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基于外壳蛋白基因的广西西番莲夜来香花叶病毒的遗传多样性分析
1
作者 张莉娟 林垠孚 +4 位作者 陆覃昱 莫干辉 单彬 苏文潘 吴凤 《中国南方果树》 北大核心 2025年第5期100-106,共7页
为明确夜来香花叶病毒(Telosma mosaic virus,TeMV)在广西地区的发生情况和群体遗传特征,对采集自广西13个市西番莲种植基地的187份疑似感病的西番莲样品进行RT-PCR检测,并选取来自不同产区样品的外壳蛋白(coat protein, CP)基因进行克... 为明确夜来香花叶病毒(Telosma mosaic virus,TeMV)在广西地区的发生情况和群体遗传特征,对采集自广西13个市西番莲种植基地的187份疑似感病的西番莲样品进行RT-PCR检测,并选取来自不同产区样品的外壳蛋白(coat protein, CP)基因进行克隆和测序,分析其系统发育、遗传进化、种群结构等特征。结果表明,187份样品中162份检出TeMV,检出率为86.6%,获得22个TeMV CP基因序列(GenBank登录号OR786355~OR786369,PP544171~PP544177)。相似性结果表明,22份西番莲TeMV分离物CP基因的核苷酸序列一致性为94.7%~100%,氨基酸序列一致性为95.7%~100%。结合GenBank下载的19条序列的系统发育分析表明,41条序列分为3个大分支,广西西番莲TeMV分离物属于I组;不同国家或地区来源的分离物相互分离,且相同寄主来源的分离物亲缘关系最近。西番莲TeMV分离物CP基因序列无重组现象,进化的主要驱动力是负选择压力。不同群组间的遗传分化显著,基因交流频率低,易发生遗传漂变,群体处于扩张趋势。本研究是针对广西地区西番莲上TeMV遗传变异的首次报道,为广西西番莲TeMV防控提供参考。 展开更多
关键词 广西 西番莲 夜来香花叶病毒(Telosma mosaic virus temv) temv CP基因 遗传多样性 遗传变异
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西番莲3种病毒多重RT-PCR检测方法的建立与应用
2
作者 张莉娟 吴凤 +4 位作者 黄婵婵 谢晋 李今朝 单彬 陆覃昱 《农业研究与应用》 2024年第3期198-206,共9页
【目的】西番莲是一种具有很高经济价值的热带和亚热带水果,但无性繁殖方式导致病毒病成为西番莲产业发展的严重威胁。为了更好地监控田间西番莲病毒病的发生,特开展本研究,以期建立针对西番莲夜来香花叶病毒(telosma mosaic virus,TeMV... 【目的】西番莲是一种具有很高经济价值的热带和亚热带水果,但无性繁殖方式导致病毒病成为西番莲产业发展的严重威胁。为了更好地监控田间西番莲病毒病的发生,特开展本研究,以期建立针对西番莲夜来香花叶病毒(telosma mosaic virus,TeMV)、东亚西番莲病毒(East Asian passiflora virus,EAPV)和黄瓜花叶病毒(cucumber mosaic virus,CMV)的多重RT-PCR检测方法。【方法】根据已在GenBank上登记的3种病毒CP基因的保守序列,分别设计了针对TeMV、EAPV和CMV的3对特异性检测引物,通过试验确定了引物浓度、循环数、退火温度等条件,从而获得优化的多重RT-PCR反应体系,并验证了多重RTPCR的检测灵敏度,然后应用优化体系对广西田间采集的40个西番莲叶片样品进行3种病毒的检测。【结果】通过优化筛选,在20μL的PCR反应体系中实现了西番莲TeMV、EAPV、CMV 3种病毒的多重检测,最优反应条件是引物体积TeMV和EAPV各2μL、CMV3μL,循环数35次,退火温度54.9℃;验证结果表明,检测灵敏度最高可达10^(4)拷贝/μL。检测结果表明,3对特异性检测引物的扩增产物大小分别为496 bp、279 bp、157 bp。对西番莲叶片样品病毒进行检测的结果表明,TeMV、EAPV和CMV的检测结果分别是97.5%(39/40),95%(38/40)和2.5%(1/40),而用单一RT-PCR的检测结果分别是100%(40/40),95%(38/40)和2.5%(1/40),多重RT-PCR检测结果和单一RT-PCR检测结果的符合度为99.16%(119/120)。同时,TeMV和EAPV倾向于复合侵染,其复合侵染率高达95%(38/40)。【结论】本研究建立了西番莲病毒多重RT-PCR检测的优化体系,能够同时快速、灵敏和可靠地检测TeMV、EAPV和CMV,为这3种西番莲病毒田间控制、检疫规划和诊断提供了基础。 展开更多
关键词 西番莲 temv EAPV CMV 多重RT-PCR
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三种百香果病毒在贵州的发生分布 被引量：6
3
作者 任羽羽 王立娟 +2 位作者 陈楠 袁启凤 马玉华 《中国南方果树》 北大核心 2022年第3期79-82,共4页
