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广州地区人巨细胞病毒临床低传代株UL136基因的序列特征及多态性 被引量：4
1
作者 王波 李月琴 +5 位作者 胡兢晶 苏海浩 丁俊彩 田传军 张纯青 周天鸿 《中华生物医学工程杂志》 CAS 2009年第4期244-249,共6页
目的研究广州地区新生儿感染人巨细胞病毒（HCMV）临床低传代株UL136基因的序列特征与基因多态性。方法从10例广州感染新生儿体内分离获得2株（D2、D3）临床HCMV分离株，经多重PCR鉴定后进行UL136基斟全序列扩增。PCR产物纯化后进行基... 目的研究广州地区新生儿感染人巨细胞病毒（HCMV）临床低传代株UL136基因的序列特征与基因多态性。方法从10例广州感染新生儿体内分离获得2株（D2、D3）临床HCMV分离株，经多重PCR鉴定后进行UL136基斟全序列扩增。PCR产物纯化后进行基因克隆，构建HCMVUL136-pMD18-T重组质粒。经基冈测序及应用生物信息学分析方法，分析其核酸序列稳定性、编码蛋白质的二级结构与特衙。结果成功分离2株HCMV临床分离株，测序结果显示，D2、1）3及与GenBank中公布的11株临床分离株（4J、51C、39J、33J、63J、22M、10J、32C、29C、27C、Toledo）中，UL136序列高度保守。同源性分析显示在UL136全基因序列1019个核苷酸中，存在30个位点变异，所有的变异均为碱基替换，无插入及缺失突变。编码蛋白的氨基酸序列也高度保守，240个氨基酸残基巾，不同临床分离株氨基酸变异率为1．6％～3．7％。不同分离株的UL136蛋白巾参与形成二级结构的氨基酸数目及等电点不同。进化树分析结果显示D2和D3均属于1a群。结论广州地区临床低传代分离株HCMVUL136基因核苷酸序列及其氨基酸序列极为保守，但仍存在一定多念性。其基因的稳定性提示HCMVUL136开放阅读框（ORF）可能是一个具有重要功能的基因。其编码后修饰位点提示UL136可能与膜受体介导的细胞信号转导通路有关。 展开更多
关键词 巨细胞病毒 多态性 单核苷酸 基因 ul136 临床病毒株 生物信息学
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人巨细胞病毒UL136基因在临床低传代分离株中多态性分析 被引量：4
2
作者 阮强 卢颖 +5 位作者 何蓉 吉耀华 齐莹 刘庆 陈淑荣 马艳萍 《中华微生物学和免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2003年第9期686-690,共5页
目的　研究人巨细胞病毒 (humancytomegalovirus,HCMV)UL136基因在临床低传代分离株中的多态性 ,探讨其多态性与HCMV先天性感染不同致病性之间的关系。方法　对 4 8株经荧光定量PCR方法检测HCMVDNA为阳性的临床低传代分离株进行HCMVUL13... 目的　研究人巨细胞病毒 (humancytomegalovirus,HCMV)UL136基因在临床低传代分离株中的多态性 ,探讨其多态性与HCMV先天性感染不同致病性之间的关系。方法　对 4 8株经荧光定量PCR方法检测HCMVDNA为阳性的临床低传代分离株进行HCMVUL136全序列PCR扩增 ,对于扩增阳性的 12株PCR产物进行UL136基因全序列测定及结果分析。结果　 4 8株临床低传代分离株UL136PCR扩增 ,12株阳性 ,阳性率 2 5 % ,以HCMVToledo株作为参考株 ,进行序列比较分析表明 ,12株临床分离株UL136开放阅读框架 (openreadingframe,ORF)长度均与Toledo株相同 ,为 72 3bp ,编码2 4 1个氨基酸的蛋白。DNA序列变异均为碱基替换 ,不同临床分离株UL136基因与Toledo株进行同源性比较 ,结果在核苷酸水平为 97.7%～ 99.3% ,氨基酸水平为 96 .6 %～ 99.1%。UL136编码蛋白的氨基酸变异率为 0 .83%～ 3.3%。二级结构预测分为两种构象。大多数HCMVUL136蛋白翻译后修饰位点在所有分离株中均高度保守 ,仅几个位点在一些分离株中存在缺失或新增。Toledo株及 12株临床分离株核苷酸及氨基酸序列系统进化树分析表明 :4 5J最接近Toledo株。结论　 12株临床低传代分离株HCMVUL136基因DNA及其编码产物的氨基酸序列比较保守 ,但仍存在一定多态性。未发现不同临床? 展开更多
关键词 人巨细胞病毒 ULl36基因 多态性 分析 先天性感染
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广州地区人巨细胞病毒临床低传代病毒株UL136基因B细胞表位的多参数预测分析
3
作者 晏翠芳 胡兢晶 +6 位作者 伍苑宾 郭梦杰 潘丽雯 苏海浩 戴津 谭琪琪 王波 《中华临床医师杂志（电子版）》 CAS 2017年第7期1130-1134,共5页
目的多参数预测广州地区人巨细胞病毒(HCMV)临床低传代病毒株UL136基因B细胞表位。方法应用改进型自我优化预测结构(SOPMA),Garnier-Osguthorpe-Robson(GOR),人工神经网络预测法(HNN)预测二级结构;应用隐马尔可夫模型(TMHMM)预测跨膜结... 目的多参数预测广州地区人巨细胞病毒(HCMV)临床低传代病毒株UL136基因B细胞表位。方法应用改进型自我优化预测结构(SOPMA),Garnier-Osguthorpe-Robson(GOR),人工神经网络预测法(HNN)预测二级结构;应用隐马尔可夫模型(TMHMM)预测跨膜结构;应用Hopp&Woods亲水性方案、Emini可及性方案、Jameson-Wolf抗原性方案等参数综合预测UL136基因B细胞表位。结果 HCMV UL136氨基酸包含240个氨基酸残基,相对分子质量约为27.3 k D,等电点为8.26。TMHMM预测UL136存在一个跨膜区域,为65~87aa区域,胞外区域为88~240aa区域。多参数预测显示:亲水性位于18~29、46~61、94~100、110~144、152~169、171~186、190~202、229~236aa区域;表面可及性位于19~26、49~61、89~97、110~127、161~167、173~182、196~202、229~234aa区域;极性位于18~29、31~36、51~59、94~102、111~130、155~163、178~182aa区域;柔韧性位于18~28、46~60、115~142、148~156、160~205、226~236aa区域;抗原性位于4~9、16~32、45~62、92~101、106~144、150~157、160~206、228~240aa区域。二级结构预测显示:以α-螺旋为主,无规则卷及β-转角区域主要位于5~10、45~61、108~113、129~139、163~182、187~192、195~204、229~234aa区域。ABCpred服务器综合分析显示:45~60、194~209、6~21、186~201、116~131、54~69、151~166、122~137、223~238aa区域分值较高。抗原指数(AI)预测显示:115~130、196~204、163~182、229~234aa区域AI较高。结论 HCMV UL136基因B细胞表位可能位于115~130、196~204、229~234aa区域内或其附近区域,预测UL136 B细胞表位为HCMV的治疗提供了实验依据。 展开更多
关键词 人巨细胞病毒 生物信息学 ul136 B细胞表位
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