嗜水气单胞菌是水产养殖中一种比较常见的致病病原菌。本研究以嗜水气单胞菌为研究对象,利用SELEX指数富集系统进化技术(Systematic Evolution of Ligands by Exponential Enrichment,SELEX),经过12轮的筛选,通过生物素-抗地高辛碱性磷...嗜水气单胞菌是水产养殖中一种比较常见的致病病原菌。本研究以嗜水气单胞菌为研究对象,利用SELEX指数富集系统进化技术(Systematic Evolution of Ligands by Exponential Enrichment,SELEX),经过12轮的筛选,通过生物素-抗地高辛碱性磷酸酶显色系统检测DNA适配子与嗜水气单胞菌的亲和力,克隆、测序后,用DNAMAN软件分析其一级序列与二级结构。研究结果表明,通过12轮筛选后,亲和力由最初的0.32升到第9轮的0.72,亲和力提高了2.25倍。一级结构主要由GT组成,说明同源性适体有了一定程度的富集。二级结构模拟图以茎环状结构为主,说明这些茎环状结构可能是适体与靶分子进行结合作用的基础,也是其进一步形成三维空间结构的基础。展开更多
文摘目的:获取结合于不同亚型乳腺癌组织细胞的DNA适配子。方法:采用PCR法建立随机双链DNA(double-stranded DNA,dsDNA)文库,用卵白素包被的琼脂糖珠从dsDNA库获取单链DNA(single-stranded DNA,ssDNA)文库;以消减细胞-指数富集的配体进化系统(systematic evolution of ligands by exponential enrichment,SELEX)技术为基础,将体外培养的乳腺癌细胞MCF-7和MDA-MB-231交替作为靶标进行正筛选,以相同组织来源的乳腺上皮细胞MCF-10A进行负筛选,琼脂糖电泳法检测PCR扩增和适配子回收、温度梯度实验优化PCR条件、流式细胞术监测适配子与靶细胞的亲和力,采用常规分子生物学技术完成适配子的克隆和测序,通过序列分析初步筛选适配子;综合采用流式细胞术、激光共聚焦和免疫荧光染色等实验优选DNA适配子。结果:成功建立ssDNA文库,优化了SELEX筛选条件,通过20轮交叉串联的细胞-SELEX筛选获取了特异性结合乳腺癌MCF-7和MDA-MB-231细胞的DNA适配子,随机挑选100个阳性克隆测序,鉴定出72个DNA适配子,采用Blastn程序进行精确比对未发现相似序列。通过序列分析初步筛选出适配子5个,经优选实验获取了可结合乳腺癌亚型组织细胞的适配子2个。结论:采用交叉串联的细胞-SELEX技术,可在较短时间获取结合不同临床乳腺癌亚型组织细胞的DNA适配子,为乳腺癌靶向递药系统的探索研究提供了可能。
文摘嗜水气单胞菌是水产养殖中一种比较常见的致病病原菌。本研究以嗜水气单胞菌为研究对象,利用SELEX指数富集系统进化技术(Systematic Evolution of Ligands by Exponential Enrichment,SELEX),经过12轮的筛选,通过生物素-抗地高辛碱性磷酸酶显色系统检测DNA适配子与嗜水气单胞菌的亲和力,克隆、测序后,用DNAMAN软件分析其一级序列与二级结构。研究结果表明,通过12轮筛选后,亲和力由最初的0.32升到第9轮的0.72,亲和力提高了2.25倍。一级结构主要由GT组成,说明同源性适体有了一定程度的富集。二级结构模拟图以茎环状结构为主,说明这些茎环状结构可能是适体与靶分子进行结合作用的基础,也是其进一步形成三维空间结构的基础。
文摘目的筛选针对Orai1分子第1膜外区蛋白的核酸适配体,探讨适配体通过拮抗钙离子释放激活通道(Ca2+release activation channel,CRAC)抑制肥大细胞活化的效应。方法构建随机单链DNA文库,利用不对称PCR对单链DNA文库进行扩增。采用聚苯乙烯酶联板为介质的指数富集配体系统进化(systematic evolution of ligand by exponential enrichment,SELEX)技术筛选核酸适配体。利用酶联免疫吸附实验检测各轮筛选序列与靶蛋白的亲和力,验证适配体与靶蛋白的特异性结合;激光共聚焦显微镜观察适配体对细胞内钙离子浓度变化的影响;利用IgE介导的肥大细胞脱颗粒模型,观察适配体对β-氨基己糖苷酶释放的抑制效应。结果经过12轮SELEX筛选,获得了7条核酸适配体,其中AptamerY1解离常数(Kd值)为1.72×10-8mol/L。以终浓度2μg/mL的AptamerY1可抑制由IgE介导的人肥大细胞系LAD2钙离子内流,并对LAD2细胞的β-氨基己糖苷酶释放抑制率达95%。结论通过SELEX筛选,获得了7条针对Orai1分子第1膜外区的核酸适配体,所获得适配体可对肥大细胞LAD2钙内流有效抑制,进而抑制肥大细胞活化和β-氨基己糖苷酶的释放。
