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基于生物信息学分析SGOL1在肺腺癌中的表达及预后价值 被引量：1
1
作者 刘西尧 李昂 +2 位作者 仵红娇 郭力雯 张雪梅 《中国现代医生》 2024年第15期1-8,共8页
目的通过生物信息学方法分析Shugoshin-1(SGOL1)在肺腺癌中的表达及预后价值。方法从癌症基因组图谱数据库中下载肺腺癌组织和正常组织的表达谱数据和临床资料,并对SGOL1进行表达差异分析和临床相关性分析。使用R包“pROC”绘制受试者... 目的通过生物信息学方法分析Shugoshin-1(SGOL1)在肺腺癌中的表达及预后价值。方法从癌症基因组图谱数据库中下载肺腺癌组织和正常组织的表达谱数据和临床资料,并对SGOL1进行表达差异分析和临床相关性分析。使用R包“pROC”绘制受试者操作特征曲线(receiver operator characteristic curve,ROC曲线)评估SGOL1表达对肺腺癌患者临床诊断预测的准确性;利用R包“survival”“survminer”和单因素及多因素Cox回归分析评估SGOL1表达对肺腺癌患者预后的影响;通过检索肿瘤免疫单细胞中心和TIMER2.0数据库,分析肺腺癌中SGOL1的表达分布及与免疫细胞浸润的关系;利用LinkedOmics数据库对SGOL1及其共表达进行功能富集分析;利用交互作用基因/蛋白质检索工具构建SGOL1的蛋白质–蛋白质相互作用网络。结果与正常组织比较,肿瘤组织的SGOL1表达量显著上调(P<0.001);与癌旁组织比较,肿瘤组织的SGOL1表达量显著上调(P<0.001)。在肺腺癌的不同临床病理分期中,与Ⅰ期比较,Ⅱ期、Ⅲ期、Ⅳ期的SGOL1显著高表达(P<0.05)。ROC曲线显示,SGOL1对肺腺癌患者具有良好的诊断效能,曲线下面积为0.959(95%CI:0.942~0.975)。SGOL1高表达组患者的总生存期、疾病特异生存期、无病生存期和无瘤间期均较SGOL1低表达组显著缩短(P<0.05)。单因素及多因素Cox回归分析结果表明,临床分期(HR=1.629,P<0.001)和SGOL1表达水平(HR=1.447,P=0.002)与肺腺癌患者的预后较差相关,可作为肺腺癌患者预后的独立危险因素。SGOL1表达水平与B细胞、CD4^(+)T细胞和树突状细胞的浸润水平呈显著负相关(P<0.05),与巨噬细胞、CD8^(+)T细胞和中性粒细胞的浸润水平呈显著正相关(P<0.05)。富集分析显示,SGOL1可能在有丝分裂、细胞周期、p53信号通路和氨基酸代谢等途径中发挥作用。蛋白质-蛋白质相互作用网络分析提示SGOL1与CBX1、PPP2CA、PPP2R5C、CDCA8、ESPL1、PPP2R1A、BUB1、PPP2R5A、SGO2、CDC20等多个分子关系密切。结论SGOL1在肺腺癌组织中高表达,且与肺腺癌患者的预后较差相关。SGOL1可作为预测肺腺癌患者预后的生物标志物之一。 展开更多
关键词 肺腺癌 sgol1 预后 免疫浸润 生物标志物
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胃癌中长链非编码RNA SGOL1-AS1的表达变化及临床意义
2
作者 唐翎瀚 马骤 +2 位作者 何洲 谭令 肖江卫 《四川医学》 CAS 2020年第9期932-937,共6页
目的探究长链非编码RNA(SGOL1-AS1)在胃癌中表达情况和相关临床意义。方法实时荧光定量PCR检测65例胃癌组织及癌旁组织、3株胃癌细胞系及正常胃黏膜细胞系的SGOL1-AS1表达水平,同时使用star Base在线数据库评估胃癌中SGOL1-AS1表达水平... 目的探究长链非编码RNA(SGOL1-AS1)在胃癌中表达情况和相关临床意义。方法实时荧光定量PCR检测65例胃癌组织及癌旁组织、3株胃癌细胞系及正常胃黏膜细胞系的SGOL1-AS1表达水平,同时使用star Base在线数据库评估胃癌中SGOL1-AS1表达水平。结合临床资料分析SGOL1-AS1表达差异与临床病理特征关系,构建受试者工作曲线评估SGOL1-AS1对胃癌诊断效能,采用Kaplan-Meier法分析SGOL1-AS1表达水平与胃癌患者生存预后关系。结果SGOL1-AS1在胃癌组织中表达水平明显高于癌旁组织,胃癌细胞中SGOL1-AS1的表达水平高于胃黏膜正常细胞,与starBase在线数据库评估结果相同。