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糜子SBP基因家族鉴定及在籽粒稃壳色形成中的表达分析 被引量:1
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作者 郝子义 刘天鹏 +6 位作者 何继红 董孔军 任瑞玉 张磊 韦恒 李亚伟 杨天育 《甘肃农业大学学报》 北大核心 2025年第4期65-77,共13页
【目的】了解糜子SBP基因家族及在其籽粒稃壳色形成中的表达特征。【方法】采用生物信息学方法,全基因组鉴定了含有SBP结构域的SBP基因家族成员,并进一步分析了其染色体分布、蛋白理化性质、系统进化关系、基因结构、保守结构域、启动... 【目的】了解糜子SBP基因家族及在其籽粒稃壳色形成中的表达特征。【方法】采用生物信息学方法,全基因组鉴定了含有SBP结构域的SBP基因家族成员,并进一步分析了其染色体分布、蛋白理化性质、系统进化关系、基因结构、保守结构域、启动子区域的顺式作用元件及在糜子白、黄、褐籽粒稃壳色形成中的表达特征。【结果】糜子含有38个SBP基因,不均匀的分布在18条染色体上,PmSBP蛋白的氨基酸序列长度为122-1109aa,等电点为5.49-10.32,家族成员含有1-11个外显子,亚细胞定位于细胞核、叶绿体中。糜子38个SBP基因的蛋白聚类分析显示,该蛋白家族可分为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ和Ⅴ5个亚家族,亚家族Ⅲ成员具有相对复杂的结构。顺式作用元件分析显示,在糜子SBP家族基因存在共同的顺式作用元件,如光响应、激素响应、分生组织表达和调控种子特异性等。白、黄、褐色籽粒品种晋黍8号、陇糜12号和张778稃壳色形成期转录组及qRT-PCR分析显示,糜子SBP基因家族成员中PmSBP33、PmSBP8、PmSBP17、PmSBP37、PmSBP12、PmSBP14、PmSBP1、PmSBP7、PmSBP23和PmSBP16在3个品种籽粒中的表达量较高,且品种间表达量差异显著。通过与谷子、拟南芥和水稻同源基因比对,推测PmSBP1和PmSBP7与糜子籽粒发育相关。【结论】鉴定出38个糜子SBP基因家族成员,在糜子籽粒稃壳中的表达量差异明显,且PmSBP1和PmSBP7与糜子籽粒形态建成密切相关。 展开更多
关键词 糜子 sbp基因家族 转录因子 生物信息学分析 表达特征
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鼓槌石斛SBP基因家族全基因组鉴定与生物信息学分析
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作者 董蓉娇 李泽生 +4 位作者 姚志军 贾敏 罗凯 高燕 李桂琳 《西南农业学报》 北大核心 2025年第9期1822-1831,共10页
【目的】鉴定和分析鼓槌石斛全基因组中SBP转录因子家族,为后续深入研究SBP转录因子的生物学功能奠定基础。【方法】利用生物信息学方法从鼓槌石斛全基因组中筛选鉴定出SBP基因家族成员,并对其蛋白理化特性、亚细胞定位、蛋白质空间结... 【目的】鉴定和分析鼓槌石斛全基因组中SBP转录因子家族,为后续深入研究SBP转录因子的生物学功能奠定基础。【方法】利用生物信息学方法从鼓槌石斛全基因组中筛选鉴定出SBP基因家族成员,并对其蛋白理化特性、亚细胞定位、蛋白质空间结构、蛋白磷酸化修饰位点、染色体定位、保守结构域与保守基序、系统发育树、启动子顺式作用元件等进行系统分析。【结果】鼓槌石斛基因组中鉴定出15个SBP基因,不均匀分布在10条染色体上,氨基酸数量为219~1086 aa,等电点为5.37~9.63,相对分子质量为24480.53~119978.42 Da,不稳定系数为44.54~74.10,脂肪系数为52.65~81.42,总平均亲水性为-0.787~0.575。亚细胞定位预测结果显示,基因家族成员中3个定位在细胞质上,15个定位在细胞核上;蛋白质二级结构以规则的α-螺旋和松散的无规则卷曲为主要构成,而三级结构整体相似度较低,空间构象更复杂;蛋白磷酸化修饰位点为21~134个;家族成员均具备高度保守的SBP结构域,由2个锌指结构模块和1个核定位信号序列构成;不同SBP基因家族成员之间所含基序(Motif)不同,聚类关系较近基因的基序相似,基序数量为2~7个;鼓槌石斛、拟南芥和水稻51个SBP蛋白被划分为11个亚族,15个鼓槌石斛SBP蛋白分布于8个亚族中;SBP基因启动子区域检测到光响应、激素响应及逆境胁迫响应等22类不同顺式作用元件;SBP基因在鼓槌石斛根和茎中表达量相对较低,在叶片和花中表达量相对较高,同一亚族基因表达模式相似。【结论】SBP基因家族成员理化性质差异较大,划分为8个系统发育亚族,同一亚族结构域和基序保守性极强,启动子区主要包含光响应、激素类响应及逆境胁迫响应等顺式作用元件,SBP基因在不同组织中差异化表达,可能在鼓槌石斛叶片和花器官生长发育方面发挥重要作用。 展开更多
