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患者胃窦黏膜组织幽门螺杆菌real time-PCR检测与分离培养结果的一致性分析 被引量:2
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作者 杨雅名 何利华 +6 位作者 杨宁敏 宫雅楠 韩秀瑞 范如岳 薛志静 魏永越 张建中 《疾病监测》 CAS CSCD 北大核心 2022年第5期641-645,共5页
目的针对胃黏膜组织标本的幽门螺杆菌(HP)感染诊断的real time-PCR检测和分离培养2种最常用方法进行结果一致性分析,为HP感染诊断方法的选择提供科学依据。方法在浙江省4个地区(萧山、温岭、苍南和湖州)各选取1所医院,采集2020年11月16... 目的针对胃黏膜组织标本的幽门螺杆菌(HP)感染诊断的real time-PCR检测和分离培养2种最常用方法进行结果一致性分析,为HP感染诊断方法的选择提供科学依据。方法在浙江省4个地区(萧山、温岭、苍南和湖州)各选取1所医院,采集2020年11月16日至12月7日送至杭州致远检验医学研究所进行HP分离培养和耐药性分析的全部患者胃窦部黏膜活检标本,共1312份。每份样本经研磨匀浆处理后分为2份,分别用于常规HP分离培养和real time-PCR检测(以cagH为检测靶点),2种方法平行双盲进行。检测结果的一致性及不同医院来源样本间的差异用χ^(2)检验、Fisher精确检验以及独立样本t检验等统计学方法进行分析。结果1312份样本中,分离培养法和real time-PCR法的阳性率分别为29.34%(385/1312)、28.51%(374/1312),差异无统计学意义(P=0.636)。来自4所医院的标本,2种方法的检出率差异均无统计学意义(P=0.075),二者在萧山某院、温岭某院、苍南某院、湖州某院样本以及总体样本中的Kappa值分别为0.84、0.89、0.75、0.91、0.85。real time-PCR法的灵敏度和特异度分别为89.26%、100.00%。在real time-PCR法检测阳性而培养阴性的样本中,检测Ct值为25.47~34.97,均值为30.90,90%的Ct值均≤34.46,频数最高组为29.00~30.00组。结论分离培养法和real time-PCR法在临床胃黏膜标本HP诊断中均可达到较高的检测效能,且2种方法检出结果一致性良好,可应用于HP个体化治疗,以便在做出HP感染诊断的同时提供受检者的药敏检测结果。标本中HP菌量及标本的保存运输条件可能对结果产生重要影响。 展开更多
关键词 幽门螺杆菌 胃窦 分离培养 Real time-pcr
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18srDNA为内参照的Real-Time-PCR方法检测半夏病毒 被引量:2
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作者 何煜波 陈集双 +2 位作者 陈海敏 冯俊丽 高必达 《晓庄学院自然科学学报》 EI CAS 北大核心 2006年第3期103-106,共4页
利用实时荧光PCR方法,以18srRNA为内参照,对半夏植株及相应组培苗携带的黄瓜花叶病毒(Cu-cumber Mosaic Virus,CMV)含量进行了相对定量检测.并以DAS-ELISA和RT-PCR方法检测结果相比较.结果表明,相比原始植株,组培苗的病毒含量大大降低.... 利用实时荧光PCR方法,以18srRNA为内参照,对半夏植株及相应组培苗携带的黄瓜花叶病毒(Cu-cumber Mosaic Virus,CMV)含量进行了相对定量检测.并以DAS-ELISA和RT-PCR方法检测结果相比较.结果表明,相比原始植株,组培苗的病毒含量大大降低.以带病毒半夏母株为外植体培养的组培苗,其病毒含量以叶片中的相对较高,在块茎和愈伤组织中病毒相对较低.而ELISA方法在检测病毒含量低的样品时有假阴性结果;RT-PCR方法灵敏度可靠但不适宜精确量化. 展开更多
关键词 实时荧光PCR 黄瓜花叶病毒 反转录-PCR 双夹心酶联免疫反应 半夏
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布鲁氏菌超快速荧光PCR方法建立与临床应用 被引量:1
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作者 徐振娜 吴志鹏 +9 位作者 洪伟彬 管知深 林其明 莫钻兰 叶毅飞 谢海燕 李敏 朱燕秋 李小军 张险朋 《中国人兽共患病学报》 北大核心 2025年第3期278-283,共6页
