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一种改进的SON-PCR基因扩增方法 被引量:6
1
作者 邓洪渊 王闵霞 +3 位作者 孙雪文 马欣荣 曹婷婷 谭红 《应用与环境生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第6期857-860,共4页
单侧寡聚核苷酸嵌套PCR(single oligonucleotide nested PCR,SON-PCR)是一种简便易行的由已知序列克隆其侧翼序列的方法,但该法的第二轮PCR反应引发效率低,而且得到的产物两端含相同的引物序列,不可直接测序.针对该问题,将第二轮PCR改... 单侧寡聚核苷酸嵌套PCR(single oligonucleotide nested PCR,SON-PCR)是一种简便易行的由已知序列克隆其侧翼序列的方法,但该法的第二轮PCR反应引发效率低,而且得到的产物两端含相同的引物序列,不可直接测序.针对该问题,将第二轮PCR改进为两段式扩增,即先以单侧嵌套引物引发5′端做选择性线性扩增,然后再加入第一轮引物特异引发3′端,使特异性和效率都得到很大提高,并可用PCR产物直接测序.分别用已报道的和改进的SON-PCR法克隆Botrytis cinerea羟甲基戊二酰CoA还原酶基因侧翼序列,后者获得期望结果,证明改进的SON-PCR方法行之有效.国内外尚未见同类报道. 展开更多
关键词 SON—PCR改进的son-pcr 基因扩增
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一种适合扩增枣基因片段侧翼序列的SON-PCR技术 被引量:3
2
作者 谢南南 乔勇 +1 位作者 赵锦 刘孟军 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2011年第4期781-788,共8页
【目的】建立一种适合枣相关基因侧翼序列延伸的SON-PCR技术。【方法】在原有SON-PCR基础上进行改进,将原有SON-PCR第2轮两段式反应改进为两步式,即第2轮首先加入单引物进行单侧嵌套引物引发5′端进行选择扩增,然后以第1步产物为模板,... 【目的】建立一种适合枣相关基因侧翼序列延伸的SON-PCR技术。【方法】在原有SON-PCR基础上进行改进,将原有SON-PCR第2轮两段式反应改进为两步式,即第2轮首先加入单引物进行单侧嵌套引物引发5′端进行选择扩增,然后以第1步产物为模板,以少量的第1轮引物和第2轮引物进行特异性扩增,使特异性和效率进一步加强;将原来第2轮扩增模板浓度调整至10 ng·μL-1左右,以适合枣相关基因侧翼序列扩增。【结果】利用该体系对‘骏枣’1条626 bp的片段进行了侧翼序列扩增,获得了1条934 bp的编码富含亮氨酸重复序列的相关片段;同时以其它2条枣基因片段为起始序列进行了侧翼序列扩增,进一步验证了此技术的通用性。【结论】建立了一种能够快速、高效地扩增枣基因片段侧翼序列的SON-PCR技术。 展开更多
关键词 相关基因 son-pcr 侧翼序列
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用SON-PCR快速获得长鞭红景天CHS基因全长及其序列分析 被引量:3
3
作者 肖燕 杨足君 +1 位作者 李光蓉 任正隆 《植物生理学通讯》 CSCD 北大核心 2008年第1期15-19,共5页
采用单侧寡聚核苷酸嵌套PCR(SON-PCR)方法,从长鞭红景天中扩增得到查尔酮合成酶基因(chalcone synthase,CHS),命名为Rhchs,其序列全长为2 443 bp,包括682 bp的启动子区、957 bp的开放阅读框和3′UTR区。预测序列编码381个氨基酸,其氨基... 采用单侧寡聚核苷酸嵌套PCR(SON-PCR)方法,从长鞭红景天中扩增得到查尔酮合成酶基因(chalcone synthase,CHS),命名为Rhchs,其序列全长为2 443 bp,包括682 bp的启动子区、957 bp的开放阅读框和3′UTR区。预测序列编码381个氨基酸,其氨基酸组成与其他已知的高等植物的查尔酮合成酶具有很高的同源性,与葡萄、山茶花、杜鹃和牵牛的同源性分别为87%、87%、86%和85%。且大部分氨基酸序列保守。序列分析表明,在启动子区域也找到了TATA-box、W-box、G-box like等顺式作用元件。 展开更多
关键词 长鞭红景天 SON—PCR 查尔酮合成酶基因(CHS) 基因克隆 序列分析
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观赏桃查尔酮合成酶基因的克隆及其序列分析 被引量:9
4
