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不同白粉病抗性的甜瓜转录组SNP/InDel位点的挖掘及其功能注释
1
作者 曹燕燕 刁倩楠 +2 位作者 姚东伟 陆世钧 张永平 《分子植物育种》 北大核心 2025年第14期4599-4611,共13页
为分析不同白粉病抗性的甜瓜的SNP/InDel信息,本研究以甜瓜白粉病抗病亲本wm-6和易感亲本12D-1为试验材料,利用转录组测序技术对其SNP/InDel位点进行鉴定,并进一步利用GO、KOG和KEGG数据库对SNP/InDel位点所在基因进行功能注释分析。转... 为分析不同白粉病抗性的甜瓜的SNP/InDel信息,本研究以甜瓜白粉病抗病亲本wm-6和易感亲本12D-1为试验材料,利用转录组测序技术对其SNP/InDel位点进行鉴定,并进一步利用GO、KOG和KEGG数据库对SNP/InDel位点所在基因进行功能注释分析。转录组数据共鉴定到32980个SNP和2431个InDel位点,在所有变异类型中,以C/T和A/G发生频率最高;分别有2956、4073和2997条SNP/InDel-unigenes序列的功能在GO、KOG和KEGG数据库得到注释,注释到“代谢途径”的SNP/InDel-unigenes最多,其次依次为“次级代谢产物的生物合成”、“核糖体”、“氨基酸的生物合成”和“碳代谢”;KEGG注释分析显示共246条SNP/InDel-unigenes注释到“植物激素信号转导”通路、“植物-病原菌互作”通路、“植物MAPK信号”通路以及“苯丙烷类生物合成”通路。本研究为发掘甜瓜白粉病抗病相关SNP/InDel位点及抗病相关基因提供了新的数据来源。 展开更多
关键词 甜瓜 白粉病 转录组 snp/indel 功能注释
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双乾肉羊全基因组SNP/InDel分析及毛色相关候选基因鉴定 被引量：4
2
作者 刘正喜 武斌 +5 位作者 胡明月 白春艳 赵中利 曹阳 马惠海 闫守庆 《中国兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第10期2032-2037,2043,共7页
为获得双乾肉羊全基因组遗传变异信息,解析影响双乾肉羊毛色的相关候选基因及突变位点,本研究分别对6只红头和6只黑头双乾肉羊进行基因组重测序,系统分析了全基因组水平的单核苷酸多态性(SNP)和小片段插入/缺失(InDel)多态性,并通过群... 为获得双乾肉羊全基因组遗传变异信息,解析影响双乾肉羊毛色的相关候选基因及突变位点,本研究分别对6只红头和6只黑头双乾肉羊进行基因组重测序,系统分析了全基因组水平的单核苷酸多态性(SNP)和小片段插入/缺失(InDel)多态性,并通过群体分化指数(FST)方法进行选择信号检测,将FST值排在前1%的染色体区段作为受选择候选区域,对受选择区域包含的基因进行注释,筛选毛色相关候选基因及其多态性位点。结果显示:通过重测序,在12个样本中共检测到27877089个SNP和4461716个InDel;选择信号分析共检测到1124个候选区域,依据基因注释结果筛选MC1R作为红头和黑头双乾肉羊毛色相关候选基因;通过重测序数据分析在MC1R基因编码区中存在5个SNP,其中2个为错义突变(c.218T>A和c.361G>A),群体基因分型结果表明,黑头双乾肉羊在c.218 T>A位点基因型为AA或AT,在c.361 G>A位点基因型为AA或AG,而红头羊在2个位点的基因型分别为TT和GG合子,即2个错义突变与双乾肉羊黑毛色表型完全相关,且黑毛色对红毛色为显性。该研究为双乾肉羊种质特性的遗传基础研究以及分子标记辅助选择育种提供了科学依据。 展开更多
关键词 双乾肉羊 单核苷酸多态性 插入/缺失多态性 选择信号 毛色 MC1R基因
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基于转录组数据的三雌蕊小麦中SNP/InDel位点的挖掘 被引量：4
3
作者 国钰环 YAMAMOTO Naoki +4 位作者 彭正松 廖明莉 魏淑红 吴一超 杨在君 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2021年第5期35-42,共8页
