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糜子SBP基因家族鉴定及在籽粒稃壳色形成中的表达分析 被引量:1
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作者 郝子义 刘天鹏 +6 位作者 何继红 董孔军 任瑞玉 张磊 韦恒 李亚伟 杨天育 《甘肃农业大学学报》 北大核心 2025年第4期65-77,共13页
【目的】了解糜子SBP基因家族及在其籽粒稃壳色形成中的表达特征。【方法】采用生物信息学方法,全基因组鉴定了含有SBP结构域的SBP基因家族成员,并进一步分析了其染色体分布、蛋白理化性质、系统进化关系、基因结构、保守结构域、启动... 【目的】了解糜子SBP基因家族及在其籽粒稃壳色形成中的表达特征。【方法】采用生物信息学方法,全基因组鉴定了含有SBP结构域的SBP基因家族成员,并进一步分析了其染色体分布、蛋白理化性质、系统进化关系、基因结构、保守结构域、启动子区域的顺式作用元件及在糜子白、黄、褐籽粒稃壳色形成中的表达特征。【结果】糜子含有38个SBP基因,不均匀的分布在18条染色体上,PmSBP蛋白的氨基酸序列长度为122-1109aa,等电点为5.49-10.32,家族成员含有1-11个外显子,亚细胞定位于细胞核、叶绿体中。糜子38个SBP基因的蛋白聚类分析显示,该蛋白家族可分为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ和Ⅴ5个亚家族,亚家族Ⅲ成员具有相对复杂的结构。顺式作用元件分析显示,在糜子SBP家族基因存在共同的顺式作用元件,如光响应、激素响应、分生组织表达和调控种子特异性等。白、黄、褐色籽粒品种晋黍8号、陇糜12号和张778稃壳色形成期转录组及qRT-PCR分析显示,糜子SBP基因家族成员中PmSBP33、PmSBP8、PmSBP17、PmSBP37、PmSBP12、PmSBP14、PmSBP1、PmSBP7、PmSBP23和PmSBP16在3个品种籽粒中的表达量较高,且品种间表达量差异显著。通过与谷子、拟南芥和水稻同源基因比对,推测PmSBP1和PmSBP7与糜子籽粒发育相关。【结论】鉴定出38个糜子SBP基因家族成员,在糜子籽粒稃壳中的表达量差异明显,且PmSBP1和PmSBP7与糜子籽粒形态建成密切相关。 展开更多
关键词 糜子 sbp基因家族 转录因子 生物信息学分析 表达特征
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鼓槌石斛SBP基因家族全基因组鉴定与生物信息学分析
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作者 董蓉娇 李泽生 +4 位作者 姚志军 贾敏 罗凯 高燕 李桂琳 《西南农业学报》 北大核心 2025年第9期1822-1831,共10页
【目的】鉴定和分析鼓槌石斛全基因组中SBP转录因子家族,为后续深入研究SBP转录因子的生物学功能奠定基础。【方法】利用生物信息学方法从鼓槌石斛全基因组中筛选鉴定出SBP基因家族成员,并对其蛋白理化特性、亚细胞定位、蛋白质空间结... 【目的】鉴定和分析鼓槌石斛全基因组中SBP转录因子家族,为后续深入研究SBP转录因子的生物学功能奠定基础。【方法】利用生物信息学方法从鼓槌石斛全基因组中筛选鉴定出SBP基因家族成员,并对其蛋白理化特性、亚细胞定位、蛋白质空间结构、蛋白磷酸化修饰位点、染色体定位、保守结构域与保守基序、系统发育树、启动子顺式作用元件等进行系统分析。【结果】鼓槌石斛基因组中鉴定出15个SBP基因,不均匀分布在10条染色体上,氨基酸数量为219~1086 aa,等电点为5.37~9.63,相对分子质量为24480.53~119978.42 Da,不稳定系数为44.54~74.10,脂肪系数为52.65~81.42,总平均亲水性为-0.787~0.575。亚细胞定位预测结果显示,基因家族成员中3个定位在细胞质上,15个定位在细胞核上;蛋白质二级结构以规则的α-螺旋和松散的无规则卷曲为主要构成,而三级结构整体相似度较低,空间构象更复杂;蛋白磷酸化修饰位点为21~134个;家族成员均具备高度保守的SBP结构域,由2个锌指结构模块和1个核定位信号序列构成;不同SBP基因家族成员之间所含基序(Motif)不同,聚类关系较近基因的基序相似,基序数量为2~7个;鼓槌石斛、拟南芥和水稻51个SBP蛋白被划分为11个亚族,15个鼓槌石斛SBP蛋白分布于8个亚族中;SBP基因启动子区域检测到光响应、激素响应及逆境胁迫响应等22类不同顺式作用元件;SBP基因在鼓槌石斛根和茎中表达量相对较低,在叶片和花中表达量相对较高,同一亚族基因表达模式相似。【结论】SBP基因家族成员理化性质差异较大,划分为8个系统发育亚族,同一亚族结构域和基序保守性极强,启动子区主要包含光响应、激素类响应及逆境胁迫响应等顺式作用元件,SBP基因在不同组织中差异化表达,可能在鼓槌石斛叶片和花器官生长发育方面发挥重要作用。 展开更多
关键词 鼓槌石斛 sbp 基因家族 生物信息学 保守结构域
