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鹅星状病毒通用型TaqMan探针实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立与应用 被引量:1
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作者 陈立功 穆英丽 +5 位作者 张诚 潘保革 范乐乐 魏忠华 王学静 刘聚祥 《中国家禽》 北大核心 2025年第2期53-59,共7页
为建立用于鹅星状病毒1(GAstV 1)和鹅星状病毒2(GAstV 2)感染快速检测的实时荧光定量RT-PCR方法,试验根据部分GAstV ORF2基因和部分3′非编码区序列设计合成特异性引物和探针,采用矩阵法获得引物和探针的最优浓度,在优化退火温度的基础... 为建立用于鹅星状病毒1(GAstV 1)和鹅星状病毒2(GAstV 2)感染快速检测的实时荧光定量RT-PCR方法,试验根据部分GAstV ORF2基因和部分3′非编码区序列设计合成特异性引物和探针,采用矩阵法获得引物和探针的最优浓度,在优化退火温度的基础上,分别建立扩增GAstV 1和GAstV 2的标准曲线,进一步验证该方法的特异性、敏感性和重复性,建立的方法用于临床样品的检测,并与文献报道的常规RT-PCR方法进行比较。结果显示:优化后的反应体系中最优上、下游引物浓度均为0.40(或0.50)μmol/L,探针浓度均为0.50μmol/L,扩增线性范围分别为3.26×10^(3)~3.26×10^(8)拷贝/μL和7.09×10^(3)~7.09×10^(8)拷贝/μL,相关系数均为0.998;该方法可特异性检出两种GAstV,但对新城疫病毒、H9亚型禽流感病毒、鸭坦布苏病毒、新型鸭呼肠孤病毒、鹅细小病毒和血清4型禽腺病毒6种鹅病相关病毒的核酸均无扩增信号;其检测限分别为3.26×10^(2)拷贝/μL和7.09×10^(1)拷贝/μL;组内变异系数和组间变异系数均低于3%。建立的实时荧光定量RT-PCR方法对临床样品的检测结果显示,GAstV阳性率为90.57%(96/106);而文献报道的常规RT-PCR方法对GAstV 1和GAstV 2的混合阳性率为62.26%。研究表明,建立的TaqMan荧光定量RT-PCR检测方法为同时检测GAstV 1和GAstV 2提供了快速、敏感、特异且能满足临床样本需求的检测方法。 展开更多
关键词 鹅星状病毒 荧光定量RT-PCR taqman探针
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睡眠嗜组织菌TaqMan荧光定量PCR检测方法的建立及应用
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作者 李富祥 高华峰 +1 位作者 赵文华 宋建领 《中国预防兽医学报》 北大核心 2025年第7期706-712,共7页
睡眠嗜组织菌(H.somni)是牛、绵羊和山羊的重要致病菌。目前,国内尚无H.somni荧光定量PCR(qPCR)检测方法,为建立H.somni TaqMan qPCR检测方法,本研究根据H.somni 16S rRNA基因序列设计1对引物和1条TaqMan探针,通过反应体系和反应条件的... 睡眠嗜组织菌(H.somni)是牛、绵羊和山羊的重要致病菌。目前,国内尚无H.somni荧光定量PCR(qPCR)检测方法,为建立H.somni TaqMan qPCR检测方法,本研究根据H.somni 16S rRNA基因序列设计1对引物和1条TaqMan探针,通过反应体系和反应条件的优化,初步建立了H.somni TaqMan qPCR方法。利用建立的方法检测39种牛、绵羊和山羊源的不同细菌,结果显示该方法仅能检测到H.somni,而与溶血性曼氏杆菌、多杀性巴氏杆菌和海藻百伯史坦菌等38种细菌均无交叉反应,特异性较强。利用建立的方法检测6.3×10^(5)拷贝/μL~6.3×10^(-1)拷贝/μL的重组质粒标准品pMD-16S,结果显示该方法对其的检测限为6.3拷贝/μL,敏感性较高。以6.3×10^(5)拷贝/μL~6.3×10^(3)拷贝/μL的重组质粒标准品pMD-16S为模板,利用建立的方法进行批内和批间重复性试验,结果显示批内和批间重复性试验的变异系数均小于2%,重复性较好。利用建立的TaqMan qPCR和文献报道的普通PCR方法同时检测124份患呼吸道疾病牛、山羊和绵羊的肺脏样品和鼻拭子样品,结果显示二者对H.somni的检出率分别为11.29%(14/124)和10.48%(13/124),TaqMan qPCR方法与普通PCR方法的总符合率、阳性符合率和阴性符合率分别为99.19%(123/124)、100%(13/13)和99.10%(110/111),表明该TaqMan qPCR方法的准确性较高。本研究首次在国内建立检测H.somni的qPCR方法,该方法特异性强、敏感性高、重复性和准确性好,为牛、绵羊和山羊H.somni高通量的快速检测提供新的技术支撑。 展开更多
关键词 睡眠嗜组织菌 taqman荧光定量PCR 绵羊 山羊
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兔出血症病毒RHDV1和RHDV2一步法双重TaqMan探针荧光定量RT-PCR体系的建立和应用
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作者 陈萌萌 王冠萱 +8 位作者 仇汝龙 范志宇 胡波 宋艳华 魏后军 徐为中 葛雷 李一鸣 王芳 《江苏农业学报》 北大核心 2025年第5期937-942,共6页