为了进一步定位Pis1基因,加快小麦的分子标记辅助育种工作,获得高质、高产、稳产的小麦品种。以川麦28(CM28)与其三雌蕊近等基因系CM28TP为研究材料,对CM28和CM28TP幼穗的3个阶段(幼穗长度为0.2~0.5 cm,0.5~0.7 cm,0.7~1.0 cm)进行转录... 为了进一步定位Pis1基因,加快小麦的分子标记辅助育种工作,获得高质、高产、稳产的小麦品种。以川麦28(CM28)与其三雌蕊近等基因系CM28TP为研究材料,对CM28和CM28TP幼穗的3个阶段(幼穗长度为0.2~0.5 cm,0.5~0.7 cm,0.7~1.0 cm)进行转录组测序,然后通过GO数据库对变异位点所在的基因进行分类分析,并选取4个位于Pis1基因附近的SNP标记进行验证。结果表明,CM28TP和CM28幼穗3个阶段共有的SNP/InDel位点为5310个,其中SNP位点5024个,InDel位点286个。SNP位点中转换类型(63.33%)多于颠换类型(31.28%),两者的比值达到了2.02;InDel位点中插入类型(152个)多于缺失类型(134个);SNP/InDel位点在A基因组上分布最多、其次是B基因组、D基因组上最少。对SNP/InDel所在的基因进行GO分类注释表明,生物学进程中基因的占比最高,其次是细胞组分和分子功能。SNP/InDel位点对蛋白质功能的影响预测表明,有36个变异位点会严重影响蛋白质功能,中度影响蛋白质功能的位点有1279个。从Pis1基因的定位区间附近筛选了4个SNP位点进行PCR扩增和测序验证,发现这4个位点与RNA-Seq分析结果一致,这表明挖掘出的SNP/InDel位点是准确的。本研究丰富了小麦中的SNP/InDel标记,为小麦高密度遗传图谱构建、基因定位和分子标记辅助选择育种奠定了基础,同时开发出的4个位于Pis1基因附近的SNP标记,为图位克隆该基因提供了可能。 展开更多
关键词 三雌蕊小麦 转录组 snp标记 indel标记
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海岛棉H268 PPR蛋白家族基因鉴定及SNP/InDel分析 被引量：2
4
作者 李枝玲 孔祥军 +3 位作者 郑杰 韦美玲 李斌 周瑞阳 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第11期2614-2625,共12页
【目的】通过对海岛棉不育系H276A及其育性恢复材料H268进行三角状五肽重复蛋白(PPR)家族基因鉴定及比对分析,获得序列存在差异的PPR基因,为后续育性恢复基因(Rf)的发掘提供理论基础。【方法】通过生物信息学分析海岛棉PPR基因,并对其... 【目的】通过对海岛棉不育系H276A及其育性恢复材料H268进行三角状五肽重复蛋白(PPR)家族基因鉴定及比对分析,获得序列存在差异的PPR基因,为后续育性恢复基因(Rf)的发掘提供理论基础。【方法】通过生物信息学分析海岛棉PPR基因,并对其进行亚细胞定位预测与功能注释分析;采用Illumina HiSeq 4000高通量测序技术对海岛棉H276A及H268对PPR蛋白家族基因进行转录组测序,将筛选获得的PPR蛋白与其他植物具有育性恢复的PPR蛋白进行氨基酸序列同源比对并构建系统发育进化树。【结果】鉴定获得912个PPR基因,其中有846个在海岛棉H276A和H268间存在序列差异,且分别存在7226个SNP差异位点和301个InDel差异位点,其中作用于线粒体的PPR基因有2143个SNP差异位点和134个InDel差异位点。转录组测序结果显示,共检测到表达基因数量为68197个,其中已知基因56311个、新基因11886个,可满足后续数据分析。GO功能注释结果显示,PPR基因主要富集于生物学过程,富集于分子功能的PPR基因最少。50.0%PPR蛋白定位于线粒体,29.0%PPR蛋白定位于叶绿体,0.9%PPR蛋白定位于细胞核,20.0%PPR蛋白定位于胞外,0.1%PPR蛋白定位于细胞质膜。xp_016708712(LOC107923023)和xp_016710013(LOC107924193)与多个具有育性恢复功能的PPR蛋白氨基酸序列相似性达33%,说明二者亲缘关系较近,且亚细胞定位于线粒体。【结论】xp_016708712和xp_016710013 2个PPR蛋白可能与海岛棉不育系H276A育性恢复相关,可用于发掘海岛棉CMS的Rf基因。 展开更多
关键词 海岛棉 PPR蛋白家族基因 转录组测序 生物信息学分析 snp indel
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基于RNA-seq技术对大骨鸡垂体及下丘脑组织的SNP/InDel分析 被引量：6
5
作者 张洁慧 戴天姝 +2 位作者 邹爽 王春强 马巍 《生物资源》 CAS 2021年第2期160-165,共6页
下丘脑和垂体调节母鸡的生殖生理和产蛋性能。为了解其产卵调控机制,利用RNA-seq技术对高产和低产庄河大骨鸡的下丘脑和垂体组织进行测序和分析,获得SNP/InDel位点,并进行数据统计及生物信息学分析,以鸡基因组作为参考,对SNP所在基因进... 下丘脑和垂体调节母鸡的生殖生理和产蛋性能。为了解其产卵调控机制,利用RNA-seq技术对高产和低产庄河大骨鸡的下丘脑和垂体组织进行测序和分析,获得SNP/InDel位点,并进行数据统计及生物信息学分析,以鸡基因组作为参考,对SNP所在基因进行GO富集分析。结果显示:SNP/InDel纯合子变异体数量高于杂合子变异体数量,垂体组织中的SNP/InDel数量高于下丘脑组织;SNP类型转换种类少于颠换,但转换类型的数量却远远高于颠换;垂体组织中的SNP所在基因的GO富集程度与生产性能呈负相关关系(P<0.05),下丘脑组织中的SNP所在基因的GO富集程度与生产性能呈正相关关系(P<0.05)。研究结果为大骨鸡的选育以及改善其生产性能的研究提供了理论依据。 展开更多
