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Graph Similarity Join with K-Hop Tree Indexing
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作者 Yue Wang Hongzhi Wang +1 位作者 Chen Ye Hong Gao 《国际计算机前沿大会会议论文集》 2015年第1期13-14,共2页
Graph similarity join has become imperative for integrating noisy and inconsistent data from multiple data sources. The edit distance is commonly used to measure the similarity between graphs. To accelerate the simila... Graph similarity join has become imperative for integrating noisy and inconsistent data from multiple data sources. The edit distance is commonly used to measure the similarity between graphs. To accelerate the similarity join based on graph edit distance, in the paper, we make use of a preprocessing strategy to remove the mismatching graph pairs with significant differences. Then a novel method of building indexes for each graph is proposed by grouping the nodes which can be reached in k hops for each key node with structure conservation, which is the k-hop-tree based indexing method. Experiments on real and synthetic graph databases also confirm that our method can achieve good join quality in graph similarity join. Besides, the join process can be finished in polynomial time. 展开更多
关键词 GRAPH SIMILARITY join EDIT distance constraint k-hop tree based INDEXING structure conservation boundary filtering
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基于并行B^+-树的并行Join算法的设计、分析与实现 被引量:2
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作者 孙文隽 李建中 常红 《计算机学报》 EI CSCD 北大核心 1998年第1期10-17,共8页
B+-树是一种有效的数据库存储结构,被普遍应用于各种关系数据库系统.把B+-树并行化,使之用于并行数据库系统显然是一项很有意义的重要工作.本文研究了适用于并行数据库的并行B+-树存储结构,提出两类基于并行B+-树的并行Join算... B+-树是一种有效的数据库存储结构,被普遍应用于各种关系数据库系统.把B+-树并行化,使之用于并行数据库系统显然是一项很有意义的重要工作.本文研究了适用于并行数据库的并行B+-树存储结构,提出两类基于并行B+-树的并行Join算法.理论和实验结果表明,这些算法效率高于其它并行Join算法. 展开更多
关键词 并行数据库 并行B^+-树 并行join算法 数据库
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基于HRR划分的并行RDB^n树Join算法
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作者 许向阳 高东升 张勇 《计算机工程与应用》 CSCD 北大核心 2002年第8期189-191,共3页
文章首先介绍了PDBMS采用的Hash-Round-Robin(HRR)数据划分方法以及基于该划分方法的并行RDBn树,最后着重、详细地给出了基于该树的并行Join算法,分析了该算法的效率。
关键词 并行数据库 HRR数据划分 并行RDB^n树 并行连接算法 join算法
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pgi-distance:一种高效的并行KNN-join处理方法 被引量:3
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作者 何洪辉 王丽珍 周丽华 《计算机研究与发展》 EI CSCD 北大核心 2007年第10期1774-1781,共8页
