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山桐子SRAP-PCR反应体系的优化及有效引物筛选
1
作者 严莉 仝铸 +7 位作者 苏春莉 何秀娟 肖翠 王泽琼 周明芹 袁龙义 邱文明 孙中海 《分子植物育种》 北大核心 2025年第16期5388-5394,共7页
为建立适用于山桐子(Idesia polycarpa Maxim.)的SRAP-PCR反应体系,用于山桐子资源分析和鉴定,本研究以山桐子幼嫩叶片DNA为材料,采用L_(16)(4~5)正交试验设计,对影响山桐子SRAP-PCR反应体系的主要影响因素Mg^(2+)、d NTPs和引物浓度以... 为建立适用于山桐子(Idesia polycarpa Maxim.)的SRAP-PCR反应体系,用于山桐子资源分析和鉴定,本研究以山桐子幼嫩叶片DNA为材料,采用L_(16)(4~5)正交试验设计,对影响山桐子SRAP-PCR反应体系的主要影响因素Mg^(2+)、d NTPs和引物浓度以及Taq DNA聚合酶和模板DNA用量进行优化。结果表明:山桐子SRAP-PCR最优反应体系中模板DNA为30ng、Taq DNA聚合酶用量为1.5U、dNTPs浓度为0.25mmol/L、引物浓度为0.5μmol/L、Mg^(2+)浓度为3 mmol/L、1×PCR buffer,总体系20μL。各因素对山桐子SRAP-PCR扩增效果影响从大到小依次为:Taq DNA聚合酶用量、Mg^(2+)浓度、引物浓度、模板DNA浓度、dNTPs浓度。采用优化后的体系对267组SRAP引物进行筛选,其中220对引物组合可扩增出目的条带(引物有效性82.39%);157对引物组合能够扩增出清晰且多态性较高的条带。利用其中6对引物组合对24份山桐子资源进行了遗传分析,聚类结果客观反映了这些资源的地理分布和亲缘关系。以上结果表明本研究优化的山桐子SRAP-PCR反应体系稳定、可靠,可用于山桐子遗传资源研究等应用。 展开更多
关键词 山桐子 srap-pcr 引物筛选 体系优化
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白及SRAP-PCR反应体系正交设计优化及引物筛选
2
作者 桂腾琴 李春艳 +2 位作者 韦燕 武忠亮 张思平 《福建农业科技》 2025年第3期18-24,共7页
建立白及Bletilla striata Rchb.f.最佳SRAP-PCR(sequence-related amplified polymorphism polymerase chain reaction,SRAP-PCR)反应体系,为从分子水平开展白及不同地理群体的分子遗传学评价研究提供相关的技术支持。以采自于贵州省... 建立白及Bletilla striata Rchb.f.最佳SRAP-PCR(sequence-related amplified polymorphism polymerase chain reaction,SRAP-PCR)反应体系,为从分子水平开展白及不同地理群体的分子遗传学评价研究提供相关的技术支持。以采自于贵州省安龙县白及嫩叶为材料,应用正交设计L_(9)(3^(4))对反应体系中4个因素(引物、Taq DNA聚合酶、Mg2+和dNTPs)的用量进行优化,正交设计引物组合为(Me1/Em1),探索建立白及最佳SRAP-PCR反应体系并对引物进行筛选,筛选稳定性高、多态性好的引物组合。结果表明:白及的最佳SRAP-PCR反应体系(25μL)为:2.50μL10×Buffer、2.50 mmol·L^(−1)Mg^(2+)、0.30 mmol·L^(−1)dNTPs、0.25μmol·L^(−1)引物、1.50 U Taq DNA聚合酶以及20~80 ng模板DNA。利用21份白及对最佳SRAP-PCR反应体系稳定性检测,该体系稳定性高、重复性好。以白及基因组DNA为模板,选用最佳的SRAP-PCR反应体系对80对引物组合进行筛选,最终获得多态性引物13对,共扩增出182个位点,其中多态性位点152个,多态性位点百分比为83.52%。该体系稳定性高、重复性好,为后续遗传多样性研究提供相关的技术支持。 展开更多
关键词 白及 正交设计 srap-pcr 体系优化 引物筛选
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美味扇菇SRAP-PCR反应体系优化及菌盖颜色特异性引物筛选
