基于RNA-Seq的酸角胚乳愈伤组织转录组信息分析

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作者 吕鹏悦 周玲 彭磊 《分子植物育种》 北大核心 2025年第17期5699-5706,共8页

为筛选酸角的功能基因和提供遗传育种序列信息,本研究采用转录组测序技术对两种不同类型酸角3个时期胚乳愈伤组织的18个样本进行测序,结果显示每个样品的Q30均大于92%,de novo组装后获得56966条unigene,分别与NR、GO、KEGG、Pfam、eggNO... 为筛选酸角的功能基因和提供遗传育种序列信息,本研究采用转录组测序技术对两种不同类型酸角3个时期胚乳愈伤组织的18个样本进行测序,结果显示每个样品的Q30均大于92%,de novo组装后获得56966条unigene,分别与NR、GO、KEGG、Pfam、eggNOG和Swiss-Prot 6个数据库进行比对。31259条unigene比对到NR数据库,其中比对的物种分布最多的是大豆(16.59%);被注释到GO数据库的unigenes有15960条,分为3大类和67亚类;被注释到egg NOG数据库的unigenes有30599条,占总unigenes数的53.71%;共有12893个基因参与35条代谢通路,占总unigenes的22.63%。20013条unigenes中发现SSR位点31160个,SNP位点中Homo(homozygous variant,纯合子变异体)和Hete(heterozygous variant,杂合子变异体)位点平均为27671个和86718个,7529条unigenes共涉及58个家族的转录因子。本研究通过构建酸角转录组数据库并进行基础生物信息学分析,为后续酸角胚乳愈伤组织生长和发育的进一步研究提供基础数据。 展开更多

关键词 酸角 愈伤组织 RNA-SEQ UNIGENE

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‘粤绿肥1号’紫云英转录组测序及生物信息学分析

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作者 李静宇 顾艳 +3 位作者 龚利萍 付子健 钟家豪 王继华 《广东农业科学》 2025年第3期35-42,共8页

【目的】紫云英(Astragalus sinicus L.)能固氮养地和改良土壤,是生态农业的核心物种。广东省推广“冬种紫云英-春耕深翻”模式3万hm2,形成“绿肥-减排-增产”生态经济。紫云英种质资源开发对维持耕地质量提升系统的可持续性具有战略价... 【目的】紫云英(Astragalus sinicus L.)能固氮养地和改良土壤,是生态农业的核心物种。广东省推广“冬种紫云英-春耕深翻”模式3万hm2,形成“绿肥-减排-增产”生态经济。紫云英种质资源开发对维持耕地质量提升系统的可持续性具有战略价值。利用高通量测序技术和生物信息学方法分析紫云英的转录组和基因表达特征,为紫云英的资源鉴定与利用提供遗传信息。【方法】提取‘粤绿肥1号’紫云英的根、茎、叶和种子的总RNA,混合构建文库并进行高通量测序,组装获得紫云英的unigenes。通过序列注释和比对分析‘粤绿肥1号’紫云英转录组特征。【结果】从‘粤绿肥1号’紫云英转录组中共鉴定出30792条unigenes,平均长度为1163 bp,N50值为1946 bp。紫云英unigenes与鹰嘴豆(Cicer arietinum)具有最高序列相似性。在功能注释分析中,20930条unigenes获得功能注释,其中KEGG和GO数据库分别注释13858条和17439条。GO注释结果显示,这些基因主要参与细胞结构、分子结合及代谢过程等生物学功能。类黄酮是豆科植物与根瘤菌开始信号交流的第一步,共鉴定出紫云英中类黄酮合成通路的关键酶基因41个;R基因在豆科植物与根瘤菌互作中发挥重要作用,鉴定出R基因中最主要的一类NBS基因成员64个。将紫云英unigenes与plantTFDB数据库比对,鉴定出MYB、AP2/ERF、WRKY和bHLH等转录因子367个。通过MISA分析13047条长度大于1000 bp的unigenes,鉴定出4187个SSR位点,并设计相应引物。【结论】通过转录组测序分析鉴定‘粤绿肥1号’紫云英的根瘤菌互作和转录因子等基因,并设计SSR引物,可为深入探索紫云英资源鉴定和遗传改良提供数据支持。 展开更多

关键词 紫云英 转录组 UNIGENE 功能注释 SSR 根瘤菌 转录因子

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王不留行药用植物麦蓝菜叶片转录组测序分析

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作者 张超强 尉明杰 +5 位作者 张家银 杨彬 任培荣 景小强 张勇 王恩军 《中兽医医药杂志》 2025年第2期1-7,共7页

