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TAIL-PCR的技术改良及对香蕉NBS-RGC5基因侧翼序列的克隆 被引量:2
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作者 罗静瑶 陈云云 +3 位作者 谢俊 韦双双 夏幽泉 汤华 《广东农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2013年第10期143-145,170,共4页
香蕉枯萎病是一种毁灭性真菌病害,对香蕉的种植和产业发展危害严重,研究香蕉枯萎病相关的抗性基因,具有重要的理论意义。对TAIL-PCR进行技术改良,以简并引物组合的方式与特异性引物进行扩增,代替最初的单一简并引物方式,在TAIL-PCR第一... 香蕉枯萎病是一种毁灭性真菌病害,对香蕉的种植和产业发展危害严重,研究香蕉枯萎病相关的抗性基因,具有重要的理论意义。对TAIL-PCR进行技术改良,以简并引物组合的方式与特异性引物进行扩增,代替最初的单一简并引物方式,在TAIL-PCR第一轮扩增的大循环中设置不同的退火温度;采用改良后的TAIL-PCR成功克隆了巴西蕉NBS型抗性蛋白(NBS-RGC5)基因的侧翼序列。 展开更多
关键词 香蕉 枯萎病 热不对称交错PCR(tail-pcr) NBS-RGC5 侧翼序列
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TAIL-PCR方法快速分离Xcc致病相关基因序列 被引量:23
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作者 应革 武威 何朝族 《生物工程学报》 CAS CSCD 北大核心 2002年第2期182-186,共5页
以mini Tn5gfp km转座子中nptII片段作为探针 ,对已获得的五株野油菜黄单胞菌野油菜黑腐病致病型(Xcc)非致病突变体进行了Southernblot分析 ,结果表明 ,这五株突变体确由mini Tn5gfp km转座子插入致病相关基因所致 ,且为单拷贝不同位点... 以mini Tn5gfp km转座子中nptII片段作为探针 ,对已获得的五株野油菜黄单胞菌野油菜黑腐病致病型(Xcc)非致病突变体进行了Southernblot分析 ,结果表明 ,这五株突变体确由mini Tn5gfp km转座子插入致病相关基因所致 ,且为单拷贝不同位点的插入。提取这五株突变体总DNA作为模板 ,采用改进的热不对称交错PCR (TAIL PCR)方法从其中克隆到了各自转座子插入区侧翼序列 ,对这些侧翼序列进行了序列测定并将分析结果与GenBankdatabase及Xcc全基因组序列做了比较 ,结果表明 ,五个侧翼序列所在的基因确与Xcc致病性有关。这种改进后的TAIL 展开更多
关键词 Xcc 致病相关基因 mini-Tn5 gfp-km转座子 tail-pcr 分离 野油菜黄单胞菌
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优化TAIL-PCR方法克隆棉花抗逆相关转录因子编码基因 被引量:9
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作者 梁成真 张锐 +4 位作者 孙国清 孟志刚 周焘 丁忠涛 郭三堆 《棉花学报》 CSCD 北大核心 2010年第3期195-201,共7页
ABF/AREB/ABI5/DPBF类转录因子属于碱性亮氨酸类蛋白,在依赖ABA的逆境信号传导途径中起重要的作用。本研究结合该类转录因子的结构特点,利用3′RACE技术和优化的TAIL-PCR技术成功获得棉花中三个该家族成员编码基因。进一步验证结果表明... ABF/AREB/ABI5/DPBF类转录因子属于碱性亮氨酸类蛋白,在依赖ABA的逆境信号传导途径中起重要的作用。本研究结合该类转录因子的结构特点,利用3′RACE技术和优化的TAIL-PCR技术成功获得棉花中三个该家族成员编码基因。进一步验证结果表明两步PCR成功获得基因完整的ORF、3′UTR以及部分5′UTR序列。本研究所获基因为棉花抗逆基因工程提供了候选基因源,优化后的TAIL-PCR技术为克隆棉花中目的基因提供了一种简便高效的方法。 展开更多
关键词 棉花 ABF/AREB/ABI5/DPBF 转录因子 tail-pcr 抗逆相关基因
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葡萄microRNA156b和microRNA172c及其靶基因在冬芽二次成花过程中的表达特性研究 被引量:4
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作者 王晨 张演义 +3 位作者 房经贵 宋长年 刘洪 王西成 《南京农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第4期59-64,共6页
