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VASPilot:MCP-facilitated multi-agent intelligence for autonomous VASP simulations
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作者 Jiaxuan Liu Tiannian Zhu +3 位作者 Caiyuan Ye Zhong Fang Hongming Weng Quansheng Wu 《Chinese Physics B》 2025年第11期131-137,共7页
Density-functional-theory(DFT)simulations with the Vienna Ab initio Simulation Package(VASP)are indispensable in computational materials science but often require extensive manual setup,monitoring,and postprocessing.H... Density-functional-theory(DFT)simulations with the Vienna Ab initio Simulation Package(VASP)are indispensable in computational materials science but often require extensive manual setup,monitoring,and postprocessing.Here,we introduce VASPilot,an open-source platform that fully automates VASP workflows via a multi-agent architecture built on the CrewAI framework and a standardized model context protocol(MCP).VASPilot’s agent suite handles every stage of a VASP study from retrieving crystal structures and generating input files to submitting Slurm jobs,parsing error messages,and dynamically adjusting parameters for seamless restarts.A lightweight Quart-based web interface provides intuitive task submission,real-time progress tracking,and drill-down access to execution logs,structure visualizations,and plots.We validated VASPilot on both routine and advanced benchmarks:automated band-structure and density-of-states calculations(including on-the-fly symmetry corrections),plane-wave cutoff convergence tests,lattice-constant optimizations with various van der Waals corrections,and cross-material band-gap comparisons for transition-metal dichalcogenides.In all cases,VASPilot completed the missions reliably and without manual intervention.Moreover,its modular design allows easy extension to other DFT codes simply by deploying the appropriate MCP server.By offloading technical overhead,VASPilot enables researchers to focus on scientific discovery and accelerates high-throughput computational materials research. 展开更多