关键词 大骨鸡 转录组测序技术 单核苷酸多态性 插入缺失标记 基因本体富集
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桑黄菌丝体转录组SNP/Indel位点分析 被引量：1
6
作者 王晖 付春正 +4 位作者 温晴 昝程 张东豪 陈秀灵 宋永学 《北方蚕业》 2023年第2期6-10,共5页
通过对不同生长状态桑黄菌丝体进行转录组测序,分析SNP/Indel位点的分布和特征。结果表明,桑黄菌丝体的GC含量范围在不同的生长状态下变化不大,且处于51.38%~52.32%。共有6244个基因检测到SNP/Indel位点,4031个基因含有41663个SNP位点;5... 通过对不同生长状态桑黄菌丝体进行转录组测序,分析SNP/Indel位点的分布和特征。结果表明,桑黄菌丝体的GC含量范围在不同的生长状态下变化不大,且处于51.38%~52.32%。共有6244个基因检测到SNP/Indel位点,4031个基因含有41663个SNP位点;5922个基因检含有22813个Indel位点,5756个基因检测到20164个插入位点,1852个基因检测到2649个缺失位点。SNP类型以转换为主,密码子第一位碱基出现SNP位点的数目最多,包含1个SNP位点的基因数最多,为有848个。缺失类型以3 bp、4 bp的类型最多,插入类型以1 bp的类型最多。1402个基因在KEGG数据库获得功能注释。上述结果表明,桑黄转录组SNP/Indel位点数量多、类型多样,为桑黄种质资源鉴定等提供参考。 展开更多
关键词 桑黄 转录组 单核苷酸多态性 插入缺失 分布规律
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‘玉环柚’与‘早玉文旦’果实转录组测序SSR、SNP和Indel标记分析
7
作者 王罗云 孙立方 +4 位作者 徐建国 聂振朋 黄秀 崔长江 柯甫志 《西北农业学报》 北大核心 2025年第4期667-675,共9页
为分析‘玉环柚’和‘早玉文旦’转录组中SSR、SNP和Indel位点的分布特征和差异,以期开发出更多鉴定‘玉环柚’和‘早玉文旦’遗传差异的分子标记,丰富柚类植物的特异DNA分子标记库。本研究以‘玉环柚’和‘早玉文旦’为材料,在果实发育... 为分析‘玉环柚’和‘早玉文旦’转录组中SSR、SNP和Indel位点的分布特征和差异,以期开发出更多鉴定‘玉环柚’和‘早玉文旦’遗传差异的分子标记,丰富柚类植物的特异DNA分子标记库。本研究以‘玉环柚’和‘早玉文旦’为材料,在果实发育的6个不同时期进行取样,获取RNA,进一步测序建库,并利用MI-SA和Samtools软件对两个品种果实转录组数据进行SSR、SNP和Indel位点特征分析。结果表明,基于转录组数据共发现了12697个SSR位点分布于9401个基因序列,发生频率为29.61%;重复基元以单碱基重复数量最多,其次为三碱基重复,五碱基重复最少。出现频率最高的基元为A/T(6859个,占比54.02%)。共检测到742606个SNP位点和77132个Indel位点,两个品种果实在不同发育时期的SNP和Indel位点个数均有不同。分别对SNP和Indel位点出现频率最高的基因进行分析发现,均包含独属于‘玉环柚’或‘早玉文旦’的SNP和Indel位点,基因功能多与抗病性、细胞核结构或者细胞质组成相关。综上认为,柚类转录组中SSR、SNP和Indel位点丰富,‘玉环柚’和‘早玉文旦’的SNP和Indel位点存在差异。 展开更多
关键词 ‘玉环柚’ ‘早玉文旦’ 转录组 SSR snp indel
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依据云南栘[木衣]种子萌发至成苗期间转录组的SSR、SNP及InDel特征
8
作者 张浩 田金红 +1 位作者 王大玮 李菊彩 《东北林业大学学报》 CAS 北大核心 2025年第2期52-57,74,共7页