作者 林玲 汤浩茹 +4 位作者 陈清 鲁敏 贾慧峰 李英改 张晓楠 《园艺学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第3期581-587,共7页
以观赏桃品种‘红雨垂枝’为试材,采用SON-PCR方法从叶片中快速获得了查尔酮合成酶基因全长序列,命名为PphCHS,GenBank登录号为JN391444,其长度为2353bp,具有一个1140bp的完整开放阅读框(ORF),编码379个氨基酸。氨基酸同源性分析表明,Pp... 以观赏桃品种‘红雨垂枝’为试材,采用SON-PCR方法从叶片中快速获得了查尔酮合成酶基因全长序列,命名为PphCHS,GenBank登录号为JN391444,其长度为2353bp,具有一个1140bp的完整开放阅读框(ORF),编码379个氨基酸。氨基酸同源性分析表明,PphCHS与已报道的其他植物的CHS推导的氨基酸序列具有高达90%以上的相似性;氨基酸聚类分析表明:观赏桃首先与樱桃李聚类,其次与草莓。生物信息学分析表明:PphCHS蛋白含有查尔酮合酶家族的特征多肽序列RLMMYQQG CFAGGTVLR,不含信号肽序列。 展开更多
关键词 观赏桃 查尔酮合成酶基因 son-pcr 克隆
原文传递
猪SelS基因启动子区的克隆及序列分析 被引量:2
5
作者 张宁波 井文倩 李奎 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第6期759-764,共6页
本研究旨在克隆和分析猪硒蛋白S基因(Selenoprotein S,SelS)启动子序列,并初步探讨潜在转录因子结合位点对其表达的影响。通过SON-PCR技术克隆猪SelS基因启动子序列,利用PromoterScan、Promoter 2.0等在线工具预测其启动子特征,利用细... 本研究旨在克隆和分析猪硒蛋白S基因(Selenoprotein S,SelS)启动子序列,并初步探讨潜在转录因子结合位点对其表达的影响。通过SON-PCR技术克隆猪SelS基因启动子序列,利用PromoterScan、Promoter 2.0等在线工具预测其启动子特征,利用细菌脂多糖(Lipopolysaccharides,LPS)刺激PK15细胞,研究NF-kappaB转录因子对猪SelS基因启动子活性的影响。试验获得了猪SelS基因约3kb的启动子序列,部分序列比对发现猪、人、牛和小鼠物种间相似性仅7%~51%。预测猪SelS基因转录起始位点在-398bp,猪和人SelS基因启动子存在系列保守的转录因子结合位点,包括NF-kappaB、CCAAT box、SP1、USF等,但均未发现典型的TATA box。细胞试验表明,NF-kappaB转录因子可以上调猪SelS基因的表达。结果提示,物种间SelS基因启动子相似性较低,但猪和人SelS基因的转录因子非常保守,LPS诱导试验提示,猪SelS基因表达可能受NF-kappaB转录因子的调控。 展开更多
关键词 son-pcr SelS基因 启动子 序列分析
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黑暗链霉菌中新脱氢酶基因的克隆与功能初步研究
6
作者 余永红 倪现朴 +1 位作者 马建荣 夏焕章 《微生物学杂志》 CAS CSCD 2010年第2期63-67,共5页
S.tenebrarius H6主要产生安普霉素、氨甲酰妥布霉素和氨甲酰卡那霉素B,其中后两者仅在3′位有差异。为克隆相关基因,根据已报道的aprD3、livY、gentY基因设计兼并性PCR引物,并采用SON-PCR(singleoligonucleotide nested PCR)方法和LASP... S.tenebrarius H6主要产生安普霉素、氨甲酰妥布霉素和氨甲酰卡那霉素B,其中后两者仅在3′位有差异。为克隆相关基因,根据已报道的aprD3、livY、gentY基因设计兼并性PCR引物,并采用SON-PCR(singleoligonucleotide nested PCR)方法和LASP-PCR(linear amplification single primer PCR)方法,扩增获得部分SCD1基因,Blast分析为短链脱氢酶基因。采用基因阻断技术,使S.tenebrariusH6中SCD1基因失活。与野生菌株相比,变株的抗生素组分和含量几乎没有变化,但变株产孢子能力下降,且产孢子时间推迟,推测该基因与孢子的生成调节相关。 展开更多
关键词 黑暗链霉菌 son-pcr LASP-PCR 短链脱氢酶基因 孢子生成
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大白菜低温胁迫转录因子BcICE1的克隆及表达分析 被引量:8
7
作者 向殿军 殷奎德 +3 位作者 满丽莉 陈温福 赵明辉 徐正进 《分子植物育种》 CAS CSCD 2011年第3期364-369,共6页
