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Effects of targeted deletion of a 284 bp avian-specific highly conserved element within the Sim1 gene on flight feather development in chickens
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作者 Keiji Kinoshita Kumiko Tanabe +6 位作者 Muhammad Ameen Jamal Momoko Kyu-Shin Kai-Xiang Xu Yan-Hua Su Xiong Zhang Takayuki Suzuki Hong-Jiang Wei 《Zoological Research》 2025年第3期608-617,共10页
Flight feathers represent a hallmark innovation of avian evolution.Recent comparative genomic analyses identified a 284 bp avian-specific highly conserved element(ASHCE)located within the eighth intron of the SIM bHLH... Flight feathers represent a hallmark innovation of avian evolution.Recent comparative genomic analyses identified a 284 bp avian-specific highly conserved element(ASHCE)located within the eighth intron of the SIM bHLH transcription factor 1(Sim1)gene,postulated to act as a cis-regulatory element governing flight feather morphogenesis.To investigate its functional significance,genome-edited(GE)primordial germ cell(PGC)lines carrying targeted ASHCE deletions were generated using CRISPR/Cas9-mediated editing,with germline chimeric males subsequently mated with wild-type(WT)hens to obtain GE progeny.The resulting GE chickens harbored 257-260 bp deletions,excising approximately half of the Sim1-ASHCE sequence.Reverse transcription-quantitative real-time polymerase chain reaction(RT-qPCR)analysis showed an average 0.32-fold reduction in Sim1 expression in the forelimbs of GE embryos at day 8(E8)compared to WT counterparts.Despite this,GE chickens developed structurally normal flight and tail feathers.In situ hybridization localized Sim1 expression to the posterior mesenchyme surrounding flight feather buds in E8 WT embryos,but not within the buds themselves.These results suggest that partial deletion of Sim1-ASHCE,despite diminishing Sim1 expression,does not disrupt flight feather formation.The excised region appears to possess enhancer activity toward Sim1 but is dispensable for flight feather development.Complete ablation of the ASHCE will be necessary to fully resolve the regulatory role of Sim1 in avian feather morphogenesis. 展开更多