依据云南栘[木衣](Docynia delavayi(Franch.)Schneid.)种子萌发至成苗期间的转录组数据,分别使用MISA、GATK3软件对SSR、SNP、InDel位点进行挖掘并进行特征分析。结果表明:从转录组数据的63782个非冗余基因序列(unigene)中,共挖掘出76... 依据云南栘[木衣](Docynia delavayi(Franch.)Schneid.)种子萌发至成苗期间的转录组数据,分别使用MISA、GATK3软件对SSR、SNP、InDel位点进行挖掘并进行特征分析。结果表明:从转录组数据的63782个非冗余基因序列(unigene)中,共挖掘出76981个SSR位点,其发生频率为30.18%。在各种不同的重复基元种类里,重复出现频次最高的为单碱基重复基元,频次最低的是六碱基重复基元。就所有基元而言,A/T基元的出现频率最高,占总SSR位点数量的38.09%;其次是AG/GT,占总SSR位点数量的27.63%。各类重复基元的重复次数介于5~15次,SSR序列长度为10~66 bp。15个样品中,SNP位点数量介于202602~278026个,平均每个样品包含253064个SNP,且每个样品的转换类型与颠换类型数量比都在6∶4左右。InDel位点数量介于35609~48977个,平均每个样品中含有44642个InDel位点。云南栘[木衣]种子萌发至成苗期间,转录组中的SSR、SNP、InDel位点丰富,且具有较高的多态性。 展开更多
关键词 云南栘[木衣] 种子萌发至成苗期间 转录组 SSR snp indel
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艾草转录组SSR、SNP和InDel特征分析 被引量：1
9
作者 阴志刚 陈培育 +3 位作者 周晓静 曹双 鞠乐 粱慧珍 《种子》 北大核心 2025年第6期51-57,共7页
为了解艾草转录组中分子标记分布特征,开发艾草特异性分子标记,基于艾草叶、根转录组数据,使用Micros Atellite、STAR软件对其SSR、SNP、InDel分子标记位点进行发掘和特征分析。结果表明,从249554条Unigenes中发掘出各种类型SSR位点2198... 为了解艾草转录组中分子标记分布特征,开发艾草特异性分子标记,基于艾草叶、根转录组数据,使用Micros Atellite、STAR软件对其SSR、SNP、InDel分子标记位点进行发掘和特征分析。结果表明,从249554条Unigenes中发掘出各种类型SSR位点21980个,发生频率为8.04%,SSR重复基元类型以单碱基重复位点数量最丰富,五碱基重复基元类型最少,优势重复基元为A/T、AC/GT、GA/TC,其中A/T为最主要的基元类型,出现频率为3.547%。SSR各类重复基元重复次数在4~75次之间,且以单碱基重复次数最为广泛,SSR序列长度在12~99 bp之间。12个转录组样品中,有228066~275556个SNP位点,平均每个样品含有247114个SNP位点,转换、颠换类型比值均在1.78左右,InDel位点数量介于30729~41330个之间,每个样品平均含有33967个InDel位点。艾草转录组分子标记位点丰富,为艾草分子标记开发、品种鉴定、遗传多样性分析、抗旱功能基因的筛选提供数据支撑。 展开更多
关键词 艾草 转录组 SSR snp indel
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基于二代测序平台的103-plex InDel-SNP复合标记检测体系的建立
10
作者 杨成文 许欣 王新杰 《中国法医学杂志》 2025年第1期75-82,共8页
目的建立基于Ion Torrent PGM/S5测序平台、目标片段长度<175 bp的103-plex InDel-SNP复合标记扩增体系,为法医学个体识别及亲权鉴定提供一种高效的分析工具。方法以人类基因组GRCh38为参考序列,使用dbSNP数据库以东亚人群为目标人群... 目的建立基于Ion Torrent PGM/S5测序平台、目标片段长度<175 bp的103-plex InDel-SNP复合标记扩增体系,为法医学个体识别及亲权鉴定提供一种高效的分析工具。方法以人类基因组GRCh38为参考序列,使用dbSNP数据库以东亚人群为目标人群,对22对常染色体及性染色体筛选适合中国人群的InDel-SNP复合标记基因座;调查267名山东汉族无关个体的群体遗传学数据,并用16例真三联家系进行遗传关系验证。结果本研究构建的基于二代测序平台的103-plex InDel-SNP复合标记检测体系,具有灵敏度高、稳定性好、特异性强、常规检材适用性好的特点,并能有效获得降解、混合样本的分型结果。结论16组父母子三联体亲子对均符合孟德尔遗传规律,未发现等位基因丢失、突变等现象。该检测体系在法医个体识别和亲权鉴定方面有很高的应用价值。 展开更多
关键词 法医物证学 二代测序 indel-snp复合标记 遗传多态性
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伊丽莎白安格斯三角梅转录组的SSR、SNP和InDel特征分析 被引量：2
11
作者 孙利娜 林茂 +4 位作者 黄旭光 陈尔 杨舒婷 王华新 龚建英 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期745-753,共9页
