目的通过应用中药系统药理学数据库分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP)数据库,分析总结巴戟天的有效化学成分和其可能治疗的疾病,为扩展巴戟天在临床中的应用范围提供...目的通过应用中药系统药理学数据库分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP)数据库,分析总结巴戟天的有效化学成分和其可能治疗的疾病,为扩展巴戟天在临床中的应用范围提供依据。方法应用TCMSP查询巴戟天的化学成分,以生物利用度OB≥30%和药物相似性DL≥0.18为筛选条件,筛选出来巴戟天的有效活性成分并对应找出可能对应的靶点蛋白将靶点蛋白与疾病基因进行映射,筛选出巴戟天有效活性成分可能治疗的疾病类型和名称。结果通过TCMSP数据库筛选出64种有效化学成分,总结出巴戟天的有效化学成分能够对27种肿瘤或癌症、24种神经系统疾病、18种循环系统疾病、17种血液系统疾病、13种呼吸系统疾病、10种感染与炎症性疾病、8种精神类疾病、7种代谢性疾病、5种遗传性疾病、4种药物引起的相关疾病、4种消化系统疾病、4种皮肤疾病、4种风湿免疫性疾病、4种妇产科相关疾病、4种肾脏病、及其他19种不同疾病起到治疗作用。结论通过TCMSP数据库分析发现中药巴戟天的64种有效化学成分能够对临床中172种疾病起到治疗作用,值得临床扩展应用与研究。展开更多
目的网络药理学是一门新兴的交叉学科,综合生物学、药学、数学和计算机科学等技术构建药物作用靶点与疾病间的复杂关系网络,从而分析药物作用机制。多组分、多靶点、组分间协同作用是中药的特点,因其成分复杂,系统庞大,研究人员开展药...目的网络药理学是一门新兴的交叉学科,综合生物学、药学、数学和计算机科学等技术构建药物作用靶点与疾病间的复杂关系网络,从而分析药物作用机制。多组分、多靶点、组分间协同作用是中药的特点,因其成分复杂,系统庞大,研究人员开展药物成分作用机制研究难度极大,基于此本文介绍一款分析中药有效成分、药物作用靶点以及与疾病相关药物作用靶点网络的综合数据库TCMSP(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform),旨在帮助临床研究人员一站式实现中药复方网络药理学分析及其可视化,TCMSP数据库通过预测算法获得中药成分及其替代品作用疾病靶点间的关系,加深研究人员从基因层面对药理作用的认识,了解药物如何在特定途径、不同细胞类型以及不同患者中发挥作用,从而促进药物联合疗法的开发。展开更多
中药系统药理学分析平台——TCMSP(Traditional Chinese Medicines Systems Pharmacology Platform)作为一个全新的以系统药理学为基础的中药研究平台及数据库,主要使用了系统药理学技术,给出了《中国药典》收录的所有中草药的组分和分...中药系统药理学分析平台——TCMSP(Traditional Chinese Medicines Systems Pharmacology Platform)作为一个全新的以系统药理学为基础的中药研究平台及数据库,主要使用了系统药理学技术,给出了《中国药典》收录的所有中草药的组分和分子结构、关键ADME参数、成分作用靶点以及相关疾病等关键信息。从介绍TCMSP数据库和该数据库的应用领域及应用情况入手,简要的分析和论述了近年来TCMSP数据库的应用和影响。该数据库被广泛的应用在确定中药成分及ADME性质、作用靶点及相关疾病信息、作用机制研究、新药开发和复方改良及中医经典理论研究等方面,其优势在于提供了ADME参数OB,Caco-2,Half-life,BBB等参数,并且具有独特的筛选功能。展开更多
目的通过文献计量学方法系统分析玉竹的研究现状、学科热点及合作网络特征,明确玉竹的研究趋势与方向,为未来玉竹的研究提供指导。方法利用CiteSpace 6.3.R1和VOSviewer 1.6.20软件,对中国知网(CNKI)和Web of Science核心数据库中的文...目的通过文献计量学方法系统分析玉竹的研究现状、学科热点及合作网络特征,明确玉竹的研究趋势与方向,为未来玉竹的研究提供指导。方法利用CiteSpace 6.3.R1和VOSviewer 1.6.20软件,对中国知网(CNKI)和Web of Science核心数据库中的文献进行可视化分析,包括作者、机构、国家及关键词,使用TCMSP数据库检索玉竹的化学成分及作用。结果筛选出2005年1月1日-2025年2月16日间2505篇中英文文献(中文2322篇,英文183篇),发文国家以中国为主,中、英文发文量最多的作者分别是刘塔斯和Jin Chengzhong,核心机构为吉林农业科技学院和Hunan University of Chinese Medcine。玉竹的核心化学成分包括多糖、甾体皂苷、黄酮、挥发油及生物碱等,具有治疗乳腺癌、阿尔茨海默病及糖尿病等疾病的作用。玉竹多糖及Poly gonatum odoratum分别为中、英文文献出现频次最高的关键词。中文文献形成10个聚类,英文文献形成12个聚类。中文文献关键词突现强度排名前3的为“数据挖掘”“用药规律”“药食同源”,英文文献关键词突现强度排名前3的为“saponins”“structural的elucidation”和“steroidal的saponins”。结论数据挖掘、分子对接、甾体皂苷及肠道微生态为当前研究热点。未来玉竹研究可加强各团队间的合作,深度挖掘玉竹在临床应用及药食同源研究方面潜在价值。展开更多
[Objectives]To elucidate potential targets and mechanisms of action of Epimedium brevicornu in treating ovarian cancer.[Methods]The Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform was ...[Objectives]To elucidate potential targets and mechanisms of action of Epimedium brevicornu in treating ovarian cancer.[Methods]The Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform was used to screen active components of E.brevicornu for disease control and prevention,and potential targets were collected from the DisGeNET database.These sets of bioactive and targets were analyzed using Ingenuity Pathway Analysis(IPA)to predict molecular networks affected by E.brevicornu in ovarian cancer.Venny 2.1.0 software was used to screen for proteins affected by interactions between disease and active components,which were input into the STRING 11.0 platform to construct a protein-protein interaction network.Then IPA and STRING were used to analyze common targets which were obtained from the two data analysis platform.