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3种栗属植物SBP基因家族生物信息学与表达分析
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作者 付丽枝 杨涌 +3 位作者 于克妍 于立洋 王旋 张海娥 《山东农业科学》 北大核心 2025年第5期36-45,共10页
SBP蛋白是一类广泛参与调节生长发育过程的植物特有转录因子。本研究从3种栗属植物中鉴定到58个SBP基因家族成员,并利用生物信息学方法对其染色体定位、蛋白理化性质、共线性关系等方面进行了分析。结果发现,所有栗属植物SBP基因家族成... SBP蛋白是一类广泛参与调节生长发育过程的植物特有转录因子。本研究从3种栗属植物中鉴定到58个SBP基因家族成员,并利用生物信息学方法对其染色体定位、蛋白理化性质、共线性关系等方面进行了分析。结果发现,所有栗属植物SBP基因家族成员在染色体上呈非均匀分布,其中3个SBP基因未被组装到染色体的大片段中。进化树分析发现栗属植物SBP基因家族可以分为7个小组,小组5中发生了基因的丢失和扩增。Motif分析发现所有SBP基因家族成员都包含保守的Motif1或Motif2。共线性基因对的Ka/Ks分析发现,SBP基因家族成员在栗属植物基因组内及组间正在经历纯化选择。转录组数据分析发现CmSBP基因家族在不同时期中国板栗芽与果实中的表达量变化明显。本研究结果可为后续栗属植物SBP基因功能研究提供理论基础。 展开更多
关键词 栗属植物 sbp基因家族 选择压力 生物信息学分析 表达分析
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双相介质波动方程系数矩阵对称化及其SBP-SAT差分模拟
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作者 孙铖 刘泰玉 +2 位作者 蒋关希曦 张剑伟 杨在林 《振动与冲击》 北大核心 2025年第16期108-118,共11页
波动方程系数矩阵对称化是整合不同类别波动方程、降低波传播模拟难度的有效方法,目前已成功应用于声波方程、各向同性与各向异性介质弹性波动方程。该研究将推导出双项介质波动方程的系数矩阵对称式;随后,引入多轴完全匹配层,采用迎风... 波动方程系数矩阵对称化是整合不同类别波动方程、降低波传播模拟难度的有效方法,目前已成功应用于声波方程、各向同性与各向异性介质弹性波动方程。该研究将推导出双项介质波动方程的系数矩阵对称式;随后,引入多轴完全匹配层,采用迎风格式分部求和-一致逼近项(summation by parts-simultaneous approximation terms,SBP-SAT)有限差分方法离散波动方程,并通过能量法进行稳定性评估。通过数值仿真,表明所提出的离散框架具有整合度高,稳定性好和拓展性强等特点。此外,该方法可以稳定模拟曲线域中的波传播并降低其实现成本,表明了波动方程系数矩阵对称化方法及其离散框架在波传播模拟领域具有广泛的应用前景。 展开更多
关键词 双相介质波动方程 系数矩阵对称式 分部求和-一致逼近项(sbp-SAT) 有限差分方法 能量法
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月季SBP-box基因家族的全基因组分析 被引量:2
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作者 许朵朵 赵理想 +5 位作者 王昊宁 刘梦 朱晓仪 石力匀 栗燕 逯久幸 《植物生理学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第7期1211-1220,共10页
SBP家族对月季(Rosa chinensis)开花时间调控和花发育分子机制的研究具有重要意义。对月季SBP-box基因家族进行全基因组鉴定分析,并对该家族潜在负调控因子miR156进行靶基因预测。结果显示,月季SBP-box基因家族包含17个成员,蛋白长度为1... SBP家族对月季(Rosa chinensis)开花时间调控和花发育分子机制的研究具有重要意义。对月季SBP-box基因家族进行全基因组鉴定分析,并对该家族潜在负调控因子miR156进行靶基因预测。结果显示,月季SBP-box基因家族包含17个成员,蛋白长度为156~1075 aa。上游顺式元件主要以胁迫、激素响应和光响应为主。其中12个成员是miR156的潜在靶基因。月季RcSBP4A/4B/8/9基因可能参与花瓣早期发育,RcSBP2/6C基因可能与花瓣成熟相关。RcSBP3/4B可能是潜在的激活开花调控的关键因子。以上研究概述了月季SBP-box基因家族的情况,为进一步研究月季花期调控的分子机制提供参考。 展开更多
关键词 月季 sbp-box 生物信息学 基因家族
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糜子SBP基因家族全基因组鉴定及表达分析 被引量:1
6
