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肝癌细胞系Hep3B的泛素化蛋白质组学 被引量：2
1
作者 齐英姿 邓晨 +2 位作者 苏纳 张令强 徐平 《生物工程学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第10期1443-1454,共12页
泛素化修饰是细胞内最重要的翻译后修饰形式之一,对细胞内蛋白质的稳定、降解、定位以及生物活性的调节起到重要作用。但因其在细胞内丰度低、降解周期短等特点而很难被检测。本研究中,制备的泛素结合结构域蛋白(Ubiquitin-binding doma... 泛素化修饰是细胞内最重要的翻译后修饰形式之一,对细胞内蛋白质的稳定、降解、定位以及生物活性的调节起到重要作用。但因其在细胞内丰度低、降解周期短等特点而很难被检测。本研究中,制备的泛素结合结构域蛋白(Ubiquitin-binding domains,UBDs)用于富集肝癌细胞系Hep3B中的泛素化蛋白,并通过液相色谱-串联质谱联用的方法对富集的泛素化蛋白进行鉴定。实验共鉴定到1 900个潜在的泛素化蛋白和158个泛素化位点,这些被鉴定到的泛素化位点分属于102个蛋白。生物信息学分析发现泛素化蛋白显著富集的相关通路与肿瘤的发生发展密切相关,此结果暗示肿瘤细胞内泛素化-蛋白酶体的失调与肿瘤细胞的信号传导及细胞外基质的变化等具有较高的关联性。 展开更多
关键词 HEP3B 蛋白质组学 泛素化 thubds
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串联杂种泛素结合结构域蛋白(ThUBD)在大肠杆菌中的可溶性高效表达 被引量：4
2
作者 罗维佳 邓晨 +2 位作者 李衍常 高媛 徐平 《军事医学》 CAS CSCD 北大核心 2016年第10期795-800,818,共7页
目的提高人工串联杂种泛素结合结构域蛋白(tandem hybrid UBD,Th UBD)在大肠杆菌中的可溶性表达量,为泛素化蛋白研究提供高效特异的富集方法。方法根据大肠杆菌同义密码子相对频率(RFSC)表对大肠杆菌的密码子进行分类,计算Th UBD密码子... 目的提高人工串联杂种泛素结合结构域蛋白(tandem hybrid UBD,Th UBD)在大肠杆菌中的可溶性表达量,为泛素化蛋白研究提供高效特异的富集方法。方法根据大肠杆菌同义密码子相对频率(RFSC)表对大肠杆菌的密码子进行分类,计算Th UBD密码子的相对适应度,并根据分析结果对Th UBD的密码子进行优化;诱导表达和蛋白定量检测密码子的优化结果;亲和纯化及泛素化蛋白富集研究检测密码子优化后的Th UBD-S的Ub C结合能力。结果根据分析结果优化Th UBD密码子,使得适于大肠杆菌基因表达的密码子从48%增加到75%,并消除了阻碍转录翻译的密码子,其密码子适应指数(CAI)从0.63升高到0.88。密码子优化后的Th UBD其可溶性蛋白Th UBD-S的表达量增加了4倍,达到总蛋白的13.06%。同时,优化后的Th UBD-S可能具有更高的Ub C的结合能力。结论 Th UBD的基因序列经过优化后,其在大肠杆菌中的表达量升高4倍左右。同时,序列优化不影响融合蛋白Th UBD在大肠杆菌中的可溶性表达和结合Ub C的能力。 展开更多
关键词 ThUBD 泛素化蛋白 大肠杆菌 密码子优化 融合表达 蛋白质组学
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