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通过蛋白质组学和机器学习发现血清的FCN-3和TMOD-4蛋白能够预测晕动病
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作者 刘志 张金红 +2 位作者 张纯 汪晓宇 李进让 《中华耳科学杂志》 北大核心 2025年第5期669-676,共8页
目的应用蛋白质组学技术和机器学习探索与晕动病相关的蛋白。方法采集了51名晕动病患者和68名对照组的血清样本,使用蛋白质组学技术和生物信息学方法分析差异表达蛋白(differentially expressed proteins,DEPs)及使用机器学习建立了预... 目的应用蛋白质组学技术和机器学习探索与晕动病相关的蛋白。方法采集了51名晕动病患者和68名对照组的血清样本,使用蛋白质组学技术和生物信息学方法分析差异表达蛋白(differentially expressed proteins,DEPs)及使用机器学习建立了预测模型,并在另一个队列中通过酶联免疫吸附测定法验证了候选蛋白。结果共鉴定出27个DEPs(11个上调,16个下调)在晕动病患者和对照组之间存在显著差异。功能富集分析显示,DEPs主要涉及血小板活化、金属离子结合、细胞外泌体、神经变性、肌萎缩性脊髓侧索硬化症、亨廷顿舞蹈症、免疫系统、止血等过程。通过多种机器学习和ROC曲线分析,本研究基于血清中8种最佳DEPs的水平构建了一个潜在的诊断模型,其特异性为95.8%,灵敏度为100%(AUC=0.997,P<0.001)。在8种DEPs中,FCN-3和TMOD-4这两种高含量蛋白质被选入另一个潜在模型,其特异性为75.0%,灵敏度为91.7%(AUC=0.870,P<0.001)。酶联免疫吸附测定法检测结果与蛋白质组学分析一致。结论初步数据表明,晕动病患者和对照组的血清蛋白表达谱存在显著差异。此外,FCN-3和TMOD-4的变化可作为诊断晕动病的新型生物标志物。 展开更多
关键词 晕动病 蛋白质组学 FCN-3 tmod-4 机器学习
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绵羊背最长肌组织中TMOD4基因表达差异研究
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作者 张鑫 孙洪新 +6 位作者 刘月 刘玉芳 敦伟涛 张清阳 夏翠 白莹 陈晓勇 《江苏农业科学》 2020年第12期48-48,49-52,共5页
研究旨在比较分析不同发育阶段绵羊背最长肌中TMOD4基因的表达水平。采用qRT-PCR和Western-Blot技术检测绵羊1、7、13月龄3个阶段背最长肌中TMOD4基因mRNA和蛋白质的相对表达量。结果表明,TMOD4的mRNA在1月龄绵羊背最长肌组织中表达量最... 研究旨在比较分析不同发育阶段绵羊背最长肌中TMOD4基因的表达水平。采用qRT-PCR和Western-Blot技术检测绵羊1、7、13月龄3个阶段背最长肌中TMOD4基因mRNA和蛋白质的相对表达量。结果表明,TMOD4的mRNA在1月龄绵羊背最长肌组织中表达量最高,13月龄次之,7月龄较低于13月龄,其中1月龄与7月龄、13月龄之间差异极显著(P<0.01),7月龄与13月龄之间差异显著(P<0.05)。TMOD4蛋白水平在1月龄中最高,7月龄次之,13月龄中最低,1月龄与7月龄和13月龄之间差异极显著(P<0.01),7月龄与13月龄之间差异显著(P<0.05)。结果表明,TMOD4基因与绵羊背最长肌组织发育相关。 展开更多
关键词 绵羊 tmod4基因 背最长肌 表达水平
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高k材料镧前驱体La(tmhd)_(3)和La(tmod)_(3)的热力学及其ALD应用 被引量:1
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作者 周洪 丁玉强 《微纳电子技术》 CAS 北大核心 2023年第7期1047-1057,共11页
通过同步热分析研究两种不同的前驱体(La(tmhd)_(3)和La(tmod)_(3))在升华过程中的热稳定性。结果表明,具有不对称分子结构的La(tmod)_(3)的挥发性大于La(tmhd)_(3),其可以作为镧前驱体应用于原子层沉积(ALD)技术。将La(tmod)_(3)和O_(3... 通过同步热分析研究两种不同的前驱体(La(tmhd)_(3)和La(tmod)_(3))在升华过程中的热稳定性。结果表明,具有不对称分子结构的La(tmod)_(3)的挥发性大于La(tmhd)_(3),其可以作为镧前驱体应用于原子层沉积(ALD)技术。将La(tmod)_(3)和O_(3)作为前驱体,通过ALD技术在SiO_(2)基片上实现了LaOx薄膜的制备。实验结果表明,其最佳的ALD工艺参数包括:La(tmod)_(3)和O_(3)的脉冲时间分别为6 s和2 s,O_(3)的清洗时间为5 s,沉积温度为250℃。在制备的薄膜中发现了理想的自限性沉积行为。通过X射线光电子能谱仪(XPS)、扫描电子显微镜(SEM)和原子力显微镜(AFM)证实了生长的薄膜具有良好的纯度和表面形貌,其在250℃的沉积温度下具有稳定的生长速率(约0.16A/cycle,1A=0.1 nm),薄膜的主要成分为La2O_(3)。 展开更多
关键词 LAOX La(tmhd)_(3) 原子层沉积(ALD) La(tmod)_(3) 热分析 O_(3)
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Tmod1参与基质硬度对巨噬细胞力学特性的调控