作者 段政勇 丁敏 +4 位作者 王宇卓 丁艺冰 陈凌 王瑞云 乔治军 《植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期231-244,共14页
SBP(squamosapromoterbindingprotein)家族广泛参与植物生长发育、信号转导及多种生理生化过程。从糜子(Panicum miliaceum)全基因组中筛选并鉴定到25个SBP基因。系统发育分析表明,PmSBP家族成员分为6个亚家族。同一亚家族成员具有相似... SBP(squamosapromoterbindingprotein)家族广泛参与植物生长发育、信号转导及多种生理生化过程。从糜子(Panicum miliaceum)全基因组中筛选并鉴定到25个SBP基因。系统发育分析表明,PmSBP家族成员分为6个亚家族。同一亚家族成员具有相似的基因结构和保守基序。共线性分析表明,PmSBP与拟南芥(Arabidopsisthaliana)AtSBP和水稻(Oryzasativa)OsSBP分别形成7对和31对直系同源基因。顺式作用元件分析表明,PmSBP启动子区富含逆境胁迫、光反应及激素信号响应元件。基因表达模式分析表明,PmSBP基因表达具有明显的组织特异性、品种特异性及发育阶段特异性,表明SBP基因在糜子生长发育中发挥重要作用。研究结果为揭示SBP基因在糜子生长发育中的生物学功能奠定了基础,也为其它作物SBP基因研究提供了借鉴参考。 展开更多
关键词 糜子 sbp基因 全基因组鉴定 基因表达分析
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甘薯全基因组SBP-box基因家族鉴定及表达分析 被引量:1
7
作者 邵正伟 曾志鹏 +4 位作者 陈彦竹 何敏红 张毅 陈善兰 朱宏波 《分子植物育种》 CAS 北大核心 2024年第6期1784-1794,共11页
SBP (SQUAMOSA promoter binding proteins)家族是植物特有的一类转录因子家族,广泛存在于绿色植物中,调控植物生长发育、信号转导及响应非生物胁迫等多种生理过程。已有多种植物SBP-box基因相继被报道。为探究SBP-box基因在甘薯中的分... SBP (SQUAMOSA promoter binding proteins)家族是植物特有的一类转录因子家族,广泛存在于绿色植物中,调控植物生长发育、信号转导及响应非生物胁迫等多种生理过程。已有多种植物SBP-box基因相继被报道。为探究SBP-box基因在甘薯中的分布情况及对甘薯生长发育的影响,本研究从甘薯全基因组鉴定出30个SBP-box基因,依次命名为IbSPL1~IbSPL30,并分析了其基因结构、蛋白质结构和理化性质、系统进化关系、串联重复、启动子顺式作用元件分布和组织特异表达情况等。结果表明大部分甘薯SBP-box蛋白理化性质、结构有一定分化,甘薯SBP-box蛋白与拟南芥同源进化关系较近,不同亚家族间具有不同数量和类型的motif分布;甘薯SBP-box基因在染色体上分布较为均匀,除3条染色体外,其余12条染色体均有1~4个SBP-box基因分布,共线性分析发现甘薯SBP-box基因可能来源于多次片段重复事件;通过启动子区域顺式作用元件分析和不同组织、不同处理下的差异表达分析,发现16个基因与甘薯地上部分的生长发育相关,7个基因与干旱胁迫响应相关。本研究从各个角度分析了甘薯SBP-box基因的分子基础,探究了SBP-box基因对甘薯生长发育的影响,为甘薯分子育种提供一定理论依据。 展开更多
关键词 甘薯 sbp基因家族 生物信息学分析 非生物胁迫 表达分析
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谷子SBP转录因子的鉴定与表达分析
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作者 张昊 邵青 +3 位作者 王凯 贺晓龙 赵鹤青 李军 《分子植物育种》 CAS 北大核心 2024年第8期2448-2455,共8页
为明确谷子SBP基因家族成员、系统发育以及生物学功能,本研究通过构建隐马尔可夫模型和本地数据库,在谷子全基因组数据库中扫描含有SBP结构域的SBP基因家族成员,并进一步对染色体定位、系统进化、基因结构、保守基序和组织表达模式进行... 为明确谷子SBP基因家族成员、系统发育以及生物学功能,本研究通过构建隐马尔可夫模型和本地数据库,在谷子全基因组数据库中扫描含有SBP结构域的SBP基因家族成员,并进一步对染色体定位、系统进化、基因结构、保守基序和组织表达模式进行分析。从谷子全基因组数据库中共鉴定到20个SBP成员,以不均匀方式分布在9条染色体上;系统进化树分为GroupⅠ、GroupⅡ、GroupⅢ、GroupⅣ、GroupⅤ、GroupⅥ6个亚族;亲缘关系较近的基因具有相似的结构和保守基序,谷子SBP蛋白都含有保守motif 1和motif 2,大部分谷子SBP基因的内含子个数在1~4之间;谷子SBP基因在不同组织中的表达模式具有特异性,具有相同表达模式的基因聚类在一起。本研究初步明确了谷子SBP转录因子的分类、进化关系、结构特点以及组织表达模式。研究结果为进一步研究谷子SBP转录因子的系统发育以及生物学功能提供了理论基础,同时也为培育优良谷子种质资源提供科学依据。 展开更多
