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甘薯羽状斑驳病毒(SPFMV)和矮化退绿病毒(SPCSV)的双重RT-PCR检测技术体系构建 被引量:6
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作者 黄广学 孟利前 +3 位作者 朱建晨 张进 李庞博 肖海峻 《沈阳农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第6期724-729,共6页
在大田生产中,甘薯极易受到甘薯羽状斑驳病毒(sweet potato feathery mottle virus, SPFMV)和甘薯矮化退绿病毒(sweet potato chlorotic stunt virus,SPCSV)的混合侵染,导致甘薯产量和品质严重下降,因此构建能同时检测SPFMV和SPCSV两种... 在大田生产中,甘薯极易受到甘薯羽状斑驳病毒(sweet potato feathery mottle virus, SPFMV)和甘薯矮化退绿病毒(sweet potato chlorotic stunt virus,SPCSV)的混合侵染,导致甘薯产量和品质严重下降,因此构建能同时检测SPFMV和SPCSV两种病毒的检测技术体系对甘薯病毒病(sweet potato virus disease,SPVD)的预防具有重要意义。RT-PCR病毒检测技术具有灵敏度高、特异性强的优点。针对SPFMV和SPCSV病毒分别设计4对和3对特异性引物,通过单一RT-PCR检测技术筛选出特异性强的引物和最佳退火温度;在双重RT-PCR检测体系中,针对SPFMV和SPCSV两种病毒的引物浓度组合设置5个处理,优化双重RT-PCR病毒检测技术体系。单一RT-PCR检测结果表明,SPFMVS2/A2和SPCSVS2/A2引物的特异性最强,目的片段大小为461bp,对于SPCSV病毒来说,SPCSVS2/A2引物的特异性最强,目的片段大小为304bp,最佳退火温度为56℃;在双重RT-PCR检测技术体系中,SPFMV/SPCSV的引物组合浓度比为1∶3时,目标片段扩增效果最好。对两种病毒最低检测浓度的测试结果表明,SPFMV和SPCSV两种病毒RNA的最低检测浓度相当于模板RNA浓度的10-4μL。双重RT-PCR检测技术体系的构建,为大田生产中受SPFMV和SPCSV共侵染的甘薯病毒病的预防提供技术支持。 展开更多
关键词 甘薯 羽状斑驳病毒 矮化退绿病毒 双重RT-PCR 检测技术
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甘薯羽状斑驳病毒(SPFMV)和甘薯褪绿矮化病毒(SPCSV)荧光定量RT-PCR检测方法的建立 被引量:12
2
作者 卢会翔 吕长文 +5 位作者 吴正丹 罗凯 尹旺 杨航 王季春 张凯 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2016年第1期90-102,共13页
【目的】甘薯病毒病(sweet potato virus disease,SPVD)是甘薯上的毁灭性病害之一,严重时可造成90%以上的产量损失。论文旨在对甘薯SPVD染病植株中甘薯羽状斑驳病毒(Sweet potato feathery mottle virus,SPFMV)和甘薯褪绿矮化病毒(Sweet... 【目的】甘薯病毒病(sweet potato virus disease,SPVD)是甘薯上的毁灭性病害之一,严重时可造成90%以上的产量损失。论文旨在对甘薯SPVD染病植株中甘薯羽状斑驳病毒(Sweet potato feathery mottle virus,SPFMV)和甘薯褪绿矮化病毒(Sweet potato chlorotic stunt virus,SPCSV)2种病毒的复合侵染情况进行研究,建立SPVD荧光定量RT-PCR快速检测方法,为SPVD的早期预警和流行学研究提供技术手段。【方法】选取重庆地区具有不同SPVD典型症状的甘薯品种(系)叶片作为试验材料,对其进行症状和SPFMV、SPCSV的硝酸纤维素膜酶联免疫吸附(NCM-ELISA)检测;对供试材料叶片中的SPFMV外壳蛋白CP和SPCSV热激蛋白HSP70核苷酸序列进行克隆和序列分析,根据保守核苷酸序列设计荧光定量RT-PCR检测引物。以甘薯泛素(ubiquitin,UBI)和组蛋白(histone,H2B)编码基因为内参对供试样品进行荧光定量RT-PCR检测,与感染SPVD典型症状和NCM-ELISA检测结果进行比较,并对取自不同甘薯品种(系)、相同品种(系)不同单株以及相同植株不同部位叶片检测结果进行比较,筛选可快速、精确、定量检测SPVD的荧光定量RT-PCR检测方法。【结果】症状学诊断表明不同甘薯品种(系)的感病叶片可能表现出不同的典型症状特点,同一品种(系)的不同感病植株感病症状相似但也存在差异。序列分析结果表明供试材料中SPFMV至少存在2个株系类型(RC和EA),SPCSV至少存在1个株系类型(WA)。在15份供试材料中,10份材料由NCM-ELISA和荧光定量RT-PCR均检测到SPFMV和SPCSV的共同感染,且荧光定量RT-PCR检测结果与发病症状和NCM-ELISA检测结果相吻合,其检测结果可准确反映甘薯SPVD染病植株中2种病毒复合侵染情况。荧光定量RT-PCR检测结果还表明,不同品种(系)或相同品种(系)不同单株病叶中SPFMV CP与SPCSV HSP70转录水平存在差异;相同植株顶端幼嫩叶片和中部成熟叶片中SPFMV CP与SPCSV HSP70转录水平也存在差异。