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结核分枝杆菌RpfB及RpfE蛋白的生物信息学分析
1
作者 杨雨婷 杨国平 +1 位作者 王艳 龚丽坤 《微生物学杂志》 北大核心 2025年第1期106-116,共11页
运用生物信息学方法预测RpfB和RpfE蛋白的生物学特性及抗原表位,并分析其作为新型结核疫苗候选抗原的潜力。从NCBI数据库中获取Rv1009、Rv2450c基因的碱基序列,从Uniprot数据库中获取Rv1009基因编码蛋白RpfB及Rv2450c基因编码蛋白RpfE... 运用生物信息学方法预测RpfB和RpfE蛋白的生物学特性及抗原表位,并分析其作为新型结核疫苗候选抗原的潜力。从NCBI数据库中获取Rv1009、Rv2450c基因的碱基序列,从Uniprot数据库中获取Rv1009基因编码蛋白RpfB及Rv2450c基因编码蛋白RpfE的氨基酸序列,运用生物信息学分析软件ORFfinder、ProtParam、ProtScale、TMPRED、TMHMM、SignalP 5.0、NetNGlyc 1.0、YinOYang 1.2、NetPhos 3.1、STRING、SOPMA、SWISS-MODEL、DNAStar、SYFPEITHI、NetCTL 1.2及Net MHCII pan 4.0对RpfB及RpfE蛋白的理化性质、亲疏水性、结构、信号肽、糖基化/磷酸化位点、跨膜结构、互作蛋白及抗原表位进行分析。结果表明,Rv1009基因全长1089 bp,有5个开放阅读框,其编码蛋白RpfB由362个氨基酸组成,为含有信号肽的疏水性跨膜蛋白,其二级结构以无规则卷曲为主,该蛋白含有1个N-糖基化位点、29个磷酸化位点、8个优势CTL细胞抗原表位、14个优势Th细胞抗原表位及10个优势B细胞抗原表位;Rv2450c基因全长519 bp,有1个开放阅读框,其编码蛋白RpfE由172个氨基酸组成,为含有信号肽的亲水性蛋白,无跨膜结构,其二级结构以无规则卷曲为主,该蛋白含有2个N-糖基化位点、9个磷酸化位点、4个优势CTL细胞抗原表位、6个优势Th细胞抗原表位及7个优势B细胞抗原表位。RpfB及RpfE蛋白具有较好的免疫原性及多个优势T、B细胞抗原表位,可作为Mtb多肽疫苗研制的候选优势蛋白。 展开更多
关键词 结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis Mtb) rpfb RpfE 生信分析 抗原表位 多肽疫苗
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抗结核分枝杆菌RpfB结构域单克隆抗体的制备及鉴定 被引量：1
2
作者 樊爱琳 马越云 +2 位作者 郑善銮 杨麦贵 郝晓柯 《生物技术通讯》 CAS 2014年第6期804-808,共5页
目的:制备抗结核分枝杆菌Rpf B结构域单克隆抗体。方法:将p PRO-EXHT-Rpf B domain原核表达载体接种于大肠杆菌DH5中,用IPTG诱导表达Rpf B结构域蛋白,以纯化的Rpf B结构域蛋白作为免疫原,皮下包埋免疫小鼠3次,每次间隔2周;分离小鼠的脾... 目的:制备抗结核分枝杆菌Rpf B结构域单克隆抗体。方法:将p PRO-EXHT-Rpf B domain原核表达载体接种于大肠杆菌DH5中,用IPTG诱导表达Rpf B结构域蛋白,以纯化的Rpf B结构域蛋白作为免疫原,皮下包埋免疫小鼠3次,每次间隔2周;分离小鼠的脾细胞,与Sp2/0细胞融合,克隆化制备抗Rpf B结构域单抗,ELISA检测其效价,鉴定其特异性和相对亲和力,观察制备的抗Rpf B结构域单抗对Rpf家族其他蛋白的识别能力及其对结核分枝杆菌和藤黄微球菌的生长抑制作用。结果:制备了3株抗Rpf B结构域单抗,特异性高,亲和力较强,均能特异性识别Rpf B结构域。经小鼠腹腔注射制备腹水并纯化,获得了较高纯度的单抗,所制备的抗Rpf B结构域多肽的单克隆抗体可以识别多种Rpf样蛋白及其结构域蛋白。在抗体滴度为1∶1000时可有效抑制Rpf B结构域对结核分枝杆菌H37Ra和藤黄微球菌的生长促进作用,提示抗Rpf B结构域单抗可能会抑制进入机体内生长停滞或潜伏感染的结核分枝杆菌的再次激活,可能具有预防隐性感染复发的作用。结论:抗Rpf B结构域单抗的制备为进一步研究Rpf B结构域的生物学和免疫特性提供了实验工具。 展开更多