KNN-join是一种新近才提出的操作,它在数据挖掘中有着广泛的应用.利用KNN-join的"一次一个集合"的性质,一些数据挖掘任务,例如分类、例外挖掘和聚类等,就会更加容易地进行.MuX和Goreder则是两种专为KNN-join设计的算法.为了... KNN-join是一种新近才提出的操作,它在数据挖掘中有着广泛的应用.利用KNN-join的"一次一个集合"的性质,一些数据挖掘任务,例如分类、例外挖掘和聚类等,就会更加容易地进行.MuX和Goreder则是两种专为KNN-join设计的算法.为了综合利用这两种方法的优点,一种新的KNN-join并行处理方法——pgi-distance(parallel grid index-distance)——被提了出来.pgi-distance使用双层结构,可以对I/O和CPU进行同时优化;基于距离的索引能够让它更好地适应数据维度和分布的变化.由于采用的是各DBMS厂商广泛支持的B+树索引,这让pgi-distance得以成为一种更为实用的KNN-join处理方法.在合成数据集和真实数据集上的测试也表明pgi-distance是实用的和高效的. 展开更多
关键词 KNN-join 数据挖掘 分类 基于距离的索引 B+树
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Optimization of Multi-Join Queries in Shared-Nothing Systems
5
作者 Kian-Lee Tan(Department of Information Systems and Computer Science, National University ofSingapore, Lower Kent Ridge Road, Singapore 0511) 《Journal of Computer Science & Technology》 SCIE EI CSCD 1995年第2期149-162,共14页
This paper proposes a semi-greedy framework for optimizing multi-joinqueries in shared-nothing systems. The plan generated by the framework com-prises several pipelines, each performing several joins. The framework de... This paper proposes a semi-greedy framework for optimizing multi-joinqueries in shared-nothing systems. The plan generated by the framework com-prises several pipelines, each performing several joins. The framework deter-mines the 'optimal' number of joins to be performed in each pipeline. Thedecisions are made based on the cost estimation of the entire processing plan.Two ekisting optimization algorithms are extended under the framework. Ananalytical model is presented and used to compare the quality of plans producedby each optimization algorithm. Our study shows that the new algorithms out-perform their counterparts that are not extended. 展开更多
关键词 Multi-join optimization shared-nothing systems pipelining hash join segmented right-deep tree
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Efficient graph similarity join for information integration on graphs 被引量:5
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作者 Yue WANG Hongzhi WANG +1 位作者 Jianzhong LI Hong GAO 《Frontiers of Computer Science》 SCIE EI CSCD 2016年第2期317-329,共13页
Graphs have been widely used for complex data representation in many real applications, such as social network, bioinformatics, and computer vision. Therefore, graph similarity join has become imperative for integrati... Graphs have been widely used for complex data representation in many real applications, such as social network, bioinformatics, and computer vision. Therefore, graph similarity join has become imperative for integrating noisy and inconsistent data from multiple data sources. The edit distance is commonly used to measure the similarity between graphs. The graph similarity join problem studied in this paper is based on graph edit distance constraints. To accelerate the similarity join based on graph edit