关键词 鼓槌石斛 sbp 基因家族 生物信息学 保守结构域
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3种栗属植物SBP基因家族生物信息学与表达分析
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作者 付丽枝 杨涌 +3 位作者 于克妍 于立洋 王旋 张海娥 《山东农业科学》 北大核心 2025年第5期36-45,共10页
SBP蛋白是一类广泛参与调节生长发育过程的植物特有转录因子。本研究从3种栗属植物中鉴定到58个SBP基因家族成员,并利用生物信息学方法对其染色体定位、蛋白理化性质、共线性关系等方面进行了分析。结果发现,所有栗属植物SBP基因家族成... SBP蛋白是一类广泛参与调节生长发育过程的植物特有转录因子。本研究从3种栗属植物中鉴定到58个SBP基因家族成员,并利用生物信息学方法对其染色体定位、蛋白理化性质、共线性关系等方面进行了分析。结果发现,所有栗属植物SBP基因家族成员在染色体上呈非均匀分布,其中3个SBP基因未被组装到染色体的大片段中。进化树分析发现栗属植物SBP基因家族可以分为7个小组,小组5中发生了基因的丢失和扩增。Motif分析发现所有SBP基因家族成员都包含保守的Motif1或Motif2。共线性基因对的Ka/Ks分析发现,SBP基因家族成员在栗属植物基因组内及组间正在经历纯化选择。转录组数据分析发现CmSBP基因家族在不同时期中国板栗芽与果实中的表达量变化明显。本研究结果可为后续栗属植物SBP基因功能研究提供理论基础。 展开更多
关键词 栗属植物 sbp基因家族 选择压力 生物信息学分析 表达分析
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双相介质波动方程系数矩阵对称化及其SBP-SAT差分模拟
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作者 孙铖 刘泰玉 +2 位作者 蒋关希曦 张剑伟 杨在林 《振动与冲击》 北大核心 2025年第16期108-118,共11页
波动方程系数矩阵对称化是整合不同类别波动方程、降低波传播模拟难度的有效方法,目前已成功应用于声波方程、各向同性与各向异性介质弹性波动方程。该研究将推导出双项介质波动方程的系数矩阵对称式;随后,引入多轴完全匹配层,采用迎风... 波动方程系数矩阵对称化是整合不同类别波动方程、降低波传播模拟难度的有效方法,目前已成功应用于声波方程、各向同性与各向异性介质弹性波动方程。该研究将推导出双项介质波动方程的系数矩阵对称式;随后,引入多轴完全匹配层,采用迎风格式分部求和-一致逼近项(summation by parts-simultaneous approximation terms,SBP-SAT)有限差分方法离散波动方程,并通过能量法进行稳定性评估。通过数值仿真,表明所提出的离散框架具有整合度高,稳定性好和拓展性强等特点。此外,该方法可以稳定模拟曲线域中的波传播并降低其实现成本,表明了波动方程系数矩阵对称化方法及其离散框架在波传播模拟领域具有广泛的应用前景。 展开更多
关键词 双相介质波动方程 系数矩阵对称式 分部求和-一致逼近项(sbp-SAT) 有限差分方法 能量法
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高粱SbSBP15基因的克隆及分析 被引量:1
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作者 冯明 杨睿 +2 位作者 张正 张彦琴 常建忠 《分子植物育种》 CAS 北大核心 2023年第18期5929-5936,共8页