关键词 sbp 转录因子 生物信息学 组织表达模式
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完全匹配层在矩阵式波动方程SBP-SAT方法应用 被引量:1
9
作者 孙铖 杨在林 +1 位作者 蒋关希曦 刘泰玉 《振动与冲击》 EI CSCD 北大核心 2024年第13期53-60,共8页
数值离散方法和截断边界效果是地震动模拟实现的关键。基于分部求和(summation-by-parts,SBP)和一致逼近(simultaneous approximation term,SAT)的SBP-SAT方法具有较高的稳定性,这使得该方法具备了较高的应用前景和价值。此外,完全匹配... 数值离散方法和截断边界效果是地震动模拟实现的关键。基于分部求和(summation-by-parts,SBP)和一致逼近(simultaneous approximation term,SAT)的SBP-SAT方法具有较高的稳定性,这使得该方法具备了较高的应用前景和价值。此外,完全匹配层(perfect matching layer,PML)是一种应用广泛用于模拟截断边界的技术,但引入匹配层可能会破坏原始方程的稳定性,特别是在各向异性介质或曲线域模型中。首先基于数理推导,给出弹性波动方程系数矩阵的对称形式。在此基础上,引入多轴完全匹配层(multi-axis perfect matching layer,MPML),并建立相应的匹配层方程。通过本征值分析,我们可以判断阻尼函数对原方程特征根实部的走向和取值范围的影响。然后,我们采用SBP-SAT方法对矩阵对称形式匹配层方程进行离散,并在频域中采用能量法进行稳定性评估。通过对不同模型的数值仿真,表明所提出的离散框架具有整合度高、稳定性好和拓展性强等特点。此外,多轴匹配层可以与SBP-SAT方法结合,可以稳定地模拟曲线域中的波传播。 展开更多
关键词 弹性波动方程 对称矩阵形式 高阶有限差分方法 分部求和-一致逼近(sbp-SAT) 多轴完全匹配层(MPML) 稳定性
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高粱SBP基因家族鉴定及干旱胁迫下的表达模式分析 被引量:4
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作者 姜昱雯 陈满静 +4 位作者 赵应 任艳 周棱波 沈佳奇 邵明波 《山东农业科学》 北大核心 2024年第3期1-10,共10页
在高等植物中,SQUAMOSA Promoter Binding Protein-Box(SBP)普遍参与植物的生长、开花调控及细胞程序性死亡等过程。本研究对高粱(Sorghum bicolor L.)SBP转录因子家族进行鉴定并进行生物信息学分析,同时利用qRT-PCR对高粱SBP基因在PEG-... 在高等植物中,SQUAMOSA Promoter Binding Protein-Box(SBP)普遍参与植物的生长、开花调控及细胞程序性死亡等过程。本研究对高粱(Sorghum bicolor L.)SBP转录因子家族进行鉴定并进行生物信息学分析,同时利用qRT-PCR对高粱SBP基因在PEG-6000模拟干旱胁迫下的表达进行分析,以验证其功能。结果表明,从高粱中共鉴定出19个SBP成员,除第8条染色体外,其他9条染色体上均分布有SBP基因;绝大部分SBP蛋白在亚细胞水平定位于细胞核,且均为亲水性蛋白质。系统发育分析结果表明,与水稻类似,这19个高粱SBP基因也可分为3个亚类,分别含有7、5、7个SBP基因;相比于拟南芥,高粱SBP与水稻、玉米的SBP关系更近。启动子顺式作用元件预测结果显示,高粱SBP可能参与了脱落酸、茉莉酸甲酯信号通路,部分成员可能与植物的低温响应、昼夜节律调控有关。qRT-PCR分析结果显示,高粱SBP基因的表达具有组织特异性,有17个基因受干旱胁迫诱导上调表达,且随胁迫时间的延长存在差异化表达模式。本研究结果可为后续研究高粱SBP基因的功能提供理论依据。 展开更多
关键词 高粱 sbp基因家族 生物信息学分析 基因表达 干旱胁迫
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灵宝杜鹃SBP基因家族鉴定及其在非生物胁迫下的表达分析 被引量:2
11
作者 于相丽 陈燕 +2 位作者 赵若航 李勇慧 周晓君 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期582-592,共11页
