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基于Oncomine和GEO数据库分析SEC24D基因在乳腺癌中的表达意义及穿心莲内酯的干预研究 被引量：4
1
作者 余涛 李丹 +3 位作者 邹小娟 丁凤敏 王文龙 陈家旭 《中华中医药杂志》 CAS CSCD 北大核心 2018年第5期1703-1707,共5页
目的:通过挖掘Oncomine和GEO基因芯片数据库中的相关数据,分析SEC24D基因在乳腺癌中的表达及临床意义,并探讨穿心莲内酯对乳腺癌细胞中SEC24D基因的干预作用。方法:检索Oncomine和GEO数据库中有关乳腺癌和穿心莲内酯干预乳腺癌的数据集... 目的:通过挖掘Oncomine和GEO基因芯片数据库中的相关数据,分析SEC24D基因在乳腺癌中的表达及临床意义,并探讨穿心莲内酯对乳腺癌细胞中SEC24D基因的干预作用。方法:检索Oncomine和GEO数据库中有关乳腺癌和穿心莲内酯干预乳腺癌的数据集,对所获取的数据资料进行数据挖掘,并结合文献资料综合分析。结果:对Oncomine数据库中共收集的9项关于乳腺癌和乳腺正常组织SEC24D基因有差异表达的研究数据进行分析,发现乳腺癌组织中SEC24D基因的表达显著高于乳腺正常组织(P<0.05)。通过生存分析发现高表达SEC24D基因的乳腺癌患者无病生存期明显差于低表达者,低表达患者的预后更好(P<0.05)。通过挖掘GEO数据库中的数据集GSE85871发现穿心莲内酯能够下调乳腺癌细胞SEC24D基因的表达(P<0.05)。结论:SEC24D基因在乳腺癌组织中呈现高表达,并与乳腺癌患者的预后相关,该基因可能是穿心莲内酯干预乳腺癌细胞的一个新靶点。 展开更多
关键词 穿心莲内酯 乳腺癌 sec24D基因 数据挖掘
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COPⅡ囊泡衣被蛋白SEC24A在巨自噬通路中的功能研究
2
作者 赵云鹏 张浩林 +2 位作者 熊倩倩 李雨婷 王娟 《生物技术进展》 2022年第6期906-914,共9页
细胞自噬是一种重要且保守的细胞内降解过程,通过形成双层膜的自噬体包裹细胞内容物进行降解。内质网来源的COPⅡ囊泡被认为是饥饿诱导的应激过程中自噬体的膜源。探究了COPⅡ囊泡衣被蛋白SEC24A在巨自噬通路中的作用。利用siRNA干扰技... 细胞自噬是一种重要且保守的细胞内降解过程,通过形成双层膜的自噬体包裹细胞内容物进行降解。内质网来源的COPⅡ囊泡被认为是饥饿诱导的应激过程中自噬体的膜源。探究了COPⅡ囊泡衣被蛋白SEC24A在巨自噬通路中的作用。利用siRNA干扰技术敲低SEC24A的表达,EBSS饥饿处理对照组和SEC24A敲低组HeLa细胞2 h诱导自噬发生,经Western blot和免疫荧光实验检测自噬底物蛋白p62和自噬标志蛋白LC3-Ⅱ的蛋白水平变化,以确定SEC24A是否参与自噬。通过RFP-GFP-LC3串联荧光检测自噬体和自噬溶酶体的数目,利用蛋白酶K保护实验验证自噬缺陷发生在自噬体闭合之前或者之后,利用免疫荧光实验检测敲低SEC24A对自噬通路上ATG复合物的影响,以确定SEC24A调控自噬通路的位点。通过免疫共沉淀实验验证SEC24A与自噬相关蛋白ATG9A是否存在相互作用。蛋白检测实验发现,饥饿条件下与对照细胞相比,敲低SEC24A细胞内自噬底物蛋白p62积累,而标志蛋白LC3-Ⅱ减少。RFP-GFP-LC3串联荧光实验显示,敲低SEC24A后自噬体及自噬溶酶体的数目均减少。蛋白酶K保护实验显示,SEC24A敲低细胞中受膜结构保护的p62和GFP-LC3均减少,提示SEC24A作用位点在自噬体闭合之前。免疫荧光实验显示,敲低SEC24A的表达后ATG14L、ATG16L1点状结构减少,而ATG9A点状结构的数量没有明显变化,提示SEC24A作用于ATG14L、ATG16L1上游。免疫共沉淀实验显示SEC24A与ATG9A存在相互作用。研究结果不仅有助于深化对自噬体形成过程和分子机制的了解,也为全面解读COPⅡ囊泡及其衣被蛋白在自噬中的重要作用提供了信息。 展开更多
关键词 细胞自噬 COPⅡ囊泡 sec24A蛋白 ATG蛋白
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小麦Sec24基因的不同亚型在不同组织中的初步表达分析
3
作者 张杰钰 刘思农 +2 位作者 洪思丹 伏欢 冉莉萍 《绿色科技》 2019年第10期251-253,共3页