为获得王不留行的部分转录组信息特征,本研究基于Illumina 6000平台,对麦蓝菜叶片进行高通量测序,并组装了所有的转录本,原始数据上传NCBI数据库,登录号:PRJNA1149650。去冗余后得到99766条unigenes,在七大数据库中获得功能注释65079条... 为获得王不留行的部分转录组信息特征,本研究基于Illumina 6000平台,对麦蓝菜叶片进行高通量测序,并组装了所有的转录本,原始数据上传NCBI数据库,登录号:PRJNA1149650。去冗余后得到99766条unigenes,在七大数据库中获得功能注释65079条,其中NR数据库60784条(占比93.40%)、SwissProt数据库46761条(占比71.85%)、EggNOG数据库57269条(占比87.99%)、KEGG数据库20073条(占比30.84%)、COG/KOG数据库57269条(占比87.99%)、Pfam数据库55514条(占比85.30%)、GO数据库33791条(占比51.92%)。bHLH、bZIP和MYB等转录因子可能与王不留行黄酮类次生代谢产物合成有关,同时,还从99766条unigenes中检测出26243个位点。转录组数据的获得丰富了麦蓝菜基因数据库,为麦蓝菜遗传图谱构建、SSR标记开发、品种选育及解析王不留行黄酮类化合物次生代谢途径和调控机制研究提供了基础数据。 展开更多

关键词 王不留行 麦蓝菜 转录组 UNIGENE 转录因子 SSR标记

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葫芦巴转录组测序及生物信息学分析 被引量：1

4

作者 王星哲 陈阳 +4 位作者 武悦 单飞彪 杜瑞霞 闫文芝 刘春晖 《分子植物育种》 CAS 北大核心 2024年第13期4254-4261,共8页

本研究基于RNA-Seq技术对葫芦巴幼苗叶片进行转录组测序及生物信息学分析。获得葫芦巴转录组数据,为后续研究葫芦巴基因功能、代谢途径、分子标记及调控机理等方面提供参考。对测序数据拼接组装后获得16 456条unigene,总长度为19 770 39... 本研究基于RNA-Seq技术对葫芦巴幼苗叶片进行转录组测序及生物信息学分析。获得葫芦巴转录组数据,为后续研究葫芦巴基因功能、代谢途径、分子标记及调控机理等方面提供参考。对测序数据拼接组装后获得16 456条unigene,总长度为19 770 394 bp。将获得的unigene分别与KEGG、Nr、GO和KOG等7大数据库进行比对,共有11 768条unigene得到注释,占总unigene的71.62%。其中GO数据库注释unigene9 029条,按照功能分为3个大类和52个亚类;有8 158条unigene在KEGG数据库中得到注释,涉及代谢通路300条;11 658条unigene在Nr数据库中获得注释,注释的同源序列主要来自豆科植物蒺藜苜蓿;有6 717条unigene在KOG数据库得到注释,涉及25个不同的功能分类。葫芦巴所有unigene中共检索到11 286个SNP位点,以C:G>T:A和T:A>C:G的突变类型发生频率最高;SSR特征分析中共检测到4 928个位点,其中单核苷酸重复2 262个,占SSR位点总数的45.90%。本研究构建葫芦巴转录组数据库并进行生物信息学分析,为后续开展种质资源鉴定、遗传多样性分析、指纹图谱构建等研究提供科学依据。 展开更多

关键词 葫芦巴 转录组 UNIGENE 分子标记

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基于RNA-Seq高通量测序技术的大口黑鲈转录组分析 被引量：10

5

作者 黄勇 龚望宝 +2 位作者 陈海刚 熊建利 孙西红 《南方水产科学》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期106-112,共7页

文章以大口黑鲈(Micropterus salmoides)组织作为研究对象,利用RNA-seq技术进行转录本测序和数据分析,经拼接组装,最终获得35 659条unigenes,序列平均长度738 bp,序列长度中位数(N50)为1 052 bp。另外从长度分布与GC含量等方面对unigene... 文章以大口黑鲈(Micropterus salmoides)组织作为研究对象,利用RNA-seq技术进行转录本测序和数据分析,经拼接组装,最终获得35 659条unigenes,序列平均长度738 bp,序列长度中位数(N50)为1 052 bp。另外从长度分布与GC含量等方面对unigenes进行评估,数据显示测序质量好、可信度高。使用6大数据库(KOG、Nr、Pfam、Swiss-Prot、GO和KEGG)注释大口黑鲈转录组unigenes,分别对应有15 832、21 279、14 524、16 973、15 024和11 185条unigenes获得注释。其中,5 617条unigenes在以上所有数据库中同时注释成功,17 253条unigenes至少被一个数据库注释。KEGG分析结果显示,获得注释的11 185条unigenes被划分到267个代谢通路中,参与信号转导通路的unigenes数量最多,共有1 349条(12.06%)。另外还检测到4 030个微卫星(SSR)位点。通过对大口黑鲈转录组测序,获得了大量的转录组信息,为大口黑鲈的功能基因克隆、基因组学、遗传多样性分析、分子标记开发及遗传改良等研究奠定了基础。 展开更多