3
作者 张警丹 杨婷 +2 位作者 张慧敏 丁佳瑶 姜婉竹 《食药用菌》 2025年第5期350-356,共7页
以采自吉林省白山市的两个野生美味扇菇菌株(编号M3,M6)为试材,采用单因素试验法,对SRAP-PCR反应的Taq DNA聚合酶用量、Mg^(2+)浓度、dNTPs浓度、引物浓度和模板DNA用量等关键因素进行优化,并对SRAP引物进行特异性条带筛选。结果表明:... 以采自吉林省白山市的两个野生美味扇菇菌株(编号M3,M6)为试材,采用单因素试验法,对SRAP-PCR反应的Taq DNA聚合酶用量、Mg^(2+)浓度、dNTPs浓度、引物浓度和模板DNA用量等关键因素进行优化,并对SRAP引物进行特异性条带筛选。结果表明:美味扇菇SRAP-PCR的最优反应体系为Taq DNA聚合酶1.0 U、Mg^(2+)3.0 mmol/L、dNTPs 0.5 mmol/L、引物0.2μmol/L、模板DNA 40 ng/μL、ddH_(2)O补足至20μL。采用优化后的体系对153对SRAP引物进行筛选,有124对引物可以扩增出目的条带(引物有效性81.05%),其中105对引物组合能扩增出清晰且多态性较高的条带。研究结果可为美味扇菇分子标记开发及遗传多样性分析提供理论依据。 展开更多
关键词 美味扇菇 srap-pcr 体系优化 引物筛选
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木姜叶柯SRAP-PCR反应体系优化、引物筛选及验证
4
作者 罗超颖 严武平 +4 位作者 汪玉玲 王梦醒 彭莎 廖红 程建峰 《南方农业学报》 CSCD 北大核心 2024年第11期3231-3241,共11页
【目的】建立一套适用于木姜叶柯SRAP-PCR的最佳反应体系,筛选出应用于木姜叶柯种质资源遗传多样性分析的多态性引物,为后续木姜叶柯保护遗传学研究及其开发利用提供科学依据。【方法】采用单因素试验和正交试验相结合的方法,对SRAP-PC... 【目的】建立一套适用于木姜叶柯SRAP-PCR的最佳反应体系,筛选出应用于木姜叶柯种质资源遗传多样性分析的多态性引物,为后续木姜叶柯保护遗传学研究及其开发利用提供科学依据。【方法】采用单因素试验和正交试验相结合的方法,对SRAP-PCR扩增效果的主要影响因素(模板DNA用量、dNTPs浓度、Taq DNA聚合酶用量和引物浓度)进行优化。利用最佳反应体系筛选出适用于木姜叶柯的SRAP多态性引物。【结果】优化获得木姜叶柯SRAPPCR最佳反应体系(20.00μL):10×PCRBuffer2.00μL,TaqDNA聚合酶1.50U,dNTPs0.25mmol/L,引物浓度0.600μmol/L和模板DNA 30.00 ng。各因素对木姜叶柯PCR扩增效果影响程度排序:引物浓度>dNTPs浓度>Taq DNA聚合酶用量>模板DNA用量。应用优化后的SRAP-PCR最佳反应体系和筛选到的20对多态性引物对3个居群的24个木姜叶柯样本进行SRAP-PCR扩增,结果发现4对SRAP引物从3个野生木姜叶柯居群24个样本中共扩增出38个位点,每对引物平均扩增出9.5个位点,其中多态性位点共21个,多态性比率为55.26%。3个木姜叶柯居群的平均等位基因数(Na)、平均有效等位基因数(Ne)、Nei’s基因多样性(H')和Shannon’s信息指数(I)分别为1.55、1.30、0.18和0.27,总遗传多样性(Ht)、居群内遗传多样性(Hs)和遗传分化系数(Gst)分别为0.18、0.11和0.36,基因流(Nm)为0.90(<1.00),说明3个居群间存在一定程度的基因交流,但基因交流程度有限。【结论】木姜叶柯SRAP-PCR扩增效果对引物浓度最敏感。建立木姜叶柯的SRAP-PCR最佳反应体系和筛选到的SRAP引物扩增条带清晰稳定,多态性丰富,能较好地反映出不同木姜叶柯个体和居群间的亲缘关系,可应用于木姜叶柯种质资源的遗传多样性和遗传结构分析。 展开更多
关键词 木姜叶柯 srap-pcr 反应体系 优化 引物筛选 遗传多样性
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辣椒SRAP-PCR反应体系的建立与优化 被引量：150
5
作者 任羽 王得元 +2 位作者 张银东 李颖 王恒明 《分子植物育种》 CAS CSCD 2004年第5期689-693,共5页