关键词 结核分枝杆菌 复苏促进因子 rpfb结构域 单克隆抗体
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结核分枝杆菌复活促进因子B的原核表达、鉴定和纯化 被引量：1
3
作者 徐蕾 何永林 +2 位作者 张黎 辛渝 朱道银 《重庆医科大学学报》 CAS CSCD 2007年第3期253-256,共4页
目的:构建结核分枝杆菌复活促进因子B(RpfB)的原核表达质粒,并在大肠杆菌中表达和纯化。方法:采用聚合酶链反应(PCR)方法从结核分枝杆菌H37Rv基因组DNA中扩增出RpfB基因(1089bp),然后用双内切酶消化后,与同样酶消化的pET32a(+)载体连接... 目的:构建结核分枝杆菌复活促进因子B(RpfB)的原核表达质粒,并在大肠杆菌中表达和纯化。方法:采用聚合酶链反应(PCR)方法从结核分枝杆菌H37Rv基因组DNA中扩增出RpfB基因(1089bp),然后用双内切酶消化后,与同样酶消化的pET32a(+)载体连接,转入大肠杆菌Top10;阳性克隆用酶切和DNA测序鉴定。测序正确后,将重组质粒转化到的大肠杆菌BL21中,经IPTG诱导,由T7启动子调控表达了RpfB蛋白;利用Western-blot法对表达蛋白进行鉴定,最后对目的蛋白进行纯化。结果:双酶切鉴定所切下的片段大小与理论值相符,测序结果与文献报道一致。经SDS-PAGE分析和Western-blot鉴定均发现61KDa处有特异性蛋白条带。结论:成功克隆并构建了RpfB基因的重组表达质粒pET32a(+)-RpfBv,并获得了高纯度的重组蛋白,为以后的深入研究奠定了基础。 展开更多
关键词 结核分枝杆菌 rpfb 隆 表达 纯化
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细菌复苏促进因子 被引量：5
4
作者 李伦 李元 +1 位作者 白婧 许崇波 《动物医学进展》 CSCD 北大核心 2010年第4期103-106,共4页
复苏促进因子(Rpf)是存在于原核生物中的一类因子,该因子能够在皮摩尔水平以自分泌/旁分泌形式促进休眠菌的复苏和生长,其作用机制可能是参与了细胞间的信号转导,类似于真核生物的生长因子。Rpf广泛存在于高GC含量的革兰阳性菌中,最近在... 复苏促进因子(Rpf)是存在于原核生物中的一类因子,该因子能够在皮摩尔水平以自分泌/旁分泌形式促进休眠菌的复苏和生长,其作用机制可能是参与了细胞间的信号转导,类似于真核生物的生长因子。Rpf广泛存在于高GC含量的革兰阳性菌中,最近在低GC含量的革兰阳性菌中也发现了复苏促进因子。国内外研究表明,如果能够揭开该因子的作用方式,有可能破解休眠菌的复苏机制,因此,有必要对该类因子研究进展做系统的总结。 展开更多
关键词 复苏促进因子 革兰阳性菌 rpfb Rpf2
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新型腺病毒载体肺结核疫苗的免疫原性研究 被引量：3
5
作者 史晓雨 隋秀文 +4 位作者 苗伟 高德进 王畅 魏梦函 朱涛(指导) 《中国免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2020年第6期719-722,共4页
目的:评价双价肺结核疫苗的免疫原性。方法:ESAT6、rv3407、RpfB三种抗原基因融合后(TPA-3Ag)与Ag85A一种抗原基因均用重组人5型腺病毒载体进行表达,按照1∶0.2、1∶1、1∶2、1∶4四种不同滴度配比免疫小鼠。使用酶联免疫吸附实验(ELISA... 目的:评价双价肺结核疫苗的免疫原性。方法:ESAT6、rv3407、RpfB三种抗原基因融合后(TPA-3Ag)与Ag85A一种抗原基因均用重组人5型腺病毒载体进行表达,按照1∶0.2、1∶1、1∶2、1∶4四种不同滴度配比免疫小鼠。使用酶联免疫吸附实验(ELISA)进行抗原特异性体液免疫评价,使用酶联免疫斑点法(ELISpot)和细胞内细胞因子染色(ICS)进行抗原特异性细胞免疫评价。结果:双价疫苗均产生体液免疫应答和细胞免疫应答。结论:双价疫苗有提高肺结核保护范围的可能性,可能成为预防结核病的新型疫苗。 展开更多