本研究采用RT-PCR结合SON-PCR技术从大白菜(Brassica pekinensis)中分离了BcICE1基因的cDNA序列(GenBank登录号为HQ902162)。该基因全长1591bp,含有一个1494bp长的开放阅读框,编码497个氨基酸。序列比对表明,该蛋白C端含有一个典型的bHL... 本研究采用RT-PCR结合SON-PCR技术从大白菜(Brassica pekinensis)中分离了BcICE1基因的cDNA序列(GenBank登录号为HQ902162)。该基因全长1591bp,含有一个1494bp长的开放阅读框,编码497个氨基酸。序列比对表明,该蛋白C端含有一个典型的bHLH结构域,与其他植物的ICE1蛋白具有较高的同源性。进化树分析表明,BcICE1蛋白与盐芥和山嵛菜的bHLH蛋白处在同一进化分枝。半定量RT-PCR分析表明,BcICE1基因是冷诱导条件下差异表达的基因。利用所构建的大肠杆菌表达载体,实现了BcICE1基因在原核系统的特异性表达。 展开更多
关键词 大白菜 BcICE1基因 单侧寡聚核苷酸巢式PCR 序列分析 表达分析
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生菜低温胁迫转录因子LsICE1的克隆、特征分析及其转化水稻 被引量:7
8
作者 向殿军 殷奎德 +1 位作者 满丽莉 徐正进 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2011年第21期4340-4349,共10页
【目的】克隆生菜(Lactuca sativa L.)低温胁迫转录因子LsICE1,对其进行序列分析和水稻遗传转化,研究超表达LsICE1基因对水稻耐低温能力的影响。【方法】设计简并引物,利用RT-PCR技术获得生菜LsICE1基因保守区域,再通过SON-PCR技术获得L... 【目的】克隆生菜(Lactuca sativa L.)低温胁迫转录因子LsICE1,对其进行序列分析和水稻遗传转化,研究超表达LsICE1基因对水稻耐低温能力的影响。【方法】设计简并引物,利用RT-PCR技术获得生菜LsICE1基因保守区域,再通过SON-PCR技术获得LsICE1基因的5′端和3′端,拼接得到全长的cDNA。对该序列进行生物信息学分析,采用半定量RT-PCR研究LsICE1的低温表达模式。最后构建植物表达载体,利用农杆菌介导法对水稻进行遗传转化。通过比较低温处理后对照和转基因株系的存活率和生理指标,鉴定超表达LsICE1基因对水稻耐低温能力的调控作用。【结果】测序结果显示,拼接后的cDNA片段长1 622 bp,包含一个1 497 bp完整的开放阅读框,编码498个氨基酸残基,命名为LsICE1,GenBank登录号为HQ848932。半定量RT-PCR研究表明,LsICE1基因是冷诱导条件下差异表达的基因。进化树分析表明,LsICE1蛋白与葡萄的ICE1蛋白亲缘关系最近,处于同一进化分枝。PCR和RT-PCR分子检测证明,LsICE1基因已经整合到水稻基因组中。与对照相比,低温处理后超表达LsICE1基因的转基因株系存活率和脯氨酸含量明显增加,相对电导率和丙二醛含量积累速率明显下降。【结论】首次从生菜中克隆了低温胁迫转录因子LsICE1,超表达LsICE1基因水稻株系提高了抗低温胁迫能力。 展开更多
关键词 生菜 水稻 低温胁迫转录因子 基因克隆 单侧寡聚核苷酸巢式PCR 序列分析
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产ESBLs肺炎克雷伯菌耐药基因研究及其基因分型 被引量:1
9
作者 伍启康 吴奎海 +1 位作者 李炜煊 崔东岚 《医学检验与临床》 2015年第3期3-5,共3页
目的:对临床分离产ESBLs肺炎克雷伯菌相关基因进行研究,并对其进行基因分型。方法:临床分离295株肺炎克雷伯菌,ESBLs药敏试验采用K-B法。PCR法检测I类整合酶、I类整合子基因盒、ISCR1、blaTEM、blaSHV、blaCTX-M。I类整合子PCR扩增... 目的:对临床分离产ESBLs肺炎克雷伯菌相关基因进行研究,并对其进行基因分型。方法:临床分离295株肺炎克雷伯菌,ESBLs药敏试验采用K-B法。PCR法检测I类整合酶、I类整合子基因盒、ISCR1、blaTEM、blaSHV、blaCTX-M。I类整合子PCR扩增阳性产物送去测序,测序结果在GenBank中用blastn进行核酸序列同源性搜索。菌株基因分型采用ERIC-PCR法。结果:产ESBLs肺炎克雷伯菌阳性率为21.3%。在63株产ESBLs肺炎克雷伯菌中,分为35个基因型,I类整合酶、ISCR1、blaTEM、blaSHV、blaCTX-M的阳性率分别为46.0%、12.7%、55.6%、0、81.0%,27个I类整合子含有7种类型基因盒。结论:在产ESBLs肺炎克雷伯菌中,I类整合子携带率较高,ESBLs基因型以blaTEM和blaCTX-M为主。我院产ESBLs肺炎克雷伯菌存在某种流行株。 展开更多