目的 建立布鲁氏菌超快速荧光PCR检测方法,应用于临床样品的快速检测。方法 以外源性重组质粒为内参,选取布鲁氏菌重要毒力因子T4SS分泌系统为靶基因设计引物、探针,建立布鲁氏菌超快速荧光PCR检测方法。评价该方法的灵敏度、特异性、... 目的 建立布鲁氏菌超快速荧光PCR检测方法,应用于临床样品的快速检测。方法 以外源性重组质粒为内参,选取布鲁氏菌重要毒力因子T4SS分泌系统为靶基因设计引物、探针,建立布鲁氏菌超快速荧光PCR检测方法。评价该方法的灵敏度、特异性、重复性,绘制标准曲线,与荧光PCR方法检测临床样品比较符合率。结果 该方法检测时间短,10 min即可完成。标准曲线Y=-3.410 7x+38.357,R^(2)=0.998 5,线性关系良好,最低检测限为10 copies/μL。该方法具有良好的特异性,对布鲁氏菌以外的几个临床常见细菌均无特异性扩增。检测3种浓度的阳性质粒,CV值为0.20%~0.91%,说明该方法具有极好的重复性。与荧光PCR方法同时检测140份临床样品,结果完全一致,符合率100%。结论 本研究建立了一种用时短、特异性强、灵敏度高、重复性好布鲁氏菌超快速荧光PCR检测方法,可用于布鲁氏菌临床检测和疫情紧急排查,对布鲁氏菌早期诊断具有重要意义。 展开更多
关键词 布鲁氏菌 超快速荧光PCR 外源性内参 实时荧光PCR
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火龙果中仙人掌X病毒实时荧光定量PCR检测体系的建立及应用 被引量:1
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作者 柏自琴 罗会 +2 位作者 解璞 郑伟 刘涛 《植物保护》 北大核心 2025年第4期285-289,共5页
仙人掌X病毒(cactuSviruSX,CVX)严重威胁世界火龙果产业的发展。为实现对该病毒的定量检测,本研究根据CVX外壳蛋白(CP)的保守序列设计特异性引物CVX-F/-R,建立了引物浓度150 nmol/L,退火温度62℃的SYBR Green I实时荧光定量PCR检测方法... 仙人掌X病毒(cactuSviruSX,CVX)严重威胁世界火龙果产业的发展。为实现对该病毒的定量检测,本研究根据CVX外壳蛋白(CP)的保守序列设计特异性引物CVX-F/-R,建立了引物浓度150 nmol/L,退火温度62℃的SYBR Green I实时荧光定量PCR检测方法。该引物扩增效率为97.38%,R^(2)为0.9965,对标准品的检测极限浓度为8×10^(2)拷贝/μL,其灵敏度是普通PCR的100倍。对火龙果不同组织中CVX的相对表达量进行检测发现,病毒在花丝中的含量最高,之后依次为花萼、花瓣、嫩枝、老枝和根。对采自贵州黔南州的40份火龙果样品进行检测,共检测出32份阳性样品。上述结果表明,本研究建立的实时荧光定量PCR特异性强、灵敏度高,为今后CVX的检测提供了重要的技术补充。 展开更多
关键词 仙人掌X病毒 火龙果 实时荧光定量PCR 检测
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鸡毒支原体与鸡滑液囊支原体双重TaqMan荧光定量PCR方法的建立与应用
5
作者 董志民 王利丽 +3 位作者 田向学 路超 张莉 鄢明华 《中国兽医学报》 北大核心 2025年第5期987-993,1025,共8页
为快速检测与鉴别鸡毒支原体(Mycoplasma gallisepticum,MG)和鸡滑液囊支原体(Mycoplasma synoviae,MS),本研究根据NCBI数据库中2种病原的16S rRNA基因序列的保守区,分别设计引物和TaqMan探针,通过优化反应条件,建立了一种可同时检测MG... 为快速检测与鉴别鸡毒支原体(Mycoplasma gallisepticum,MG)和鸡滑液囊支原体(Mycoplasma synoviae,MS),本研究根据NCBI数据库中2种病原的16S rRNA基因序列的保守区,分别设计引物和TaqMan探针,通过优化反应条件,建立了一种可同时检测MG和MS的双重TaqMan荧光定量PCR方法,并对其特异性、敏感性、重复性和可靠性进行了验证。结果显示,该方法可特异性扩增MG和MS,与21种病原无交叉反应;对MG与MS阳性标准品的检测限分别为5.40×10^(1)、6.60×10^(1)拷贝/μL,敏感性较已知方法提高10~100倍;组内和组间的变异系数均小于1%;与NY/T 553-2015中的单一PCR扩增方法相比,阳性样品、阴性样品及总样品检测符合率均为100.00%;利用该方法检测84份疑似支原体感染的鸡病料样品,结果显示,单一感染MG的病鸡样品阳性率32.14%(27/84)、单一感染MS的样品阳性率22.62%(19/84)、混合感染MG和MS的样品阳性率16.67%(14/84);此外,检测182份健康鸡泄殖腔拭子样品、118份健康鸡鼻拭子样品及74份养鸡场环境样品,结果显示,各类样品中均可检测出支原体阳性样本。结果表明,该方法可适用于多种类型临床样品的检测。综上所述,本研究建立的双重TaqMan荧光定量PCR方法具有特异性强、敏感性高、重复性好等优点,可用于MG和MS感染的临床鉴别检测、流行病学调查及病原的净化。 展开更多
关键词 鸡毒支原体 鸡滑液囊支原体 荧光定量PCR 鉴别检测
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口蹄疫病毒O型、A型和AsiaⅠ型三重实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立及初步应用
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作者 王翠 赵雪丽 +7 位作者 王东方 王淑娟 马震原 杨海波 刘影 柴茂 谢彩华 闫若潜 《中国动物传染病学报》 北大核心 2025年第2期61-69,共9页