染病材料中SPFMV中CP转录水平均相对较高,是SPCSV的HSP70转录水平的3—556倍。4份材料经NCM-ELISA检测只有SPFMV而没有SPCSV感染,而荧光定量RT-PCR还可检测到其中2份材料中SPCSV HSP70转录水平,说明这2份材料中也存在SPFMV和SPCSV的共同感染,表明荧光定量RT-PCR比NCM-ELISA检测结果更灵敏、准确。【结论】筛选出可利用SPFMV CP与SPCSV HSP70转录水平进行检测的荧光定量RT-PCR检测引物,建立了SPVD荧光定量RT-PCR快速检测方法,为SPVD针对性地监测预警提供了极为有效的方法。在建立甘薯SPVD防御体系时,需综合考虑2种甘薯病毒的共侵染特性和甘薯品种差异,采取针对性的监测和预警机制。 展开更多
关键词 甘薯羽状斑驳病毒 甘薯褪绿矮化病毒 甘薯病毒病 荧光定量RT-PCR NCM-ELISA
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甘薯主要病毒病及脱毒对块根产量和品质的影响 被引量:24
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作者 张立明 王庆美 +1 位作者 马代夫 王毅 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第2期316-320,共5页
1998~2000年利用酶联免疫吸附测定 ELISA 方法对黄淮薯区1580份甘薯样品的测定结果表明:SPFMV和SPLV是普遍存在的两种主要甘薯病毒,感染幅度分别达到20.8%~100%和2.1%~90%,SPMMV,SPCEM,C-6,SPTSV病毒在上述部分地区存在,SPCSV病毒首... 1998~2000年利用酶联免疫吸附测定 ELISA 方法对黄淮薯区1580份甘薯样品的测定结果表明:SPFMV和SPLV是普遍存在的两种主要甘薯病毒,感染幅度分别达到20.8%~100%和2.1%~90%,SPMMV,SPCEM,C-6,SPTSV病毒在上述部分地区存在,SPCSV病毒首次在国内检测出,感染率达到8.9%.同期的标准对比试验表明脱毒种薯可显著提高鲜薯产量和商品率,7个品种鲜薯平均增产38.4%,增产幅度11.3%~92.0%,商品率 薯块大中薯率 提高23.05%,但脱毒对薯块干物质含量无显著影响.山东30处调查结果分析表明脱毒种薯随代数的增加增产幅度逐步降低,脱毒后春、夏薯产量在前3年分别平均年降低5.8%和11.7%. 展开更多
关键词 甘薯 spfmv SPLV SPCSV 产量 商品率 干物质含量 种植代数
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河南省甘薯病毒病发生情况调查 被引量:17
4
作者 张振臣 靳秀兰 +2 位作者 乔奇 刘顺卿 王健 《河南农业科学》 CSCD 1999年第4期3-4,共2页
编者按甘薯病毒病是导致甘薯种性退化、产量下降、品质变劣的重要原因,每年给我省造成近20亿元的经济损失。利用生物技术培育的脱毒甘薯不仅产量大幅度提高,而且薯块商品率和出干率也明显提高。我省普及种植脱毒甘薯,每年可增加鲜... 编者按甘薯病毒病是导致甘薯种性退化、产量下降、品质变劣的重要原因,每年给我省造成近20亿元的经济损失。利用生物技术培育的脱毒甘薯不仅产量大幅度提高,而且薯块商品率和出干率也明显提高。我省普及种植脱毒甘薯,每年可增加鲜薯50亿kg,增加产值20亿元以上... 展开更多
关键词 河南 甘薯病毒病 spfmv SPLV TMV
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甘薯羽状斑驳病毒和甘薯褪绿矮化病毒检测方法的建立 被引量:1
5
作者 陈涛 薛婷 +3 位作者 杨志坚 陈选阳 陈由强 陈建楠 《福建农业科技》 CAS 2023年第6期11-21,共11页
为了建立甘薯羽状斑驳病毒(Sweet potato feathery mottle virus,SPFMV)和甘薯矮化褪绿病毒(Sweet potato chlorotic stunt virus,SPCSV)的逆转录环介导等温扩增(RT-LAMP)检测方法,提高检测灵敏度,实现结果的可视化。根据SPFMV外壳蛋白... 为了建立甘薯羽状斑驳病毒(Sweet potato feathery mottle virus,SPFMV)和甘薯矮化褪绿病毒(Sweet potato chlorotic stunt virus,SPCSV)的逆转录环介导等温扩增(RT-LAMP)检测方法,提高检测灵敏度,实现结果的可视化。根据SPFMV外壳蛋白基因(CP)的核苷酸序列和SPCSV的热休克蛋白基因(Hsp 70)的核苷酸序列设计4条RT-LAMP特异性引物,采取单因素优化试验,对RT-LAMP反应体系中的多个因素包括时间、温度、BST聚合酶、Mg^(2+)、RNase抑制剂、dNTPs和Betaine浓度优化,恒温扩增60 min。经琼脂糖凝胶电泳分析,SYBR Green I可视化显色,结果表明:SPFMV的优化反应体系为:FIP/BIP 2μL、F3/B30.5μL、BST聚合酶1.0μL、dNTPs 0.6μL、MgSO 41.5μL、RNase抑制剂1.0μL、Betaine 7μL,62℃60 min。SPCSV的优化反应体系为:FIP/BIP 2μL、F3/B30.5μL、BST聚合酶1.0μL、dNTPs 0.6μL、MgSO 41.5μL、RNase抑制剂1.2μL、Betaine 7μL,64℃60 min。