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肥胖相关基因Stambpl1的生物信息学筛选及其对脂代谢影响的初步探究
1
作者 任钰 李超普 +2 位作者 张许 季学涛 李仲 《南京医科大学学报(自然科学版)》 北大核心 2025年第10期1417-1426,1466,共11页
目的:利用生物信息学方法筛选肥胖相关基因,并初步探究其对脂肪细胞脂代谢的影响。方法:从基因表达综合数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)中获取C57BL6/J小鼠白色脂肪组织(white adipose tissue,WAT)数据集GSE30247、GSE37218和GSE13... 目的:利用生物信息学方法筛选肥胖相关基因,并初步探究其对脂肪细胞脂代谢的影响。方法:从基因表达综合数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)中获取C57BL6/J小鼠白色脂肪组织(white adipose tissue,WAT)数据集GSE30247、GSE37218和GSE138632。将普通饮食喂养的小鼠转录组数据设为对照组,高脂饮食(high fat diet,HFD)喂养的小鼠转录组数据设为实验组,使用NCBI官方的GEO2R工具分别筛选GSE37218和GSE30247在HFD后的差异基因,以P<0.05,log2FC>1.5为筛选标准,获取二者的共同差异基因。对差异基因进行基因本体(gene ontology,GO)、哺乳动物表型本体(mammalian phenotype ontology,MP)和人类表型本体(human phenotype ontology,HPO)富集分析。采用STRING数据库构建蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络,使用Cytoscape筛选并获取核心基因(hub gene)。对GSE138632数据集中对照组和实验组数据进行差异分析并通过受试者工作特征(receiver operating characteristic,ROC)曲线进行基因预测诊断性分析,进一步验证hub gene。利用慢病毒构建STAM结合蛋白样1(STAM binding protein like 1,Stambpl1)稳定过表达的3T3-L1细胞系,使用油酸(oleic acid,OA)诱导3T3-L1细胞中脂滴积累,通过BODIPY染色和甘油三酯含量检测判断脂滴累积情况。结果:对GSE37218和GSE30247数据集进行差异分析,发现HFD喂养后小鼠附睾脂肪组织(epididymal white adipose tissue,eWAT)中较普通饮食喂养小鼠eWAT共同上调的基因57个;通过Cytoscape中的多种算法分析进一步得到13个hub gene;使用GSE138632数据集验证这13个hub gene的表达,最终筛选出Stambpl1,RT-PCR实验结果显示Stambpl1在HFD诱导的肥胖小鼠脂肪组织表达升高;BODIPY染色和甘油三酯含量检测表明在3T3-L1细胞中过表达Stambpl1可缓解OA诱导的脂滴累积。结论:本研究利用生物信息学技术筛选得到肥胖相关基因Stambpl1,并初步证实Stambpl1会在体外抑制脂肪细胞的脂质积累。 展开更多
关键词 肥胖 GEO数据库 stambpl1 油酸
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lncRNA NEAT1/miR-103a/STAMBPL1轴对胃癌细胞增殖和侵袭的调控作用 被引量：7
2
作者 喻大军 郭晨旭 +4 位作者 李靖 朱超 金鑫 王庆康 钱军 《山西医科大学学报》 CAS 2020年第9期883-887,共5页
目的探讨长链非编码RNA NEAT1(lncRNA NEAT1)在胃癌组织和细胞中的表达,以及其通过调控miR-103a/STAMBPL1轴对胃癌细胞增殖和侵袭的影响。方法采用qRT-PCR法检测胃癌组织及癌旁组织中lncRNA NEAT1的表达水平;采用qRT-PCR法检测人正常胃... 目的探讨长链非编码RNA NEAT1(lncRNA NEAT1)在胃癌组织和细胞中的表达,以及其通过调控miR-103a/STAMBPL1轴对胃癌细胞增殖和侵袭的影响。方法采用qRT-PCR法检测胃癌组织及癌旁组织中lncRNA NEAT1的表达水平;采用qRT-PCR法检测人正常胃上皮GES-1细胞及胃癌细胞SGC-7901和BGC-823中lncRNA NEAT1的表达水平。胃癌细胞SGC-7901和BGC-823中分别转染si-NEAT1(si-NEAT1组)和si-NC(si-NC组)。采用CCK-8法和Transwell检测细胞增殖和侵袭;采用qRT-PCR和Western blot法分别测定胃癌细胞中miR-103a mRNA和STAMBPL1蛋白的表达变化。结果与癌旁正常组织或正常细胞GES-1相比,lncRNA NEAT1在胃癌组织及胃癌SGC-7901和BGC-823细胞中表达水平明显增加(P<0.05)。与si-NC组相比,si-NEAT1组中胃癌SGC-7901和BGC-823细胞增殖和侵袭能力明显减少(P<0.05),miR-103a mRNA水平增高以及STAMBPL1蛋白表达水平降低(P<0.05)。结论lncRNA NEAT1在胃癌中可能通过调控miR-103a/STAMBPL1信号途径改变胃癌细胞增殖及侵袭的能力。 展开更多
关键词 胃癌 lncRNA NEAT1 miR-103a stambpl1 细胞增殖 肿瘤侵袭
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LncRNA ATB/miR-107/STAMBPL1轴调控前列腺癌增殖、转移和侵袭的作用机制 被引量：2
3
作者 滕若冰 余鹏 高漓 《重庆医学》 CAS 2019年第23期3965-3969,共5页
目的 探讨转化生长因子β活化的长链非编码RNA ATB(lncRNA ATB)在前列腺癌中的表达,以及通过调控miR-107/STAM结合蛋白水平1(STAMBPL1)通路在前列腺癌PC3细胞中对增殖、转移和侵袭的影响。方法 反转录PCR(RT-PCR)法检测58例前列腺癌组... 目的 探讨转化生长因子β活化的长链非编码RNA ATB(lncRNA ATB)在前列腺癌中的表达,以及通过调控miR-107/STAM结合蛋白水平1(STAMBPL1)通路在前列腺癌PC3细胞中对增殖、转移和侵袭的影响。方法 反转录PCR(RT-PCR)法检测58例前列腺癌组织及相应癌旁正常组织临床样本中lncRNA ATB mRNA的表达水平。siRNA干扰PC3细胞lncRNA ATB基因的表达,四甲基偶氮唑蓝(MTT)实验、划痕实验和Transwell实验分别观察PC3细胞增殖、迁移和侵袭能力的改变;采用RT-PCR和Western blot法分别测定miR-107mRNA及STAMBPL1mRNA、蛋白的表达变化。结果 与癌旁正常组织比较,lncRNA ATB mRNA在前列腺癌组织中表达水平明显增加(P<0.05)。沉默lncRNA ATB基因的PC3细胞较正常PC3细胞可显著减少细胞中增殖、迁移和侵袭能力,miR-107mRNA表达水平增高,STAMBPL1mRNA和蛋白表达水平降低(P<0.05)。结论 LncRNA ATB在前列腺癌中高表达,其可能通过调控miR-107/STAMBPL1通路改变前列腺癌PC3细胞增殖、转移和侵袭的能力。 展开更多
关键词 前列腺肿瘤 RNA 长链非编码 微RNA-107 STAM结合蛋白水平1
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