利用半定量RT-PCR与实时荧光定量RT-PCR(qRT-PCR)技术检测‘藤稔’葡萄microRNA156b(Vv-miR156b)和microRNA172c(Vv-miR172c)及其靶基因(Vv-SPL9和Vv-AP2)在摘心处理(5月14日、5月20日、5月28日)后不同发育时期冬芽中的表达情况,并利用R... 利用半定量RT-PCR与实时荧光定量RT-PCR(qRT-PCR)技术检测‘藤稔’葡萄microRNA156b(Vv-miR156b)和microRNA172c(Vv-miR172c)及其靶基因(Vv-SPL9和Vv-AP2)在摘心处理(5月14日、5月20日、5月28日)后不同发育时期冬芽中的表达情况,并利用RLM-5'-RACE验证了miRNAs作用其靶基因的方式。结果表明:仅5月28日摘心处理的冬芽能够进行花芽分化并形成花序,而其他处理及对照未能花芽分化。2种RT-PCR检测结果基本一致,5月28日摘心处理的2条miRNAs表达水平明显下降,且花序中有最低表达。相应的靶基因在冬芽二次成花过程中的表达水平呈现出与其miRNAs相反的变化趋势。RLM-5'-RACE结果显示,2条miRNAs介导靶基因裂解,裂解位点均在miRNAs 5'端的第10和11位碱基之间。表明microRNA156b和microRNA172c通过介导相应靶基因的裂解调控其靶基因的表达,从而影响葡萄冬芽的二次成花。 展开更多
关键词 葡萄 microRNAs 靶基因 冬芽 实时荧光定量RT-PCR RLM-5'-race
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烟草青枯菌Tn5突变体库的构建及突变位点分析 被引量:2
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作者 李小杰 李淑君 +4 位作者 李成军 陈玉国 王海涛 邱睿 胡亚静 《河南农业科学》 CSCD 北大核心 2017年第4期80-83,94,共5页
为了从烟草青枯菌全基因组范围内发掘致病性相关基因,采用电转化法构建了一个EzTn5转座子介导的烟草青枯菌TXLLJ14-3菌株插入突变体库,该突变体库包含1.2万个突变子,经烟草上的致病性检测,共得到216个无致病力或弱致病力突变菌株。利用T... 为了从烟草青枯菌全基因组范围内发掘致病性相关基因,采用电转化法构建了一个EzTn5转座子介导的烟草青枯菌TXLLJ14-3菌株插入突变体库,该突变体库包含1.2万个突变子,经烟草上的致病性检测,共得到216个无致病力或弱致病力突变菌株。利用TAIL-PCR扩增获得其中15个无致病力烟草青枯菌的Tn5侧翼序列,并对其插入位点进行了分析,结果表明,15个突变菌株的插入位点分别位于核苷酸水解酶、糖基转移酶、转座酶和合成酶等具有不同功能的基因上,这些基因受到干扰或破坏后,可能会抑制致病相关物质的表达或分泌,或者诱导烟草对病原菌产生抗性,从而表现出无致病力特征。 展开更多
关键词 烟草青枯菌 Tn5插入突变 无致病力菌株 tail-pcr 突变位点
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AtPIP5 K2基因参与拟南芥盐胁迫的调节过程 被引量:2
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作者 宋颖琦 杨谦 +1 位作者 秦跟基 瞿礼嘉 《北京林业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第5期78-83,共6页
植物在长期进化过程中演化出不同机制来适应环境中的各种胁迫,如盐碱、干旱等.该研究从拟南芥T-DNA插入突变体库中筛选到一个对盐反应不敏感的突变株系eto(enhanced tolerance to osmotic stress),种子萌发和幼苗生长试验表明呦突... 植物在长期进化过程中演化出不同机制来适应环境中的各种胁迫,如盐碱、干旱等.该研究从拟南芥T-DNA插入突变体库中筛选到一个对盐反应不敏感的突变株系eto(enhanced tolerance to osmotic stress),种子萌发和幼苗生长试验表明呦突变株系早期生长发育对盐胁迫不敏感.TAIL-PCR分析表明eto突变株系中T-DNA插入在拟南芥1号染色体上(BAC F3M18的27502位置),位于拟南芥AtIg77740基因起始密码子前487bp处,该基因编码磷脂酰肌醇-4-磷酸5-激酶(AtPIP5K2),共分离分析表明T-DNA插入与盐不敏感性紧密连锁.以野生型拟南芥总RNA为模板,克隆拟南芥AtPIP5K2基因cDNA,其开放读码框为2265bp,编码755个氨基酸.与已报道物种PIPKs基因氨基酸序列比较分析表明,AtPIP5K2与植物PIPKs基因氨基酸相似性高达62%~75%,但与其他生物物种PIPKs基因之间的氨基酸相似性仅为33%~37%;AtPIP5K2推导的氨基酸序列中含有植物PIPKs基因所具有的高度保守区域“PIPKc”、“MORN repeat”.进一步分析表明AtPIP5K2基因在拟南芥根及莲座叶片中表达量较强,并且由于T-DNA的插入,使eto突变株系与野生型相比,其AtPIP5K2基因过量表达,表明AtPIP5K2基因编码的产物可能参与调节拟南芥适应盐胁迫的调节反应. 展开更多
关键词 拟南芥 盐胁迫 tail-pcr 磷脂酰肌醇-4-磷酸5-激酶 CDNA
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小菜蛾线粒体复合物Ⅲ铁硫蛋白基因5′上游调控区域的克隆及序列分析
