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Sanger测序仪中毛细管温控系统的研究
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作者 郑国庆 骆志成 +2 位作者 邓然 徐玲 黄俊 《浙江科技大学学报》 2025年第3期222-232,共11页
【目的】为了解决Sanger测序仪中毛细管温度不均匀的问题,采用强制对流和热传导相结合的方式对毛细管进行温度控制。【方法】首先通过对比同一工况下测试数据和仿真数据,验证所建立数学模型的准确性和可靠性;然后对新老温控结构的仿真... 【目的】为了解决Sanger测序仪中毛细管温度不均匀的问题,采用强制对流和热传导相结合的方式对毛细管进行温度控制。【方法】首先通过对比同一工况下测试数据和仿真数据,验证所建立数学模型的准确性和可靠性;然后对新老温控结构的仿真结果进行分析对比,从而进一步改进温控结构的相关参数,包括颗粒的材料、入口空气流速及颗粒直径;最后进行试验测试来验证温控结构设计及改进的合理性。【结果】本研究建立的数学模型能够很好地预测柱面温度变化和风道内的温度变化;经过改进的温控结构显著减小了柱面的温度差异,温度的均匀性得到了显著提升,最终柱面温差能保持在0.5℃以内,风道内环境温度约为0.2℃。【结论】本研究结果为毛细管的温控结构设计提供了基础数据和理论方法,对解决Sanger测序仪中毛细管表面温度不均匀的问题具有重要意义。 展开更多
关键词 sanger测序 毛细管 Fluent仿真 传热 结构改进
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Sanger测序法在乙型肝炎患者耐药突变检测中的应用 被引量:5
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作者 马亮 于洋 +4 位作者 张婧莹 丛笑 刘倩 杨辉 曹永彤 《国际检验医学杂志》 CAS 2019年第1期1-3,7,共4页
目的分析Sanger测序在乙型肝炎病毒(HBV)耐药和基因型检测中的应用,并进一步探讨替比夫定(LdT)、阿德福韦(ADV)、拉米夫定(LAM)、恩曲他滨(FTC)、替诺福韦(TDF)以及恩替卡韦(ETV)6种核苷酸药物耐药发生的情况,为临床用药提供参考。方法... 目的分析Sanger测序在乙型肝炎病毒(HBV)耐药和基因型检测中的应用,并进一步探讨替比夫定(LdT)、阿德福韦(ADV)、拉米夫定(LAM)、恩曲他滨(FTC)、替诺福韦(TDF)以及恩替卡韦(ETV)6种核苷酸药物耐药发生的情况,为临床用药提供参考。方法收集中日友好医院215例HBV-DNA拷贝数大于103的乙型肝炎患者血清,提取血清中的HBV-DNA,采用聚合酶链式反应(PCR)方法进行扩增,并对PCR产物进行Sanger测序,使用STANFORD软件分析比对测序结果。并采用SPSS17.0软件进行统计学处理。结果本研究中,共有40例(18.6%,40/215)患者检测到发生耐药基因突变,其中具有对应参考价值的为21例(9.77%,21/215)。这215例患者中相关药物耐药突变发生率从高至低依次是LdT(9.77%,21/215)、FTC(7.44%,16/215),ETV(6.98%,15/215),LdT(6.05%,13/215),ADV(0.93%,2/215);未检出与TDF耐药相关突变。215例患者中C基因型发生率明显高于B基因型(P<0.01),C基因型与B基因型基因突变情况差异无统计学意义(P>0.05)。结论该研究提示Sanger测序可以较全面地分析乙型肝炎耐药基因突变情况;并且该研究也提示LAM药物作为慢性乙型肝炎(CHB)治疗首选药物的高耐药发生性。 展开更多
关键词 乙型肝炎病毒 耐药基因突变 sanger测序 基因分型
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比较实时荧光PCR法与Sanger测序法检测甲状腺乳头状癌BRAF基因突变 被引量:3
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作者 邱田 黄文亭 +6 位作者 郭蕾 鲁海珍 凌云 山灵 李文斌 吕宁 应建明 《临床与实验病理学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2015年第7期756-758,共3页