关键词 大口黑鲈 转录组 unigenes 基因注释

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化学诱导后白木香转录组文库的构建与测序 被引量：11

6

作者 吴宏清 王磊 +3 位作者 陶美华 高晓霞 白玲 章卫民 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第8期63-67,共5页

采用改良异硫氰酸胍-CTAB法对5年生白木香树干经化学诱导后1年的各部分组织进行总RNA提取,提取到的总RNA经富集mRNA、打断、构建测序用cDNA文库后用于转录组测序,测序质量较高,Q20高达97.45%,共获得54 685 634条Clean reads,总测序长度... 采用改良异硫氰酸胍-CTAB法对5年生白木香树干经化学诱导后1年的各部分组织进行总RNA提取,提取到的总RNA经富集mRNA、打断、构建测序用cDNA文库后用于转录组测序,测序质量较高,Q20高达97.45%,共获得54 685 634条Clean reads,总测序长度达4 921 707 060 nt,经初步组装,获得190 109条Contigs序列,进一步组装,获得83 467条Unigenes序列,总长度为58 569 625 nt,平均长度为702 nt,N50值高达1 120,大于等于3 000 nt的Unigenes有1 691条,占总Unigenes的2.03%,组装质量较高,使白木香的转录组信息得到较好的保存,为进行白木香结香相关的表达谱分析奠定基础。 展开更多

关键词 白木香 化学诱导 转录组文库 测序 组装 unigenes

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三色锦鲤皮肤转录组测序与功能分析 被引量：3

7

作者 史东杰 陈晓璇 +5 位作者 魏东 李文通 姜巨峰 朱华 皮国华 王赛赛 《基因组学与应用生物学》 CAS CSCD 北大核心 2021年第1期117-127,共11页

为进一步发掘锦鲤(Cyprinus carpio)皮肤组织功能基因,以三色锦鲤墨色、红色、白色皮肤组织为研究对象,采用Illumina Hiseq 2500技术进行转录组测序和数据分析,共获得425 813 488条原始读序(reads),总碱基数为63.88 Gb。对测序所获得的r... 为进一步发掘锦鲤(Cyprinus carpio)皮肤组织功能基因,以三色锦鲤墨色、红色、白色皮肤组织为研究对象,采用Illumina Hiseq 2500技术进行转录组测序和数据分析,共获得425 813 488条原始读序(reads),总碱基数为63.88 Gb。对测序所获得的reads进行组装和拼接,获得56 018条Unigenes,总长度为1 357100 421 bp,平均长度为2 380 bp。Unigenes与Nr、GO、KEGG、KOG、Pfam、Swiss-Prot和eggNO共七个数据库进行BLAST相似性比对(e-value≤10^(-5)),分别对应有19 443 (34.71%)条、7 960 (14.21%)条、10 302 (18.39%)条、12 559(22.42%)条、12 145 (21.68%)条、9 596 (17.13%)条和17 528 (31.29%)条Unigenes成功注释,20 323条Unigene至少在一个数据库中得到注释。经KEGG代谢通路分析,该转录组Unigenes参与六大类共50小类,共158份代谢通路。转录组分析还鉴定出墨色、白色、红色皮肤组织的SNP标记分别512 635个、508 711个、517 222个,转换是颠换的1.63倍。随机选取9个差异基因进行RT-qPCR验证发现,试验结果与转录谱结果一致,表明转录组测序结果是可靠的。通过研究获得了大量的三色锦鲤转录组信息资源,为研究观赏鱼皮肤功能基因、体色基因定位、遗传多样性和分子标记开发等提供了重要的基础数据。 展开更多

关键词 锦鲤(Cyprinus carpio) 转录组 unigenes GO分析

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基于RNA-Seq高通量测序技术的大鲵转录组分析 被引量：4

8

作者 黄勇 高小蝉 孙西红 《基因组学与应用生物学》 CAS CSCD 北大核心 2018年第9期3759-3768,共10页

为发掘大鲵的功能基因,该研究以大鲵组织作为研究对象,利用RNA-seq技术对大鲵进行转录本测序和数据分析,经拼接组装共获得132 912条Unigenes,序列平均长度690 bp,N50为1 263 bp。另外从长度分布、GC含量与表达水平等方面对Unigenes进行... 为发掘大鲵的功能基因,该研究以大鲵组织作为研究对象,利用RNA-seq技术对大鲵进行转录本测序和数据分析,经拼接组装共获得132 912条Unigenes,序列平均长度690 bp,N50为1 263 bp。另外从长度分布、GC含量与表达水平等方面对Unigenes进行评估,数据显示测序质量好,可信度高。此外,本研究也预测出132 416个能编码蛋白的Unigenes。使用9大数据库CDD、KOG、NR、NT、PFAM、Swiss-Prot、Tr EMBL、GO和KEGG注释大鲵转录组Unigenes,分别对应有24 049、18 406、36 711、15 858、20 500、27 515、36 705、28 879和10 958条Unigenes获得注释。其中,6 323条Unigenes在以上所有数据库中同时注释成功,39 672条Unigenes至少被一个数据库注释。KEGG分析结果显示：获得注释的10 958条Unigenes被划分到343个代谢通路中,参与信号转导通路的Unigenes数最多,共有2 644条（24.12%）;其次是免疫系统通路的Unigenes有2 450条（15.29%）。最后本研究还检测到了29 790个SSR位点。通过对大鲵转录组测序,获得了大量的转录组信息,有助于进一步研究大鲵功能基因克隆、基因组学、遗传多样性分析和分子标记开发等。 展开更多

