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TRAPPC9基因对奶牛金葡菌乳房炎抗性性状的遗传效应 被引量：7
1
作者 冯文 董易春 +4 位作者 王晓 刘超 王新 王雅春 俞英 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第2期276-283,共8页
旨在分析奶牛金黄色葡萄球菌(金葡菌)抗性候选基因TRAPPC9的遗传效应。本研究利用中国北方地区6个牛场517头具有完整DHI、年龄及胎次记录的中国荷斯坦牛的生产数据,使用Multiplex SnaPshot微测序技术分析TRAPPC9基因4个SNPs的基因型,利... 旨在分析奶牛金黄色葡萄球菌(金葡菌)抗性候选基因TRAPPC9的遗传效应。本研究利用中国北方地区6个牛场517头具有完整DHI、年龄及胎次记录的中国荷斯坦牛的生产数据,使用Multiplex SnaPshot微测序技术分析TRAPPC9基因4个SNPs的基因型,利用特异性PCR技术检测牛只感染金葡菌情况,同时测定血清中TNF-α、IFN-γ、IL-17、NF-κB等细胞因子的含量。在此基础上,利用GLM模型最小二乘法分析TRAPPC9基因4个SNPs对奶牛金葡菌乳房炎抗性的遗传效应。结果表明:IL-17、TNF-α和IFN-γ可作为有效的乳房炎参考指标。对于金葡菌阴性牛,TRAPPC9基因SNP4(C2477531T)对SCS有极显著影响(P<0.01);对于金葡菌阳性牛,该SNP对IL-17有极显著效应(P<0.01)。TRAPPC9基因可作为中国荷斯坦牛金葡菌乳房炎抗性分子标记之一。 展开更多
关键词 奶牛 金黄色葡萄球菌 乳房炎抗性 trappc9 细胞因子
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基于GWAS后分析策略研究TRAPPC9基因对奶牛产奶性状的遗传效应 被引量：5
2
作者 董易春 刘超 +7 位作者 王晓 王雅春 张毅 孙东晓 张胜利 张勤 张沅 俞英 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第1期60-68,共9页
本研究基于课题组前期对北京地区中国荷斯坦牛群体产奶性状全基因组关联分析结果,在新的中国荷斯坦牛群中将转运蛋白颗粒复合体9(TRAPPC9)基因作为产奶性状的候选基因进行遗传效应验证。研究利用混池测序寻找SNPs位点,结合前期GWAS结果... 本研究基于课题组前期对北京地区中国荷斯坦牛群体产奶性状全基因组关联分析结果,在新的中国荷斯坦牛群中将转运蛋白颗粒复合体9(TRAPPC9)基因作为产奶性状的候选基因进行遗传效应验证。研究利用混池测序寻找SNPs位点,结合前期GWAS结果筛选到的SNPs位点,进而分析这些多态性位点与中国荷斯坦牛产奶性状的相关性。结果发现,SNP1、SNP2位点对乳蛋白率和乳糖率效应均显著(P<0.05);SNP3位点对乳脂率和乳蛋白率的效应均极显著(P<0.01);SNP4位点对乳脂率有极显著影响(P<0.01);SNP5位点对乳脂率和乳糖率的效应显著(P<0.05)。同时发现TRAPPC9基因的表达量对产奶性状也有显著影响(P<0.05),而TRAPPC9基因启动子区DNA甲基化对产奶性状无直接显著影响。该结果进一步表明,TRAPPC9基因可以考虑作为分子遗传标记应用于中国荷斯坦牛产奶性状的标记辅助选择。 展开更多
关键词 产奶性状 trappc9基因 SNP DNA甲基化
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中国荷斯坦奶牛EEF1D和TRAPPC9基因多态性与SCS关联性分析 被引量：1
3
作者 任宇佳 杨雪瑶 +6 位作者 张娟 蒋秋斐 李欣 韩丽云 张莉莉 孙东晓 顾亚玲 《黑龙江畜牧兽医（下半月）》 北大核心 2016年第10期75-77,共3页
乳房炎抗性的遗传选择已成为抗病育种的新措施,对现代畜牧业预防疾病具有重要的意义,可以永久地改变群体遗传组成,长期有效地控制疾病的发生。笔者采用Sequenom SNP分型测序方法对宁夏地区764头中国荷斯坦奶牛的EEF1D和TRAPPC9基因进行... 乳房炎抗性的遗传选择已成为抗病育种的新措施,对现代畜牧业预防疾病具有重要的意义,可以永久地改变群体遗传组成,长期有效地控制疾病的发生。笔者采用Sequenom SNP分型测序方法对宁夏地区764头中国荷斯坦奶牛的EEF1D和TRAPPC9基因进行单核苷酸多态性分析,并研究不同基因型与体细胞评分(SCS)关联性。结果表明:EEF1D-3位点有GG、AA和GA 3种基因型,其基因型频率分别为0.58,0.04,0.38;TRAPPC9-2525852位点有GG、TT和GT 3种基因型,其基因型频率分别为0.18,0.30,0.52;2个位点均偏离Hardy-Weinberg平衡状态且处于中度多态;平均小于5,其中EEF1D-3位点中GA基因型SCS最低为3.95;TRAPPC9-2525852位点中TT基因型SCS最低为3.91,即该地区中国荷斯坦奶牛均为健康牛。不同基因型与SCS关联性分析表明,基因型个体的SCS差异不显著(P>0.05)。 展开更多