兔出血症病毒(RHDV)引起的兔出血症是一种急性、高度致死性传染病,对养兔业造成严重危害。本研究基于RHDV衣壳蛋白(VP60)基因序列设计引物和TaqMan探针,建立可同时检测RHDV1和RHDV2两种毒株的双重TaqMan荧光定量RT-PCR检测体系。反应体... 兔出血症病毒(RHDV)引起的兔出血症是一种急性、高度致死性传染病,对养兔业造成严重危害。本研究基于RHDV衣壳蛋白(VP60)基因序列设计引物和TaqMan探针,建立可同时检测RHDV1和RHDV2两种毒株的双重TaqMan荧光定量RT-PCR检测体系。反应体系:2×One Step RT-PCR BufferⅢ10.0μL,上下游引物(10μmol/L)各0.6μL,ROX Reference DyeⅡ(50×)0.4μL,两种荧光探针(10μmol/L)各0.8μL,待测样本2.0μL,ddH_(2)O 4.8μL。反应程序:42℃5 min,95℃10 s,95℃5 s,60℃30 s,40个循环。试验结果表明,该体系特异性强,与轮状病毒、兔多杀性巴氏杆菌、兔支气管败血波氏菌、绿脓杆菌、沙门氏菌无交叉反应;灵敏度高,最低检测限为1μL 100拷贝。通过组内重复和组间重复进行重复性分析,Ct值变异系数为0.2%~2.9%,表明该体系稳定性较好。使用该体系对112份临床样本(60份肝脏组织、52份鼻肛拭子)进行检测,RHDV总检出率为69%,而常规RT-PCR体系的检出率仅为51%。本研究建立的双重荧光定量RT-PCR方法具有高灵敏度、强特异性和良好的重复性,可为RHDV的临床快速诊断及定量分析提供可靠技术支持。 展开更多
关键词 兔出血症病毒 荧光定量RT-PCR taqman探针
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羊肠道病毒TaqMan实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立及初步应用
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作者 马雪青 张雨星 +6 位作者 李平花 王松泰 魏达礼 赵志荀 朵红 卢曾军 孙普 《中国兽医科学》 北大核心 2025年第6期757-763,共7页
为建立一种灵敏、特异、准确的羊肠道病毒(CEV)实时荧光定量RT-PCR检测方法,本研究基于CEV基因序列的保守区设计特异性引物和探针,并制备标准品,通过优化反应体系和反应条件,建立了TaqMan实时荧光定量RT-PCR检测方法,同时对其敏感性、... 为建立一种灵敏、特异、准确的羊肠道病毒(CEV)实时荧光定量RT-PCR检测方法,本研究基于CEV基因序列的保守区设计特异性引物和探针,并制备标准品,通过优化反应体系和反应条件,建立了TaqMan实时荧光定量RT-PCR检测方法,同时对其敏感性、特异性和重复性进行评估,并与常规RT-PCR比较检测临床样品。结果显示,所建方法的标准曲线R2为0.995,拷贝数与Ct值有良好的线性关系;该方法特异性强,与口蹄疫病毒(FMDV)、小反刍兽疫病毒(PPRV)、羊痘病毒(SPV)、羊口疮病毒(ORFV)、牛病毒性腹泻病毒(BVDV)无交叉反应;敏感性最低检测限为23 copies/μL;组内与组间变异系数均小于2.5%,重复性好。使用本方法检测了598份羊的临床样品,阳性检出率(83/598)高于常规RT-PCR (30/598)。上述结果表明,本研究建立了一种灵敏、特异的CEV TaqMan实时荧光定量RT-PCR检测方法,并建议采用羊的粪便或肛拭子即可进行CEV的流调工作,这为CEV的诊断、流行病学调查提供了重要的技术支持。 展开更多
关键词 羊肠道病毒 taqman实时荧光定量RT-PCR 诊断
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鲤疱疹病毒2型和3型双重TaqMan荧光定量PCR检测方法的建立与应用
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作者 陈永聪 方勤美 +1 位作者 柯翎 施少华 《海洋渔业》 北大核心 2025年第5期619-628,共10页
为快速、高效鉴别鲤疱疹病毒2型(cyprinid herpesvirus 2,CyHV-2)和3型(cyprinid herpesvirus 3,CyHV-3),针对鲤疱疹病毒基因组的保守序列,设计了2对特异性引物,通过优化反应条件,建立了检测CyHV-2和CyHV-3的双重TaqMan qPCR方法,并对... 为快速、高效鉴别鲤疱疹病毒2型(cyprinid herpesvirus 2,CyHV-2)和3型(cyprinid herpesvirus 3,CyHV-3),针对鲤疱疹病毒基因组的保守序列,设计了2对特异性引物,通过优化反应条件,建立了检测CyHV-2和CyHV-3的双重TaqMan qPCR方法,并对该方法特异性、灵敏度和重复性进行了评价。同时利用该方法对实验室保存的金鱼(Carassius auratus var.)和锦鲤(Cryprinus carpiod haematopterus)临床样品进行检测。结果显示,该方法能特异性检测CyHV-2和CyHV-3,而对水产养殖中其他常见DNA或RNA病毒无交叉反应;敏感性实验显示,该方法的最低检测量为10 copies·μL^(-1),表明该方法具有较高的灵敏度;测定结果在组内和组间重复变异系数均小于3%,重复性良好。使用该方法对实验室保存的37份金鱼和78份锦鲤临床样品进行检测,病毒检出结果与用国家标准(GB/T 36194-2018)和行业标准(SC/T 7212.1-2011)方法检测的结果一致。对5份CyHV-2(金鱼样品)和5份CyHV-3(锦鲤样品)阳性的临床样品进行混合后检测,结果均为CyHV-2和CyHV-3双阳性。研究表明,本研究建立的双重TaqMan qPCR检测方法具有特异性强、灵敏度高和重复性好等优点,可以为临床上CyHV-2和CyHV-3的快速定量检测和鉴别诊断提供新的工具和方法。 展开更多
关键词 鲤疱疹病毒2型 鲤疱疹病毒3型 双重taqman qPCR
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H9N2亚型禽流感病毒双重TaqMan探针实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立与应用