SBP-box (squamosa promoter binding protein, SBP)基因编码一类绿色植物特有的转录因子,它与器官大小的控制、株型、激素和逆境响应等植物重要发育过程密切相关。本研究克隆了高粱SbSBP15基因,对其进行了序列分析、系统进化分析及表... SBP-box (squamosa promoter binding protein, SBP)基因编码一类绿色植物特有的转录因子,它与器官大小的控制、株型、激素和逆境响应等植物重要发育过程密切相关。本研究克隆了高粱SbSBP15基因,对其进行了序列分析、系统进化分析及表达分析。SbSBP15基因编码一个由409个氨基酸组成的蛋白质,含有3个外显子和2个内含子,其SBP结构域位于96~165 aa区域;系统进化显示19个SBP15蛋白可分为4组(Ⅰ~Ⅳ),其中第Ⅰ~Ⅲ组内仅有单子叶植物蛋白,而第Ⅳ组中同时包含有单子叶植物蛋白和双子叶植物蛋白。Sb SBP15与玉米Ub2和Ub3关系最近;启动子序列分析表明,SbSBP15启动子的顺式作用元件包含逆境响应、组织特异性表达以及植物生长发育等相关元件;SbSBP15基因在花后10 d的种子中表达量最高,是苗期根部表达量的18倍;但是随着高粱种子不断发育,SbSBP15表达量逐渐降低,表明SbSBP15可能参与高粱种子发育的过程。本研究为进一步探索SbSBP15的生物学功能奠定了基础。 展开更多
关键词 sbp-box Sbsbp15 种子 表达分析
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高粱SbSBP17基因的克隆及表达分析
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作者 常建忠 董春林 +3 位作者 张正 杨睿 张彦琴 闫凤霞 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第7期1181-1187,共7页
SBP-box(Squamosa promoter Binding Protein box)蛋白是绿色植物中特有的一类转录因子,其功能涉及植物叶片发育、胚胎发生、间隔期长度、营养到生殖生长的更替、育性维持等生长发育的重要过程。该研究以高粱材料BTx623花序总RNA为模板... SBP-box(Squamosa promoter Binding Protein box)蛋白是绿色植物中特有的一类转录因子,其功能涉及植物叶片发育、胚胎发生、间隔期长度、营养到生殖生长的更替、育性维持等生长发育的重要过程。该研究以高粱材料BTx623花序总RNA为模板进行RT-PCR,克隆了高粱 SbSBP 17基因,并对其进行了系统进化及半定量PCR表达分析,为进一步研究 SbSBP 17基因的生物学功能奠定基础。结果表明: SbSBP 17含有2个内含子和3个外显子,编码1个444氨基酸的蛋白质,在其195~269 aa区域含有一个典型的SBP-box结构域;系统进化分析表明,18个SBP17蛋白可分为三组,第Ⅰ和Ⅱ组只有单子叶植物基因,而第Ⅲ组只有双子叶植物基因,SbSBP17与玉米PWZ17260.1亲缘关系最近;启动子顺式作用元件分析显示, SbSBP 17启动子含有细胞周期调控元件MSA-like、分生组织发育调控相关元件CAT-box和组织特异性表达元件RY-element等。基因表达分析显示, SbSBP 17是花序特异性表达基因,随着花序发育(长度增加), SbSBP 17基因表达量逐渐增高,当花序长至10 cm时基因表达量达到峰值,约是花序长度最小点(≤2 cm)时的40倍,随后表达量逐渐降低,并于花序长度20 cm时显著降低50%以上。研究推测,随着高粱花序进一步发育, SbSBP 17基因的表达量可能逐渐降低,最终消失。 展开更多
关键词 高粱 sbp-box Sbsbp 17 花序 表达分析
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葡萄SBP基因家族生物信息学分析 被引量:23
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作者 曹雪 上官凌飞 +4 位作者 于华平 杨光 王晨 谭洪花 房经贵 《基因组学与应用生物学》 CAS CSCD 北大核心 2010年第4期791-798,共8页
