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基于注意力机制的Seq2Seq微服务容器负载预测
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作者 何京涛 胡晓鹏 《计算机应用与软件》 北大核心 2026年第1期193-201,共9页
微服务的按需伸缩对提高集群的资源利用率至关重要,而按需伸缩的前提是集群能够对资源需求进行精准预测。当前基于规则响应式的资源管理策略仍是产业界的主流方式,学术界结合机器学习的资源负载预测方法仍存在预测不够精准等问题。因此... 微服务的按需伸缩对提高集群的资源利用率至关重要,而按需伸缩的前提是集群能够对资源需求进行精准预测。当前基于规则响应式的资源管理策略仍是产业界的主流方式,学术界结合机器学习的资源负载预测方法仍存在预测不够精准等问题。因此,提出一种基于微服务依赖程度的负载预测模型。通过基于DTW(Dynamic Time Warping)改进的容器依赖程度检测算法,对容器进行依赖程度评估。分析存在强依赖关系的容器之间指标的相关性,选择相关性较高的指标作为模型的输入特征变量。预测模型采用Seq2Seq(Sequence to Sequence)编解码模型,并结合注意力机制和残差LSTM来提升模型预测的精准性和稳定性。实验表明,该模型预测效果显著,误差评价指标MAE、RMSE、MAPE相较于另外两个深度学习模型平均降低了48%、35%、51%,能够有效预测出存在强依赖关系容器的短时负载。 展开更多
关键词 容器负载预测 微服务依赖关系 seq2seq 注意力机制 残差LSTM
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基于改进Seq2Seq的船舶轨迹预测算法
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作者 曹建鑫 史岳橙 高睿 《舰船科学技术》 北大核心 2026年第4期141-147,共7页
为解决以往船舶轨迹预测模型在训练过程中未能合理应对多步预测任务间关联性的问题,构建了一种融合频域分析方法和Seq2Seq模型的船舶轨迹预测算法(Time-Frequency based Seqence to Seqence Model,TF-Seq2Seq)。基于自动识别系统数据特... 为解决以往船舶轨迹预测模型在训练过程中未能合理应对多步预测任务间关联性的问题,构建了一种融合频域分析方法和Seq2Seq模型的船舶轨迹预测算法(Time-Frequency based Seqence to Seqence Model,TF-Seq2Seq)。基于自动识别系统数据特点设计了系列预处理操作;用融合频域分析方法和Seq2Seq模型的改进算法捕获船舶轨迹序列的关联性。基于真实数据进行实例分析,结果表明基于长短时记忆单元的Seq2Seq改进算法多种指标上表现最优,均方误差较原算法降低了12.9%。算法改进能更好地发挥模型优势,提高船舶轨迹预测精度。 展开更多
关键词 自动识别系统 傅里叶变换 船舶轨迹预测 seq2seq模型
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利用BSA-seq技术挖掘油菜耐铝毒基因
3
作者 张美薇 陈明 +8 位作者 韩德鹏 李亚贞 肖小军 熊文 黄天宝 程业伟 张晨 周莺 郑伟 《华北农学报》 北大核心 2026年第1期30-38,共9页
近年来,我国南方地区农田土壤酸化现象日益严重,导致土壤中铝离子活性增强,对作物生长产生明显毒害作用,为挖掘油菜耐铝毒相关性状基因位点,以耐铝毒品种R248与铝毒敏感品种S120杂交得到的F 2群体为试验材料,通过表型鉴定构建铝毒耐受... 近年来,我国南方地区农田土壤酸化现象日益严重,导致土壤中铝离子活性增强,对作物生长产生明显毒害作用,为挖掘油菜耐铝毒相关性状基因位点,以耐铝毒品种R248与铝毒敏感品种S120杂交得到的F 2群体为试验材料,通过表型鉴定构建铝毒耐受性极端混池,并采用BSA-seq法进行QTL定位分析。表型鉴定结果表明,F 2群体的铝毒耐受性呈连续性正态分布;通过基因组测序、变异位点筛选及性状关联研究,在A07、C02、C03和C084条染色体上鉴定出4个显著影响铝毒耐受性的遗传区域,区间总长度为0.73 Mb,含98个基因;根据富集分析结果和基因注释信息,预测BnaA07g35600D、BnaA07g35660D、BnaA07g35700D、BnaA07g35710D和BnaC03g39670D参与油菜耐铝毒激素的合成与运输;BnaC03g39840D参与细胞壁果胶甲酯酶合成;BnaC03g39750D和BnaC08g20580D为含MYB结构的转录因子;BnaC03g39850D和BnaC03g39980D参与氨基酸代谢,这些基因与油菜铝毒耐受性的相关性较大,为后续开展耐铝毒相关基因的分离鉴定及其分子机制解析提供了重要依据。 展开更多
关键词 油菜 铝毒 BSA-seq 候选基因
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基于BSA-seq技术定位玉米籽粒花青素关联基因
4
作者 张超 郭欢 +2 位作者 李忠玲 岳淑宁 赵娜 《作物学报》 北大核心 2026年第3期780-789,共10页