[Results]A total of 23 major active components of E.brevicornu and 200 potential human targets were screened.IPA analysis identified 363 pathways and 24 networks shared between the set of predicted Yinyanghuo targets and ovarian cancer-associated proteins.These pathways are involved mainly in molecular mechanisms of cancer,glucocorticoid receptor signaling pathways,pancreatic adenocarcinoma signaling pathways,aryl hydrocarbon receptor signaling pathways,and macrophage function.The 24 networks have been implicated mainly in cancer,endocrine system disorders,body damage and abnormality,cell growth and proliferation,connective tissue development and function,tissue development,and other biological functions.IPA and STRING combined analysis suggested that AKT1,CASP3,JUN,FOS and CCND1 are the most likely targets of Yinyanghuo in treating ovarian cancer.[Conclusions]Our network pharmacology analysis identified several pathways that Yinyanghuo may influence to reduce ovarian cancer risk;in particular,it identified specific protein targets,including AKT1,CASP3,JUN,FOS and CCND1.展开更多
文摘目的通过应用中药系统药理学数据库分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP)数据库,分析总结巴戟天的有效化学成分和其可能治疗的疾病,为扩展巴戟天在临床中的应用范围提供依据。方法应用TCMSP查询巴戟天的化学成分,以生物利用度OB≥30%和药物相似性DL≥0.18为筛选条件,筛选出来巴戟天的有效活性成分并对应找出可能对应的靶点蛋白将靶点蛋白与疾病基因进行映射,筛选出巴戟天有效活性成分可能治疗的疾病类型和名称。结果通过TCMSP数据库筛选出64种有效化学成分,总结出巴戟天的有效化学成分能够对27种肿瘤或癌症、24种神经系统疾病、18种循环系统疾病、17种血液系统疾病、13种呼吸系统疾病、10种感染与炎症性疾病、8种精神类疾病、7种代谢性疾病、5种遗传性疾病、4种药物引起的相关疾病、4种消化系统疾病、4种皮肤疾病、4种风湿免疫性疾病、4种妇产科相关疾病、4种肾脏病、及其他19种不同疾病起到治疗作用。结论通过TCMSP数据库分析发现中药巴戟天的64种有效化学成分能够对临床中172种疾病起到治疗作用,值得临床扩展应用与研究。
文摘目的网络药理学是一门新兴的交叉学科,综合生物学、药学、数学和计算机科学等技术构建药物作用靶点与疾病间的复杂关系网络,从而分析药物作用机制。多组分、多靶点、组分间协同作用是中药的特点,因其成分复杂,系统庞大,研究人员开展药物成分作用机制研究难度极大,基于此本文介绍一款分析中药有效成分、药物作用靶点以及与疾病相关药物作用靶点网络的综合数据库TCMSP(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform),旨在帮助临床研究人员一站式实现中药复方网络药理学分析及其可视化,TCMSP数据库通过预测算法获得中药成分及其替代品作用疾病靶点间的关系,加深研究人员从基因层面对药理作用的认识,了解药物如何在特定途径、不同细胞类型以及不同患者中发挥作用,从而促进药物联合疗法的开发。
文摘中药系统药理学分析平台——TCMSP(Traditional Chinese Medicines Systems Pharmacology Platform)作为一个全新的以系统药理学为基础的中药研究平台及数据库,主要使用了系统药理学技术,给出了《中国药典》收录的所有中草药的组分和分子结构、关键ADME参数、成分作用靶点以及相关疾病等关键信息。从介绍TCMSP数据库和该数据库的应用领域及应用情况入手,简要的分析和论述了近年来TCMSP数据库的应用和影响。该数据库被广泛的应用在确定中药成分及ADME性质、作用靶点及相关疾病信息、作用机制研究、新药开发和复方改良及中医经典理论研究等方面,其优势在于提供了ADME参数OB,Caco-2,Half-life,BBB等参数,并且具有独特的筛选功能。
文摘目的通过文献计量学方法系统分析玉竹的研究现状、学科热点及合作网络特征,明确玉竹的研究趋势与方向,为未来玉竹的研究提供指导。方法利用CiteSpace 6.3.R1和VOSviewer 1.6.20软件,对中国知网(CNKI)和Web of Science核心数据库中的文献进行可视化分析,包括作者、机构、国家及关键词,使用TCMSP数据库检索玉竹的化学成分及作用。结果筛选出2005年1月1日-2025年2月16日间2505篇中英文文献(中文2322篇,英文183篇),发文国家以中国为主,中、英文发文量最多的作者分别是刘塔斯和Jin Chengzhong,核心机构为吉林农业科技学院和Hunan University of Chinese Medcine。玉竹的核心化学成分包括多糖、甾体皂苷、黄酮、挥发油及生物碱等,具有治疗乳腺癌、阿尔茨海默病及糖尿病等疾病的作用。玉竹多糖及Poly gonatum odoratum分别为中、英文文献出现频次最高的关键词。中文文献形成10个聚类,英文文献形成12个聚类。中文文献关键词突现强度排名前3的为“数据挖掘”“用药规律”“药食同源”,英文文献关键词突现强度排名前3的为“saponins”“structural的elucidation”和“steroidal的saponins”。结论数据挖掘、分子对接、甾体皂苷及肠道微生态为当前研究热点。未来玉竹研究可加强各团队间的合作,深度挖掘玉竹在临床应用及药食同源研究方面潜在价值。