SBP(squamosa promoter binding protein,SBP)基因家族是植物所特有的一类重要转录因子,广泛参与植物生长、发育以及多种生理生化反应的信号传导。葡萄是继拟南芥、水稻和杨树之后完成全基因组测序的第四种开花植物,因此葡萄逐渐成为分... SBP(squamosa promoter binding protein,SBP)基因家族是植物所特有的一类重要转录因子,广泛参与植物生长、发育以及多种生理生化反应的信号传导。葡萄是继拟南芥、水稻和杨树之后完成全基因组测序的第四种开花植物,因此葡萄逐渐成为分子生物学研究的重点对象,进行葡萄基因组信息挖掘与分析对于葡萄功能基因组学的发展具有重要意义。本文利用生物信息学方法对葡萄家族45条SBP蛋白序列的系统发生和SBP基因组定位进行分析,然后对其氨基酸组成成分、理化性质以及二级和三级结构进行预测和分析,同时还分析了葡萄与拟南芥的SBP基因家族之间的联系。结果显示这45条蛋白序列与拟南芥16个SBP基因蛋白序列一起分成了3个亚族,说明拟南芥与葡萄SBP基因间具有较高的保守性;进一步的基因组定位结果发现其分布在14条染色体上,较拟南芥在染色体上的分布更为分散。研究还发现不同亚家族间氨基酸数目、氨基酸序列间的疏水性存在一定的差异;而二级结构预测结果发现,41条氨基酸序列以随机卷曲为主要组成部分,这与拟南芥相似,且45条氨基酸序列三维结构十分相似。本文实验结果均为葡萄SBP基因家族的进一步功能分析提供了重要研究基础。 展开更多
关键词 葡萄 拟南芥 sbp基因家族 生物信息学
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高粱SBP-box基因家族全基因组鉴定及表达分析 被引量:21
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作者 常建忠 闫凤霞 +3 位作者 乔麟轶 郑军 张福耀 柳青山 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2016年第6期569-580,共12页
SQUAMOSA PROMOTER BINDING PROTEIN box(SBP-box)基因家族编码一类绿色植物特有的转录因子,其功能涉及作物遗传改良的许多方面,如产量、株型、抗逆性等,具有重要的实际应用价值。本研究通过生物信息学方法从高粱(Sorghum bicolor L.)... SQUAMOSA PROMOTER BINDING PROTEIN box(SBP-box)基因家族编码一类绿色植物特有的转录因子,其功能涉及作物遗传改良的许多方面,如产量、株型、抗逆性等,具有重要的实际应用价值。本研究通过生物信息学方法从高粱(Sorghum bicolor L.)全基因组中鉴定出18个SBP-box基因,分布于9条染色体上,其中8个基因位于基因组重复区域。系统发育分析表明高粱SBP-box基因家族可分为6个亚家族,其中Sb SBP12、Sb SBP3和Sb SBP15分别与玉米Zm LG1、Zm TGA1和Zm UB2/3直系同源。基于RNA-seq数据的表达分析发现高粱SBP-box基因在花序原基中表达量最高,Sb SBP9和Sb SBP17为花序原基特异表达基因,Sb SBP5、Sb SBP8和Sb SBP18等基因受外源ABA和PEG胁迫上调表达,表明SBP-box基因可能参与高粱对非生物逆境的响应。本研究为高粱SBP-box家族重要基因的克隆提供了参考,相关基因可作为高粱遗传改良的候选基因。 展开更多
关键词 高粱 sbp—box基因家族 系统进化分析 表达分析
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番茄SBP基因家族的全基因组鉴定、结构特征及表达分析 被引量:12
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作者 万红建 袁伟 +8 位作者 俞锞 刘云飞 李志邈 叶青静 王荣青 阮美颖 周国治 姚祝平 杨悦俭 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2013年第3期299-306,共8页
SBP基因家族是植物中一类特有的转录因子家族,广泛参与植物的生长发育以及各种生理生化反应的信号传导。为了揭示番茄SBP基因家族的功能,本研究利用全基因组信息鉴定番茄SBP转录因子家族,分析其结构特征,系统发育关系以及表达模式。结... SBP基因家族是植物中一类特有的转录因子家族,广泛参与植物的生长发育以及各种生理生化反应的信号传导。为了揭示番茄SBP基因家族的功能,本研究利用全基因组信息鉴定番茄SBP转录因子家族,分析其结构特征,系统发育关系以及表达模式。结果表明,番茄全基因组共编码17个SBP转录因子成员,分布在8条染色体上;系统发育关系表明SBP基因家族的结构特征变异发生在番茄、拟南芥和水稻分化之前;且它们在番茄、拟南芥和水稻中按照物种特异性的方式进行了扩张。不同芯片分析发现,SlSBP03基因在番茄叶片、子叶和下胚轴中表达量较高,SlSBP13基因果肉中表达量较高,这两个基因在果皮和根中表达量都较低;在大多数非生物胁迫处理条件下,SlSBP11、SlSBP13和SlSBP16的表达量均较低;而SlSBP01基因在干旱和热处理条件下有较高的表达量。 展开更多
