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应用计算机手段分析植物病原细菌Ralstonia solanacearum的蛋白质序列 被引量：4
1
作者 刘雅婷 李成云 +1 位作者 李永忠 李正跃 《云南农业大学学报》 CAS CSCD 2007年第4期485-490,共6页
应用SignalP 3.0,LipoP和TargetP对植物病原细菌Ralstonia solanacearum基因组中的3440个ORFs(openreading frames)进行了信号肽分析,同时系统分析了信号肽的类型及结构。结果表明,3440个ORFs中有462个ORFs所编码蛋白质具有N-端有信号... 应用SignalP 3.0,LipoP和TargetP对植物病原细菌Ralstonia solanacearum基因组中的3440个ORFs(openreading frames)进行了信号肽分析,同时系统分析了信号肽的类型及结构。结果表明,3440个ORFs中有462个ORFs所编码蛋白质具有N-端有信号肽序列,其中348个分泌类信号肽、100个信号肽具有RR-motif信号肽,14个脂蛋白类信号肽,未发现Prepilin-like信号肽和Bacteriocin and Pheromone信号肽。在这462个具有可切割信号肽的分泌蛋白中,有84.0%蛋白质为胞外分泌型(S型),13.2%为线粒体分泌型(M型),另外有2.8%为其它类型的分泌蛋白。通过LipoP分析该菌的全基因组预测具有4种类型蛋白质,其中其中SpI有425个,占12.3%;SpII有80个,占2.3%;CYT有2 541个,占73.9%;TMH有414个,占12.0%。比较了Ralstonia solanacearum和Pseudomonas syringaepv.tomato信号肽的长度及氨基酸的组成,发现这两种菌在这些方面存在这很大程度的相似性。本研究通过对Ralstonia solanacearum进行分泌蛋白和信号肽结构的分析,为将来功能基因组和分泌型外源蛋白的利用提供理论基础。 展开更多
关键词 Ralstonia SOLANACEARUM ORF 信号肽 RR—motif 脂蛋白 signalp 3.0 LipoP TargetP
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