关键词 大鲵 转录组 unigenes 基因注释

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独脚金转录组特征分析 被引量：1

9

作者 张龙 蔡时可 +2 位作者 孙金锴 梅瑜 王继华 《广州中医药大学学报》 CAS 2023年第8期2042-2048,共7页

【目的】获取独脚金[Striga asiatica(L.)O. Kuntze.]的转录组信息特征。【方法】提取独脚金叶片和茎的总RNA、建库、测序、组装,以注释和比对等生物信息分析技术得到独脚金转录组的遗传信息。【结果】共获得38 096 466个高质量Reads,通... 【目的】获取独脚金[Striga asiatica(L.)O. Kuntze.]的转录组信息特征。【方法】提取独脚金叶片和茎的总RNA、建库、测序、组装,以注释和比对等生物信息分析技术得到独脚金转录组的遗传信息。【结果】共获得38 096 466个高质量Reads,通过de novo组装获得41 918条Unigenes,N50长度为1 754 bp,平均长度1 029 bp。共有27 375条Unigenes(占65.31%)在CDD、PFAM、KEGG、KOG、GO、NR、NT等数据库中得到注释。其中NR数据库注释到27 187条Unigenes,在KEGG中注释到5 331条Unigenes,涉及284条代谢通路。在独脚金中共鉴定到30条Unigenes涉及黄酮类生物合成,同时还鉴定到778个转录因子(TFs)。采用微卫星识别软件(MISA)对组装的1 000 bp以上的Unigenes分析发现,13 107条Unigenes包含17 036个简单重复序列(SSR)位点。【结论】利用转录组数据分析为独脚金的重要功能基因鉴定和次生代谢通路的挖掘奠定了研究基础。 展开更多

关键词 独脚金 转录组 unigenes 功能注释 简单重复序列(SSR)

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基于高通量测序的杂交鳢转录组数据分析

10

作者 黄勇 龚望宝 +1 位作者 陈海刚 孙西红 《湖南农业大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2019年第5期529-535,共7页

运用高通量技术对杂交鳢进行转录本测序和数据分析,经拼接与组装,最终获得52 065条unigenes,长度范围201~12 407 bp,序列平均长度为710 bp。从长度分布、GC含量和基因表达量等方面对unigenes进行评估,数据显示测序质量较好。进一步的数... 运用高通量技术对杂交鳢进行转录本测序和数据分析,经拼接与组装,最终获得52 065条unigenes,长度范围201~12 407 bp,序列平均长度为710 bp。从长度分布、GC含量和基因表达量等方面对unigenes进行评估,数据显示测序质量较好。进一步的数据分析,共鉴定出20 535个CDS,37 324个SNP位点和7 830个微卫星。用6大数据库Swiss–Prot、Nr、Pfam、KEGG、KOG和GO注释杂交鳢转录组unigenes,分别对应有20 955、28 938、19 339、14 052、19 358和18 635条unigenes获得注释。根据GO数据库的注释,可将这些unigenes分为生物过程、细胞组分和分子功能3大类共50亚类。KEGG代谢通路分析表明,这些unigenes参与了5大类30亚类共268个代谢通路,其中,参与信号转导通路的unigenes数量最多,有1 716条。 展开更多

关键词 杂交鳢 转录组 unigenes 基因注释

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基于比较转录组的夏枯草组织差异表达分析 被引量：6

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作者 朱畇昊 张梦佳 +2 位作者 李璐 赵乐 董诚明 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2020年第13期3523-3529,共7页

目的分析夏枯草Prunella vulgaris果穗、茎、叶片转录组,挖掘夏枯草次生代谢产物生物合成的功能及调节基因。方法利用Illumina高通量测序技术对夏枯草不同组织进行转录组测序,并从差异表达的基因中鉴定次生代谢物生物合成的相关酶基因... 目的分析夏枯草Prunella vulgaris果穗、茎、叶片转录组,挖掘夏枯草次生代谢产物生物合成的功能及调节基因。方法利用Illumina高通量测序技术对夏枯草不同组织进行转录组测序,并从差异表达的基因中鉴定次生代谢物生物合成的相关酶基因。结果在夏枯草的3个不同组织的转录本中,共有8 270个Unigenes在至少2个样品间差异显著。对不同组织差异表达的基因进行KEGG富集分析,结果表明,不同组织中苯丙素类生物合成的基因表达均有较大的变化。在夏枯草差异基因中分别搜索三萜类和酚酸类生物合成途径的关键酶,共鉴定到31个三萜类生物合成相关的Unigene,16个酚酸类生物合成相关的Unigenes,113个P450相关的Unigenes。结论本研究为后续发掘夏枯草次生物质代谢合成途径相关功能基因提供依据,也为夏枯草次生代谢物的生物合成调控研究奠定基础。 展开更多