关键词 vasp agent model context protocol(MCP) vaspilot
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基于大语言模型的VASP计算程序在电化学材料结构与性质关系教学中的应用设计
2
作者 练成 夏光宇 +6 位作者 黄凯 庞哲元 王洁 陈志云 徐首红 张文清 刘洪来 《化学教育(中英文)》 北大核心 2025年第22期103-112,共10页
基于大语言模型开发的VASP自动化计算工具简化了模拟软件输入文件的生成与结果的解析。将其应用于电化学中材料结构与性质的关系教学可以降低软件学习的门槛,提高教学效率。通过自然语言交互增强教学的灵活性与互动性,激发学生的创新思... 基于大语言模型开发的VASP自动化计算工具简化了模拟软件输入文件的生成与结果的解析。将其应用于电化学中材料结构与性质的关系教学可以降低软件学习的门槛,提高教学效率。通过自然语言交互增强教学的灵活性与互动性,激发学生的创新思维和自主学习兴趣。 展开更多
关键词 大语言模型 vasp自动化计算工具 应用程序开发 电化学教学 教学实践
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整合第一性原理计算的固体物理学教学方法研究——以VASP软件为例
3
作者 高涵 杨博 《中国现代教育装备》 2025年第19期14-16,共3页
随着计算模拟技术在材料科学领域的重要性日益凸显,固体物理学教学迎来了新的发展机遇。通过探讨以VASP软件为代表的第一性原理计算软件在固体物理学教学中的应用,并结合实际教学案例,提出将计算模拟与教学深度结合的方法,旨在通过理论... 随着计算模拟技术在材料科学领域的重要性日益凸显,固体物理学教学迎来了新的发展机遇。通过探讨以VASP软件为代表的第一性原理计算软件在固体物理学教学中的应用,并结合实际教学案例,提出将计算模拟与教学深度结合的方法,旨在通过理论与实践有机结合,将抽象的理论知识具象化,以提升学生对核心概念的理解和应用能力,培养学生的科研素养和创新思维。 展开更多
关键词 第一性原理计算 vasp软件 固体物理学
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紫草酸调控P70S6K/VASP信号通路发挥抗血小板活化作用
4
作者 朱思楠 Joel Wake Coffie +3 位作者 张璐莎 李梦瑶 陈璐 王虹 《中药药理与临床》 北大核心 2025年第11期64-70,共7页
目的:血栓性疾病已经成为导致人类死亡的主要原因之一,丹参作为治疗血栓性疾病的首选中药之一,在临床上具有良好疗效。本试验研究丹参中主要活性成分紫草酸抗血小板活化的作用及机制。方法:将SD大鼠随机分为正常对照组、模型对照组、紫... 目的:血栓性疾病已经成为导致人类死亡的主要原因之一,丹参作为治疗血栓性疾病的首选中药之一,在临床上具有良好疗效。本试验研究丹参中主要活性成分紫草酸抗血小板活化的作用及机制。方法:将SD大鼠随机分为正常对照组、模型对照组、紫草酸0.01、0.02、0.04 g/kg组、阿司匹林0.02 g/kg组,灌胃给药7 d。采用FeCl3诱导血栓模型,取主动脉血栓测定血栓质量;HE染色观察主动脉病理变化;剪断大鼠尾尖观察出血时间。体外实验,取大鼠全血观察紫草酸对血凝块溶解能力;采用多功能酶标仪检测由激动剂或缺氧诱导的血小板聚集率;免疫荧光染色、流式细胞术检测血小板黏附、CD62p表达及ROS水平;采用Western blot法检测血管扩张剂刺激磷蛋白(VASP)、70 kDa核糖体蛋白S6激酶(P70S6K)、基质金属蛋白酶2(MMP-2)、组织金属蛋白酶抑制剂3(TIMP-3)蛋白表达。结果:在体内,与正常对照组比较,模型对照组动脉血栓质量显著升高(P<0.01),主动脉损伤,血栓形成;与模型对照组比较,紫草酸0.04 g/kg组可减少动脉血栓质量和主动脉内皮损伤,促进血凝块的溶解(P<0.01);与阿司匹林组相比,紫草酸0.04 g/kg组可以缩短出血时间(P<0.01)。在体外,与正常对照组比较,模型对照组血小板黏附、聚集、CD62p表达以及血小板内ROS水平明显升高(P<0.05或P<0.01),VASP蛋白表达明显下调(P<0.05),P70S6K以及MMP-2表达显著上调(P<0.01);与模型对照组比较,紫草酸20μmol/L组的血小板黏附、聚集以及CD62p表达减少,氧化应激下的血小板内ROS水平降低(P<0.05或P<0.01),VASP表达上调(P<0.01),P70S6K以及MMP-2表达下调(P<0.05或P<0.01)。结论:紫草酸可以通过P70S6K/VASP通路降低缺氧诱导的血小板聚集、黏附和释放,从而缓解血栓形成。 展开更多