【目的】基于转录组测序数据分析伊丽莎白安格斯三角梅SSR、SNP和InDel位点特征,为开发三角梅分子标记、选育无刺或少刺品种、品种鉴定及亲缘关系分析提供理论依据。【方法】以伊丽莎白安格斯三角梅3个时期的枝刺和茎段为材料,对其进行... 【目的】基于转录组测序数据分析伊丽莎白安格斯三角梅SSR、SNP和InDel位点特征,为开发三角梅分子标记、选育无刺或少刺品种、品种鉴定及亲缘关系分析提供理论依据。【方法】以伊丽莎白安格斯三角梅3个时期的枝刺和茎段为材料,对其进行转录组测序,采用Trinity对获得的高质量测序数据进行序列组装,利用MISA和GATK3对SSR、SNP和InDel进行特征分析。【结果】18个样本转录组测序平均获得45905982bpRawdata,质控过滤后获得45640193 bp Clean data,拼接后获得312812条转录本和144512条Unigenes,有54516个SSR位点分布于40820条Unigenes上,发生频率为28.25%,平均分布距离为2.67kb,包含1个以上SSR位点的Unigenes10269条,占Unigenes总数的4.25%。在重复基元类型中,单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸重复数量占优势,其中单核苷酸重复数量最多(39904个,占比73.20%),其次为二核苷酸重复(8169个,占比14.98%)和三核苷酸重复(5899个,占比10.82%),五核苷酸重复最少(31个,占比0.06%)。单核苷酸~六核苷酸重复类型共检测到98种重复基元,出现频率为0.01%~25.71%,其中出现频率最高的基元为A/T(37151个),占SSR位点总数的68.15%。SSR各类型重复基元的重复次数集中在5~23次,SSR序列的长度10~60bp,平均长度为20.38bp。共检测到231248个SNP位点和99580个InDel位点,其中SNP位点平均分布距离为1.59 kb,InDel位点平均分布距离为0.68 kb,且均以含1个位点的Unigenes数量最多,Unigenes数量随SNP和InDel位点数量的增加而逐渐减少。【结论】伊丽莎白安格斯三角梅转录组中SSR位点数量多、类型丰富,分布特征明显,可用于开发大量SSR标记,SNP和InDel位点发生频率低于模式植物,有待深度挖掘。 展开更多
关键词 伊丽莎白安格斯三角梅 转录组 SSR snp indel
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基于转录组测序的油茶SSR、SNP和InDel位点特征分析 被引量：1
12
作者 张震 许彦明 +9 位作者 彭映赫 王瑞 陈永忠 何之龙 张英 寻成峰 马玉申 王湘南 龙玲 杨小胡 《绿色科技》 2024年第18期200-204,共5页
基于油茶转录组测序数据,利用MISA和GATK3软件对SSR、SNP和InDel位点进行搜索。结果表明:在169652条unigene序列中共发现92228个SSR位点,出现频率54.37%,平均分布距离1.61 kb。油茶转录组SSR位点中,单核苷酸和二核苷酸是主要的重复类型,... 基于油茶转录组测序数据,利用MISA和GATK3软件对SSR、SNP和InDel位点进行搜索。结果表明:在169652条unigene序列中共发现92228个SSR位点,出现频率54.37%,平均分布距离1.61 kb。油茶转录组SSR位点中,单核苷酸和二核苷酸是主要的重复类型,A/T和AG/CT是主要的重复基元类型,基元重复次数主要集中在5~11次,基序长度主要集中在12~20 bp。共得到1912501个SNP位点,转换类型SNP数量多于颠换类型SNP数量,转换类型中A/G数量最多,而颠换类型中A/T数量最多。共筛选出298984个InDel位点。油茶转录组SSR、SNP和InDel位点数量多、类型丰富,能够为油茶分子标记开发、种质资源评价、亲缘关系鉴定等研究提供支撑。 展开更多
关键词 油茶 转录组测序 SSR snp indel
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基于转录组测序的花斑裸鲤SSR、SNP和InDel位点特征分析 被引量：3
13
作者 贺彩霞 李长忠 +8 位作者 金文杰 保长虹 简生龙 李昭楠 王丽楠 严青春 王振吉 王国杰 陈艳霞 《大连海洋大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第1期48-56,共9页
