目的筛选和验证潜在的调控特发性肺纤维化(IPF)发生发展的基因,为IPF治疗提供新的靶点。方法通过使用转化生长因子β_(1)(TGF-β_(1))处理HFL1细胞诱导体外IPF模型(TGF-β_(1)处理组),同时以未处理细胞作为空白对照组,提取细胞RNA并进...目的筛选和验证潜在的调控特发性肺纤维化(IPF)发生发展的基因,为IPF治疗提供新的靶点。方法通过使用转化生长因子β_(1)(TGF-β_(1))处理HFL1细胞诱导体外IPF模型(TGF-β_(1)处理组),同时以未处理细胞作为空白对照组,提取细胞RNA并进行转录组测序。对转录组测序结果进行分析,筛选处理组与对照组间的差异表达基因。同时,进行了Gene Ontology(GO)、Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes(KEGG)和Gene Set Enrichment Analysis(GSEA)功能富集分析。使用IPF疾病相关的GEO数据集GSE24206和GSE40839结合转录组测序数据筛选出关键基因。通过IPF体外模型的RTq PCR实验对这些关键基因进行验证,并筛选出核心基因。最后通过腹腔注射博来霉素构建小鼠IPF模型,通过RT-qPCR对等渗盐水对照组和博来霉素处理组样本进行检测,验证筛选出的核心基因表达变化。结果相较于空白对照组,TGF-β_(1)处理组中α-SMA、NOX4和PDGFA 3种因子的表达均显著上调,表明体外IPF诱导模型构建成功。转录组测序分析筛选出2345个差异表达基因。差异基因的GO和KEGG富集分析显示,显著富集的通路包括TGF-β响应及TGF-β信号通路等;GSEA分析则富集到RNA降解、氧化磷酸化等通路。通过GEO数据库和转录组测序数据相交筛选出26个与IPF密切相关的基因。经验证,确定SLC19A2和IFI44为影响IPF的核心基因。在小鼠IPF模型中,相较于等渗盐水对照组,博来霉素处理组肺组织中SLC19A2显著上调,IFI44显著下调,这与IPF体外模型中的结果相一致。结论SLC19A2基因和IFI44基因可能是治疗IPF疾病的新靶点,这为IPF的研究和治疗提供了新思路。展开更多
文摘目的筛选和验证潜在的调控特发性肺纤维化(IPF)发生发展的基因,为IPF治疗提供新的靶点。方法通过使用转化生长因子β_(1)(TGF-β_(1))处理HFL1细胞诱导体外IPF模型(TGF-β_(1)处理组),同时以未处理细胞作为空白对照组,提取细胞RNA并进行转录组测序。对转录组测序结果进行分析,筛选处理组与对照组间的差异表达基因。同时,进行了Gene Ontology(GO)、Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes(KEGG)和Gene Set Enrichment Analysis(GSEA)功能富集分析。使用IPF疾病相关的GEO数据集GSE24206和GSE40839结合转录组测序数据筛选出关键基因。通过IPF体外模型的RTq PCR实验对这些关键基因进行验证,并筛选出核心基因。最后通过腹腔注射博来霉素构建小鼠IPF模型,通过RT-qPCR对等渗盐水对照组和博来霉素处理组样本进行检测,验证筛选出的核心基因表达变化。结果相较于空白对照组,TGF-β_(1)处理组中α-SMA、NOX4和PDGFA 3种因子的表达均显著上调,表明体外IPF诱导模型构建成功。转录组测序分析筛选出2345个差异表达基因。差异基因的GO和KEGG富集分析显示,显著富集的通路包括TGF-β响应及TGF-β信号通路等;GSEA分析则富集到RNA降解、氧化磷酸化等通路。通过GEO数据库和转录组测序数据相交筛选出26个与IPF密切相关的基因。经验证,确定SLC19A2和IFI44为影响IPF的核心基因。在小鼠IPF模型中,相较于等渗盐水对照组,博来霉素处理组肺组织中SLC19A2显著上调,IFI44显著下调,这与IPF体外模型中的结果相一致。结论SLC19A2基因和IFI44基因可能是治疗IPF疾病的新靶点,这为IPF的研究和治疗提供了新思路。