SRAP标记(Sequence-related amplified polymorphism,序列相关扩增多态性)是由Li和Quiros发展了一种新的分子标记技术。SRAP标记具有简便、稳定、中等产率、在基因组中分布均匀的特点,已经应用于在水稻、棉花、油菜、马铃薯、苹果、柑... SRAP标记(Sequence-related amplified polymorphism,序列相关扩增多态性)是由Li和Quiros发展了一种新的分子标记技术。SRAP标记具有简便、稳定、中等产率、在基因组中分布均匀的特点,已经应用于在水稻、棉花、油菜、马铃薯、苹果、柑橘类果树、樱桃、梅子、大蒜、莴苣及芹菜等植物和水稻稻瘟病的研究中,对开展遗传图谱构建、基因定位与克隆、比较基因组学、cDNA指纹图谱、生物多样性研究、预测杂种优势等研究是一个十分实用的工具。本研究对辣椒SRAP反应体系的程序、模板、Mg2+等参数进行优化研究,结果表明:辣椒的PCR程序为94℃预变性5min,94℃变性1min,35℃复性1min,72℃延伸1min,5循环,94℃变性1min,50℃复性1min,72℃延伸1min,35循环,最后72℃延伸10min;25滋l反应体系中,模板量为15ng,Mg2+为2.0mmol/L。本研究建立的辣椒SRAP体系重复性好、稳定性强。 展开更多
关键词 辣椒 srap-pcr反应体系 体系建立 优化技术
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菊花SRAP-PCR反应体系的优化与确立 被引量：30
6
作者 张飞 陈发棣 +2 位作者 房伟民 李风童 刘浦生 《植物资源与环境学报》 CAS CSCD 2009年第3期44-49,共6页
采用L16(45)正交实验设计,对SRAP-PCR反应体系中Mg2+、dNTPs和引物浓度以及TaqDNA聚合酶和模板DNA用量等5个因素进行了优化,并确立了适合菊花〔Dendranthema×grandiflorum (Ramat.) Kitamura〕SRAP-PCR的反应体系。菊花的SRAP-PCR... 采用L16(45)正交实验设计,对SRAP-PCR反应体系中Mg2+、dNTPs和引物浓度以及TaqDNA聚合酶和模板DNA用量等5个因素进行了优化,并确立了适合菊花〔Dendranthema×grandiflorum (Ramat.) Kitamura〕SRAP-PCR的反应体系。菊花的SRAP-PCR最佳反应体系为:反应体系总体积20μL,含3.125 mmol.L-1Mg2+、187.5μmol.L-1dNTPs、10.0μmol.L-1引物、50 ng模板DNA、0.5 UTaqDNA聚合酶及1×PCR buffer。各因素对菊花基因组DNA SRAP-PCR扩增结果的影响程度不同,其中dNTPs浓度影响最大,TaqDNA聚合酶用量的影响最小。运用菊花品种‘奥运含笑’和‘雨花落英’及二者的F1杂交后代单株的基因组DNA对优化的SRAP-PCR反应体系进行验证,均获得了多态性丰富、条带清晰的扩增图谱,表明所确立的菊花SRAP-PCR反应体系稳定可靠。 展开更多
关键词 菊花 srap-pcr 正交实验设计 反应体系优化
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油茶SRAP-PCR反应体系的建立和优化 被引量：16
7
作者 孙佩光 奚如春 +2 位作者 钮世辉 骈瑞琪 陈晓阳 《基因组学与应用生物学》 CAS CSCD 北大核心 2010年第6期1192-1199,共8页
为了建立油茶SRAP-PCR扩增体系,本研究使用单因素试验设计,对反应体系的Taq酶、Mg2+、模板DNA、dNTP和引物浓度5个主要影响因子各设10个不同的水平梯度,筛选出适宜的因子范围;在此基础上,进一步采用L16(45)正交设计,对影响油茶SRAP-PCR... 为了建立油茶SRAP-PCR扩增体系,本研究使用单因素试验设计,对反应体系的Taq酶、Mg2+、模板DNA、dNTP和引物浓度5个主要影响因子各设10个不同的水平梯度,筛选出适宜的因子范围;在此基础上,进一步采用L16(45)正交设计,对影响油茶SRAP-PCR反应体系的5个因素在4水平上进行优化,建立了油茶SRAP-PCR最佳反应体系,即25μL体积中包含模板DNA30ng,Mg2+2.8mmol/L,引物0.44μmol/L,dNTP0.2mmol/L和Taq酶1.0U。该SRAP-PCR体系的建立为油茶种质资源遗传多样性分析、品种鉴定及指纹图谱构建等研究提供了一个标准化的程序。 展开更多