关键词 紫草酸 血小板活化 缺氧 P70核糖体蛋白S6激酶/血管扩张剂刺激磷蛋白信号通路 血栓
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大肠腺癌组织中VASP和PCNA的表达 被引量:2
5
作者 张京伟 魏蕾 +2 位作者 李华 彭小春 袁宏银 《肿瘤防治研究》 CAS CSCD 北大核心 2006年第6期431-432,476,共3页
目的研究大肠腺癌组织中VASP和PCNA的表达及临床意义。方法采用SP免疫组化染色法检测25例大肠腺癌组织中VASP及PCNA的表达。结果VASP阳性21例(84%),PCNA阳性18例(72%),两者均为阳性16例(64%),均为阴性2例(8%);VASP表达率和PCNA表达率之... 目的研究大肠腺癌组织中VASP和PCNA的表达及临床意义。方法采用SP免疫组化染色法检测25例大肠腺癌组织中VASP及PCNA的表达。结果VASP阳性21例(84%),PCNA阳性18例(72%),两者均为阳性16例(64%),均为阴性2例(8%);VASP表达率和PCNA表达率之间有明显正相关性(P<0.05);VASP表达与PCNA表达均与大肠腺癌分化程度显著相关(P<0.05),在合并后的Duke's分期A、B和C、D期间有显著性差异(P<0.05)。结论VASP随着大肠腺癌分期、分级增加而表达增强的特性提示,VASP变化可能成为辅助判断大肠腺癌的转移和增殖特性的一个新指标。 展开更多
关键词 大肠腺癌 vasp PCNA 免疫组化
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稳定层流剪应力对内皮细胞骨架调节蛋白VASP表达的影响 被引量:1
6
作者 魏蕾 刘肖珩 +4 位作者 欧阳静萍 李柯 Sylvaine Muller Jean-Francois Stoltz Wang Xiong 《生物医学工程学杂志》 EI CAS CSCD 2003年第2期193-196,201,共5页
为探讨生理强度的稳定层流剪应力对内皮细胞骨架 actin相关蛋白 VASP特征影响规律 ,我们采用胰蛋白酶消化法分离人脐静脉内皮细胞 (HU VECs) ,模拟体内流动环境 ,建立平行板流动腔模型。利用细胞图像分析系统和 AL EXA4 88-若丹明 -次... 为探讨生理强度的稳定层流剪应力对内皮细胞骨架 actin相关蛋白 VASP特征影响规律 ,我们采用胰蛋白酶消化法分离人脐静脉内皮细胞 (HU VECs) ,模拟体内流动环境 ,建立平行板流动腔模型。利用细胞图像分析系统和 AL EXA4 88-若丹明 -次毒蕈环肽双标记法 ,观察内皮细胞在稳态层流下形态、actin排列变化与 VASP分布变化之间的规律。采用 Western blot定量动态检测细胞内 VASP表达及磷酸化的水平。结果表明 ,内皮细胞在 10 dyn/cm2剪切作用后 ,随时间细胞逐渐延长 ,长轴趋于剪应力作用方向排列 ,细胞与静息态的细胞相比 ,细胞内骨架沿剪应力方向重组 ,与此同时 VASP表达增强 ,沿着 actin纤维呈点状分布 ,尤其集中在细胞膜下 actin末端区域 ;West-ern blot检测显示在剪切后 ,细胞内 VASP出现快速磷酸化 ,VASP总体表达量增加 ,2 h达高峰后逐渐恢复 ,8h后再次逐渐升高。以上结果提示血流动力学特性中剪应力引起了细胞胞质内骨架蛋白分子重组 ,血管内皮细胞形态改变 ,在此过程中 ,VASP发挥骨架调节蛋白的作用。 展开更多
关键词 剪应力 内皮细胞 骨架调节蛋白 vasp 血流动力学 胰蛋白酶消化法 血液流动
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细胞松弛素D对稳定层流诱导的VASP改变的作用 被引量:1
7
作者 魏蕾 欧阳静萍 +2 位作者 文显梅 张利军 Xiong Wang 《生物医学工程学杂志》 EI CAS CSCD 2004年第z1期81-82,共2页