文摘目的基于代谢组学,多元统计分析和网络药理学方法分析鉴定南北柴胡代谢物差异并分析造成二者临床疗效不同的物质基础。方法通过超高效液相色谱-质谱(Ultra Performance Liquid Chromatography-Mass Spectrometry,UPLC-MS)和气相色谱-质谱(Gas Chromatography-Mass Spectrometry,GC-MS)两种分析技术获得南北柴胡的代谢物,采用主成分分析(Principal Component Analysis,PCA)、聚类分析(Cluster Analysis,CA)和正交偏最小二乘判别分析(Orthogonal Partial Least Squares Discriminant Analysis,OPLS-DA)筛选南北柴胡差异代谢物,通过中药系统药理学数据库分析平台(Traditional Chinese Medicine System Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP)筛选南北柴胡中的关键活性成分,预测其可能治疗的疾病。结果在两种柴胡中共检测到1733个代谢物,其中有759个为差异代谢物。共筛选出96个关键活性成分,主要包括黄酮类、木脂素和香豆素类、挥发油和萜类化合物。这些关键活性成分与多种靶蛋白相关,对应癌症、肿瘤、心血管疾病、高血压病、炎症、糖尿病、阿兹海默症等多种疾病。结论相较于北柴胡,南柴胡中黄酮和挥发油以及酚酸类成分含量相对较高。研究结果进一步证明了柴胡中除皂苷类成分,其黄酮、香豆素、挥发油、酚酸等成分也可能发挥了重要的药理作用。南北柴胡药效物质基础存在差异,其发挥药效各有不同,因此在临床中若能实现区分用药,对柴胡药用资源实现最大化利用具有重要意义。
基金National Natural Science Foundation of China(U1804179)Henan Science and Technology Innovation Team:Investigation on Plant。
文摘[Objectives]To elucidate potential targets and mechanisms of action of Epimedium brevicornu in treating ovarian cancer.[Methods]The Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform was used to screen active components of E.brevicornu for disease control and prevention,and potential targets were collected from the DisGeNET database.These sets of bioactive and targets were analyzed using Ingenuity Pathway Analysis(IPA)to predict molecular networks affected by E.brevicornu in ovarian cancer.Venny 2.1.0 software was used to screen for proteins affected by interactions between disease and active components,which were input into the STRING 11.0 platform to construct a protein-protein interaction network.Then IPA and STRING were used to analyze common targets which were obtained from the two data analysis platform.[Results]A total of 23 major active components of E.brevicornu and 200 potential human targets were screened.IPA analysis identified 363 pathways and 24 networks shared between the set of predicted Yinyanghuo targets and ovarian cancer-associated proteins.These pathways are involved mainly in molecular mechanisms of cancer,glucocorticoid receptor signaling pathways,pancreatic adenocarcinoma signaling pathways,aryl hydrocarbon receptor signaling pathways,and macrophage function.The 24 networks have been implicated mainly in cancer,endocrine system disorders,body damage and abnormality,cell growth and proliferation,connective tissue development and function,tissue development,and other biological functions.IPA and STRING combined analysis suggested that AKT1,CASP3,JUN,FOS and CCND1 are the most likely targets of Yinyanghuo in treating ovarian cancer.[Conclusions]Our network pharmacology analysis identified several pathways that Yinyanghuo may influence to reduce ovarian cancer risk;in particular,it identified specific protein targets,including AKT1,CASP3,JUN,FOS and CCND1.
