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整合脂质代谢重编程与转录调控网络解析健脾活骨方治疗激素性股骨头坏死的功效科学内涵 被引量:3
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作者 李涛 张楚 +3 位作者 贾雁 陈卫衡 林娜 张彦琼 《中国中药杂志》 北大核心 2026年第2期332-340,共9页
综合运用临床转录组学、脂质代谢组学与生物分子网络挖掘技术,系统解析健脾活骨方治疗激素性股骨头坏死(SONFH)痰瘀阻络证的功效科学内涵。研究发现,健脾化痰组(党参、白术、茯苓、陈皮)通过115种化学成分靶向ALDH7A1、ACOX1等效应靶标... 综合运用临床转录组学、脂质代谢组学与生物分子网络挖掘技术,系统解析健脾活骨方治疗激素性股骨头坏死(SONFH)痰瘀阻络证的功效科学内涵。研究发现,健脾化痰组(党参、白术、茯苓、陈皮)通过115种化学成分靶向ALDH7A1、ACOX1等效应靶标基因,调控AMPK、鞘脂信号通路,显著降低甘油二酯(DAG)、胆固醇酯水平,有效纠正脂代谢紊乱;活血通络组(当归、川芎、赤芍、牛膝、桂枝)凭借197种化学成分干预趋化因子、NOD样受体通路,抑制中性粒细胞诱捕网形成,下调炎性因子表达,促进血管功能修复;补肾强骨组(熟地黄、鹿角)则通过调控PI3K/Akt、Ras/MAPK信号通路,抑制破骨分化基因CTSK和MMP9,推动骨稳态重建。进一步对健脾活骨方治疗SONFH前后的临床血样进行转录组学和脂质代谢组学检测,经多组学整合分析,揭示该方3个功效组协同构建起“脂代谢-免疫-骨稳态”多维作用网络。临床转录组筛选出594个方药干预前后差异表达的效应靶标基因(367个下调、227个上调),临床脂质代谢组鉴定出179个与方药疗效相关的差异脂质代谢物(以甘油三酯和DAG为主),结合2657个病证基因构建“病-证-症-方”关联网络。通过拓扑特征值计算与功能挖掘显示,健脾活骨方干预SONFH的核心网络靶标主要通过调节破骨细胞分化、细胞凋亡、Ras、MAPK、PI3K/Akt和p53等信号通路,实现抑制破骨细胞活性、促进成骨细胞增殖、平衡骨吸收与骨形成过程、改善骨髓微环境的作用。该研究系统揭示了健脾活骨方通过“脂质代谢重编程-转录调控网络”协同作用,从脂代谢、炎症、骨重塑3个关键维度干预SONFH病理进程的功效科学内涵,充分体现了中医药复方多成分、多靶点、多通路协同调节的整体优势,为阐释中医药防治SONFH的作用机制提供了创新视角与数据支撑。 展开更多
关键词 激素性股骨头坏死 痰瘀阻络证 健脾活骨方 脂质代谢重编程 转录组学
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Design,synthesis,and biological evaluation of 2-(benzylsulfonyl)-5-(2-methoxypyridin-4-yl)-1,3,4-oxadiazole derivatives as novel herbicides
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作者 Sheng Yan Chujian Ma +5 位作者 Lamei Wu Changsheng Ma Yingying Wang Dingfeng Luo Zuren Li Zhijun Dai 《Advanced Agrochem》 2026年第1期25-32,共8页
To develop herbicides with a novel mechanism of action,a series of 1,3,4-oxadiazolpyridine derivatives were designed and synthesized based on active substructure splicing and structure optimization.These derivatives(5... To develop herbicides with a novel mechanism of action,a series of 1,3,4-oxadiazolpyridine derivatives were designed and synthesized based on active substructure splicing and structure optimization.These derivatives(5aa-5bd)were characterized by their melting points,^(1)H and^(13)C nuclear magnetic resonance spectroscopy,and high-resolution mass spectrometry.The configuration of 5 al was determined using single-crystal X-ray diffraction.Additionally,5 al exhibited excellent herbicidal activity at a dosage of 75 g/hm^(2),showing an EC 50 of 4.03 g/hm^(2)against both E.crus-galli and quinclorac-resistant E.crus-galli.At a dosage of 375 g/hm 2,5 al was safe for application on rice and sorghum and showed low