关键词 油茶 srap-pcr 反应体系 正交设计
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苹果SRAP-PCR反应体系的建立 被引量：18
8
作者 司鹏 戴洪义 +3 位作者 薛华柏 张玉刚 郭俊英 曹尚银 《果树学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第2期168-173,共6页
以苹果(Malus domestica Borkh.)品种Telamon及Telamon×Fuji的F1代为试材,采用改良的CTAB法提取苹果叶片的DNA,利用正交设计L16(45)和直观分析以及方差分析相结合,探讨了Mg2+、dNTPs、Primer、Taq聚合酶、模板DNA用量对苹果SRAP-PC... 以苹果(Malus domestica Borkh.)品种Telamon及Telamon×Fuji的F1代为试材,采用改良的CTAB法提取苹果叶片的DNA,利用正交设计L16(45)和直观分析以及方差分析相结合,探讨了Mg2+、dNTPs、Primer、Taq聚合酶、模板DNA用量对苹果SRAP-PCR反应的影响。建立了总体积为10μL的苹果SRAP-PCR反应体系,Mg2+浓度为2.0mmol.L-1,dNTPs浓度为0.8 mmol.L-1,Primer浓度为0.2μmol.L-1,Taq DNA聚合酶含量为0.6 U,DNA含量为60 ng,并含1μL 10×buffer(Mg2+free)。应用该反应体系,用不同的引物组合对48份苹果样品DNA进行SRAP-PCR扩增,结果显示反应体系具有较高的稳定性。 展开更多
关键词 苹果 srap-pcr 正交分析
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荷花SRAP-PCR反应体系的优化与确立 被引量：15
9
作者 孙祖霞 刘兆磊 +3 位作者 陈素梅 陈发棣 楼望淮 郭海林 《南京农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第6期53-58,共6页
以荷花(Nelumbo nucifera Gaertn)品种‘新红’叶片为材料,采用L16(45)正交试验设计,对SRAP-PCR反应体系中的Mg2+、dNTPs、TaqDNA聚合酶、引物和模板DNA用量5因素进行了优化,并确立了适用于荷花SRAP-PCR的最佳反应体系。结果表明:荷花的... 以荷花(Nelumbo nucifera Gaertn)品种‘新红’叶片为材料,采用L16(45)正交试验设计,对SRAP-PCR反应体系中的Mg2+、dNTPs、TaqDNA聚合酶、引物和模板DNA用量5因素进行了优化,并确立了适用于荷花SRAP-PCR的最佳反应体系。结果表明:荷花的SRAP-PCR最佳反应体系为:反应总体积10μL,包含2.0 mmol.L-1 Mg2+、300μmol.L-1 dNTPs、0.5 UTaqDNA聚合酶、4μmol.L-1上下游引物、50 ng DNA及10×PCR Buffer。各因素水平变化对反应体系影响由大到小依次为:TaqDNA聚合酶、Mg2+、引物、dNTPs、DNA。用48个荷花品种对优化的SRAP-PCR反应体系进行验证,均获得了条带清晰、多态性丰富的扩增图谱,证实了该体系的稳定性和适应性。 展开更多
关键词 荷花 srap-pcr 正交试验设计 反应体系优化
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白木香SRAP-PCR反应体系的建立 被引量：15
10
作者 邹枚伶 夏志强 +4 位作者 吉家敏 陈新 王海燕 曾长英 王文泉 《基因组学与应用生物学》 CAS CSCD 北大核心 2009年第1期137-140,共4页