花青素作为鲜食玉米的表型之一,使其具有更高的营养价值和经济价值。为了研究玉米籽粒中花青素的关联基因,本研究利用连续自交多代的黑糯和白糯玉米作为亲本材料构建获得F2代分离群体。于F2:3统计玉米籽粒颜色表明,黑白粒占比表现为极... 花青素作为鲜食玉米的表型之一,使其具有更高的营养价值和经济价值。为了研究玉米籽粒中花青素的关联基因,本研究利用连续自交多代的黑糯和白糯玉米作为亲本材料构建获得F2代分离群体。于F2:3统计玉米籽粒颜色表明,黑白粒占比表现为极显著差异。利用BSA-seq技术对黑粒和白粒的表型混池样本进行基因组测序,挖掘花青素积累的关联基因。通过表型和基因测序联合分析,玉米籽粒中花青素合成的关联基因片段主要位于6号染色体的107.9~113.2 Mb区域内。候选区域内共注释到116个基因,其中包括53个非同义突变基因, 17个移码突变基因。通过基因注释信息分析,推测出花青素结构基因Zm00001eb276450(ANR)、转录因子基因Zm00001eb276870(WD40)和Zm00001eb276640(MYB)可能为玉米籽粒中花青素关联的候选基因。该研究结果为进一步完善玉米籽粒花青素关联基因的功能解析奠定了重要基础,也为快速筛选花青素鲜食玉米新品种提供了参考基因。 展开更多
关键词 鲜食玉米 花青素 BSA-seq 表型-基因型关联分析 序列差异
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Shape-Aware Seq2Seq Model for Accurate Multistep Wind Speed Forecasting
5
作者 PANG Junheng DONG Sheng 《Journal of Ocean University of China》 2026年第1期55-73,共19页
Wind speed is a crucial parameter affecting wind energy utilization.However,its volatility leads to time-varying power output.Herein,a novel Seq2Seq model integrating deep learning,data denoising,and a shape-aware los... Wind speed is a crucial parameter affecting wind energy utilization.However,its volatility leads to time-varying power output.Herein,a novel Seq2Seq model integrating deep learning,data denoising,and a shape-aware loss function is proposed for accurate multistep wind speed forecasting.In this model,the wind speed data is first denoised using the maximal overlap discrete wavelet transform.Next,an encoder-decoder network based on a temporal convolutional network,bidirectional gated recurrent unit,and multihead self-attention is employed for forecasting.Additionally,to enhance the ability of the model to identify temporal dynamics,a shape-aware loss function,ITILDE-Q,is employed in the model.To verify the effectiveness of the proposed model,a comparative experiment and an ablation experiment were conducted using three datasets of measured wind speeds.Three error metrics and a similarity metric were adopted for comprehensive evaluation.The experimental results showed that the proposed model consistently outperforms benchmark models in all tested forecasting scenarios,with particularly pronounced differences in performance over longer forecast horizons.Furthermore,the synergistic interaction of the three key components contributes to the extraordinary performance of the proposed model. 展开更多
关键词 wind speed forecasting multistep forecasting deep learning time series seq2seq
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Utilizing Single-cell and Spatial RNA-seq databasE for Alzheimer’s Disease(ssREAD)in hypothesis-driven queries