探讨细胞松弛素D对稳态层流诱导的actin与VASP分布改变的影响.试验采用人脐静脉内皮细胞(HUVECs)暴露于稳定层流.荧光标记VASP和actin,Western blot检测VASP表达及磷酸化水平.结果表明细胞松弛素D预处理细胞暴露于10 dyn/cm2剪切力1 h后... 探讨细胞松弛素D对稳态层流诱导的actin与VASP分布改变的影响.试验采用人脐静脉内皮细胞(HUVECs)暴露于稳定层流.荧光标记VASP和actin,Western blot检测VASP表达及磷酸化水平.结果表明细胞松弛素D预处理细胞暴露于10 dyn/cm2剪切力1 h后,actin不能沿顺流场方向产生重排,VASP表达减弱;VASP总体表达水平不仅无增加,且无磷酸化VASP出现.以上提示VASP通过反复磷酸/脱磷酸化介导剪切力引起的细胞骨架重排,进而细胞形态改变,这种调节作用的发挥有赖于细胞骨架的完整. 展开更多
关键词 剪切力 细胞骨架 脐静脉内皮细胞 细胞松弛素D vasp
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流式细胞术检测血小板VASP磷酸化评价氯吡格雷疗效 被引量:7
8
作者 刘继文 程晓曙 +2 位作者 杨人强 李剑曙 吴琼曙 《实验与检验医学》 CAS 2008年第4期385-386,共2页
目的观察血小板血管扩张剂刺激磷蛋白(vasodilator-stimulated phosphoprotein,VASP)的磷酸化程度检测对氯吡格雷疗效的评价作用。方法15例健康志愿者不予任何药物干预,20例稳定性心绞痛患者仅予阿司匹林抗血小板治疗,33例急性冠脉综合... 目的观察血小板血管扩张剂刺激磷蛋白(vasodilator-stimulated phosphoprotein,VASP)的磷酸化程度检测对氯吡格雷疗效的评价作用。方法15例健康志愿者不予任何药物干预,20例稳定性心绞痛患者仅予阿司匹林抗血小板治疗,33例急性冠脉综合征患者给予氯吡格雷、阿司匹林和肝素等标准抗血小板治疗。在入选时和冠心病患者抗血小板治疗后第7天分别行流式细胞术检测血小板VASP磷酸化程度并据此计算出血小板反应性指数(PRI)。结果入选时健康志愿者、稳定性心绞痛患者和急性冠脉综合征患者PRI均匀同质总体均数(76.90%±5.10%),范围(65.70%~92.10%),抗血小板治疗7天后稳定性心绞痛患者PRI无明显变化(75.64%±4.39%vs74.82%±3.90%P>0.05),急性冠脉综合征患者PRI明显降低(77.52%±5.60%vs.57.05%±13.69%,P<0.001=但分布明显离散(17.80%~80.10%),9例急性冠脉综合征患者(27%)PRI无明显下降且高于治疗前均数-2倍标准差。PRI下降与氯吡格雷相关(r=0.7661,P<0.001)。结论①流式细胞术检测血小板VASP磷酸化程度能特异性评价氯吡格雷疗效;②急性冠脉综合征患者常规抗血小板治疗后近30%患者对氯吡格雷反应低下。 展开更多
关键词 流式细胞术 急性冠脉综合征 氯吡格雷 血小板 血管扩张剂刺激磷蛋白(vasp)
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应用VASP分析含氧碳化硅的拉伸性能 被引量:2
9
作者 杜晓超 牛风雷 《原子能科学技术》 EI CAS CSCD 北大核心 2016年第5期880-883,共4页
利用VASP模拟了含氧碳化硅晶体的理想拉伸过程,研究间隙位氧原子和替换位氧原子对碳化硅机械性能的影响。研究发现掺氧碳化硅的应力-应变曲线在峰值之后出现突然下降,说明含氧碳化硅的机械性能发生了变化。同时还分析了不同掺氧方式碳... 利用VASP模拟了含氧碳化硅晶体的理想拉伸过程,研究间隙位氧原子和替换位氧原子对碳化硅机械性能的影响。研究发现掺氧碳化硅的应力-应变曲线在峰值之后出现突然下降,说明含氧碳化硅的机械性能发生了变化。同时还分析了不同掺氧方式碳化硅模型的拉伸强度和杨氏模量,结果显示,含氧碳化硅的拉伸强度和杨氏模量均有不同程度的减弱。 展开更多
关键词 vasp 含氧碳化硅 拉伸强度 杨氏模量
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卵巢癌患者腹水中MDSCs通过靶向VASP促进卵巢癌干细胞表型及细胞增殖 被引量:1
10
作者 李莉 沙静 《中国计划生育和妇产科》 2020年第12期39-43,共5页