关键词 sim1 gene Avian-specific enhancer Flight feather development Primordial germ cell Genome editing
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SIM1基因第8外显子的SNP对猪背膘厚的影响 被引量:6
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作者 郭晓令 陈哲 +1 位作者 赵晓枫 徐宁迎 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2008年第6期755-759,共5页
采用PCR-SSCP方法检测了约克夏、杜洛克、皮特兰、长白猪、嘉兴黑猪和金华猪6个品种共169头猪的SIM1基因外显子8的SNP及其基因型频率。结果共发现CC、CT、TT3种基因型,其基因型频率在国内外猪品种之间具有较大差异。其中,国内猪种嘉兴... 采用PCR-SSCP方法检测了约克夏、杜洛克、皮特兰、长白猪、嘉兴黑猪和金华猪6个品种共169头猪的SIM1基因外显子8的SNP及其基因型频率。结果共发现CC、CT、TT3种基因型,其基因型频率在国内外猪品种之间具有较大差异。其中,国内猪种嘉兴黑猪和金华猪只存在TT基因型,而国外猪种约克夏、杜洛克、皮特兰、长白猪则都存在3种基因型。用最小二乘法分析SNP对长白猪、约克夏猪和杜洛克猪的背膘厚的效应的结果表明,纯合基因型个体的背膘厚大于杂合基因型个体。SIM1基因型对国外猪种背膘厚有显著效应(P<0.05),并且不同部位效应不同。 展开更多
关键词 sim1基因 SNP 背膘厚
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从江香猪SIM1基因SNPs筛查及生物信息学分析 被引量:3
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作者 李俊 张勇 +1 位作者 杨红 张雄 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2015年第9期2224-2232,共9页
本研究以从江香猪为研究对象,二元杂交猪(从江香猪×野猪)、外三元杂交猪(杜×长×大)为对照,采用DNA池和直接测序技术对3个群体的SIM1基因7个外显子、部分内含子以及3′非翻译区序列进行多态性检测;利用生物信息学软件预... 本研究以从江香猪为研究对象,二元杂交猪(从江香猪×野猪)、外三元杂交猪(杜×长×大)为对照,采用DNA池和直接测序技术对3个群体的SIM1基因7个外显子、部分内含子以及3′非翻译区序列进行多态性检测;利用生物信息学软件预测多态位点对SIM1基因mRNA二级结构和蛋白质一级、二级结构的影响。结果表明,在3个群体的SIM1基因中筛查到12个SNPs,C77T位于第5外显子,T29186C、A29195C位于第9内含子,C63T、C225T位于第10外显子,C107T、A426G、T583C、A586C、A605C、A615C位于第11外显子,G267T位于3′非翻译区。其中C77T、T29186C、A29195C、C63T、C225T、C107T、G267T为同义突变,A426G、T583C、A586C、A605C、A615C为错义突变;5个错义突变分别导致异亮氨酸(Ile)变为缬氨酸(Val)、亮氨酸(Leu)变为脯氨酸(Pro)、谷氨酸(Glu)变为丙氨酸(Ala)、谷氨酸(Glu)变为天冬氨酸(Asp)、天冬酰胺(Asn)变为组氨酸(His);根据在线软件预测,突变前后的SIM1基因mRNA二级结构和蛋白质一级、二级结构均会发生改变。 展开更多
关键词 从江香猪 sim1基因 SNPS 生物信息学
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猪SIM1基因启动子活性及表达模式分析 被引量:2
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作者 陈哲 雷明明 施振旦 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2015年第2期6-11,共6页
旨在对猪SIM1基因的转录调控机制及表达模式进行初步探讨。采用PCR法扩增猪SIM1基因5'端上游的启动子区,应用生物信息学方法对这一区域内潜在的转录因子结合位点进行预测,采用5'端侧翼序列缺失获得8段长度不等的启动子片段,并... 旨在对猪SIM1基因的转录调控机制及表达模式进行初步探讨。采用PCR法扩增猪SIM1基因5'端上游的启动子区,应用生物信息学方法对这一区域内潜在的转录因子结合位点进行预测,采用5'端侧翼序列缺失获得8段长度不等的启动子片段,并分别克隆至荧光素酶报告基因表达质粒(p GL3-Enhancer)中,利用双荧光素酶报告活性检测分析SIM1基因启动子区不同长度片段在293T、MGC803和Bel7402细胞中瞬时转染后的活性。同时,采用Western Blot实验检测SIM1蛋白在猪7个不同组织的表达模式。结果表明,各SIM1启动子片段在293T、MGC803和Bel7402细胞中均有活性,在293T细胞活性最低;-699^-489 bp存在关键顺式调控元件,这一区域发现Smad、CEBPα、PAX6等关键转录因子结合位点;Western Blot实验首次在中枢神经系统外发现SIM1的表达,SIM1蛋白在脑和下丘脑表达量最高,在睾丸的表达量次之,在肝脏、皮脂和甲状腺表达量较高,在肌肉表达量最低。研究结果提示,SIM1基因在神经细胞发育、脂肪代谢和性腺发育过程都可能起到重要作用。 展开更多