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作者 刘莉 张贺楠 +4 位作者 莫一群 徐亚亚 金丁丁 齐岩 胡增垒 《中国家禽》 北大核心 2025年第11期154-160,共7页
为建立一种快速、灵敏且特异的H9N2亚型禽流感病毒(AIV)的双重荧光定量RT-PCR检测方法,试验根据H9N2 AIV的HA基因和NA基因保守区域设计特异性引物及TaqMan探针,通过优化反应体系及条件,建立H9N2亚型AIV的双重荧光定量RT-PCR检测方法,进... 为建立一种快速、灵敏且特异的H9N2亚型禽流感病毒(AIV)的双重荧光定量RT-PCR检测方法,试验根据H9N2 AIV的HA基因和NA基因保守区域设计特异性引物及TaqMan探针,通过优化反应体系及条件,建立H9N2亚型AIV的双重荧光定量RT-PCR检测方法,进一步对该方法的灵敏度、特异性、重复性进行评估,并将建立的方法用于临床样品的检测,与H9亚型AIV荧光RT-PCR检测试剂盒进行比较。结果显示:该方法与其他亚型AIV、新城疫病毒、传染性喉气管炎病毒、禽白血病病毒、传染性法氏囊病病毒和传染性支气管炎病毒无交叉反应,检测限为0.1 copies/μL,批内和批间变异系数均小于5%,临床样本检测阳性率(24.3%)高于H9亚型AIV荧光RT-PCR检测试剂盒(18.9%)。研究表明,建立的H9N2 AIV双重TaqMan探针实时荧光定量RT-PCR检测方法特异性强,敏感性较高,能够应用于H9N2 AIV的快速检测。 展开更多
关键词 H9N2亚型禽流感病毒 taqman探针 荧光定量RT-PCR HA基因 NA基因
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鸭瘟病毒TaqMan荧光定量PCR检测方法的建立及应用 被引量:2
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作者 于江玮 程慧敏 +4 位作者 林健 杨宝琳 黄程 杨志远 胡格 《畜牧兽医学报》 北大核心 2025年第2期765-773,共9页
为建立一种鸭瘟病毒(duck plague virus,DPV)TaqMan荧光定量PCR快速检测方法,基于DPV US 6基因保守序列设计特异性引物和探针,构建重组质粒DPV-US6标准品,对方法敏感性、特异性和重复性进行评价,并应用于DPV在鸡胚成纤维细胞(CEF)上增... 为建立一种鸭瘟病毒(duck plague virus,DPV)TaqMan荧光定量PCR快速检测方法,基于DPV US 6基因保守序列设计特异性引物和探针,构建重组质粒DPV-US6标准品,对方法敏感性、特异性和重复性进行评价,并应用于DPV在鸡胚成纤维细胞(CEF)上增殖及人工感染鸭器官组织上分布规律研究。结果显示,成功建立了DPV TaqMan荧光定量PCR检测方法,该方法最低检测限可以达到10 copies·μL^(-1),与番鸭细小病毒、鸭圆环病毒、鸭坦布苏病毒、鸭呼肠孤病毒、H9N2亚型禽流感病毒、鸭甲型肝炎病毒(I型和III型)和鸭衣原体均无交叉反应,批间和批内变异系数均小于2.0%。DPV-AX株感染CEF细胞后,病毒核酸拷贝数检测结果表明,4~8 h病毒增殖缓慢,12~60 h迅速上升,60 h达到最高峰,72~144 h逐渐下降,与TCID 50法测定的病毒滴度相比,两种检测方法具有良好相关性,可实现拷贝数替代TCID 50。DPV人工感染鸭组织脏器的病毒载量分布检测表明,肝脏中的病毒载量最高。本试验建立的检测方法为研究DPV-AX株在CEF上的增殖规律提供工具。 展开更多
关键词 鸭瘟病毒 US 6基因 taqman探针 荧光定量PCR 增殖规律 人工感染
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犬冠状病毒和犬细小病毒双重TaqMan荧光定量PCR检测方法的建立 被引量:1
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作者 宫英杰 扈富哥 +4 位作者 王蕾 毕振威 钱晶 王建发 谭业平 《畜牧与兽医》 CAS 北大核心 2025年第1期74-78,共5页
旨在建立犬冠状病毒(CCoV)和犬细小病毒(CPV)双重TaqMan荧光定量PCR检测方法。针对CCoV的3′UTR与CPV的VP2设计引物与探针,通过对反应体系与条件进行优化,建立了CCoV与CPV的双重荧光定量PCR检测方法,并对该方法进行敏感性、特异性、重... 旨在建立犬冠状病毒(CCoV)和犬细小病毒(CPV)双重TaqMan荧光定量PCR检测方法。针对CCoV的3′UTR与CPV的VP2设计引物与探针,通过对反应体系与条件进行优化,建立了CCoV与CPV的双重荧光定量PCR检测方法,并对该方法进行敏感性、特异性、重复性验证与临床样品检验。结果:CCoV与CPV阳性参考质粒浓度在10^(2)~10^(7) copies/μL,CCoV与CPV的标准曲线R^(2)分别为0.999与0.996,线性关系良好,CCoV与CPV的最低检测限均为5 copies/μL,与其他病原无交叉反应,组内与组间的变异系数均小于1.38%,说明该方法灵敏度高、特异性强、重复性良好;对113份临床样本进行检测,与普通PCR比较,该方法对CCoV和CPV的检出率较高,分别为37.2%和40.7%。研究表明,本试验建立的CCoV和CPV双重荧光定量PCR方法检测效果良好,为相关疾病的临床诊断、流行病调查等提供了有力工具。 展开更多
关键词 犬冠状病毒 犬细小病毒 双重实时荧光定量PCR taqman探针
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H3、H4、H6和H9亚型禽流感病毒多重TaqMan荧光定量RT-PCR检测方法的建立及应用 被引量:1
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作者 龙凤 熊陈勇 +11 位作者 施开创 郑敏 林昌华 林宝江 杜忠 韦显凯 冯淑萍 屈素洁 陆文俊 李剑锋 周明旭 尹彦文 《中国预防兽医学报》 北大核心 2025年第1期31-38,共8页