SGOL1-AS1高表达与患者肿瘤浸润深度(χ^2=4.986,P=0.026)、TNM分期(χ^2=7.963,P=0.005)、肿瘤大体分型(χ^2=5.015,P=0.025)、脉管浸润(Fisher,P=0.048)均显著相关,而其与年龄、性别、吸烟、饮酒、肿瘤最大直径、淋巴结转移、远处转移、组织分化程度等均无明显相关(均P>0.05)。SGOL1-AS1检测胃癌的ROC曲线下面积为0.612(95%CI 0.514~0.710,P=0.028),灵敏度为87.70%,特异度为40.00%。SGOL1-AS1高表达组患者预后更差(Log-rank,P=0.010)。结论长链非编码RNA SGOL1-AS1在胃癌中表达明显上调,并可能调控着胃癌的发生发展过程,影响胃癌患者预后,有潜力为胃癌的诊疗开辟新的方向。 展开更多
关键词 长链非编码RNA sgol1-AS1 胃癌 诊断 预后
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鸡SGOL2基因的克隆测序和表达分析
3
作者 张振赫 李俊英 侯卓成 《中国畜牧杂志》 CAS 北大核心 2013年第7期5-10,共6页
本研究通过对前期研究得到的候选鸟类卵巢特异表达基因LOC100857982进行克隆测序和表达分析,检验该基因是否在成年母鸡卵巢高度特异表达并对其功能进行初步分析,为进一步揭示卵巢的生长发育和成熟机制奠定理论基础。本研究采用RACE方法... 本研究通过对前期研究得到的候选鸟类卵巢特异表达基因LOC100857982进行克隆测序和表达分析,检验该基因是否在成年母鸡卵巢高度特异表达并对其功能进行初步分析,为进一步揭示卵巢的生长发育和成熟机制奠定理论基础。本研究采用RACE方法克隆出LOC100857982的cDNA全长,并进一步分析了该基因的序列,利用qRT-PCR方法对该基因进行表达分析。结果表明:LOC100857982的cDNA全长为1 306 bp;比对序列分析发现该基因是鸡SGOL2基因;系统进化树分析表明该基因与非洲爪蛙的遗传距离最近,符合基本的进化规律。qPCR结果显示该基因在25周龄白来航母鸡的卵巢中过表达。本研究表明鸡SGOL2基因是卵巢组织的特异表达基因。结合序列分析和表达分析,本研究推测该基因对母鸡的开产具有重要的作用。本研究还表明了实际克隆测序全长cDNA对基因功能研究的重要性,即使在高质量的鸡基因组中,Ensembl预测基因仍然有很多缺陷,从而导致以此为基础的一些生物学推断发生错误。 展开更多
关键词 卵巢特异基因 sgol2 RACE qRT—PCR 鸡
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基于TCGA数据库的乳腺癌进程关键基因系统筛选和鉴定 被引量：3
4
作者 冯旭 赵丽敏 +1 位作者 柯浩 张洪磊 《郑州大学学报（理学版）》 CAS 北大核心 2017年第4期93-99,共7页
利用TCGA数据库收集的乳腺癌转录组数据和病人临床信息,分析基因表达与乳腺癌临床病理学参数的相关性及其对预后的影响,同时结合表达差异分析筛选出与乳腺癌进程密切相关的7个候选基因(UBE2T、RRM2、SGOL1、ERCC6L、CCNE1、HMGB3和SPDY... 利用TCGA数据库收集的乳腺癌转录组数据和病人临床信息,分析基因表达与乳腺癌临床病理学参数的相关性及其对预后的影响,同时结合表达差异分析筛选出与乳腺癌进程密切相关的7个候选基因(UBE2T、RRM2、SGOL1、ERCC6L、CCNE1、HMGB3和SPDYC).通过基因功能注释检索确定SGOL1作为实验验证的候选基因.实验结果表明在乳腺癌细胞系MDA-MB-231中敲降SGOL1能显著抑制细胞生长,细胞周期被阻滞在G2/M期.上述结果表明SGOL1在乳腺癌进程中具有重要作用,同时也说明该生物信息结合实验的筛选方法可以加速肿瘤关键基因的筛选和鉴定. 展开更多
关键词 转录组 TCGA数据库 sgol1
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长链非编码RNA SGO1-AS1与潜在靶基因在宣威肺癌患者中的表达水平及临床特征
5
作者 尹春琼 陈冉 +4 位作者 杨若彤 王宁 包艳 耿娅萍 王玉明 《实用检验医师杂志》 2023年第1期13-17,共5页