本实验对白木香SRAP-PCR反应体系的影响因素(模板DNA,Taq酶,Mg2+,dNTP,引物)在4个水平上进行优化试验,筛选出各反应因素的最佳水平,建立白木香SRAP-PCR反应的最佳体系(20μL):模板DNA50ng、引物0.30μmol/L、Mg2+1.5mmol/L、dNTP0.4mmo... 本实验对白木香SRAP-PCR反应体系的影响因素(模板DNA,Taq酶,Mg2+,dNTP,引物)在4个水平上进行优化试验,筛选出各反应因素的最佳水平,建立白木香SRAP-PCR反应的最佳体系(20μL):模板DNA50ng、引物0.30μmol/L、Mg2+1.5mmol/L、dNTP0.4mmol/L和Taq DNA聚合酶1.0U。适用于白木香的SRAP-PCR反应体系迄今未见报道,这一优化系统的建立为今后利用SRAP标记技术对白木香进行基础研究提供了一个标准化的程序。 展开更多
关键词 白木香 srap-pcr反应体系 建立
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荔枝SRAP-PCR反应体系的优化 被引量：11
11
作者 昝逢刚 吴转娣 +3 位作者 曾淇 张惠云 李明芳 郑学勤 《基因组学与应用生物学》 CAS CSCD 北大核心 2009年第1期132-136,共5页
SRAP(sequence-related amplified polymorphism)是基于基因的内含子和外显子区域进行检测的新型分子标记技术,具有多态性高、重复性好、易测序、便于克隆目标片段等特点,在荔枝(Litchi chinensis Sonn)中还没有相关的研究报道。为了建... SRAP(sequence-related amplified polymorphism)是基于基因的内含子和外显子区域进行检测的新型分子标记技术,具有多态性高、重复性好、易测序、便于克隆目标片段等特点,在荔枝(Litchi chinensis Sonn)中还没有相关的研究报道。为了建立适合荔枝的SRAP反应体系,对反应体系中的DNA模板、Mg2+、dNTP、引物、Taq DNA聚合酶诸因子的用量进行了探索,确立了适合荔枝的SRAP反应体系为:在20μL反应体系中,模板DNA为40ng,Mg2+浓度2.5mmol/L,dNTP0.3mmol/L,引物5mmol/L,Taq DNA聚合酶1.0U。扩增程序为:94℃预变性3min,反应前5个循环在94℃ 1 min、35℃ 1 min、72℃ 1 min的条件下运行;随后的35个循环退火温度提高到50℃;最后72℃延伸10min。利用该反应体系对荔枝10个不同品系进行SRAP反应,用5%的变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测,结果显示:不同品系间DNA谱带多态性丰富。证实该体系稳定可靠,可以用于荔枝的分子标记研究。 展开更多
关键词 荔枝 srap-pcr反应体系 优化
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苦楝SRAP-PCR反应体系的建立及优化 被引量：7
12
作者 陈丽君 刘明骞 +2 位作者 廖柏勇 邓小梅 陈晓阳 《华南农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第3期104-108,共5页
【目的】应用SRAP技术对苦楝Melia azedarach遗传多样性、种质资源鉴定等开展研究，对苦楝SRAP-PCR体系中的模板DNA、dNTPs、Mg^2＋、引物和TaqDNA聚合酶5个组分浓度进行优化，建立适合苦楝的SRAP-PCR反应体系．【方法】采用单因素试验... 【目的】应用SRAP技术对苦楝Melia azedarach遗传多样性、种质资源鉴定等开展研究，对苦楝SRAP-PCR体系中的模板DNA、dNTPs、Mg^2＋、引物和TaqDNA聚合酶5个组分浓度进行优化，建立适合苦楝的SRAP-PCR反应体系．【方法】采用单因素试验对反应体系中的5个因素分别设置8个浓度梯度水平，确定浓度范围后进行L16（4^5）正交试验设计，并对结果进行打分，确定优化体系．【结果和结论】SRAP对苦楝DNA浓度的要求不高，有一个较宽的浓度适宜范围；dNTPs在0．1～0．2mmol·L^-1范围内，能扩增出条带基本相同的清晰谱带；Mg^2＋为2．0mmol·L^-1左右时扩增条带较清晰且数量多；引物介于0．48～0．64μmol·L^-1均能扩增出带型基本保持一致且清晰的谱带；TaqDNA聚合酶在0．50～2．00U范围内可以得到清晰的带型．根据正交试验设计16个处理的得分，确定优化的反应体系为：模板DNA 30ng、dNTPs0．125mmol·L^-1、Mg^2＋ 2．25mmol·L^-1、引物0．48μmol·L^-1、TaqDNA聚合酶0．75U，反应总体积25μL． 展开更多