toxicity(>200μg/g)towards Apis mellifera.After treatment with 5 al,the lamellae of the chloroplast grana of barnyard grass leaves were stacked disorderly and arranged loosely,and some thylakoids were broken,as observed by transmission electron microscopy.Transcriptomics analysis of E.crus-galli revealed that 5 al affects the defense response,membranes,plasma membranes,and chloroplasts of differentially expressed genes,which alter membrane permeability and energy metabolism,potentially leading to plant death.Thus,we successfully developed a novel molecular scaffold with a new mechanism of action that exhibits herbicidal activity against resistant E.crus-galli.Therefore,further development of lead herbicides based on this scaffold is required. 展开更多
关键词 Active substructure splicing Herbicidal activity Resistant barnyardgrass transcriptomics.structure optimization
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文心兰‘金辉’和‘香水文心’花香形成比较分析
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作者 樊荣辉 罗远华 +4 位作者 陈艺荃 方能炎 陈燕 钟淮钦 叶秀仙 《生物技术通报》 北大核心 2026年第1期105-113,共9页
【目的】从南茜组培苗中选育出新株系‘金辉’,株型高大,花枝挺立,但无香气。通过解析无香‘金辉’和浓香‘香水文心’花香形成的分子机制,探索‘金辉’无香气制约因素,以期通过分子技术使‘金辉’释放香气。【方法】通过顶空-固相微萃... 【目的】从南茜组培苗中选育出新株系‘金辉’,株型高大,花枝挺立,但无香气。通过解析无香‘金辉’和浓香‘香水文心’花香形成的分子机制,探索‘金辉’无香气制约因素,以期通过分子技术使‘金辉’释放香气。【方法】通过顶空-固相微萃取气相色谱法(HS-SPME)/GC-MS测定文心兰2个品种香气成分及含量。以‘金辉’和‘香水文心’不同发育时期花为材料,通过转录组测序和荧光定量PCR验证,筛选花香形成关键基因。【结果】气相色谱-质谱分析表明,‘香水文心’盛花期花香挥发物总含量显著高于‘金辉’,是‘金辉’的6.1倍,‘香水文心’花香挥发物以单萜为主,‘金辉’花香挥发物以倍半萜为主。转录组测序结果表明,共获得55277个unigenes,大约81.64%的unigenes被公共数据库注释。单萜形成的上游途径,MEP途径中,多数基因,如CMK、HDR、HDS、GPPS等在‘香水文心’中表达高于‘金辉’,使生成单萜的前体物质GPP在‘香水文心’中积累。倍半萜形成的上游途径,MVA途径中,约一半基因在‘香水文心’中略高表达,一半基因在‘金辉’中略高表达。转录组数据中共筛选出3个显著差异表达的萜类合成酶基因(TPS)。其中,OhTPS1和OhTPS2属于TPS-b家族,主要由单萜合成酶(mono-TPSs)基因组成。OhTPS1和OhTPS2在‘香水文兰’中表达显著高于‘金辉’中,且在‘香水文心’中随着花的发育逐渐升高,表明这2个基因在‘香水文心’单萜生物合成中起关键作用。OhTPS3属于TPS-a家族,主要由倍半萜合成酶(sesqui-TPSs)基因组成。OhTPS3在‘金辉’中表达显著高于‘香水文心’中,且在‘金辉’中随着花的发育逐渐升高,表明这个基因在‘金辉’倍半萜生物合成中起关键作用。【结论】‘金辉’花香挥发物总量低的主要原因是MEP途径多数关键基因低表达,一定程度限制代谢流向单萜前体物质GPP积累,同时单萜合成酶基因的低表达,也一定程度阻碍单帖挥发物的生成。 展开更多
关键词 文心兰 花香 转录组 萜类化合物
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余甘子转录组与SSR信息分析及分子标记开发
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作者 王建超 张小艳 +2 位作者 谢丽雪 张立杰 李韬 《西北农林科技大学学报(自然科学版)》 北大核心 2026年第3期35-45,共11页