distance, in the paper, we make use of a preprocessing strategy to remove the mismatching graph pairs with significant differences. Then a novel method of building indexes for each graph is proposed by grouping the nodes which can be reached in k hops for each key node with structure conservation, which is the k-hop tree based indexing method. As for each candidate pair, we propose a similarity computation algorithm with boundary filtering, which can be applied with good efficiency and effectiveness. Experiments on real and synthetic graph databases also confirm that our method can achieve good join quality in graph similarity join. Besides, the join process can be finished in polynomial time. 展开更多
关键词 graph similarity join edit distance constraint khop tree based indexing structure conservation boundary filtering
原文传递
Improving performance by creating a native join-index for OLAP 被引量:4
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作者 Yansong ZHANG Shan WANG Jiaheng LU 《Frontiers of Computer Science》 SCIE EI CSCD 2011年第2期236-249,共14页
The performance of online analytical processing (OLAP) is critical for meeting the increasing requirements of massive volume analytical applications. Typical techniques, such as in-memory processing, column-storage,... The performance of online analytical processing (OLAP) is critical for meeting the increasing requirements of massive volume analytical applications. Typical techniques, such as in-memory processing, column-storage, and join indexes focus on high perfor- mance storage media, efficient storage models, and reduced query processing. While they effectively perform OLAP applications, there is a vital limitation: main- memory database based OLAP (MMOLAP) cannot provide high performance for a large size data set. In this paper, we propose a novel memory dimension table model, in which the primary keys of the dimension table can be directly mapped to dimensional tuple addresses. To achieve higher performance of dimensional tuple access, we optimize our storage model for dimension tables based on OLAP query workload features. We present directly dimensional tuple accessing (DDTA) based join (DDTA- JOIN), a technique to optimize query processing on the memory dimension table by direct dimensional tuple access. We also contribute by proposing an optimization of the predicate tree to shorten predicate operation length by pruning useless predicate processing. Our experimental results show that the DDTA-JOIN algorithm is superior to both simulated row-store main memory query processing and the open-source column-store main memory database MonetDB, thanks to the reduced join cost and simple yet efficient query processing. 展开更多