进一步利用SPFMV全基因组的4个片段(SPFMV-1、SPFMV-2、SPFMV-3、SPFMV-4)、SPCSV-Hsp 70和RGNNV进行特异性检验,分别建立了SPFMV和SPCSV的特异性RT-LAMP检测方法,扩增出了具有RT-LAMP的典型瀑布状条带,与凝胶电泳和SYBR Green I显色结果一致,SPFMV和SPCSV的灵敏度检测下限分别为:1×10^(-6)、1×10^(-3)ng·μL^(-1),该方法检测灵敏度高,实现了结果的可视化。对田间甘薯苗和离体组织培养甘薯苗进行检测验证,SPFMV-RT-LAMP检测方法成功率为100%,SPCSV-RT-LAMP检测方法的成功率为95%,表明研发的SPFMV和SPCSV的RT-LAMP检测方法适用于SPFMV和SPCSV的快速检测。 展开更多
关键词 甘薯 甘薯羽状斑驳病毒(spfmv) 甘薯矮化褪绿病毒(SPCSV) 环介导等温扩增技术(RT-LAMP) 建立
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3种甘薯病毒多重RT-PCR检测方法的建立 被引量:15
6
作者 张业辉 张振臣 +4 位作者 蒋士君 秦艳红 张德胜 乔奇 王永江 《植物病理学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第1期95-98,共4页
A multiplex reverse transcription polymerase chain reaction (multiplex RT-PCR) method was developed for the simultaneous detection and discrimination of three sweet potato potyviruses: Sweet potato feathery mottle vir... A multiplex reverse transcription polymerase chain reaction (multiplex RT-PCR) method was developed for the simultaneous detection and discrimination of three sweet potato potyviruses: Sweet potato feathery mottle virus(SPFMV),Sweet potato latent virus (SPLV) and Sweet potato virus G (SPVG). Three compatible sets of primers specific for each virus were designed in conserved regions of the coat protein (CP) gene for use in multiplex RT-PCR assay, and producing three distinct fragments 300, 420, and 600 bp, indicating the presence of SPFMV, SPLV and SPVG respectively. The individual RT-PCR assays and the multiplex assay were optimized for highest sensitivity and specificity. This study fulfilled the need for rapid and specific sweet potato potyvirus diagnostic tool and that also had the potential for investigating the epidemiology of sweet viral diseases. 展开更多
关键词 甘薯羽状斑驳病毒 潜隐病毒 PCR检测方法 virus 马铃薯Y病毒属 多重 混合侵染 种性退化
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我国发现由甘薯褪绿矮化病毒和甘薯羽状斑驳病毒协生共侵染引起的甘薯病毒病害 被引量:66
7
作者 张振臣 乔奇 +2 位作者 秦艳红 张德胜 田雨婷 《植物病理学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第3期328-333,共6页
甘薯病毒病害(Sweet potato virus disease,SPVD)是由毛形病毒属(Crinivirus)的甘薯褪绿矮化病毒(Sweet potato chlorotic stunt virus,SPCSV)和马铃薯Y病毒属(Potyvirus)的甘薯羽状斑驳病毒(Sweet potato feathery mottle vir... 甘薯病毒病害(Sweet potato virus disease,SPVD)是由毛形病毒属(Crinivirus)的甘薯褪绿矮化病毒(Sweet potato chlorotic stunt virus,SPCSV)和马铃薯Y病毒属(Potyvirus)的甘薯羽状斑驳病毒(Sweet potato feathery mottle virus,SPFMV)协生共侵染甘薯引起的病毒病害[1]。 展开更多
关键词 甘薯羽状斑驳病毒 病毒病害 矮化病毒 侵染 virus 马铃薯Y病毒属
