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鸡SREBF2基因nsSNPs功能的生物信息学分析
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作者 翟晨灿 齐昆龙 +5 位作者 朱蔚 刘哲良 赵浩毅 杨建华 王英杰 赵小玲 《四川农业大学学报》 北大核心 2025年第5期1288-1296,1359,共10页
【目的】筛选鸡SREBF2基因中具有潜在生物学功能的非同义单核苷酸多态性(nsSNPs)位点。【方法】通过生物信息学方法对其功能进行预测,评估nsSNPs位点突变对蛋白质结构和功能的影响。【结果】①鸡SREBF2-203转录本上存在67个nsSNPs位点;... 【目的】筛选鸡SREBF2基因中具有潜在生物学功能的非同义单核苷酸多态性(nsSNPs)位点。【方法】通过生物信息学方法对其功能进行预测,评估nsSNPs位点突变对蛋白质结构和功能的影响。【结果】①鸡SREBF2-203转录本上存在67个nsSNPs位点;②鸡SREBF2-203编码蛋白质的特征分析显示,该蛋白质不存在跨膜结构,为亲水蛋白,295~371位氨基酸为bHLH转录因子家族典型的保守结构功能域;③rs735971438(L577P)、rs1060415907(P875Q)、rs735454485(T953P)、rs741232960(L987P)、rs739634676(E1048G)为高度保守位点,且突变会造成蛋白质稳定性下降及二级结构改变;④基因-基因互作分析发现,MBTPS2、MBTPS1与SREBF2基因存在较强的互作关系;蛋白-蛋白互作分析发现,SCAP、HMGCR与SREBF2存在较强的互作关系。KEGG通路富集分析显示,这些基因参与萜类骨架生物合成和类固醇生物合成等与糖代谢和脂质代谢相关通路。【结论】该蛋白质为不跨膜的亲水蛋白,其中编码区的5个位点突变会导致蛋白质稳定性降低及其生物学功能发生改变。 展开更多
关键词 srebf2基因 非同义单核苷酸多态性 生物信息学分析 稳定性
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基于多数据库分析SREBF2基因在肾透明细胞癌中的表达及临床意义
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作者 夏丽丽 郑金花 陈昌伟 《医学理论与实践》 2025年第22期3801-3805,3813,共6页
目的:分析甾醇调节元件结合转录因子2(SREBF2)基因在肾透明细胞癌(KIRC)中的表达及临床意义。方法:通过GEPIA和UALCAN数据库分析SREBF2在KIRC中的表达与肿瘤分级、分期等临床特征的相关性,通过SANGERBOX数据库分析SREBF2表达与患者生存... 目的:分析甾醇调节元件结合转录因子2(SREBF2)基因在肾透明细胞癌(KIRC)中的表达及临床意义。方法:通过GEPIA和UALCAN数据库分析SREBF2在KIRC中的表达与肿瘤分级、分期等临床特征的相关性,通过SANGERBOX数据库分析SREBF2表达与患者生存预后、突变基因的关系,通过STRING数据库分析相关蛋白互作网络,并对以上蛋白进行基因本体(GO)富集分析,通过TIMER数据库分析KIRC中SREBF2表达水平与免疫细胞浸润水平的关系。结果:KIRC组织中SREBF2基因表达显著低于正常组织(P<0.05)。在具有高级别肿瘤分期、分级和淋巴结转移等不良临床特征的KIRC患者中SREBP2基因表达明显降低(P<0.05)。生存分析表明,SREBF2基因低表达的KIRC患者总生存期缩短(P<0.05)。在KIRC中SETD2基因突变率较高(突变率41.6%),且SREBF2低表达组的SETD2突变频率显著高于高表达组。GO富集分析显示,胆固醇代谢过程、SREBP信号通路,内质网—核信号通路为主要富集通路。此外,SREBF2基因与KIRC免疫细胞浸润相关。结论:SREBF2基因在KIRC中低表达,其表达水平与KIRC发病机制及不良预后密切相关,有望成为KIRC诊疗与预后评估的潜在生物标志物。 展开更多
关键词 肾透明细胞癌 srebf2 预后
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Biallelic variants in SREBF2 cause autosomal recessive spastic paraplegia
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作者 Qiao Wei Wenlu Fan +9 位作者 Hong-Fu Li Pei-Shan Wang Man Xu Hai-Lin Dong Hao Yu Jialan Lyu Wen-Jiao Luo Dian-Fu Chen Wanzhong Ge Zhi-Ying Wu 《Journal of Genetics and Genomics》 2025年第8期1021-1033,共13页
Hereditary spastic paraplegias(HSPs)refer to a genetically and clinically heterogeneous group of neurodegenerative disorders characterized by the degeneration of motor neurons.To date,a significant number of patients ... Hereditary spastic paraplegias(HSPs)refer to a genetically and clinically heterogeneous group of neurodegenerative disorders characterized by the degeneration of motor neurons.To