【目的】明确余甘子转录组SSR位点的分布特征,开发余甘子SSR分子标记技术,为余甘子的亲缘关系鉴定、遗传育种和创新利用提供理论依据。【方法】以6份表型差异较大的余甘子叶片为材料,通过高通量测序技术获得余甘子叶非参转录组数据,分... 【目的】明确余甘子转录组SSR位点的分布特征,开发余甘子SSR分子标记技术,为余甘子的亲缘关系鉴定、遗传育种和创新利用提供理论依据。【方法】以6份表型差异较大的余甘子叶片为材料,通过高通量测序技术获得余甘子叶非参转录组数据,分析其转录组和SSR位点分布特征,设计SSR引物并进行有效性和多态性筛选,最终开发余甘子SSR分子标记技术。【结果】余甘子叶转录组测序共获得65074条基因,平均长度为1064 bp,71.77%的基因成功获得功能注释;所有基因中共获得18245个SSR位点,发生频率为21.68%,含有192种重复基元,其中A/T重复基元数目最多;多态性SSR位点共2714个,占比为14.88%,表明SSR位点可用于遗传多样性分析的潜力较大。对18245个含有SSR位点的基因进行SSR引物设计,共设计出12488对SSR引物,成功率为73.88%,其中7602对引物的重复基元为单核苷酸,占比为60.87%。随机挑选154对引物进行SSR位点有效性和多态性分析,筛选出10对扩增条带清晰且多态性较好的SSR引物,这10对SSR引物重复基元分别为二核苷酸7个,三核苷酸1个和五核苷酸2个,扩增产物大小为127~270 bp,平均为220.5 bp。【结论】多态性SSR位点用于余甘子遗传多样性分析的潜力较大,筛选出10对扩增条带清晰且多态性较好的SSR引物。 展开更多
关键词 余甘子 转录组 SSR 引物筛选 分子标记
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基于转录组分析金鱼鳃抗多子小瓜虫免疫应答
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作者 郭睿 杨小强 +7 位作者 王伟 蔡雷鸣 马鸿媚 刘年锋 卢雪娇 吴林烨 黄思伟 潘国诚 《水产科学》 北大核心 2026年第1期86-101,共16页
为探明多子小瓜虫宿主抗感染免疫机制,通过比较转录组学分析了金鱼抗多子小瓜虫感染的免疫相关基因及通路,为该病防控提供理论依据。应用自然感染宿主的多子小瓜虫掠食体建立金鱼感染模型,采集感染后7 d的鳃组织进行Illumina高通量转录... 为探明多子小瓜虫宿主抗感染免疫机制,通过比较转录组学分析了金鱼抗多子小瓜虫感染的免疫相关基因及通路,为该病防控提供理论依据。应用自然感染宿主的多子小瓜虫掠食体建立金鱼感染模型,采集感染后7 d的鳃组织进行Illumina高通量转录组测序和数据分析,使用实时荧光定量PCR检测10个免疫相关基因评价测序质量。结果显示:转录组测序获得38.8 Gb测序数据,注释5178个新转录本,鉴定3467个差异表达基因(1528个上调、1939个下调);经COG注释和GO、KEGG分析,差异表达基因主要富集在信号转导机制、防御机制、生物调控、免疫系统过程、铁死亡、细胞因子及受体互作、p53信号通路和吞噬体等过程或信号通路,大部分基因与抗虫应答相关,包括细胞因子、凋亡相关分子和铁死亡相关分子等,其中14个铁死亡相关差异表达基因均显著上调;随机筛选检测ccl8、inos、hif1a、il-8、trail等基因发现,表达趋势与转录组测序结果一致,表明测序数据准确可靠。本试验进一步丰富了金鱼基因组新转录本注释信息和抗多子小瓜虫应答相关分子信息,增进了在转录组水平对金鱼等鲫属鱼类免疫和防御机制的理解,可为鱼类白点病的免疫防控应用研究提供参考。 展开更多
关键词 多子小瓜虫 转录组分析 免疫 铁死亡 基因组注释
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溴乙烷与赤霉素协同处理破除马铃薯块茎休眠的机理初探
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作者 张宇 刘芳 +4 位作者 蔡诚诚 杨小华 吉阿么石扎 杨元军 王西瑶 《作物学报》 北大核心 2026年第3期825-838,共14页
马铃薯是重要的粮食作物,块茎休眠的及时破除有助于提高出苗整齐度和产量。前期研究表明,溴乙烷(BE)可有效打破休眠,但处理后芽体生长缓慢,限制了其应用效果。因此,为提高催芽效率,本研究探索BE与赤霉素(GA_(3))协同处理对马铃薯块茎休... 马铃薯是重要的粮食作物,块茎休眠的及时破除有助于提高出苗整齐度和产量。前期研究表明,溴乙烷(BE)可有效打破休眠,但处理后芽体生长缓慢,限制了其应用效果。因此,为提高催芽效率,本研究探索BE与赤霉素(GA_(3))协同处理对马铃薯块茎休眠破除及后续芽生长的影响。并选取处理后第7天的BE处理组、BE+GA_(3)处理组和清水处理组(CK) 3组样品,进行转录水平差异分析。结果显示, BE+GA_(3)联合处理在缩短休眠期、提高块茎发芽率的同时显著增强芽生长变化。BE处理组与CK组相比,差异基因主要富集于植物激素信号转导、MAPK信号通路及植物-病原体互作等胁迫应答相关代谢路径,而BE+GA_(3)处理组与CK组差异基因则显著富集于碳水化合物代谢、DNA复制、代谢通路及次生代谢物生物合成通路等代谢相关通路。此外,与CK组相比, BE+GA_(3)处理组的IAA通路(AUX/IAA、GH3)及GA通路(GIB1、TF)关键基因显著上调,而ABA通路(ABI1/2、PP2C)关键基因明显下调,表明该组合调控了与休眠发芽密切相关的激素信号通路。最后,本研究利用高效液相色谱检测方法对不同处理的激素含量进行测定发现, BE+GA_(3)处理显著提高了GA_(3)和IAA含量,降低了ABA含量,使ABA/GA值处于较低水平。综上, BE与GA_(3)协同通过调控激素信号传导与代谢通路,提高块茎体内IAA和GA_(3)含量,降低ABA含量,有效促进马铃薯块茎的休眠破除与芽生长,揭示了其互补机制,为马铃薯休眠调控提供了理论依据与实践指导。 展开更多
关键词 马铃薯 休眠破除 溴乙烷 赤霉素 转录组 激素信号转导
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基于miRNA-mRNA整合分析技术的玉米自交系新4095耐旱分子机制初探