【目的】SQUAMOSA启动子结合蛋白(SBP)家族在植物发育和非生物胁迫等方面起重要作用,该研究可为灵宝杜鹃SBP基因家族成员的生物学功能和在非生物胁迫响应的调控功能提供参考,并为灵宝杜鹃物种保护奠定基础。【方法】用生物信息学方法对... 【目的】SQUAMOSA启动子结合蛋白(SBP)家族在植物发育和非生物胁迫等方面起重要作用,该研究可为灵宝杜鹃SBP基因家族成员的生物学功能和在非生物胁迫响应的调控功能提供参考,并为灵宝杜鹃物种保护奠定基础。【方法】用生物信息学方法对灵宝杜鹃(Rhododendron henanense subsp.lingbaoense)SBP基因家族成员进行全基因组鉴定和分析,基于转录组数据分析组织特异性,并用qRT-PCR方法检测SBP在非生物胁迫下的表达。【结果】(1)从灵宝杜鹃基因组中共鉴定出19个含SBP保守结构域SBP成员,依次命名为RhlSBP1-RhlSBP19,基因不均匀分布在8条染色体上,编码的氨基酸长度为179~1072 aa,分子质量为20.26~118.73 kD;蛋白定位于细胞核;(2)系统发育分析将19个RhlSBP分为5个亚族,大部分RhlSBP与拟南芥AtSPL家族成员聚类;(3)所有的RhlSBP共有motif 1、motif 2和motif 4,基因结构显示Ⅳ、Ⅴ亚族内含子数量远多于Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ亚族;(4)RhlSBP启动子中含有大量光响应元件、激素响应元件和环境胁迫响应元件,推测RhlSBP可能在灵宝杜鹃响应光调控、环境胁迫中发挥重要作用;(5)灵宝杜鹃与其同科植物羊踟蹰、圆叶杜鹃的SBP基因有更高的共线性;(6)RhlSBP基因亚家族成员具有相似的组织表达模式;(7)RhlSBP基因对非生物胁迫具有响应作用,但不同成员在不同胁迫下的响应程度存在差异。茉莉酸甲酯和低温处理后,基因表达总体呈上调趋势,高盐会抑制RhlSBP基因表达,干旱条件下,RhlSBP基因表达呈先上调再下调趋势。【结论】RhlSBP1、RhlSBP8可能是干旱、低温和MeJA诱导关键基因。 展开更多
关键词 灵宝杜鹃 sbp基因家族 生物信息学 非生物胁迫
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普通烟草SBP基因家族生物信息学分析 被引量:1
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作者 李永成 《现代农业研究》 2024年第12期38-48,共11页
SBP基因属于最大的转录因子家族之一,SBP基因家族已在许多物种中被发现和报道,但在烟草中尚未得到很好的研究。研究共在烟草中鉴定出29个SBP基因,并根据其染色体分布将其命名为NtSBP01~NtSBP29。分析了烟草SBP成员的理化性状、染色体定... SBP基因属于最大的转录因子家族之一,SBP基因家族已在许多物种中被发现和报道,但在烟草中尚未得到很好的研究。研究共在烟草中鉴定出29个SBP基因,并根据其染色体分布将其命名为NtSBP01~NtSBP29。分析了烟草SBP成员的理化性状、染色体定位、系统发育树、基因结构、保守基序和共线性分析等。根据系统发育树将NtSBP基因分为Ground1~8类。同源性分析发现,NtSBP基因中存在10对同源基因,烟草与拟南芥之间存在5对同源基因。顺式作用元件分析表明,烟草SBP基因可能参与光、低温响应和生长发育调节。研究结果为进一步的功能分析奠定了基础。 展开更多
关键词 烟草 sbp基因家族 生物信息学分析
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莴苣SBP转录因子基因家族鉴定及其在茎用莴苣茎膨大期的表达分析
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作者 张雨 马文娟 +3 位作者 丁怡如 柳天义 廉荣齐 黄莹 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2024年第10期1923-1932,共10页
SBP家族基因在植物生长发育过程中具有重要作用。为明确茎用莴苣SBP家族基因染色体分布、启动子顺式作用元件、茎膨大期表达特征及其编码蛋白质的理化性质,本研究以拟南芥SBP蛋白氨基酸序列为参考筛选鉴定莴苣SBP家族基因,进行莴苣SBP... SBP家族基因在植物生长发育过程中具有重要作用。为明确茎用莴苣SBP家族基因染色体分布、启动子顺式作用元件、茎膨大期表达特征及其编码蛋白质的理化性质,本研究以拟南芥SBP蛋白氨基酸序列为参考筛选鉴定莴苣SBP家族基因,进行莴苣SBP家族基因的染色体定位、进化树构建、启动子顺式作用元件分析,构建其编码蛋白质的互作网络,并利用转录组测序技术及实时荧光定量PCR分析茎用莴苣茎膨大期SBP家族基因的表达模式。结果表明,在莴苣基因组中共鉴定到27个SBP基因,可分为7个亚族,不均匀分布于8条染色体上。多个SBP转录因子与植物开花相关蛋白LFY、乙烯响应转录因子(TOE2、TOE3、SMZ、SNZ)存在互作。在茎用莴苣茎膨大过程中,13个SBP基因的表达模式存在差异。随着茎用莴苣茎的膨大,LsSBP25的表达量呈增加趋势,而LsSBP10、LsSBP22的表达量逐步降低。本研究结果可为进一步探究莴苣SBP家族基因在莴苣生长发育过程中的作用提供基础。 展开更多
关键词 莴苣 sbp家族转录因子 茎膨大期 表达模式