关键词 sim1基因 启动子活性 表达模式
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基于SIM1-2的现场总线仪表电路设计 被引量:1
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作者 高景倩 辛晓宁 吕岩 《电子设计工程》 2009年第11期21-23,共3页
媒体结合单元(MAU)是现场总线仪表中的重要部件。介绍一种新型的媒体结合单元电路器件SIM1-2,该器件符合IEC61158-2数据链路层协议规范。在详细分析该器件的系统结构和主要功能的基础上,介绍其在总线仪表系统中的应用。并从资源需要,处... 媒体结合单元(MAU)是现场总线仪表中的重要部件。介绍一种新型的媒体结合单元电路器件SIM1-2,该器件符合IEC61158-2数据链路层协议规范。在详细分析该器件的系统结构和主要功能的基础上,介绍其在总线仪表系统中的应用。并从资源需要,处理速度和功耗等方面分析单片机、通讯控制器、MAU电路的选择等关键问题。 展开更多
关键词 媒体结合单元(MAU) sim1-2 总线仪表 硬件设计
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从江香猪SIM1基因SNP位点遗传效应分析
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作者 李俊 毛世明 +9 位作者 陈大芳 龙清孟 周迪 李平 张勇 张雄 冯文武 李明勇 尹杨莎 唐明宗 《养猪》 2019年第6期57-61,共5页
研究SIM1基因多态性与从江香猪胴体性状的关联性,寻找影响从江香猪胴体性状的数量性状基因座(QTL),为分子标记辅助选择提供依据;利用DNA直接测序技术,对从江香猪SIM1基因的C77T、C225T、A426G位点进行基因分型,采用SHEsis在线软件构建... 研究SIM1基因多态性与从江香猪胴体性状的关联性,寻找影响从江香猪胴体性状的数量性状基因座(QTL),为分子标记辅助选择提供依据;利用DNA直接测序技术,对从江香猪SIM1基因的C77T、C225T、A426G位点进行基因分型,采用SHEsis在线软件构建单倍型。在受试群体中,发现SIM1基因的3个SNP位点均有3种基因型,构建7种单倍型;最小二乘分析发现,3个SNP位点与肌内脂肪、眼肌面积、皮厚之间差异均不显著(P>0.05),C77T、A426G位点与从江香猪背膘厚差异显著(P<0.05);MM基因型、CC基因型、GG基因型的肌内脂肪和眼肌面积高于其他基因型;NN基因型、TT基因型、AA基因型的背膘厚和皮厚低于其他基因型;肌内脂肪最高的为MMCCAA聚合基因型,眼肌面积最高的为MNCCGG聚合基因型;背膘厚和皮厚最低的均为MNTTAA聚合基因型。可以考虑将MM基因型、CC基因型、GG基因型以及MMCCAA聚合基因型、MNCCGG聚合基因型作为影响从江香猪肌内脂肪和眼肌面积的有利基因型,将NN基因型、TT基因型、AA基因型以及MNTTAA聚合基因型作为影响背膘厚和皮厚有利基因型。 展开更多
关键词 从江香猪 sim1基因 多态性 胴体性状
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白念珠菌SIM1基因敲除与功能研究
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作者 张晓龙 鲁仁义 +1 位作者 阎澜 姜远英 《中国真菌学杂志》 CSCD 2018年第4期223-228,共6页
目的构建白念珠菌SIM1基因缺失菌,初步考察SIM1基因的功能。方法采用同源重组的方法构建SIM1基因双臂缺失菌,通过测定生长曲线、菌丝诱导、黏附上皮细胞等实验考察SIM1基因缺失菌表型。结果成功构建SIM1基因缺失菌,SIM1基因缺失后没有... 目的构建白念珠菌SIM1基因缺失菌,初步考察SIM1基因的功能。方法采用同源重组的方法构建SIM1基因双臂缺失菌,通过测定生长曲线、菌丝诱导、黏附上皮细胞等实验考察SIM1基因缺失菌表型。结果成功构建SIM1基因缺失菌,SIM1基因缺失后没有显著影响白念珠菌生长繁殖、菌丝及被膜形成,但白念珠菌对Caco-2细胞和KB细胞的黏附能力显著下降,对部分药物的敏感性增加。结论白念珠菌SIM1基因缺失导致细胞壁成分改变,并影响白念珠菌对宿主的黏附。 展开更多
关键词 白念珠菌 sim1基因 基因敲除 细胞壁 黏附