目的分析实时荧光PCR(real-time PCR)法与Sanger测序法检测甲状腺乳头状癌患者BRAF V600E基因突变的阳性率及符合率。方法收集312例甲状腺乳头状癌手术切除标本,分别采用real-time PCR法和Sanger测序法检测甲状腺乳头状癌中BRAF V600E... 目的分析实时荧光PCR(real-time PCR)法与Sanger测序法检测甲状腺乳头状癌患者BRAF V600E基因突变的阳性率及符合率。方法收集312例甲状腺乳头状癌手术切除标本,分别采用real-time PCR法和Sanger测序法检测甲状腺乳头状癌中BRAF V600E基因突变情况。结果 312例甲状腺乳头状癌标本real-time PCR法和Sanger测序法检出BRAF基因突变的阳性率分别为65.4%(204/312)、63.8%(199/312)。BRAF基因突变与患者性别无关,与患者年龄相关;两种方法检测结果总符合率为98.4%。结论 real-time PCR法适用于BRAF基因突变的检测。 展开更多
关键词 甲状腺肿瘤 乳头状癌 BRAF基因突变 实时荧光PCR sanger测序
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SNPscan法与Sanger测序法用于感音神经性聋患者常见聋病基因检测的对比研究 被引量:2
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作者 李勇 陈兴健 +3 位作者 边盼盼 陈迟 朱一鸣 郭玉芬 《听力学及言语疾病杂志》 CSCD 北大核心 2017年第4期363-368,共6页
目的比较SNPscan法与Sanger测序法用于甘肃省部分感音神经性聋患者常见聋病基因检测的优缺点。方法在知情同意的前提下,抽取甘肃省东乡族(122例)、裕固族(11例)、保安族(18例)三个特有少数民族共151例中重度至极重度感音神经性聋患者静... 目的比较SNPscan法与Sanger测序法用于甘肃省部分感音神经性聋患者常见聋病基因检测的优缺点。方法在知情同意的前提下,抽取甘肃省东乡族(122例)、裕固族(11例)、保安族(18例)三个特有少数民族共151例中重度至极重度感音神经性聋患者静脉血,用磁珠法提取基因组DNA,应用SNPscan法对GJB2、SLC26A4和mtDNA基因常见115个突变位点进行筛查,采用Sanger测序法对GJB2基因的第二个外显子、SLC26A4基因P8和P18两个外显子、mtDNA的两个常见突变位点进行测序,比较两种方法基因筛查的结果。结果经SNPscan法检测151例患者GJB2、SLC26A4、mtDNA A1555G和mtDNA C1494T基因突变的总检出率为23.18%(35/151),其中东乡族、裕固族、保安族的检出率分别为21.31%(26/122)、54.54%(6/11)、16.67%(3/18),与Sanger测序法的筛查结果一致,差异无统计学意义(P>0.05);SNPscan法在三个基因的致病基因型检出率分别为11.26%(17/151)、1.32%(2/151)、0.66%(1/151),而Sanger测序法的检出率分别为9.93%(15/151)、1.32%(2/151)、0.66%(1/151),差异无统计学意义(P>0.05)。完成上述三种基因突变筛查SNPscan法耗时约10天,而Sanger测序法耗时约1个月,且前者费用较低,可同时对多个位点进行检测。结论与Sanger测序法相比较,SNPscan法用于聋病基因检测耗费时间短,通量较高,成本较低,得到更多的有意义的突变位点,有利于降低假阴性率,因此,在进行全部外显子测序前先进行SNPscan法筛查更有意义。 展开更多
关键词 SNPscan法 sanger测序法 基因突变 感音神经性聋
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免疫组织化学法与Sanger测序法对IDH1基因突变检测的比较分析 被引量:5
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作者 吴小延 刘小云 +3 位作者 邵琼 龙亚康 王芳 李月 《肿瘤预防与治疗》 2020年第4期291-299,共9页
目的:采用免疫组织化学法(immunohistochemistry,IHC)、Sanger测序法分别对中枢神经系统肿瘤患者异柠檬酸脱氢酶1(isocitrate dehydrogenase 1,IDH1)基因进行突变检测,并对结果的一致性进行分析,为临床IDH1基因突变检测方法的选择提供... 目的:采用免疫组织化学法(immunohistochemistry,IHC)、Sanger测序法分别对中枢神经系统肿瘤患者异柠檬酸脱氢酶1(isocitrate dehydrogenase 1,IDH1)基因进行突变检测,并对结果的一致性进行分析,为临床IDH1基因突变检测方法的选择提供指导依据。方法:运用IHC和Sanger测序法检测657例人脑胶质瘤及其他中枢神经系统肿瘤中IDH1基因突变。结果:IHC检测结果:657例样本中,230例发生IDH1基因突变,49例组织为少量阳、弱阳等可疑阳性;Sanger测序法检测发现255例存在IDH1基因突变,11例因DNA质量不佳无法获得可评估结果。