为建立口蹄疫病毒(FMDV)O型、A型和AsiaⅠ型三重实时荧光定量RT-PCR检测方法,本研究在比对多条FMDV基因的基础上,根据2B基因的最优保守区,设计O型、A型和Asia I型FMDV通用的反转录引物;再根据VP1基因的比对结果,以变异区为扩增靶区域,设... 为建立口蹄疫病毒(FMDV)O型、A型和AsiaⅠ型三重实时荧光定量RT-PCR检测方法,本研究在比对多条FMDV基因的基础上,根据2B基因的最优保守区,设计O型、A型和Asia I型FMDV通用的反转录引物;再根据VP1基因的比对结果,以变异区为扩增靶区域,设计3对分别针对O型、A型和AsiaⅠ型FMDV的特异性引物和TaqMan MGB探针。经优化反应体系和扩增程序等反应条件,建立基于探针技术的FDMV三重实时荧光定量RT-PCR检测方法。验证该方法的特异性、敏感性和重复性,对15份临床疑似FMDV感染样品进行检测,并与基因测序方法及RT-PCR方法进行比较分析。结果显示:本研究成功建立了FMDV三重FQ-PCR方法,实现了一步法对FMDV O型、A型和AsiaⅠ型病原样品的鉴别检测。该方法可特异性扩增FMDV O型、A型和AsiaⅠ型标准株细胞培养物,但对猪水疱性口炎病毒(VSV)等7种病原及阴性对照未出现扩增,特异性较强;对FMDV O型、A型和AsiaⅠ型阳性重组质粒标准品的最低检出限均可达到10拷贝/μL,敏感性较高;批内/批间试验变异系数为0.48%~1.55%,重复性较好;利用建立的三重FQ-PCR方法对15份临床疑似FMDV感染样品进行检测,检测结果与基因测序结果完全一致,优于RT-PCR方法。本研究建立的三重FQ-PCR方法具有敏感性高、特异性强,在同一反应体系中能同时鉴别检测出FMDV O型、A型和AsiaⅠ型等优点,能满足临床鉴别检测的需求。 展开更多
关键词 口蹄疫病毒 三重实时荧光定量RT-PCR 应用
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取食人工饲料和豆蚜的七星瓢虫转录组比较分析
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作者 程英 周宇航 +1 位作者 金剑雪 李凤良 《环境昆虫学报》 北大核心 2025年第2期601-612,共12页
为明确七星瓢虫Coccinella septempunctata取食人工饲料和豆蚜Aphis craccivora的生物特性分子机制和营养代谢通路,利用高通量测序技术分析七星瓢虫4龄幼虫和成虫的相对转录水平。结果显示,从18个样本中共筛选出1 234 640 650条干净序列... 为明确七星瓢虫Coccinella septempunctata取食人工饲料和豆蚜Aphis craccivora的生物特性分子机制和营养代谢通路,利用高通量测序技术分析七星瓢虫4龄幼虫和成虫的相对转录水平。结果显示,从18个样本中共筛选出1 234 640 650条干净序列(clean reads),与参考基因组比对到813 335 465条序列。通过DESeq2软件分析,其中有11 120个差异基因(DEGs)表达水平发生了显著的变化,总共有2 280条DEGs被注释到KEGG通路中。在取食人工饲料的七星瓢虫中,与生物学特性相关的细胞色素P450 (Cytochrome P450)、保幼激素环氧水解酶(Juvenile hormone epoxide hydrolase, JHEH)、保幼激素酯酶(Juvenile-hormone esterase, JHE)、保幼激素Ⅲ合成酶(Juvenile hormone-Ⅲ synthase,JHAMT)、多巴脱羧酶(Dopa decarboxylase, DDC)和几丁质酶(Chitinase)大部分DEGs在4龄幼虫、雌雄成虫中下调,精液蛋白基因α-酮戊二酸脱氢酶(2-oxoglutarate dehydrogenase, sucA)和胰岛素样生长因子2 (Insulin-like growth factor 2) DEGs在雌、雄成虫中均上调,脂蛋白(Lipoprotein) DEGs在雌虫中大部分上调,蜕皮诱导蛋白(Ecdysone-induced protein)基因在幼虫中下调。DEGs在KEGG中富集到6个氨基酸、7个脂类代谢、2个淀粉和糖代谢、6个维生素相关代谢通路。其中取食人工饲料的七星瓢虫大部分氨基酸代谢通路基因下调;脂类代谢在成虫中大部分下调,而在幼虫中大部分上调;淀粉和糖代谢在成虫中大部分上调,但在幼虫中大部分下调;维生素在幼虫中大部分下调。qRT-PCR验证证明了转录组测序获得序列质量的可靠性,可作为后续试验的研究基础。这些转录组数据为进一步优化人工饲料提供了参考依据,促进人工饲料配方的改良。 展开更多
关键词 七星瓢虫 转录组测序 差异表达基因 代谢通路 实时荧光定量PCR
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国标中H5亚型高致病性禽流感病毒实时荧光RT-PCR方法的优化与应用
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作者 刘朔 彭程 +3 位作者 毛秋艳 杨吉喆 蒋文明 刘华雷 《病毒学报》 北大核心 2025年第5期1522-1530,共9页