关键词 番茄 sbp基因家族 生物信息学 水稻 拟南芥
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玉米SBP转录因子全基因组鉴定与功能分析 被引量:11
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作者 彭华 何秀静 +3 位作者 高健 罗茂 潘光堂 张志明 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第2期201-211,共11页
SBP基因家族是一类植物基因组特有的转录因子,参与植物生长发育及多种生理生化过程。近来,大量研究已在多种植物中鉴定出SBP转录因子,但关于玉米(Zea mays L.)SBP转录因子家族的系统分析报道尚少。本研究通过对拟南芥、水稻等植物已知... SBP基因家族是一类植物基因组特有的转录因子,参与植物生长发育及多种生理生化过程。近来,大量研究已在多种植物中鉴定出SBP转录因子,但关于玉米(Zea mays L.)SBP转录因子家族的系统分析报道尚少。本研究通过对拟南芥、水稻等植物已知的转录因子与玉米基因组数据比对,并设置一系列严格的筛选标准从玉米基因组中挖掘SBP转录因子,系统发育分析显示单子叶植物玉米和水稻的SBP基因保守性更强、亲缘关系更近;共鉴定37个SBP基因,分布在9条染色体上;通过基因分析注释以及启动子功能预测,进一步发现SBP家族基因参与植物生长发育、形态建成、逆境胁迫响应、花器官发育以及植物光反应等过程。并且,玉米SBP转录因子可通过参与赤霉素、生长素、脱落酸、水杨酸等多条激素信号调控途径来调节植物的生长发育。 展开更多
关键词 玉米 sbp转录因子家族 生物信息学
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苹果全基因组SBP-box基因家族分析及代表成员的分子克隆 被引量:5
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作者 张晓辉 魏小春 +10 位作者 李锡香 孙玉燕 王冠 常兆晶 刘冠群 邱杨 宋江萍 王海平 沈镝 王大江 韩月澎 《园艺学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第2期215-226,共12页
从金冠苹果基因组中鉴定出33个SBP-box家族基因,其中20个为miR156的靶基因。通过进化分析,对该家族成员进行了系统分类和功能预测。大部分预测的基因在富士苹果基因组中存在并表达,并且发现可变剪切在该家族基因中高频出现。在富士苹果... 从金冠苹果基因组中鉴定出33个SBP-box家族基因,其中20个为miR156的靶基因。通过进化分析,对该家族成员进行了系统分类和功能预测。大部分预测的基因在富士苹果基因组中存在并表达,并且发现可变剪切在该家族基因中高频出现。在富士苹果中克隆了4个代表性成员基因,即MdSPL2、MdSPL11、MdSPL13和MdSPL33;与金冠相比,MdSPL33是一个缺失第2和3外显子的剪切本,并具有2个单碱基变异;MdSPL11和MdSPL13分别存在4个和2个单碱基变异,造成3个和1个氨基酸改变。 展开更多
关键词 苹果 sbp box家族 分子进化 基因克隆
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大豆SBP转录因子家族的预测分析 被引量:8
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作者 朱命喜 刘洋 +4 位作者 吴琼 刘春燕 徐晶 陈庆山 胡国华 《大豆科学》 CAS CSCD 北大核心 2011年第2期177-183,共7页