IHC与Sanger测序法检测IDH1基因突变具有较好的一致性(Kappa=0.88),差异无统计学意义(P=0.49);IDH1基因突变主要发生在WHOⅡ~Ⅲ级的星形细胞瘤、少突胶质细胞瘤、间变星形细胞瘤、间变少突胶质细胞瘤以及WHOⅣ级的继发性胶质母细胞瘤中。结论:IHC检测IDH1基因突变的结果与Sanger测序法检测结果具有较好的一致性,IHC敏感性低于Sanger测序法,但特异性较高,且操作相对简单,适于临床普遍开展和推广;Sanger测序法敏感性高,可检测未知突变位点,IHC检测突变阴性及不确定的病例应进一步使用Sanger测序法验证。 展开更多
关键词 脑肿瘤 胶质瘤 IDH1突变 免疫组织化学法 sanger测序法
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COLD-PCR/Sanger法检测非小细胞肺癌患者外周血EGFR和KRAS基因突变的价值 被引量:3
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作者 周建英 刘震天 朱伟锋 《南昌大学学报(医学版)》 CAS 2015年第6期38-41,共4页
目的评价COLD-PCR/Sanger法检测晚期非小细胞肺癌(NSCLC)患者外周血EGFR和KRAS基因突变的价值。方法采用COLD-PCR/Sanger对67例晚期NSCLC患者外周血中EGFR及KRAS基因突变进行检测,同时采用普通PCR/Sanger法进行平行检测。结果 67例样本... 目的评价COLD-PCR/Sanger法检测晚期非小细胞肺癌(NSCLC)患者外周血EGFR和KRAS基因突变的价值。方法采用COLD-PCR/Sanger对67例晚期NSCLC患者外周血中EGFR及KRAS基因突变进行检测,同时采用普通PCR/Sanger法进行平行检测。结果 67例样本中,COLD-PCR/Sanger检测EGFR的突变率高于普通PCR/Sanger法(43.3%比26.87%,P<0.05),主要表现在外显子19、21的突变,二者的一致性较好(Kappa=0.582);COLD-PCR/Sanger检测KRAS的突变率高于普通PCR/Sanger法(16.4%比5.97%,P<0.05),二者的一致性较好(Kappa=0.49)。结论 COLD-PCR/Sanger是一种高灵敏度检测肺癌患者外周血EGFR和KRAS基因突变的方法。 展开更多
关键词 非小细胞肺癌 COLD-PCR/sanger EGFR基因突变 KRAS基因突变
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ARMS法和Sanger测序法检测结肠癌KRAS基因突变的比较 被引量:3
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作者 薛小磊 赵亮 +2 位作者 潘志华 黎相照 丁彦青 《诊断病理学杂志》 2018年第2期99-103,共5页
目的探讨ARMS法和Sanger测序法检测KRAS基因突变的差异。方法整理收集南方医院2013—2016年间手术切除的113例结肠癌标本,同时应用ARMS法和Sanger测序法检测KRAS基因突变,分析两种方法的检测结果以及检出模式,考察两种方法的检测差异程... 目的探讨ARMS法和Sanger测序法检测KRAS基因突变的差异。方法整理收集南方医院2013—2016年间手术切除的113例结肠癌标本,同时应用ARMS法和Sanger测序法检测KRAS基因突变,分析两种方法的检测结果以及检出模式,考察两种方法的检测差异程度。结果 113例结肠癌手术标本ARMS法和Sanger测序法检出KRAS基因突变的阳性率分别为47.8%(54/113)和34.5%(39/113),两种方法检测结果阳性符合率为72.2%(39/54)。ARMS法检测总突变率显著高于Sanger测序法(P<0.05);ARMS法检测4种单碱基的突变率均高于Sanger测序法(P>0.05)。其中4例Sanger测序法检测结果为(+),ARMS法为(-);19例标本ARMS法检测结果为(+),用Sanger测序法检测结果为(-);另有1例标本用ARMS法检测到有GGT>GAT(G12D)和GGC>GAC(G13D)双突变。结论 ARMS法和Sanger测序法各有优缺点,2种方法检测,其结果一致。ARMS法能检测出的阳性病例更多,且结果差异显著,而Sanger测序法检测突变种类较多。综合考虑临床检测结肠癌手术标本KRAS基因突变应以ARMS法为主,Sanger测序法作为补充,可提高KRAS基因突变检出率。 展开更多
关键词 ARMS法 sanger测序法 结肠癌 KRAS基因