当前H5N1亚型禽流感疫情在全球范围内肆虐,且病毒不断变异,因此需要持续对检测方法的有效性进行评估。近年来,我们在临床样品检测过程中发现,国家标准《高致病性禽流感诊断技术》(GB/T 18936-2020)中H5亚型高致病性禽流感病毒实时荧光RT... 当前H5N1亚型禽流感疫情在全球范围内肆虐,且病毒不断变异,因此需要持续对检测方法的有效性进行评估。近年来,我们在临床样品检测过程中发现,国家标准《高致病性禽流感诊断技术》(GB/T 18936-2020)中H5亚型高致病性禽流感病毒实时荧光RT-PCR方法存在扩增曲线荧光值偏低的现象,对结果判定产生一定干扰。基于国标引物和探针序列与当前流行毒株的匹配性评估分析,我们设计和优化了上游引物和探针序列,并对优化方法的特异性、灵敏度和临床样品检测效果与国标方法进行了对比。结果显示,该优化方法特异性强,与其他亚型AIV和常见禽类病原体均无交叉反应;针对2.3.4.4b分支H5亚型病毒的检测灵敏度较国标方法提高了10倍,针对2.3.4.4h分支H5亚型病毒的检测灵敏度与国标方法类似;组内和组间试验Ct值变异系数介于0.17%~1.58%,具有良好的重复性;对48份家禽和野禽咽肛拭子样品检测,本优化方法检出阳性样本38份(国标方法检出37份),其中64.9%(24/37)阳性样品的Ct值较国标方法低2以上。结果表明,本研究优化的荧光RT-PCR方法可为H5亚型高致病性禽流感病毒的流行病学调查监测及快速诊断提供技术支持。 展开更多
关键词 禽流感病毒 H5亚型 实时荧光RT-PCR 检测方法
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高敏HBV DNA检测技术在低病毒血症慢性乙型肝炎患者抗病毒疗效监测中的应用 被引量:1
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作者 陈婷婷 丁蓉 +1 位作者 姬文莉 吴梦秋 《实用肝脏病杂志》 2025年第2期178-181,共4页
目的探讨采用高敏HBV DNA检测技术在低病毒血症(LLV)慢性乙型肝炎(CHB)患者抗病毒治疗疗效监测中的应用价值。方法2019年1月~2022年12月我院诊治的200例CHB患者,纳入患者均接受恩替卡韦(ETV)治疗48 w或以上,对获得完全病毒学应答(CVR)... 目的探讨采用高敏HBV DNA检测技术在低病毒血症(LLV)慢性乙型肝炎(CHB)患者抗病毒治疗疗效监测中的应用价值。方法2019年1月~2022年12月我院诊治的200例CHB患者,纳入患者均接受恩替卡韦(ETV)治疗48 w或以上,对获得完全病毒学应答(CVR)患者继续口服ETV治疗,对未获得CVR患者,均改为富马酸丙酚替诺福韦(TAF)治疗,观察48周。分别采用实时荧光定量PCR(qPCR)和高荧光质量PCR(fq-PCR)法检测血清HBV DNA载量。结果在200例经ETV治疗48 w的CHB患者,经fq-PCR检测发现CVR者145例(72.5%),血清HBV DNA载量>2000 IU/mL(PR)者13例(6.5%),血清HBV DNA载量在21~2000 IU/mL(LLV)者42例(21.0%);在TAF继续治疗48 w末,经qPCR检测发现PR组获得CVR者13例(100.0%),而经fq-PCR检测发现只有5例(38.5%,P<0.05),LLV组则分别为41例(97.6%)和30例(71.4%,P<0.05),fq-PCR检测两组CVR比较,差异具有统计学意义(x^(2)=4.662,P<0.05);PR组和LLV组血清AST和ALT水平均正常,无统计学差异(P>0.05),而LLV组血清HBV DNA载量为(125.6±114.2)IU/mL,显著低于PR组【(370.4±217.8)IU/mL,P<0.05】。结论采用高敏PCR检测技术可以帮助发现接受抗病毒治疗而处于LLV状态的CHB患者,以帮助临床做出治疗决策,其临床意义还有待于进一步观察。 展开更多
关键词 慢性乙型肝炎 恩替卡韦 丙酚替诺福韦 低病毒血症 高荧光质量PCR法 治疗
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盐胁迫下紫花苜蓿活性氧清除相关酶基因的鉴定与分析
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作者 余如刚 杨改梅 +4 位作者 韦英铭 杜雪玲 王国良 陈鑫 杨琳 《中国草地学报》 北大核心 2025年第9期1-15,共15页