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作者 卫晓轶 刘志成 +6 位作者 张战辉 史大坤 李方杰 洪德峰 孙佩 李知 魏锋 《河南农业科学》 北大核心 2026年第1期40-51,共12页
为探究玉米响应干旱胁迫的分子机制,以耐旱玉米自交系新4095为试验材料,设置正常浇水组(对照)和干旱处理组,待观察到干旱诱导叶片黄化和轻度卷曲时,测定光合指标,同时利用高通量测序技术进行microRNA(miRNA)和mRNA测序,筛选差异表达miRN... 为探究玉米响应干旱胁迫的分子机制,以耐旱玉米自交系新4095为试验材料,设置正常浇水组(对照)和干旱处理组,待观察到干旱诱导叶片黄化和轻度卷曲时,测定光合指标,同时利用高通量测序技术进行microRNA(miRNA)和mRNA测序,筛选差异表达miRNA和mRNA,构建差异表达miRNA-靶标基因调控网络,并对差异表达mRNA和差异表达miRNA的靶标基因进行GO和KEGG富集分析。结果表明,干旱处理后,玉米自交系新4095的蒸腾速率、净光合速率和气孔导度均极显著降低,而水分利用效率显著提高。共鉴定出42个差异表达miRNA,其中,28个上调、14个下调;共获得2 299个差异表达mRNA,其中,1 294个上调、1 005个下调。干旱胁迫下差异表达mRNA显著富集于20个GO条目,主要包括热响应、光合作用、光系统I、叶绿体光系统II、叶绿体光系统I、类囊体、胞质大亚基核糖体、核糖体结构成分、未折叠蛋白质结合、核糖体组装与翻译、蛋白质重折叠等条目;显著富集于20个KEGG通路,主要包括光合作用、核糖体、内质网蛋白质加工等通路。构建了差异表达miRNA-靶标基因调控网络,该调控网络中共包含31个差异表达miRNA(20个上调、11个下调)。差异表达miRNA的靶标基因显著富集于氧化胁迫响应、过氧化氢分解过程等氧化应激响应相关条目,蛋白质丝氨酸/苏氨酸激酶活性等蛋白质磷酸化相关条目,叶绿体被膜等叶绿体功能相关条目;显著富集于植物激素信号转导、植物MAPK信号通路、次生代谢物生物合成、苯丙烷类生物合成、谷胱甘肽代谢、淀粉和蔗糖代谢、α-亚麻酸代谢、亚油酸代谢、抗坏血酸和醛酸盐代谢等KEGG通路。 展开更多
关键词 玉米 干旱胁迫 耐旱性 microRNA MRNA 转录组
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基于转录组技术挖掘高效解离难溶磷素候选基因
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作者 刘秀林 赵克臻 +8 位作者 王雪扬 宫天明 韩德志 苗丽丽 张丰屹 袁荣强 何雯瑾 王家军 张必弦 《分子植物育种》 北大核心 2026年第1期102-111,共10页
磷在土壤中多以难溶磷素形态存在,土壤有效磷素缺乏已成为制约大豆生产的关键环境因子之一。作物根系分泌物在活化难溶磷素中起重要作用,对改善土壤供磷水平、减低生产成本具有重要意义。本研究以大豆品种黑农48'为试验材料,利用转... 磷在土壤中多以难溶磷素形态存在,土壤有效磷素缺乏已成为制约大豆生产的关键环境因子之一。作物根系分泌物在活化难溶磷素中起重要作用,对改善土壤供磷水平、减低生产成本具有重要意义。本研究以大豆品种黑农48'为试验材料,利用转录组测序技术检测差异表达基因(different express genes,DEGs),共检测到2755个DEGs,其中,2506个上调表达,249个下调表达。通过差异表达基因KEGG途径分析,在3个代谢途径中共筛选出10个高效解离难溶磷素候选基因。利用RT-qPCR对候选基因进行表达验证,其中8个上调表达基因与测序结果一致,研究结果为后续开展大豆高效解离难溶磷素的分子机制研究提供重要的技术支撑。 展开更多
关键词 大豆 难溶磷素 转录组测序 差异表达基因
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长白仔猪肌肉组织对急性冷刺激的应答反应
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作者 王文涛 汪亮 +3 位作者 杨硕 张童 汪洋洋 张冬杰 《中国畜牧兽医》 北大核心 2026年第3期1250-1260,共11页
【目的】探讨急性冷刺激对长白仔猪生长性能的影响,并解析其肌肉组织能量代谢的调控机制。【方法】选择12头体重相近(13.04 kg±1.63 kg)的雄性长白仔猪,随机分为2组,每组6头。称重后置于动物开放式呼吸测热装置,对照组环境温度设定... 【目的】探讨急性冷刺激对长白仔猪生长性能的影响,并解析其肌肉组织能量代谢的调控机制。【方法】选择12头体重相近(13.04 kg±1.63 kg)的雄性长白仔猪,随机分为2组,每组6头。称重后置于动物开放式呼吸测热装置,对照组环境温度设定为(25±0.3)℃,冷刺激组环境温度设定为(10±0.4)℃,处理60 h后采血、屠宰并测定生长性能,采集的血液用于血清生化指标测定,并取背部肌肉组织样品进行苏木精-伊红(HE)染色和转录组测序,筛选差异表达基因,并对其进行COG注释分类、GO功能和KEGG通路富集分析。随机选取10个差异基因通过实时荧光定量PCR进行验证。【结果】①与对照组相比,冷刺激组长白仔猪出现食欲减退、呆立现象,料重比增高,但差异不显著(P>0.05),平均增重显著降低(P<0.05),血清胰岛素水平极显著降低(P<0.01),肌酸激酶活性显著升高(P<0.05)。②与对照组相比,冷刺激组长白仔猪肌肉组织出现肌纤维排列紊乱,肌束间距增宽等病理损伤。