为同时鉴别检测H3、H4、H6和H9亚型禽流感病毒(AIV),本研究根据上述4种亚型AIV HA基因的保守区,采用primer6.0设计4对特异性引物和TaqMan探针,经PCR扩增上述4种亚型AIVHA基因后,分别克隆至pMD18-T载体中构建重组质粒p-H3、p-H4、p-H6和p... 为同时鉴别检测H3、H4、H6和H9亚型禽流感病毒(AIV),本研究根据上述4种亚型AIV HA基因的保守区,采用primer6.0设计4对特异性引物和TaqMan探针,经PCR扩增上述4种亚型AIVHA基因后,分别克隆至pMD18-T载体中构建重组质粒p-H3、p-H4、p-H6和p-H9,并均经PCR与测序鉴定正确后作为标准品。通过优化各反应条件,初步建立了检测H3、H4、H6和H9亚型AIV的多重TaqMan荧光定量RT-PCR(RT-qPCR)方法。分别以H1、H3、H4、H5、H6、H7、H9亚型AIV、传染性喉气管炎病毒(ILTV)、传染性支气管炎病毒(IBV)、鸭坦布苏病毒(DTMUV)、鸭圆环病毒(DuCV)、番鸭细小病毒(MDPV)、番鸭呼肠孤病毒(MDRV)和新城疫病毒(NDV)的RNA或者DNA作为模板,采用本研究建立的多重RT-qPCR检测,评估该方法的特异性;将4个重组质粒标准品等体积混合物10倍倍比稀释后作为模板,采用本研究建立的多重RT-qPCR检测,评估该方法的敏感性;选择3个浓度的重组质粒标准品等体积混合物作为模板,采用本研究建立的多重RT-qPCR分别进行批内和批间重复性试验,评估该方法的重复性。结果显示,该方法仅H3、H4、H6和H9亚型AIV出现扩增曲线,其他相关禽病病原均为阴性,特异性较强;该方法对H3、H4、H6和H9亚型AIV的检测限均为1.0×101拷贝/µL,敏感性较高;批内和批间重复性试验的变异系数为0.06%~1.09%,重复性较好。利用该方法检测来自广西不同地区的3360份临床家禽咽喉、泄殖腔拭子样品,结果显示H3、H4、H6和H9亚型AIV的检出率分别为4.08%(137/3360)、0.21%(7/3360)、1.13%(38/3360)和3.51%(118/3360),与各亚型AIV单一RT-qPCR商品化试剂盒的检测结果均一致,符合率达100%。表明本研究建立的多重RT-qPCR准确性较好,可以用于临床各类样品的检测。本研究建立了一种同时鉴别检测H3、H4、H6和H9亚型AIV的多重RT-qPCR方法,为AIV基因分型和流行病学调查提供便捷的技术手段。 展开更多
关键词 禽流感病毒 荧光定量RT-PCR taqman
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猪细小病毒TaqMan实时荧光定量PCR方法的建立与应用 被引量:1
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作者 帅文娜 郭子强 +8 位作者 李佳乐 罗梦 李丽薇 周艳君 姜一峰 童武 童光志 李兆龙 高飞 《中国兽医科学》 北大核心 2025年第1期80-85,共6页
本研究通过对猪细小病毒(PPV)1型非结构蛋白NS1基因保守序列进行设计,建立了PPV的TaqMan实时荧光定量PCR方法,实现了对PPV1的快速检测。结果显示,该检测方法的Ct值与标准品质粒在1.0×10^(10)copies/μL~1.0×10^(4)copies/μL... 本研究通过对猪细小病毒(PPV)1型非结构蛋白NS1基因保守序列进行设计,建立了PPV的TaqMan实时荧光定量PCR方法,实现了对PPV1的快速检测。结果显示,该检测方法的Ct值与标准品质粒在1.0×10^(10)copies/μL~1.0×10^(4)copies/μL范围内具有良好的线性关系,曲线回归方程为y=-3.6186x+42.01,R^(2)=0.99,扩增效率为189%;重复性好,组内与组间变异系数均低于1.0898%;敏感性好,最低检测限为1.0×10^(1)copies/μL;特异性强,不与猪圆环病毒2型、猪繁殖与呼吸综合征病毒、猪伪狂犬病病毒、猪传染性胃肠炎病毒、非洲猪瘟病毒发生交叉反应,并用该方法对临床样品与病毒拷贝数进行了检测。表明本研究建立的方法重复性好、敏感性高、特异性强,适用于对PPV进行临床检测与诊断。 展开更多
关键词 猪细小病毒 NS1蛋白 taqman实时荧光定量PCR
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禽腺病毒I群和禽腺病毒4型双重TaqMan探针荧光定量PCR检测方法的建立与应用 被引量:2
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作者 薛晓岩 张振兴 +4 位作者 杨钦鸿 王位 张伟 李素华 宋建领 《中国预防兽医学报》 北大核心 2025年第2期152-158,184,共8页
为建立能快速检测禽腺病毒I群(FAd V-I)和禽腺病毒4型(FAd V-4)的双重Taq Man探针荧光定量PCR(qPCR)方法,本研究根据禽腺病毒(FAd V)的Hexon基因,设计针对FAd V-I和FAd V-4的通用型与特异型引物与探针。采用上述引物经PCR扩增靶基因并... 为建立能快速检测禽腺病毒I群(FAd V-I)和禽腺病毒4型(FAd V-4)的双重Taq Man探针荧光定量PCR(qPCR)方法,本研究根据禽腺病毒(FAd V)的Hexon基因,设计针对FAd V-I和FAd V-4的通用型与特异型引物与探针。采用上述引物经PCR扩增靶基因并克隆至p MD19-T载体中,构建重组质粒标准品p MD19-T-FAd V-I和p MD19-T-FAd V-4,并均经PCR和测序鉴定。将两种重组质粒标准品分别10倍倍比稀释后等体积混合作为模板,采用棋盘法对反应体系和反应条件进行优化,建立了能检测上述病原的双重Taq Man探针q PCR方法,同时对该方法的特异性、敏感性、重复性及对临床样品的适用性进行评价。