6
作者 Diana Acosta Cankun Wang +1 位作者 Qin Ma Hongjun Fu 《Neural Regeneration Research》 2026年第2期677-678,共2页
Alzheimer’s disease(AD)is the most common form of dementia.In addition to the lack of effective treatments,there are limitations in diagnostic capabilities.The complexity of AD itself,together with a variety of other... Alzheimer’s disease(AD)is the most common form of dementia.In addition to the lack of effective treatments,there are limitations in diagnostic capabilities.The complexity of AD itself,together with a variety of other diseases often observed in a patient’s history in addition to their AD diagnosis,make deciphering the molecular mechanisms that underlie AD,even more important.Large datasets of single-cell RNA sequencing,single-nucleus RNA-sequencing(snRNA-seq),and spatial transcriptomics(ST)have become essential in guiding and supporting new investigations into the cellular and regional susceptibility of AD.However,with unique technology,software,and larger databases emerging;a lack of integration of these data can contribute to ineffective use of valuable knowledge.Importantly,there was no specialized database that concentrates on ST in AD that offers comprehensive differential analyses under various conditions,such as sex-specific,region-specific,and comparisons between AD and control groups until the new Single-cell and Spatial RNA-seq databasE for Alzheimer’s Disease(ssREAD)database(Wang et al.,2024)was introduced to meet the scientific community’s growing demand for comprehensive,integrated,and accessible data analysis. 展开更多
关键词 sex specific alzheimer s disease ad deciphering molecular mechanisms spatial transcriptomics ssread spatial transcriptomics st Alzheimers disease single cell RNA seq
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基于BSA-seq和RNA-seq的西瓜裂刻叶候选基因挖掘
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作者 王志强 杜慧莹 +3 位作者 李程 郭松 田梅 于蓉 《中国农业大学学报》 北大核心 2025年第11期67-84,共18页
裂刻叶是植物适应环境的重要特征,挖掘西瓜裂刻叶相关基因对西瓜育种、遗传改良及叶缘形态发育的分子调控机制研究具有重要意义。首先以西瓜裂刻叶自交系SW246(P_(1))与全缘叶自交系SW247(P_(2))为亲本,通过杂交构建六世代遗传群体(P_(1... 裂刻叶是植物适应环境的重要特征,挖掘西瓜裂刻叶相关基因对西瓜育种、遗传改良及叶缘形态发育的分子调控机制研究具有重要意义。首先以西瓜裂刻叶自交系SW246(P_(1))与全缘叶自交系SW247(P_(2))为亲本,通过杂交构建六世代遗传群体(P_(1)、P_(2)、F_(1)、F_(2)、BC_(1)P_(1)、BC_(1)P_(2));后采用BSA-seq进行基因定位,并结合转录组测序RNAseq数据进行关联分析,从而挖掘叶片裂刻关键调控基因。