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基于侧向连接Sanger算法实现微钻头棱边投影的拟合 被引量:1
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作者 葛动元 姚锡凡 向文江 《光学精密工程》 EI CAS CSCD 北大核心 2011年第3期567-572,共6页
针对微钻头的圆角、外径等的检测,研究了微钻头棱边投影的拟合方法。首先,采用印刷电路板(PCB)微钻头高精度自动化检测系统采集图像。在对微钻头棱边投影的椭圆方程进行拟合时,以采样点坐标的组合矢量坐标到超平面距离的平方和为目标函... 针对微钻头的圆角、外径等的检测,研究了微钻头棱边投影的拟合方法。首先,采用印刷电路板(PCB)微钻头高精度自动化检测系统采集图像。在对微钻头棱边投影的椭圆方程进行拟合时,以采样点坐标的组合矢量坐标到超平面距离的平方和为目标函数。然后,根据求解目标,设计一个有侧向连接的Sanger网络,以采样点坐标组成的矢量坐标为Sanger网络的输入。最后,采用自适应次分量的提取方法,以自相关矩阵的最小特征值所对应的特征向量为超平面的拟合系数,即椭圆方程拟合系数,得到微钻头的圆角、外径等技术指标。这种自适应Sanger网络在工件形状误差检测中的应用方法能满足微钻头检测的精度要求。 展开更多
关键词 微钻头 几何参数 视觉检测 sanger神经网络
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外显子测序联合Sanger测序行X-连锁重症联合免疫缺陷家系分析及产前诊断1例报告 被引量:2
9
作者 韦懿芸 曾繁娟 +1 位作者 庞丽红 杨冬艳 《广西医学》 CAS 2019年第14期1770-1773,共4页
目的探讨外显子测序联合Sanger测序应用于X-连锁重症联合免疫缺陷(X-SCID)家系分析及产前诊断的可行性。方法回顾性分析1例X-SCID先证者病史及家族史。用外显子测序技术对先证者免疫缺陷相关基因的外显子进行测序,捕获致病基因后,提取... 目的探讨外显子测序联合Sanger测序应用于X-连锁重症联合免疫缺陷(X-SCID)家系分析及产前诊断的可行性。方法回顾性分析1例X-SCID先证者病史及家族史。用外显子测序技术对先证者免疫缺陷相关基因的外显子进行测序,捕获致病基因后,提取其父母外周血DNA,采用Sanger测序技术进行验证。确定先证者该致病基因遗传于其母亲后,其母亲再次妊娠9周时绒毛取样提取DNA并采用Sanger测序行产前诊断。结果外显子测序结果提示先证者X染色体白细胞介素2受体的γ共用链(IL2RG)基因存在错义突变(c.713G>A,p.Ser238Asn)。Sanger测序结果显示,先证者母亲该位点存在杂合突变,其父亲该位点未见异常。先证者母亲再次妊娠时胚胎绒毛组织X染色体IL2RG基因存在错义突变,诊断胎儿为X-SCID。结论应用外显子测序法捕获X-SCID的相关致病基因,再使用Sanger测序验证并行孕早期产前诊断,可有效预防X-SCID患儿出生。 展开更多
关键词 X-连锁重症联合免疫缺陷 白细胞介素2受体的γ共用链 外显子测序 sanger测序 家系分析 产前诊断 病例报告
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Sanger测序法分析兰州地区112例丙型肝炎患者基因亚型 被引量:1
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作者 段正军 李彩东 +3 位作者 张旭强 田鹏飞 雷志萍 郭明亮 《中国卫生检验杂志》 CAS 2020年第4期463-465,468,共4页
目的探讨兰州地区HCV感染者基因亚型分布及其临床价值。方法选取了112例HCV感染者血清标本,测定HCV RNA病毒载量、Sanger测序法检测HCV基因亚型分布、ALT、AST等肝功能相关指标。结果 112例标本中血清学分型率为80. 4%,其中1b型占39. 3%... 目的探讨兰州地区HCV感染者基因亚型分布及其临床价值。方法选取了112例HCV感染者血清标本,测定HCV RNA病毒载量、Sanger测序法检测HCV基因亚型分布、ALT、AST等肝功能相关指标。结果 112例标本中血清学分型率为80. 4%,其中1b型占39. 3%,2a型占35. 7%,3a型占3. 6%,6a型占0. 9%,6g型占0. 9%,未检出组占19. 6%。基因1b型、2a型、3a型与未检测组HCV RNA病毒载量比较,差异有统计学意义(P <0. 05);其中1b型、2a型和3a型与未检出组ALT水平比较,差异有统计学意义(P <0. 05)。结论兰州地区HCV感染以1b型为主,其次为2a型、3a型、6a型、6g型。且HCV基因亚型与ALT、AST等肝功能指标及HCV RNA病毒载量具有一定的相关性,为该地区丙型肝炎的预防和治疗提供部分理论依据。 展开更多