盐胁迫导致植物体内活性氧积累,对细胞造成伤害。酶促抗氧化系统负责清除植物细胞内活性氧,保护细胞免受活性氧损伤。目前,紫花苜蓿活性氧清除相关酶类基因响应盐胁迫的功能分析较少。本研究基于盐胁迫下紫花苜蓿耐盐品种GIB和盐敏感品... 盐胁迫导致植物体内活性氧积累,对细胞造成伤害。酶促抗氧化系统负责清除植物细胞内活性氧,保护细胞免受活性氧损伤。目前,紫花苜蓿活性氧清除相关酶类基因响应盐胁迫的功能分析较少。本研究基于盐胁迫下紫花苜蓿耐盐品种GIB和盐敏感品种LS根和叶的转录组数据,鉴定出28个差异表达的活性氧清除相关酶类基因。28个基因分布在19条染色体上,分属于MsGST、MsPOD、MsAOX、MsGRX和MsPrdx 5个基因家族,其中MsGST(12个)和MsPOD(11个)家族成员占比最多;活性氧清除相关酶类蛋白理化性质在各基因家族成员间存在差异;基因家族成员均具有高度相似的保守基序。系统进化分析显示,MsGSTUs和MsPODs分别位于拟南芥的Tau和AtPERs定义的各分支中,表明它们具有类似的进化过程以及相似的功能。实时荧光定量PCR分析显示,在盐胁迫下耐盐品种GIB叶中MsGSTU26、MsPOD2和MsPOD4基因表达量显著高于盐敏感品种LS,且三者的启动子区域有与逆境胁迫相关的元件(G-box和CGTCA-motif),表明MsGSTU26、MsPOD2和MsPOD4基因可能参与了GIB和LS对盐胁迫适应性的调控。 展开更多
关键词 紫花苜蓿 盐胁迫 活性氧清除酶 生物信息学分析 实时荧光定量PCR
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羊肠道病毒TaqMan实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立及初步应用
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作者 马雪青 张雨星 +6 位作者 李平花 王松泰 魏达礼 赵志荀 朵红 卢曾军 孙普 《中国兽医科学》 北大核心 2025年第6期757-763,共7页
为建立一种灵敏、特异、准确的羊肠道病毒(CEV)实时荧光定量RT-PCR检测方法,本研究基于CEV基因序列的保守区设计特异性引物和探针,并制备标准品,通过优化反应体系和反应条件,建立了TaqMan实时荧光定量RT-PCR检测方法,同时对其敏感性、... 为建立一种灵敏、特异、准确的羊肠道病毒(CEV)实时荧光定量RT-PCR检测方法,本研究基于CEV基因序列的保守区设计特异性引物和探针,并制备标准品,通过优化反应体系和反应条件,建立了TaqMan实时荧光定量RT-PCR检测方法,同时对其敏感性、特异性和重复性进行评估,并与常规RT-PCR比较检测临床样品。结果显示,所建方法的标准曲线R2为0.995,拷贝数与Ct值有良好的线性关系;该方法特异性强,与口蹄疫病毒(FMDV)、小反刍兽疫病毒(PPRV)、羊痘病毒(SPV)、羊口疮病毒(ORFV)、牛病毒性腹泻病毒(BVDV)无交叉反应;敏感性最低检测限为23 copies/μL;组内与组间变异系数均小于2.5%,重复性好。使用本方法检测了598份羊的临床样品,阳性检出率(83/598)高于常规RT-PCR (30/598)。上述结果表明,本研究建立了一种灵敏、特异的CEV TaqMan实时荧光定量RT-PCR检测方法,并建议采用羊的粪便或肛拭子即可进行CEV的流调工作,这为CEV的诊断、流行病学调查提供了重要的技术支持。 展开更多
关键词 羊肠道病毒 TaqMan实时荧光定量RT-PCR 诊断
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突变扩增系统实时荧光定量扩增法用于检测非综合征型耳聋GJB2 235delC基因突变
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作者 戴翔 李隽 +1 位作者 蔡文倩 熊乾 《中国计划生育学杂志》 2025年第6期1369-1374,共6页
目的:探讨突变扩增系统实时荧光定量扩增法(ARMS-qPCR)用于检测GJB2基因235delC突变引起的非综合征型耳聋。方法:以GJB2 235delC基因序列为靶基因,基于该位点的序列设计特异性引物,并运用ARMS-qPCR技术对GJB2 235delC基因位点进行检测,... 目的:探讨突变扩增系统实时荧光定量扩增法(ARMS-qPCR)用于检测GJB2基因235delC突变引起的非综合征型耳聋。方法:以GJB2 235delC基因序列为靶基因,基于该位点的序列设计特异性引物,并运用ARMS-qPCR技术对GJB2 235delC基因位点进行检测,从而区分野生型、突变纯合型和突变杂合型。同时以GJB2 235delC型样本53例及耳聋基因室间质评标准质控物45例作对比验证。结果:ARMS-qPCR的方法能有效区分GJB2 235delC野生型、突变纯合型和突变杂合型,且具有良好的特异性。结论:本实验建立的ARMS-qPCR方法检测GJB2 235delC基因突变引起的非综合征型耳聋,简便快速,成本低,灵敏度高,特异性强。 展开更多
关键词 耳聋 突变扩增系统实时荧光定量扩增法(ARMS-qPCR) 连接蛋白 GJB2 235delC 遗传
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数字PCR技术在HBV DNA定量检测中的应用
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作者 朱嫦琳 周志荣 李启欣 《分子诊断与治疗杂志》 2025年第5期791-794,共4页