关键词 苦楝 srap-pcr 体系优化 正交试验设计
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仁用杏SRAP-PCR体系的正交设计优化 被引量：9
13
作者 艾鹏飞 甄志军 +1 位作者 方闪闪 靳占忠 《河北科技大学学报》 CAS 北大核心 2009年第3期248-252,共5页
改良CTAB法提取仁用杏基因组DNA,用于建立SRAP-PCR体系。采用L16(44)正交设计试验,对影响仁用杏SRAP-PCR反应体系的4因素(dNTPs浓度、Mg2+浓度、引物浓度、Taq聚合酶量)4水平进行筛选,PCR结果经统计软件SPSS V13.0分析,并对退火温度进... 改良CTAB法提取仁用杏基因组DNA,用于建立SRAP-PCR体系。采用L16(44)正交设计试验,对影响仁用杏SRAP-PCR反应体系的4因素(dNTPs浓度、Mg2+浓度、引物浓度、Taq聚合酶量)4水平进行筛选,PCR结果经统计软件SPSS V13.0分析,并对退火温度进行了摸索,确立了仁用杏SRAP-PCR的优化体系:总体积为20 L,dNTPs浓度为0.2 mmol/L,Mg2+浓度为2.5mmol/L,引物浓度为0.9μmol/L,Taq聚合酶量为1.5 U,退火温度为52℃。本优化体系为仁用杏资源遗传分析奠定了技术基础。 展开更多
关键词 srap-pcr 正交设计 仁用杏
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硬叶兜兰SRAP-PCR体系建立及亲缘关系研究 被引量：7
14
作者 李宗艳 李静 +1 位作者 郭荣 秦艳玲 《基因组学与应用生物学》 CAS CSCD 北大核心 2014年第1期168-173,共6页
采用CTAB法对硬叶兜兰叶片总DNA进行提取,通过正交实验设计,用SRAP正向引物me1（5＇-TGAGTCCAAACCGGATA-3＇）和反向引物em2（5＇-ACACACACACACACACT-3＇）对反应体系进行优化;并应用其进行种群遗传差异分析。结果表明：优化的20μL的PC... 采用CTAB法对硬叶兜兰叶片总DNA进行提取,通过正交实验设计,用SRAP正向引物me1（5＇-TGAGTCCAAACCGGATA-3＇）和反向引物em2（5＇-ACACACACACACACACT-3＇）对反应体系进行优化;并应用其进行种群遗传差异分析。结果表明：优化的20μL的PCR反应体系中DNA模板为90 ng,Taq DNA聚合酶1.6 U,dNTPs 0.30 mmol/L,MgCl22.0 mmol/L和引物各0.50μmol/L,经重复电泳验证适合进行硬叶兜兰的SRAP分析;利用该体系对7个不同种源的167份硬叶兜兰进行SRAP-PCR扩增,对筛选的10个引物扩增,共得到288条条带,其中多样性条带234条,多态位点百分率（PPB）为81.25%;种群的遗传距离值在0.065 9～0.191 6,UPGMA聚类结果显示供试种群在遗传相似度为0.863时,可以分为2支,即第一分支由马固、斗咀和杨柳井居群组成,第二支由古林箐、夹寒箐、小坝子和田坝居群组成。SRAP标记可较好地适用于硬叶兜兰种群遗传差异的鉴定。 展开更多
关键词 硬叶兜兰 srap-pcr反应体系 遗传变异 亲缘关系
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丝瓜SRAP-PCR体系建立与优化 被引量：7
15
作者 吴红 林清 +3 位作者 雷开荣 陈旭 蒋晓英 陶伟林 《中国农学通报》 CSCD 北大核心 2009年第4期30-34,共5页
以丝瓜基因组DNA为模板,采用正交试验设计,对SRAP(sequence related amplified polymorphism,序列相关扩增多态性)反应体系中的4种关键因素(dNTPs、Taq酶、引物、模板)进行优化,建立了适合于丝瓜基因组SRAP分子标记的扩增体系:反应总体... 以丝瓜基因组DNA为模板,采用正交试验设计,对SRAP(sequence related amplified polymorphism,序列相关扩增多态性)反应体系中的4种关键因素(dNTPs、Taq酶、引物、模板)进行优化,建立了适合于丝瓜基因组SRAP分子标记的扩增体系:反应总体积10μl,其中含Taq酶1.0U、模板DNA 50.00ng、dNTPs 0.3mmol/L、引物0.30μmol/L。该体系能很好地满足丝瓜基因组SRAP标记的要求,可应用于丝瓜的分子生物学研究。 展开更多