关键词 肺炎克雷伯菌 ESBLS 整合子 ISCR1 ERIC-PCR
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应用SYBR GreenⅠ溶解曲线检测食源性单增李斯特菌 被引量:6
10
作者 王昊宇 张公亮 侯红漫 《食品工业科技》 CAS CSCD 北大核心 2013年第10期77-79,88,共4页
基于单增李斯特菌hlyA基因和李斯特菌属的16sRNA基因分别合成两对引物,确立SYBR GreenⅠ荧光PCR检测单增李斯特菌两个特异性基因的最佳反应体系及条件,反应液经凝胶电泳验证,验证结果显示,扩增出的两条不同大小、不同T_m值的目的核酸片... 基于单增李斯特菌hlyA基因和李斯特菌属的16sRNA基因分别合成两对引物,确立SYBR GreenⅠ荧光PCR检测单增李斯特菌两个特异性基因的最佳反应体系及条件,反应液经凝胶电泳验证,验证结果显示,扩增出的两条不同大小、不同T_m值的目的核酸片段,分别对应两条荧光PCR溶解曲线上的两个独立波峰。基于单增李斯特菌hlyA基因建立标准曲线,相关系数为0.996,最低检出限约为89CFU/mL。为检验方法的可行性,对鲜活白蚬子样品中分离出的疑似菌株进行实际检测,所得阳性结果经国家标准方法(GB4789.30-2010)验证,验证结果表明,SYBR GreenⅠ荧光PCR实际检测阳性结果与GB4789.30-2010检测结果一致。 展开更多
关键词 单增李斯特菌 SYBR GreenⅠ荧光PCR 溶解曲线 白蚬子
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PCR扩增SON基因3’非编码区进行种属鉴定 被引量:3
11
作者 邵武 姜先华 《中国法医学杂志》 CSCD 2000年第2期69-71,共3页
根据人 DNA的 SON基因碱基序列选择性设计一对特异性引物 ,并对人和猕猴、阿拉伯狒狒、猪、牛、羊、马、驴、骡、狗、猫、兔、大白鼠、小白鼠、豚鼠等 14种哺乳类动物染色体 DNA的 SON基因 3’非编码区中的种属特异性区域进行 PCR扩增 ... 根据人 DNA的 SON基因碱基序列选择性设计一对特异性引物 ,并对人和猕猴、阿拉伯狒狒、猪、牛、羊、马、驴、骡、狗、猫、兔、大白鼠、小白鼠、豚鼠等 14种哺乳类动物染色体 DNA的 SON基因 3’非编码区中的种属特异性区域进行 PCR扩增 ,扩增产物经 SSCP分离银染色技术检测 ,观察到人和 14种哺乳类动物的 SSCP图谱有明显不同。本方法可以对人和上述 14种哺乳类动物进行种属鉴定 。 展开更多
关键词 种属鉴定 SON基因3'非编码 PCR扩增 法医鉴定
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The comparisons on total RNA from different source-original neurons applied in LMPC 被引量:1
12
作者 Jun LEI JP Dai +3 位作者 Li-Qiang RU Guang-Fu YIN CG Van Eden RM Buijs 《Neuroscience Bulletin》 SCIE CAS CSCD 2006年第2期91-96,共6页
Objective To compare the quality and quantity of total RNA from different source-original neurons applied in LMPC technique. Methods ( 1 ) Aglient 2100 bioanalyzer and RT-PCR were used to check the concentration and... Objective To compare the quality and quantity of total RNA from different source-original neurons applied in LMPC technique. Methods ( 1 ) Aglient 2100 bioanalyzer and RT-PCR were used to check the concentration and fragmentation of total RNA from unfixed, temporal fixed and fixed 12 h hypothalamus