③转录组测序结果显示,与对照组相比,冷刺激组共筛选到705个差异表达基因,其中339个基因显著下调,366个基因显著上调(P<0.05)。④COG注释表明差异基因主要富集于脂质运输和代谢、信号传导等功能;GO分析提示脂代谢和糖代谢过程增强;KEGG通路富集显示维持能量稳态和感知小分子代谢物的AMPK信号通路以及谷胱甘肽代谢通路被显著激活,而免疫防御功能相关通路受到抑制。⑤实时荧光定量PCR验证结果显示,与对照组相比,冷刺激组长白仔猪肌肉中COL3A1、IRS1、ME1、METTL24和NPY1R基因表达显著下调(P<0.05),而DNAH3、SIK1、SLC6A6、SPATA20和TXNRD2基因表达显著上调(P<0.05)。【结论】急性冷刺激可抑制长白仔猪的生长,激活肌肉组织的糖脂代谢通路,并损害免疫防御功能。本研究初步揭示了急性冷刺激下猪肌肉组织的转录调控特征,为抗寒调控机制的深入解析提供理论依据。 展开更多
关键词 长白仔猪 急性冷刺激 肌肉 转录组测序 应答反应
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基于转录组测序鉴定和分析不同茎色黄芩的可变剪接事件
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作者 高妍夏 王彬彬 +4 位作者 谢岩 卢阳 孙志超 赵春颖 王晖 《山东农业科学》 北大核心 2026年第2期13-25,共13页
可变剪接(AS)是一种常见的转录后调控机制,改变基因表达且增加蛋白多样性。大田栽培黄芩的茎部常呈现绿、紫两种颜色。植物呈色与花青素紧密相关,而AS调控花青素等黄酮类物质合成。本研究以黄芩绿茎、紫茎的表皮和皮层组织为对象进行转... 可变剪接(AS)是一种常见的转录后调控机制,改变基因表达且增加蛋白多样性。大田栽培黄芩的茎部常呈现绿、紫两种颜色。植物呈色与花青素紧密相关,而AS调控花青素等黄酮类物质合成。本研究以黄芩绿茎、紫茎的表皮和皮层组织为对象进行转录组测序(RNA-seq),共组装获得30100条cDNA序列和3241条新转录本,鉴定到5种类型AS事件,即外显子跳跃(ES)、内含子保留(IR)、3′端可变剪接(A3′SS)、5′端可变剪接(A5′SS)、互斥外显子(MXE)。用JC(junction counting)、JCEC(junctions and exons combined counting)两种定量方法鉴定到的AS事件数量分别为129450、129504个,差异AS事件数量依次为3878、3939个,分别分布在2052、2097条差异AS基因序列。上调表达可变剪接体数量少于下调表达的数量。在不同类型的AS事件中,随着可变剪接体数量的增加,基因数量呈现下降趋势。GO注释分析表明差异AS基因主要富集在与物质代谢和叶绿体组分等相关的通路。KEGG注释分析发现差异AS基因主要富集在糖类、氨基酸代谢通路等。鉴定到花青素合成相关差异AS基因共62个,包括MYB、bHLH、WD40三类转录因子基因、花青素合成基因等。本研究结果可为探讨AS在黄芩不同茎色形成中的功能和作用机制提供有意义的参考。 展开更多
关键词 黄芩 茎色 转录组测序 可变剪接
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基于GWAS与转录组分析筛选黄鳍棘鲷生长相关SNP及候选基因
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作者 刘波 白璐鑫 +2 位作者 卢友军 吴兵 刘贤德 《海洋与湖沼》 北大核心 2026年第1期199-211,共13页
黄鳍棘鲷是我国东南沿海重要的海水养殖鱼类之一。为探究黄鳍棘鲷生长差异的遗传基础,对344尾黄鳍棘鲷进行全基因组关联分析(GWAS),共鉴定出113个与生长显著相关的SNP位点,对这些位点上下游50 kb范围的基因进行功能注释,共筛选出33个与... 黄鳍棘鲷是我国东南沿海重要的海水养殖鱼类之一。为探究黄鳍棘鲷生长差异的遗传基础,对344尾黄鳍棘鲷进行全基因组关联分析(GWAS),共鉴定出113个与生长显著相关的SNP位点,对这些位点上下游50 kb范围的基因进行功能注释,共筛选出33个与黄鳍棘鲷生长性状相关基因。为进一步探究生长差异的分子机制,从344尾黄鳍棘鲷中挑选体质量最大的9尾作为生长快速个体,体质量最小的9尾作为生长缓慢个体,对18尾生长差异极端个体进行转录组分析,以|log2Fold Change|≥2为筛选标准,共得到差异表达基因461个,功能分析鉴定到9个信号通路和32个基因与生长相关。通过比较全基因组关联分析和转录组分析结果,筛选到4个与生长均显著相关的基因,分别为asb15a、LOC119025107、socs3a和mylz3。研究结果为解析黄鳍棘鲷生长差异的遗传基础提供了重要数据,并为后续黄鳍棘鲷速生品系的培育提供参考。 展开更多
关键词 黄鳍棘鲷(Acanthopagrus latus) 生长性状 GWAS 转录组 候选基因
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基于代谢组学和转录组学的金针菇亲本和杂交本F_(1)差异分析
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作者 张雪松 范晓宇 +4 位作者 刘万仙 阮思煜 凡军民 王嫣红 许佳怡 《河南农业科学》 北大核心 2026年第2期106-116,共11页