关键词 sanger测序法 丙型肝炎 病毒载量 ALT AST 基因亚型
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DNA质谱联合Sanger测序法确诊G6PD缺乏症合并Klinefelter综合征一例 被引量:1
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作者 沈玉燕 黎剑 《中国优生与遗传杂志》 2017年第3期35-35,共1页
1临床病例患儿,男,43天,第3胎第3产,因"新筛G6PD阳性"召回确诊。患儿系足月剖宫产出,出生时无窒息及抢救史,家族史无特殊。其母亲及父亲年龄分别为42岁和46岁,孕期未做产前筛查。体检:外观表型正常,神清,精神可,全身皮肤稍黄染,未见... 1临床病例患儿,男,43天,第3胎第3产,因"新筛G6PD阳性"召回确诊。患儿系足月剖宫产出,出生时无窒息及抢救史,家族史无特殊。其母亲及父亲年龄分别为42岁和46岁,孕期未做产前筛查。体检:外观表型正常,神清,精神可,全身皮肤稍黄染,未见出血点及皮疹。浅表淋巴结无肿大,头颅五官无畸形。心肺腹(-)。外生殖器未见异常。 展开更多
关键词 sanger 缺乏症 DNA 测序法 产前筛查 出血点 异常染色体 基因分析 生时 染色体异常
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Sanger和Pyrosequencing测序法分析健康成人口腔菌群
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作者 于卫强 郭晓奎 +1 位作者 张富强 田菲 《中国微生态学杂志》 CAS CSCD 2017年第7期801-806,共6页
目的对比Sanger和Pyrosequencing测序法分析健康人口腔菌群组成。方法收集6例健康成人唾液、舌背、黏膜、龈上及龈下菌斑并构建16SrRNA基因文库,分别用Sanger和Pyrosequencing测序法分析。结果 Sanger测序所得已知的序列有5,794条(占6,... 目的对比Sanger和Pyrosequencing测序法分析健康人口腔菌群组成。方法收集6例健康成人唾液、舌背、黏膜、龈上及龈下菌斑并构建16SrRNA基因文库,分别用Sanger和Pyrosequencing测序法分析。结果 Sanger测序所得已知的序列有5,794条(占6,535总序列数88.7%)、75个属,396个序列划分操作分类单元(operational taxonomic units,OTUs,占总OTUs的61.4%)。Pyrosequencing测序所得已知的序列有10,771条(占11,103总序列数97.0%)、66个属,322个OTUs(占总OTUs的68.0%)。Sanger和Pyrosequencing测序法所得口腔菌群在门、属的水平分布趋势基本一致,但在种的水平分布差异显著。Sanger和Pyrosequencing测序法构建的口腔菌群文库均匀度值分别为0.016和0.007,说明Pyrosequencing分析口腔菌群物种数量分布比Sanger测序方法的文库均匀性稍差,但优势种更显著。结论 Pyrosequencing测序时所构建基因文库能代表口腔菌群的多样性且经济、省时,可以应用于口腔细菌物种的分析。 展开更多
关键词 口腔菌群 sanger测序 Pyrosequencing测序
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Sanger测序技术在检测肺癌吉西他滨化疗耐药敏感基因CDA中的应用
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作者 孙怡 张庆义 +1 位作者 魏宽霞 马将军 《国际检验医学杂志》 CAS 2017年第3期355-357,共3页
目的分析吉西他滨耐药敏感基因胞苷脱氨酶(CDA)多态性位点突变,以实时荧光定量聚合酶链反应(qPCR)法为参照,探讨Sanger测序技术应用于临床样本检测的适用性。方法随机选取255例ⅢB和Ⅳ期晚期非小细胞肺癌(NSCLC)外周血样本,提取DNA,分... 目的分析吉西他滨耐药敏感基因胞苷脱氨酶(CDA)多态性位点突变,以实时荧光定量聚合酶链反应(qPCR)法为参照,探讨Sanger测序技术应用于临床样本检测的适用性。方法随机选取255例ⅢB和Ⅳ期晚期非小细胞肺癌(NSCLC)外周血样本,提取DNA,分别采用qPCR法和Sanger测序法检测CDA基因G208A和A79C突变情况,评价Sanger测序法检测的敏感度和特异度。结果 255例ⅢB和Ⅳ期晚期NSCLC外周血样本Sanger测序法和qPCR法检测CDA基因突变的成功率分别为98.04%(250/255)和97.25%(248/255)。以qPCR法为参照,Sanger测序法检测的敏感度和特异度分别为92.50%和99.52%,两种方法检测出的突变分型完全吻合。结论采用Sanger测序法可有效检测耐药基因CDA突变,实现了突变分型,可准确、高通量、高效检测CDA突变位点,为临床NSCLC对吉西他滨用药敏感提供一种有效检测手段。 展开更多