关键词 人5型腺病毒 ESAT6 rv3407 rpfb AG85A 肺结核
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植物病原黄单胞菌退出群体感应生理状态的分子机制和生物学意义 被引量：3
6
作者 宋凯 郭晓春 +1 位作者 陈博 何亚文 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第1期68-76,共9页
黄单胞菌是一类引起多种作物病害的病原细菌总称。它们利用自身产生的DSF(Diffusible signaling factor)-家族群体感应(quorum sensing,QS)信号分子感应群体密度,调控致病相关基因的表达。当黄单胞菌培养达到对数生长后期时,培养体系中... 黄单胞菌是一类引起多种作物病害的病原细菌总称。它们利用自身产生的DSF(Diffusible signaling factor)-家族群体感应(quorum sensing,QS)信号分子感应群体密度,调控致病相关基因的表达。当黄单胞菌培养达到对数生长后期时,培养体系中DSF信号分子浓度迅速降低,呈现一种典型的群体感应信号反转(turnover)现象。编码脂酰辅酶A连接酶的基因rpfB在黄单胞菌生长后期表达量显著提高,敲除rpfB导致DSF生物合成显著提高,因此,RpfB参与DSF-家族QS信号分子的降解,在群体感应后期引导黄单胞菌退出群体感应状态。DSF信号通过RpfC/RpfG双组分系统、环二鸟苷酸和全局性转录因子Clp负调控rpfB的表达。DSF群体感应信号关键降解基因rpfB存在于多种细菌中,表明该信号反转机制相对保守,但其调控的生物学功能因菌而异。 展开更多
关键词 黄单胞菌 群体感应 信号反转 DSF rpfb
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新型肺结核三抗原组分疫苗的开发和小鼠免疫原性研究 被引量：1
7
作者 赵燕慧 赵辉 +4 位作者 彭少丹 崔海燕 李军强 苗伟 朱涛 《中国疫苗和免疫》 北大核心 2018年第2期176-181,共6页
目的构建高效表达结核分枝杆菌（Mycobacterium tuberculosis,MTB）ESAT6、rv3407、Rpf B三个显性抗原基因（3 antigens,3Ag）的重组人5型腺病毒（Adenovirus 5,Ad5）载体疫苗,在小鼠模型中初步完成药效学研究。方法用Ad EasyTMXL腺病... 目的构建高效表达结核分枝杆菌（Mycobacterium tuberculosis,MTB）ESAT6、rv3407、Rpf B三个显性抗原基因（3 antigens,3Ag）的重组人5型腺病毒（Adenovirus 5,Ad5）载体疫苗,在小鼠模型中初步完成药效学研究。方法用Ad EasyTMXL腺病毒载体系统构建重组质粒p Ad5-3Ag,经Pac I线性化后转染AD293细胞获得表达3Ag融合蛋白的Ad5-TPA-3Ag;采用Western blot检测腺病毒载体中融合蛋白的表达;将纯化的病毒颗粒以肌肉注射和滴鼻两种方式免疫小鼠,采用ELISA检测血清中抗体效价,对病毒的免疫剂量进行优化。结果含3Ag基因的重组腺病毒载体构建成功。包装的病毒Ad5-TPA-3Ag以8×10^7IFU的剂量免疫小鼠42d时各抗原的效价最高,ESAT6肌肉注射和滴鼻的最高效价分别为4.54和4.87;rv3407肌肉注射和滴鼻的最高效价分别为3.41和3.60;Rpf B肌肉注射和滴鼻的最高效价为3.63和2.42。结论 Ad5-TPA-3Ag在小鼠模型中可以诱导良好的免疫应答,可能成为一种新型的针对MTB潜伏感染的候选疫苗。 展开更多
关键词 结核分枝杆菌 ESAT6 rv3407 rpfb 人5型腺病毒
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