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中华绒螯蟹养殖池塘菌群结构和功能特征 被引量:9
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作者 许郑超 邓燕飞 +4 位作者 周军 李旭光 陆全平 陈风蔚 周刚 《生态学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2021年第7期2223-2233,共11页
通过Hiseq高通量测序方法分析了中华绒螯蟹(Eriocheir sisensis L.)养殖池塘和外源河水体的微生物群落结构、功能特征以及与环境因子的关系。结果表明:养殖池水体的6个样本,共得到有效序列541349条,可归纳为2938个OTU;外源河水体的6个样... 通过Hiseq高通量测序方法分析了中华绒螯蟹(Eriocheir sisensis L.)养殖池塘和外源河水体的微生物群落结构、功能特征以及与环境因子的关系。结果表明:养殖池水体的6个样本,共得到有效序列541349条,可归纳为2938个OTU;外源河水体的6个样本,共得到有效序列551891条,可归纳为2779个OTU;池塘沉积物的6个样本,共得到有效序列557736条,可归纳为8920个OTU。α-多样性分析表明,养殖池沉积物的Sobs指数、Shannon指数、Simpson指数、Chao指数均显著高于水体样本;β-多样性分析表明,各样本菌群按照菌群结构可以分为两大类,既沉积物组和水体组;在养殖池和外源河水体中,门水平的优势菌群主要有变形菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)、蓝细菌门(Cyanobacteria)、疣微菌门(Verrucomicrobia)、浮霉菌门(Planctomycetes)、拟杆菌门(Bacteroidetes);在养殖池沉积物中,门水平的优势菌群主要有变形菌门(Proteobacteria)、浮霉菌门(Planctomycetes)、酸杆菌门(Acidobacteria)、疣微菌门(Verrucomicrobia)、绿弯菌门(Chloroflexi)、拟杆菌门(Bacteroidetes)。冗余分析表明,温度(r2=0.915,P<0.01)、p H (r2=0.8,P<0.01)、溶氧量(r2=0.65,P<0.01)、水质总硬度(r2=0.756,P<0.01)与菌群结构呈极显著相关,NH3-N、NO2--N、COD、NO3--N、TP、TN与菌群结构无显著相关性。方差分解分析表明,在门水平对水体菌群分布贡献度较大的环境因子为pH、温度和溶氧量,贡献度分别为44.14%、41.20%和33.2%。Tax4Fun对各样本的菌群进行基因功能预测表明,在level 2水平下共得到37个预测功能,水体和沉积物中主要优势功能均为碳水化合物代谢、氨基酸代谢。沉积物菌群中氨基酸代谢、脂类代谢、膜转运、外源性生物降解和代谢的功能基因丰度显著低于养殖水体,能量代谢、多糖生物合成和代谢的功能基因丰度显著高于养殖水体。研究结果为河蟹养殖环境调控和生态环境保护提供了科学基础。 展开更多
关键词 中华绒螯蟹 16S rDNA 菌群结构 环境因子 tax4fun
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环湖牦牛瘤胃微生物区系特征及性别之间的差异 被引量:8
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作者 韩学平 刘宏金 +5 位作者 胡林勇 徐世晓 艾德强 付弘贇 陈永伟 赵建忠 《动物营养学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第1期234-243,共10页
本试验旨在研究环湖牦牛瘤胃微生物区系特征及性别之间的差异。随机挑选4~5岁环湖牦牛健康公牛5头[平均体重为(228.0±19.4)kg]和母牛5头[平均体重为(198.0±8.4)kg],采用16S rDNA扩增子高通量测序的方法研究公、母牦牛瘤胃微... 本试验旨在研究环湖牦牛瘤胃微生物区系特征及性别之间的差异。随机挑选4~5岁环湖牦牛健康公牛5头[平均体重为(228.0±19.4)kg]和母牛5头[平均体重为(198.0±8.4)kg],采用16S rDNA扩增子高通量测序的方法研究公、母牦牛瘤胃微生物区系特征和性别之间的差异。结果表明:2个性别间瘤胃微生物在门水平上组成相似,其中拟杆菌门(Bacteroidetes)、疣微菌门(Verrucomicrobia)和厚壁菌门(Firmicutes)是优势菌门,样品中平均相对丰度分别为51.74%、15.00%和14.34%。在属水平上,普氏菌属_1(Prevotella_1)、理研菌科RC9肠道群(Rikenellaceae_RC9_gut_group)和普雷沃氏菌科_UCG-001(Prevotellaceae_UCG-001)是优势菌属,平均相对丰度分别为16.11%、7.74%和3.43%。Alpha多样性指数中,公牛的Sobs指数为2689,极显著高于母牛(P<0.01),其余指数无显著性别差异(P>0.05)。主坐标分析(PCoA)和相似性分析(Anosim)结果说明2个性别之间瘤胃微生物区系存在明显差异。在属水平上,公牦牛Rikenellaceae_RC9_gut_group的相对丰度显著高于母牦牛(P<0.05),母牦牛Prevotella_1、毛螺菌科AC2044群(Lachnospiraceae_AC2044_group)、Saccharofermentans、Anaerovorax和Elusimicrobium的相对丰度显著高于公牦牛(P<0.05)。瘤胃微生物TAX4FUN预测功能比较发现,公、母牦牛瘤胃微生物功能在糖类代谢、氨基酸代谢、脂肪代谢及疾病相关等功能存在差异。从上述分析来看,性别对牦牛瘤胃微生物区系的组成有显著影响,尤其是在属水平上差异较大。 展开更多