关键词 转录组 夏枯草 表达分析 unigenes P450 果穗 茎 叶片

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米槠雄花发育相关的转录组和MADS-box家族基因表达特性分析 被引量：4

12

作者 连辉 江淑珍 +2 位作者 熊远芳 沈军 陈世品 《植物资源与环境学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第2期39-48,共10页

以米槠〔Castanopsis carlesii(Hemsl.)Hayata〕花芽期、半开期和盛花期的雄花为研究材料,利用高通量测序平台构建米槠雄花发育过程的转录组数据库。分别对花芽期与半开期、半开期与盛花期以及花芽期与盛花期进行比较,筛选与雄花发育相... 以米槠〔Castanopsis carlesii(Hemsl.)Hayata〕花芽期、半开期和盛花期的雄花为研究材料,利用高通量测序平台构建米槠雄花发育过程的转录组数据库。分别对花芽期与半开期、半开期与盛花期以及花芽期与盛花期进行比较,筛选与雄花发育相关的差异表达unigenes,并对差异表达unigenes进行功能注释。同时对米槠MADS-box家族基因进行鉴定,分析其在米槠雄花发育3个时期的表达量变化。结果显示:在获得的转录组中,clean reads数为628800000~643700000,高质量总碱基量为6.29~6.44 Gb,Q30碱基百分比均不小于90.67%,GC含量为45.09%~45.39%。花芽期与半开期、半开期与盛花期以及花芽期与盛花期间分别有15086、6770和16150个差异表达unigenes。GO功能注释结果显示:差异表达unigenes主要注释在催化活性、连接和膜等相关的生物过程。KEGG代谢通路注释结果显示:差异表达unigenes主要注释在全局及概要图、碳水化合物代谢、环境适应性和信号转录等相关的代谢通路。说明催化酶在米槠雄花发育过程有重要作用,注释在细胞组分中的差异表达unigenes主要与花粉成熟相关,同时雄花发育受碳水化合物代谢和转录因子的调控。表达量分析发现,米槠type-Ⅱ型MADS-box家族基因在雄花发育过程中的表达具有差异性。SHP和AG基因表达趋势相似,在花芽期表达量较低,半开期和盛花期表达量升高;AP 3基因随着雄花发育表达量逐渐升高;2个MIKC*类同源基因主要在半开期表达;3个AP1/FUL类同源基因在雄花发育3个时期中均有表达,但表达趋势有差异;AGL 6基因在雄花发育3个时期表达量均较高;4个SEP类同源基因在雄花发育中表达量较高,其中,SEP 3基因表达量最高,在雄花发育3个时期的表达量变化不大,其余3个SEP类同源基因均在盛花期表达量升至最高。综合分析结果表明:在米槠雄花转录组中,多数差异表达unigenes的功能与花粉发育和催化酶的作用相关,且参与碳水化合物代谢和转录等代谢通路。MADS-box家族基因在雄花发育的3个时期差异表达,与雄花发育密切相关。 展开更多

关键词 米槠 雄花 转录组 差异表达unigenes MADS-box家族基因

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干旱胁迫下棉花SSH文库构建及其抗旱相关基因分析 被引量：19

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作者 王德龙 叶武威 +3 位作者 王俊娟 宋丽艳 樊伟丽 崔宇鹏 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第12期2035-2044,共10页

以耐旱自交系邯郸177为材料,利用抑制性差减杂交技术(SSH),构建棉花苗期叶片的正向差减文库。挑取300个阳性克隆进行PCR验证,并对验证后的单克隆进行测序和分析,共获得284个有效序列。聚类后得到202条uniESTs序列,其中174条singlets,28... 以耐旱自交系邯郸177为材料,利用抑制性差减杂交技术(SSH),构建棉花苗期叶片的正向差减文库。挑取300个阳性克隆进行PCR验证,并对验证后的单克隆进行测序和分析,共获得284个有效序列。聚类后得到202条uniESTs序列,其中174条singlets,28条contigs。经过BlastN分析,156个unigene可以在GenBank中找到同源序列,46个unigene未能找到同源匹配。经BlastX分析,40个unigene与未知功能蛋白或假定蛋白有较高相似性,116条unigene与已知功能蛋白有较高同源性。用KOBAS系统将33个unigene定位到55个Pathways中,其中P值小于0.5的Pathway有23条。初步分析发现,丙酮酸盐代谢(pyruvate metabolism)途径、乙醛酸和二羧酸代谢(glyoxylate and dicarboxylate metabolism)途径与棉花抗旱相关性较大。这些unigene基因涉及信号传导、能量代谢、蛋白质代谢、核酸代谢、光合作用及膜运输等代谢过程。发现了苹果酸合成酶基因(Ms1,001_B03;Ms2,003_E04)、苹果酸脱氢酶基因(Md1,001_C12;Md2,002_F01);NAC(001_C08)、锌指蛋白(zfp,003_C06)、BZR1/BES1(003_G04)等转录调节因子,以及翻译控制肿瘤蛋白基因(TCTP,002_C04)等耐旱相关基因。 展开更多