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反向斑点杂交法快速检测甘薯羽状斑驳病毒和甘薯G病毒 被引量:14
8
作者 何海旺 何虎翼 +5 位作者 谭冠宁 刘义明 何新民 唐洲萍 李丽淑 王晖 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第1期43-48,共6页
【目的】以克隆得到的甘薯羽状斑驳病毒(Sweet potato feathery mottle virus,SPFMV)和甘薯G病毒(Sweet potato virus G,SPVG)基因片段为探针建立反向斑点杂交技术体系,应用于甘薯组培脱毒苗带毒情况检测,为生产优质甘薯组培脱毒苗提供... 【目的】以克隆得到的甘薯羽状斑驳病毒(Sweet potato feathery mottle virus,SPFMV)和甘薯G病毒(Sweet potato virus G,SPVG)基因片段为探针建立反向斑点杂交技术体系,应用于甘薯组培脱毒苗带毒情况检测,为生产优质甘薯组培脱毒苗提供保障。【方法】根据已公布的侵染甘薯的SPFMV和SPVG的核苷酸序列设计两对特异引物,以RT-PCR法从染病的甘薯叶片扩增SPFMV和SPVG的两个片段,并以克隆到的两个病毒片段及内参基因Actin片段为探针建立反向斑点杂交体系。【结果】分别克隆出长度约310和500 bp的片段,经BLAST比对,所获得的310 bp片段为SPFMV的外壳蛋白基因片段,同源性为97%,500 bp片段为SPVG的外壳蛋白基因片段,同源性为99%。分别用带有SPFMV和SPVG片段的重组质粒pUC-SPFMV和pUC-SPVG进行反向斑点杂交,发现不同病毒能获得单一信号,无交叉现象。以染病甘薯和脱毒甘薯苗为样品,用该种病毒的探针进行反向斑点杂交,染病植株样品中能获得单一信号,而脱毒苗甘薯样品未见任何信号,杂交结果与RT-PCR检测结果一致。【结论】用建立的反向斑点杂交技术体系能有效检测甘薯中的SPFMV和SPVG,无交叉信号,可用于甘薯组培脱毒苗的前期检测。 展开更多
关键词 甘薯 甘薯羽状斑驳病毒 甘薯G病毒毒 病毒检测 反向斑点杂交技术
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3种甘薯病毒多重PCR检测方法的建立与应用 被引量:4
9
作者 李文宗 梁鑫 +2 位作者 杨露露 王润豪 王磊 《安徽农业科学》 CAS 2022年第22期89-93,126,共6页
针对甘薯卷叶病毒(SPLCV)、甘薯羽状斑驳病毒(SPFMV)、甘薯褪绿矮化病毒(SPCSV)的外壳蛋白(CP)基因序列,设计了3种病毒的3对特异性引物,扩增大小分别为180、295、774 bp,通过对引物添加量、退火温度、循环数等反应条件的优化,完善了能... 针对甘薯卷叶病毒(SPLCV)、甘薯羽状斑驳病毒(SPFMV)、甘薯褪绿矮化病毒(SPCSV)的外壳蛋白(CP)基因序列,设计了3种病毒的3对特异性引物,扩增大小分别为180、295、774 bp,通过对引物添加量、退火温度、循环数等反应条件的优化,完善了能同时扩增出SPLCV、SPFMV、SPCSV 3种病毒的多重PCR体系,可以实现同时对甘薯3种病毒104拷贝水平的检测,并具有良好的特异性。利用该技术体系,对不同田间样品进行了检测,PCR产物测序表明,3种病毒序列与已知的参考序列同源率一致性分别达到94%、94%、97%及以上。建立能够同时进行3种病毒检测的多重PCR检测技术体系,可以快速准确地进行甘薯脱毒苗病毒检测和田间样品的诊断。 展开更多
关键词 甘薯 甘薯卷叶病毒(SPLCV) 甘薯羽状斑驳病毒(spfmv) 甘薯褪绿矮化病毒(SPCSV) 多重PCR
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甘薯羽状斑驳病毒RT-LAMP快速检测方法的建立 被引量:16
10
作者 姜珊珊 冯佳 +4 位作者 张眉 王升吉 辛志梅 吴斌 辛相启 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2018年第7期1294-1302,共9页
【目的】甘薯羽状斑驳病毒(Sweet potato feathery mottle virus,SPFMV)侵染甘薯造成重要危害,本研究旨在利用反转录环介导等温扩增技术(reverse transcription loop-mediated isothermal amplification,RT-LAMP)建立一种快速、高效检测... 【目的】甘薯羽状斑驳病毒(Sweet potato feathery mottle virus,SPFMV)侵染甘薯造成重要危害,本研究旨在利用反转录环介导等温扩增技术(reverse transcription loop-mediated isothermal amplification,RT-LAMP)建立一种快速、高效检测SPFMV的方法。【方法】从Gen Bank上获得SPFMV外壳蛋白(coat protein,CP)基因的核苷酸序列,利用Primer Explorer V4设计4条RT-LAMP特异性引物SPFMV-FIP(5′-TAAGCGCGGCTGCC TTCATC-CATTCAACCACCCCTGCA-3′)、SPFMV-BIP(5′-TCGGTTGTTTGGTTTGGACGGA-ATCAGTTGTCGTGTGCCTC-3′)、SPFMV-F3(5′-GAGTCTTGCGCGATATGCA-3′)和SPFMV-B3(5′-ACCCCTCATTCCTAAGAGGT-3′),同时设计2条反转录聚合酶链反应(reverse transcription polymerase chain reaction,RT-PCR)的特异性引物SPFMV-F(5′-TCTAATGAGAACACTGAA TT-3′)和SPFMV-R(5′-TTGCACACCCCTCATTCCTAAG-3′)。