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日本结缕草miR156和SBP基因的全基因组鉴定及分析
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作者 谢琦 高雷 《分子植物育种》 CAS 北大核心 2024年第22期7413-7420,共8页
SQUAMOSA启动子结合蛋白(SQUAMOSA-promoter binding like proteins, SBPs/SPLs)是植物中一类重要的转录因子家族,它的部分成员在microRNA156 (miR156)的调控下参与到植物各类的生物学过程,包括逆境胁迫、花芽分化以及花形态建成等。本... SQUAMOSA启动子结合蛋白(SQUAMOSA-promoter binding like proteins, SBPs/SPLs)是植物中一类重要的转录因子家族,它的部分成员在microRNA156 (miR156)的调控下参与到植物各类的生物学过程,包括逆境胁迫、花芽分化以及花形态建成等。本研究以日本结缕草(Zoysia japonica)基因组为基础,通过对SBP蛋白保守结构域的相似性分析鉴定到了20个Zj SBP家族成员,蛋白的氨基酸长度为203~902 aa,相对分子质量介于22~96 k D之间,等电点为5.26~10.24。通过miRNA的预测分析鉴定到了14个日本结缕草Zja-miR156;通过序列特性及靶向分析,发现其中8个SBP成员为miR156的靶基因。对日本结缕草、二穗短柄草(Brachypodium distachyon)、大麦(Hordeum vulgare)、小麦(Triticum aestivum)、水稻(Oryza sativa)和拟南芥(Arabidopsis thaliana) SBP蛋白进行系统进化学分析,发现它们可被划分为8个进化亚群。对日本结缕草miR156、SBP成员的鉴定及分析有助于深入挖掘miR156和SBP生物学功能,并为提高结缕草分子改良育种提供数据基础。 展开更多
关键词 sbp家族 日本结缕草 miR156 靶基因
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肝硬化并SBP患者外周血SAA、WBC/PLT、CD64及腹水CD64联合检测的意义 被引量:2
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作者 蒋菁蓉 张天洪 陈婧 《肝脏》 2024年第6期695-698,共4页
目的 分析肝硬化并自发性细菌性腹膜炎(SBP)外周血淀粉样蛋白A(SAA)、白细胞计数(WBC)/血小板(PLT)、白细胞分化抗原64(CD64)及腹水CD64联合检测的意义。方法 2021年1月至2022年12月成都中医药大学附属医院收治的106例肝硬化并腹水患者... 目的 分析肝硬化并自发性细菌性腹膜炎(SBP)外周血淀粉样蛋白A(SAA)、白细胞计数(WBC)/血小板(PLT)、白细胞分化抗原64(CD64)及腹水CD64联合检测的意义。方法 2021年1月至2022年12月成都中医药大学附属医院收治的106例肝硬化并腹水患者,根据是否发生SBP分为SBP组49例和非SBP组57例,选取同期50名健康人为对照组。免疫透射比浊法测定外周血SAA,全自动血液分析仪测定WBC、PLT,流式细胞仪测定外周血及腹水CD64。比较3组外周血SAA、WBC/PLT、CD64及腹水CD64,并通过绘制受试者工作特征曲线(ROC)评价外周血SAA、WBC/PLT、CD64及腹水CD64对肝硬化并SBP的诊断效能。结果 SBP组外周血SAA、WBC/PLT、CD64及腹水CD64分别为(82.3±17.2)mg/mL、(0.4±0.2)、(13 126.3±90.1)mol/cell、(14 912.8±101.7)mol/cell,高于非SBP组的(11.2±3.4)mg/mL、(0.1±0.1)、(1083.9±61.4)mol/cell、(936.2±51.1)mol/cell,(P<0.05);SBP组外周血SAA、WBC/PLT、CD64显著高于对照组的(10.6±2.8)mg/mL、(0.1±0.1)、(1063.7±57.5)mol/cell,(P<0.05)。非SBP组与对照组外周血SAA、WBC/PLT、CD64比较差异无统计学意义(P>0.05)。SBP组治疗后外周血SAA、WBC/PLT、CD64及腹水CD64分别为(35.6±6.9)mg/mL、(0.3±0.1)、(3302.4±70.5)mol/cell、(4758.4±78.6)mol/cell,显著低于SBP组治疗前(P<0.05)。ROC曲线分析显示,外周血SAA、WBC/PLT、CD64及腹水CD64联合诊断肝硬化并SBP的敏感度为96.00%,AUC为0.930,均高于单独检测(P<0.05)。结论 肝硬化并SBP患者外周血SAA、WBC/PLT、CD64及腹水CD64异常增高,且联合检测对肝硬化并SBP的早期诊断价值高。 展开更多
关键词 肝硬化 自发性细菌性腹膜炎 淀粉样蛋白A 白细胞计数/血小板 中性粒细胞白细胞分化抗原64