关键词 干旱胁迫 SSH UNIGENE 耐旱

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中华蜜蜂幼虫肠道参考转录组的de novo组装及SSR分子标记鉴定 被引量：14

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作者 徐细建 郭睿 +9 位作者 骆群 熊翠玲 梁勤 张串联 郑燕珍 张曌楠 黄枳腱 张璐 李汶东 陈大福 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2017年第6期1157-1166,共10页

【目的】利用RNA seq技术对中华蜜蜂(Apis cerana cerana,简称中蜂)幼虫肠道参考转录组进行de novo组装,并进行功能及代谢通路注释,进而利用该转录组数据进行中蜂幼虫的SSR分子标记鉴定。【方法】实验室条件下饲养中蜂幼虫,将纯化的蜜... 【目的】利用RNA seq技术对中华蜜蜂(Apis cerana cerana,简称中蜂)幼虫肠道参考转录组进行de novo组装,并进行功能及代谢通路注释,进而利用该转录组数据进行中蜂幼虫的SSR分子标记鉴定。【方法】实验室条件下饲养中蜂幼虫,将纯化的蜜蜂球囊菌(Ascosphaera apis,简称球囊菌)孢子饲喂3日龄幼虫,剖取4、5和6日龄幼虫肠道,液氮速冻。将健康幼虫肠道与感染球囊菌的幼虫肠道同时进行Illumina测序。通过对raw reads的过滤得到clean reads,利用Trinity软件组装得到unigenes。通过BLASTx(E-value<10-5)比对NCBI Nr、Swiss-Prot、KOG和KEGG数据库,对unigenes进行功能和代谢通路注释。利用MISA软件对所有unigenes进行SSR搜索,并利用Primer Premier 5软件设计特异性SSR引物,通过常规PCR对来源于北京、辽宁兴城和四川成都的中蜂幼虫肠道样本进行SSR位点鉴定。【结果】中蜂幼虫肠道的RNA seq共得到35 670 000条reads,de novo组装得到43 557个unigenes,平均长度为898 nt。共有18 225个unigenes可被注释到上述公共蛋白数据库,单独注释到NCBI Nr、Swiss-Prot、KOG和KEGG数据库的unigenes数分别为3 899、443、37和10个。KOG注释结果显示,11 442条unigenes分布于25个基因家族,其中注释到RNA加工和修饰家族的基因数最多,达1 249个。9 679个unigenes的GO分类结果显示,在生物学进程分类中,注释到细胞进程的基因最多,达4 201个,在分子功能和细胞组分类中,注释到结合与细胞的基因数最多,分别为4 935和2 900个。4 517个unigenes可注释到KEGG数据库中的216个代谢通路,注释到核糖体的基因数最多,达385个。利用MISA软件,可在7 763个unigenes搜索到13 448个SSR位点,随机选取20对SSR引物对国内3个不同来源的中蜂幼虫肠道样本的SSR位点进行扩增,有6对引物可鉴定出SSR分子标记。【结论】成功组装并注释了中蜂幼虫肠道参考转录组,可为中蜂及其幼虫的分子生物学及组学研究提供重要的参考信息,也可用于补充、丰富和检验东方蜜蜂的参考基因组,基于此转录组数据开发出6个中蜂的SSR分子标记,可应用于中蜂的基因图谱构建、基因多样性分析、基因定位等研究,也说明利用转录组数据开发非模式生物SSRs的方法可行。 展开更多

关键词 RNA seq 参考转录组 中华蜜蜂 UNIGENE SSR

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基于RNA-Seq技术的盐胁迫向日葵转录组信息分析 被引量：18

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作者 孙瑞芬 张艳芳 +5 位作者 郭树春 于海峰 李素萍 聂惠 乔慧蕾 安玉麟 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2015年第12期2736-2742,共7页