分别设置F3/B3﹕FIP/BIP引物浓度比(1﹕1、1﹕2、1﹕4、1﹕6、1﹕8和1﹕10),d NTPs浓度梯度(0.025、0.125、0.225、0.325、0.425、0.525、0.625、0.725和0.825mmol·L-1),Betaine浓度梯度(0.4、0.7、1.0、1.3和1.6 mol·L-1),反应温度(59、61、63、65、67和69℃)和反应时间(20、30、40、50、60、70、80和90 min),对RT-LAMP反应体系各条件进行优化,确定最佳反应体系。通过测序及酶切对RT-LAMP产物进行鉴定。以携带SPFMV、甘薯C病毒(Sweet potato virus C,SPVC)、甘薯褪绿矮化病毒(Sweet potato chlorotic stunt virus,SPCSV)、甘薯病毒2(Sweet potato virus 2,SPV2)、甘薯潜隐病毒(Sweet potato latent virus,SPLV)、甘薯G病毒(Sweet potato virus G,SPVG)、甘薯褪绿斑病毒(Sweet potato chlorotic fleck virus,SPCFV)和健康甘薯叶片的总RNA为模板,分别进行RT-LAMP和RT-PCR特异性检测;带有SPFMV的甘薯总RNA进行10倍梯度稀释,以RNA原液、10-1、10-2、10-3、10-4、10-5、10-6和10-7稀释液为模板进行RT-LAMP和RT-PCR灵敏度测定。最后利用优化的RT-LAMP体系对山东省多地采集的SPFMV疑似病样进行检测,加入SYBR green I进行可视化检测。【结果】建立了SPFMV的RT-LAMP快速特异性检测方法,优化的反应体系:引物SPFMV-FIP/SPFMV-BIP为0.8μmol·L-1,SPFMV-F3/SPFMV-B3为0.2μmol·L-1,d NTPs为0.325mmol·L-1,Betaine为1 mol·L-1;65℃反应70 min。特异性试验显示本研究建立的RT-LAMP只对携带SPFMV的RNA能够扩增出典型的梯状条带。RT-LAMP最低可检测的RNA浓度为121.6×10-4 ng·μL-1,而RT-PCR最低能检测的RNA浓度为121.6×10-3 ng·μL-1,表明RT-LAMP的灵敏度比RT-PCR高10倍。田间样品检测,RT-LAMP扩增结果与可视化检测结果一致,表明本研究建立的RT-LAMP快速检测方法可有效应用到SPFMV的田间检测。【结论】建立的RT-LAMP快速检测方法灵敏度高、特异性好,适用于SPFMV的田间快速检测。 展开更多
关键词 甘薯 甘薯羽状斑驳病毒 反转录环介导等温扩增技术 检测
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甘薯羽状斑驳病毒和褪绿矮化病毒双重RT-PCR检测方法的建立 被引量:9
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作者 许泳清 李华伟 +6 位作者 邱思鑫 刘中华 邱永祥 罗文彬 纪荣昌 汤浩 余华 《福建农业学报》 CAS 2014年第11期1114-1117,共4页
根据GenBank中公布的甘薯羽状斑驳病毒(Sweet potato feathery mottle virus,SPFMV)外壳蛋白(CP)基因和甘薯褪绿矮化病毒(Sweet potato chlorotic stunt virus,SPCSV)热激蛋白(Hsp70)基因序列保守区域设计了2对特异性引物,通过RT-PCR反... 根据GenBank中公布的甘薯羽状斑驳病毒(Sweet potato feathery mottle virus,SPFMV)外壳蛋白(CP)基因和甘薯褪绿矮化病毒(Sweet potato chlorotic stunt virus,SPCSV)热激蛋白(Hsp70)基因序列保守区域设计了2对特异性引物,通过RT-PCR反应程序的优化,建立了能同时检测SPFMV和SPCSV的双重PCR检测体系。该检测体系能够1次扩增出SPFMV和SPCSV的特异性片段,片段大小为461bp和304bp,测序结果表明,2种病毒序列与参考序列的同源性达93%以上。 展开更多
关键词 甘薯 甘薯羽状斑驳病毒 甘薯褪绿矮化病毒 双重RT-PCR
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甘薯病毒多重RT-PCR检测方法的建立 被引量:8
12
作者 蒋素华 牛苏燕 +3 位作者 梁芳 王默霏 袁秀云 崔波 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2020年第9期2957-2962,共6页