SBP转录因子基因家族是一个植物的特异转录因子家族,SBP基因都含有一段保守的核苷酸序列即DNA结合结构域,又称为SBP盒(SBP-box),SBP盒编码的蛋白质序列称SBP结构域(SBP-domain),含79个氨基酸残基,并具有高度保守性。该研究通过对拟南芥... SBP转录因子基因家族是一个植物的特异转录因子家族,SBP基因都含有一段保守的核苷酸序列即DNA结合结构域,又称为SBP盒(SBP-box),SBP盒编码的蛋白质序列称SBP结构域(SBP-domain),含79个氨基酸残基,并具有高度保守性。该研究通过对拟南芥、水稻等植物已知的转录因子与大豆基因组数据比对,并设置一系列严格的筛选标准,共得到44条新的大豆SBP转录因子;又通过基因分析注释以及启动子功能预测,进一步发现这些转录因子参与生长发育、逆境胁迫响应、激素应答、抗霉菌应答、光合作用等调控过程。 展开更多
关键词 sbp家族 转录因子 大豆
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草莓SBP基因家族生物信息学初步分析 被引量:9
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作者 葛安静 张春华 +3 位作者 董清华 赵密珍 宋长年 张希 《中国农学通报》 CSCD 2012年第13期215-220,共6页
为了研究草莓SBP基因家族的功能,利用多种生物信息学软件,对SBP蛋白序列的系统发生和基因组定位进行分析,对其氨基酸组成成分、理化性质以及二、三级结构进行分析和预测等。结果表明草莓16条SBP蛋白序列与拟南芥16条SBP蛋白序列一起分成... 为了研究草莓SBP基因家族的功能,利用多种生物信息学软件,对SBP蛋白序列的系统发生和基因组定位进行分析,对其氨基酸组成成分、理化性质以及二、三级结构进行分析和预测等。结果表明草莓16条SBP蛋白序列与拟南芥16条SBP蛋白序列一起分成了3个亚族,说明拟南芥与草莓SBP基因间具有较高的保守性。基因组定位发现16个SBP基因分布在6条染色体上。研究还发现不同亚族间氨基酸数目、氨基酸序列间的疏水性存在一定的差异,而它们的二级结构主要以随机卷曲为主,三级结构相似。SBP基因家族在植物的生长、发育等多个方面起重要作用,笔者实验结果为草莓SBP基因家族的进一步功能分析提供了重要研究基础。 展开更多
关键词 草莓 拟南芥 sbp基因家族 生物信息学
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普通烟草SBP转录因子家族的全基因组鉴定及其进化和表达分析 被引量:10
14
作者 刘成 李晓旭 +1 位作者 苏玉龙 郭永峰 《中国烟草科学》 CSCD 北大核心 2015年第4期1-11,共11页
SBP转录因子家族作为植物特异性的转录因子具有重要的生物学功能,广泛参与花和果实发育等诸多生命过程。利用普通烟草(Nicotiana tabacum)TN90基因组数据,通过隐马尔科夫模型检索,SMART和Pfam分析,鉴定了普通烟草SBP转录因子家族成员;... SBP转录因子家族作为植物特异性的转录因子具有重要的生物学功能,广泛参与花和果实发育等诸多生命过程。利用普通烟草(Nicotiana tabacum)TN90基因组数据,通过隐马尔科夫模型检索,SMART和Pfam分析,鉴定了普通烟草SBP转录因子家族成员;通过多序列比对鉴定并分析了普通烟草SBP结构域的结构特征;通过邻接法、极大似然法进行了系统发育分析;分别利用GSDS和MEME对SBP转录因子家族成员的基因结构和蛋白保守结构域进行了分析;利用普通烟草TN90转录组数据分析了SBP转录因子家族成员在不同组织和时期的表达情况,并对鉴定出的SBP转录因子家族成员进行了GO注释分析。结果表明,普通烟草基因组编码32个SBP转录因子家族成员,氨基酸序列长度差异较大;系统发育分析表明,所有的SBP转录因子家族成员可分为8个亚家族。转录组数据显示,SBP基因家族成员在不同组织和时期中表达迥异,但在花器官中均有较高的表达量。GO注释结果表明,该家族成员作为转录因子,在植物的生长发育、逆境响应等过程中发挥作用。本研究为烟草及其他植物中SBP转录因子家族基因的鉴定和功能研究提供了基础。 展开更多
关键词 生物信息学分析 sbp转录因子家族 普通烟草
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苹果SBP基因家族生物信息学分析 被引量:7
15
作者 刘更森 慕茜 +2 位作者 戴洪义 上官凌飞 张玉刚 《江西农业学报》 CAS 2011年第12期23-27,共5页
