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先天性膈疝相关基因的筛选
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作者 熊瑛 董煜 +1 位作者 杨祖菁 古航 《山东医药》 CAS 北大核心 2016年第19期84-86,共3页
目的筛选先天性膈疝的相关基因。方法确诊为先天性膈疝的11例胎儿,出生后使用Affymetrix Cytoscan 750K平台微阵列进行分析。结果仅1例患儿检出基因序列异常,包括268-kb的重复2q33.1、ARR[hg19]2q33.1(201,303,201-201,571,143),一个纯... 目的筛选先天性膈疝的相关基因。方法确诊为先天性膈疝的11例胎儿,出生后使用Affymetrix Cytoscan 750K平台微阵列进行分析。结果仅1例患儿检出基因序列异常,包括268-kb的重复2q33.1、ARR[hg19]2q33.1(201,303,201-201,571,143),一个纯合性缺失的8p11.22、ARR[hg19]8p11.22(39,226,335-39,388,919),以及12p13.33的部分损失、ARR[hg19]12p13.33(1,262,947-1,375,084)。检出5个基因发生序列重复,包括SPATS2L、KCTD18、Shugoshin样蛋白2(SGOL2)、醛氧化酶1(AOX1)、AOX2P;2个基因发生纯合缺失,为ADAM5、ADAM3A;1个基因为ERC1发生了杂合性的部分损失。该患儿母亲为初产妇,合并妊娠期糖尿病,进行微阵列分析未检出基因序列异常。结论筛选出先天性膈疝患儿8个基因发生序列异常,包括SPATS2L、KCTD18、Shugoshin样蛋白2、醛氧化酶1、醛氧化酶2P、ADAM5、ADAM3A和ERC1。这些基因序列异常可能是先天性膈疝的潜在根因素。 展开更多
关键词 膈疝 先天性膈疝 全基因组芯片技术 spats2l KCTD18 Shugoshin样蛋白2 醛氧化酶1 醛氧化酶2P ADAM ERC1
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胃癌中新颖hsa_circ_0003071的特征、功能及预后分析
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作者 黄伟 周新科 +3 位作者 林铭珍 肖瑶 梁敏 姚文霞 《广州医科大学学报》 2022年第3期21-31,共11页
目的:研究胃癌中环状RNA hsa_circ_0003071的基本特征、功能预测及生存预后分析。方法:通过PCR扩增验证胃癌与癌旁组织中hsa_circ_0003071的表达量,利用PCR扩增及一代测序验证hsa_circ_0003071反向剪接位点,利用核糖核酸酶R(RNase R)处... 目的:研究胃癌中环状RNA hsa_circ_0003071的基本特征、功能预测及生存预后分析。方法:通过PCR扩增验证胃癌与癌旁组织中hsa_circ_0003071的表达量,利用PCR扩增及一代测序验证hsa_circ_0003071反向剪接位点,利用核糖核酸酶R(RNase R)处理,细胞质细胞核RNA分离和定量PCR以及蛋白质翻译的潜能分析研究hsa_circ_0003071的基本特征。利用生信方法预测hsa_circ_0003071上微RNA(miRNA)的结合位点以及miRNA的靶基因,并构建circRNA-miRNA-mRNA网络,随后利用基因本体论(GO)及京都基因和基因组百科全书(KEGG)对miRNA的下游靶基因合集进行功能注释。结合生信方法获得hsa_circ_0003071调控的下游关键靶基因在胃癌的生存预后分析。结果:PCR实验证实胃癌中hsa_circ_0003071的表达量显著低于癌旁组织。CircBase注释显示hsa_circ_0003071是由基因SPATS2L转录本NM_001100422中第6号外显子经反向剪接构成,并且PCR扩增和一代测序共同验证了hsa_circ_0003071的反向剪接位点。hsa_circ_0003071可以抵抗RNase R处理,并且主要分布于细胞质。蛋白质翻译分析显示,hsa_circ_0003071具有翻译蛋白的潜能,其开放阅读框可能编码含124个氨基酸的蛋白质。生信预测显示hsa_circ_0003071具有多个miRNA结合位点,取数据库交集的两个miRNA(has-miR-604、has-miR-1205)预测其下游靶基因共148个,随之构建circRNA-miRNA-mRNA调控网络。GO分析结果显示,上述靶基因合集分别在12个生物学过程条目和2个分子功能条目中显著富集;KEGG通路分析结果显示,上述靶基因合集在mRNA监测通路和Hippo信号通路显著富集。结论:本研究分析了胃癌中新型环状RNA hsa_circ_0003071的表达量、反向剪接位点、RNase R酶的抵抗性和主要分布在细胞质等基本特征,从蛋白质翻译、circRNA-miRNA-mRNA调控网络和环状RNA下游调控关键基因在胃癌中的预后生存分析角度为hsa_circ_0003071的功能研究提供了新的方向。 展开更多
关键词 spats2l hsa_circ_0003071 MIRNA 功能预测 预后分析
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