关键词 吉西他滨 胞苷脱氨酶 sanger测序
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焦磷酸测序法和Sanger测序法检测丙型肝炎病毒基因分型的方法学比较 被引量:5
14
作者 渠滕 田文君 +4 位作者 刘义庆 刘春梅 张庆 崔朝杰 邱旸 《中国现代医学杂志》 CAS 北大核心 2017年第21期66-70,共5页
目的探讨焦磷酸测序法检测丙肝分型在临床应用中的准确性和敏感性,评价其方法的优缺点。方法收集100例丙肝患者的血浆标本,分装相同的2份,通过焦磷酸测序法和Sanger测序法分别进行丙型肝炎病毒基因分型的检测,对两种测序方法的结果进行... 目的探讨焦磷酸测序法检测丙肝分型在临床应用中的准确性和敏感性,评价其方法的优缺点。方法收集100例丙肝患者的血浆标本,分装相同的2份,通过焦磷酸测序法和Sanger测序法分别进行丙型肝炎病毒基因分型的检测,对两种测序方法的结果进行比较。结果焦磷酸测序法和Sanger测序法检测HCVR N A基因分型时,100例标本中,92例结果一致,8例结果不一致,一致率为92%。其中,HCV-R N A病毒载量>1×104IU/ml有80例,其测序结果完全一致为100%,HCV-R N A病毒载量<1×104 IU/ml有20例,其中焦磷酸测序共检测20例,Sanger测序法共检测14例,12例结果相同。结论焦磷酸测序法检测丙型肝炎病毒基因分型,不仅结果准确可靠,而且与Sanger测序法比较,其敏感性更高。此外,焦磷酸测序还可以进行定量分析。 展开更多
关键词 丙型肝炎 焦磷酸测序 sanger测序
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胃肠道间质瘤c-Kit/PDGFRA基因Sanger法测序套峰产生的原因及解决方案 被引量:4
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作者 娄丽萍 倪娟 +3 位作者 杨成 段裴 熊东亮 许三鹏 《临床与实验病理学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第10期1195-1199,共5页
目的探讨胃肠道间质瘤c-Kit/PDGFRA基因Sanger法测序套峰产生的原因及解决方案。方法提取111例胃肠道间质瘤石蜡样本的基因组DNA,采用PCR-Sanger测序法检测其c-Kit基因(外显子9、11、12、13、14、17和18)与PDGFRA基因(外显子12、14和18... 目的探讨胃肠道间质瘤c-Kit/PDGFRA基因Sanger法测序套峰产生的原因及解决方案。方法提取111例胃肠道间质瘤石蜡样本的基因组DNA,采用PCR-Sanger测序法检测其c-Kit基因(外显子9、11、12、13、14、17和18)与PDGFRA基因(外显子12、14和18)序列。选择套峰出现频率较高的c-Kit基因18号外显子作为实验对象,将其PCR扩增产物分为甲、乙两组(甲组将111例PCR扩增产物5μL加入2μL SAP-ExoI中,乙组将111例PCR扩增产物1μL加入2μL SAP-ExoI中)进行酶解纯化,并行Sanger法测序,比较两组测序结果中出现套峰例数及突变例数的差异性。结果甲组c-Kit基因18号外显子测序结果中有95例(95/111,85.59%)出现明显套峰;乙组中有8例(8/111,7.21%)出现明显套峰;两组套峰例数差异有统计学意义(P<0.001)。甲、乙两组111例c-Kit基因18号外显子测序结果中均有1例检测到突变,且突变位置及突变类型相同。结论充分酶解PCR扩增产物能够显著优化测序结果,降低套峰出现频率,且对突变检测未见明显影响,为胃肠道间质瘤的c-Kit/PDGFRA基因的准确测序奠定基础。 展开更多
关键词 胃肠道间质瘤 c-Kit/PDGFRA基因 sanger法测序 套峰
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超声快速石蜡与常规石蜡在胃肠道间质瘤Sanger测序中结果的对比分析 被引量:7
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作者 张茜 杨月红 章宏峰 《临床与实验病理学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2020年第4期480-482,共3页