首先利用生物信息学方法对苹果42条SBP蛋白序列的系统发生和SBP基因组定位进行分析,然后对其氨基酸组成成分、理化性质以及二级和三级结构进行预测和分析,同时还分析了苹果与拟南芥的SBP基因家族之间的联系。结果显示着42条蛋白序列与... 首先利用生物信息学方法对苹果42条SBP蛋白序列的系统发生和SBP基因组定位进行分析,然后对其氨基酸组成成分、理化性质以及二级和三级结构进行预测和分析,同时还分析了苹果与拟南芥的SBP基因家族之间的联系。结果显示着42条蛋白序列与拟南芥16条SBP蛋白序列一起被分成了7个亚族,拟南芥与苹果SBP基因间具有较高的保守性。基因组定位结果显示42条SBP基因分布在12条染色体上。研究还发现不同亚族间氨基酸数目、氨基酸序列疏水性存在一定的差异;二级结构预测分析发现,42条氨基酸序列以随机卷曲和α-螺旋为主要组成部分,而且42条氨基酸序列三维结构相似。 展开更多
关键词 苹果 sbp基因家族 氨基酸序列 生物信息学
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黄瓜SBP家族基因鉴定与表达分析 被引量:5
16
作者 高东菊 张琴 +3 位作者 许太白 周鹏 成文竞 张微微 《分子植物育种》 CAS 北大核心 2021年第11期3542-3548,共7页
SQUAMOSA启动子结合蛋白家族(SBP家族)是植物中特有的一类转录因子,在植物生长发育中发挥重要作用。本研究通过生物信息学方法从黄瓜基因组中鉴定出15个SBP基因,并对这些基因的理化性质、基因结构、系统进化以及不同组织中的表达进行了... SQUAMOSA启动子结合蛋白家族(SBP家族)是植物中特有的一类转录因子,在植物生长发育中发挥重要作用。本研究通过生物信息学方法从黄瓜基因组中鉴定出15个SBP基因,并对这些基因的理化性质、基因结构、系统进化以及不同组织中的表达进行了分析。结果显示黄瓜15个CsSBP基因分布于4条染色体上,分为6个类群,同一个类群中的基因具有相似基因结构和保守基序。表达分析表明。CsSBP9、CsSBP12、CsSBP10、CsSBP3、CsSBP8和CsSBP7在所有组织中都有表达,其余基因在特定组织中表达量比较高,暗示SBP基因在黄瓜生长发育的不同阶段都扮演了重要角色。本研究为进一步鉴定黄瓜SBP基因功能奠定了一定基础。 展开更多
关键词 黄瓜 sbp 基因结构 基因表达
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玉米中SBP-box基因家族的生物信息学分析 被引量:12
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作者 王维维 单玲玲 芮道晨 《基因组学与应用生物学》 CAS CSCD 北大核心 2017年第1期294-298,共5页
SBP-box基因作为植物特有的转录因子,在植物生长发育中起着重要作用。根据已报道的苹果中的SBP-box基因保守域的相关结构,通过生物信息学的相关软件和方法,鉴定并分析玉米基因组中所有SBP-box编码类型基因。对鉴定出的42个基因命名并检... SBP-box基因作为植物特有的转录因子,在植物生长发育中起着重要作用。根据已报道的苹果中的SBP-box基因保守域的相关结构,通过生物信息学的相关软件和方法,鉴定并分析玉米基因组中所有SBP-box编码类型基因。对鉴定出的42个基因命名并检测相关属性。利用鉴定出的42个SBP-box基因构建进化树分析该家族基因的相似程度和基因之间的亲缘进化关系,绘制染色体定位图分析每个基因在玉米染色体上的位置。 展开更多
关键词 玉米 sbp—box基因 转录因子 生物信息学
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两个大豆GmSBP基因的特征、亚细胞定位及对非生物胁迫的响应 被引量:2
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作者 杨艳 王爽 +4 位作者 黄丽燕 马洪雨 舒英杰 何小玲 麻浩 《生物工程学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第11期1709-1719,共11页
