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通用引物SPF1/GP6++与SPF1/GP6+聚合酶链式反应检测多型别人乳头瘤病毒敏感度的比较 被引量：1
1
作者 安国 李勇 +1 位作者 刘彤 郭榕 《肿瘤防治研究》 CAS CSCD 北大核心 2015年第9期882-886,共5页
目的对比通用引物SPF1/GP6++与SPF1/GP6+PCR两种方法检测人乳头瘤病毒(HPV)的敏感度和感染型别范围。方法以包含HPV16全长DNA序列的质粒为模板,应用HPV L1基因型别特异性引物进行PCR扩增,获得15种型别HPV模拟靶基因序列并克隆入p EASY-T... 目的对比通用引物SPF1/GP6++与SPF1/GP6+PCR两种方法检测人乳头瘤病毒(HPV)的敏感度和感染型别范围。方法以包含HPV16全长DNA序列的质粒为模板,应用HPV L1基因型别特异性引物进行PCR扩增,获得15种型别HPV模拟靶基因序列并克隆入p EASY-T1载体,将梯度稀释的重组质粒掺入50 ng正常人基因组DNA,模拟各型别HPV感染的待测样本,对比SPF1/GP6+和SPF1/GP6++两组通用引物的检测敏感度。进一步在68例人宫颈癌组织DNA样本中进行对比验证。结果与SPF1/GP6+PCR比较,SPF1/GP6++PCR对HPV11,31,34,39,51,52,53,56,58,61和66型别的检测敏感度提高了1到2个数量级,对于HPV16,18,33和35常见感染型别的检测敏感度相似。应用SPF1/GP6++PCR检测宫颈癌组织HPV感染的总阳性率为98.5%(67/68),检测到11例双重感染和2例三重感染;而应用SPF1/GP6+PCR检测的总阳性率为95.6%(65/68),仅检测到7例双重感染。结论在SPF1/GP6+PCR基础上建立了SPF1/GP6++PCR方法,并证实SPF1/GP6++PCR具有更高的检测敏感度和更广的HPV型别检测范围。 展开更多
关键词 人乳头瘤病毒 spf1/GP6+ 通用引物 聚合酶链式反应 宫颈癌
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甘薯SPF1转录因子的生物信息学分析 被引量：7
2
作者 李元元 高志强 曹清河 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2017年第4期760-767,共8页
WRKY蛋白是一类植物特有的转录因子超家族,SPF1是第一个从植物(高系14)中克隆的WRKY家族基因。借助生物信息学手段,对甘薯SPF1蛋白组成、结构和功能进行分析预测。结果表明,SPF1编码蛋白含有丰富的丝氨酸位点,并含有2个WRKY保守结构域,... WRKY蛋白是一类植物特有的转录因子超家族,SPF1是第一个从植物(高系14)中克隆的WRKY家族基因。借助生物信息学手段,对甘薯SPF1蛋白组成、结构和功能进行分析预测。结果表明,SPF1编码蛋白含有丰富的丝氨酸位点,并含有2个WRKY保守结构域,分别带有CX_4CX_(22)HXH和CX_4CX_(23)HXH锌指结构,分别形成4个和5个β-折叠片。SPF1和甘薯祖先种Ipomoea trifida WRKY结构域均具有非常保守的WRKYG(Q/K)K氨基酸序列,并且C端WRKY结构域的保守性比N端WRKY结构域的低。系统进化树分析结果显示,蛋白N端和C端的WRKY结构域分属2个不同的分支。蛋白结构预测结果显示,SPF1 WRKY结构区(204~445 aa)处于蛋白三维结构的内侧,形成非亲水性靶标DNA结合区。SPF1作为转录因子,在调控细胞核基因表达的同时,其蛋白N端序列具有叶绿体定位功能。推测SPF1可能参与细胞核和叶绿体的基因表达调控。 展开更多
关键词 甘薯 spf1 转录因子 WRKY结构域
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酵母细胞中碱性应答蛋白Rim101与ESCRT复合物的相互调控作用
3
作者 赵运英 王頔 曹春蕾 《基因组学与应用生物学》 CAS CSCD 北大核心 2019年第6期2574-2584,共11页
本研究采用同源重组、倍比稀释及荧光定位等方法研究了ESCRT基因对Rim101蛋白定位的影响及Rim101其对钙稳态相关基因VNX1和SPF1的调控作用。结果显示,7个ESCRT基因(SNF7, SNF8, VPS20,STP22, VPS25, VPS28和VPS36)的缺失导致GFP-Rim101... 本研究采用同源重组、倍比稀释及荧光定位等方法研究了ESCRT基因对Rim101蛋白定位的影响及Rim101其对钙稳态相关基因VNX1和SPF1的调控作用。结果显示,7个ESCRT基因(SNF7, SNF8, VPS20,STP22, VPS25, VPS28和VPS36)的缺失导致GFP-Rim101不能进入细胞核,VNX1基因的缺失不影响7个ESCRT缺失株对钙离子的敏感性,而SPF1基因的缺失导致7个ESCRT缺失株对钙离子更加敏感。研究表明ESCRT基因不仅调控Rim101的功能也影响其定位,VNX1和SPF1基因是Rim101组成型活性蛋白Rim101-531抑制ESCRT缺失株对钙离子敏感性所必需的,这些研究结果为进一步研究ESCRT的功能提供了基础。 展开更多
关键词 酿酒酵母 Rim101 ESCRT VNX1 spf1
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