目的探讨微滴式数字PCR(ddPCR)技术在乙型肝炎病毒(HBV)DNA定量检测中的应用价值。方法收集2021年2月至7月佛山市第一人民医院疑似HBV感染的患者血液样本共132例作为病例组,收集同期体检人群血液样本共50例作为体检组,应用ddPCR、qPCR... 目的探讨微滴式数字PCR(ddPCR)技术在乙型肝炎病毒(HBV)DNA定量检测中的应用价值。方法收集2021年2月至7月佛山市第一人民医院疑似HBV感染的患者血液样本共132例作为病例组,收集同期体检人群血液样本共50例作为体检组,应用ddPCR、qPCR分别检测血样中HBV DNA含量,比较两种方法对HBV DNA的检测性能及对隐匿性HBV感染(OBI)的检出能力。结果ddPCR对HBV DNA的检出率高于qPCR,差异有统计学意义(χ^(2)=31.285,P<0.05)。ddPCR与qPCR方法对HBV DNA定量检测结果呈正相关,且相关性良好(r=0.74,P<0.05)。两种方法同时检测为阳性占29.1%,同时阴性占42.9%,两种方法的一致性中等(κ=0.468,P<0.05)。对两种方法检测不一致的样本,采用高敏HBV DNA方法检测,ddPCR(+)qPCR(-)的50例检测结果均为阳性(100.0%),而ddPCR(-)qPCR(+)的1例检测结果为阴性,与ddPCR结果完全一致。ddPCR对OBI的检出率为15.5%(11/71),qPCR对OBI的检出率仅为1.4%(1/71),两种方法对OBI的检出率差异有统计学意义(χ^(2)=9.103,P<0.05)。结论采用ddPCR方法检测血清HBV DNA能极大提高灵敏度和检出率,有利于临床HBV感染的早期诊断及OBI的检出。 展开更多
关键词 微滴式数字PCR 实时荧光定量PCR 乙型肝炎病毒DNA 隐匿性乙型肝炎
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唐菖蒲伯克霍尔德氏菌实时荧光PCR快速检测方法的建立及应用
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作者 黄建飞 谢光宗 +3 位作者 李媚竹 蒋玉珍 赖心田 陈晶 《现代食品》 2025年第7期215-219,共5页
建立一种快速检测唐菖蒲伯克霍尔德氏菌的实时荧光PCR方法。根据菌株保守序列ITS设计特异性引物和探针,构建实时荧光PCR快速检测方法,对方法特异性和灵敏性进行评价,并应用于鲜湿粉原料及成品的检测。结果显示,该方法能特异性检测出5株... 建立一种快速检测唐菖蒲伯克霍尔德氏菌的实时荧光PCR方法。根据菌株保守序列ITS设计特异性引物和探针,构建实时荧光PCR快速检测方法,对方法特异性和灵敏性进行评价,并应用于鲜湿粉原料及成品的检测。结果显示,该方法能特异性检测出5株唐菖蒲伯克霍尔德氏菌,菌液检测和DNA检测灵敏度分别为97 CFU·mL^(-1)和1.12×10^(-2) ng·μL^(-1)。对120份样品进行检测,结果与国家标准检测结果一致,检出率为6.7%。本研究建立的荧光PCR快速检测方法灵敏度高、特异性强,可用于鲜湿粉原料及成品的快速检测。 展开更多
关键词 唐菖蒲伯克霍尔德氏菌 荧光PCR 鲜湿粉 米酵菌酸
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单分子实时测序在α珠蛋白基因三联体及其复合变异等位基因鉴定中的临床应用
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作者 张宇 方艳平 +3 位作者 朱碧青 梁丽仪 周万军 江凌晓 《国际检验医学杂志》 2025年第1期32-37,43,共7页
目的探究单分子实时测序(SMRT)技术在α珠蛋白基因三联体(简称α三联体)及其复合变异等位基因鉴定中的临床应用效果。方法收集α三联体阳性样本36例,其中经PCR-导流杂交技术确认28例、经高通量测序(NGS)技术确认8例。36例样本包含α三... 目的探究单分子实时测序(SMRT)技术在α珠蛋白基因三联体(简称α三联体)及其复合变异等位基因鉴定中的临床应用效果。方法收集α三联体阳性样本36例,其中经PCR-导流杂交技术确认28例、经高通量测序(NGS)技术确认8例。36例样本包含α三联体复合变异顺式或反式排列未明样本ααα^(anti4.2)复合α^(CS)α2例,ααα^(anti4.2)复合-α^(3.7)10例,HKαα/--SEA型待确证2例,均采用SMRT技术进行地中海贫血(简称地贫)基因检测。另招募一个基因型为ααα^(anti4.2)复合-α^(3.7)变异病例的家系,包含先证者(Ⅱ-1)和其父亲(Ⅰ-1)、母亲(Ⅰ-2),采用PCR-导流杂交和SMRT技术进行地贫基因检测。结果SMRT技术检测结果显示,36例样本中共检出35例α三联体,1例αααα^(anti4.2)型α珠蛋白基因四联体(简称α四联体)。2例ααα^(anti4.2)复合α^(CS)α变异样本中ααα^(anti4.2)与α^(CS)α均为反式排列,基因型为ααα^(anti4.2)/α^(CS)α,10例ααα^(anti4.2)复合-α^(3.7)变异样本中ααα^(anti4.2)与-α^(3.7)为顺式排列样本9例,基因型为HKαα/αα,ααα^(anti4.2)与-α^(3.7)为反式排列样本1例,基因型为ααα^(anti4.2)/-α^(3.7)。相较PCR-导流杂交技术,SMRT技术多检出1例大片段缺失型β珠蛋白基因变异和2例未知变异,阳性检出率提高10.71%(3/28)。家系分析表明,先证者(Ⅱ-1)ααα^(anti4.2)和-α^(3.7)变异均遗传自母亲(Ⅰ-2),其基因型为HKαα/αα,与SMRT技术检测结果一致。结论SMRT技术不仅能够准确检测α三联体、α四联体及其复合变异等位基因,而且具有高准确性、一步到位识别2种变异顺式或反式排列、地贫基因变异覆盖全等优势,具有良好的临床应用价值。 展开更多