我国南方春大豆种子发育过程中,常处于高温、高湿季节,加之种子本身富含蛋白(约40%)和脂肪(约20%),导致南方春大豆种子易劣变。本项目组前期差异蛋白质组学研究发现蔗糖结合蛋白在高温高湿胁迫168 h时在种子田间劣变抗性品种湘豆3号发... 我国南方春大豆种子发育过程中,常处于高温、高湿季节,加之种子本身富含蛋白(约40%)和脂肪(约20%),导致南方春大豆种子易劣变。本项目组前期差异蛋白质组学研究发现蔗糖结合蛋白在高温高湿胁迫168 h时在种子田间劣变抗性品种湘豆3号发育种子中呈下调表达。为进一步从分子水平了解Gm SBP基因表达以及响应高温高湿胁迫的特性,本研究利用RT-PCR技术从大豆扩增出两个Gm SBP基因(Gm SBP2和Gm SBPL)。两个基因编码的蛋白均为亲水性,不完整的膜蛋白。荧光定量PCR分析表明:在高温高湿条件下,种子田间劣变不抗品种宁镇1号和抗性品种湘豆3号发育种子中Gm SBP2和Gm SBPL基因表达量均受高温高湿胁迫影响,也会导致种子中蔗糖和可溶性糖含量变化。在籽粒发育过程中,Gm SBP2和Gm SBPL基因表达量在花后30 d左右达到最高,对应时期的蔗糖和可溶性糖含量也达到最大值。组织特异性显示Gm SBP和Gm SBPL基因在不同组织间存在差异表达。亚细胞定位结果表明Gm SBP2和Gm SBPL蛋白均定位在细胞膜和细胞质中。以上结果表明Gm SBP2和Gm SBPL基因可能参与了植物非生物胁迫的应答过程,这将从一个侧面丰富我们对大豆种子田间劣变性和劣变抗性的认识。 展开更多
关键词 大豆 sbp 基因分离 表达分析 亚细胞定位
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SBPS对CTX增效减毒作用及其免疫学机制的研究 被引量:3
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作者 宋高臣 王桂云 +1 位作者 董琦 金秀东 《中国普通外科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2010年第3期279-281,共3页
目的探讨半枝莲多糖(SBPS)对化疗药物环磷酰胺(CTX)的增效减毒作用及其机制。方法采用移植性H22肝癌小鼠,随机分为阴性对照组,CTX处理组,CTX+SBPS联合用药组。连续给药10 d后,测定其抑瘤率、白细胞数、吞噬指数和IL-2活性。结果SBPS能提... 目的探讨半枝莲多糖(SBPS)对化疗药物环磷酰胺(CTX)的增效减毒作用及其机制。方法采用移植性H22肝癌小鼠,随机分为阴性对照组,CTX处理组,CTX+SBPS联合用药组。连续给药10 d后,测定其抑瘤率、白细胞数、吞噬指数和IL-2活性。结果SBPS能提高CTX的抑瘤率,减轻CTX的毒副作用,提高单核吞噬细胞功能和IL-2及TNF-α的活性。结论SBPS对化疗药物CTX具有明显的增效减毒作用,其机制可能是通过增强机体的免疫功能而实现的。 展开更多
关键词 肝肿瘤/药物疗法 sbpS 环磷酰胺 增效减毒 免疫功能 IL-2 TNF-α
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大豆sbp基因表达方式分析及其启动子调控活性研究 被引量:2
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作者 赵艳 翟莹 +2 位作者 李珊珊 杨晓杰 刘丽丽 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2017年第6期8-13,共6页
研究大豆蔗糖结合蛋白基因(sbp)的表达方式及其启动子的调控活性,为揭示sbp基因表达本质及其启动子功能研究、利用提供理论依据。利用qRT-PCR方法,检测sbp基因在不同逆境胁迫条件下及不同组织中的表达方式;利用PCR方法,克隆sbp基因5'... 研究大豆蔗糖结合蛋白基因(sbp)的表达方式及其启动子的调控活性,为揭示sbp基因表达本质及其启动子功能研究、利用提供理论依据。利用qRT-PCR方法,检测sbp基因在不同逆境胁迫条件下及不同组织中的表达方式;利用PCR方法,克隆sbp基因5'端上游序列并对其进行预测分析;在转基因烟草中,研究sbp基因启动子在干旱胁迫条件下及不同组织中的调控活性。sbp基因受干旱诱导上调,而在盐、低温、ABA诱导下表达下降。sbp基因在大豆根、茎、叶、花中的相对表达量低,而在种子中的相对表达量高。克隆获得sbp基因5'端上游942 bp序列,命名为SP,预测分析表明,SP序列中含有多种典型的种子特异表达元件及与激素、逆境诱导相关的元件。组织化学分析表明,在转基因烟草中,SP启动子驱动gus基因在干旱胁迫下及种子中高表达。推测SP启动子兼具干旱诱导表达活性和种子特异表达特性。 展开更多
关键词 大豆 sbp基因 启动子 克隆 转基因烟草
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