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作者 孟亚军 谢利德 姚伟娟 《医用生物力学》 EI CAS CSCD 北大核心 2019年第A01期161-161,共1页
巨噬细胞运动和迁移能力的降低是动脉粥样硬化发生过程中的关键事件,血管基质硬度的增加是导致巨噬细胞力学性质改变的重要因素之一。黏着斑和细胞骨架的组装决定着细胞的力学特性和迁移。原肌球蛋白调节蛋白1(Tropomoodulin1,Tmod1)是... 巨噬细胞运动和迁移能力的降低是动脉粥样硬化发生过程中的关键事件,血管基质硬度的增加是导致巨噬细胞力学性质改变的重要因素之一。黏着斑和细胞骨架的组装决定着细胞的力学特性和迁移。原肌球蛋白调节蛋白1(Tropomoodulin1,Tmod1)是肌动蛋白微丝(F-actin)的盖帽蛋白,调节F-actin的长度和结构。本研究旨在探讨Tmod1在基质硬度对巨噬细胞力学特性调控中的作用及分子机制。将小鼠巨噬细胞Raw264.7接种在硬度分别为2和20 kPa的聚丙烯酰胺凝胶上培养24、48和72 h,利用实时定量PCR和蛋白免疫印迹检测Tmod1的表达。利用腺病毒在Raw264.7细胞中过表达Tmod1后,再将细胞种于不同硬度基质上,分别利用流式细胞仪检测细胞内F-actin含量;用激光共聚焦显微镜观察细胞内黏着斑数量;利用微分干涉相差显微镜检测细胞在不同硬度基质上的黏附、伸展面积;利用蛋白免疫印迹检测黏着斑相关蛋白FAK、paxillin和vinculin的表达和磷酸化水平。结果发现,与2 kPa基质胶相比,在20 kPa基质胶上培养的巨噬细胞中Tmod1的蛋白表达水平增加了1.8±0.5倍(P<0.05)。Tmod1的过表达使得培养在20 kPa基质胶上的巨噬细胞中F-actin含量以及黏着斑数量显著增加(P<0.05)。过表达Tmod1后,巨噬细胞在2 kPa基质胶上的黏附数量增加2倍,而在20 kPa基质胶上的黏附数量增加了4倍。Tmod1过表达使得在20 kPa基质胶上培养的巨噬细胞伸展面积显著增加(PP<0.05)。蛋白免疫印迹显示,Tmod1过表达后,在20 kPa基质胶上培养的巨噬细胞中FAK、paxillin的磷酸化水平显著升高,vinculin的表达增加。上述结果表明,Tmod1在高基质硬度条件下培养的巨噬细胞中表达增加,并可能通过调节细胞骨架和黏着斑参与高基质硬度对巨噬细胞力学特性的调控。 展开更多
关键词 基质硬度 基质胶 黏着斑 巨噬细胞 细胞骨架 tmod1 力学特性
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Tmod1 Affects the Immune Functions and Biophysical Properties of Dendritic Cells Through TLR4 Signaling Pathway and Cytoskeleton Remodeling
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作者 Xianmei Liu Xue Xia +2 位作者 LAmy Sung Weijuan Yao Zhu Zeng 《医用生物力学》 EI CAS CSCD 北大核心 2019年第A01期152-153,共2页
Background Dendritic cells(DCs)are the most important antigen-presenting cells due to their professional and extremely efficient antigen-presenting function.The dynamics of cytoskeleton plays crucial regulated roles o... Background Dendritic cells(DCs)are the most important antigen-presenting cells due to their professional and extremely efficient antigen-presenting function.The dynamics of cytoskeleton plays crucial regulated roles on DCs’immune functions and biophysical properties.Several evidences show that tumor-derived suppressive cytokines deteriorate DCs’immune functions through remodeling their F-actin cytoskeleton.But the underlying mechanism is still elusive.Tropomodulin1(Tmod1),a cytoskeleton-binding protein,regulates and stabilizes actin filaments lengths and cytoskeleton architecture,which involves in the regulations of the morphology,formation of neural dendrites and biophysical properties of cells.Our previous studies found that mature DCs(mDCs)had a higher expression of Tmod1 than immature DCs(imDCs). Therefore,it’s hypothesized