wordup
MM（Mixture Model）
Gibbs Sampling
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分类号
TP301.6
[自动化与计算机技术—计算机系统结构]
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