为了快速进行甘薯病毒田间检测和脱毒苗诊断,该研究建立了一个能够同时检测SPCSV、SPLV和SPFMV这3种病毒的多重RT-PCR检测方法。根据GenBank公示的甘薯病毒基因序列来设计3种甘薯病毒的引物,分别对模板浓度、退火温度、Mg2+浓度和循环... 为了快速进行甘薯病毒田间检测和脱毒苗诊断,该研究建立了一个能够同时检测SPCSV、SPLV和SPFMV这3种病毒的多重RT-PCR检测方法。根据GenBank公示的甘薯病毒基因序列来设计3种甘薯病毒的引物,分别对模板浓度、退火温度、Mg2+浓度和循环次数进行优化,同时对模板浓度进行10倍梯度稀释,检测多重RT-PCR灵敏度。结果显示,模板浓度为19 ng/μL、退火温度为52℃、Mg2+浓度为0 mmol/L、循环次数为40次时,可以同时扩增出大小为276 bp、570 bp、425 bp三种病毒的基因片段,多重RT-PCR检测灵敏度为10-4,单一RT-PCR检测灵敏度为10-3,多重RT-PCR检测灵敏度是单一RT-PCR的10倍。该研究使用优化的多重RT-PCR检测技术可获得稳定、灵敏、准确、高效地和同时地检测田间复合侵染的3种甘薯病毒。 展开更多
关键词 甘薯病毒检测 多重RT-PCR 甘薯羽状斑驳病毒 甘薯潜隐病毒 甘薯褪绿矮化
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甘薯羽状斑驳病毒实时荧光定量PCR检测方法的建立 被引量:12
13
作者 王丽 王振东 +6 位作者 乔奇 秦艳红 张德胜 田雨婷 王爽 张立军 张振臣 《沈阳农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第2期129-135,共7页
依据甘薯羽状斑驳病毒(Sweet potato feathery mottle virus,SPFMV)外壳蛋白(CP)基因的保守区设计引物和TaqMan探针,经过对反应体系和反应条件的优化,建立了特异、灵敏、高效的SPFMV实时荧光定量PCR检测方法。试验结果表明:该方法能检... 依据甘薯羽状斑驳病毒(Sweet potato feathery mottle virus,SPFMV)外壳蛋白(CP)基因的保守区设计引物和TaqMan探针,经过对反应体系和反应条件的优化,建立了特异、灵敏、高效的SPFMV实时荧光定量PCR检测方法。试验结果表明:该方法能检测到目的病毒,标准曲线的斜率和相关系数分别为-3.307和0.998,扩增效率为100.6%。最低可检测到约5.46个拷贝的阳性质粒,灵敏度比常规PCR高2个数量级。建立的实时荧光定量PCR方法可用于田间样品的检测,为SPFMV的早期预警和流行学研究提供了技术手段。 展开更多
关键词 甘薯羽状斑驳病毒 实时定量PCR 荧光探针
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甘薯病毒病害(SPVD)的多重RT-PCR检测方法及其应用 被引量:21
14
作者 张盼 兰新芝 +5 位作者 乔奇 张德胜 秦艳红 田雨婷 王爽 张振臣 《植物保护》 CAS CSCD 北大核心 2013年第2期86-90,100,共6页
根据甘薯褪绿矮化病毒(Sweet potato chlorotic stunt virus,SPCSV)热激蛋白(Hsp70)基因和甘薯羽状斑驳病毒(Sweet potato feathery mottle virus,SPFMV)外壳蛋白(CP)基因核苷酸序列的保守区域设计了4对引物,以单一RT-PCR反应体系为基础... 根据甘薯褪绿矮化病毒(Sweet potato chlorotic stunt virus,SPCSV)热激蛋白(Hsp70)基因和甘薯羽状斑驳病毒(Sweet potato feathery mottle virus,SPFMV)外壳蛋白(CP)基因核苷酸序列的保守区域设计了4对引物,以单一RT-PCR反应体系为基础,分别对影响多重RT-PCR扩增的退火温度、Taq DNA聚合酶浓度、dNTPs浓度、Mg2+浓度、引物浓度等条件进行了优化,建立了能同时检测SPVD两种病原的多重RT-PCR方法。该方法能有效区分SPFMV的主要株系类型。灵敏性试验表明,建立的多重RT-PCR方法对SPFMV-CH2、SPFMV-CH和SPCSV的最低检测浓度分别为1.42×104、1.32×104拷贝/μL和2.47×104拷贝/μL。该方法可用于甘薯叶片和薯块中病毒的检测,为SPVD的监测预警提供了一个有用的工具。 展开更多
关键词 甘薯病毒病害 甘薯羽状斑驳病毒 甘薯褪绿矮化病毒 多重RT-PCR
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甘薯羽状斑驳病毒外壳蛋白基因的分子变异 被引量:6
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作者 王晓华 张振臣 +3 位作者 乔奇 秦艳红 张德胜 田雨婷 《植物保护》 CAS CSCD 北大核心 2012年第2期114-116,123,共4页
应用单链构象多态性(single-strand conformation polymorphism,SSCP)技术结合核苷酸序列测定的方法,对我国甘薯主产区11个省份的甘薯羽状斑驳病毒(Sweet potato feathery mottle virus,SPFMV)外壳蛋白(CP)基因的分子变异情况进行了研... 应用单链构象多态性(single-strand conformation polymorphism,SSCP)技术结合核苷酸序列测定的方法,对我国甘薯主产区11个省份的甘薯羽状斑驳病毒(Sweet potato feathery mottle virus,SPFMV)外壳蛋白(CP)基因的分子变异情况进行了研究。结果表明,SPFMV CP基因的RT-PCR产物表现了较丰富的图谱类型,50个分离物共产生9种主要的SSCP带型;对显示不同带型的20个样品的CP基因进行了序列测定和进化树分析,CP基因核苷酸序列一致性为77.2%~99.9%。说明这些样品的SPFMV的CP基因存在较大的分子变异,可划分为EA、RC、O和C 4个株系。 展开更多