结果显示,两种重组质粒标准品标准曲线的相关系数(R2)均大于0.996,表明两种质粒标准品混合物的拷贝数与其Ct值具有良好的线性关系;该方法能够特异性检测和区分FAd V-I和FAd V-4,与其他禽类传染病病原核酸不发生交叉反应,具有较强的特异性;该方法对FAd V-I和FAd V-4重组质粒标准品的检测限分别为4.6×10~2拷贝/μL和2.01×10~2拷贝/μL,比常规PCR方法敏感性高10倍,具有较高的敏感性;批内和批间重复性试验的变异系数均小于1.0%,具有较好的重复性和稳定性。采用该方法和常规PCR法对32份疑似感染FAd V-I的家禽组织样品、8份疑似感染FAd V-4的家禽粪便样品进行检测,结果显示二者检测结果的符合率均为100%。结果表明,本研究建立的FAd V-I/FAd V-4双重Taq Man探针q PCR检测方法特异性强、敏感性高、准确性好,为快速诊断FAd V-I的同时鉴别FAd V-4提供了技术支持。 展开更多
关键词 禽腺病毒I群 禽腺病毒4型 HEXON taqman探针 荧光定量PCR
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鸽腺病毒Ⅰ型TaqMan探针实时荧光定量PCR检测方法的建立及遗传进化分析 被引量:1
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作者 安乐乐 刘倩芸 +2 位作者 蓝秋菊 罗迅 赵永清 《江西农业大学学报》 北大核心 2025年第1期167-177,共11页
【目的】鸽腺病毒感染在全球鸽群中广泛分布,可引起多种临床症状,如呕吐、腹泻、肝脏损伤等,严重影响鸽的健康与养殖效益。建立一种快速高效检测鸽腺病毒Ⅰ型(PiAdV-Ⅰ)TaqMan探针实时荧光定量PCR方法,为鸽腺病毒Ⅰ型临床检测及流行病... 【目的】鸽腺病毒感染在全球鸽群中广泛分布,可引起多种临床症状,如呕吐、腹泻、肝脏损伤等,严重影响鸽的健康与养殖效益。建立一种快速高效检测鸽腺病毒Ⅰ型(PiAdV-Ⅰ)TaqMan探针实时荧光定量PCR方法,为鸽腺病毒Ⅰ型临床检测及流行病学调查提供技术平台。【方法】依据GenBank公布鸽腺病毒Ⅰ型Hexon基因保守区设计引物探针并构建重组质粒pCE2-TA-PiAdV-Ⅰ;优化反应体系和程序,绘制标准曲线、特异性、敏感性和重复性评价,建立鸽腺病毒Ⅰ型TaqMan探针实时荧光定量PCR检测方法;扩增测序阳性临床样品的Hexon基因,使用MEGA5.0进行进化树构建及同源性分析。【结果】该TaqMan探针实时荧光定量PCR方法标准曲线y=-3.1081x+37.374,线性相关系数R2为0.9977,线性关系良好;与鸽疱疹病毒、鸽圆环病毒等鸽子其他常见病毒无交叉反应,具有良好的特异性;最低检测拷贝数为14.6 copies/μL,敏感性是常规PCR方法的10倍,具有高敏感性;组内和组间变异系数均低于1.1%,重复性好。通过检测112份鸽子病料样品,该TaqMan探针实时荧光定量PCR方法检测阳性率为69.64%(78/112),并且高于常规PCR方法阳性检出率65.18%(73/112)。此外,建立的TaqMan探针实时荧光定量PCR方法与常规PCR方法的阳性符合率为100%,总体符合率为95.54%。3条测序毒株与Ⅰ型鸽腺病毒参考毒株同源性为99.47%~99.71%,遗传关系高度接近,表明可能由同一个原始毒株进化而来。【结论】研究建立的鸽腺病毒Ⅰ型TaqMan探针实时荧光定量PCR检测方法线性关系良好、特异性强、敏感性高及重复性好,可快速高效检测出临床样品中的PiAdV-Ⅰ。此外,所扩增序列能够用于分析临床毒株遗传进化特征,有助于快速准确诊断鸽腺病毒感染及疫苗研发提供参考依据。 展开更多
关键词 鸽腺病毒Ⅰ型 Hexon基因 taqman探针实时荧光定量PCR 遗传进化分析 临床检测 流行病学调查
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基于5’UTR基因的牛肠道病毒TaqMan探针实时荧光定量PCR检测方法的建立 被引量:1
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作者 陆泳锟 张德雄 +7 位作者 王晓虎 陈晶 黄元 马惠海 李学泓 陈翔宇 黄淑坚 王刚 《病毒学报》 北大核心 2025年第5期1488-1498,共11页
为建立一种可快速、特异、高效检测牛肠道病毒(Bovine enterovirus,BEV)的实时荧光定量PCR检测方法,本研究根据GenBank数据库BEV流行毒株5’UTR保守基因序列设计合成特异性引物及探针,并以BEV阳性核酸5’UTR基因序列构建的标准质粒为模... 为建立一种可快速、特异、高效检测牛肠道病毒(Bovine enterovirus,BEV)的实时荧光定量PCR检测方法,本研究根据GenBank数据库BEV流行毒株5’UTR保守基因序列设计合成特异性引物及探针,并以BEV阳性核酸5’UTR基因序列构建的标准质粒为模板,采用矩阵法对引物和探针浓度、退火温度进行优化及绘制标准曲线,同时进行灵敏性、重复性及特异性验证和临床样本检测。结果表明,该检测方法在重组质粒标准品模板浓度为4.05×10^(2)~4.05×10^(9)拷贝/μL范围内呈现良好的线性关系,相关系数R^(2)为0.9975,线性方程斜率为3.4539,扩增效率为94.7%,最低检测限度为4.05×10^(2)拷贝/μL,比常规RT-PCR检测方法灵敏度高100倍;组内和组间的变异系数均小于0.8%;与牛病毒性腹泻病毒(Bovine viral diarrhea mucosal disease virus,BVDV)、轮状病毒(Rotavirus,RV)、牛传染性鼻气管炎病毒(Infectious bovine rhinotracheitis virus,IBRV)和牛流行热病毒(Bovine ephemeral fever virus,BEFV)均无交叉反应。应用该检测方法对牛场采集的36份腹泻牛的粪便样品和24份肛拭子样品进行检测,检测阳性率分别为94.44%(34/36)和91.67%(22/24)。经试验验证表明,该检测方法具有较好的灵敏性、重复性及特异性,可应用于牛常规临床样本中BEV的鉴别诊断,为BEV的防控提供了有力的技术支持。 展开更多