关键词 牦牛 16S rDNA 瘤胃 微生物区系 性别 tax4fun
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养殖水体中添加光合细菌对扬州鹅孵化性能、水体净化效率、盲肠微生物多样性的影响 被引量:3
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作者 陈倬瑜 吴家 +5 位作者 胡璇 翁恺麒 张钰 张扬 徐琪 赵文明 《中国畜牧杂志》 CAS CSCD 北大核心 2023年第1期309-316,共8页
试验旨在探究养殖水体中添加光合细菌对扬州鹅孵化性能、水体净化效率、盲肠微生物多样性的影响。选取280只体重(4.26±0.54)kg的500日龄扬州鹅,随机分为对照组和光合细菌处理组,每组20个重复,每个重复7只(公母比例1:6)。对照组养... 试验旨在探究养殖水体中添加光合细菌对扬州鹅孵化性能、水体净化效率、盲肠微生物多样性的影响。选取280只体重(4.26±0.54)kg的500日龄扬州鹅,随机分为对照组和光合细菌处理组,每组20个重复,每个重复7只(公母比例1:6)。对照组养殖水体不处理,光合细菌处理组养殖水体每天添加4.13mL/m^(3)光合细菌,2组饲养管理条件相同,均每隔10 d更换水体,试验期60 d。试验期间统计2组每换水第1、10天的受精率、孵化率和水体总细菌、大肠杆菌、沙门氏菌。试验结束每组屠宰试验鹅8只,采集盲肠内容物用16S rRNA测序技术对微生物菌群特征进行分析。结果表明:光合细菌处理组扬州鹅的受精蛋孵化率高于对照组(P<0.05),养殖水体中大肠杆菌(P<0.01)和沙门氏菌(P<0.05)低于对照组。光合细菌处理组的盲肠微生物Ace指数、Chao1指数高于对照组(P<0.05)。门水平上,2组扬州鹅盲肠核心菌群为拟杆菌门(Bacteroidetes)、厚壁菌门(Firmicutes);2组有显著差异的有理研菌科RC9肠道群(Rikenellaceae_RC9_gut_group)等5种属。革兰氏阴性菌(Negativicutes)等2个纲、颤螺旋菌目(Oscillospirales)、瘤胃菌科(Ruminococcaceae)、粪杆菌属(Faecalibacterium)在对照组显著富集;螺旋体纲(Spirochaetia)、毛螺旋菌(Lachnospirales)等2个目、理研菌科(Rikenellaceae)等3个科、理研菌科RC9肠道群属(Rikenellaceae_RC9_gut_group)在光合细菌处理组显著富集。2组均富集在氨基酸、核苷酸、碳水化合物等代谢功能上。综上,养殖水体中添加光合细菌可显著影响扬州鹅孵化性能、水体净化效率、盲肠菌群结构。 展开更多
关键词 光合细菌 扬州鹅 高通量测序 盲肠微生物 多样性 tax4fun
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纽荷尔脐橙叶片和幼果内生细菌群落多样性及其功能预测 被引量:1
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作者 游婧 刘冰 +5 位作者 熊桂红 蒋军喜 宋珏萍 雷若琦 朱珍 谢忠建 《江西农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第4期884-893,共10页
【目的】柑橘溃疡病是脐橙上的一种重要病害,影响其发生的因素较多。通过了解纽荷尔脐橙内生细菌群落组成和其潜在的生物学功能,探索内生细菌在脐橙感染溃疡病中的作用。【方法】从纽荷尔脐橙树上随机采集未表现任何病害症状的幼果和嫩... 【目的】柑橘溃疡病是脐橙上的一种重要病害,影响其发生的因素较多。通过了解纽荷尔脐橙内生细菌群落组成和其潜在的生物学功能,探索内生细菌在脐橙感染溃疡病中的作用。【方法】从纽荷尔脐橙树上随机采集未表现任何病害症状的幼果和嫩叶,嫩叶分别在春、夏、秋3个季节进行采样,每个样品设3个重复。对4个样品进行表面消毒后从中提取DNA,PCR在25μL反应体系中进行,扩增产物经20 g/L琼脂糖凝胶电泳检查,选取主条带清晰的400~500 bp片段进行测序。采用基于16S rRNA基因V3-V4可变区的高通量测序技术及Tax4Fun功能预测对纽荷尔脐橙内生细菌菌群及其功能进行了测定和分析。各样本数据在FLASH V1.2.7上进行拼接,利用QIIMEV1.7.0对产生的原始数据进行质控,用Uparse V7.0.10012对有效数据进行聚类,在97%的相似度水平上生成OTU。为每个OTU挑选一个代表序列,并使用SSUrRNA数据库进行物种注释分析使用,获得分类学信息并分别在各个分类水平统计各样本的群落组成,并用MUSCLE(V3.8.31)进行α多样性(样本内)和β多样性(样本间)分析。通过UProC和PAUDA 2种方法将功能信息对应到SILVA数据库中,实现功能注释。【结果】季节和采摘部位对脐橙内生细菌群落组成的多样性和物种丰富度存在一定的差异,脐橙幼果中的内生细菌数量多于叶片,夏季相较于其他季节内生细菌群落丰富度更高;脐橙内生细菌群体在门水平上的组成相似,但丰度占比不同,且厚壁菌门、变形菌门和蓝菌门为主要优势门,各优势细菌纲数目、组成及其丰度随不同脐橙样本而异,芽孢杆菌属为主要优势属;Tax4Fun功能预测显示纽荷尔脐橙内生细菌包含大量关于膜运输、碳水化合物代谢、氨基酸代谢、翻译、复制和修复、能量代谢、辅因子和维生素的代谢等基因信息,其中功能基因丰度较大的为碳水化合物代谢和氨基酸代谢,且脐橙夏天叶片的细胞过程和环境信息处理功能信息高于其他3种样品,幼果的遗传信息处理、新陈代谢、有机系统和人类疾病功能信息高于其他3种样品。【结论】纽荷尔脐橙内生细菌群落多样性丰富,具有大量代谢相关的有益菌,研究结果可为今后探索纽荷尔脐橙内生细菌菌群的利用和柑橘溃疡病的生物防治提供思路。 展开更多