date,a significant number of patients still have not received a definite genetic diagnosis.Therefore,identifying unreported causative genes continues to be of great importance.Here,we perform whole-exome sequencing in a cohort of Chinese HSP patients.Three homozygous variants(p.L604W,p.S517F,and p.T984A)within the sterol regulatory element-binding factor 2(SREBF2)gene are identified in one autosomal recessive family and two sporadic patients,respectively.Co-segregation is confirmed by Sanger sequencing in all available members.The three variants are rare in the public or in-house database and are predicted to be damaging.The biological impacts of variants in SREBF2 are examined by functional experiments in patient-derived fibroblasts and Drosophila.We find that the variants upregulate cellular cholesterol due to the overactivation of SREBP2,eventually impairing the autophagosomal and lysosomal functions.The overexpression of the mature form of SREBP2 leads to locomotion defects in Drosophila.Our findings identify SREBF2 as a causative gene for HSP and highlight the impairment of cholesterol as a critical pathway for HSP. 展开更多
关键词 Hereditary spastic paraplegia Causative gene srebf2 CHOLESTEROL Locomotion defects
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Differentiation of Expression Profiles of SREBF1 and SREBF2 Gene in Chicken
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作者 Mohan QIU Zengrong ZHANG +9 位作者 Chunlin YU Xiaosong JIANG Huarui DU Qingyun LI Hengyong XU Huadong YIN Xiaoling ZHAO Qing ZHU Yan WANG Chaowu YANG 《Agricultural Biotechnology》 CAS 2020年第5期90-93,共4页
Sterol regulatory element-binding factor-1 and-2(SREBF1 and SREBF2)are important transcription factors involved in the regulating lipid homeostasis.Based on the essential role of SREBF1 and SREBF2,we measured the mRNA... Sterol regulatory element-binding factor-1 and-2(SREBF1 and SREBF2)are important transcription factors involved in the regulating lipid homeostasis.Based on the essential role of SREBF1 and SREBF2,we measured the mRNA expression levels of the two genes in six various tissues at different growth points.Our results showed that the SREBF1 and SREBF2 were expressed in all six tissues examined in Erlang mountainous chicken(SD02)at 42 d,and were expressed abundantly in the uropygial gland and liver,with relatively lowest levels of expression in the abdominal fat,sebum cutaneum and leg muscle.The expression ratio of SREBF1 and SREBF2 in breast muscle,leg muscle,sebum cutaneum and uropygial gland exhibited a"decline-rise"trend.However,in liver,the expression ratio of these two genes exhibited a"decline-rise-decline"trend.Meanwhile,the expression level of SREBF1 gene of all tissues was lower than that of SREBF2 except for uropygial gland.The findings will provide important references for further function investigation of the two genes involved in fat deposition in chickens. 展开更多