关键词 牛肠道病毒 5’UTR基因 taqman探针法 实时荧光定量PCR
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柯萨奇病毒B组4型TaqMan探针一步法实时荧光定量PCR检测方法的建立及验证 被引量:1
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作者 郭伟 陈俊薇 +3 位作者 刘煜菡 张名 冯昌增 马绍辉 《中国生物制品学杂志》 2025年第2期167-171,共5页
目的建立柯萨奇病毒B组4型(Ccoxsackievirus B4,CVB4)Taq Man探针一步法实时荧光定量PCR(real-time fluo-rescence quantitative PCR,RT-q PCR)检测方法,并进行验证,以期为CVB4的快速定量检测提供可靠方法。方法选择CVB4的VP1序列中较... 目的建立柯萨奇病毒B组4型(Ccoxsackievirus B4,CVB4)Taq Man探针一步法实时荧光定量PCR(real-time fluo-rescence quantitative PCR,RT-q PCR)检测方法,并进行验证,以期为CVB4的快速定量检测提供可靠方法。方法选择CVB4的VP1序列中较保守部分,设计引物和探针;经体外转录获得阳性RNA标准品,绘制标准曲线,建立CVB4的Taq Man探针一步法RT-q PCR法。验证方法的灵敏度、线性范围、重复性、特异性。应用建立的方法检测16份临床样本。结果方法的检测灵敏度为10~3copies/μL;阳性RNA标准品在10^(3)~10^(10)copies/μL范围内,与荧光单位(relative fluorescence unit,RFU)具有良好的线性关系,线性方程为:y=-3.742 x+48.651,R^(2)为0.998;重复性验证CV<2%;与柯萨奇病毒B组其他血清型CVB2、CVB3、CVB5、CVB6,肠道病毒71型(enterovirus 71,EV71),柯萨奇病毒A组(Coxsackie virus A,CVA)8、10、12型(CVA8、CVA10、CVA12),埃可病毒11型(Echovirus 11,E11)均无交叉反应。16份临床样本中12份为CVB4阳性。结论建立的Taq Man探针一步法RT-q PCR检测方法具有较好的灵敏度、特异性和重复性,可用于CVB4临床样品的检测。 展开更多
关键词 柯萨奇病毒B组4型 taqman探针 实时荧光定量PCR
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斯里兰卡木薯花叶病毒TaqMan荧光定量PCR检测方法的建立及应用
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作者 黄境珊 王国芬 +6 位作者 时涛 李超萍 陈奕鹏 蔡吉苗 李博勋 刘先宝 黄贵修 《热带作物学报》 北大核心 2025年第9期2056-2062,共7页
由斯里兰卡木薯花叶病毒(Sri Lankan cassava mosaic virus,SLCMV)侵染引起的斯里兰卡木薯花叶病是近年来我国木薯种植中新发的危险性病害。现有检测技术存在灵敏度低、效率不高等不足,限制了相关工作的开展。本研究根据病毒基因序列设... 由斯里兰卡木薯花叶病毒(Sri Lankan cassava mosaic virus,SLCMV)侵染引起的斯里兰卡木薯花叶病是近年来我国木薯种植中新发的危险性病害。现有检测技术存在灵敏度低、效率不高等不足,限制了相关工作的开展。本研究根据病毒基因序列设计引物和探针,制备阳性质粒标准品,建立SLCMV的TaqMan荧光定量检测技术,并对其应用效果等进行验证。结果发现,该方法仅对SLCMV DNA样品产生特异性荧光信号,对阳性质粒标准品的最低检出量为4.5×10^(1)copies/μL。标准曲线显示,Ct值与拷贝数的对数呈良好线性关系,曲线斜率为-3.1312,相关系数(R^(2))为0.9969,扩增效率(E)为97.9%,标准曲线方程为y=-3.1312x+34.599。利用该技术对广西和福建的2个木薯种植园供试样品进行检测,叶片阳性检出率分别达95.45%和78.57%,最低检测拷贝数为1.45×10^(5)copies/g,而田间烟粉虱携毒率为86%,最低带毒量为9.42×10^(4)copies/头。该技术具有良好的灵敏度、特异性和重复性,可为该病的田间鉴定、早期诊断、无毒种茎评价等监控工作提供有效的技术支持。 展开更多
关键词 木薯 斯里兰卡木薯花叶病毒 taqman荧光定量PCR
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血清8b型禽腺病毒TaqMan实时荧光定量PCR检测方法的建立和应用
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作者 张锋宛 刘琳 +7 位作者 刘明洋 常晶晶 张瀚文 高亚茹 王泱 张宜娜 李新生 宋亚鹏 《黑龙江畜牧兽医》 北大核心 2025年第10期98-103,共6页
