目的探讨NDRG4甲基化检测在结直肠癌诊断中的价值。方法从84例结直肠癌手术切除癌组织、癌旁组织及其术前粪便、尿、血中提取DNA,应用巢式甲基化特异性PCR(nested methylation specific PCR,nMSP)检测结直肠癌粪便、尿、血中NDRG4基因...目的探讨NDRG4甲基化检测在结直肠癌诊断中的价值。方法从84例结直肠癌手术切除癌组织、癌旁组织及其术前粪便、尿、血中提取DNA,应用巢式甲基化特异性PCR(nested methylation specific PCR,nMSP)检测结直肠癌粪便、尿、血中NDRG4基因甲基化水平。比较结直肠癌组织和粪便、尿、血中NDRG4甲基化检测在结直肠癌诊断中的敏感性和特异性。结果在84例结直肠癌中,癌组织NDRG4检出率为81.0%,癌旁组织检出率为8.3%,敏感性为81.0%,特异性为91.7%;结直肠癌中粪便NDRG4基因甲基化的敏感性和特异性在3个微量DNA中最高,尿次之。结论结直肠癌组织NDRG4基因甲基化异常发生率高;粪便和尿中NDRG4甲基化异常可作为结直肠癌早期诊断的肿瘤标志物。展开更多
目的:考察在不同温度下储存时间和反复冻融对粪便中人基因组DNA含量的影响。方法:1.将粪便样本在室温、4℃、-40℃和-70℃条件下分别放置不同时间和-40℃条件下保存并反复冻融后,使用QIAamp DNA Stool Mini Kit试剂盒提取得到粪便DNA,...目的:考察在不同温度下储存时间和反复冻融对粪便中人基因组DNA含量的影响。方法:1.将粪便样本在室温、4℃、-40℃和-70℃条件下分别放置不同时间和-40℃条件下保存并反复冻融后,使用QIAamp DNA Stool Mini Kit试剂盒提取得到粪便DNA,通过实时荧光定量PCR体系对人KRAS基因定量确定人基因组DNA含量,评价粪便样本不同冻存条件对其中人基因组DNA含量的影响。2.将粪便DNA样本在4℃和-40℃条件下分别放置不同时间和-40℃条件下保存并反复冻融后,评价粪便DNA样本不同冻存条件下对其中人基因组DNA含量的影响。结果:1).粪便样本常温放置2小时,其中人基因组DNA即发生明显降解(P<0.01),4℃可保存3天左右,-40℃可保存4周,-70℃可保存3个月以上,粪便反复冻融第3次,其中人基因组DNA降解具有统计学意义(P<0.05)。2).粪便DNA 4℃可保存3天,-40℃可保存4周,粪便DNA反复冻融第4次,其中人基因组DNA降解具有统计学意义(P<0.05)。结论:符合大肠癌早期无创分子诊断要求的粪便DNA贮存条件:粪便样本室温收集后尽快保存;短期可处理的粪便样本存放在4℃条件下(3天内);暂无法处理则存于-40℃(1个月内);粪便样本长期保存在-70℃条件下,可保存3个月。展开更多
目的观察改变细菌裂解温度对提取粪便细菌基因组DNA量和纯度的影响。方法收集10例肝硬化患者粪便,每例患者粪便等分成两份,再随机分成两组。采用QIAamp DNA Stool Mini Kit试剂盒(国际通用粪便细菌基因组DNA提取试剂盒)进行抽提,一组(A...目的观察改变细菌裂解温度对提取粪便细菌基因组DNA量和纯度的影响。方法收集10例肝硬化患者粪便,每例患者粪便等分成两份,再随机分成两组。采用QIAamp DNA Stool Mini Kit试剂盒(国际通用粪便细菌基因组DNA提取试剂盒)进行抽提,一组(A组)按照试剂盒说明书温度要求进行粪便细菌基因组DNA提取,一组(B组)对试剂盒细菌裂解温度改良后再进行提取。结果与按照试剂盒说明书温度进行提取组相比,改变细菌裂解温度后粪便基因组DNA提取量明显增高(P<0.05),而粪便基因组DNA提取纯度(OD260/280、OD260/230)无明显变化(P>0.05)。结论改变细菌裂解温度能明显提高粪便细菌基因组DNA提取量,而不改变粪便细菌基因组DNA的提取纯度。该方法可以解决因粪便采样量少导致粪便基因组DNA提取量不足的问题。展开更多
