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肿瘤浸润性免疫细胞分析数据库TIMER2.0的应用介绍 被引量:15
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作者 耿辉 田国祥 +3 位作者 王亚军 张勇 马茂 吕军 《中国循证心血管医学杂志》 2020年第11期1283-1286,1301,共5页
随着分子生物学技术蓬勃发展,越来越多的肿瘤学者通过The Cancer Genome Atlas(TCGA)数据库下载高通量测序数据,运用生物信息学分析的方法,识别肿瘤免疫微环境中各种细胞的表达量,进行肿瘤浸润性免疫细胞的分析工作,但是肿瘤与免疫的相... 随着分子生物学技术蓬勃发展,越来越多的肿瘤学者通过The Cancer Genome Atlas(TCGA)数据库下载高通量测序数据,运用生物信息学分析的方法,识别肿瘤免疫微环境中各种细胞的表达量,进行肿瘤浸润性免疫细胞的分析工作,但是肿瘤与免疫的相互作用往往十分复杂,临床工作人员面对庞大数据量展开分析工作仍然充满困难,基于此本文介绍一款全面分析肿瘤浸润性免疫细胞及其可视化的数据库TIMER2.0,旨在为临床研究人员轻松识别多种癌症类型与正常组织及免疫细胞浸润之间的基因组学关系,快速运用多种算法掌握肿瘤概况。 展开更多
关键词 TCGA timer2.0 生物信息学 肿瘤浸润性免疫细胞
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CTSV是一种可能的肿瘤标志物并与肾上腺皮质癌的免疫浸润密切相关
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作者 孙振鹏 王荃 +1 位作者 穆垚名 高健刚 《临床医学进展》 2023年第4期6138-6149,共12页
目的:组织蛋白酶V (cathepsin V, CTSV)最近被认为是一种致癌调节剂,在肿瘤细胞的生长增殖中发挥关键作用。然而,CTSV和肾上腺皮质癌之间的关联仍然未知。本研究通过生物信息学的方法探究其在肾上腺皮质癌中的表达情况及与预后间的关系... 目的:组织蛋白酶V (cathepsin V, CTSV)最近被认为是一种致癌调节剂,在肿瘤细胞的生长增殖中发挥关键作用。然而,CTSV和肾上腺皮质癌之间的关联仍然未知。本研究通过生物信息学的方法探究其在肾上腺皮质癌中的表达情况及与预后间的关系,并通过功能分析和免疫浸润分析解释其关联。方法:运用R语言提取TCGA、GTEx和GEO数据库中肾上腺皮质癌与正常肾上腺皮质相关信息,分析CTSV在其中的表达差异,采用单/多因素Cox分析其与预后间的关系;通过GO、KEGG和GSEA富集分析研究其可能的机制;最后运用ssGSEA富集分析与TIMER2.0数据库研究CTSV在肾上腺皮质癌中与免疫浸润之间的联系。结果:CTSV在肾上腺皮质癌中表达水平显著升高(P < 0.001)。CTSV表达水平与N分期、M分期、预后分期和切缘肿瘤阳性显著正相关,CTSV高表达是肾上腺皮质癌预后的独立危险因素。此外,CTSV可能通过免疫反应调节、免疫反应激活、靶向E2F和细胞有丝分裂等多个信号通路参与肾上腺皮质癌的发生发展过程,与肾上腺皮质癌中的免疫浸润细胞均存在显著相关性。结论:CTSV在肾上腺皮质癌中显著高表达与预后不良密切相关,是肾上腺皮质癌患者的重要生物标志物,并参与肿瘤局部免疫反应的调节影响免疫细胞浸润水平,具有肾上腺皮质癌药物靶点的潜能。 展开更多
关键词 肾上腺皮质癌 CTSV 生物标志物 生物信息学 TCGA GEO timer2.0
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