目的·综合分析剪接因子3B亚基1(splicing factor 3B subunit 1,SF3B1)突变在葡萄膜黑色素瘤(uveal melanoma,UVM)中的作用、预后及免疫浸润特征。方法·纳入2018—2021年期间于上海交通大学医学院附属第九人民医院确诊为原发性...目的·综合分析剪接因子3B亚基1(splicing factor 3B subunit 1,SF3B1)突变在葡萄膜黑色素瘤(uveal melanoma,UVM)中的作用、预后及免疫浸润特征。方法·纳入2018—2021年期间于上海交通大学医学院附属第九人民医院确诊为原发性UVM且接受眼球摘除术的患者20例。提取患者的肿瘤组织样本DNA及RNA,分别用于Sanger测序和RNA测序。同时,从癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库获取80例UVM患者的基因表达数据、突变信息及临床资料,对基因表达数据的原始计数(STAR-counts)数据进行每百万转录本数(transcripts per million,TPM)格式转换及log2(TPM+1)归一化处理后用于后续分析。根据SF3B1基因突变与否,将TCGA-UVM队列分为2组,即SF3B1突变组与SF3B1野生型对照组。比较该中心队列样本与TCGA-UVM队列样本的SF3B1突变发生率,并使用Kaplan-Meier曲线对TCGA-UVM队列患者的预后数据进行生存分析。从分子特征数据库(Molecular Signatures Database,MSigDB)收集常见致癌通路相关基因集,并采用单样本基因集富集分析(single-sample gene set enrichment analysis,ssGSEA)评估TCGA-UVM队列样本中相关生物学通路的活性变化。采用R语言limma包对TCGA-UVM队列样本进行差异表达分析,并使用基因本体论(Gene Ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)对差异表达结果进行功能富集与信号通路分析。采用肿瘤免疫评估资源库(Tumor Immune Estimation Resource,TIMER)对TCGA-UVM队列样本的免疫细胞浸润水平进行评估,结合免疫检查点相关基因[如程序性细胞死亡蛋白1(programmed cell death protein 1,PDCD1)、细胞毒性T淋巴细胞相关蛋白4(cytotoxic T-lymphocyte-associated protein 4,CTLA4)等]的转录组数据分析SF3B1突变状态与肿瘤免疫微环境特征的关联,并通过肿瘤免疫功能障碍与排斥(Tumor Immune Dysfunction and Exclusion,TIDE)算法预测SF3B1突变对免疫治疗响应的影响。对该中心队列的RNA测序数据进行可变剪切(alternative splicing,AS)事件分析,识别SF3B1突变相关的差异可变剪切事件及转录本异构体变化。结果·通过对比该中心队列样本与TCGA-UVM队列样本的数据发现,SF3B1突变在中国UVM患者中的发生率明显高于TCGA-UVM队列。生存分析的结果显示,与SF3B1野生型对照组相比,SF3B1突变组患者的总体生存率和疾病特异性生存率均较高(均P<0.05)。ssGSEA分析显示,SF3B1突变与肿瘤炎症反应、缺氧反应、上皮-间质转化、血管生成等多条肿瘤相关通路活性升高相关。GO功能富集分析和KEGG信号通路分析的结果显示,差异表达基因主要富集于核受体活性等分子功能及过氧化物酶体增殖物激活受体(peroxisome proliferator-activated receptor,PPAR)信号通路等。免疫浸润分析的结果显示SF3B1突变与B细胞浸润程度较高、免疫检查点相关基因的低表达相关,TIDE算法提示SF3B1突变与免疫治疗响应率较高相关(P<0.05)。AS分析结果显示,SF3B1突变与多种差异可变剪切事件及转录本异构体改变相关。结论·SF3B1突变在中国UVM患者中的发生率较高,与较好的生存预后及特定免疫浸润特征相关,可作为预测UVM患者预后及免疫治疗反应的潜在生物标志物。展开更多
文摘目的·综合分析剪接因子3B亚基1(splicing factor 3B subunit 1,SF3B1)突变在葡萄膜黑色素瘤(uveal melanoma,UVM)中的作用、预后及免疫浸润特征。方法·纳入2018—2021年期间于上海交通大学医学院附属第九人民医院确诊为原发性UVM且接受眼球摘除术的患者20例。提取患者的肿瘤组织样本DNA及RNA,分别用于Sanger测序和RNA测序。同时,从癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库获取80例UVM患者的基因表达数据、突变信息及临床资料,对基因表达数据的原始计数(STAR-counts)数据进行每百万转录本数(transcripts per million,TPM)格式转换及log2(TPM+1)归一化处理后用于后续分析。根据SF3B1基因突变与否,将TCGA-UVM队列分为2组,即SF3B1突变组与SF3B1野生型对照组。比较该中心队列样本与TCGA-UVM队列样本的SF3B1突变发生率,并使用Kaplan-Meier曲线对TCGA-UVM队列患者的预后数据进行生存分析。从分子特征数据库(Molecular Signatures Database,MSigDB)收集常见致癌通路相关基因集,并采用单样本基因集富集分析(single-sample gene set enrichment analysis,ssGSEA)评估TCGA-UVM队列样本中相关生物学通路的活性变化。采用R语言limma包对TCGA-UVM队列样本进行差异表达分析,并使用基因本体论(Gene Ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)对差异表达结果进行功能富集与信号通路分析。采用肿瘤免疫评估资源库(Tumor Immune Estimation Resource,TIMER)对TCGA-UVM队列样本的免疫细胞浸润水平进行评估,结合免疫检查点相关基因[如程序性细胞死亡蛋白1(programmed cell death protein 1,PDCD1)、细胞毒性T淋巴细胞相关蛋白4(cytotoxic T-lymphocyte-associated protein 4,CTLA4)等]的转录组数据分析SF3B1突变状态与肿瘤免疫微环境特征的关联,并通过肿瘤免疫功能障碍与排斥(Tumor Immune Dysfunction and Exclusion,TIDE)算法预测SF3B1突变对免疫治疗响应的影响。对该中心队列的RNA测序数据进行可变剪切(alternative splicing,AS)事件分析,识别SF3B1突变相关的差异可变剪切事件及转录本异构体变化。结果·通过对比该中心队列样本与TCGA-UVM队列样本的数据发现,SF3B1突变在中国UVM患者中的发生率明显高于TCGA-UVM队列。生存分析的结果显示,与SF3B1野生型对照组相比,SF3B1突变组患者的总体生存率和疾病特异性生存率均较高(均P<0.05)。ssGSEA分析显示,SF3B1突变与肿瘤炎症反应、缺氧反应、上皮-间质转化、血管生成等多条肿瘤相关通路活性升高相关。GO功能富集分析和KEGG信号通路分析的结果显示,差异表达基因主要富集于核受体活性等分子功能及过氧化物酶体增殖物激活受体(peroxisome proliferator-activated receptor,PPAR)信号通路等。免疫浸润分析的结果显示SF3B1突变与B细胞浸润程度较高、免疫检查点相关基因的低表达相关,TIDE算法提示SF3B1突变与免疫治疗响应率较高相关(P<0.05)。AS分析结果显示,SF3B1突变与多种差异可变剪切事件及转录本异构体改变相关。结论·SF3B1突变在中国UVM患者中的发生率较高,与较好的生存预后及特定免疫浸润特征相关,可作为预测UVM患者预后及免疫治疗反应的潜在生物标志物。