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高粱SbSBP15基因的克隆及分析 被引量:1
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作者 冯明 杨睿 +2 位作者 张正 张彦琴 常建忠 《分子植物育种》 CAS 北大核心 2023年第18期5929-5936,共8页
SBP-box (squamosa promoter binding protein, SBP)基因编码一类绿色植物特有的转录因子,它与器官大小的控制、株型、激素和逆境响应等植物重要发育过程密切相关。本研究克隆了高粱SbSBP15基因,对其进行了序列分析、系统进化分析及表... SBP-box (squamosa promoter binding protein, SBP)基因编码一类绿色植物特有的转录因子,它与器官大小的控制、株型、激素和逆境响应等植物重要发育过程密切相关。本研究克隆了高粱SbSBP15基因,对其进行了序列分析、系统进化分析及表达分析。SbSBP15基因编码一个由409个氨基酸组成的蛋白质,含有3个外显子和2个内含子,其SBP结构域位于96~165 aa区域;系统进化显示19个SBP15蛋白可分为4组(Ⅰ~Ⅳ),其中第Ⅰ~Ⅲ组内仅有单子叶植物蛋白,而第Ⅳ组中同时包含有单子叶植物蛋白和双子叶植物蛋白。Sb SBP15与玉米Ub2和Ub3关系最近;启动子序列分析表明,SbSBP15启动子的顺式作用元件包含逆境响应、组织特异性表达以及植物生长发育等相关元件;SbSBP15基因在花后10 d的种子中表达量最高,是苗期根部表达量的18倍;但是随着高粱种子不断发育,SbSBP15表达量逐渐降低,表明SbSBP15可能参与高粱种子发育的过程。本研究为进一步探索SbSBP15的生物学功能奠定了基础。 展开更多
关键词 sbp-box Sbsbp15 种子 表达分析
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高粱SbSBP17基因的克隆及表达分析
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作者 常建忠 董春林 +3 位作者 张正 杨睿 张彦琴 闫凤霞 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第7期1181-1187,共7页
SBP-box(Squamosa promoter Binding Protein box)蛋白是绿色植物中特有的一类转录因子,其功能涉及植物叶片发育、胚胎发生、间隔期长度、营养到生殖生长的更替、育性维持等生长发育的重要过程。该研究以高粱材料BTx623花序总RNA为模板... SBP-box(Squamosa promoter Binding Protein box)蛋白是绿色植物中特有的一类转录因子,其功能涉及植物叶片发育、胚胎发生、间隔期长度、营养到生殖生长的更替、育性维持等生长发育的重要过程。该研究以高粱材料BTx623花序总RNA为模板进行RT-PCR,克隆了高粱 SbSBP 17基因,并对其进行了系统进化及半定量PCR表达分析,为进一步研究 SbSBP 17基因的生物学功能奠定基础。结果表明: SbSBP 17含有2个内含子和3个外显子,编码1个444氨基酸的蛋白质,在其195~269 aa区域含有一个典型的SBP-box结构域;系统进化分析表明,18个SBP17蛋白可分为三组,第Ⅰ和Ⅱ组只有单子叶植物基因,而第Ⅲ组只有双子叶植物基因,SbSBP17与玉米PWZ17260.1亲缘关系最近;启动子顺式作用元件分析显示, SbSBP 17启动子含有细胞周期调控元件MSA-like、分生组织发育调控相关元件CAT-box和组织特异性表达元件RY-element等。基因表达分析显示, SbSBP 17是花序特异性表达基因,随着花序发育(长度增加), SbSBP 17基因表达量逐渐增高,当花序长至10 cm时基因表达量达到峰值,约是花序长度最小点(≤2 cm)时的40倍,随后表达量逐渐降低,并于花序长度20 cm时显著降低50%以上。研究推测,随着高粱花序进一步发育, SbSBP 17基因的表达量可能逐渐降低,最终消失。 展开更多
关键词 高粱 sbp-box Sbsbp 17 花序 表达分析
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葡萄SBP基因家族生物信息学分析 被引量:23
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作者 曹雪 上官凌飞 +4 位作者 于华平 杨光 王晨 谭洪花 房经贵 《基因组学与应用生物学》 CAS CSCD 北大核心 2010年第4期791-798,共8页