sections; (2)Different neurons of PVN and SON were collected by LMPC, CRH, TRH, AVP, OT mRNA level were measured by RT-PCR; (3)Labeled neurons by injecting CTB into stomach and non-labeled neurons in DMV collected by LMPC were checked for house keeping genes by RT-PCR. Results ( 1 ) Unfixed section had higher concentration and better quality of total RNA compared with fixed sections applied in LMPC ; relative short amplicons such as GAPDH, NSE, MCH and MCAR were successfully obtained from fixed and unfixed and long amplicon of GR can only be obtained from unfixed material; (2) In magnocellular PVN and SON the expressions of AVP and OT were more special than those in the parvocellular PVN. Oppositely, the expressions of CRH, TRH in the parvocellular were more special than the other two ; (3) The expressions of house keeping genes had no significant difference between labeled and non-labeled DMV neurons. Conclusion The quality and quantity of total RNA from unfixed brain tissues were better than fixed tissues applied in LMPC and the CTB tracer which may differentiate neurons had no significant effect on physiology of the neurons applied in LMPC. The results showed that the LMPC technique is suitable for the qualitative and quantitative study on individual neurons at mRNA level. 展开更多
关键词 laser microdissection and pressure catapulting (LMPC) RT-PCR FIXATION PVN SON DMV
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人和动物SON基因3’非编码区的PCR测序分析 被引量:2
13
作者 邵武 姜先华 +1 位作者 于蛟 赵贺群 《中国法医学杂志》 CSCD 2003年第2期87-89,共3页
目的 研究人和猕猴、阿拉伯狒狒、猪、牛、羊、马、驴、骡、狗、猫、兔、大白鼠、小白鼠、豚鼠等14种哺乳类动物SON基因3’非编码区(3’UTR)的种属特异性碱基序列差异。方法 对人和上述14种哺乳类的SON基因3’非编码区中的部分种属特异... 目的 研究人和猕猴、阿拉伯狒狒、猪、牛、羊、马、驴、骡、狗、猫、兔、大白鼠、小白鼠、豚鼠等14种哺乳类动物SON基因3’非编码区(3’UTR)的种属特异性碱基序列差异。方法 对人和上述14种哺乳类的SON基因3’非编码区中的部分种属特异性区域进行PCR测序分析。结果 人有2条扩增片段和14种哺乳类动物各有1条扩增片段的碱基序列;人无关个体和同一种属不同个体动物DNA扩增片段的碱基序列相同,人、猕猴、阿拉伯狒狒、猪、牛、羊、马、驴、骡、狗、猫、兔、大白鼠、小白鼠、豚鼠DNA的SON基因3’UTR扩增片段之间存在碱基序列差异。结论 SON基因3’UTR是一个具有良好种属特异性的遗传标记,采用SON基因3’UTR扩增测序技术可以对人和上述14种哺乳类动物进行准确的种属鉴定。 展开更多
关键词 法医学 SON基因 3’非编码区 PCR测序法 哺乳类动物 种属鉴定
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