关键词 纽荷尔脐橙 内生细菌多样性 功能预测 高通量测序 群落结构 tax4fun功能预测
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Effects of enrichmemt planting with native tree species on bacterial community structure and potential impact on Eucalyptus plantations in southern China 被引量:2
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作者 Yuxing Xu Chao Li +3 位作者 Wankuan Zhu Zhichao Wang Lichao Wu Apeng Du 《Journal of Forestry Research》 SCIE CAS CSCD 2022年第4期1349-1363,共15页
Multi-generational planting of Eucalyptus species degrades soil quality but the introduction of legumes can improve soil fertility and microbial diversity.However,the effects of introducing non-legume native tree spec... Multi-generational planting of Eucalyptus species degrades soil quality but the introduction of legumes can improve soil fertility and microbial diversity.However,the effects of introducing non-legume native tree species on soil nutrients and bacterial community structure remain poorly understood.This study investigated the impacts of the conversion of third generation monoculture Eucalyptus plantations to mixed systems including Eucalyptus urograndis with Cinnamomum camphora(EC)and E.urograndis with Castanopsis hystrix(EH),on soil chemical and biochemical properties and bacterial community structure,diversity and functions.First generation E.urophylla plantations were the control.Results show that planting the third generation Eucalyptus led to a significant decrease in p H,organic matter,nutrient content,enzyme activities(invertin,acid phosphataes,and urease),and bacterialα-diversity compare to the controls.However,the mixed planting showed significant improvement in soil chemical and biochemical attributes and bacterialα-diversity,although the E.urograndis and C.hystrix planting had no improvement.Chloroflexi(oligotrophic bacteria)were significantly enriched in third generation Eucalyptus and Eucalyptus+C.hystrix,while proteobacteria increased significantly in the E.urograndis with C.camphora plantings.The relative abundance of multiple metabolic pathways increased significantly in the third generation Eucalyptus plantations whereas membrane transportrelated genes were enriched in soils of the mixed systems.The changes in bacterial community structures in the two mixed systems were driven by diversity,organic matter and acid phosphatase,while bacterial functions were affected by invertase,NO_(3)^(-)-N,diversity and urease.These results suggest that the transformation of successive monoculture Eucalyptus plantations into mixed plantations reduces the depletion of soil nutrients and enhances the ecological function of soil microorganisms. 展开更多