随着病理技术的发展,各种利用超声震动、恒温水浴和专用试剂对病理组织完成固定、脱水、透明全过程于一体的病理组织处理仪得到广泛应用,是目前国内病理科常用的快速制片方法之一[1]。因其方法简便快捷、省时省力,很多病理科会用超声快... 随着病理技术的发展,各种利用超声震动、恒温水浴和专用试剂对病理组织完成固定、脱水、透明全过程于一体的病理组织处理仪得到广泛应用,是目前国内病理科常用的快速制片方法之一[1]。因其方法简便快捷、省时省力,很多病理科会用超声快速石蜡方法对胃肠镜活检组织进行制片,据文献报道,在某些活检组织中,超声快速石蜡制片可以获得跟常规制片一致的HE染色的形态学结果[2]。在后续没有手术大标本的情况下,还需要用活检组织对胃肠道间质瘤(gastrointestinal stromal tumour,GIST)的患者进行Sanger测序检测C-Kit和PDGFRA基因突变的情况。本文主要探讨经超声快速脱水处理的组织在GIST Sanger测序中对C-Kit和PDGFRA基因突变检测结果的影响,以及与常规脱水组织在GIST Sanger测序中的C-Kit和PDGFRA基因突变检测结果的对比分析。 展开更多
关键词 胃肿瘤 胃肠道间质瘤 超声快速石蜡 常规石蜡 sanger测序
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Sanger测序法和Snapshot法检测乳腺癌BIM缺失多态性比较分析 被引量:3
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作者 梁红玲 李洪胜 +6 位作者 黄健清 苏健 金田恩 韩国栋 敖翔 邱霓 谭小军 《循证医学》 CSCD 2018年第6期370-375,共6页
目的比较分析Sanger测序法和Snapshot法检测乳腺癌BIM缺失多态性的一致性。方法共收集336例乳腺癌患者手术标本制备成石蜡包埋的蜡块,提取DNA后采用Sanger测序法和Snapshot法检测乳腺癌患者中BIM基因缺失多态性突变率。采用卡方检验分析... 目的比较分析Sanger测序法和Snapshot法检测乳腺癌BIM缺失多态性的一致性。方法共收集336例乳腺癌患者手术标本制备成石蜡包埋的蜡块,提取DNA后采用Sanger测序法和Snapshot法检测乳腺癌患者中BIM基因缺失多态性突变率。采用卡方检验分析BIM缺失多态性在不同临床特征患者中的比例情况。采用配对卡方检验和κ系数检验分析两种方法的一致性。结果 Sanger测序法检测出39例患者BIM基因缺失,阳性率为11.61%;Snapshot法检测出47例患者BIM基因缺失,阳性率为13.99%。Sanger测序法检测出的BIM突变状态在不同年龄阶段(χ~2=6.242,P=0.044)和孕激素表达水平(χ~2=4.070,P=0.044)的乳腺癌中差异有统计学意义。配对卡方检验显示两种检测方法差异无统计学意义(P=0.152),Kappa检验结果表明两种方法的一致性较好(吻合系数κ=0.695,P=0.000)。结论在中国乳腺癌患者中BIM缺失多态性的比例约为11.61%。Sanger测序法和Snapshot法检测乳腺癌BIM缺失多态性具有较好的一致性,可以相互补充。 展开更多
关键词 乳腺癌 BIM基因 sanger测序法 Snapshot检测法
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基于Sanger测序方法检测赛鸽竞翔相关基因的单核苷酸多态性 被引量:2
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作者 杨理程 吴锐琼 +2 位作者 李培健 王冰梅 黄镇 《福建农业科技》 CAS 2024年第7期1-9,共9页
大量研究发现赛鸽中LDHA、F-KER、DRD4、MSTN和CRY1这5个基因存在单核苷酸多态性,并与归巢能力相关,成为分子辅助育种的潜在SNP标记。当前的检测方法仍以传统的RFLP为主,尚未报道Sanger测序的应用。通过建立一种基于Sanger测序技术的检... 大量研究发现赛鸽中LDHA、F-KER、DRD4、MSTN和CRY1这5个基因存在单核苷酸多态性,并与归巢能力相关,成为分子辅助育种的潜在SNP标记。当前的检测方法仍以传统的RFLP为主,尚未报道Sanger测序的应用。通过建立一种基于Sanger测序技术的检测方法,以识别这5个基因中的多态性位点。结果表明:针对赛鸽的LDHA、F-KER、DRD4、MSTN和CRY1基因设计了特异性引物,用于扩增单核苷酸多态性位点,所得PCR产物条带单一,显示具有良好的特异性。进一步,利用这些引物对60羽赛鸽的羽毛DNA样品进行扩增和Sanger测序,能成功获得各个基因位点的多态性分型结果。最后,统计了各种基因分型在这60羽赛鸽中的分布频率,发现相关的罕见基因型频率均低于5%,与国外赛鸽群体的频率相一致。研究显示所建立的赛鸽竞翔相关基因SNP分型Sanger测序分析方法,对于选育优良基因型的赛鸽具有重要的应用价值。 展开更多