that Tmod1 maybe involve in the modification of DCs’functions.Objective The aim of the study is to investigate the effects of Tmodl on the immune functions and biophysical properties of DCs and the underlying mechanisms in order to further understand the biological behaviors of DCs.Methods Bone marrow-derived cells were harvested from wild type(C57BL/6 J)mice and Tmod1 knockout mice(Tmod1 overexpressing transgenic(TOT)/Tmod1-/-)and differentiated to immature dendritic cells(imDCs)by rmGM-CSF and rmIL-4.imDCs were then matured by lipopolysaccharides(LPS)treatment.The expressions of the surface markers in DCs,including CD80,CD86,CD40,MHC-Ⅱand CCR7,were detected by flow cytometry,Western blot and qRT-PCR.The inflammation cytokines such as IL-6,IFN-γ,IFN-βand IL-10 were also detected by flow cytometry.The immune functions and the biophysical properties of DCs were compared between the wild type and Tmod1 knockout mice.The F-actin content and dendritic pseudopodia of these two kinds of DCs were detected by flow cytometry and laser scanning confocal microscope respectively.Finally,we detected the MyD88 dependent and independent signaling pathway to discover the molecular mechanisms.Results We found that Tmod1-deficient mDCs showed deficient antigen-presenting ability and they failed to express enough MHC-Ⅱ,co-stimulated molecules(CD80/86,CD40)and CCR7 on their cell surface.The secretions of the inflammatory cytokines IL-6 and IFN-γwere decreased while the anti-inflammatory cytokines IFN-βand IL-10 were increased in the supernatant of Tmod1-deficient mDCs.As compared to DCs of wild type mice,the migration ability of DCs from Tmod1 knockout mice were dramatically damaged including their free migration and CCL19 mediated chemotaxis migration.However,we found that Tmod1 knockout had no effects on the imDCs’endocytosis ability.Furthermore,Tmod1 knockout DCs showed higher osmotic fragility,lower Young’s modulus,less F-actin content and shorter dendritic pseudopodia.Under LPS stimulation,the phosphorylation level of p65 and p38 were significantly downregulated in Tmod1 knockout mice while the expression of p-IRF3 was upregulated.Conclusions These results indicated that Tmodl knockout leads to deficient antigen-presenting ability and impaired migration of DCs as well as their biophysical properties.The underlying mechanisms are due to the inhibitions of the TLR4-mediated NF-κB and p38 MAPK singling pathway and the activation of the IRF3 signaling pathway,as well as the disturbed reorganization of the F-actin cytoskeleton.Our results provide a new insight on the functions of Tmod1 which can affect the DCs’immune functions and biophysical properties through regulating the TLR4-mediated singling pathways and cytoskeleton remodeling. 展开更多