遗传分析结果表明:在后代群体中,F_(1)、BC_(1)P_(1)群体西瓜叶片均为裂刻叶,F_(2)群体裂刻叶和全缘叶的分离比符合3∶1的孟德尔分离比例,BC_(1)P_(2)群体裂刻叶和全缘叶分离比符合1∶1的理论比,说明裂刻叶和全缘叶性状符合单基因显性遗传模式,裂刻叶对全缘叶为显性。BSA-seq分析发现SNP和InDels关联交集位于4号染色体23164320—24976967 bp内,长度1.81 Mb,包含171个候选基因。其中在此区间亲本间存在非同义突变的SNP共22个,混池间存在非同义突变的SNP共16个;亲本间存在移码突变的InDel共3个,混池间存在移码突变的InDel共4个。联合BSA-seq与RNA-seq分析发现共有26个基因显著相关。此外,通过对BSA-seq和RNA-seq联合分析得到的4个候选基因及26个显著相关基因进行生物信息学分析、转录因子预测和基因注释,推测结果发现:1个编码PPR蛋白的基因(Cla97C04G076940),与HD-Zip、TCP、LOB、E2FDP、TIFY等转录因子相关;另有1个与IAA-氨基酸水解和E3泛素连接酶相关的基因,该基因可能在叶缘性状的调控过程中发挥关键作用。本研究可为进一步精细定位西瓜裂刻叶调控基因奠定基础。 展开更多
关键词 西瓜 裂刻叶 BSA-seq RNA-seq 候选基因
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基于Seq2Seq双向模型的水锤压力预测 被引量:2
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作者 吴罗长 刘振兴 +4 位作者 雷洁 颜建国 郭鹏程 孙帅辉 马晋阳 《振动与冲击》 北大核心 2025年第3期99-106,共8页
水锤计算对保障长距离输水工程管网系统安全稳定运行具有重要意义,但传统水锤数值方法存在模型复杂、计算量大的问题。为此,在自主开发的瞬态流试验平台上,通过支路快速关阀产生水锤,获取了不同流量和压力条件下的瞬态水锤压力。试验参... 水锤计算对保障长距离输水工程管网系统安全稳定运行具有重要意义,但传统水锤数值方法存在模型复杂、计算量大的问题。为此,在自主开发的瞬态流试验平台上,通过支路快速关阀产生水锤,获取了不同流量和压力条件下的瞬态水锤压力。试验参数范围为:体积流量15~55 m^(3)/h,压力150~450 kPa。采用集合经验模态分解方法对水锤信号进行滤波,并对水锤压力的变化规律进行了深入的研究分析。基于双向门控循环单元,建立了用于水锤压力预测的序列到序列(sequence-to-sequence,Seq2Seq)双向预测模型。结果表明,Seq2Seq双向预测模型能有效预测支路水锤,其预测数据决定系数在0.8以上,水锤特征参数预测准确率超过98%。该研究成果为水锤压力预测提供了一种新方法。 展开更多
关键词 水锤 瞬变流 seq2seq 经验模态分解
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基于RNA-seq探讨维生素D_(3)改善代谢相关脂肪性肝病大鼠肝脏损伤的可能机制
9
作者 赵钥莹 吴小蓉 +3 位作者 张晶晶 杜庭婉 周勇 马玲 《西南医科大学学报》 2026年第1期20-25,共6页
目的探讨维生素D_(3)对代谢相关脂肪性肝病(metabolic dysfunction-associated steatotic liver disease,MASLD)大鼠肝脏病理学状态及基因表达特征的影响。方法将大鼠随机分为对照组(CON组,n=12)和高脂饮食组(HFD组,n=18)。经过7周的普... 目的探讨维生素D_(3)对代谢相关脂肪性肝病(metabolic dysfunction-associated steatotic liver disease,MASLD)大鼠肝脏病理学状态及基因表达特征的影响。方法将大鼠随机分为对照组(CON组,n=12)和高脂饮食组(HFD组,n=18)。经过7周的普通饲料与高脂饲料喂养后,每组处死6只以确认造模成功。随后将HFD组大鼠随机分入HFD组(n=6)与维生素D干预组(HFD+VD组,n=6),其中HFD+VD组给予维生素D_(3)干预。干预结束后,所有大鼠均被处死,取肝脏组织进行分析。采用HE染色、油红O染色及马松染色评估肝脏病理变化、脂质蓄积及纤维化程度;利用转录组测序技术分析肝脏组织基因表达谱,筛选差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),并利用KEGG富集分析、基因集富集分析(gene set enrichment analysis,GSEA)以及构建蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络进行生物信息学分析;通过免疫组化(immunohistochemistry,IHC)检测肝脏巨噬细胞标志物Cd86和Cd163的表达变化。组间比较采用方差分析。结果HDF+VD组MASLD大鼠肝脏病理损伤、脂滴面积和相对胶原面积均显著低于HDF组(P<0.05)。转录组分析结果显示,维生素D_(3)干预使转录组差异基因在炎症相关信号通路中显著富集(如Toll样受体信号通路)。PPI网络分析显示,HFD+VD组筛选出的枢纽基因与免疫调节和信号转导相关。免疫组化结果显示,HDF组M1型巨噬细胞标志物Cd86蛋白表达水平显著高于CON组(P<0.05),HDF+VD组则显著低于HDF组(P<0.05);三组间Cd163蛋白表达水平差异无统计学意义(P>0.05)。结论维生素D_(3)可能通过调控如Toll样受体信号通路等炎症相关的信号通路,抑制巨噬细胞向M1型极化,从而减轻MASLD大鼠的肝脏损伤。 展开更多