为了探究金针菇亲本与杂交本代谢特性与基因表达调控,以金针菇品种FY5及其与野生型杂交的杂种一代F1为材料,进行转录组学和代谢组学分析。结果表明,共鉴定差异代谢物128种,差异较大的包括有机酸类、氨基酸类、酮类、不饱和脂肪酸和糖类... 为了探究金针菇亲本与杂交本代谢特性与基因表达调控,以金针菇品种FY5及其与野生型杂交的杂种一代F1为材料,进行转录组学和代谢组学分析。结果表明,共鉴定差异代谢物128种,差异较大的包括有机酸类、氨基酸类、酮类、不饱和脂肪酸和糖类。有87种在杂交本中显著上调,41种显著下调。共检测到显著差异基因3329个,上调差异基因2389个,下调差异基因940个。联合分析表明,显著差异表达基因和差异代谢物主要存在于谷胱甘肽代谢、精氨酸合成等8条代谢途径。 展开更多
关键词 金针菇 代谢组学 转录组学 杂种优势 差异分析
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低O_(2)高CO_(2)贮藏环境延缓马铃薯块茎衰老的作用机制
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作者 田甲春 葛霞 +5 位作者 李守强 李梅 田世龙 张亚倩 程建新 李玉梅 《作物学报》 北大核心 2026年第1期262-278,共17页
为探讨低O_(2)高CO_(2)贮藏环境延缓马铃薯块茎的衰老机制,本研究以马铃薯陇薯17号为研究对象,通过测定营养品质、外观指标及生理指标,并结合贮藏中期(60 d)和末期(150 d)的转录组学分析,从表型水平和转录水平研究了马铃薯对低O_(2)高CO... 为探讨低O_(2)高CO_(2)贮藏环境延缓马铃薯块茎的衰老机制,本研究以马铃薯陇薯17号为研究对象,通过测定营养品质、外观指标及生理指标,并结合贮藏中期(60 d)和末期(150 d)的转录组学分析,从表型水平和转录水平研究了马铃薯对低O_(2)高CO_(2)贮藏环境的响应,揭示了马铃薯贮藏的分子调控机制。低O_(2)高CO_(2)贮藏环境延缓了马铃薯在低温贮藏期间淀粉含量的下降及还原糖含量的上升,抑制了薯块发芽和失水,保持了良好的薯皮色泽,抑制了PAL活性、POD活性的上升,并且对3种内源激素有积极的调控作用。与对照相比,贮藏中期共发现741个差异基因,其中上调基因378个,下调基因363个。贮藏至末期时,差异基因总数上升为1658个,其中上调基因为1211个,下调基因为447个。通过生物信息学分析发现,低O_(2)高CO_(2)贮藏环境显著调控与苯丙烷生物合成代谢、淀粉和蔗糖代谢、植物激素信号转导及MPAK信号转导相关的代谢途径。综上所述,本研究为马铃薯的气调贮藏提供了理论基础,为进一步研究分子机制提供了理论依据。 展开更多
关键词 马铃薯 低O_(2)高CO_(2) 延缓衰老 转录组学 代谢途径
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油酸调控粗毛纤孔菌基因表达及萜类合成机制解析
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作者 杨琴 景傲 +4 位作者 孙孝帆 孙常雁 李德海 周麟 徐佳梦 《食品工业科技》 北大核心 2026年第6期122-130,共9页
萜类作为粗毛纤孔菌的关键次生代谢产物,具有重要的药用价值。然而其自然合成效率较低,外源诱导剂的应用可显著提升其萜类合成能力。为探究外源油酸对粗毛纤孔菌萜类代谢的调控作用及其分子机制,本研究通过添加3%油酸处理粗毛纤孔菌,系... 萜类作为粗毛纤孔菌的关键次生代谢产物,具有重要的药用价值。然而其自然合成效率较低,外源诱导剂的应用可显著提升其萜类合成能力。为探究外源油酸对粗毛纤孔菌萜类代谢的调控作用及其分子机制,本研究通过添加3%油酸处理粗毛纤孔菌,系统分析了油酸对菌丝生长、三萜物质积累及基因表达的影响。代谢组中共鉴定出23个差异萜类代谢物,包括7个三萜、5个二萜、8个倍半萜、2个单萜及1个未定义萜类物质。转录组分析显示,35个萜类合成相关基因表达显著差异,包括1个角鲨烯加氧酶基因、9个萜烯合酶(TPS)基因及25个细胞色素P450(CYP450)基因。q-PCR验证表明,油酸显著促进了TPS-6618基因的表达,而对CYP450-7867基因的表达则呈现抑制作用。本研究从代谢产物与基因表达水平揭示了油酸对粗毛纤孔菌萜类合成的调控机制,为真菌萜类合成分子机制的解析及高产菌株的选育提供了理论依据。 展开更多
关键词 粗毛纤孔菌 油酸 萜类合成 转录组 代谢组
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瘢痕疙瘩发病与成纤维细胞异质性基因相关:基于GEO数据库单细胞转录组分析
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作者 郭涛 刘昱昕 +1 位作者 闫美荣 王晓妮 《中国组织工程研究》 北大核心 2026年第24期6390-6399,共10页
背景:瘢痕疙瘩是一种由成纤维细胞异常活化和免疫调控失衡共同驱动的慢性皮肤纤维化疾病,其分子机制仍未完全阐明。随着单细胞转录组技术的发展,利用公开数据库进行系统生物信息学分析,有助于识别新的诊断标志物与治疗靶点。目的:探讨... 背景:瘢痕疙瘩是一种由成纤维细胞异常活化和免疫调控失衡共同驱动的慢性皮肤纤维化疾病,其分子机制仍未完全阐明。随着单细胞转录组技术的发展,利用公开数据库进行系统生物信息学分析,有助于识别新的诊断标志物与治疗靶点。目的:探讨瘢痕疙瘩发病机制中与成纤维细胞异质性及免疫调控相关的关键标志物。方法:从GEO公共数据库获取瘢痕疙瘩成纤维细胞的单细胞转录组数据集GSE181297、GSE14572进行系统生物信息学分析。首先对细胞亚群进行注释,并分析各细胞类型的频率变化,结合拟时序分析推测不同细胞的分化轨迹。基于转录组数据,构建加权基因共表达网络并筛选差异表达基因,进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)功能富集分析,明确其参与的关键生物过程和信号通路。