关键词 甘薯羽状斑驳病毒 外壳蛋白基因 分子变异 SSCP分析
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甘薯羽状斑驳病毒O株系和RC株系中国分离物全基因组序列分析及其遗传特征 被引量:4
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作者 秦艳红 王永江 +4 位作者 王爽 乔奇 田雨婷 张德胜 张振臣 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2020年第11期2207-2218,共12页
【目的】对甘薯羽状斑驳病毒(Sweet potato feathery mottle virus,SPFMV)O株系中国分离物(SPFMV-O-Ch1)和RC株系中国分离物(SPFMV-RC-Ch1)的基因组全序列进行克隆,明确SPFMV-O-Ch1和SPFMV-RC-Ch1的基因组结构特征及其遗传变异情况,为... 【目的】对甘薯羽状斑驳病毒(Sweet potato feathery mottle virus,SPFMV)O株系中国分离物(SPFMV-O-Ch1)和RC株系中国分离物(SPFMV-RC-Ch1)的基因组全序列进行克隆,明确SPFMV-O-Ch1和SPFMV-RC-Ch1的基因组结构特征及其遗传变异情况,为研究甘薯羽状斑驳病毒的致病机制打下基础。【方法】根据GenBank中登录的SPFMV基因组全序列设计2对简并引物和3对特异性引物,利用RT-PCR方法,从感染SPFMV的甘薯叶片中扩增SPFMV O株系和RC株系中国分离物的基因组全长序列,将目的片段分别克隆到pMD19-T载体上,经序列测定、分析和拼接,获得SPFMV-O-Ch1和SPFMV-RC-Ch1的全序列,利用DNAMAN和MEGA7对SPFMV基因组全序列及不同编码区序列进行遗传变异和系统进化树分析,利用RDP软件分析SPFMV基因组重组情况。【结果】经序列测定和拼接,结果表明SPFMV-O-Ch1和SPFMV-RC-Ch1基因组分别包含10922和10851 nt,均包含一个开放阅读框,分别由10557和10482 nt组成,编码一个多聚蛋白,分别由3518和3493个氨基酸残基组成。两个分离物均在P1蛋白内编码一个P1N-PISPO蛋白,在P3蛋白内编码一个P3N-PIPO蛋白。基因组全序列核苷酸一致性分析表明,SPFMV-O-Ch1与SPFMV-RC-Ch1的一致性为87.3%,与GenBank登录的其他分离物基因组全序列一致性为86.0%—95.8%,与Ruk73分离物的一致性最高,为95.8%,与11-1分离物的一致性最低,为86.0%。SPFMV-RC-Ch1与GenBank登录的其他分离物基因组全序列一致性为85.9%—98.7%,与IS90分离物的一致性最高,为98.7%,与Aus1-2B分离物的一致性最低,为85.9%。基于多聚蛋白基因核苷酸序列的遗传进化树分析表明,SPFMV-O-Ch1与Ordinary、10-O和17-O等O株系的分离物形成一个分支,SPFMV-RC-Ch1与S、IS90和CW137等RC株系的分离物形成一个分支。重组分析结果表明,O-Ch1分离物中发现3个重组事件,分别发生在7731—9710、135—10012和4825—6948 nt,RC-Ch1没有发现重组事件。【结论】我国的SPFMV-O-Ch1和SPFMV-RC-Ch1分离物的基因组结构与其他分离物相同,O-Ch1与O株系分离物一致性较高,RC-Ch1与RC株系分离物一致性较高,O-Ch1分离物检测到3个重组事件,RC-Ch1未发现重组事件。 展开更多
关键词 甘薯羽状斑驳病毒 株系 全基因组序列 遗传变异 重组分析
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甘薯羽状斑驳病毒分离物的基因组3′-末端序列测定与分析 被引量:5
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作者 林林 陈炯 +1 位作者 郑红英 陈剑平 《浙江农业学报》 CSCD 2003年第4期211-214,共4页
采用马铃薯Y病毒属通用引物,从甘薯羽状斑驳病毒(SPFMV)山东济南分离物和浙江杭州分离物基因组3′ 末端扩增到一个含1814个核苷酸的序列,序列号分别为AJ310201和AJ310202。两个序列均包括NIb基因部分序列(nts1 645)、外壳蛋白基因(nts64... 采用马铃薯Y病毒属通用引物,从甘薯羽状斑驳病毒(SPFMV)山东济南分离物和浙江杭州分离物基因组3′ 末端扩增到一个含1814个核苷酸的序列,序列号分别为AJ310201和AJ310202。两个序列均包括NIb基因部分序列(nts1 645)、外壳蛋白基因(nts646 1590)和3′ UTR(nts1594-1814),3′ 末端具有典型的poly(A)尾。外壳蛋白基因核苷酸系统进化树分析和氨基酸分析表明,以前对一些SPFMV分离物的命名有待商榷,一些相关性较强的分离物可分为3个进化主要群体,我国两个分离物属于第二群体。 展开更多
关键词 甘薯羽状斑驳病毒 分子鉴定 基因序列测定
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四川省甘薯病毒的研究 被引量:3