关键词 赛鸽 sanger测序法 基因分型
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ARMS法和Sanger测序法检测晚期肺腺癌小标本EGFR基因突变分析 被引量:1
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作者 梁继珍 苏宁 +1 位作者 谢亚琳 易基群 《实用医学杂志》 CAS 北大核心 2018年第13期2104-2107,2118,共5页
目的应用ARMS法和Sanger测序法检测晚期肺腺癌小标本组织表皮生长因子受体(EGFR)基因突变的情况并比较其一致性。方法分别使用ARMS法和测序法检测102、138例晚期肺腺癌小标本的EGFR基因突变情况,并分析其与患者临床病理特征的关系,比较... 目的应用ARMS法和Sanger测序法检测晚期肺腺癌小标本组织表皮生长因子受体(EGFR)基因突变的情况并比较其一致性。方法分别使用ARMS法和测序法检测102、138例晚期肺腺癌小标本的EGFR基因突变情况,并分析其与患者临床病理特征的关系,比较其间的一致性。结果 ARMS法及测序法检测EGFR基因突变率分别为46.1%(47/102)、37.7%(52/138),ARMS法EGFR基因突变率女性高于男性(61.9%vs 35.0%,P=0.007),而与年龄、吸烟、活检部位、活检方法、标本性质、原发肿瘤、淋巴结、远处转移、分期无关(P>0.05)。测序法EGFR基因突变率与活检部位存在相关性(P=0.049),与其他临床病理特征均无关(P>0.05)。二者的一致率为64.1%(25/39),Kappa系数为0.499(P<0.001)。结论 ARMS法与测序法对晚期肺腺癌的临床小样本进行EGFR检测具有中等的一致性。 展开更多
关键词 肺肿瘤 腺癌 表皮生长因子受体 ARMS法 sanger测序法
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荧光聚合酶链反应–毛细管电泳法与Sanger测序法检测胶质瘤中端粒酶反转录酶基因启动子突变状态对比分析 被引量:1
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作者 熊艳蕾 王雷明 +5 位作者 刘莉 王玮 胡泽良 姚盈盈 段焕利 滕梁红 《北京医学》 CAS 2022年第3期245-248,共4页
目的对比分析荧光聚合酶链反应-毛细管电泳(polymerase chain reaction-capillary electrophoresis,PCR-CE)法及Sanger测序法检测胶质瘤中端粒酶反转录酶(telomerase reverse transcriptase,TERT)基因启动子突变的敏感度、特异度及一致... 目的对比分析荧光聚合酶链反应-毛细管电泳(polymerase chain reaction-capillary electrophoresis,PCR-CE)法及Sanger测序法检测胶质瘤中端粒酶反转录酶(telomerase reverse transcriptase,TERT)基因启动子突变的敏感度、特异度及一致性,为临床检测提供方法学依据。方法收集2017年11月至2019年11月首都医科大学宣武医院265例胶质瘤标本及临床病理资料,分别采用Sanger测序法与荧光PCR-CE法检测TERT基因启动子突变。结果TERT基因启动子突变与年龄、组织学分型和WHO分级均显著相关(P<0.05)。Sanger测序法与荧光PCR-CE法的TERT基因启动子突变检出率分别为52.8%(140/265)及51.3%(136/265),敏感度和特异度分别为96.4%和99.2%,符合率为97.7%,具有较好一致性(Kappa=0.955)。Sanger测序法检出TERT C228T突变103例(38.9%),荧光PCR-CE法检出99例(37.4%),敏感度和特异度分别为95.2%和99.4%,符合率为97.7%,具有较好一致性(Kappa=0.952)。Sanger测序法和荧光PCR-CE法均检测出TERT C250T突变37例(14.0%),符合率为100.0%,具有较高一致性(Kappa=1.000)。结论荧光PCR-CE法检测TERT基因启动子突变率与Sanger测序法相当,敏感度、特异度及一致性均较高,且操作相对简便快速。 展开更多
关键词 胶质瘤 端粒酶反转录酶基因启动子突变 荧光聚合酶链反应-毛细管电泳法 sanger测序法
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