关键词 directly dimensional tuple accessing (DDTA) DDTA join native join index predicate tree
原文传递
基于FP-tree和MapReduce的集合相似度自连接算法 被引量:1
8
作者 冯禹洪 吴坤汉 +4 位作者 黄志鸿 冯洋洲 陈欢欢 白鉴聪 明仲 《计算机研究与发展》 EI CSCD 北大核心 2023年第12期2890-2906,共17页
利用集合相似度自连接算法找出一个集合集中所有相似度大于给定阈值的集合对有着广泛的应用.基于过滤-验证框架和并行分布式计算框架MapReduce的集合相似度连接是近年来的研究热点.但现有算法在阈值低时产生较大规模的候选集,导致性能... 利用集合相似度自连接算法找出一个集合集中所有相似度大于给定阈值的集合对有着广泛的应用.基于过滤-验证框架和并行分布式计算框架MapReduce的集合相似度连接是近年来的研究热点.但现有算法在阈值低时产生较大规模的候选集,导致性能不理想.针对这一问题,提出采用频繁模式树FP-tree及其派生结构FP-tree*将数据压缩在内存中计算集合相似度自连接以减小候选集规模.首先设计并讨论基于现有FP-tree*的集合相似度连接计算及其优缺点,提出遍历效率更高的线性频繁模式树结构模型TELP-tree及基于它的算法TELP-SJ(TELP-tree self join),其包括分别面向构建树和遍历树的2阶段过滤算法,这些算法可以减小树规模和减少树遍历.然后,设计基于MapReduce的并行分布式算法FastTELP-SJ.最后,基于4组真实应用数据集进行3组性能比较实验.实验结果表明FastTELP-SJ算法面向高维大规模集合相似度自连接计算时,包括执行时间、内存占用率、磁盘使用量和可扩展性的运行效率最好. 展开更多
关键词 相似度连接 FP树 MAPREDUCE框架 Jaccard函数 集合
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基于R-Tree的空间连接代价模型的改进 被引量:1
9
作者 杨静 鞠艳丰 +1 位作者 张健沛 宋尊锋 《计算机工程》 EI CAS CSCD 北大核心 2006年第11期109-110,共2页
对基于R-Tree的空间连接代价模型进行了探讨,主要研究了HUANG Y W提出的空间连接代价模型。利用最优/最差选择策略降低该算法的时间复杂度,对基于缓冲区的代价模型提出了改进后的评估公式,通过实验验证了改进后的模型比原模型提高了评... 对基于R-Tree的空间连接代价模型进行了探讨,主要研究了HUANG Y W提出的空间连接代价模型。利用最优/最差选择策略降低该算法的时间复杂度,对基于缓冲区的代价模型提出了改进后的评估公式,通过实验验证了改进后的模型比原模型提高了评估的精确度。 展开更多
关键词 R-tree 空间连接 代价模型 窗口查询 空间数据
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基于EXN-Tree编码的XML结构连接算法研究
10
作者 李英俊 宗金良 孙志胜 《计算机应用》 CSCD 北大核心 2006年第10期2405-2407,2412,共4页
提出了EXN-Tree的概念,将XML文档树的节点映射到EXN-Tree,依据EXN-Tree的节点编码生成XML文档树节点数据结构。基于此新型的节点编码结构,就无序无索引节点集和有序有索引节点集两种情况下的XML结构连接算法展开研究,提出了一系列的结... 提出了EXN-Tree的概念,将XML文档树的节点映射到EXN-Tree,依据EXN-Tree的节点编码生成XML文档树节点数据结构。基于此新型的节点编码结构,就无序无索引节点集和有序有索引节点集两种情况下的XML结构连接算法展开研究,提出了一系列的结构连接算法,解决了无序无索引节点集和有序有索引节点集两种情况下的XML结构连接。分析表明该算法的I/O复杂性优于已有算法,具有良好的性能。 展开更多
关键词 XML EXN—tree编码 结构连接
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优化的XML查询匹配:基于B^+-Tree索引的包含段的结构化联接算法 被引量:2
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作者 樊小华 庞引明 +3 位作者 张谧 汪卫 陈金海 施伯乐 《计算机科学》 CSCD 北大核心 2004年第6期72-75,共4页
高效的结构化联接方法是XML查询的关键。本文提出一种新颖的结构化联接方法,使用了包含段结构化XML文档树,并且使用了B^+-Tree索引技术支持该新方法,从而在基于栈的结构化联接过程中得以忽略若干时空耗费,提高处理效率。
关键词 XML 结构化联接 包含段 B'-tree 查询
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空间数据库R-tree连接方法研究
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作者 回敬齐 李伯权 陈芳芳 《齐齐哈尔大学学报(自然科学版)》 2010年第4期27-30,共4页
空间连接是空间数据库中最重要最耗时的操作,国内外学者的研究多是基于索引结构空间连接的一次过滤方法,其中基于R-tree的空间连接算法被认为是一种高效的处理机制。本文提出了基于R-tree空间连接的二次过滤方法,缩小了过滤阶段的候选... 空间连接是空间数据库中最重要最耗时的操作,国内外学者的研究多是基于索引结构空间连接的一次过滤方法,其中基于R-tree的空间连接算法被认为是一种高效的处理机制。本文提出了基于R-tree空间连接的二次过滤方法,缩小了过滤阶段的候选集大小,可有效提高查询效率。 展开更多
