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北京市朝阳区2023⁃2024年SARS⁃CoV⁃2基因特征分析 被引量：1
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作者 韩桃利 卢盼 +21 位作者 赵嘉欣 刘宽宽 刘玉洁 樊茹 路冉 李欢欢 任兴梅 陈紫曼 徐则超 郑姗 孔怡铭 王梦楠 王海滨 赵剑虹 张士尧 田甜 焦洋 高艳 齐啸 许志远 郝瑞祺 孙灵利 《病毒学报》 北大核心 2025年第2期417-427,共11页
为了解北京市朝阳区新型冠状病毒(Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARS-CoV-2)本土变异株基因型构成及关键基因特征,本文通过纳米孔测序获取2023年6月至2024年3月期间北京市朝阳区新冠病毒感染病例的全基因组序列,采... 为了解北京市朝阳区新型冠状病毒(Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARS-CoV-2)本土变异株基因型构成及关键基因特征,本文通过纳米孔测序获取2023年6月至2024年3月期间北京市朝阳区新冠病毒感染病例的全基因组序列,采用Pangolin v4.3在线分型平台和Nextclade v3.3.1在线分析工具,获取基因分型、氨基酸变异等信息,并通过TBtools-Ⅱ v2.070绘制氨基酸变异热图。同时,利用VarEPS在线系统(https://nmdc.cn/ncovn/lineage)评估氨基酸变异对本地区新冠病毒S蛋白编码基因的血管紧张素转化酶2(Angiotensin converting enzyme 2,ACE2)受体结合能力及稳定性、抗体亲和力和蛋白质功能的影响等进行分析。结果显示185例(质量评估≥mediocre)SARS-CoV-2序列均为奥密克戎变异株,按照Pangolin分型法可分为8个分支,JN.1(BA.2.86.1.1/B.1.1.529.2.86.1.1)及其亚分支占比最高(42.16%,78/185),与系统进化树显示结果一致。从2023年6月至8月以EG.5.1及其亚分支为主(40.00%~68.00%),再以HK.3及其亚分支为优势毒株(9月至11月,76.09%),继而转换为JN.1及其亚分支为绝对优势分支。EG.5.1和HK.3及其亚分支分别在20岁~39岁年龄组(52.94%)和20岁~49岁人群占比最高(62.50%),而JN.1及其亚分支在60岁~89岁年龄组占比较高(56.41%)。氨基酸变异分析显示,本研究SARS-CoV-2序列平均发生113个(95个~128个)核苷酸变异,其中由于非同义突变引起平均80个(65个~91个)氨基酸突变,其中S蛋白编码基因变异最为频繁(1.02%~1.36%)。进一步分析发现,相较EG.5.1和HK.3及其亚分支,JN.1及其亚分支在NTD等多个区域均发生氨基酸变异位点数量新增/减少。同时,JN.1及其分支增加的P1143L、L452R和N450D等氨基酸变异位点可能会降低S蛋白与中和抗体的结合稳定性和/或降低S蛋白与ACE2受体之间的结合稳定性。并且,本研究所有序列在NSP1、蛋白酶木瓜样蛋白酶(PLpro,NSP3)、3-胰凝乳蛋白酶样蛋白酶(3CLpro,NSP5)编码基因以及其他结构蛋白等关键编码基因亦发生突变。本研究结果提示JN.1及其亚分支关键位点氨基酸变异频繁,相较EG.5.1和HK.3及其亚分支可能具有更强的传播能力和免疫逃逸能力,应持续并继续加强新冠病毒病原学监测。 展开更多
关键词 新型冠状病毒 NANOPORE S蛋白 TBtools-Ⅱ vareps
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