关键词 α珠蛋白基因三联体 HKαα 单分子实时测序 PCR-导流杂交技术 高通量测序
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云南省2型登革病毒流行株实时荧光逆转录聚合酶链反应检测方法的建立
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作者 郭晓芳 容艺函宇 +3 位作者 黄兴云 李佩 杨雪艳 汪伟 《中国热带医学》 北大核心 2025年第10期1263-1268,共6页
目的建立云南省2型登革病毒(dengue virus,DENV)流行株的核酸检测方法,为早期实验室分型诊断提供参考。方法在DENV-2衣壳蛋白基因保守区设计引物和探针。用新建立的实时荧光逆转录聚合酶链反应(reverse transcription polymerase chain ... 目的建立云南省2型登革病毒(dengue virus,DENV)流行株的核酸检测方法,为早期实验室分型诊断提供参考。方法在DENV-2衣壳蛋白基因保守区设计引物和探针。用新建立的实时荧光逆转录聚合酶链反应(reverse transcription polymerase chain reaction,RT-PCR)法检测含检测目的基因片段的质粒进行灵敏度评价。通过检测DENV-1、DENV-3、DENV-4、基孔肯雅病毒、寨卡病毒和乙脑病毒共6种病毒,验证新建立方法的特异性。对3个稀释度(104、105、106拷贝/µL)的标准品质粒进行组内与组间重复性检测。分别用新建立方法、《登革热诊断》WS216—2018 DENV分型RT-PCR、新设计引物和探针与《登革热诊断》中检测DENV-1、DENV-3和DENV-4的引物和探针组合检测84份包括亚洲Ⅰ基因型和世界性基因型的DENV-2阳性病例血清RNA和30份DENV阴性血清RNA。结果新建立方法的线性动态范围(101~107拷贝/反应)的R2值为0.998,对质粒标准品的检测下限为101拷贝/µL。组内和组间试验的变异系数均小于1%。特异度试验显示新建立方法对DENV-2特异,与其他6种病毒无反应。用新建立方法检测的阳性及阴性符合率均为100.00%,《登革热诊断》DENV分型实时荧光RT-PCR检测的阳性符合率为20.24%(17/84),新设计引物及探针与《登革热诊断》中检测DENV-1、DENV-3和DENV-4的引物及探针组合的实时荧光RT-PCR检测的阳性及阴性符合率均为100.00%。结论建立了灵敏及特异的云南DENV-2流行株实时荧光RT-PCR检测方法,适用于云南省登革热病例的分型检测。 展开更多
关键词 登革病毒 登革热 血清型 实时荧光逆转录聚合酶链反应 2型登革病毒 登革热诊断
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烟草氨基酸通透酶基因NtAAP3的克隆及其功能研究
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作者 魏攀 《中国烟草学报》 北大核心 2025年第5期96-107,共12页
【背景】氨基酸是植物体内非常重要的有机氮化合物,氨基酸转运蛋白参与了植物中氨基酸的转运,对植物的生长发育起着重要作用。【方法】为深入研究烟草氨基酸通透酶(Amino acid permease,AAPs)基因家族成员AAP3的功能,从普通烟草红花大... 【背景】氨基酸是植物体内非常重要的有机氮化合物,氨基酸转运蛋白参与了植物中氨基酸的转运,对植物的生长发育起着重要作用。【方法】为深入研究烟草氨基酸通透酶(Amino acid permease,AAPs)基因家族成员AAP3的功能,从普通烟草红花大金元中克隆NtAAP3基因,检测其在普通烟草不同发育时期和器官中的表达差异;创制该基因敲除纯合突变体,统计突变体大田农艺性状,检测突变体中氨基酸、蛋白质和色素含量,分析突变体在正常光照和强光胁迫条件下的光合指数变化。【结果】NtAAP3基因编码区(CDS)全长为1440 bp,在叶片中高表达,尤其是旺长期和打顶期;与对照组相比,NtAAP3基因敲除纯合突变体的自然株高和打顶株高有所降低,最大腰叶长/宽无明显变化;烤后烟叶的总蛋白质含量降低,其中脯氨酸和天冬酰胺的含量下降尤为显著;叶绿素a/b、总叶绿素和类胡萝卜素含量均有所升高;正常光照条件下的最大光化学效率(Fv/Fm)值无明显变化、非光化学淬灭(NPQ)值有所上升,而强光胁迫条件下的Fv/Fm和NPQ值均显著下降。【结论】NtAAP3基因突变导致烟草中氨基酸转运和蛋白质积累的效率降低,烟叶的色素含量、光合效率以及总产量未受影响,为烟草相关性状的品种改良提供了新的研究方向。 展开更多
关键词 氨基酸转运 氨基酸通透酶 实时荧光定量PCR 基因编辑 光合指数 普通烟草
