目的基于生物信息学方法分析肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)自噬相关长链非编码RNA(long noncoding RNA,lncRNA)生物标志物,用于评估HCC的临床预后及指导治疗。方法从TCGA数据库中下载HCC全转录组数据以及对应的临床数据,在人...目的基于生物信息学方法分析肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)自噬相关长链非编码RNA(long noncoding RNA,lncRNA)生物标志物,用于评估HCC的临床预后及指导治疗。方法从TCGA数据库中下载HCC全转录组数据以及对应的临床数据,在人类自噬数据库(http://www.autophagy.lu/)下载自噬相关基因,通过共表达分析找到自噬相关lncRNA。然后,根据K-M分析及Cox分析构建临床预后模型预测HCC患者生存风险及临床相关性分析。最后,针对这些自噬相关lncRNA进行GSEA功能富集分析和临床样本验证。结果共筛选出919条自噬相关lncRNA,其中AC009403.1、AC099850.3、AL365203.2、AL117336.3和AC015908.3具有临床预后价值且能预测HCC患者生存风险。根据构建的风险模型将高表达AC015908.3患者归为低风险患者,AC099850.3,AL117336.3和AL365203.2归为高风险患者,独立预后分析也验证了构建的预后模型能够预后肝癌患者的生存风险。GSEA功能富集分析发现这5条自噬相关lncRNA主要富集在补体凝血级联、脂肪酸代谢、药物代谢与细胞色素P450、视黄醇代谢、氨基酸代谢、嘧啶代谢、剪接体、嘌呤代谢、碱基切除修复和细胞周期等通路。PCR结果显示,相对于正常肝脏组织,AC009403.1(6.36±2.44 vs 12.67±3.58;t=11.21,P<0.001)、AC099850.3(9.48±3.08 vs 16.11±4.52;t=9.45,P<0.001)、AL365203.2(5.89±2.33 vs 13.05±4.19;t=10.45,P<0.001)、AL117336.3(5.44±2.60 vs 16.41±6.90;t=9.28,P<0.001)在HCC组织中高表达,AC015908.3在HCC组织低表达(12.43±4.56 vs 6.03±1.94;t=9.13,P<0.001)。结论5条自噬相关lncRNA构建的风险预测模型能够预测HCC患者的临床预后,且通过生物代谢和细胞增殖等生物学过程参与HCC发生发展。展开更多
文摘目的基于生物信息学方法分析肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)自噬相关长链非编码RNA(long noncoding RNA,lncRNA)生物标志物,用于评估HCC的临床预后及指导治疗。方法从TCGA数据库中下载HCC全转录组数据以及对应的临床数据,在人类自噬数据库(http://www.autophagy.lu/)下载自噬相关基因,通过共表达分析找到自噬相关lncRNA。然后,根据K-M分析及Cox分析构建临床预后模型预测HCC患者生存风险及临床相关性分析。最后,针对这些自噬相关lncRNA进行GSEA功能富集分析和临床样本验证。结果共筛选出919条自噬相关lncRNA,其中AC009403.1、AC099850.3、AL365203.2、AL117336.3和AC015908.3具有临床预后价值且能预测HCC患者生存风险。根据构建的风险模型将高表达AC015908.3患者归为低风险患者,AC099850.3,AL117336.3和AL365203.2归为高风险患者,独立预后分析也验证了构建的预后模型能够预后肝癌患者的生存风险。GSEA功能富集分析发现这5条自噬相关lncRNA主要富集在补体凝血级联、脂肪酸代谢、药物代谢与细胞色素P450、视黄醇代谢、氨基酸代谢、嘧啶代谢、剪接体、嘌呤代谢、碱基切除修复和细胞周期等通路。PCR结果显示,相对于正常肝脏组织,AC009403.1(6.36±2.44 vs 12.67±3.58;t=11.21,P<0.001)、AC099850.3(9.48±3.08 vs 16.11±4.52;t=9.45,P<0.001)、AL365203.2(5.89±2.33 vs 13.05±4.19;t=10.45,P<0.001)、AL117336.3(5.44±2.60 vs 16.41±6.90;t=9.28,P<0.001)在HCC组织中高表达,AC015908.3在HCC组织低表达(12.43±4.56 vs 6.03±1.94;t=9.13,P<0.001)。结论5条自噬相关lncRNA构建的风险预测模型能够预测HCC患者的临床预后,且通过生物代谢和细胞增殖等生物学过程参与HCC发生发展。