关键词 丝瓜 srap-pcr 体系优化
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辣椒SRAP-PCR反应体系主要影响因素的单因素和正交设计优化 被引量：7
16
作者 何建文 杨文鹏 +1 位作者 韩世玉 杨红 《种子》 CSCD 北大核心 2009年第9期24-28,32,共6页
SRAP标记是一种新的分子标记技术,建立和优化所研究物种的SRAP反应体系是应用SRAP标记的技术关键。本研究以3个辣椒品种为试验材料,采用单因素试验设计对辣椒SRAP-PCR反应体系的5个主要影响因子(Taq酶、Mg2+、模板DNA、dNTP和引物浓度)... SRAP标记是一种新的分子标记技术,建立和优化所研究物种的SRAP反应体系是应用SRAP标记的技术关键。本研究以3个辣椒品种为试验材料,采用单因素试验设计对辣椒SRAP-PCR反应体系的5个主要影响因子(Taq酶、Mg2+、模板DNA、dNTP和引物浓度)设置8个不同的水平梯度,筛选出比较适宜的Mg2+、dNTP、Primer、Taq酶、模板DNA浓度的范围。在此基础上,进一步采用L16(45)正交设计对辣椒SRAP-PCR反应体系的五因素在四个水平上进行优化实验,得出了如下的优化体系:25μl体系中包含1.5mmol/L的Mg2+、0.2mmol/L的dNTP、0.1μmol/L的单条引物、1U的Taq酶和60ng的模板DNA。经用24个辣椒材料进行扩增验证,该体系检测的结果重复性好,稳定性强。因此,本试验所获得的优化体系适用于辣椒的SRAP分子标记研究。 展开更多
关键词 辣椒 srap-pcr 优化
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菜用大黄SRAP-PCR反应体系的优化及验证 被引量：6
17
作者 郭小菲 姜立娜 +2 位作者 蔡祖国 任文娟 赵一鹏 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2014年第4期105-110,共6页
为建立菜用大黄最佳的SRAP反应体系,进一步对菜用大黄品种进行遗传多样性分析,以菜用大黄基因组DNA为模板,采用单因素与正交设计相结合的方法,对SRAP-PCR扩增体系中的模板DNA、Mg2+、dNTPs、引物和Taq DNA聚合酶浓度5个因素进行优化,并... 为建立菜用大黄最佳的SRAP反应体系,进一步对菜用大黄品种进行遗传多样性分析,以菜用大黄基因组DNA为模板,采用单因素与正交设计相结合的方法,对SRAP-PCR扩增体系中的模板DNA、Mg2+、dNTPs、引物和Taq DNA聚合酶浓度5个因素进行优化,并确立菜用大黄SRAP-PCR的最佳体系。结果表明:菜用大黄各因素对反应体系影响大小依次为:引物浓度>Mg2+浓度>dNTPs浓度>Taq DNA聚合酶浓度>DNA用量;最佳反应体系为:25μL反应体系中含10×PCR Buffer 2.50μL、模板DNA 30 ng、Mg2+2.50 mmol/L、dNTPs 0.25 mmol/L、Taq DNA聚合酶0.04 U/μL、上下游引物各0.5μmol/L。用8个菜用大黄品种DNA样品对优化的反应体系进行验证,均获得了条带清晰且多态性较好的扩增图谱,证实了该体系的稳定性和可靠性,可用于菜用大黄的遗传多样性分析。 展开更多
关键词 菜用大黄 srap-pcr 体系优化
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均匀设计优化野生狗牙根的SRAP-PCR反应体系 被引量：11
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作者 朱红霞 胡利宗 邓小莉 《中国农学通报》 CSCD 北大核心 2009年第18期41-46,共6页