为利用分子标记规模化开发与辅助花斑裸鲤(Gymnocypris eckloni)良种选育,以花斑裸鲤(2+龄)的鳃、肾脏和肝脏组织为材料,经总RNA提取和cDNA文库构建后采用Illumina Novaseq 2000平台进行转录组测序,并采用MISA和GATK3软件分析转录组的SS... 为利用分子标记规模化开发与辅助花斑裸鲤(Gymnocypris eckloni)良种选育,以花斑裸鲤(2+龄)的鳃、肾脏和肝脏组织为材料,经总RNA提取和cDNA文库构建后采用Illumina Novaseq 2000平台进行转录组测序,并采用MISA和GATK3软件分析转录组的SSR、SNP和插入缺失标记(InDel)位点特征。结果表明:在486221条Unigenes序列中共发现了128727个SSR,出现频率为26.47%,平均每3.76 kb出现1个SSR;花斑裸鲤SSR包括6个重复类型,以单碱基和二碱基重复基元类型为主,分别占总SSR位点数的46.53%和42.45%,重复基元类型共77种,其中,A/T和AC/GT两种基元的出现频率最高,是花斑裸鲤SSR的优势重复基元;所有重复次数中出现次数最多的为5~15次,占所有SSR位点的87.52%;通过GATK3软件搜索得到399080个SNP位点,转换类型多于颠换类型,分别占总SNP的56.29%和43.71%,转换类型中A/G发生频率略高于C/T,而颠换类型中A/T发生频率最高,C/G发生频率最低;InDel分析显示,从花斑裸鲤转录组Unigenes中共筛选出254065个InDel位点,平均每1903 bp出现1个InDel位点,且SNP位点和InDel位点均以含1个位点的Unigenes数最多。研究表明,花斑裸鲤转录组中SSR、SNP和InDel位点非常丰富,这些位点对花斑裸鲤种质资源鉴定、种群遗传学研究及保护管理具有重要价值。 展开更多
关键词 花斑裸鲤 转录组 分子标记 SSR snp indel
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萝卜SNP和InDel分子标记开发及与表型性状关联分析 被引量：2
14
作者 李亚东 罗小波 +5 位作者 彭潇 杨光乾 金月月 祖贵东 田欢 张万萍 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2024年第5期1055-1066,共12页
为了挖掘与萝卜表型性状显著相关的分子标记,对60份萝卜的14个表型数据进行鉴定,筛选出具有多态性的分子标记29个(其中12个SNP标记和17个InDel标记)进行遗传多样性分析,并利用TASSEL5.0软件的广义线性模型(general linear mode, GLM)对... 为了挖掘与萝卜表型性状显著相关的分子标记,对60份萝卜的14个表型数据进行鉴定,筛选出具有多态性的分子标记29个(其中12个SNP标记和17个InDel标记)进行遗传多样性分析,并利用TASSEL5.0软件的广义线性模型(general linear mode, GLM)对萝卜的14个表型数据进行关联分析。研究结果表明,29个分子标记的等位基因(Na)数范围在2~3个,平均为2.14个;主等位基因频率(MAF)为0.53~0.94个,平均为0.68个;每个标记的期望杂合度(He)范围为0.12~0.93,平均为0.63。每个位点的多态性信息含量(PIC)值范围在0.11~0.37,平均为0.32;在12个表型性状中关联到17个显著相关的分子标记位点(其中7个SNP标记和10个InDel标记)(P≤0.01),贡献率在7.24%~23.25%。 展开更多
关键词 萝卜 snp indel 聚类分析 关联分析
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云南栘[木衣]果实转录组SSR、SNP、InDel特征分析 被引量：3
15
作者 舒国荣 田金红 +1 位作者 杨林 王大玮 《西部林业科学》 CAS 北大核心 2024年第5期84-91,99,共9页
对云南栘[木衣]果实转录组中的简单重复序列(SSR)、单核苷酸多态性(SNP)和插入/缺失多态性(InDel)位点的特征进行分析,为开发特异性分子标记、遗传多样性分析和分子标记辅助育种奠定理论基础。基于7个不同发育时期的云南栘[木衣]果实转... 对云南栘[木衣]果实转录组中的简单重复序列(SSR)、单核苷酸多态性(SNP)和插入/缺失多态性(InDel)位点的特征进行分析,为开发特异性分子标记、遗传多样性分析和分子标记辅助育种奠定理论基础。基于7个不同发育时期的云南栘[木衣]果实转录组数据对SSR、SNP和InDel位点进行挖掘,并对其位点特征进行分析。结果显示:在云南栘[木衣]果实转录组中共发现25 796个SSR位点,分布于39 185条转录本(Unigenes)上,发生频率为22.88%;共发现249种SSR重复基元类型,单碱基重复数量最多,六碱基重复数量最少,出现频率最高的基元为A/T,占总SSR数量的37.47%;各类型基元的重复次数均集中在5~11次,SSR序列长度为10~48 bp。21个样品检测到的SNP位点数为255 301~361 860个,平均每个样品含有311 094个SNP位点,转换与颠换比值平均为1.56,且分布在外显子区的位点最多,发生错义突变的位点数量最多。InDel位点数则为36 135~54 655个,平均每个样品包含45 921个,插入型位点数大于缺失型,在内含子区分布最多,发生移码插入的位点最多。研究结果表明:云南栘[木衣]果实转录组中的SSR、SNP和InDel位点丰富,并且具有较高的多态性,为后续的特异性分子标记开发提供数据支撑。 展开更多