目的探究卵巢癌腹水中髓系来源抑制细胞(myeloid-derived suppressor cells,MDSCs)对SKOV 3细胞的影响及机制。方法取20例卵巢癌患者的腹水,使用磁珠分选的技术分离腹水中MDSCs细胞,并用流式细胞术鉴定CD 33和CD 11 b的表达;将SKOV 3细... 目的探究卵巢癌腹水中髓系来源抑制细胞(myeloid-derived suppressor cells,MDSCs)对SKOV 3细胞的影响及机制。方法取20例卵巢癌患者的腹水,使用磁珠分选的技术分离腹水中MDSCs细胞,并用流式细胞术鉴定CD 33和CD 11 b的表达;将SKOV 3细胞分别与磷酸缓冲盐溶液(phosphate-buffered saline,PBS)和MDSCs上清共孵育,qPCR和Western blot检测孵育后SKOV 3细胞干性指标的表达,以及血管扩张刺激磷蛋白(vasodilator stimulated phosphoprotein,VASP)的表达,CCK 8检测细胞增殖能力的变化;体外抑制SKOV 3细胞VASP表达的同时与MDSCs细胞上清孵育,检测细胞干性的变化以及细胞增殖能力的变化。结果采用磁珠分选的MDSCs表达CD 33和CD 11 b,符合MDSCs的特征;将SKOV 3细胞与MDSCs上清共孵育后细胞干性指标CD 44、NANOG、OCT-4表达上调(P<0.001),VASP表达亦上调(P<0.001),细胞增殖显著增加(P<0.05);抑制VASP表达后,MDSCs上清对SKOV 3细胞干性及增殖能力的影响被逆转。结论卵巢癌腹水中MDSCs能够调控VASP的表达而影响SKOV 3细胞干性和增殖。 展开更多
关键词 卵巢癌腹水 MDSCS vasp 细胞干性
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用VASP的Pseudopotential和Projectoraugmented-wave方法计算Fe,Co和Ni的bcc,fcc和hcp结构磁性的比较 被引量:2
11
作者 张刚 《皖西学院学报》 2004年第2期21-23,44,共4页
应用Pseudopotential(PP)和Projector augmented-wave(PAW)方法分别计算Fe,Co,Ni的bcc,fcc和hcp三种晶体结构时的晶格常数,原子磁矩和总能量以及它们的关系。并对所得的结果进行了比较,得出了在进行有关磁性材料的结构和磁性方面的计算... 应用Pseudopotential(PP)和Projector augmented-wave(PAW)方法分别计算Fe,Co,Ni的bcc,fcc和hcp三种晶体结构时的晶格常数,原子磁矩和总能量以及它们的关系。并对所得的结果进行了比较,得出了在进行有关磁性材料的结构和磁性方面的计算时,使用PAW方法比使用PP方法更可靠的结论,并指出了Fe,Co,Ni的bce,fcc,hcp这三种结构与磁性的关系。 展开更多
关键词 vasp PAW PP bee FCC HCP 结构 磁性 赝势 赝波函数
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VASP在切应力诱导的内皮细胞骨架重排中的变化
12
作者 魏蕾 欧阳静萍 +2 位作者 李柯 Sylvaine Muller Jean-Franois Stoltz 《中国应用生理学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2004年第4期313-317,共5页
目的探讨不同强度的稳定层流切应力对内皮细胞骨架肌动蛋白相关蛋白VASP表达、磷酸化和分布影响规律及其机制。方法采用平行板流动腔模型,刺激培养HUVECs。免疫荧光双标显示层流下细胞中肌动蛋白重排与VASP分布变化之间的规律。RTPCR检... 目的探讨不同强度的稳定层流切应力对内皮细胞骨架肌动蛋白相关蛋白VASP表达、磷酸化和分布影响规律及其机制。方法采用平行板流动腔模型,刺激培养HUVECs。免疫荧光双标显示层流下细胞中肌动蛋白重排与VASP分布变化之间的规律。RTPCR检测VASPmRNA表达;Westernblot监测VASP表达及磷酸化水平。结果10dyn/cm2剪切24h后,细胞延长、长轴重排、形成顺流场排列的粗大肌动蛋白纤维丝;VASP沿肌动蛋白纤维分布,在其末端汇聚成明显的点状;10dyn/cm2剪切1h诱导VASPmRNA表达增加;24h内VASP反复磷酸化、总表达量增加2h达高峰后恢复,8h后再次升高;cAMP抑制剂H89显著抑制切应力诱导VASP表达增加及磷酸化。结论切应力通过cAMP/cAK途径磷酸化VASP,发挥骨架调节蛋白作用,介导血液流动引起的内皮细胞骨架重组、形态改变。 展开更多
关键词 切应力 细胞骨架 血管扩张刺激磷蛋白(vasp) 内皮细胞
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VASP下调对人脐静脉内皮细胞通透性的影响
13
作者 张玲 张洁 +1 位作者 丁琼 魏蕾 《中国病理生理杂志》 CAS CSCD 北大核心 2010年第A10期1984-1984,共1页