目的 分析肺癌患者的长链非编码RNA(LncRNA)表达水平,探讨云南省宣威地区肺癌(宣威肺癌)的发病机制。方法 选择2018年1月—2019年5月曲靖市第二人民医院心胸外科收治的20例宣威地区非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)患者... 目的 分析肺癌患者的长链非编码RNA(LncRNA)表达水平,探讨云南省宣威地区肺癌(宣威肺癌)的发病机制。方法 选择2018年1月—2019年5月曲靖市第二人民医院心胸外科收治的20例宣威地区非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)患者作为研究对象,先后行外科手术切除癌组织和癌旁组织(距离癌灶边缘≥5 cm)。采用实时荧光定量聚合酶链反应(PCR)检测宣威肺癌患者癌组织和癌旁组织中的LncRNA SGOL1-AS1表达,采用Starbase v3.0软件预测靶基因后,验证其表达水平。结果 宣威肺癌患者癌组织中LncRNA SGOL1-AS1表达水平明显高于癌旁组织[1.34(1.28,1.39)比1.17(1.16,1.23),P<0.05]。定量PCR结果表明,癌组织中靶基因DOK2相对表达量明显高于癌旁组织,AK1的相对表达量明显低于癌旁组织[DOK2:0.97(0.95,0.99)比0.91(0.89,0.94),AK1:0.87±0.03比0.93±0.02,均P<0.05],血浆中DOK2、AK1的相对表达量均明显低于正常对照组[DOK2:0.89(0.91,0.94)比0.93(0.87,0.90),AK1:1.02±0.06比1.04±0.04,均P<0.05]。结论 宣威肺癌的发病与癌组织和血浆中LncRNA SGOL1-AS1高表达有关,LncRNA SGOL1-AS1可成为宣威肺癌的临床早期诊断指标和治疗靶点。 展开更多
关键词 云南宣威 肺癌 长链非编码RNA sgol1-AS1
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蚕哥口服液对小鼠红细胞免疫功能的影响
6
作者 何德 吴斌华 《中国药房》 CAS CSCD 2003年第2期76-77,共2页
目的 :探讨蚕哥口服液 (SGOL)对小鼠红细胞免疫功能的影响。方法 :SGOL按5g/(kg·d)、10g/(kg·d)、20g/(kg·d)给老龄小鼠连续灌胃30d ,观察小鼠随年龄增长其红细胞免疫功能的变化及SGOL对老龄小鼠红细胞免疫功能的影响。... 目的 :探讨蚕哥口服液 (SGOL)对小鼠红细胞免疫功能的影响。方法 :SGOL按5g/(kg·d)、10g/(kg·d)、20g/(kg·d)给老龄小鼠连续灌胃30d ,观察小鼠随年龄增长其红细胞免疫功能的变化及SGOL对老龄小鼠红细胞免疫功能的影响。结果 :(1)老龄小鼠红细胞C3b受体花环率 (RBC -C3bRR)显著低于幼龄小鼠 (P<0 01) ,而老龄小鼠红细胞循环免疫复合物花环率(RBC -ICR )明显高于幼龄小鼠 (P<0 01) ;(2)SGOL各剂量组匀使老龄小鼠RBC -C3bRR高于用药前水平 ,而RBC -ICR则低于用药前水平 ,以10g/(kg·d)剂量效果最佳 (P<0 01)。结论 :SGOL可在一定程度上增强老龄小鼠红细胞免疫功能 。 展开更多
关键词 蚕哥口服液 红细胞 免疫 衰老
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斑马鱼Sgo1在眼睛发育中的作用及调控机制研究
7
作者 宫雪 李志源 +2 位作者 时全 周建峰 荣小至 《中国海洋药物》 CAS CSCD 2024年第5期62-68,共7页
目的SGO1突变与人类隐性遗传病—慢性心房-肠道节律失调综合征相关。为详细探究SGO1/Sgo1的体内生理作用及分子机制,运用模式动物斑马鱼进行分析。方法通过CRISPR/Cas9基因编辑技术构建sgo1敲除突变体;显微成像观察Sgo1缺失对斑马鱼眼... 目的SGO1突变与人类隐性遗传病—慢性心房-肠道节律失调综合征相关。为详细探究SGO1/Sgo1的体内生理作用及分子机制,运用模式动物斑马鱼进行分析。方法通过CRISPR/Cas9基因编辑技术构建sgo1敲除突变体;显微成像观察Sgo1缺失对斑马鱼眼睛生长发育的影响;实时荧光定量PCR(qRT-PCR)及冰冻切片免疫组化实验检测斑马鱼Sgo1缺失对视网膜光感受器发育的影响;吖啶橙染色显示斑马鱼眼睛细胞凋亡水平;qRT-PCR检测p53信号通路靶基因表达水平。结果斑马鱼Sgo1功能缺失影响眼睛视觉转导,同时能够激活p53信号通路,导致眼部细胞凋亡增加从而影响眼睛正常发育。 展开更多
关键词 Sgo1 眼睛发育 细胞凋亡 斑马鱼
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