关键词 维生素D_(3) 代谢相关脂肪性肝病 RNA测序 巨噬细胞
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综合scRNA-Seq和Bulk RNA-Seq技术建立与肝癌CD8^(+)T细胞相关的预后模型 被引量:1
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作者 刘洋 池晴佳 田菲菲 《西安交通大学学报(医学版)》 北大核心 2025年第1期169-177,共9页
目的 通过单细胞测序(scRNA-Seq)和Bulk转录组测序(Bulk RNA-Seq)技术鉴定出与肝癌CD8^(+)T细胞相关的生物标志物并建立预后模型。方法 从GEO数据库中下载肝癌的单细胞数据集,通过scRNA-Seq技术提取患者与对照组间CD8^(+)T细胞的差异表... 目的 通过单细胞测序(scRNA-Seq)和Bulk转录组测序(Bulk RNA-Seq)技术鉴定出与肝癌CD8^(+)T细胞相关的生物标志物并建立预后模型。方法 从GEO数据库中下载肝癌的单细胞数据集,通过scRNA-Seq技术提取患者与对照组间CD8^(+)T细胞的差异表达基因。从TCGA数据库中下载肝癌的基因表达谱数据及临床数据,使用CIBERSORT算法、WGCNA技术筛选出与CD8^(+)T细胞具有相关性的模块基因。将差异基因与模块基因取交集基因并进行GO、KEGG分析,应用单因素COX回归分析和LASSO算法建立预后模型。通过K-M曲线和ROC曲线对模型在内、外部数据集中的预测效果进行验证。根据风险评分的中位值划分高低风险组,对高低风险组间的浸润性免疫细胞分布情况和肿瘤突变情况进行分析。结果 构建出具有9个基因的预后模型,K-M曲线及ROC曲线表明模型在内、外部数据集中均具有良好的预测能力,在高低风险组中,浸润性免疫细胞的分布情况和基因突变情况均存在显著差异。结论 本研究结合scRNA-Seq和Bulk RNA-Seq技术利用生物信息学方法开发出了一种基于CD8^(+)T细胞的新型预后模型,为肝癌患者的预后改善和生存预测提供了可靠的理论依据。 展开更多
关键词 肝癌 单细胞测序(scRNA-seq) Bulk转录组测序(Bulk RNA-seq) CD8^(+)T细胞 预后模型
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基于SLAF-Seq技术的辣椒抗炭疽病QTL定位分析及SSR分子标记开发 被引量:1
11
作者 李怡斐 段敏杰 +3 位作者 黄任中 黄启中 王春萍 张世才 《南方农业学报》 北大核心 2025年第2期633-642,共10页
【目的】利用SLAF-Seq技术对辣椒抗炭疽病QTL进行定位分析,开发与炭疽病抗性QTL紧密连锁的分子标记,为辣椒抗炭疽病分子标记辅助选择育种提供理论参考。【方法】以抗病材料PPTC26-3-1-1-1-1-1和感病材料1287为亲本构建F2代群体,并采用SL... 【目的】利用SLAF-Seq技术对辣椒抗炭疽病QTL进行定位分析,开发与炭疽病抗性QTL紧密连锁的分子标记,为辣椒抗炭疽病分子标记辅助选择育种提供理论参考。【方法】以抗病材料PPTC26-3-1-1-1-1-1和感病材料1287为亲本构建F2代群体,并采用SLAF-Seq技术进行分子标记开发,构建高密图遗传连锁图谱。结合表型数据,利用复合区间作图法(CIM)对辣椒果实转色期的炭疽病抗性进行QTL分析。利用Microsatellite(MISA)在定位区间识别SSR位点。【结果】从亲本和子代样品共获得423351627条Reads,其中,来自PPTC26-3-1-1-1-1-1和1287分别为8130516和6621396条,F2代群体120个子代样品的平均Reads数量为34049987个。构建包含4671个SNP分子标记、分布于12个连锁群、总图距为1567.53 cM、平均图距为0.34 cM的辣椒高密度遗传图谱,检测到1个炭疽病抗性相关的QTL(CaR10.1),位于10号连锁群上187930592~189766111 bp物理区间内。共有23个基因定位在关联区域内,根据基因功能注释,其中1个基因编码假定晚疫病抗性蛋白同源物R1B-23异构体X2,1个基因编码PPR蛋白,可能与辣椒果实转色期炭疽病抗性相关。在关联到的QTL区间内开发出SSR分子标记T482,在F2代群体中的验证结果显示,T482引物在F2代群体单株中扩增结果与表型鉴定结果一致。F2代群体抗病和中抗单株中有53株具有抗病亲本的条带,有25株同时具有抗病亲本和感病亲本的条带;F2代群体感病单株中,有42株具有感病亲本的条带。【结论】构建高密度遗传连锁图谱,将辣椒果实转色期炭疽病抗性定位于10号连锁群,在关联区间开发出SSR分子标记T482,可初步鉴别辣椒果实转色期炭疽病抗性,同时结合针刺接种法鉴定,可提高鉴定的准确率。 展开更多
关键词 辣椒 SLAF-seq 遗传图谱 炭疽病 QTL SSR分子标记
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融合Seq2Seq与时序注意力机制的工艺质量预测 被引量:1
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作者 阴艳超 施成娟 +1 位作者 邹朝普 刘孝保 《机械科学与技术》 北大核心 2025年第3期453-464,共12页