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作者 龚亮 张彦博 +1 位作者 耿鹏 胡美英 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第7期121-126,共6页
利用Tail-PCR技术克隆了小菜蛾线粒体复合物Ⅲ铁硫蛋白亚基的基因组DNA序列,全长5 013 bp,GenBank登录号为HM210791。研究表明,该基因具有3个内含子,大小分别为96 bp、577 bp和549 bp,且其内含子两端具有典型的GT-AG结构。生物信息学分... 利用Tail-PCR技术克隆了小菜蛾线粒体复合物Ⅲ铁硫蛋白亚基的基因组DNA序列,全长5 013 bp,GenBank登录号为HM210791。研究表明,该基因具有3个内含子,大小分别为96 bp、577 bp和549 bp,且其内含子两端具有典型的GT-AG结构。生物信息学分析表明,该基因5′上游调控区域不仅包括TATA-box等启动子核心序列,而且含有BR-C Z4、Hb、Dfd、CF2-II和HSF等转录因子结合位点。进一步鉴定了该基因的转录起始位点、启动子序列和CPG岛区域。为小菜蛾线粒体复合物Ⅲ铁硫蛋白亚基的转录调控机制和具体的生理功能研究提供一定基础。 展开更多
关键词 小菜蛾 线粒体复合物Ⅲ铁硫蛋白亚基 tail-pcr 5′上游调控区域
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沧州沿海湿地盐地碱蓬P5CS基因及启动子克隆研究
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作者 王君 田景汉 彭惠 《饲料研究》 CAS 北大核心 2020年第7期85-89,共5页
为深入研究盐地饲用植物碱蓬(Suaeda salsa)Δ1-吡咯啉-5-羧酸合成酶(P5CS)基因的功能,在已知盐地碱蓬P5CS基因c DNA序列的基础上,对耐盐P5C5基因组进行克隆及分析。选用TAIL-PCR的试验方法对其上游未知序列进行探索,并对其编码的P5CS... 为深入研究盐地饲用植物碱蓬(Suaeda salsa)Δ1-吡咯啉-5-羧酸合成酶(P5CS)基因的功能,在已知盐地碱蓬P5CS基因c DNA序列的基础上,对耐盐P5C5基因组进行克隆及分析。选用TAIL-PCR的试验方法对其上游未知序列进行探索,并对其编码的P5CS蛋白及相关植物P5CS基因编码的蛋白进行生物信息学分析。获得该基因序列片段长为1506 bp。与已知的c DNA序列进行同源性比对,对比结果表明试验所获得的序列片段为盐地碱蓬P5CS基因组序列。通过与NCBI网站的Proteins数据库中相关植物P5CS蛋白序列进行比对,进化分析表明盐地碱蓬P5CS与北美海蓬子的亲缘关系最近,氨基酸序列相似度达91%,同时在盐地碱蓬P5CS基因的启动子克隆中筛选了40种RAPD引物,为进一步研究耐盐基因启动子克隆及功能表达奠定基础,对盐地饲用植物碱蓬耐盐的分子机理研究提供参考依据。 展开更多
关键词 P5CS tail-pcr 启动子基因组
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鼻咽癌细胞系CNE2中NPCEDRG基因mRNA剪接变异体分析 被引量:2
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作者 侯德富 关勇军 +5 位作者 关瑞 万恂恂 李国庆 欧阳咏梅 余艳辉 陈主初 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第9期841-850,共10页
NPCEDRG基因是采用基因定位候选克隆策略获得的1个鼻咽癌候选抑瘤基因.NPCEDRG在鼻咽癌细胞和组织中表达下调,重新恢复NPCEDRG基因在CNE2细胞系的表达,可部分逆转CNE2的恶性表型.本研究对CNE2细胞所表达的NPCEDRG基因mRNA剪接变异体克... NPCEDRG基因是采用基因定位候选克隆策略获得的1个鼻咽癌候选抑瘤基因.NPCEDRG在鼻咽癌细胞和组织中表达下调,重新恢复NPCEDRG基因在CNE2细胞系的表达,可部分逆转CNE2的恶性表型.本研究对CNE2细胞所表达的NPCEDRG基因mRNA剪接变异体克隆、鉴定,发现NPCEDRG基因至少有7个转录起始位点,其中NM_032316的TSS位于ATG上游-85 nt处,AF538150和AK094248的TSS位于-25 nt处;AF538150不存在第2外显子中6核苷酸序列(3'-TTGCAG-3')的缺失,其CDs为516 bp,编码1种由171个氨基酸组成的蛋白质(而非GenBank中公布的CDs为510 bp,1种由169个氨基酸组成的蛋白质).本研究成功克隆得到1种新的NPCEDRG基因的mRNA剪接变异体V2,其TSS位于-23 nt处,其CDs为297 bp,编码1种由98个氨基酸组成的蛋白质. 展开更多
关键词 NPCEDRG基因 mRNA剪接变异体 5'-race 3'-race RT-PCR
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猪苓菌丝形成菌核的MAPK基因克隆及表达分析 被引量:2