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实时荧光PCR法进行从业人员预防性体检——沙门菌、志贺菌检验
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作者 李莹 李若男 孙楠 《医学分子生物学杂志》 2025年第4期379-382,共4页
目的研究实时荧光PCR法代替筛选平板培养法进行从业人员预防性体检沙门菌和志贺菌检验的筛查试验,在检出率、成本、检验时长等方面进行对比。方法比较2023年10100人次采用细菌筛选平板培养法进行沙门菌、志贺菌检验的筛查实验的结果与2... 目的研究实时荧光PCR法代替筛选平板培养法进行从业人员预防性体检沙门菌和志贺菌检验的筛查试验,在检出率、成本、检验时长等方面进行对比。方法比较2023年10100人次采用细菌筛选平板培养法进行沙门菌、志贺菌检验的筛查实验的结果与2024年9842人次采用实时荧光PCR方法进行沙门菌、志贺菌检验的筛查试验结果。结果实时荧光PCR法能显著提高检出率(阳性检出率2024年为91/9842;2023年为0/10100)、减低实验成本(2024为4.4元/人次;2023年为6.9元/人次)、不增加检验时长且易于开展。结论实时荧光PCR法可作为从业人员预防性体检沙门菌、志贺菌检验的筛查试验。 展开更多
关键词 预防性体检 沙门菌 志贺菌 实时荧光PCR
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颈动脉粥样硬化中circRNA-GRHPR的表达水平及临床意义
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作者 刘波 刘丹 +1 位作者 张广炜 蒋晓玲 《包头医学院学报》 2025年第9期56-62,共7页
目的:探讨在颈动脉粥样硬化(CAS)中circRNA-GRHPR的表达水平及临床意义。方法:随机选择在包头医学院第一附属医院神经内三科住院患者124例,根据颈动脉影像学检查是否存在动脉粥样硬化(AS)分为对照组和病例组。对照组30例患者,颈动脉中... 目的:探讨在颈动脉粥样硬化(CAS)中circRNA-GRHPR的表达水平及临床意义。方法:随机选择在包头医学院第一附属医院神经内三科住院患者124例,根据颈动脉影像学检查是否存在动脉粥样硬化(AS)分为对照组和病例组。对照组30例患者,颈动脉中并未发现斑块;病例组94例患者,颈动脉中存在着斑块,这些斑块或是硬质的,或是软质的,又或是软硬混合的。应用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)验证circRNA-GRHPR在细胞中具有差异化表达,深入分析circRNA-GRHPR在CAS中所起的作用。结果:CAS的发生与性别、年龄、收缩压、吸烟史、饮酒史、高血压病史、外周血circRNA-GRHPR表达水平均相关,且均为正相关(P<0.05);HDL-C与CAS相关,且为负相关(P<0.05)。病例组患者外周血circRNA-GRHPR表达水平高于对照组(P<0.05)。结论:CAS的发生与患者血清中circRNA-GRHPR的表达水平具有明显相关性,有可能成为AS改进诊断的工具和新治疗靶点,为早期干预措施铺平道路。 展开更多
关键词 颈动脉粥样硬化 circRNA-GRHPR 实时荧光定量PCR 差异表达
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猪细小病毒TaqMan实时荧光定量PCR方法的建立与应用 被引量:1
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作者 帅文娜 郭子强 +8 位作者 李佳乐 罗梦 李丽薇 周艳君 姜一峰 童武 童光志 李兆龙 高飞 《中国兽医科学》 北大核心 2025年第1期80-85,共6页
本研究通过对猪细小病毒(PPV)1型非结构蛋白NS1基因保守序列进行设计,建立了PPV的TaqMan实时荧光定量PCR方法,实现了对PPV1的快速检测。结果显示,该检测方法的Ct值与标准品质粒在1.0×10^(10)copies/μL~1.0×10^(4)copies/μL... 本研究通过对猪细小病毒(PPV)1型非结构蛋白NS1基因保守序列进行设计,建立了PPV的TaqMan实时荧光定量PCR方法,实现了对PPV1的快速检测。结果显示,该检测方法的Ct值与标准品质粒在1.0×10^(10)copies/μL~1.0×10^(4)copies/μL范围内具有良好的线性关系,曲线回归方程为y=-3.6186x+42.01,R^(2)=0.99,扩增效率为189%;重复性好,组内与组间变异系数均低于1.0898%;敏感性好,最低检测限为1.0×10^(1)copies/μL;特异性强,不与猪圆环病毒2型、猪繁殖与呼吸综合征病毒、猪伪狂犬病病毒、猪传染性胃肠炎病毒、非洲猪瘟病毒发生交叉反应,并用该方法对临床样品与病毒拷贝数进行了检测。表明本研究建立的方法重复性好、敏感性高、特异性强,适用于对PPV进行临床检测与诊断。 展开更多
关键词 猪细小病毒 NS1蛋白 TaqMan实时荧光定量PCR
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