指出了小麦胚乳贮藏蛋白以蛋白体的形式在胚乳细胞中积累,其组分和积累量直接决定小麦的加工品质。细胞质中包被蛋白复合体II的内衣被蛋白组分Sec24作为关键调控因子参与了蛋白质的运输和分选。前期研究发现小麦Sec24基因有3个亚型,分别... 指出了小麦胚乳贮藏蛋白以蛋白体的形式在胚乳细胞中积累,其组分和积累量直接决定小麦的加工品质。细胞质中包被蛋白复合体II的内衣被蛋白组分Sec24作为关键调控因子参与了蛋白质的运输和分选。前期研究发现小麦Sec24基因有3个亚型,分别是Sec24a、Sec24b和Sec24c,其中Sec24a受氮素影响显著,它的表达水平与蛋白含量呈正相关。研究通过半定量RT-PCR和实时荧光定量PCR对扬麦158的根、幼叶、叶鞘、成熟叶、小穗和籽粒等组织中Sec24基因的3个亚型的表达量差异进行了初步分析,结果显示3个亚型均不是组织特异性表达的基因,它们在不同组织中的表达量不一致;Sec24a在各器官中的相对表达量要低于Sec24b和Sec24c;三个亚型均在根中的表达量最高,旗叶中的表达量最低。研究结果可为后续探明Sec24a基因对胚乳蛋白体发育和贮藏蛋白积累的分子调控奠定理论基础。 展开更多
关键词 小麦 贮藏蛋白 sec24基因 蛋白体 加工品质
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弥漫性大B细胞淋巴瘤预后相关lncRNA分子筛选
4
作者 王庆卓 李莉娟 张连生 《生物技术》 CAS 2023年第3期305-311,共7页
[目的]用生信技术挖掘弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)预后相关的长链非编码RNA(lncRNA),探究其靶基因潜在的生物功能及核心靶基因。[方法]使用TCGA数据库中弥漫大B细胞淋巴瘤患者的基因表达矩阵和临床数据,以及GTEx中正常组织的表达矩阵,利... [目的]用生信技术挖掘弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)预后相关的长链非编码RNA(lncRNA),探究其靶基因潜在的生物功能及核心靶基因。[方法]使用TCGA数据库中弥漫大B细胞淋巴瘤患者的基因表达矩阵和临床数据,以及GTEx中正常组织的表达矩阵,利用Cox回归筛选弥漫性大B细胞淋巴瘤预后相关的lncRNA。在筛选表达及预后差异显著的lncRNA后,使用LncSEA数据库预测其靶基因,并通过R包clusterProfiler进行GO和KEGG富集分析。最后,用STRING构建靶基因蛋白互作网络(PPI),并使用cytoscape筛选核心互作蛋白。[结果]得到了30个与弥漫大B细胞淋巴瘤预后显著的风险因子,其中LINC01473和SEC24B-AS1在DLBCL的表达显著高于正常对照组且预后显著;LINC01473和SEC24B-AS1的靶基因GO主要富集于转录调节复合物、DNA结合转录因子结合等生物过程;Cytoscape筛选出LINC01473和SEC24B-AS1的10个关键靶基因,包括EP300、MYC、TP53、JUN、HDAC1、SMAD4、ESR1、FOS、CEBPA和AR。[结论]LINC01473和SEC24B-AS1是弥漫性大B细胞淋巴瘤中高表达且预后显著的lncRNA,其靶基因调控通路及核心关键靶基因揭示了该疾病的生物学过程,为早期诊断治疗提供了生物标志物。 展开更多
关键词 弥漫性大B细胞淋巴瘤 长链非编码RNA LINC01473 sec24B-AS1 预后 蛋白互作网络
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衣被蛋白复合物Ⅱ在RNA病毒增殖过程中的作用
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作者 杨伟洪 刘曜宁 +3 位作者 朱林 王丹丹 曹诚 高婷 《军事医学》 CAS 北大核心 2019年第6期474-478,共5页
细胞内膜系统在病毒蛋白及病毒颗粒合成、组装以及释放过程中发挥着重要作用。衣被蛋白复合物Ⅱ(COPⅡ)介导细胞内顺向运输,即负责从内质网到高尔基体的物质运输,多种RNA病毒会利用COPⅡ通路和(或)COPⅡ组分为其生命周期服务。该文就CO... 细胞内膜系统在病毒蛋白及病毒颗粒合成、组装以及释放过程中发挥着重要作用。衣被蛋白复合物Ⅱ(COPⅡ)介导细胞内顺向运输,即负责从内质网到高尔基体的物质运输,多种RNA病毒会利用COPⅡ通路和(或)COPⅡ组分为其生命周期服务。该文就COPⅡ在RNA病毒增殖过程中发挥的作用及其研究进展进行综述。 展开更多
关键词 衣被蛋白复合物Ⅱ 胞质GTP酶Ras相关蛋白1 内衣被组分sec24 RNA病毒
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