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作者 刘蒙蒙 宋超 +1 位作者 邢咏梅 郭顺星 《微生物学通报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第12期2345-2350,共6页
【目的】克隆药用真菌猪苓MAPK基因并进行生物信息学分析及表达模式研究。【方法】利用5′-RACE-PCR技术从猪苓菌丝中克隆得到MAPK基因全长,利用生物信息学软件推测蛋白的理化性质、结构域;DNA Star对氨基酸进行多序列比对;用MEGA 5.0... 【目的】克隆药用真菌猪苓MAPK基因并进行生物信息学分析及表达模式研究。【方法】利用5′-RACE-PCR技术从猪苓菌丝中克隆得到MAPK基因全长,利用生物信息学软件推测蛋白的理化性质、结构域;DNA Star对氨基酸进行多序列比对;用MEGA 5.0做进化关系分析;借助实时定量PCR检测基因表达模式。【结果】猪苓MAPK基因的全长c DNA为1 293 bp,其中编码区占1 161 bp,共编码386个氨基酸,推测分子量为43.872 k D,理论等电点为6.68。猪苓的MAPK有MAPK中ERK1/2类型的保守区。系统进化树结果显示猪苓MAPK蛋白属于担子菌类群。实时荧光定量PCR分析结果表明猪苓菌核形成初期,菌核中的MAPK表达量显著高于菌丝组织,随着菌核的快速生长而减少。【结论】猪苓MAPK基因Pu MAPK的分子特征为进一步研究其在猪苓菌丝形成菌核过程中的作用奠定基础。 展开更多
关键词 猪苓 MAPK基因 5'-race 实时荧光定量PCR 菌核形成
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大豆1-氨基环丙烷-1-羧酸合酶基因启动子克隆与分析 被引量:2
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作者 赵燚 杨君 安利佳 《中国生物工程杂志》 CAS CSCD 北大核心 2008年第S1期93-97,共5页
根据已知的大豆1-氨基环丙烷-1-羧酸合酶(1-aminocyclopropane-1-carboxylatesynt-hase,ACC合酶)基因序列(GenBank Accession No:dq273840)设计三个基因特异的反向引物CTA798sp1,CTA798 sp2,CTA798 sp3,分别与4个简并引物配对,通过热不... 根据已知的大豆1-氨基环丙烷-1-羧酸合酶(1-aminocyclopropane-1-carboxylatesynt-hase,ACC合酶)基因序列(GenBank Accession No:dq273840)设计三个基因特异的反向引物CTA798sp1,CTA798 sp2,CTA798 sp3,分别与4个简并引物配对,通过热不对称PCR(thermal asymmetric interlaced PCR,TAIL-PCR)扩增,获得了该基因上游约600bp的序列。利用5'-cDNA末端快速扩增(5'Rapid Amplification of cDNA ENDs,5'-RACE)实验,确定转录起始位点(TTS)位于起始密码子上游164 bp处,由此获得了大豆ACC合酶基因上游长约328bp的启动子序列。用PLACE和PLANTCARE软件分析此序列,发现该序列具有启动子的基本元件TATA-box和CAAT-box;此外发现三个胁迫诱导元件:光应答元件Box1,Box4和诱导物应答元件W-box。以pBI121为基础,进一步构建了由ACC合酶基因上游调控序列启动的GUS基因植物表达载体,通过农杆菌介导的叶盘法转化烟草叶片,瞬时表达结果表明GUS基因在该片段的调控下获得了表达,该片段具有启动子活性。 展开更多
关键词 大豆 启动子 ACC合酶 tail-pcr 5’-RACE 瞬时表达
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Cloning and Expression of a Profilin Gene from Rapeseed 被引量:4
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作者 叶秋 李旭锋 +3 位作者 徐莺 王劲 林娟 陈放 《Acta Botanica Sinica》 CSCD 2001年第7期727-730,共4页
Profilin has recently been identified as an actin-binding protein in higher plants. A cDNA clone (designated Repro) encoding profilin gene was isolated from rapeseed ( Brassica napus L. cv. canadian Tween) using RT-PC... Profilin has recently been identified as an actin-binding protein in higher plants. A cDNA clone (designated Repro) encoding profilin gene was isolated from rapeseed ( Brassica napus