文摘目的探讨NDRG4甲基化检测在结直肠癌诊断中的价值。方法从84例结直肠癌手术切除癌组织、癌旁组织及其术前粪便、尿、血中提取DNA,应用巢式甲基化特异性PCR(nested methylation specific PCR,nMSP)检测结直肠癌粪便、尿、血中NDRG4基因甲基化水平。比较结直肠癌组织和粪便、尿、血中NDRG4甲基化检测在结直肠癌诊断中的敏感性和特异性。结果在84例结直肠癌中,癌组织NDRG4检出率为81.0%,癌旁组织检出率为8.3%,敏感性为81.0%,特异性为91.7%;结直肠癌中粪便NDRG4基因甲基化的敏感性和特异性在3个微量DNA中最高,尿次之。结论结直肠癌组织NDRG4基因甲基化异常发生率高;粪便和尿中NDRG4甲基化异常可作为结直肠癌早期诊断的肿瘤标志物。
文摘目的:考察在不同温度下储存时间和反复冻融对粪便中人基因组DNA含量的影响。方法:1.将粪便样本在室温、4℃、-40℃和-70℃条件下分别放置不同时间和-40℃条件下保存并反复冻融后,使用QIAamp DNA Stool Mini Kit试剂盒提取得到粪便DNA,通过实时荧光定量PCR体系对人KRAS基因定量确定人基因组DNA含量,评价粪便样本不同冻存条件对其中人基因组DNA含量的影响。2.将粪便DNA样本在4℃和-40℃条件下分别放置不同时间和-40℃条件下保存并反复冻融后,评价粪便DNA样本不同冻存条件下对其中人基因组DNA含量的影响。结果:1).粪便样本常温放置2小时,其中人基因组DNA即发生明显降解(P<0.01),4℃可保存3天左右,-40℃可保存4周,-70℃可保存3个月以上,粪便反复冻融第3次,其中人基因组DNA降解具有统计学意义(P<0.05)。2).粪便DNA 4℃可保存3天,-40℃可保存4周,粪便DNA反复冻融第4次,其中人基因组DNA降解具有统计学意义(P<0.05)。结论:符合大肠癌早期无创分子诊断要求的粪便DNA贮存条件:粪便样本室温收集后尽快保存;短期可处理的粪便样本存放在4℃条件下(3天内);暂无法处理则存于-40℃(1个月内);粪便样本长期保存在-70℃条件下,可保存3个月。
文摘目的观察改变细菌裂解温度对提取粪便细菌基因组DNA量和纯度的影响。方法收集10例肝硬化患者粪便,每例患者粪便等分成两份,再随机分成两组。采用QIAamp DNA Stool Mini Kit试剂盒(国际通用粪便细菌基因组DNA提取试剂盒)进行抽提,一组(A组)按照试剂盒说明书温度要求进行粪便细菌基因组DNA提取,一组(B组)对试剂盒细菌裂解温度改良后再进行提取。结果与按照试剂盒说明书温度进行提取组相比,改变细菌裂解温度后粪便基因组DNA提取量明显增高(P<0.05),而粪便基因组DNA提取纯度(OD260/280、OD260/230)无明显变化(P>0.05)。结论改变细菌裂解温度能明显提高粪便细菌基因组DNA提取量,而不改变粪便细菌基因组DNA的提取纯度。该方法可以解决因粪便采样量少导致粪便基因组DNA提取量不足的问题。