为了建立一种高效的血清8b型禽腺病毒(FAdV-8b)检测方法,试验针对FAdV-8b Hexon基因高度保守区的核苷酸序列设计TaqMan实时荧光定量PCR检测方法的特异性引物和探针,通过对扩增体系进行优化建立了FAdV-8b的TaqMan荧光定量PCR检测方法,对... 为了建立一种高效的血清8b型禽腺病毒(FAdV-8b)检测方法,试验针对FAdV-8b Hexon基因高度保守区的核苷酸序列设计TaqMan实时荧光定量PCR检测方法的特异性引物和探针,通过对扩增体系进行优化建立了FAdV-8b的TaqMan荧光定量PCR检测方法,对该方法进行特异性、敏感性和重复性检测,并采用该方法对FAdV-8b感染SPF鸡进行排毒监测与临床样品检测。结果表明:优化后的扩增体系为模板2μL、Premix Ex TaqTM(Probe qPCR)10μL、上下游引物(TaqMan-F/R,10μmol/L)各0.4μL、探针(P,10μmol/L)0.8μL。该方法能特异性检出FAdV-8b,与血清8a型禽腺病毒(FAdV-8a)、血清2型禽腺病毒(FAdV-2)、血清11型禽腺病毒(FAdV-11)、血清4型禽腺病毒(FAdV-4)、鸡传染性贫血病毒(CIAV)、传染性法氏囊病病毒(IBDV)和H9N2亚型禽流感病毒无交叉反应;能检测到的最低质粒拷贝浓度为50拷贝/μL,敏感性是常规PCR方法的10倍;以拷贝浓度0.5×10^(7),0.5×10^(6),0.5×10^(5),0.5×10^(4)拷贝/μL的阳性标准质粒为模板的3次重复Ct值的变异系数分别为1.17%、3.73%、6.25%、2.56%。采用该方法进行排毒监测,于攻毒后第1~14天均可在SPF鸡泄殖腔拭子中检测到病毒且于攻毒后第1天和第2天对病毒的检出率达到100%(10/10),而常规PCR方法仅可于攻毒后第1~12天检测到病毒且于攻毒后第1天和第2天对病毒的检出率较低;该方法对91份疑似禽腺病毒感染的临床样本的检出率为13.1%(8/61),与常规PCR方法的符合率为96.7%。说明本研究建立的FAdV-8b TaqMan实时荧光定量PCR检测方法特异性强、敏感性高、重复性好,可用于临床上FAdV-8b的快速检测。 展开更多
关键词 禽类 血清8b型禽腺病毒 Hexon基因 taqman探针 实时荧光定量PCR 检测方法
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副猪嗜血杆菌、胸膜肺炎放线杆菌、多杀性巴氏杆菌和猪链球菌多重TaqMan荧光定量PCR检测方法的建立
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作者 毛茵茗 汤德元 +6 位作者 曾智勇 王彬 黄涛 何松 周飘 胡雯雯 周敏 《中国预防兽医学报》 北大核心 2025年第9期913-919,共7页
副猪嗜血杆菌(HPS)、胸膜肺炎放线杆菌(APP)、多杀性巴氏杆菌(Pm)和猪链球菌(SS)的单独或混合感染是全球养猪生产中常见的健康问题之一。由于传统的单一检测方法无法满足多病原混合感染的检测要求,为了缩短检测时间,降低检测成本,本研... 副猪嗜血杆菌(HPS)、胸膜肺炎放线杆菌(APP)、多杀性巴氏杆菌(Pm)和猪链球菌(SS)的单独或混合感染是全球养猪生产中常见的健康问题之一。由于传统的单一检测方法无法满足多病原混合感染的检测要求,为了缩短检测时间,降低检测成本,本研究根据HPS的16S r RNA基因、APP的apx IVA基因、Pm的KMT1基因以及SS的gdh基因序列设计特异性引物和Taq Man探针,PCR扩增相应基因后,将其分别克隆至p MD19-T载体中,构建重组质粒标准品p MD19T-HPS、p MD19T-APP、p MD19T-Pm和p MDT19-SS。经各反应条件的优化建立了同时检测HPS、APP、Pm和SS的多重Taq Man荧光定量PCR(q PCR)检测方法。利用该方法检测HPS、APP、Pm、SS、大肠杆菌、金黄色葡萄球菌、都柏林沙门氏菌、枯草芽孢杆菌、乳酸菌等常见细菌,结果显示,该方法对HPS、APP、Pm和SS均有扩增反应,与其他常见细菌均无交叉反应,特异性较强。对10倍倍比稀释后等浓度等体积混合的4种重组质粒标准品混合物的检测结果显示,该方法对p MD19T-HPS、p MD19T-APP、p MD19T-SS的检测限均为1×10^(1)拷贝/μL,对p MD19T-Pm的检测限为1×10^(2)拷贝/μL,敏感性较高;选取3个浓度的p MD19T-HPS、p MD19T-APP、p MD19T-Pm和p MD19T-SS(1×10^(6)拷贝/μL、1×10^(5)拷贝/μL、1×10^(4)拷贝/μL)等浓度等体积混合物为模板,进行组内和组间重复性试验,结果显示组内与组间重复性试验的变异系数均小于3%,重复性较好。利用该方法与中华人民共和国农业农村部公告中HPS常规PCR方法(GB/T34750-2017)、APP常规PCR方法(NY/T 537-2023)、Pm常规PCR方法(NY/T 564-2016)、SS常规PCR方法(GB/T19915.3-2005)分别检测62份临床样品,结果显示,本研究建立的多重Taq Man q PCR检测方法对HPS的检出率为69.35%(43/62),对APP的检出率为14.52%(9/62),对Pm的检出率为25.81%(16/62),对SS的检出率为80.65%(50/62);常规PCR对HPS的检出率为59.68%(37/62),对APP的检出率为8.06%(5/62),对Pm的检出率为22.58%(14/62),对SS的检出率为77.42%(48/62),其中HPS和APP混合感染率为1.61%(1/62),HPS和Pm混合感染率为6.45%(4/62),HPS和SS混合感染率为20.97%(13/62),APP和SS混合感染率为3.22%(2/62),HPS、APP和SS混合感染率为1.61%(1/62)。经计算,HPS、APP、Pm和SS的多重Taq Man qPCR检测方法与常规PCR的阳性符合率为100%,总符合率分别为:90.32%、96.77%、100%、96.77%。本研究建立的多重Taq Man qPCR检测方法特异性强、敏感性高、重复性好,为HPS、APP、Pm和SS临床样品的快速鉴别检测提供了有力技术支持。 展开更多
关键词 副猪嗜血杆菌 传染性胸膜肺炎放线杆菌 多杀性巴氏杆菌 猪链球菌 多重taqman荧光定量PCR
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牛呼吸道疾病综合征中4种病毒性病原多重TaqMan qPCR检测方法的建立及应用