关键词 tmod1 DENDRITIC cells immune functions BIOPHYSICAL properties CYTOSKELETON
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Tmod1过表达对大鼠血管平滑肌细胞迁移和侵袭的影响
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作者 马杉 谢利德 姚伟娟 《承德医学院学报》 2023年第6期460-464,共5页
目的探讨原肌球蛋白调节蛋白(1Tmod1)过表达对大鼠血管平滑肌细胞迁移和侵袭的影响。方法采用酶消法提取原代大鼠胸主动脉血管平滑肌细胞,通过免疫荧光SM22α染色方法鉴定血管平滑肌细胞。使用腺病毒感染的方法,将Tmod1的腺病毒感染到... 目的探讨原肌球蛋白调节蛋白(1Tmod1)过表达对大鼠血管平滑肌细胞迁移和侵袭的影响。方法采用酶消法提取原代大鼠胸主动脉血管平滑肌细胞,通过免疫荧光SM22α染色方法鉴定血管平滑肌细胞。使用腺病毒感染的方法,将Tmod1的腺病毒感染到血管平滑肌细胞中,对照腺病毒Ad-Null感染对照组细胞。培养48 h后,用蛋白质印迹法(Western blot)鉴定各组Tmod1的过表达效率,细胞划痕实验和Transwell实验比较过表达Tmod1组细胞与对照组细胞的迁移能力和侵袭能力;RT-qP CR检测Tmod1过表达后基质金属蛋白酶15(MMP15)表达水平变化。结果过表达Tmod1后,大鼠血管平滑肌细胞的迁移和侵袭能力均显著增加(P<0.05),MMP15的表达显著上升(P<0.05)。结论Tmod1过表达可能是通过靶向调控MMP15的表达来促进血管平滑肌细胞迁移和侵袭的能力。 展开更多
关键词 血管平滑肌细胞 tmod1 迁移 侵袭
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Interaction between CDC6 and Tmod3 accelerates resistance to paclitaxel through focal adhesion assembly
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作者 Yue Liu Huirui Wang +7 位作者 Jie Zhan Jiabo Sun Yan Sun Xiaojie Fu Dongxue Lv Xiuyun Li Ting Dong Hongxiang Lou 《Signal Transduction and Targeted Therapy》 2026年第1期145-158,共14页
The widespread clinical application of paclitaxel(PTX)in cancer treatment has been significantly limited by the emergence of drug resistance and the presence of drug-tolerant persister cells.To systematically identify... The widespread clinical application of paclitaxel(PTX)in cancer treatment has been significantly limited by the emergence of drug resistance and the presence of drug-tolerant persister cells.To systematically identify key regulators of this resistance,we conducted a genome-wide CRISPR/Cas9 knockout screen,which revealed that cell division cycle 6(CDC6)is a critical determinant of cell adhesion-mediated PTX resistance.Furthermore,our results illustrate that CDC6,an essential DNA replication licensing factor,functions through a pathway distinct from previously well-characterized resistance mechanisms.Genetic depletion of CDC6 considerably sensitizes cells,markedly increasing PTX-induced cell death.In addition to its established role in chromosome stability,CDC6 physically interacts with tropomodulin-3(Tmod3)in the cytoplasmic compartment.This