关键词 vasp 通透性 内皮细胞 脐静脉 脂质体转染 DEXTRAN 阴性对照 RNA 细胞系 靶向
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靶向VASP的小RNA慢病毒表达载体的构建
14
作者 王静 张洁 +1 位作者 张玲 魏蕾 《中国病理生理杂志》 CAS CSCD 北大核心 2010年第A10期2014-2014,共1页
关键词 RNA vasp 表达载体 靶向 转染包装细胞 包装质粒 寡核苷酸链 病毒滴度 DEST 胃癌细胞
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人VASP蛋白表达载体的构建表达及其蛋白纯化
15
作者 苏可 李孔玲 魏蕾 《中国病理生理杂志》 CAS CSCD 北大核心 2010年第A10期2072-2072,共1页
关键词 表达载体 vasp蛋白 蛋白纯化 融合蛋白表达 重组质粒 表达产物 空载体 包涵体 表达条件 诱导时间
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OpenMPI环境下的VASP软件的并行与进程
16
作者 潘勇 史海洪 +1 位作者 赵琉涛 刘彤 《计算机科学与应用》 2021年第1期84-94,共11页
VASP是材料微观物性模拟的重要软件,并行性能优良,其中矩阵对角化在其运算过程中占据大量时间。在HPC作业调度下,VASP并行的进程分配表现单节点和跨节点的差异。通过对MPI并行的节点内和节点间进程、EDDIAG和RMM-DIIS运行时间分析,明确... VASP是材料微观物性模拟的重要软件,并行性能优良,其中矩阵对角化在其运算过程中占据大量时间。在HPC作业调度下,VASP并行的进程分配表现单节点和跨节点的差异。通过对MPI并行的节点内和节点间进程、EDDIAG和RMM-DIIS运行时间分析,明确了VASP程序并行中,矩阵对角化的重要性和OpenMPI对矩阵对角化并行的作用。并编写了一个通讯优化的矩阵对角化程序,通过测试并行程序托比串行的马斯算法表现出强大的可扩展性,基于OpenMPI的并行程序能够极大提高对角化的并行效率,但其并行度、通讯代价与计算规模之间的关系需要进一步研究。 展开更多
关键词 vasp 矩阵对角化 MPI 跨节点并行
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Flow-induced Expression and Phosphorylation of VASPin Endothelial Cells
17
作者 Muller SYLYAINE Jean-FranoisSYOLTZ 《生物医学工程学杂志》 EI CAS CSCD 北大核心 2005年第S1期161-162,共2页
关键词 vasp Flow-induced Expression and Phosphorylation of vaspin Endothelial Cells HUVECS
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miR-193a-5p靶向VASP干扰PI3K/AKT信号通路抑制胃癌细胞增殖和诱导细胞凋亡的机制研究 被引量:4
18
作者 殷玉敬 高辉 +2 位作者 岳林 杨文涛 薛丽英 《解放军医药杂志》 CAS 2021年第5期35-42,共8页
目的分析miR-193a-5p影响胃癌细胞增殖和凋亡的具体作用机制。方法采用RT-qPCR和Western blot法检测60例胃癌组织、癌旁组织和细胞中miR-193a-5p和VASP蛋白的表达;采用CCK-8法和流式细胞术检测miR-193a-5p和VASP对胃癌细胞BGC-823和SGC7... 目的分析miR-193a-5p影响胃癌细胞增殖和凋亡的具体作用机制。方法采用RT-qPCR和Western blot法检测60例胃癌组织、癌旁组织和细胞中miR-193a-5p和VASP蛋白的表达;采用CCK-8法和流式细胞术检测miR-193a-5p和VASP对胃癌细胞BGC-823和SGC7901增殖和凋亡的影响;双荧光素酶报告基因实验检测VASP与miR-193a-5p间的靶向作用关系;Western blot法检测miR-193a-5p对PI3K/AKT信号通路的影响。结果在胃癌组织和胃癌细胞BGC-823和SGC7901中,miR-193a-5p表达显著降低,而VASP表达则显著上调;miR-193a-5p过表达或敲低VASP可抑制胃癌细胞的增殖并诱导细胞凋亡,与沉默miR-193a-5p或VASP过表达结果相反;双荧光素酶报告基因实验证实VASP是miR-193a-5p的靶基因,且miR-193a-5p可调控VASP表达;miR-193a-5p过表达可干扰PI3K/AKT信号通路,而外源回补VASP则可部分逆转miR-193a-5p对PI3K/AKT信号通路活性的抑制作用。结论miR-193a-5p通过靶向VASP干扰PI3K/AKT信号通路,进而抑制胃癌细胞增殖和诱导细胞凋亡。 展开更多