关键词 R-tree 空间存取方法 空间连接 二次过滤
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中药淡竹叶与鸭跖草的DNA条形码鉴定
13
作者 张丹纯 张靖 +6 位作者 关婉 曹丽芬 涂嘉俊 侯森榉 丘小惠 黄志海 宫璐 《分子植物育种》 北大核心 2025年第24期8330-8340,共11页
通过筛选4种候选DNA条形码(ITS2,psbA-trnH,matK,rbcL),找到适合鉴定淡竹叶与鸭跖草的DNA条形码。本研究收集淡竹叶和鸭跖草植物样本各4份、不同地区市售药材各28份,通过ITS2、psbA-trnH、matK及rbcL条形码进行聚合酶链式反应(PCR)扩增... 通过筛选4种候选DNA条形码(ITS2,psbA-trnH,matK,rbcL),找到适合鉴定淡竹叶与鸭跖草的DNA条形码。本研究收集淡竹叶和鸭跖草植物样本各4份、不同地区市售药材各28份,通过ITS2、psbA-trnH、matK及rbcL条形码进行聚合酶链式反应(PCR)扩增并双向测序,所得序列采用CodonCode Aligner进行拼接;同时从GenBank下载30条淡竹叶和鸭跖草序列,利用MEGA 6.0软件分析种内遗传距离,并构建系统进化树。结果表明,参考文库淡竹叶与鸭跖草的种间最小遗传距离远远大于种内遗传距离,NJ系统聚类树能够明显分成两大支。市售药材淡竹叶、鸭跖草ITS2条形码测序成功率低,种内的变异程度较大。基于ITS2、psbA-trnH、mat K及rbcL条形码构建市售药材和参考文库的聚类树图,结果均可明显分成两大支,但鸭跖草市售药材中存在疑问。本研究结果表明psbA-trnH、rbcL条形码鉴别淡竹叶与鸭跖草更为稳定,鸭跖草市售药材中可能混有伪品饭包草。 展开更多
关键词 淡竹叶(Lophatherum gracile) 鸭跖草(Commelina communis) 聚合酶链式反应 DNA条形码 NJ系统发育聚类树
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支持关键词搜索的空间连接查询研究 被引量:1
14
作者 陈德华 刘良旭 乐嘉锦 《计算机科学》 CSCD 北大核心 2009年第7期150-152,214,共4页
近年来,许多实际应用不仅需要支持空间连接查询而且需要具备关键词搜索功能,以帮助用户查找那些既满足空间连接条件又包含指定关键词的空间对象组合。正是在这种需求的驱动之下,定义了一种具备关键词搜索功能的空间连接查询(Spatial Joi... 近年来,许多实际应用不仅需要支持空间连接查询而且需要具备关键词搜索功能,以帮助用户查找那些既满足空间连接条件又包含指定关键词的空间对象组合。正是在这种需求的驱动之下,定义了一种具备关键词搜索功能的空间连接查询(Spatial Join with Keyword Search,缩写SJKS),并提出了一种基于IR2-Tree的SJKS查询处理算法(IR2-TreeSJKS算法),旨在实现关键词搜索与空间连接查询的高效结合。实验表明,本算法可有效支持具有关键词搜索功能的空间连接查询处理。 展开更多
关键词 关键词搜索 空间连接 IR2-tree IR2-treesJKS算法
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一种基于NJ的高效构建系统进化树算法 被引量:5
15
作者 谭严芳 金人超 《计算机工程与应用》 CSCD 北大核心 2004年第21期84-85,97,共3页
在分析和证明了构建进化树的Neighbor-joining算法存在的不足后,提出了一种新的改进算法。算法主要有以下两点改进采用Kimura两参数模型,根据此模型来计算DNA序列距离,并且定义了新的校正距离。计算机模拟结果表明,改进算法的效率明显... 在分析和证明了构建进化树的Neighbor-joining算法存在的不足后,提出了一种新的改进算法。算法主要有以下两点改进采用Kimura两参数模型,根据此模型来计算DNA序列距离,并且定义了新的校正距离。计算机模拟结果表明,改进算法的效率明显地优于NJ算法。 展开更多
关键词 Neighbor-joining算法 系统进化树 Kimura两参数模型
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粉拟青霉种内nrDNA ITS分析 被引量:11
16
作者 黄勃 王成树 +2 位作者 王滨 樊美珍 李增智 《生物多样性》 CAS CSCD 2003年第6期480-485,共6页
通过对 2 0株粉拟青霉 (Paecilomycesfarinosus)ITS1- 5 .8S -ITS2 (rDNA)区域序列测定 ,确定了粉拟青霉ITS序列 ,而韩国学者测定的粉拟青霉ITS序列应为细脚拟青霉 (P .tenuipes)的序列。序列比较发现 ,韩国 2株未定名的拟青霉 (Paecilo... 通过对 2 0株粉拟青霉 (Paecilomycesfarinosus)ITS1- 5 .8S -ITS2 (rDNA)区域序列测定 ,确定了粉拟青霉ITS序列 ,而韩国学者测定的粉拟青霉ITS序列应为细脚拟青霉 (P .tenuipes)的序列。序列比较发现 ,韩国 2株未定名的拟青霉 (Paecilomycesspp .)菌株 (KACC4 0 2 19、KACC4 0 2 2 1)应为粉拟青霉。基于本研究构建的邻接树推断 ,粉拟青霉的有性型可能是一种虫草。粉拟青霉的起源应为单源的。不同的粉拟青霉菌株的ITS序列具有多态性 ,源于同一地区的菌株的ITS变异也较大。ITS序列的证据表明 。 展开更多
关键词 粉拟青霉 nrDNAITS分析 邻接树 内转录问区 多态性 真菌 生物防治
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入侵害虫西花蓟马及其他8种常见蓟马的分子鉴定 被引量:40
17
作者 游中华 路虹 +4 位作者 张宪省 冯纪年 石宝才 宫亚军 黄大卫 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第7期720-726,共7页