interaction enhances CDC6 protein stability and drives drug resistance phenotypes through the regulation of actin cytoskeleton remodeling and facilitating focal adhesion assembly.In addition,combination treatment with PTX and actin filament inhibitors synergistically enhanced the antitumor efficacy both in vitro and in vivo.Overall,our studies elucidate the mechanisms through which CDC6 functions as a key regulator of PTX resistance and provide a potential therapeutic strategy to increase PTX efficacy through the modulation of the cytoskeletal-adhesion axis. 展开更多
关键词 Paclitaxel resistance Focal adhesion Actin cytoskeleton remodeling cell division cycle cdc CRISPR Cas drug resistance CDC tmod
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原肌球调节蛋白1对小鼠肾脏尿浓缩功能的影响 被引量:1
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作者 王文君 孟亚军 +1 位作者 谢利德 姚伟娟 《承德医学院学报》 2019年第3期195-198,共4页
目的:分析原肌球调节蛋白1(tropomodulin1,Tmod1)对小鼠肾脏尿浓缩功能的影响。方法:采用肾脏集合管和肾小管特异性敲除Tmod1小鼠Tmod1flox/flox/Ksp-Cre+(TFK)及其对照小鼠Tmod1flox/flox/Ksp-Cre-(TF)为研究对象,利用代谢笼系统,分别... 目的:分析原肌球调节蛋白1(tropomodulin1,Tmod1)对小鼠肾脏尿浓缩功能的影响。方法:采用肾脏集合管和肾小管特异性敲除Tmod1小鼠Tmod1flox/flox/Ksp-Cre+(TFK)及其对照小鼠Tmod1flox/flox/Ksp-Cre-(TF)为研究对象,利用代谢笼系统,分别在基础状态,以及给予小鼠禁水和水负荷处理,收集小鼠尿液测量小鼠24小时尿量和渗透压。结果:基础状态,禁水和水负荷条件下,TFK小鼠的尿量均明显少于TF小鼠,尿液渗透压明显高于TF小鼠,差异具有统计学意义(P<0.05)。结论:Tmod1可能参与了小鼠尿浓缩的过程,但机制有待深入研究。 展开更多
关键词 原肌球调节蛋白(1tmod1) 肾脏 尿浓缩 小鼠
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巨噬细胞中与原肌球蛋白调节蛋白1相互作用的迁移相关蛋白质分析
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作者 江思瑜 马杉 +3 位作者 袁博 谢利德 姚伟娟 郭丽娜 《安徽医科大学学报》 CAS 北大核心 2022年第12期1885-1890,共6页
目的利用质谱联合GeneCards数据库挖掘分析Raw264.7小鼠单核巨噬细胞系中与原肌球蛋白调节蛋白1(TMOD1)相互作用且与迁移相关的蛋白质。方法使用TMOD1-DDK质粒在Raw264.7细胞中过表达TMOD1,免疫共沉淀联合质谱寻找巨噬细胞中与TMOD1存... 目的利用质谱联合GeneCards数据库挖掘分析Raw264.7小鼠单核巨噬细胞系中与原肌球蛋白调节蛋白1(TMOD1)相互作用且与迁移相关的蛋白质。方法使用TMOD1-DDK质粒在Raw264.7细胞中过表达TMOD1,免疫共沉淀联合质谱寻找巨噬细胞中与TMOD1存在相互作用的蛋白质,GeneCards数据库检索巨噬细胞迁移已知蛋白质,Bioinformatics&Systems Biology在线工具对已知蛋白质与质谱蛋白质进行关联分析找到共同差异蛋白(CO-DEPs),WoLF PSORT预测CO-DEPs亚细胞定位,EggNOG数据库对CO-DEPs进行真核生物同源类群(KOG)注释,DAVID数据库对CO-DEPs进行基因本体(GO)注释与京都基因组学和基因组学百科全书(KEGG)通路注释,String数据库对CO-DEPs进行蛋白互作网络分析、CytoScape软件绘图。结果质谱与GeneCards数据库分析共获得CO-DEPs 41个,CO-DEPs亚细胞定位主要分布于细胞骨架、细胞质、细胞核,KOG注释主要为O:翻译后修饰、Z:细胞骨架、J:翻译,GO分析显示CO-DEPs主要参与了poly(A)RNA结合、蛋白质折叠、黏着斑等过程,KEGG分析显示CO-DEPs富集到的通路主要为致心律失常性右心室心肌病(ARVC)、紧密连接。β-肌动蛋白(ACTB)为蛋白交互作用最大的蛋白质。结论巨噬细胞内与TMOD1发生相互作用的蛋白主要包括肌球蛋白重链-9(MYH9)、α-辅肌动蛋白1(ACTN1)与ACTB等,提示TMOD1与巨噬细胞运动有关。 展开更多
关键词 巨噬细胞 tmod1 相互作用 质谱分析 GeneCards数据库
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