关键词 CHICKEN SREBF1 srebf2 Differential expression
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SREBF2-AS1调控胆固醇合成代谢促进乳腺癌生长
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作者 邵玲 杨宜英 洪宏海 《世界肿瘤研究》 CAS 2022年第3期117-123,共7页
目的:研究SREBF2-AS1调控胆固醇合成代谢和SREBF2促进乳腺癌生长作用和分子机制。方法:qRT-PCR检测相关基因的转录水平。干扰SREBF2-AS1和过表达SREBF2后,MTT实验、BrdU实验和凋亡实验研究SREBF2-AS1在乳腺癌中作用及分子机制。结果:SRE... 目的:研究SREBF2-AS1调控胆固醇合成代谢和SREBF2促进乳腺癌生长作用和分子机制。方法:qRT-PCR检测相关基因的转录水平。干扰SREBF2-AS1和过表达SREBF2后,MTT实验、BrdU实验和凋亡实验研究SREBF2-AS1在乳腺癌中作用及分子机制。结果:SREBF2-AS1在乳腺癌组织和乳腺癌细胞株中高表达。干扰掉SREBF2-AS1后抑制乳腺癌的生长和诱导其凋亡。进一步研究发现其通过调控SREBF2和胆固醇代谢进而调控乳腺癌生长。结论:SREBF2-AS1通过调控SREBF2和胆固醇代谢促进乳腺癌生长。 展开更多
关键词 乳腺癌生长 srebf2-AS1 胆固醇合成代谢
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前列腺癌与良性前列腺增生中NFKBIA及SREBF2的表达 被引量:5
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作者 江先汉 毕学成 +4 位作者 何慧婵 韩兆冬 叶永康 曾国华 钟惟德 《中华实验外科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2010年第3期328-329,共2页
目的以实时荧光定量聚合酶链反应(PCR)技术研究良性前列腺增生(BPH)与前列腺癌(PCa)组织标本NFKBIA及SREBF2mRNA相对值,探讨NFKBIA及SREBF2比值在前列腺癌诊断中的特异性意义。方法通过实时荧光定量PCR检测63例PCa、37例BPH及3... 目的以实时荧光定量聚合酶链反应(PCR)技术研究良性前列腺增生(BPH)与前列腺癌(PCa)组织标本NFKBIA及SREBF2mRNA相对值,探讨NFKBIA及SREBF2比值在前列腺癌诊断中的特异性意义。方法通过实时荧光定量PCR检测63例PCa、37例BPH及3例正常前列腺组织NFKBIA及SREBF2的表达,比较其在PCa与BPH组织中定量的差异。结果与BPH比较,PCa组织NFKBIA及SREBF2mRNA的定量表达值分别下凋0.520和上调2.547,差异有统计学意义(P〈0.05)。结论实时荧光逆转录(RT)-PCR定量检测NFKBIA及SREBF2mRNA为前列腺癌的诊断提供了参考。 展开更多
关键词 前列腺癌/肿瘤学 NFKBIA及srebf2 实时荧光定量PCR 基因表达
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银杏叶提取物GBE50对培养细胞内胆固醇代谢的影响 被引量:17
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作者 张露 谢作权 +5 位作者 宋怀光 宋凯 叶赛 顾笑梅 赵国屏 张庆华 《中国药理学通报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第3期313-317,共5页
目的研究银杏叶提取物GBE50对不同培养细胞内胆固醇含量的影响,及对HepG2细胞内胆固醇代谢相关基因HMGCR和SREBF2表达的调节。方法采用MTT法观察了GBE50对HepG2细胞生长的影响,用胆固醇氧化酶终点法检测GBE50对培养细胞HepG2、HUVEC、SH... 目的研究银杏叶提取物GBE50对不同培养细胞内胆固醇含量的影响,及对HepG2细胞内胆固醇代谢相关基因HMGCR和SREBF2表达的调节。方法采用MTT法观察了GBE50对HepG2细胞生长的影响,用胆固醇氧化酶终点法检测GBE50对培养细胞HepG2、HUVEC、SH-SY5Y总胆固醇含量的影响;用荧光实时定量PCR技术检测了药物处理后HMGCR和SREBF2基因表达水平在HepG2细胞中的改变。结果GBE50在不影响HepG2细胞的增殖的剂量下可不同程度降低培养细胞HepG2,HUVEC内总胆固醇含量。对HepG2细胞内总胆固醇的影响呈一定的剂量及时间-效应关系,同时可以调节其中HMGCR、SREBF2基因的表达。结论GBE50可有效降低部分培养细胞内总胆固醇的含量,部分胆固醇代谢相关基因表达量的改变可能是GBE50调节HepG2细胞内胆固醇水平的机制之一。 展开更多
关键词 银杏叶提取物 GBES0 胆固醇 HEPG2 HMGCR srebf2
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