本研究采用RNA-Seq技术,进行了120 mmol/L Na Cl胁迫下向日葵耐盐品种P50和盐敏感品种P29转录组测序和De novo组装。P50和P29分别获得106 275和119 350条unigenes,平均长度分别为716 bp和685 bp。2个样品的长序列聚类后,获得了110 751条... 本研究采用RNA-Seq技术,进行了120 mmol/L Na Cl胁迫下向日葵耐盐品种P50和盐敏感品种P29转录组测序和De novo组装。P50和P29分别获得106 275和119 350条unigenes,平均长度分别为716 bp和685 bp。2个样品的长序列聚类后,获得了110 751条All-unigenes,总长度为96 970 017 nt,平均长度为876 nt。对获得的All-unigenes进行功能注释,注释到NR、NT、Swiss-Prot、KEGG、COG和GO数据库的All-unigenes分别是71 610、52 569、50 827、46 676、32 215和52 406个,所有注释上的All-unigenes是77 536个。基于NR和KEGG的注释结果,对All-unigenes进行GO和KEGG功能分类,分别获得55个功能小类和128个Pathways注释。研究结果为进一步进行P50和P29转录组差异表达基因分析及耐盐相关基因挖掘奠定了基础。 展开更多

关键词 向日葵 盐胁迫 RNA-SEQ 转录组分析 UNIGENE

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普通油茶种子4个发育时期的转录组分析 被引量：23

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作者 林萍 曹永庆 +2 位作者 姚小华 王开良 滕建华 《分子植物育种》 CAS CSCD 2011年第4期498-505,共8页

我国油茶产业迅速发展,种苗繁育及栽培技术不断进步,但油茶分子基础研究薄弱,决定油茶产量、茶油质量、抗性等指标的重要经济、生长性状的分子机理研究甚少,这必将阻碍油茶产业的可持续发展。本项目首次采用高通量测序技术solexa技术对... 我国油茶产业迅速发展,种苗繁育及栽培技术不断进步,但油茶分子基础研究薄弱,决定油茶产量、茶油质量、抗性等指标的重要经济、生长性状的分子机理研究甚少,这必将阻碍油茶产业的可持续发展。本项目首次采用高通量测序技术solexa技术对普通油茶"长林4号"无性系种子发育的4个时期转录组进行测序,经组装分析获得80 310条unigene,其中确定编码蛋白功能的有21 789条,分为24大类,占All-unigene的27.13%。通过与KEGG库比对,对42 638个unigene进行了Pathway注释,涉及的pathway有265个,主要包括新陈代谢、遗传信息加工、细胞代谢等相关pathway。这些相关研究为分析基因表达的数量及调控模式,分析基因表达调控元件的变化规律,揭示不同发育期基因表达差异等研究打下了良好基础,将为定向育种提供有力的理论指导和技术支持。 展开更多

关键词 油茶(Camellia oleifera) Solexa测序技术 UNIGENE PATHWAY

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紫花苜蓿响应低温胁迫转录因子的鉴定及表达分析 被引量：10

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作者 齐晓 闵学阳 +2 位作者 张正社 孙启忠 刘文献 《草业科学》 CAS CSCD 北大核心 2017年第9期1824-1829,共6页

研究证明,转录因子广泛参与植物的生长发育过程并响应多种生物/非生物胁迫信号途径。低温胁迫可导致紫花苜蓿(Medicao sativa)减产、越冬率降低以及生产年限缩短。利用新一代高通量转录组测序技术,本研究对4℃低温胁迫下紫花苜蓿中响应... 研究证明,转录因子广泛参与植物的生长发育过程并响应多种生物/非生物胁迫信号途径。低温胁迫可导致紫花苜蓿(Medicao sativa)减产、越冬率降低以及生产年限缩短。利用新一代高通量转录组测序技术,本研究对4℃低温胁迫下紫花苜蓿中响应低温胁迫的转录因子基因进行了鉴定,并对其表达情况进行分析,结果表明,转录组测序共获得78 925条Unigene序列和3 448个差异表达基因。其中,从3 448个差异表达基因中共鉴定出43个转录因子家族,共251个基因被显著地诱导表达。不同转录因子家族基因受低温胁迫诱导表达不同。本研究有助于在整体水平加深了解紫花苜蓿转录因子表达特性,为进一步研究这些响应低温胁迫的转录因子的功能提供参考。 展开更多

关键词 紫花苜蓿 转录因子 低温胁迫 UNIGENE 转录组

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基于RNA-Seq技术的甘蔗参考转录组建立及分析 被引量：6

18

作者 李穆 程志远 +4 位作者 石莹 何平 王先宏 何丽莲 李富生 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2015年第2期355-360,共6页

本研究基于RNA-Seq技术建立了一个由3个甘蔗原始亲本和8个不同来源的甘蔗栽培品种/系构成的甘蔗参考转录组,并进行生物信息学相关分析。研究结果表明:对供试材料+1叶RNA混合样本进行转录组测序,可组装出98 945条Contig,从中找到5 806个... 本研究基于RNA-Seq技术建立了一个由3个甘蔗原始亲本和8个不同来源的甘蔗栽培品种/系构成的甘蔗参考转录组,并进行生物信息学相关分析。研究结果表明:对供试材料+1叶RNA混合样本进行转录组测序,可组装出98 945条Contig,从中找到5 806个SSR位点,其中三核苷酸重复最多、六核苷酸重复最少,CCG/CGG出现的频率最高。进一步处理Contig获得75 656条Unigene,将所有的Unigene与Nr数据库、Swiss-Prot数据库、KEGG数据库和COG数据库进行Blast,有53 951条Unigene得到注释。在Nr和KEGG注释结果基础上,对Unigene进行GO和KEGG功能分类,分别获得44个功能小组和123个Pathway注释。研究结果可为研究甘蔗在不同时空条件下的差异基因表达奠定基础。 展开更多