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作者 徐雪可 张乾义 +10 位作者 赵文娟 何高明 吴桐忠 王莉莉 黎雪勤 姜美奇 韩猛立 张星星 张倩 钟发钢 黄新 《中国预防兽医学报》 北大核心 2025年第7期697-705,共9页
为建立一种能同时检测牛副流感病毒3型(BPIV3)、牛呼吸道合胞体病毒(BRSV)、牛传染性鼻气管炎病毒(IBRV)和牛病毒性腹泻病毒(BVDV)这4种病原的方法,本研究分别以BPIV3和BRSV的P基因、IBRV的gI基因和BVDV的5'UTR基因为靶基因设计特... 为建立一种能同时检测牛副流感病毒3型(BPIV3)、牛呼吸道合胞体病毒(BRSV)、牛传染性鼻气管炎病毒(IBRV)和牛病毒性腹泻病毒(BVDV)这4种病原的方法,本研究分别以BPIV3和BRSV的P基因、IBRV的gI基因和BVDV的5'UTR基因为靶基因设计特异性引物和探针,构建质粒标准品pUC57-BPIV3-P、pUC57-BRSV-P、pUC57-IBRV-gI和PVC57-BVDV-5'UTR,并经PCR和测序鉴定正确后等体积比混合作为模板,采用方阵法对引物、探针和各反应条件等的优化,初步建立引起牛呼吸道疾病综合征(BRDC)4种病毒性病原的多重TaqMan qPCR检测方法。结果显示,建立的多重qPCR仅能特异性检测BPIV3、BRSV、IBRV和BVDV,与引起BRDC其他病原的牛冠状病毒(BCoV)、牛支原体(M-bov)、牛多杀性巴氏杆菌(Pm)、牛溶血性曼氏杆菌(Mh)均无交叉反应;对1:1:1:1混合的4种质粒标准品的检测限均为10拷贝/μL;组内和组间重复性试验的变异系数均小于1%;以本研究方法和国家标准检测法对149份临床样品平行检测BVDV,结果显示两种方法的总符合率分别为80.85%,以本研究方法和已有专利中的多重qPCR方法对149份临床样品平行检测BPIV3、BRSV、IBRV,结果显示两种方法的总符合率分别为75.07%、100%和92.83%,临床样品中存在4种病原8种混合感染情况。结果表明,本研究建立的致BRDC的4种病毒多重Taq Man qPCR方法特异性强、敏感性高、重复性和准确性均较好,可用于BPIV3、BRSV、IBRV和BVDV这4种常见牛病毒的鉴别检测和流行病学调查,为养殖场BRDC的防控奠定基础。 展开更多
关键词 牛副流感病毒3型 牛呼吸道合胞体病毒 牛传染性鼻气管炎病毒 牛病毒性腹泻-黏膜病 taqman qPCR
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兔轮状病毒TaqMan探针荧光定量RT-PCR检测方法的建立和初步应用
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作者 李嘉逸 伍孟婷 +10 位作者 陈萌萌 仇汝龙 魏后军 范志宇 胡波 葛雷 李一鸣 徐为中 董海龙 宋艳华 王芳 《江苏农业科学》 北大核心 2025年第13期210-215,共6页
为了能够快速、灵敏地检测出发病家兔临床样本中的兔轮状病毒(Lapine rotavirus,LaRV),根据GenBank已登录的LaRV非结构蛋白5(NSP5)基因保守序列设计特异性引物和TaqMan探针,建立了一种TaqMan探针荧光定量RT-PCR检测方法并进行了初步应... 为了能够快速、灵敏地检测出发病家兔临床样本中的兔轮状病毒(Lapine rotavirus,LaRV),根据GenBank已登录的LaRV非结构蛋白5(NSP5)基因保守序列设计特异性引物和TaqMan探针,建立了一种TaqMan探针荧光定量RT-PCR检测方法并进行了初步应用。结果表明,阳性质粒标准品所建立的标准曲线在使用稀释度为1×10^(7) copies/μL至1×10^(2) copies/μL之间具有良好的线性关系,r 2为0.999,扩增效率为98.781%;该方法对LaRV具有高度特异性,与兔出血症病毒1型、兔出血症病毒2型及兔多杀性巴氏杆菌、肺炎克雷伯杆菌、沙门氏菌、大肠杆菌等其他病原间无交叉反应;该方法灵敏度高,最低检测值为1×10^(2) copies/μL,比普通PCR灵敏度提高了约100倍;该方法重复性良好,组内和组间变异系数在0.15%~1.41%之间,均小于2%。对45份临床样本采用构建的TaqMan探针荧光定量RT-PCR检测方法和常规RT-PCR检测方法进行对比,符合率为100%。因此,本研究建立的TaqMan探针荧光定量RT-PCR具有特异性强、敏感性高、重复性好等优势。 展开更多
关键词 兔轮状病毒 taqman探针 荧光定量RT-PCR 检测方法
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猪腺病毒3型TaqMan探针荧光定量PCR检测方法建立
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作者 解佳 刘静宜 +4 位作者 孙彤 郭伟强 俞赵荣 陈鸿军 陈立功 《中国动物传染病学报》 北大核心 2025年第1期106-111,共6页
猪腺病毒3型(PAdV-3)导致猪肠道性疾病。为能够快速特异检测该病毒,本研究根据PAdV-3 hexon基因序列保守区设计特异性引物和探针,成功建立了一种针对PAdV-3的TaqMan探针实时荧光定量PCR(qPCR)检测方法。结果显示:该方法特异性好,可鉴别P... 猪腺病毒3型(PAdV-3)导致猪肠道性疾病。为能够快速特异检测该病毒,本研究根据PAdV-3 hexon基因序列保守区设计特异性引物和探针,成功建立了一种针对PAdV-3的TaqMan探针实时荧光定量PCR(qPCR)检测方法。结果显示:该方法特异性好,可鉴别PAdV-3与其他猪病病毒,最低检测限为10 copies/μL,敏感性高于常规PCR 100倍。该检测方法的建立为PAdV-3的快速诊断提供了重要的分子诊断工具。 展开更多
关键词 猪腺病毒3型 hexon基因 taqman探针 实时荧光定量PCR
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