关键词 云南栘[木衣] 转录组 SSR snp indel
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基于基因组重测序发掘金针菇InDel、SV及丰度SNP标记 被引量：4
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作者 贾定洪 王波 +1 位作者 何晓兰 刘询 《菌物学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第7期39-50,共12页
以金针菇白色单核菌株wm14基因组为参考基因组,以双核菌株15W、16W、18W、19W、20Y、21Y、22Y和25Y基因组重测序数据为研究对象,以自备的4个金针菇基因组为blast检验数据库,采用VCFtools-0.1.16软件进行数据过滤,发掘可靠且多态性强的SN... 以金针菇白色单核菌株wm14基因组为参考基因组,以双核菌株15W、16W、18W、19W、20Y、21Y、22Y和25Y基因组重测序数据为研究对象,以自备的4个金针菇基因组为blast检验数据库,采用VCFtools-0.1.16软件进行数据过滤,发掘可靠且多态性强的SNP、InDel及SV位点信息。使用Primer3软件设计引物,通过标记引物的blastn特异性及通用性检测,实验获得了InDel/SV标记26个;它们可以直接扩增,根据电泳条带的大小差异检测菌株的遗传差异,获得了丰度SNP标记区域63个,成功设计出通用性引物16对作为传统ITS、Rpb2、Ef1α等靶标序列的有益补充。本研究拟开发更多可用于金针菇遗传分析的分子标记,希望可以从全基因组扫描明晰研究菌株的遗传背景,为后续金针菇分子辅助育种、功能基因发掘与机理探索等研究提供助力。 展开更多
关键词 金针菇 插入与缺失标记 结构变异标记 单核苷酸多态性标记 引物设计
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芝麻SNP和InDel标记遗传多样性、群体结构及连锁不平衡分析 被引量：16
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作者 魏利斌 苗红梅 +3 位作者 李春 段迎辉 徐芳芳 张海洋 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2017年第8期3070-3079,共10页
为了利用关联分析发掘芝麻种质资源中所携带的优异等位基因,并了解其对目标性状的贡献值。本研究利用随机分布于芝麻基因组中的206对多态性分子标记(167对SNP标记和39对In Del标记),对101份来自国内外的芝麻材料进行遗传多样性、亲缘关... 为了利用关联分析发掘芝麻种质资源中所携带的优异等位基因,并了解其对目标性状的贡献值。本研究利用随机分布于芝麻基因组中的206对多态性分子标记(167对SNP标记和39对In Del标记),对101份来自国内外的芝麻材料进行遗传多样性、亲缘关系、群体结构及连锁不平衡分析。206对标记共检测到413个等位基因;标记位点的基因多样性范围在0.01~0.53,平均为0.35;多态性信息含量(PIC)变幅为0.01~0.46,平均为0.28。供试芝麻材料间的遗传距离变幅为0.08~0.88,平均为0.43。聚类结果显示101份芝麻材料被划分为两大亚群:中国绝大部分(93.42%)芝麻材料被划分为第一大亚群,国外绝大部分(80.0%)芝麻材料被划分为第二大亚群。中国北方区(NR)与美洲区(AMR)的材料遗传距离最远(0.36);中国北方区(NR)与中部区(CR)的遗传距离最近(0.04)。群体结构分析显示供试芝麻群体由2个亚群组成,该结果与聚类分析以及主坐标分析结果一致。另外,绝大多数芝麻材料(>84%)间的亲缘关系较远(亲缘关系值<0.2)。连锁不平衡分析显示不同位点组合间存在一定程度的LD。利用SNP和InDel标记成功分析了101份芝麻品种的遗传多样性、亲缘关系、群体结构和连锁不平衡程度,本研究结果为后期芝麻杂交组合的配置以及利用关联分析准确挖掘芝麻有利基因提供了依据。 展开更多
关键词 芝麻 snp indel 遗传多样性 群体结构 连锁不平衡
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苹果抗炭疽菌叶枯病基因SNP和InDel标记的HRM筛选 被引量：14
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作者 刘源霞 兰进好 +4 位作者 柏素花 孙晓红 刘春晓 张玉刚 戴洪义 《园艺学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第2期215-222,共8页