针对流程工业生产过程整体工序繁多,工序间耦合严重,多维工艺数据间时序关系及其复杂等问题,提出一种融合Seq2Seq与时序注意力机制的高维多尺度工艺过程质量预测方法。在分析多工序工艺数据特点,以及运用Seq2Seq模型进行编码解码过程面... 针对流程工业生产过程整体工序繁多,工序间耦合严重,多维工艺数据间时序关系及其复杂等问题,提出一种融合Seq2Seq与时序注意力机制的高维多尺度工艺过程质量预测方法。在分析多工序工艺数据特点,以及运用Seq2Seq模型进行编码解码过程面临的难题的基础上,引入时序注意力机制来构造长距离变化的时域信息矩阵。设计卷积神经网络和BiLSTM作为编码组件,学习工艺过程时序数据的工艺参数关联性和双向时序关系等潜在深度特征,并结合时序注意力机制抽取关键信息,实现对工艺质量相关的工艺参数时序数据的非线性相关特征和时序依赖性的自适应地学习。最后,通过对制丝生产工艺过程质量的单输出和多输出预测实验,验证了所提算法的实用性和有效性,为多工序耦合的流程制造过程质量的精准预测提供了方法和实现途径。 展开更多
关键词 多工序时序耦合 工艺质量预测 seq2seq 时序注意力机制 自适应学习
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基于RNA-seq和PER-seq联合分析探究ZmHDZ6表达调控网络
13
作者 方应浩 周波 +2 位作者 陈茹梅 杨文竹 秦慧民 《作物学报》 北大核心 2025年第4期958-968,共11页
玉米是需水量较大的作物,而干旱是制约玉米生产的主要因素。结合前期研究基础和相关研究进展,发现ZmHDZ6受干旱诱导强烈,且过表达植株表现出优良的抗旱性能。为探究玉米转录因子ZmHDZ6的下游调控机制,通过对ZmHDZ6过表达转基因玉米株系... 玉米是需水量较大的作物,而干旱是制约玉米生产的主要因素。结合前期研究基础和相关研究进展,发现ZmHDZ6受干旱诱导强烈,且过表达植株表现出优良的抗旱性能。为探究玉米转录因子ZmHDZ6的下游调控机制,通过对ZmHDZ6过表达转基因玉米株系进行RNA-seq测序,对自交系B73原生质体进行PER-seq(protoplast transient expression-based RNA-sequencing)测序,并进行联合分析。结果显示,2种测序策略得到的差异表达基因(DEGs)呈现一致性,功能主要集中在参与氧化还原反应等GO富集分析条目。KEGG分析显示功能都富集在苯并噁唑嗪酮类化合物代谢途径上。此外,基于RNA-seq的DEGs在氨基酸和核苷酸代谢途径富集,而基于PER-seq的DEGs还富集在核糖体生物发生代谢途径。因此,推测ZmHDZ6可能通过调控与氧化还原相关基因和苯并噁唑嗪酮类化合物的代谢进而增强玉米抗旱性。通过进一步在129个Co-DEGs(Common DEGs)的启动子序列扫描HDZIP I家族的DNA结合基序(motif),将潜在靶基因缩减至16个,其中8个基因的功能与玉米抗逆紧密相关。本研究利用转录组学数据分析了ZmHDZ6基因的下游表达调控网络,为进一步解析抗旱机制提供了参考。 展开更多
关键词 RNA-seq PER-seq 转录因子 ZmHDZ6 靶基因 MOTIF
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基于BSA-seq和RNA-seq挖掘桃单果质量性状候选基因
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作者 别航灵 杜嘉怡 +3 位作者 陈昌文 方伟超 王力荣 曹珂 《果树学报》 北大核心 2025年第9期1945-1957,共13页
【目的】单果质量是果树作物长期以来重要的育种目标之一,挖掘桃单果质量性状候选基因,为选育深受消费者喜爱的桃新品种提供理论和方法支撑。【方法】以大果型桃品种中油桃13号和小果型桃品种郑2007-4-28为亲本,构建F1分离群体,采用极... 【目的】单果质量是果树作物长期以来重要的育种目标之一,挖掘桃单果质量性状候选基因,为选育深受消费者喜爱的桃新品种提供理论和方法支撑。【方法】以大果型桃品种中油桃13号和小果型桃品种郑2007-4-28为亲本,构建F1分离群体,采用极端性状混池(BSA)重测序(BSA-seq)方法定位单果质量性状位点,并结合转录组测序(RNAseq)数据进行联合分析,挖掘桃单果质量性状的关键候选基因。同时,结合实时荧光定量(qRT-PCR)和异源过表达番茄的方法对基因进行功能验证。【结果】采用delta SNP-index、欧氏距离算法(ED)和G’value进行BSA-seq分析,将桃单果质量性状定位在6号染色体2191165~3794466 bp处,定位区间共1.6 Mb,包含261个基因。RNA-seq数据表明,261个基因中的189个在桃果实发育时期有表达,其表达模式可分为4类。其中,有38个基因在大果型和小果型果实发育过程中均表现出前期高表达后期低表达的趋势。根据基因功能注释和前期的基因型数据分析,选择Prupe.6G029300进行异源稳定转化,发现过表达番茄植株果实小于野生型。【结论】将桃单果质量性状定位于6号染色体2191165~3794466 bp处,定位区间内38个基因在桃果实发育过程中表现出前期高后期低的表达趋势,对其中的关键候选基因Prupe.6G029300进行过表达导致番茄单果质量降低,表明Prupe.6G029300可能参与桃果实发育调控。 展开更多
关键词 BSA-seq RNA-seq 单果质量