关键词 甘蔗 RNA-SEQ 参考转录组 UNIGENE SSR

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基于高通量测序的极小种群野生植物长梗杜鹃转录组分析 被引量：6

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作者 李太强 刘雄芳 +7 位作者 万友名 李正红 起国海 李钰莹 刘秀贤 和锐 马艳 马宏 《植物研究》 CAS CSCD 北大核心 2017年第6期825-834,共10页

为加强特有濒危植物长梗杜鹃资源的评价、保护和鉴定工作,及为今后遗传育种和改善其农艺性状提供有益参考。本研究采用新一代高通量测序平台Illumina Hi Seq 4000对其转录组测序,得到的数据过滤后进行de novo组装并聚类去冗余,获得74 09... 为加强特有濒危植物长梗杜鹃资源的评价、保护和鉴定工作,及为今后遗传育种和改善其农艺性状提供有益参考。本研究采用新一代高通量测序平台Illumina Hi Seq 4000对其转录组测序,得到的数据过滤后进行de novo组装并聚类去冗余,获得74 092个Unigenes,平均长度、N_(50)、Q_(20)、Q_(30)以及GC含量分别为938 nt、1 616 nt、98.22%、95.20%和43.24%,其中1 Kb以上的Unigenes有23 879条。通过与七大功能数据库比对,分别有39 876(NR:53.82%)、38 065(NT:51.38%)、27 384(Swissprot:36.96%)、16 099(COG:21.73%)、30 401(KEGG:41.03%)、17 518(GO:23.64%)以及29 676(Interpro:40.05%)条Unigenes获得功能注释。长梗杜鹃转录组中的Unigenes根据GO功能大致可分为生物学过程、细胞组分和分子功能3大类56亚类,其中执行生物学过程的基因最多,占41.53%;与COG数据库比对,根据其功能大致可分为25类;以KEGG数据库为参考,可归为6个代谢通路大类、32类代谢途径,并发掘出176条与人类疾病相关的Unigenes,包括内分泌及代谢疾病(167条)和抗药性(9条)。根据注释结果共检测出39 418个CDS,未注释上的Unigenes使用ESTScan预测后获得3 194个CDS。同时,预出到1 488个编码TF的Unigenes,以及检测到57 927个SNP多态位点。该转录组分析为今后长梗杜鹃乃至杜鹃属植物功能基因挖掘与利用、基因克隆、抗性机理分析、遗传资源分类和进化、分子标记开发以及分子辅助育种等研究提供了基础数据和重要参考。 展开更多

关键词 长梗杜鹃 转录组 UNIGENE 功能注释 编码序列 转录因子 单核苷酸多态性

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杉木转录因子unigene中微卫星的分布 被引量：3

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作者 李魁鹏 陈代喜 +3 位作者 黄开勇 陈晓明 戴俊 陈琴 《基因组学与应用生物学》 CAS CSCD 北大核心 2019年第3期1199-1204,共6页

本研究以杉木转录组序列信息为基础,分析转录因子unigene中微卫星(transcription factor unigenederived microsatellites, TFUMs)的分布特征。结果表明,3 155个杉木转录因子(transcription factor, TFs) unigene中,存在527个TFUMs,25... 本研究以杉木转录组序列信息为基础,分析转录因子unigene中微卫星(transcription factor unigenederived microsatellites, TFUMs)的分布特征。结果表明,3 155个杉木转录因子(transcription factor, TFs) unigene中,存在527个TFUMs,25种基元。其中三、四核苷酸基元的类型最多,分别有10种和7种。由三、二核苷酸基元组成的TFUMs数目最多,分别为386和92个。AG/CT、AGC/CTG基元在TFUMs中分布最广,分别占二、三核苷酸重复TFUMs总数的53%和22%。根据基元的重复次数,杉木TFUMs主要可分为2个区间,重复5～8次的TFUMs分为第一区间,重复9～12次的分为第二区间。杉木TFUMs主要分布在第一区间,随着重复次数的增加,TFUMs数量呈现下降趋势。本研究首次运用卡方检验分析EST-SSRs在TFs及其余unigene中的分布差异,发现EST-SSRs特别是三核苷酸重复的EST-SSRs在TFs unigene中极显著富集。该研究为杉木TFUMs标记的开发与利用建立了基础。 展开更多

关键词 杉木 转录因子 SSRS UNIGENE 卡方检验

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