SBP(squamosa promoter binding protein,SBP)基因家族是植物所特有的一类重要转录因子,广泛参与植物生长、发育以及多种生理生化反应的信号传导。葡萄是继拟南芥、水稻和杨树之后完成全基因组测序的第四种开花植物,因此葡萄逐渐成为分... SBP(squamosa promoter binding protein,SBP)基因家族是植物所特有的一类重要转录因子,广泛参与植物生长、发育以及多种生理生化反应的信号传导。葡萄是继拟南芥、水稻和杨树之后完成全基因组测序的第四种开花植物,因此葡萄逐渐成为分子生物学研究的重点对象,进行葡萄基因组信息挖掘与分析对于葡萄功能基因组学的发展具有重要意义。本文利用生物信息学方法对葡萄家族45条SBP蛋白序列的系统发生和SBP基因组定位进行分析,然后对其氨基酸组成成分、理化性质以及二级和三级结构进行预测和分析,同时还分析了葡萄与拟南芥的SBP基因家族之间的联系。结果显示这45条蛋白序列与拟南芥16个SBP基因蛋白序列一起分成了3个亚族,说明拟南芥与葡萄SBP基因间具有较高的保守性;进一步的基因组定位结果发现其分布在14条染色体上,较拟南芥在染色体上的分布更为分散。研究还发现不同亚家族间氨基酸数目、氨基酸序列间的疏水性存在一定的差异;而二级结构预测结果发现,41条氨基酸序列以随机卷曲为主要组成部分,这与拟南芥相似,且45条氨基酸序列三维结构十分相似。本文实验结果均为葡萄SBP基因家族的进一步功能分析提供了重要研究基础。 展开更多
关键词 葡萄 拟南芥 sbp基因家族 生物信息学
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高粱SBP-box基因家族全基因组鉴定及表达分析 被引量:21
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作者 常建忠 闫凤霞 +3 位作者 乔麟轶 郑军 张福耀 柳青山 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2016年第6期569-580,共12页
SQUAMOSA PROMOTER BINDING PROTEIN box(SBP-box)基因家族编码一类绿色植物特有的转录因子,其功能涉及作物遗传改良的许多方面,如产量、株型、抗逆性等,具有重要的实际应用价值。本研究通过生物信息学方法从高粱(Sorghum bicolor L.)... SQUAMOSA PROMOTER BINDING PROTEIN box(SBP-box)基因家族编码一类绿色植物特有的转录因子,其功能涉及作物遗传改良的许多方面,如产量、株型、抗逆性等,具有重要的实际应用价值。本研究通过生物信息学方法从高粱(Sorghum bicolor L.)全基因组中鉴定出18个SBP-box基因,分布于9条染色体上,其中8个基因位于基因组重复区域。系统发育分析表明高粱SBP-box基因家族可分为6个亚家族,其中Sb SBP12、Sb SBP3和Sb SBP15分别与玉米Zm LG1、Zm TGA1和Zm UB2/3直系同源。基于RNA-seq数据的表达分析发现高粱SBP-box基因在花序原基中表达量最高,Sb SBP9和Sb SBP17为花序原基特异表达基因,Sb SBP5、Sb SBP8和Sb SBP18等基因受外源ABA和PEG胁迫上调表达,表明SBP-box基因可能参与高粱对非生物逆境的响应。本研究为高粱SBP-box家族重要基因的克隆提供了参考,相关基因可作为高粱遗传改良的候选基因。 展开更多
关键词 高粱 sbp—box基因家族 系统进化分析 表达分析
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番茄SBP基因家族的全基因组鉴定、结构特征及表达分析 被引量:12
20
作者 万红建 袁伟 +8 位作者 俞锞 刘云飞 李志邈 叶青静 王荣青 阮美颖 周国治 姚祝平 杨悦俭 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2013年第3期299-306,共8页
SBP基因家族是植物中一类特有的转录因子家族,广泛参与植物的生长发育以及各种生理生化反应的信号传导。为了揭示番茄SBP基因家族的功能,本研究利用全基因组信息鉴定番茄SBP转录因子家族,分析其结构特征,系统发育关系以及表达模式。结... SBP基因家族是植物中一类特有的转录因子家族,广泛参与植物的生长发育以及各种生理生化反应的信号传导。为了揭示番茄SBP基因家族的功能,本研究利用全基因组信息鉴定番茄SBP转录因子家族,分析其结构特征,系统发育关系以及表达模式。结果表明,番茄全基因组共编码17个SBP转录因子成员,分布在8条染色体上;系统发育关系表明SBP基因家族的结构特征变异发生在番茄、拟南芥和水稻分化之前;且它们在番茄、拟南芥和水稻中按照物种特异性的方式进行了扩张。不同芯片分析发现,SlSBP03基因在番茄叶片、子叶和下胚轴中表达量较高,SlSBP13基因果肉中表达量较高,这两个基因在果皮和根中表达量都较低;在大多数非生物胁迫处理条件下,SlSBP11、SlSBP13和SlSBP16的表达量均较低;而SlSBP01基因在干旱和热处理条件下有较高的表达量。 展开更多
关键词 番茄 sbp基因家族 生物信息学 水稻 拟南芥
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