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MC4R基因、SIM1基因在从江香猪不同组织中的mRNA表达规律研究
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作者 李俊 毛世明 +8 位作者 周迪 冯文武 李平 陈大芳 龙清孟 李建伟 谢艳 王舍 唐明宗 《养猪》 2020年第3期65-68,共4页
研究MC4R基因、SIM1基因在从江香猪不同组织中mRNA差异表达规律,探寻影响从江香猪能量代谢和脂肪沉积的数量性状基因座(QTL),为分子标记辅助选择提供依据。研究以从江香猪为试验材料,应用实时荧光定量PCR技术,检测MC4R基因、SIM1基因在... 研究MC4R基因、SIM1基因在从江香猪不同组织中mRNA差异表达规律,探寻影响从江香猪能量代谢和脂肪沉积的数量性状基因座(QTL),为分子标记辅助选择提供依据。研究以从江香猪为试验材料,应用实时荧光定量PCR技术,检测MC4R基因、SIM1基因在从江香猪不同组织的mRNA相对表达量。结果显示,MC4R基因、SIM1基因在从江香猪各组织中均有表达,不同组织之间的相对表达量存在差异,MC4R基因相对表达量依次为:脾脏>小肠>脂肪>肝脏>肺>胃>心脏>肾脏>背肌,SIM1基因相对表达量依次为:脾脏>肾脏>脂肪>肝脏>小肠>胃>肺>心脏>背肌。 展开更多
关键词 从江香猪 MC4R基因 sim1基因 相对表达量
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SIM1基因变异致早发性肥胖1例及文献复习
9
作者 王峤 覃菲 巩纯秀 《中华实用儿科临床杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期303-306,共4页
对2022年2月就诊于首都医科大学附属北京儿童医院的1例SIM1基因变异致肥胖的患儿临床资料进行回顾性分析。患儿,女,5岁4个月,临床主要表现为早发性肥胖,29月龄时已达同龄女童肥胖标准,伴重度阻塞性睡眠呼吸暂停综合征。患儿及其母亲存在... 对2022年2月就诊于首都医科大学附属北京儿童医院的1例SIM1基因变异致肥胖的患儿临床资料进行回顾性分析。患儿,女,5岁4个月,临床主要表现为早发性肥胖,29月龄时已达同龄女童肥胖标准,伴重度阻塞性睡眠呼吸暂停综合征。患儿及其母亲存在SIM1基因杂合变异。文献复习全球范围不同家系的SIM1基因变异导致肥胖患者共42例,本病以早发性肥胖为主要特征,近1/3还伴有肥胖外临床表现,包括智力运动发育迟缓、认知行为问题、轻度外观畸形以及神经内分泌异常。目前共报道了58种SIM1基因变异与肥胖相关,大多集中于C-末端结构域。p.T46R及p.D707H等位基因频率达9.5%,考虑为热点变异。提示对于早发性肥胖患者,应注意完善SIM1基因分析。 展开更多
关键词 儿童 sim1基因 单基因肥胖 早发性肥胖 阻塞性睡眠呼吸暂停综合征
原文传递
格鲁吉亚第3步兵旅装备的T-72SIM1型主战坦克
10
《海陆空天惯性世界》 2008年第4期2-2,共1页
关键词 格鲁吉亚 主战坦克 SIM T-72sim1
原文传递
基于PROFIBUS-PA接口压力变送器模块设计 被引量:3
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作者 方彦军 薛菲 《仪器仪表学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2004年第z1期379-381,共3页
针对工业控制系统的特点和要求,采用模块化设计思想,设计并实现了一个带PROFIBUS-PA接口的智能压力变送器模块。该变送器使用了新型专用通讯接口芯片SPC4和SIM1,构成PROFIBUS-PA总线中的一个智能从站。文中给出了主要硬件设计框图及软... 针对工业控制系统的特点和要求,采用模块化设计思想,设计并实现了一个带PROFIBUS-PA接口的智能压力变送器模块。该变送器使用了新型专用通讯接口芯片SPC4和SIM1,构成PROFIBUS-PA总线中的一个智能从站。文中给出了主要硬件设计框图及软件流程图,实现了低价位开发从站的目的。 展开更多
关键词 PROFIBUS-PA PROFIBUS-DP SPC4 sim1
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基于PROFIBUS-PA接口温度变送器模块 被引量:1
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作者 姚运萍 姬鹏军 赵计生 《科学技术与工程》 2008年第20期5686-5689,共4页
采用铂热电阻作为前端传感器的输入,利用80C32单片机和PROFIBUS-DP从站芯片SPC4和SIM1,介绍开发PRO-FIBUS-PA智能温度变送器模块的软硬件方法。
关键词 现场总线 SPC4 80C52 sim1
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