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基于RNA-Seq技术探讨生(麸炒)白术对大鼠基因表达的差异性分析 被引量:1
15
作者 陈忠新 刘石磊 +4 位作者 康宇红 肖智杰 段卓然 常梓睿 翟春梅 《中医药信息》 2025年第1期25-34,共10页
目的:考察麸炒白术及生白术对实验大鼠肝脏转录组学的影响,从机体转录组角度筛选差异基因,探求白术炮制后对大鼠生物学效应的表达差异。方法:SD大鼠随机分为空白组、生白术组和麸炒组,每组3只。生白术组按照7.0 g/kg灌胃生品白术提取液... 目的:考察麸炒白术及生白术对实验大鼠肝脏转录组学的影响,从机体转录组角度筛选差异基因,探求白术炮制后对大鼠生物学效应的表达差异。方法:SD大鼠随机分为空白组、生白术组和麸炒组,每组3只。生白术组按照7.0 g/kg灌胃生品白术提取液,麸炒组按照6.0 g/kg灌胃麸炒白术提取液,空白组给予同体积生理盐水,连续给药21 d。给药结束后取大鼠肝脏,采用RNA-Seq全基因转录组法分析差异基因的表达。结果:生白术可上调Cyp7b1、Btg2 Pc3、Enpp2、Hao2等功能基因的表达,下调Ppplr3c、Car12功能基因的表达;麸炒白术可上调Cyp7b1、Enpp2、Hao2、Cy3a18、Cyp2c11等9个功能基因的表达,下调Aacs Hmgcs 1、Hmgcs1 Aacs、Alpl、Per3等7个功能基因的表达,生白术与麸炒白术均能上调Cyp7b1、Enpp2、Hao2等3个功能基因的表达,体现在促进类固醇激素合成、醚脂代谢、维持脂质平衡、增加机体代谢水平等生物功能。麸炒白术组与生白术组差异基因筛选结果表明,白术经过麸炒后对大鼠肝脏组织的基因表达同样存在特征性差异表达,麸炒白术组与生白术组相比,上调Car12、Arntl、Cldn1等3个功能基因,下调Rpl8、LOC等2个功能基因,麸炒白术可促进氮代谢、促进昼夜节律、增加机体免疫监视、提高免疫应答、对抗炎症等生物学功能。结论:研究表明生白术及麸炒白术均对大鼠肝脏组织的基因表达产生较为明显的影响,主要体现在对调控脂肪代谢、蛋白质代谢、类固醇合成、不饱和脂肪酸合成、糖原合成等多个功能基因的调控作用。 展开更多
关键词 白术 炮制 RNA-seq 差异基因
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基于BSA-seq定位野生大豆籽粒蛋白含量QTL
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作者 袁翠平 孙国金 +7 位作者 齐广勋 刘晓冬 董岭超 王玉民 王英男 赵洪锟 杨佳慧 董英山 《中国油料作物学报》 北大核心 2025年第4期904-911,共8页
野生大豆具有较高的籽粒蛋白含量,发掘和利用其蛋白含量基因对于高蛋白种质创制和品种培育具有重要价值。以绥农14/ZYD01015杂交组合衍生的RIL群体为材料,开展野生大豆ZYD01015的蛋白含量基因定位研究。RIL群体籽粒蛋白含量具有较大的... 野生大豆具有较高的籽粒蛋白含量,发掘和利用其蛋白含量基因对于高蛋白种质创制和品种培育具有重要价值。以绥农14/ZYD01015杂交组合衍生的RIL群体为材料,开展野生大豆ZYD01015的蛋白含量基因定位研究。RIL群体籽粒蛋白含量具有较大的遗传变异,且符合正态分布;对2020年和2021年RIL群体分别构建了高蛋白含量池和低蛋白含量池,采用BSA-seq(bulked segregant analysis sequencing,BSA-seq)技术进行了关联分析,在大豆20号染色体(Chr20)关联到1个区间(Chr20:3100000~33360000)。根据区间多态性Indel标记信息开发了12个分子标记,进行了蛋白含量QTL定位,鉴定出1个蛋白含量QTL位点qPRO-20,位于分子标记WS185和WS205之间,即Chr20:20071086~23798747区段,可解释14.00%(2020年)和13.26%(2021年)的遗传变异。QTL两侧分子标记WS185和WS205,其等位变异间蛋白含量均差异显著(P<0.01),可用于分子标记辅助筛选,能够从与ZYD01015相同等位基因型的材料中,筛选到蛋白含量在45%以上种质的概率达62.7%以上。 展开更多
关键词 野生大豆 蛋白含量 QTL定位 BSA-seq
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基于Conv-Seq2Seq模型的含弹性资源电力系统日前调度方法
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作者 谭琦 孙晨皓 +2 位作者 唐昊 王正风 方道宏 《控制与决策》 北大核心 2025年第5期1651-1659,共9页
针对新能源大规模并网带来的消纳问题,提出一种考虑源荷双侧弹性资源的日前调度方法.首先,对深度调峰机组、可平移负荷和可削减负荷的弹性调节能力进行分析,建立含弹性资源的电力系统调度模型;然后,提出一种基于Conv-Seq2Seq (convoluti... 针对新能源大规模并网带来的消纳问题,提出一种考虑源荷双侧弹性资源的日前调度方法.首先,对深度调峰机组、可平移负荷和可削减负荷的弹性调节能力进行分析,建立含弹性资源的电力系统调度模型;然后,提出一种基于Conv-Seq2Seq (convolutional sequence to sequence)模型的日前调度方法,使用多层卷积神经网络作为编码器对负荷预测数据等信息进行提取,改进深度学习网络信息提取的能力和速度,并使用门控循环单元作为解码器对编码器提取的信息进行解码,以输出调度计划;最后,通过辅助决策修正来确保调度计划的安全性.基于改进的IEEE39节点算例验证所提出方法的有效性和正确性. 展开更多