采用均匀设计方法,对影响野生狗牙根SRAP-PCR体系的MgCl2、dNTPs、引物、Taq DNA聚合酶和模板浓度等进行了U16(45)和U12(35)两轮优化,建立了适用于野生狗牙根的SRAP-PCR反应体系。该优化的25μl反应体系包含MgCl23.5mmol/L,dNTPs0.20nmo... 采用均匀设计方法,对影响野生狗牙根SRAP-PCR体系的MgCl2、dNTPs、引物、Taq DNA聚合酶和模板浓度等进行了U16(45)和U12(35)两轮优化,建立了适用于野生狗牙根的SRAP-PCR反应体系。该优化的25μl反应体系包含MgCl23.5mmol/L,dNTPs0.20nmol/L,引物0.44μmol/L,Taq DNA聚合酶1.50U,模板28ng/L。在此基础上又对退火温度进行了摸索,结果发现扩增结果对退火温度变化不敏感。最后运用优化体系对来自不同地区的10份野生狗牙根的16个单株的DNA进行扩增验证,结果获得的DNA条带清晰,多态性比较丰富。说明该优化的SRAP-PCR体系可用于野生狗牙根不同种间亲缘关系、系统进化和遗传多样性等领域的研究。 展开更多
关键词 野生狗牙根 均匀设计 srap-pcr 体系优化
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中国兰SRAP-PCR体系的建立及优化 被引量：4
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作者 叶兰香 蒋彧 +5 位作者 李萍 王海娥 何俊蓉 刘菲 卓碧萍 袁宁 《西南农业学报》 CSCD 北大核心 2010年第5期1648-1651,共4页
序列相关扩增多态性(SRAP)是新一代的分子标记技术,尚未在兰花中应用过。本实验运用改进了的CTAB法提取国兰总DNA,并L16(45)正交设计,对影响中国兰PCR反应的4个因素(引物浓度、Mg2+浓度、dNTPs浓度、扩增模版)在4个水平上进行优化试验,... 序列相关扩增多态性(SRAP)是新一代的分子标记技术,尚未在兰花中应用过。本实验运用改进了的CTAB法提取国兰总DNA,并L16(45)正交设计,对影响中国兰PCR反应的4个因素(引物浓度、Mg2+浓度、dNTPs浓度、扩增模版)在4个水平上进行优化试验,结果采用DPS软件分析。结果表明,在25μl总体积中,Taq酶为1个单位的情况下,中国兰SRAP-PCR反应最佳扩增体系为:Mg2+2 mmol.L-1、DNA模版100μg、dNTPs 0.25 mmol.L-1、引物0.3μmol.L-1。这一优化的SRAP-PCR体系的建立为后续国兰SRAP分析奠定基础。 展开更多
关键词 国兰 srap-pcr 正交设计 反应体系
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无患子SRAP-PCR反应体系的优化 被引量：4
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作者 彭珠清 范辉华 +2 位作者 刘宝 刘燕 李静 《浙江农林大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第2期322-328,共7页
建立适合无患子Sapindus mukurossi的相关序列扩增多态性-聚合酶链式反应(SRAP-PCR)最佳反应体系,为研究无患子种质资源的遗传多样性、亲缘关系及遗传改良等奠定基础。以南平产的无患子叶片为材料,采用单因素法对体系中的DNA模板、镁离... 建立适合无患子Sapindus mukurossi的相关序列扩增多态性-聚合酶链式反应(SRAP-PCR)最佳反应体系,为研究无患子种质资源的遗传多样性、亲缘关系及遗传改良等奠定基础。以南平产的无患子叶片为材料,采用单因素法对体系中的DNA模板、镁离子、三磷酸碱基脱氧核苷酸(dNTPs),引物和TaqDNA聚合酶等5因素进行优化。确立了适合无患子SRAP的最佳反应体系(20μL):1×PCR缓冲液,50 ng模板DNA,2.0 mmol·L-1镁离子,0.2 mmol·L-1dNTPs,0.5×16.67 nkat(0.5 U)TaqDNA聚合酶,0.4μmol·L-1引物。利用该体系对12份无患子种源材料进行PCR扩增,获得了清晰、稳定的DNA谱带,说明优化后的体系适宜无患子地理种源的遗传多样性分析。 展开更多
关键词 林木育种学 无患子 srap-pcr 反应体系 优化
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