利用蛋白质互作网络识别候选核心基因,进一步联合3种机器学习算法筛选潜在关键标志物,并通过受试者工作特征曲线评估其诊断效能。同时,评估核心基因在免疫细胞中的表达模式及相关性。结果与结论:①单细胞转录组分析揭示瘢痕疙瘩组织中内皮细胞、成纤维细胞、平滑肌细胞、T细胞、肥大细胞、巨噬细胞及淋巴管内皮细胞的比例显著升高,其中成纤维细胞为主要细胞类型;②拟时序分析显示成纤维细胞主要分布于状态1、状态2及状态3,处于分化起始阶段,具有较高的发育潜力;③通过差异分析共获得80个与成纤维细胞相关的差异表达基因,主要富集于区域化、骨骼系统形态发生及胚胎骨骼发育等通路;④整合蛋白质互作网络与多种机器学习模型,最终筛选出HOXC4作为关键标志物;受试者工作特征曲线分析表明HOXC4具有良好的诊断性能,且在瘢痕疙瘩患者组织中高表达;⑤相关性分析显示HOXC4与静息自然杀伤细胞呈显著正相关,而与活化树突状细胞和活化自然杀伤细胞呈显著负相关。此研究系统性地揭示了瘢痕疙瘩成纤维细胞的异质性特征及其与免疫微环境的关联,HOXC4被确定为与成纤维细胞功能状态及免疫调控相关的关键标志物,为瘢痕疙瘩的早期诊断和靶向治疗提供了潜在的新靶点。 展开更多
关键词 瘢痕疙瘩 单细胞转录组 成纤维细胞 HOXC4 诊断标志物 免疫调控
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北柴胡NAC转录因子家族的分子特征与表达分析
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作者 高妍夏 王彬彬 +4 位作者 谢岩 王敬 张改霞 赵春颖 王晖 《西北农业学报》 北大核心 2026年第1期117-129,共13页
为明确北柴胡BcNAC基因家族的序列特征和组织表达特征,本试验挖掘北柴胡全长转录组测序数据中的BcNAC转录因子基因,并进行生物信息学分析和高温自然生长环境下的表达分析。结果表明:共鉴定到22个BcNAC基因,且在拟南芥ANAC家族基因中均... 为明确北柴胡BcNAC基因家族的序列特征和组织表达特征,本试验挖掘北柴胡全长转录组测序数据中的BcNAC转录因子基因,并进行生物信息学分析和高温自然生长环境下的表达分析。结果表明:共鉴定到22个BcNAC基因,且在拟南芥ANAC家族基因中均存在同源基因,BcNAC蛋白以酸性、定位于细胞核、不稳定蛋白为主,存在苏氨酸等磷酸化位点,全部为亲水性蛋白。BcNAC家族基因存在27个高频密码子、12个最优密码子。同一亚族内的成员由相似的基因结构和基序构成。22个BcNAC基因均非组成型表达,绝大多数BcNAC基因在叶、花、果实中基因相对表达量最高。15个基因在所有组织中均有表达,未发现只在单一组织表达的基因。在根、茎、叶、果实中没有表达的基因数目分别为3、3、3、1。所有基因在花中均有表达。 展开更多
关键词 北柴胡 NAC转录因子 全长转录组 基因表达分析
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颈椎病颈椎终板软骨的转录组学特征及针刀干预对FGF18/Akt轴关键分子表达的影响
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作者 刘福水 KHALIUNAA Tumurbaatar +7 位作者 曹奇光 杨煜乾 任长安 朱金超 赵小兰 曹锂 邓彪 王小乐 《南方医科大学学报》 北大核心 2026年第1期55-65,共11页
目的分析颈椎病(CS)终板软骨的转录组学特征及针刀对FGF18/Akt轴关键分子表达的影响。方法基于GEO数据库结合生物信息学方法分析CS终板软骨的差异基因、关键信号通路等转录组学特征,并开展针刀干预CS兔模型的动物实验进行验证。24只SPF... 目的分析颈椎病(CS)终板软骨的转录组学特征及针刀对FGF18/Akt轴关键分子表达的影响。方法基于GEO数据库结合生物信息学方法分析CS终板软骨的差异基因、关键信号通路等转录组学特征,并开展针刀干预CS兔模型的动物实验进行验证。24只SPF级新西兰兔随机分为正常组、CS组、针刀组,8只/组。除正常组兔外,余兔采用低头位法构建CS模型,采用X线验证CS模型是否成功构建。造模成功1周后,正常组和CS组兔正常饲养,针刀组兔进行针刀干预,1次/周,共干预3周。HE染色观察颈椎间盘病理结构改变,Tunel法检测细胞凋亡,实时荧光定量PCR检测椎间盘FGF18、FGFR3、Akt的mRNA表达,免疫组化法检测椎间盘髓核、终板软骨和纤维环的FGF18、p-Akt、Akt蛋白定位和表达情况。结果与正常终板软骨相比,CS终板软骨存在大量差异表达基因,并显著富集于PI3K-Akt、钙离子、Rap1等信号通路;X线结果表明造模前后颈椎生理曲度、关节退行性改变等符合CS临床表现;HE染色结果发现CS颈椎间盘纹理杂乱,椎间盘纤维环变薄,髓核变小消失,针刀可缓解CS以上病理改变;qPCR结果发现与正常组兔相比,CS颈椎间盘FGF18、FGFR3、Akt表达差异无统计学意义(P>0.05),与CS组相比,针刀组FGF18、FGFR3、Akt表达差异亦无统计学意义(P>0.05);免疫组化结果表明,针刀可显著提高CS颈椎终板软骨FGF18及p-Akt的蛋白表达(P<0.05),降低CS颈椎终板软骨周围Akt与p-Akt的比值(P<0.05);Tunel显示CS组终板软骨凋亡细胞增多(P<0.05),针刀可减轻细胞凋亡(P<0.05)。结论CS颈椎终板软骨存在大量差异表达基因,针刀可能通过有效激活FGF18/Akt轴,减轻终板软骨细胞凋亡,从而延缓椎间盘退行性改变治疗CS。 展开更多