L. cv. canadian Tween) using RT-PCR technique. Sequence analysis showed 82% similarity to Zea mays L. ZmPro3, 85% to Arabidopsis AthPRF1, 82% to Nicotiana tabacum L. NTPRO, 81% to Oryza sativa L. profilin A. A new full-length cDNA was obtained by 5'-RACE and 3'-RACE techniques. Sequence analysis showed that the size of full-length cDNA is 672 bp which contains a major open reading frame of 134 amino, acids, 5' and 3' untranslated regions and a long Poly (A) tail. Northern blot analysis showed that the profilin gene is a pollen and anther specific gene. 展开更多
关键词 profilin gene 3 '-race 5 '-race rapeseed pollen RT-PCR
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Cloning of the Full-length Gene for Tobacco Ethylene Receptor NTHK2 and Characterization of Its Kinase Domain 被引量:2
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作者 张志刚 巩燕 +4 位作者 何新建 王玉军 孙仲序 张劲松 陈受宜 《Acta Botanica Sinica》 CSCD 2003年第1期68-72,共5页
Previously the partial sequence of an ethylene receptor gene NTHK2 was isolated from tobacco (Nicotiana tabacum L. var. Xanthi) plants and it was wound and drought inducible. In the present study full-length cDNA of N... Previously the partial sequence of an ethylene receptor gene NTHK2 was isolated from tobacco (Nicotiana tabacum L. var. Xanthi) plants and it was wound and drought inducible. In the present study full-length cDNA of NTHK2 was cloned by 5'-RACE method. NTHK2 gene has 3 216 bp, with 509 bp of 5'-non-coding region and 427 lip of 3'-non-coding region, and encodes an ethylene-receptor homolog of 760, amino acids. NTHK2 protein has a putative signal peptide, three transmembrane domains, a histidine kinase domain and a receiver domain. In the putative histidine kinase domain, the histidine at the phosphorylation site was replaced by an asparagine. To study the biochemical property of NTHK2, its kinase domain was expressed as a fusion protein with glutathione S-transferase (GST) using yeast Schizzosaccharomyces pombe as an expression system. In vitro kinase assay showed that NTHK2 kinase domain can autophosphorylate in the presence of Mg2+, indicating that NTHK2 may function as a kinase. Further studies will elucidate the function of NTHK2 in plant. 展开更多
关键词 5 '-race NTHK2 kinase activity ethylene-receptor
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