关键词 Soil chemical propertie Enzyme activity 16S rRNA amplicon sequencing Bacterial community structure tax4fun function prediction
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长江三峡上游水域细菌群落结构与功能预测 被引量:14
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作者 杨艳 王浩 +5 位作者 李凯航 李贝贝 张琦 王子权 金一 何晓青 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第4期1401-1415,共15页
【目的】揭示三峡附近支流和长江干流细菌群落组成,共现网络特征和对网络有重要作用的中心节点微生物,进一步研究三峡上游水域细菌群落的代谢功能。【方法】本研究于长江北岸四条一级支流和附近干流(香溪河、大宁河、朱衣河、梅溪河、... 【目的】揭示三峡附近支流和长江干流细菌群落组成,共现网络特征和对网络有重要作用的中心节点微生物,进一步研究三峡上游水域细菌群落的代谢功能。【方法】本研究于长江北岸四条一级支流和附近干流(香溪河、大宁河、朱衣河、梅溪河、长江干流)采集水样,基于16S rRNA基因Pacbio测序技术和生物信息学方法分析细菌群落结构,Tax4Fun功能预测分析细菌群落的代谢功能。【结果】(1)长江三峡上游水域主要优势菌门为变形菌门(Proteobacteria,66.4%)、拟杆菌门(Bacteroidetes,13.2%)和蓝细菌门(Cyanobacteria,6.2%)。变形菌门中,γ-变形菌最为丰富,其次是α-变形菌。多样性指数和丰富度指数表明研究区域微生物种类较为丰富。(2)共现网络分析结果表明,长江三峡上游附近水域网络具有“小世界”特征,鞘脂单胞菌科(Sphingomonadaceae)、绿弯菌门(Chloroflexi)、出芽菌科(Gemmataceae)、弯曲杆菌(Flectobacillus)和蟑螂杆状体科(Cryomorphaceae)是对共现网络结构有重要作用的中心节点微生物,在群落结构和多样组成中扮演着重要角色。(3)Tax4Fun功能预测共发现6个一级功能和42个二级功能,长江三峡上游水域细菌群落代谢比较活跃。【结论】长江三峡上游水域细菌群落多样性高,中心节点微生物多为稀有微生物,稀有微生物在维持群落结构中发挥重要作用。细菌群落代谢功能分析表明,长江三峡上游水域细菌群落代谢途径丰富,有益于水域的水体健康。了解微生物群落的分布和相互作用特征,将为长江生态系统的健康发展、水资源的利用和水环境的改善提供基础数据和科学依据。 展开更多
关键词 三峡上游水域 细菌群落结构 共现网络 tax4fun功能预测
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新疆荒漠地带裸土剖面微生物群落结构和功能分析 被引量:5
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作者 张子怡 李卓然 +2 位作者 阮爱东 武帅 鲁祥 《生物资源》 CAS 2022年第3期275-284,共10页
以了解新疆哈密荒漠地带裸土剖面微生物群落特性、为土壤荒漠化防治提供理论依据为目的,运用现场原位采样和高通量测序技术,研究了天山山脉北坡荒漠地带裸地不同海拔高度土壤微生物群落垂向格局及功能特性。PCoA结果表明:表层土壤(0~5 ... 以了解新疆哈密荒漠地带裸土剖面微生物群落特性、为土壤荒漠化防治提供理论依据为目的,运用现场原位采样和高通量测序技术,研究了天山山脉北坡荒漠地带裸地不同海拔高度土壤微生物群落垂向格局及功能特性。PCoA结果表明:表层土壤(0~5 cm)和非表层土壤(10~15 cm、20~25 cm)群落组成存在显著差异,Subgroup_6、γ变形菌纲、Nitrosophaeria、Phycisphaeria是引起差异的主要类群(纲水平),且土壤含水率是驱动土壤微生物整体群落和主要类群垂向分布的重要原因;在门水平上,三层土壤深度均以放线菌门(Actinobacteria)、酸杆菌门(Acidobacteria)、变形菌门(Proteobacteria)、浮霉菌门(Planctomycetes)、绿弯菌门(Chloroflexi)为新疆哈密荒漠土壤门水平主要类群。Tax4fun2功能预测结果显示,碳代谢、氨基酸代谢、脂质代谢、外源物质生物降解和代谢随土壤深度增加逐渐减小,推测可能是含水量的增加使得土壤容重增加,氧气含量减小,限制了微生物代谢能力所致。本文研究成果可为探究我国荒漠系统土壤微生物生物地理格局和土壤结构演变提供基础性数据。 展开更多
关键词 天山北坡 荒漠草地 裸土 土壤微生物群落 多样性 tax4fun2
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