关键词 胃肿瘤 miR-129-5p vasp 细胞增殖 细胞凋亡 PI3K/AKT
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VaspCZ:一个提高效率的VASP计算辅助程序 被引量:4
19
作者 张正德 谈蒙露 +1 位作者 任翠兰 怀平 《核技术》 CAS CSCD 北大核心 2020年第3期32-38,共7页
VASP(Vienna Ab-initio Simulation Package)是基于密度泛函理论的通用材料计算模拟软件。随着高性能计算平台的广泛使用和高通量计算的兴起,VASP计算任务的复杂性和数据量也大幅度提升。为了提高材料理论计算的方便程度,减少大量重复... VASP(Vienna Ab-initio Simulation Package)是基于密度泛函理论的通用材料计算模拟软件。随着高性能计算平台的广泛使用和高通量计算的兴起,VASP计算任务的复杂性和数据量也大幅度提升。为了提高材料理论计算的方便程度,减少大量重复的指令和结果检查的复杂性,本文提供了一个基于Python语言的VASP计算辅助程序VaspCZ,能够大幅提高研究者的科研效率。该程序包含软件部分和API部分,软件部分提供了命令行用户界面,基于基本的Linux命令即可一键完成VASP计算的相关操作,为无编程语言基础的研究人员提供了便利。应用程序接口部分服务于具有Python语言基础的研究者,提供了底层库,使得自定义计算(如高通量计算、编写高级应用等)更为简单快捷。本程序包可以显著提高VASP的计算效率,并已经通过Github开源项目公开,提供了详细的使用文档、使用示例和API接口,有望能为广大材料理论研究者提供便利。 展开更多
关键词 第一性原理 vasp 辅助程序 电子结构计算 过渡态计算
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润肺解毒汤加减对冠心病心绞痛气滞血瘀证病人血清PAPP-A及VASP的影响 被引量:14
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作者 李妍 李红 王艳 《中西医结合心脑血管病杂志》 2022年第4期592-596,共5页
目的观察润肺解毒汤加减对冠心病心绞痛气滞血瘀证病人血清妊娠相关血浆蛋白A(PAPP-A)及血管扩张刺激磷蛋白(VASP)的影响。方法选取2019年6月—2019年12月我院收治的120例冠心病心绞痛气滞血瘀证病人,采用随机数字表法分为对照组和观察... 目的观察润肺解毒汤加减对冠心病心绞痛气滞血瘀证病人血清妊娠相关血浆蛋白A(PAPP-A)及血管扩张刺激磷蛋白(VASP)的影响。方法选取2019年6月—2019年12月我院收治的120例冠心病心绞痛气滞血瘀证病人,采用随机数字表法分为对照组和观察组,各60例。对照组给予常规西医治疗,观察组在对照组基础上给予润肺解毒汤治疗,治疗1个月后评价两组临床疗效。比较治疗前后两组中医主症积分、血液流变学指标、心电图、血清PAPP-A、VASP表达水平变化,同时观察两组治疗期间不良反应发生情况。结果对照组总有效率为78.33%,观察组为91.67%,两组比较差异有统计学意义(χ^(2)=4.183,P=0.041)。治疗后,两组胸闷、胸痛评分、全血高切黏度、全血低切黏度、血小板聚集率和红细胞聚集指数、PAPP-A表达均降低,VASP表达均升高,且观察组优于对照组,差异有统计学意义(P<0.05或P<0.01)。治疗后,两组V1导联P波双向的负向波振幅及宽度乘积(PTF-V1)≤-0.04 mm·s和ST段异常比例均降低,且观察组低于对照组,差异有统计学意义(P<0.05或P<0.01)。结论润肺解毒汤加减辅助常规西医治疗可有效提高冠心病心绞痛气滞血瘀证病人临床疗效,改善胸痛、胸闷、血液流变学及心电图指标,降低血清PAPP-A水平,升高VASP表达水平,起稳定动脉粥样硬化斑块、抑制血小板聚集的作用。 展开更多
关键词 冠心病 心绞痛 润肺解毒汤加减 气滞血瘀证 妊娠相关血浆蛋白A PAPP-A 血管扩张刺激磷蛋白 vasp 血液流变学 中医证候
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