用PCR产物直接测序法对入侵害虫西花蓟马和其他8种蓟马的线粒体COⅠ基因433bp片段测序,获得62个个体的序列。分子数据分析显示:种内个体间平均遗传距离在0~0.005之间,2003年在北京发现的西花蓟马与欧洲等地区报导的西花蓟马不存在明显... 用PCR产物直接测序法对入侵害虫西花蓟马和其他8种蓟马的线粒体COⅠ基因433bp片段测序,获得62个个体的序列。分子数据分析显示:种内个体间平均遗传距离在0~0.005之间,2003年在北京发现的西花蓟马与欧洲等地区报导的西花蓟马不存在明显的遗传差异;9种蓟马种间平均遗传距离为0.213。构建的NJ树可以很好的显示蓟马的聚类,物种各单元型最初分支自展值均达到100%。结果表明,基于PCR及直接测序技术的分子鉴定可以达到准确鉴定蓟马物种之目的。 展开更多
关键词 缨翅目 蓟马 分子鉴定 线粒体DNA COⅠ基因 遗传距离 NJ树
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MapReduce框架下基于R-树的k-近邻连接算法 被引量:60
18
作者 刘义 景宁 +1 位作者 陈荦 熊伟 《软件学报》 EI CSCD 北大核心 2013年第8期1836-1851,共16页
针对大规模空间数据的高性能k-近邻连接查询处理,研究了MapReduce框架下基于R-树索引的k-近邻连接查询处理.首先利用无依赖并行和串行同步计算的形式化定义抽象了MapReduce并行编程模型,基于此并行计算模型抽象,分别提出了R-树索引快速... 针对大规模空间数据的高性能k-近邻连接查询处理,研究了MapReduce框架下基于R-树索引的k-近邻连接查询处理.首先利用无依赖并行和串行同步计算的形式化定义抽象了MapReduce并行编程模型,基于此并行计算模型抽象,分别提出了R-树索引快速构建算法和基于R-树的并行k-近邻连接算法.在索引构建过程中,提出一种采样算法以快速确立空间划分函数,使得索引构建符合无依赖并行和串行同步计算抽象,在MapReduce框架下非常容易进行表达.在k-近邻连接查询过程中,基于构建的分布式R-树索引,引入k-近邻扩展框限定查询范围并进行数据划分,然后利用R-树索引进行k-近邻连接查询,提高了查询效率.从理论上分析了所提出算法的通信和计算代价.实验与分析结果表明,该算法在真实数据集的查询上具有良好的效率和可扩展性能,可以很好地支持大规模空间数据的k-近邻连接查询处理,具有良好的实用价值. 展开更多
关键词 云计算 MAPREDUCE k-近邻连接 空间查询 R-树
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贵州仡佬族和苗族人群24个常染色体STR基因座的遗传多态性及遗传关系分析 被引量:6
19
作者 刘亚举 李瑾 +2 位作者 岳俊涛 李学博 石美森 《解放军医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第8期682-689,共8页
目的调查贵州仡佬族和苗族人群24个常染色体短串联重复序列(STR)基因座的遗传多态性,探讨其群体遗传关系。方法应用SureID■PanGlobal试剂盒对贵州399名仡佬族和333名苗族无关个体进行DNA扩增,采用3500XL遗传分析仪进行电泳分析,GeneMap... 目的调查贵州仡佬族和苗族人群24个常染色体短串联重复序列(STR)基因座的遗传多态性,探讨其群体遗传关系。方法应用SureID■PanGlobal试剂盒对贵州399名仡佬族和333名苗族无关个体进行DNA扩增,采用3500XL遗传分析仪进行电泳分析,GeneMapperID-Xv1.5软件分析等位基因片段大小。统计分析24个STR基因座的频率数据和法医遗传学参数,并与其他地区已有人群数据进行比较。结果贵州仡佬族和苗族各基因座个体识别率(DP)值分别为0.7833~0.9909和0.8010~0.9909,多态信息含量(PIC)值分别为0.5608~0.9385和0.5677~0.9414。累积个体识别率(TDP)分别为1-7.6036×10^-30和1-6.8630×10^-30,累积非父排除率(CPE)分别为1-1.9608×10^-11和1-1.9738×10^-11。Nei'sDA遗传距离矩阵分析发现,贵州仡佬族与湖北汉族遗传距离最小(0.0205),与云南苗族的遗传距离最大(0.0449);贵州苗族与湖南汉族的遗传距离最小(0.0033),与云南苗族的遗传距离最大(0.0363)。结论24个STR基因座在贵州仡佬族和苗族人群中具有丰富的遗传多态性。研究不同民族群体的遗传多样性对了解其起源、迁移以及相互关系有重要意义。 展开更多
关键词 常染色体短串联重复序列 遗传多态性 Neighbor-joining系统发育树 遗传关系
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基于遗传算法的关系数据库查询优化策略 被引量:8
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作者 任美睿 李建中 李金宝 《黑龙江大学自然科学学报》 CAS 2004年第3期64-67,共4页
介绍基本遗传算法的基本思想和工作流程,针对数据库管理系统中最难处理和优化的连接操作,讨论在左深连接树的计划集合和浓密连接树的计划集合上的基于遗传算法的查询优化策略。同时通过具体的查询实例说明其左深度连接树和浓密连接树的... 介绍基本遗传算法的基本思想和工作流程,针对数据库管理系统中最难处理和优化的连接操作,讨论在左深连接树的计划集合和浓密连接树的计划集合上的基于遗传算法的查询优化策略。同时通过具体的查询实例说明其左深度连接树和浓密连接树的染色体编码方法,并基于该编码方式进一步确定了基本遗传算法中其它的七个变元。 展开更多
关键词 遗传算法 左深连接树 浓密连接树 查询计划树
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