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作者 阎文昭 王大一 +2 位作者 汤卫 谢红 张莉 《西南农业学报》 CSCD 1993年第1期75-81,共7页
利用指示植物巴西牵牛接种传毒试验及电镜负染检测,从我省表现斑驳花叶与明脉症状的甘薯病毒样品中,首次分离出甘薯羽状斑驳病毒。笔者采用5种病毒抗体(IgG)、两种血清学方法(DAS-ELISA和NCM-ELISA),对四川成都、绵阳、南充、内江等地的... 利用指示植物巴西牵牛接种传毒试验及电镜负染检测,从我省表现斑驳花叶与明脉症状的甘薯病毒样品中,首次分离出甘薯羽状斑驳病毒。笔者采用5种病毒抗体(IgG)、两种血清学方法(DAS-ELISA和NCM-ELISA),对四川成都、绵阳、南充、内江等地的158份甘薯病毒样品进行了检测,结果表明,四川以上地区的甘薯普遍存在甘薯羽状斑驳病毒(SPFMV)和甘薯潜隐病毒(SPLV)。应用脱毒苗露地栽培和小区产量对比试验证明,脱毒甘薯增产效果较稳定;笔者对甘薯茎尖脱毒及组织培养方法进行了探索。 展开更多
关键词 甘薯 病毒 四川
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甘薯4种RNA病毒多重RT-PCR检测方法的建立 被引量:7
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作者 冯丽婷 张剑峰 迟胜起 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2022年第4期206-211,共6页
针对甘薯生产上发生为害严重的甘薯RNA病毒-甘薯羽状斑驳病毒(SPFMV)、甘薯褪绿矮化病毒(SPCSV)、甘薯G病毒(SPVG)和甘薯C病毒(SPVC),建立了多重RT-PCR检测方法。首先根据GenBank中收录的这些病毒的外壳蛋白(CP)基因的保守序列,利用Prem... 针对甘薯生产上发生为害严重的甘薯RNA病毒-甘薯羽状斑驳病毒(SPFMV)、甘薯褪绿矮化病毒(SPCSV)、甘薯G病毒(SPVG)和甘薯C病毒(SPVC),建立了多重RT-PCR检测方法。首先根据GenBank中收录的这些病毒的外壳蛋白(CP)基因的保守序列,利用Premier 5.0软件分别设计并合成了上述4种病毒的特异性引物;以4种病毒的下游特异性引物合成的cDNA为模板,在同一体系中同时加入上述4种甘薯病毒引物进行PCR扩增,初步建立这4种甘薯RNA病毒的最佳多重RT-PCR体系;通过对该多重RT-PCR体系的退火温度、延伸时间、dNTPs量、模板量、引物浓度等条件的优化,建立了能够同时检测这4种甘薯RNA病毒的最优四重RT-PCR检测体系,并对优化的多重RT-PCR体系进行了挑战测试和灵敏度测试。试验结果显示,优化的多重RT-PCR体系,各病毒引物之间不会出现交叉干扰,所扩增的4条目的条带清晰,能够明确区分上述4种甘薯病毒;挑战检测和灵敏度测试显示,此检测体系特异性强且灵敏度高。所建立的上述4种甘薯RNA病毒的多重RT-PCR检测方法能同时检测4种甘薯病毒,不仅准确灵敏,而且降低了检测成本,提高了病毒检测效率。 展开更多
关键词 甘薯 spfmv SPCSV SPVG SPVC 多重RT-PCR
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甘薯羽状斑驳病毒海南分离物全基因组序列克隆及分析 被引量:1
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作者 李嘉莹 沈文涛 +4 位作者 庹德财 朱国鹏 黎小瑛 言普 周鹏 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2020年第8期2445-2451,共7页
为了明确海南本地甘薯羽状斑驳病毒(sweet potato feathery mottle virus,SPFMV)种群的遗传进化关系及致病机理,本研究利用Small RNA测序技术对采自海南的甘薯样品进行鉴定,获得与SPFMV序列具有相似性的85个contigs,与NC_001841相似性... 为了明确海南本地甘薯羽状斑驳病毒(sweet potato feathery mottle virus,SPFMV)种群的遗传进化关系及致病机理,本研究利用Small RNA测序技术对采自海南的甘薯样品进行鉴定,获得与SPFMV序列具有相似性的85个contigs,与NC_001841相似性较高。试验设计了5对共8条引物,分别为SPFMV-1F/1R、SPFMV-11F/1R、SPFMV-2F/2R、SPFMV-3F/3R和SPFMV-3F/33R PCR,扩增获得3987 bp、3710 bp、1996 bp、3369 bp和4730 bp目的片段。在此基础上再分段设计引物,进行基因全序列PCR扩增,序列拼接获得SPFMV-HN基因组全序列,其包含完整编码阅读框。本研究结果首次报道SPFMV海南分离物基因组全长,并且在P1区预测到另一个外框元件(pretty interesting sweet potato potyviral ORF,PISPO),聚合酶滑移机制可以产生带有额外核苷酸的转录变体,这些核苷酸可以翻译为P1N-PISPO和P3N-PIPO。本研究结果为进一步探究SPFMV致病分子机理和培育抗病甘薯品种奠定研究基础。 展开更多
关键词 甘薯羽状斑驳病毒 SMALL RNA测序技术 全基因测序 序列分析
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