关键词 荷斯坦奶牛 体细胞评分 EEF1D trappc9 Sequenom SNP
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一例TRAPPC9复合杂合变异导致的智力发育迟缓患儿的诊断 被引量：1
4
作者 白周现 孔祥东 《中华医学遗传学杂志》 CAS CSCD 2019年第11期1115-1119,共5页
目的分析一例智力发育迟缓患儿的遗传学病因,并对患儿进行确诊.方法收集患儿的临床资料,采集患者和正常表型亲代的外周血样提取基因组DNA.应用高通量测序法筛查、Sanger测序法验证TRAPPC9基因变异位点.通过蛋白质预测软件预测、相关数... 目的分析一例智力发育迟缓患儿的遗传学病因,并对患儿进行确诊.方法收集患儿的临床资料,采集患者和正常表型亲代的外周血样提取基因组DNA.应用高通量测序法筛查、Sanger测序法验证TRAPPC9基因变异位点.通过蛋白质预测软件预测、相关数据库和PubMed文献检索变异位点的致病性.结合患者临床表现和相关检查结果,根据《遗传变异分类标准与指南》判断该基因变异的致病性.结果患儿智力发育迟缓、语言发育迟缓、自理能力差;脑部成像显示脑沟裂增宽、蛛网膜下腔增宽、胼胝体压部发育不良等.测序发现患儿存在TRAPPC9基因c.1705T>C(p.S569P)、c.1708dupC(p.R570Pfs*80)和c.2273delA(p.N758Tfs*22)杂合变异.患儿母亲为TRAPPC9基因c.1705T>C(p.S569P)和c.1708dupC(p.R570Pfs*80)杂合变异携带者,患者父亲为TRAPPC9基因c.2273delA(p.N758Tfs*22)杂合变异携带者.结论TRAPPC9基因c.1708dupC(p.R570Pfs*80)和c.2273delA(p.N758Tfs*22)复合杂合变异可能是该智力发育迟缓患儿的致病原因.该复合杂合变异未见文献报道,是智力发育迟缓13型的新致病变异.由于智力发育迟缓临床表现及遗传的异质性,针对性的基因检测对先天性发育迟缓的精确诊断具有重要的意义. 展开更多
关键词 智力发育迟缓13型 trappc9基因 二联变异 复合杂合变异
原文传递
耐甲氧西林金黄色葡萄球菌诱导牛乳腺上皮细胞炎症反应的分子标志物研究 被引量：2
5
作者 宋敏艳 韦艺媛 +2 位作者 Muhammad Zahoor Khan 王新 俞英 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第10期1995-2002,共8页
旨在获得耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)诱导牛乳腺上皮细胞炎症反应的关键分子标志物。本研究以牛乳腺上皮细胞系Mac-T为试验材料,利用MRSA进行体外感染,通过与普通金葡菌感染组及未感染组进行比较,检测隐性乳房炎候选基因TRAPPC9、J... 旨在获得耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)诱导牛乳腺上皮细胞炎症反应的关键分子标志物。本研究以牛乳腺上皮细胞系Mac-T为试验材料,利用MRSA进行体外感染,通过与普通金葡菌感染组及未感染组进行比较,检测隐性乳房炎候选基因TRAPPC9、JAK2及炎症指示因子IL-6基因在MRSA感染不同时间点的基因表达量。结果显示,与未感染的对照组相比,MRSA菌株体外感染Mac-T细胞6h时,TRAPPC9基因表达量显著降低(P<0.05);感染8h时,JAK2基因表达量显著降低(P<0.05);金葡菌菌株感染Mac-T细胞6h时,TRAPPC9与JAK2基因表达量均显著降低(P<0.05)。与普通金葡菌相比,经MRSA处理6和10h时,Mac-T细胞的TRAPPC9、JAK2及IL-6基因表达量均较高,且感染6h时,MRSA处理组TRAPPC9基因表达量显著高于金葡菌处理组(P<0.05)。结果表明,MRSA及金葡菌感染Mac-T细胞后,3个基因表达变化规律基本相似,MRSA菌株感染更不易引起宿主细胞JAK2基因表达量的变化,而TRAPPC9基因则可作为MRSA金葡菌及普通金葡菌感染的首选分子标志物。 展开更多
关键词 耐甲氧西林金黄色葡萄球菌 奶牛隐性乳房炎 乳腺上皮细胞 trappc9 JAK2
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