关键词 新能源消纳 深度调峰 柔性负荷 日前调度 深度学习 seq2seq
原文传递
基于YOLOv5和改进Seq2Seq的变电站码表识别
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作者 汤震宇 杨特蕾 代小翔 《电脑与信息技术》 2025年第5期33-38,共6页
自动抄表(Automatic Meter Reading,AMR)在变电站电表读数中具有重要的应用价值。近年来,深度学习图像识别技术在AMR领域取得了显著进展。然而,现有方法大多依赖于计数器检测、分割和识别的3阶段流程,存在复杂性和效率方面的问题。为提... 自动抄表(Automatic Meter Reading,AMR)在变电站电表读数中具有重要的应用价值。近年来,深度学习图像识别技术在AMR领域取得了显著进展。然而,现有方法大多依赖于计数器检测、分割和识别的3阶段流程,存在复杂性和效率方面的问题。为提升AMR的准确性与效率,首次将序列到序列(Sequence-to-Sequence,Seq2Seq)架构引入该任务,结合YOLOv5进行计数器检测,并利用Seq2Seq架构直接识别计数器,省略了传统流程中的计数器分割步骤。此外,还提出改进注意力机制的Seq2Seq架构,以优化信息传递与特征对齐。在UFPR-AMR公开数据集上的实验表明,改进方法的准确率达到了92.5%,比原方法提升了1.25%,这一结果验证了所提出的方法在AMR任务中的有效性。 展开更多
关键词 自动抄表 YOLOv5 seq2seq 图像识别 深度学习
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基于BSA-seq和RNA-seq技术挖掘黄瓜白粉病抗性基因
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作者 秦垒 张巧英 +3 位作者 孙雷 石昊颖 檀海斌 石学萍 《华北农学报》 北大核心 2025年第2期153-160,共8页
黄瓜白粉病是危害黄瓜生产的主要病害之一,制约了黄瓜的安全生产。定位黄瓜抗白粉病相关基因,有助于理解黄瓜对白粉病抗性的遗传规律和分子机制,也为抗病育种提供了多样化的基因资源。以黄瓜抗病自交系QK和感病自交系QG为亲本,构建了QK&... 黄瓜白粉病是危害黄瓜生产的主要病害之一,制约了黄瓜的安全生产。定位黄瓜抗白粉病相关基因,有助于理解黄瓜对白粉病抗性的遗传规律和分子机制,也为抗病育种提供了多样化的基因资源。以黄瓜抗病自交系QK和感病自交系QG为亲本,构建了QK×QG的F_(1)、F_(2)群体。采用极端性状混池重测序(BSA-seq)的方法对黄瓜白粉病抗性基因进行初步定位,结合转录组数据和基因注释信息对抗病表型关联区间进行缩短,发掘序列变异,筛选关键基因。人工接种结果显示:F_(1)植株全部表现感病,说明白粉病杭性可能由隐性基因控制;F_(2)群体表现出从抗病到感病的连续正态分布。利用BSA-seq、SNP-Index方法和QTG-seq法,分析结果的交集为5号染色体的19—21 Mb区段,该区段共有77个注释基因在样本间存在SNP差异,其中非同义突变共有33个。转录组测序(RNA-seq)结果显示,感病材料中共有309个上调基因,697个下调基因。在5号染色体的候选区段内有13个基因的表达量在接病后差异显著,基于差异表达基因和BSA分析结果将该区段内的候选基因缩减为3个,其中仅LOC101207011基因内检测到SNP突变。候选基因LOC101207011是由第656位的Val突变为了Leu,实时荧光PCR也验证该基因与黄瓜抗白粉病具有连锁关系。 展开更多
关键词 黄瓜 BSA-seq RNA-seq 白粉病 定位
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基于LSTM-Seq2Seq模型的燃煤机组再热蒸汽温度多步预测
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作者 张超 柳宁 +1 位作者 原珂 计宝 《工业控制计算机》 2025年第11期41-43,共3页
再热器出口蒸汽温度是影响燃煤机组安全、高效、经济运行的重要过程参数,对其进行前向多步预测有助于实现对异常情况的提前预警,及变负荷工况下再热蒸汽温度的稳定性控制调节。为实现精准的再热汽温多步预测,采用LSTM-Seq2Seq模型架构... 再热器出口蒸汽温度是影响燃煤机组安全、高效、经济运行的重要过程参数,对其进行前向多步预测有助于实现对异常情况的提前预警,及变负荷工况下再热蒸汽温度的稳定性控制调节。为实现精准的再热汽温多步预测,采用LSTM-Seq2Seq模型架构建立了某燃煤机组的再热汽温多步预测模型,并优化了模型结构超参数,包括编码器和解码器LSTM层数、隐藏层节点数等。LSTM-Seq2Seq模型在测试集上的前向9步(3分钟)预测的平均MAE和R2分别为0.275℃和0.997。相较于目前广泛应用的LSTM和LSSVM预测方法,LSTM-Seq2Seq模型在再热汽温前向多步预测方面具有更高的多步预测精度。 展开更多
关键词 再热蒸汽温度 LSTM-seq2seq模型 XGBoost特征筛选 多步预测
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