前期利用高通量测序鉴定了侵染贵州百香果的3种病毒,为了解其分布情况,本研究采集贵州省镇宁县、贞丰县、关岭县和罗甸县4个百香果主产区疑似感病样品105份,利用RT-PCR方法检测病毒分布情况。结果表明,该方法扩增产物清晰,且特异性和灵... 前期利用高通量测序鉴定了侵染贵州百香果的3种病毒,为了解其分布情况,本研究采集贵州省镇宁县、贞丰县、关岭县和罗甸县4个百香果主产区疑似感病样品105份,利用RT-PCR方法检测病毒分布情况。结果表明,该方法扩增产物清晰,且特异性和灵敏度较高。夜来香花叶病毒(Telosma mosaic virus,TeMV)检出率最高,为100%;东亚西番莲病毒(East Asian passiflora virus,EAPV)和西番莲潜隐病毒(Passiflora latent carlavirus,PLV)检出率分别为81.9%和74.3%。说明贵州4个主产区的百香果均受到不同程度的病毒侵染,且部分地区病毒侵染情况严重。 展开更多
关键词 贵州 百香果 病毒 RT-PCR 分布 夜来香花叶病毒 temv
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侵染西番莲的夜来香花叶病毒的分子鉴定及特异性检测 被引量：30
4
作者 谢丽雪 张小艳 +2 位作者 郑姗 张立杰 李韬 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2017年第24期4725-4734,共10页
【目的】鉴定福建果园西番莲上的夜来香花叶病毒(Telosma mosaic virus,Te MV),并建立用于该病毒特异性检测的分子快速检测方法,为该病毒的防治提供参考依据。【方法】采用血清学检测、电镜观察、通用简并引物RT-PCR、特异性引物RT-PCR... 【目的】鉴定福建果园西番莲上的夜来香花叶病毒(Telosma mosaic virus,Te MV),并建立用于该病毒特异性检测的分子快速检测方法,为该病毒的防治提供参考依据。【方法】采用血清学检测、电镜观察、通用简并引物RT-PCR、特异性引物RT-PCR对福建西番莲样品进行病毒检测,并对阳性样品的PCR产物进行克隆、测序;根据已报道的夜来香花叶病毒基因序列和本研究的序列测定结果,设计一对用于扩增Te MV外壳蛋白(coat protein,CP)基因全长的特异性引物,通过反应条件优化,建立该病毒的特异性RT-PCR检测方法;序列测定结果利用BLAST程序和DNAMAN软件进行比对,同时对获得的CP基因序列采用Mr Bayes软件的贝叶斯法(Bayesian inference,BI)构建系统发育树并进行系统发育分析。【结果】血清学检测发现,一株表现有花叶、皱缩症状的西番莲样品与马铃薯Y病毒属(Potyvirus)通用抗体反应呈阳性;电镜观察结果表明,该株疑似带毒样品中含有大小约750 nm×12 nm的弯曲线状病毒粒子;Potyvirus通用简并引物RT-PCR从该样品中扩增到一条与预期大小相符的目的片段,克隆、测序获得长度为680 bp的序列,该序列与已报道的Te MV核苷酸序列一致性最高(98.2%)。特异性引物扩增获得的CP基因序列全长为816 bp(命名为BXGFJ-13分离物),与已报道的Te MV核苷酸序列、氨基酸序列一致性分别为86.2%—98.4%和88.2%—97.8%。系统发育分析结果表明,13个Te MV分离物共形成3个类群,相同地区或寄主来源的分离物优先相聚成簇,表现出很强的地理和寄主特异性。本研究获得的BXGFJ-13分离物与中国广西分离物(KJ789129)先以较高的后验概率聚为一个分支,再与泰国2个分离物(AM409188、AM409187)聚为第2类群(Group II),表明其在系统发育关系上与中国广西分离物的亲缘关系最近。利用特异性引物Te MV-CPf/Te MV-CPr建立的RT-PCR方法,具有良好的特异性,仅能从感染Te MV的西番莲样品上扩增出目的片段,而从黄瓜花叶病毒(Cucumber mosaic virus,CMV)、甜菜花叶病毒(Beet mosaic virus,Bt MV)、大豆花叶病毒(Soybean mosaic virus,SMV)、虎眼万年青花叶病毒(Ornithogalum mosaic virus,Or MV)、洋葱黄矮病毒(Onion yellow dwarf virus,OYDV)、东亚西番莲病毒(East Asian Passiflora virus,EAPV)等其他病毒样品及阴性对照上均未扩增出目的片段。灵敏度测定结果显示,该方法能从稀释102倍的RNA上扩增出目的片段。【结论】根据国际病毒分类委员会(ICTV)关于Potyvirus病毒不同成员的分类标准,同时结合血清学检测、电镜观察结果,证实福建果园表现花叶、皱缩症状的西番莲上携带有Te MV;建立的特异性RT-PCR方法能够用于Te MV的快速检测。 展开更多
关键词 西番莲 夜来香花叶病毒 分子鉴定 检测
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