以207株‘金冠’与‘富士’苹果的F1杂交分离群体实生树为试材,挑选抗炭疽菌叶枯病基因R_(gls)位点区域内的,第15条染色体上,位于SSR标记S0304673和S0405127之间500 kb物理距离内,由全基因组重测序技术所获得的与抗该病相关的10个SNP及1... 以207株‘金冠’与‘富士’苹果的F1杂交分离群体实生树为试材,挑选抗炭疽菌叶枯病基因R_(gls)位点区域内的,第15条染色体上,位于SSR标记S0304673和S0405127之间500 kb物理距离内,由全基因组重测序技术所获得的与抗该病相关的10个SNP及10个InDel标记,通过高分辨率熔解曲线(High Resolution Melting,HRM)技术筛选出与基因R_(gls)位点紧密连锁的2个SNP及4个InDel标记。通过对重组个体的基因型及表型分析,发现标记InDel4227和InDel4254表现出与R_(gls)基因位点共分离,将基因R_(gls)精细定位于标记InDel4199和SNP4299之间100 kb的物理距离内。对该基因位点两侧4.1~4.3Mb距离内的基因进行统计分析,表明在该区段内存在40个有功能注释的基因,涉及到细胞组成、分子功能和生物过程方面共19个GO分类。 展开更多
关键词 苹果 高分辨率熔解曲线 炭疽菌叶枯病 snp标记 indel标记 精细定位
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中国部分鸡种B-G基因SNP和Indel 被引量：5
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作者 吴允 毕榆林 +8 位作者 张扬 郭晓敏 李志腾 万方 朱鹏飞 徐璐 常国斌 徐琪 陈国宏 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2016年第8期1338-1342,共5页
鸡的MHC基因家族中B-G基因与鸡抗病性有关,通过研究与抗病有关的B-G基因的多态性可以从根本上提高鸡抵抗疾病的能力,进而为抗病育种奠定基础。试验对25个鸡种基因组DNA进行目标捕获测序,以NCBI中Gallus gallus的B-G基因序列为参考,利用M... 鸡的MHC基因家族中B-G基因与鸡抗病性有关,通过研究与抗病有关的B-G基因的多态性可以从根本上提高鸡抵抗疾病的能力,进而为抗病育种奠定基础。试验对25个鸡种基因组DNA进行目标捕获测序,以NCBI中Gallus gallus的B-G基因序列为参考,利用MEGA6软件进行不同鸡种基因序列比对,分析B-G基因外显子和内含子中的SNPs和Indels以及氨基酸的变化,最后制作进化树。结果表明,25个鸡种中外显子存在8个SNPs、19个Indels,内含子有67个SNPs、327个Indels;同时氨基酸序列也呈现出相应的多态性,中国地方鸡种也表现出丰富的遗传多样性。来航鸡、仙居鸡、隐性白羽鸡的B-G基因存在丰富的多态性;来航鸡在进化树上单独为一类,藏鸡、文昌鸡由于地理位置因素也分别为单独一类;现代肉鸡中罗斯与隐性白羽鸡聚为一类;不同类型的中国地方鸡种间同源性较小。中国地方鸡种B-G基因存在多源性进化以及丰富的遗传多样性,进而产生抗病性差异。 展开更多
关键词 鸡 B-G基因 snpS indelS 进化树
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不同鸡种BF1基因SNP和Indel比对分析 被引量：4
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作者 陈博雯 郑圣晗 +5 位作者 张莘 王统苗 王志秀 张扬 陈国宏 常国斌 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2018年第5期1087-1094,共8页
鸡BF1基因多态性与传染性疾病的抗性有很大关系。鸡BF1基因多态性及功能尚不清楚。本研究直接测定了25个鸡种BF1基因序列,并与从NCBI下载的红色原鸡BF1基因进行了比较,构建系统进化树进行分析。结果显示,在这25个鸡种中共检测到了171个... 鸡BF1基因多态性与传染性疾病的抗性有很大关系。鸡BF1基因多态性及功能尚不清楚。本研究直接测定了25个鸡种BF1基因序列,并与从NCBI下载的红色原鸡BF1基因进行了比较,构建系统进化树进行分析。结果显示,在这25个鸡种中共检测到了171个单核苷酸多态性(SNP),其中外显子上发现了108个SNP。这些外显子中SNP位点编码氨基酸166个,其中有58个氨基酸发生变异,氨基酸序列同源性高于核苷酸。外显子4和外显子1的SNP数量最多,占46%以上,第5、第6、第7、第8外显子属于保守区域。核苷酸序列缺失主要发生在外显子1和内含子5上。25个鸡种根据地理位置和气候环境大致可被分为3大类。说明,BF1基因在核苷酸多态性水平上存在较高的变异性,为鸡抗病育种提供了基础。 展开更多
关键词 鸡MHC BF1基因 snp indel
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