关键词 颈椎病 针刀 转录组特征 终板软骨 FGF18/Akt轴
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粘质沙雷氏菌BRC-CXG2对松材线虫繁殖的影响
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作者 谢婉凤 邱文婧 +2 位作者 许绍斌 郑楠 张飞萍 《福建农林大学学报(自然科学版)》 北大核心 2026年第1期45-56,共12页
【目的】研究粘质沙雷氏菌BRC-CXG2对松材线虫繁殖的影响,为利用该菌防控松材线虫病提供依据。【方法】采用经绿色荧光蛋白(GFP)标记的粘质沙雷氏菌BRC-CXG2培养松材线虫,分别计算10^(7)、10^(8)、10^(9) CFU·mL^(-1)菌液培养下松... 【目的】研究粘质沙雷氏菌BRC-CXG2对松材线虫繁殖的影响,为利用该菌防控松材线虫病提供依据。【方法】采用经绿色荧光蛋白(GFP)标记的粘质沙雷氏菌BRC-CXG2培养松材线虫,分别计算10^(7)、10^(8)、10^(9) CFU·mL^(-1)菌液培养下松材线虫成虫的死亡率,并研究雌、雄成虫分别携菌对其繁殖及子代性别比例的影响;然后比较携菌和未携菌的松材线虫成虫转录组表达差异;最后通过盆栽接种验证BRC-CXG2菌株的生防效果。【结果】利用10^(7)、10^(8)、10^(9) CFU·mL^(-1)菌液培养松材线虫8 h后死亡率分别为9.33%、20.33%、32.00%,培养24 h后达到89.67%、99.33%、100%。其中,10^(7) CFU·mL^(-1)菌液培养8 h后存活的松材线虫形态未受影响,但其子代体内携菌,且BRC-CXG2菌株对松材线虫雄虫繁殖的影响显著大于对雌虫的影响。转录组学研究发现:与不携菌松材线虫成虫相比,携菌松材线虫成虫中与繁殖密切相关的主要精子蛋白基因下调表达;还有824个基因表达差异显著,并显著富集于蛋白酶体、溶酶体、过氧化物酶体、自噬体、脂肪酸降解等途径,参与这些途径的酰基辅酶A氧化酶、脂肪酶、醛脱氢酶等多个蛋白酶的编码基因下调表达。此外,外源接种BRC-CXG2菌株可明显减轻马尾松发病程度。【结论】粘质沙雷氏菌BRC-CXG2能够抑制松材线虫的繁殖,并经卵传递至子代;外源接种BRCCXG2能有效减少马尾松松材线虫病的发生。 展开更多
关键词 粘质沙雷氏菌 松材线虫 繁殖力 转录组 经卵传递 生物防治
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厚壳贻贝转录组SSR位点分析与开发应用
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作者 邵艳卿 方军 +2 位作者 刘一江 金涵誉 李腾腾 《浙江农业科学》 2026年第2期470-476,共7页
为进一步开发适合厚壳贻贝的EST-SSR分子标记,利用转录组序列信息获得了大量SSR位点,并分析了位点信息及群体遗传多样性。结果表明,转录组测序获得134331条UniGene序列,共检测出15988个SSR位点,出现频率为11.900%,平均每4.16 kb出现1个... 为进一步开发适合厚壳贻贝的EST-SSR分子标记,利用转录组序列信息获得了大量SSR位点,并分析了位点信息及群体遗传多样性。结果表明,转录组测序获得134331条UniGene序列,共检测出15988个SSR位点,出现频率为11.900%,平均每4.16 kb出现1个SSR位点。完整型SSR位点中共有172种重复基序,其中单核苷酸重复和二核苷酸重复为主要类型,分别占总SSR位点的83.00%和11.22%,以A/T基序(80.91%)和AT/AT基序(7.70%)为主。共设计出31125对SSR引物,在随机选取的60对引物中有11对表现出多态性,占比18.33%。利用多态性引物分析了厚壳贻贝群体遗传多样性,共检测到39个等位基因,各位点的等位基因数(Na)为3~5个,平均观测杂合度(Ho)、平均期望杂合度(He)和平均多态信息含量(PIC)分别为0.33、0.56和0.48,其中有8个位点极显著(p<0.01)偏离了哈代-温伯格平衡。这些EST-SSR分子标记的开发可为厚壳贻贝的种群遗传研究、亲缘关系、基因连锁、遗传多样性评价等提供有效支撑。 展开更多
关键词 厚壳贻贝 简单序列重复 转录组
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水貂重要经济性状组学研究及基因组选择育种现状
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作者 荣敏 张敏 +3 位作者 任传征 吕延飞 谭善云 张然然 《特产研究》 2026年第1期202-209,共8页
随着测序技术的发展,组学在动物遗传育种领域的科学研究中得到广泛应用。目前,利用大量的组学数据研究重要经济性状的遗传调控机制、筛选重要功能基因、进行全基因组选择育种,已经成为动物科学研究的热点。近年来,水貂的组学研究也取得... 随着测序技术的发展,组学在动物遗传育种领域的科学研究中得到广泛应用。目前,利用大量的组学数据研究重要经济性状的遗传调控机制、筛选重要功能基因、进行全基因组选择育种,已经成为动物科学研究的热点。近年来,水貂的组学研究也取得了很大的进步,本文综述了基因组学、转录组学、代谢组学在水貂毛皮质量、生长发育、繁殖性状中的研究进展以及水貂基因组选择育种研究现状,以期为水貂相关性状功能基因的挖掘、遗传机制的完善、基因组育种技术的发展提供理论参考。 展开更多
关键词 水貂 基因组 转录组 代谢组 基因组选择育种
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